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Submitted by Kalina CB/A (kalikros2@gmail.com) on 2021-12-02T20:27:43Z No. of bitstreams: 1 Tese - Rossana Santiago de Sousa Azulay - 2021 - Completa.pdf: 5324790 bytes, checksum: cdf06ee4baf88f13051178c281bf471b (MD5) Made available in DSpace on 2021-12-02T20:27:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Rossana Santiago de Sousa Azulay - 2021 - Completa.pdf: 5324790 bytes, checksum: cdf06ee4baf88f13051178c281bf471b (MD5) Previous issue date: 2021-05-31 This study aimed to investigate the relationship between genetic ancestry inferred from autosomal and Y chromosome markers and HLA genotypes in patients with Type 1 Diabetes from an admixed Brazilian population. This cross-sectional study was carried out in a tertiary care center in the state of Maranhão, Brazil. We consecutively recruited patients with T1D, treated from October 2016 to July 2018. The individuals in the control group were blood donors. Patients and controls answered a questionnaire about their family members' declared ancestry and a clinical-demographic survey. For inference of autosomal ancestry, a panel of 46 autosomal informative insertion/deletion ancestry markers (AIM–Indels) was used and the HLA-DRB1, -DQA1 and -DQB1 typings were determined. The Y chromosome analysis was performed using 26 STR markers. The European autosomal ancestry was the largest contributor in our population (about 50% in both groups), followed by a similar percentage between African and Native American ancestry (about 25% each). We observed a predominance of the European Y chromosome, with the R1b haplogroup being the most frequent. In the analysis of the HLA system, the DRB1 * 03 and DRB1 * 04 alleles presented a risk odds ratio for association with T1D. The highest frequencies were of the DRB1 * 04 (30.26%) and DRB1 * 03 (29.93%) alleles; the DR3 / DR4 heterozygosity genotype (26.32%); the DR3-DQ2 haplotype (8,22%) and the HLA DRB1 * 03: 01-DQA1 * 05: 01-DQB1 * 02: 01 (DR3-DQ2) homozygote genotype (7.24%). We also found that when the Y chromosome was European, DRB1*03 and DRB1*04 homozygote and DRB1*03/DRB1*04 heterozygote genotypes were the most frequent. The findings suggested individuals from Maranhão have European origin as their largest component. The European patrilineal origin as evidenced by the higher frequency of the R1b haplogroup. The predominance of the HLA-DRB1* 03 and DRB1* 04 alleles conferring greater risk in our population and being more frequently related to the ancestry of the European Y chromosome, suggests that in our population the risk of T1D can be transmitted by European ancestors of our process miscegenation. However, the Y sample sizes of Africans and Native Americans were small and further research should be conducted with large mixed sample sizes to clarify this possible association. Este estudo teve como objetivo investigar a relação entre a ancestralidade genética inferida por marcadores autossômicos e do cromossomo Y e genótipos HLA em pacientes com diabetes tipo 1 (DM1) de uma população mista brasileira. Este estudo transversal foi realizado em um centro terciário de saúde do estado do Maranhão, Brasil. Nós recrutamos consecutivamente pacientes com DM1, tratados de outubro de 2016 a julho de 2018. Os indivíduos do grupo controle eram doadores de sangue. Pacientes e controles responderam a um questionário sobre a ancestralidade declarada de seus familiares e a uma pesquisa clínico-demográfica. Para inferência de ancestralidade autossômica, um painel de 46 marcadores informativos de ancestralidade de inserção / deleção (AIM – Indels) foi usado. As tipificações HLA-DRB1, -DQA1 e -DQB1 foram determinadas. A análise do cromossomo Y foi realizada usando 26 marcadores STR. A ancestralidade autossômica europeia foi o maior contribuinte em nossa população (cerca de 50% em ambos os grupos), seguida por uma porcentagem semelhante entre a ancestralidade africana e nativa americana (cerca de 25% cada). Observamos o predomínio do cromossomo Y europeu, sendo o haplogrupo R1b o mais frequente. Na análise do sistema HLA, os alelos DRB1 * 03 e DRB1 * 04 apresentaram odds ratio de risco para associação com DM1. As frequências mais altas foram dos alelos DRB1 * 04 (30,26%) e DRB1 * 03 (29,93%); o genótipo heterozigoto DR3 / DR4 (26,32%); o haplótipo DR3-DQ2 (8,22%) e o genótipo homozigoto HLA DRB1 * 03: 01-DQA1 * 05: 01-DQB1 * 02: 01 (DR3-DQ2) (7,24%). Também identificamos que quando o cromossomo Y era europeu, os genótipos DRB1 * 03 e DRB1 * 04 homozigotos e DRB1 * 03 / DRB1 * 04 heterozigoto eram os mais frequentes. Os resultados sugerem que indivíduos do Maranhão têm origem europeia como seu maior componente. A origem patrilinear europeia é evidenciada pela maior frequência do haplogrupo R1b. A predominância dos alelos HLA-DRB1 * 03 e DRB1 * 04, conferindo maior risco em nossa população e sendo mais frequentemente relacionados à ancestralidade do cromossomo Y europeu, sugere que em nossa população o risco de DM1 pode ter sido transmitido por ancestrais europeus no nosso processo de miscigenação. No entanto, os tamanhos de amostra Y de africanos e nativos americanos eram pequenos e mais pesquisas devem ser realizadas com grandes amostras de populações miscigenadas para esclarecer esta possível associação.

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Agradecemos a compreensão. on 2020-03-25T13:00:59Z (GMT) Submitted by MARÍLIA RODRIGUES SILVA PASSOS (marilia.passos@unesp.br) on 2020-03-25T21:36:37Z No. of bitstreams: 1 Defesa Mestrado Marília - Final - merged.pdf: 2264179 bytes, checksum: 22d7b3ca80a3f495473e5018424406e6 (MD5) Submitted by MARÍLIA RODRIGUES SILVA PASSOS (marilia.passos@unesp.br) on 2020-03-25T21:36:37Z No. of bitstreams: 1 Defesa Mestrado Marília - Final - merged.pdf: 2264179 bytes, checksum: 22d7b3ca80a3f495473e5018424406e6 (MD5) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1 : Ficha catalográfica No arquivo submetido a ficha catalográfica está desconfigurada. Favor verificar e corrigir. problema 2 : financiamento Capes Vi que você fez o agradecimento a CAPES. E a Capes sugere que o agradecimento seja feito da seguinte maneira: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 Se preferir alterar nos seus agradecimentos, aí está o modelo. Assim que tiver efetuado as correções submeta o arquivo, em formato PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2020-03-25T13:00:59Z (GMT) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1 : ficha catalográfica No arquivo submetido a ficha catalográfica está desconfigurada. Favor verificar e substituir. problema 2 : financiamento Capes Vi que você fez o agradecimento a CAPES. E a Capes sugere que o agradecimento seja feito da seguinte maneira: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 Se preferir alterar nos seus agradecimentos, aí está o modelo. Assim que tiver efetuado as correções submeta o arquivo, em formato PDF, novamente. 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No. of bitstreams: 1 passos_mrs_me_bot.pdf: 2205301 bytes, checksum: 2778f55efdfcf30012cc0d3665fef608 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Submitted by MARÍLIA RODRIGUES SILVA PASSOS (marilia.passos@unesp.br) on 2020-03-27T17:36:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação com Ficha Marilia - Final.pdf: 2205301 bytes, checksum: 2778f55efdfcf30012cc0d3665fef608 (MD5) Made available in DSpace on 2020-03-30T20:00:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 passos_mrs_me_bot.pdf: 2205301 bytes, checksum: 2778f55efdfcf30012cc0d3665fef608 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1 : ficha catalográfica No arquivo submetido a ficha catalográfica está desconfigurada. Favor verificar e substituir. problema 2 : financiamento Capes Vi que você fez o agradecimento a CAPES. 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O HLA-G e o HLA-A foram anteriormente descritos para frequência e variabilidade em pequenas amostras, além disso, a diversidade de HLA-F em populações mundiais é desconhecida. Aqui aplicamos um pipeline de bioinformática que otimiza o mapeamento de leituras curtas para genes HLA e permite a determinação de haplótipos confiáveis para pesquisar a diversidade genética do bloco alfa do MHC em 1323 brasileiros, juntamente da avaliação de três variantes estruturais, AluyHF, AluyHG e esv3608493, em uma amostra altamente miscigenada da maior cidade brasileira, São Paulo. O HLA-F é o mais conservado, com 82,65% dos cromossomos codificando a mesma proteína HLA-F e com apenas uma proteína adicional frequente. O gene HLA-A mostrou-se altamente polimórfico, com 96 sequências genômicas codificando 59 proteínas, incluindo as raras. Foi encontrado forte LD entre AluyHF e HLA-F, mas não com alelos específicos de HLA-F. Enquanto AluyHG foi encontrado em forte LD com um alelo específico de HLA-G, G*01:01:01:01/UTR-1, e esv3608493 foi associado apenas aos alelos HLA-A*23 e A*24. Também detectamos haplótipos frequentes em nossa amostra, especialmente a estreita relação entre os alelos HLA-G e HLA-A. Por esse motivo, a evidência de seleção balanceadora em ambos os genes pode não ser independente, pois a alta heterozigose em um locus aumentaria a heterozigose no outro. Esses dados reúnem um conjunto de informações valiosas sobre a variabilidade e estrutura de haplótipos estendidos na região do alfa-bloco do complexo HLA, que podem contribuir em estudos clínicos e evolutivos. Human MHC has about 224 genes, most of which are related in some way to the immune system. The alpha block of human MHC comprises important genes of the HLA complex, such as HLA-F, HLA-G, and HLA-A. HLA-F and HLA-G are non-classical HLA genes that have low variability, restricted expression in tissues and have an immunomodulatory function, while HLA-A is a highly polymorphic gene and important for the presentation of antigens. This segment also has some structural variants, such as Alu elements and CNVs. HLA-G and HLA-A have previously been described for frequency and variability in small samples, also, the diversity of HLA-F in populations worldwide is unknown. Here we apply a bioinformatics pipeline that optimizes the mapping of short readings for HLA genes and allows the determination of reliable haplotypes to research the genetic diversity of the MHC alpha block in 1323 Brazilians, together with the evaluation of three structural variants, AluyHF, AluyHG, and nsv823470, in a highly mixed sample from the largest Brazilian city, São Paulo. HLA-F is the most conserved, with 82.65% of chromosomes encoding the same HLA-F protein and with only one additional frequent protein. The HLA-A gene was shown to be highly polymorphic, with 96 genomic sequences encoding 59 proteins, including rare ones. Strong LD was found between AluyHF and HLA-F, but not with specific HLA-F alleles. While AluyHG was found in strong LD with a specific HLA-G allele, G*01:01:01:01/UTR-1 and nsv823470 were associated only with the HLA-A*23 and A*24 alleles. We also detected frequent haplotypes in our sample, especially the close relationship between the HLA-G and HLA-A alleles. For this reason, the evidence of balanced selection in both genes may not be independent, since high heterozygosity in one locus would increase heterozygosity in the other. These data bring together a set of valuable information about the variability and structure of extended haplotypes in the alpha-block region of the HLA complex, which can contribute to clinical and evolutionary studies. CAPES:001

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Assim, o objetivo do estudo foi verificar as associações entre polimorfismos HLA-DRB1 e MR em pacientes com hepatite C crônica, buscando distinguir entre MR relacionada ao DDTC e MR relacionada ao VHC. Para tanto, participaram do estudo 152 indivíduos de ambos os sexos, com idade entre 18 e 80 anos e acometidos por hepatite C crônica. Foram incluídos apenas casos de RNA-VHC detectáveis, com identificação do genótipo do VHC, nenhum tratamento prévio para hepatite C (pacientes ingênuos) e estágio conhecido de fibrose ou diagnóstico clínico de cirrose por imagem. Foram excluídos os voluntários com coinfecção por VHB/HIV, insuficiência renal crônica, transplante de fígado ou rim, doenças hepáticas e outras doenças difusas do tecido conjuntivo, incluindo artrite reumatóide. Os pacientes foram submetidos a exame físico reumatológico e foi realizada tipagem de HLA classe II (HLA-DRB1) por PCR-SSO (“Oligonucleotídeos Específicos da Sequência de Reação em Cadeia da Polimerase”). Foi observado um número significativo de pacientes com queixas reumatológicas (73%) não atribuídas a outras causas. Não há associação de suscetibilidade entre alelos HLA-DRB1 e MR. O alelo DRB1 *08 parece conferir proteção contra MR na hepatite C crônica e o alelo *15 pode ter um efeito protetor contra danos no fígado. Hepatitis C has been associated with rheumatologic manifestations (HCV-related RM). Clinically, HCV-related RM may be indistinguishable from the symptoms that occur in diffuse connective tissue diseases (DCTD-related RM), making the differential diagnosis a difficult. Host genetic factors, such as the Human leukocyte antigens polymorphisms (HLA) were associated with HCV infection, however, there are no studies that discriminate HCV-related RM and DCTD-related RM. The study focused on verifying associations between HLA-DRB1 polymorphisms and RM in patients with chronic hepatitis C, seeking to distinguish between DCTD-related RM and HCV-related RM. The participants were 152 individuals of both genders, aged between 18 and 80 years and affected by chronic hepatitis C. We only included detectable HCV-RNA cases, with identification of HCV genotype, no previous hepatitis C treatment (naïve patients) and known fibrosis stage or clinical diagnosis of cirrhosis by image. Volunteers with HBV/HIV co-infection, chronic renal insufficiency, liver or renal transplantation, liver diseases and other diffuse connective tissue diseases, including rheumatoid arthritis, were excluded. The patients underwent rheumatologic physical examination and HLA-class II (HLA-DRB1) typing was performed by PCR-SSO (“Polymerase Chain Reaction-sequence Specific Oligonucleotides). A significant number of patients with rheumatologic complaints (73%) not attributed to other causes was observed. There is not susceptibility association between HLA-DRB1 aleles and RM. DRB1*08 allele seems to confer protection against RM in chronic hepatitis C and *15 allele may have a protective effect against liver damage. FAPESP: 2011/22049-6

Submitted by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2021-05-28T19:27:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Cledia_Silveira_Flores_da_Silva.pdf: 1324207 bytes, checksum: e40def0da51c1ee1a5e1e23077a5b6f2 (MD5) Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2021-05-29T00:55:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Cledia_Silveira_Flores_da_Silva.pdf: 1324207 bytes, checksum: e40def0da51c1ee1a5e1e23077a5b6f2 (MD5) Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2021-05-29T00:56:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Cledia_Silveira_Flores_da_Silva.pdf: 1324207 bytes, checksum: e40def0da51c1ee1a5e1e23077a5b6f2 (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-29T00:56:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_Cledia_Silveira_Flores_da_Silva.pdf: 1324207 bytes, checksum: e40def0da51c1ee1a5e1e23077a5b6f2 (MD5) Previous issue date: 2019-09-06 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES A doença celíaca (DC) é uma enteropatia imunológica caracterizada por histopatologia intestinal típica com atrofia das vilosidades e hiperplasia de cripta da mucosa do intestino delgado, ocasionada pela ingestão de gliadinas de trigo em indivíduos geneticamente predispostos. A etiologia da DC é composta por fatores ambientais e genéticos. Em relação aos fatores genéticos, o Human leukocyte antigen (HLA), confere 40% da variância genética. Esta susceptibilidade está associada ao sistema HLA, principalmente com os alelos DQA1*05 e DQB1*02, que codificam a molécula DQ2 e os alelos DQB1*0302 e DRB1*04, que codificam a cadeia beta da molécula DQ8. O teste HLA-DQ tem relevância diagnóstica por causa do alto valor preditivo negativo em grupos com risco de DC, incluindo parentes de primeiro grau e indivíduos com diabetes mellitus tipo 1, doenças autoimunes da tireoide, síndrome de Down, síndrome de Turner, síndrome de Williams ou dermatite herpetiforme. O European Society of Paediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition (ESPGHAN) propôs recentemente novos critérios para o diagnóstico de DC. Entre esses, o rastreio para a presença de HLADQ2.5 e HLADQ8 em pacientes com risco de DC, sendo este um método simples, menos invasivo e confiável. Dessa forma, o presente estudo teve como objetivo avaliar a prevalência dos alelos HLA em portadores de doenças autoimunes da tireoide que frequentam os Ambulatórios de Nutrição e Endocrinologia da Universidade Federal de Pelotas. Depois de realizado os esclarecimentos e assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, os indivíduos responderam a um questionário sociodemográfico e questões sobre sua saúde. Posteriormente, o DNA genômico foi extraído das células da mucosa bucal. Para a genotipagem dos alelos DQA1*0501, DQB1*0201 e DRB1*04, foram utilizadas reações em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores nucleotídicos específicos. Participaram deste estudo 110 portadores de DAT. Observou-se que 66,4% dos indivíduos carregavam pelo menos um dos alelos estudados e que 58,2% dos indivíduos eram positivos para pelo menos um dos alelos HLA-DQ2 (DQA1*0501 e DQB1*0201). Com relação ao HLA-DQ8 (DRB1*04), 21,82% da população estudada eram positivos para esse alelo e 3,6% eram positivos tanto para o HLA-DQ2 (DQA1*0501 e DQB1*0201) quanto para o HLA-DQ8 (DRB1*04). O rastreamento genético nessa população de risco é importante, pois o diagnóstico precoce evita morbidades e melhora a qualidade de vida. Celiac disease (CD) is an immunological enteropathy characterized by typical intestinal histopathology with villous atrophy and small bowel mucosa crypt hyperplasia caused by ingestion of wheat gliadin in genetically predisposed individuals. The etiology of CD is composed of environmental and genetic factors. Regarding genetic factors, Human leukocyte antigen (HLA), gives 40% of the genetic variance. This susceptibility is associated with the HLA system, mainly with the DQA1 *05 and DQB1*02 alleles, which encode the DQ2 molecule and the DQB1*0302 and DRB1*04 alleles, which encoding the beta chain of the DQ8 molecule. The HLA-DQ test has diagnostic relevance because of the high negative predictive value in groups at risk for CD, including first-degree relatives and individuals with type 1 diabetes mellitus, autoimmune thyroid disease, Down syndrome, Turner syndrome, Williams or dermatitis herpetiformis. The European Society of Pediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition (ESPGHAN) recently proposed new criteria for the diagnosis of CD. Among these, screening for HLA-DQ2.5 and HLA-DQ8 in patients at risk for CD is a simple, less invasive and reliable method. Thus, the present study aimed to evaluate the prevalence of HLA alleles in patients with autoimmune thyroid disease attending the Nutrition and Endocrinology Outpatient Clinics of the Federal University of Pelotas. After the clarification and signing of the Informed Consent Form, the individuals answered a sociodemographic questionnaire and questions about their health. Subsequently, genomic DNA was extracted from buccal mucosa cells. For genotyping the DQA1*0501, DQB1*0201 and DRB1*04 alleles, polymerase chain reactions (PCR) with specific nucleotide primers were used. A total of 110 patients with DAT participated in this study. 66.4% of the individuals carried at least one of the studied alleles and 58.2% of the individuals were positive for at least one of the HLA-DQ2 alleles (DQA1*0501 and DQB1*0201). Regarding HLA-DQ8 (DRB1*04), 21.82% of the population studied were positive for this allele and 3.6% were positive for both HLA-DQ2 (DQA1*0501 and DQB1*0201) and HLA-DQ8 (DRB1*04). Genetic screening in this at-risk population is important because early diagnosis avoids morbidity and improves quality of life.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T17:53:46Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Marcio Silva.pdf: 4707996 bytes, checksum: 604aadcd27f98310e6ac8eb37625bd36 (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-05T17:53:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Marcio Silva.pdf: 4707996 bytes, checksum: 604aadcd27f98310e6ac8eb37625bd36 (MD5) Previous issue date: 2019-03-14 Technology s development has brought major changes in all sectors of society. As for the medical field, evolution over the last 100 years has made man rethink the limits of his own body. In this period humanity moved from the discovery of blood groups, to the execution of robotic surgeries, passing through important milestones such as the discovery of most diverse vaccines, for example. A major highlight was the success achieved in organ and tissue transplants. There were many failures, but in the trajectory to the first successful transplant, key discoveries were made: (i) ho to determine genetic compatibility between donor and organ recipient and (ii) the importance of the immune system in this process. Transplant rejection occurs in cases where the imune system identifies the transplanted organ as a foreign body. Studies have shown that all species have a genetic grouping of the DNA responsible for the immune system. In humans, this grouping is called HLA and it has also been observed that a favorable compatibility between donor / recipient of this grouping considerably reduces the chance of rejection. Laboratory tests were developed to identify this grouping and one of them is HLA typing. These evaluations need to be performed by specialized laboratories and in this context the Laboratory of Histocompatibility and Cryopreservation of the University of the State of Rio de Janeiro (HLA-UERJ) has a prominent position in the sector. The process as a whole is complex and extensive, involving diverse teams and sectors of the laboratory, with an intense exchange of information. Data processing is extremely important and requires strict control to ensure the traceability and reliability of results. Automation of parts of the laboratory process is very common these days and integration of the whole process is usually done by laboratory software. HLA-UERJ does not have such a system, and exchange of information is done manually by forms or through small computational solutions developed locally. This work presents a detailed study of the process and an implementation of a control system, customizable, open source for the laboratory with the main objectives of minimizing operational risks and providing greater capacity for analysis and traceability of the generated data. O avanço tecnológico trouxe grandes mudanças em todos os setores da sociedade. No tocante a área médica, a evolução nos últimos 100 anos fez com que o homem repensasse os limites do seu próprio corpo. Nesse período passamos da descoberta de grupos sanguíneos a realização de cirurgias robóticas passando por importantes marcos como a descoberta das mais diversas vacinas, por exemplo. Um grande destaque foram os sucessos obtidos nos transplantes de órgãos e tecidos. Foram muitos os fracassos porém na trajetória até o primeiro transplante bem sucedido, descobriu-se o processo de compatibilidade entre o doador e o receptor de órgãos e o importante papel exercido pelo sistema imunológico. O processo de rejeição ocorre em casos onde esse sistema identifica o transplante como um corpo estranho. Estudos mostraram que todas as espécies possuem um grupamento gênico do DNA responsável pelo sistema imune. Nos humanos esse grupamento é denominado HLA e também percebeu-se que uma compatibilidade favorável entre doador/receptor desse grupamento diminuem consideravelmente a chance de rejeição. Testes laboratoriais foram desenvolvidos para identificar esse grupamento e um deles é a tipificação HLA. Essa avaliação precisa ser realizada por laboratórios especializados e nesse contexto o Laboratório de Histocompatibilidade e Criopreservação da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (HLA-UERJ) tem posição de destaque no setor. O processo como um todo é complexo e extenso, envolvendo diversas equipes e setores do laboratório, com uma intensa troca de informações. Os dados tratados são extremamente importantes, o que demanda um rígido controle para garantir a rastreabilidade e confiabilidade dos resultados. A automação de partes do processo laboratorial é bem comum nos dias de hoje e a integração de todo processo normalmente é feita por softwares de gestão laboratorial. O HLA-UERJ não conta com tal sistema, e a troca de informações é realizada de forma manual por formulários ou através de pequenas soluções computacionais desenvolvidas localmente. O presente trabalho apresenta um estudo detalhado do processo e uma implementação de um sistema de controle, customizável, open source para o laboratório com os objetivos principais de minimizar os riscos operacionais e prover uma maior capacidade de análise e rastreabilidade dos dados gerados.

Submitted by Emiliana Weiss (emiliana.weiss@unesp.br) on 2019-05-20T12:00:02Z No. of bitstreams: 1 weiss_dissertation_emiliana.docx: 2239490 bytes, checksum: 2f327eaa030300f3ab2656bd832d89e3 (MD5) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: arquivo em word O arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em Word. Sugiro que você revise o seu agradecimento à FAPESP. Eles costumam ser bem exigentes nessa questão. Veja se não tem um modelo de agradecimento específico no seu programa de pós. Assim que tiver efetuado a correção submeta o arquivo, em formato PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2019-05-21T12:00:41Z (GMT) Submitted by Emiliana Weiss (emiliana.weiss@unesp.br) on 2019-05-21T12:19:09Z No. of bitstreams: 2 weiss_dissertation_emiliana.docx: 2239490 bytes, checksum: 2f327eaa030300f3ab2656bd832d89e3 (MD5) weiss_dissertation_emiliana_FAPESP-mesclado.pdf: 4389802 bytes, checksum: 41893ce0cb71ed332866c94750dbbceb (MD5) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: Ficha catalográfica No arquivo submetido não consta a ficha catalográfica, item obrigatório para submissão. A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. No arquivo em Word constava essa ficha, provavelmente você usou arquivo diferente para colocar em pdf. Assim que tiver efetuado a correção submeta o arquivo, em formato PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2019-05-21T16:52:23Z (GMT) Submitted by Emiliana Weiss (emiliana.weiss@unesp.br) on 2019-05-21T17:09:07Z No. of bitstreams: 4 weiss_dissertation_emiliana.docx: 2239490 bytes, checksum: 2f327eaa030300f3ab2656bd832d89e3 (MD5) weiss_dissertation_emiliana_FAPESP-mesclado.pdf: 4389802 bytes, checksum: 41893ce0cb71ed332866c94750dbbceb (MD5) weiss_dissertation_emiliana-FAPESP.pdf: 4464873 bytes, checksum: 0ef35fd096c5804e401d0f886e7c88b9 (MD5) weiss_dissertation_emiliana-FAPESP.pdf: 4464873 bytes, checksum: 0ef35fd096c5804e401d0f886e7c88b9 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2019-05-23T13:44:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 weiss_e_me_bot_par.pdf: 1159847 bytes, checksum: 10a5af189bcb25473c7bb03ac8933535 (MD5) Made available in DSpace on 2019-05-23T13:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 weiss_e_me_bot_par.pdf: 1159847 bytes, checksum: 10a5af189bcb25473c7bb03ac8933535 (MD5) Previous issue date: 2019-03-11 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O gene KIR2DL4 codifica um importante receptor de células Natural Killer (NK). O único ligante de KIR2DL4 conhecido é a molécula HLA-G, expressa principalmente na placenta, modulando a ação das células NK durante a gestação. O gene KIR2DL4 parece ser bastante variável, quando considerado os bancos de dados que armazenam suas sequências conhecidas, porém não está claro o nível de diversidade deste gene em populações reais e heterogêneas. Polimorfismos presentes no gene KIR2DL4 poderiam influenciar a interação entre KIR2DL4 e HLA-G, modificando a ação das células NK. Neste estudo exploramos a variabilidade genética de KIR2DL4 em 157 indivíduos oriundos do Estado de São Paulo/Brasil. Devido à alta similaridade de sequências entre os genes KIR, erros de genotipagem são esperados quando se utiliza sequenciamento de segunda geração. Por este motivo, desenvolvemos uma abordagem para classificar cada leitura com base em sequências KIR conhecidas, endereçando-as ao gene mais provável. Também utilizamos o painel SNPforID 34-plex para avaliar a ancestralidade dessas amostras. Considerando o segmento completo desse gene, indo da região 5’URR até a 3’UTR, com aproximadamente 13kb, o gene KIR2DL4 se mostrou pouco polimórfico, com 152 pontos de variações identificados (MAF 1%). Esses pontos de variação estão organizados em 32 haplótipos estendidos que codificam 13 proteínas diferentes. Foram encontrados 11 haplótipos na região promotora, sendo que 8 possuem MAF maior que 1%. Na região codificadora 70 haplótipos foram encontrados, sendo que quatro deles correspondem a 50% das sequencias codificas (KIR2DL4*0080204, *008105, *001, *005). Na região 3’UTR, 14 haplótipos foram identificados, todos com MAF maior que 1%. A diversidade nucleotídica foi maior na região codificadora. Através do uso de AIM, percebeu-se que a variabilidade de KIR2DL4 é influenciada pela ancestralidade. Foi também observado um forte equilíbrio de ligação ao longo do gene, similar ao seu ligante HLA-G. Assim, o KIR2DL4 é bastante conservado tanto no nível de DNA quanto no de proteína. KIR2DL4 is the most unusual Killer Cell Immunoglobulin-Like receptor (KIR) family member in terms of structure, expression, and signaling properties. The only known KIR2DL4 ligand is HLA-G, and polymorphisms might disrupt this interaction. KIR2DL4 variability is not well explored in admixed populations. Here we explored KIR2DL4 exon variability in 157 individuals from the State of São Paulo/Brazil. Because of sequence similarity with other KIR genes, it is expected genotyping errors when using secondgeneration sequencing. We developed an approach to score each read based on known KIR sequences, addressing them to the most likely locus. We evaluated the SNPforID 34-plex panel to assess ancestry. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population, such as Brazilian, counting with 157 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 13-kb, KIR2DL4 gene was conserved with few different and frequent sequences. Overall, 152 variable sites were detected, arranged in 32 haplotypes codifying 13 protein. We found 11 promoter haplotypes, 8 with a frequency greater than 1%. In the coding region we detected 70 haplotypes, four of which correspond to 50% of the coding sequences (KIR2DL4 * 0080204, * 008105, * 001, * 005). In the 3'UTR region, 14 haplotypes were identified with MAF greater than 1%. The KIR2DL4 coding region was the most variable segment. We observed that KIR2DL4 variability is strongly influenced by the sample ancestry background. KIR2DL4 is highly conserved at both the DNA and protein levels. 2017/05042-4

Submitted by Gislaine Aparecida Querino (gislainequerino@hotmail.com) on 2018-09-28T01:32:53Z No. of bitstreams: 1 Querino,GA.pdf: 869186 bytes, checksum: 86a067f5db0e67b546c8ad7691a3d530 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-09-28T12:55:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 querino_ga_dr_bot.pdf: 869186 bytes, checksum: 86a067f5db0e67b546c8ad7691a3d530 (MD5) Made available in DSpace on 2018-09-28T12:55:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 querino_ga_dr_bot.pdf: 869186 bytes, checksum: 86a067f5db0e67b546c8ad7691a3d530 (MD5) Previous issue date: 2018-07-25 A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae que pode se manifestar sob diferentes formas clínicas a depender da resposta imune celular do hospedeiro. Vários marcadores genéticos têm sido definidos e, devido à participação dos alelos HLA na resposta imune, estes têm sido amplamente estudados na hanseníase. O HLA-DP constitui uma das moléculas clássicas de classe II, com poucos estudos em hanseníase. O objetivo deste trabalho foi conduzir um estudo de associação genética de base populacional em hanseníase para os genes HLA-DPA1 e HLA-DPB1 com duas amostras caso-controle: a primeira de Rondonópolis-MT, uma região hiperendêmica para hanseníase, e a segunda do Estado de São Paulo, uma região com índices epidemiológicos controlados. Foram realizados estudos com 9 tag SNPs na região dos genes HLA-DPA1 e HLA-DPB1 na população de Rondonópolis–MT (411 casos e 357 controles). O SNP rs9277341 que apresentou dados de associação com significância estatística após a correção de Bonferroni foi então testado na população de São Paulo (570 casos e 380 controles). Para avaliar o efeito funcional deste marcador foi determinada estudoa produção das citocinas IL-10 e TNF após estímulo com antígeno sonicado de M. leprae em 21 controles saudáveis. Na população de Rondonópolis-MT foi realizada a tipificação dos alelos HLA-DPA1* e HLA-DPB1* através da técnica de PCR-SSO empregando-se o kit Labtype-SSO (One Lambda, CA, USA). Os resultados de genotipagem mostraram associação com hanseníase per se para o marcador rs9377341 do gene HLA-DPA1 e dois marcadores do gene HLA-DPB1 (rs1431402 e rs9277469). Associações de proteção para a forma multibacilar da hanseníase foram encontradas para os marcadores rs9277341 e rs2301220 do gene HLA-DPA1 e para o marcador rs31350221 do gene HLA-DPB1. O SNP rs9277341, com dados significativos após a correção de Bonferroni e testado na população do Estado de São Paulo, não apresentou associação com hanseníase. A avaliação funcional mostrou que os carreadores do alelo G do rs9277341 apresentaram níveis maiores de IL-10 e TNF. Na tipificação dos alelos HLA, o alelo HLA-DPB1*03 foi associado à hanseníase per se e o genótipo HLA-DPB1*02/03 foi associado à hanseníase per se e à proteção para a forma MB. Esses dados sugerem a participação dos genes HLA-DPA1 e HLA-DPB1 nos desfechos da hanseníase. Leprosy, a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae, displays different clinical manifestations depending on the immune response of the host. Several genetic markers have been defined and due to the involvement of the HLA alleles in the immune response they were extensively studied in leprosy. However, HLA-DP is a classical class II molecule with few studies on leprosy. The objective of this study was to conduct a population-based genetic association study in leprosy for the HLA-DPA1 and HLA-DPB1 genes with two case-control samples: the first from Rondonópolis - Mato Grosso (MT), a hyperendemic region in leprosy and the second from the state of São Paulo, a region with controlled epidemiological indices. Studies were carried out with 9 Tag Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in HLA-DPA and HLA-DPB genes in the population from Rondonópolis – MT (411 cases and 357 controls). The SNP rs9277341 who presented association data with statist significance after the Bonferroni correction was tested in the São Paulo population (570 cases and 380 controls). To evaluate the functional effect of this marker was carried a study of the production of IL-10 and TNF cytokines after stimulation with the sonicated antigen of M. leprae in 21 healthy controls. In the Rondonópolis populations was performed the HLA-DPA1* and HLA-DPB1* allele typing by Sequence-Specific Oligonucleotide – Polymerase Chain Reaction (SSO- PCR) using the Labtype-SSO kit (One Lambda, CA, USA). The genotyping results showed association with leprosy per se for the SNP rs9277341 in the HLA-DPA1 gene and two markers in the HLA-DPB1 gene (rs1431402 and rs9277469).The protections associations for the multibacilar form the leprosy was found for the markers rs9277341 and rs2301220 in the HLA-DPA1 gene and the marker rs 31350221 in the HLA-DPB1 gene. The rs9277341 with significatif datas after the Bonferroni correction and tested in the São Paulo state showed no association with leprosy. The functional study showed significantly increased IL-10 and TNF levels in G carriers. HLA typing analysis the HLA-DPB1*03 allele was associated with leprosy per se and the HLA-DPB1*02/03 genotype was associated with leprosy per se and the protection with MB form. These data suggest an association of HLA-DPA1 and HLA-DPB1 genes with leprosy.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T18:08:27Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Maria_Izabel_N_H_Barbosa.pdf: 6339886 bytes, checksum: 97f1ce464596d604f2f79f2055e0f90f (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-05T18:08:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Maria_Izabel_N_H_Barbosa.pdf: 6339886 bytes, checksum: 97f1ce464596d604f2f79f2055e0f90f (MD5) Previous issue date: 2017-09-01 Systemic lupus erythematosus (SLE) is a severe autoimmune disease that involves multiple organ systems. Lupus nephritis (LN) is a complication of SLE and is associated with poor survival and high morbidity. Many genomic studies have been performed worldwide, and several histocompatibility leukocyte antigen (HLA) loci are linked to lupus susceptibility. The present study evaluated the association of HLA alleles in a lupus patient population, LN group and control group. The second objective evaluated whether HLA allele match or mismatch influenced kidney graft survival in a kidney transplanted lupus population. This study was a retrospective study of 2 major groups: general lupus patients (GSLE - n=108) and a control group (GControl - n=216). Both groups were also divided into subgroups. The control group was divided into two subgroups: a healthy control group (HeCTRL) and transplant control group (TxCTRL). The GSLE group was composed of transplanted lupus patients (TxSLE) and non-transplanted lupus patients (nTxSLE). Comparison of the demographics between groups did not reveal differences between ethnicity and gender. A difference in the prevalence of three alleles, B*08, DRB1*08 and DRB1*15, was observed. These alleles were more prevalent in the lupus subgroups compared to the control groups. Five-year survival was not different between patients carrying the allele DRB1*15 in either group (overall p=0.075; TxSLE p=0.419; TxCTRL=0.309). The presence of the match with this allele in the receptor was evaluated and did not demonstrate any difference in graft survival in both groups (p=0.146) or when analyzed separately in each group (TxCTRL p=0.739; TxSLE= 0.297). This study demonstrated that the presence of HLA-DRB1*15 was a strong factor that predisposed patients to the development of SLE and LN, but did not influence kidney graft survival. O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença auto-imune grave que envolve múltiplos órgãos. A nefrite lúpica (LN) é uma complicação do LES e está associada a uma alta morbidade. Muitos estudos genômicos foram realizados em todo o mundo, e vários locos de histocompatibilidade de antígenos leucocitários(HLA) estão ligados à susceptibilidade ao lúpus. O presente estudo avaliou a associação de alelos HLA em uma população de pacientes lúpus, pacientes com nefrite lúpica e um grupo controle. O segundo objetivo avaliou se a presença do alelo HLA ou a incompatibilidade influenciaram a sobrevida do enxerto renal em uma população de lupus transplantados renais. Este estudo foi um estudo retrospectivo de 2 grupos principais: pacientes com lúpus geral (GeLupus n = 108) e grupo controle total ( CTRLT n = 216). Ambos os grupos também foram divididos em subgrupos. O grupo CTRLT foi dividido em dois subgrupos: um grupo de controle saudável (CTRLS) e grupo controle transplantado (TxCTRL). O grupo GeLupus foi composto de pacientes com lúpus transplantado (TxLupus) e pacientes com lúpus sem transplante (LuSTx). A comparação da demografia entre os grupos não revelou diferenças entre etnia e gênero. Foi observada uma diferença na prevalência de três alelos, B*08, DRB1*08 e DRB1*15. Estes alelos foram mais prevalentes nos subgrupos de lúpus em comparação com os grupos de controle. A sobrevida de cinco anos não foi diferente entre pacientes portadores do alelo DRB1*15 em nenhum grupo (p = 0,075; TxLupus p = 0,419; TxCTRL = 0,309). A presença da compatibilidade com este alelo no receptor foi avaliada e também não demonstrou diferença na sobrevida do enxerto em ambos os grupos (p = 0,144) ou quando analisada separadamente em cada grupo (TxCTRL p = 0,739; TxLupus = 0,297). Este estudo demonstrou que a presença de HLA-DRB1* 5 foi um fator forte que predispôs pacientes ao desenvolvimento de LES e Nefrite lúpica, mas não influenciou a sobrevida do enxerto renal.

Systems using Unmanned Aerial Vehicles (UAV) are typical examples of cyber-physical systems. Designing such systems is not a trivial task because it brings the challenge of dealing with the uncertainty that is inherent to this type of system. Therefore, it is important the usage of appropriate tools for design that can ensure implementation of these systems with a certain level of confiability. Thus, the purpose of this work is to integrate two simulators via HLA in order to simulate and evaluate different flights strategies. For this, it is presented a simulation environment that can execute flight plans in order to evaluate different strategies in uncertain scenarios. The simulator was developed in Ptolemy and integrated with SITL/ArduPilot via HLA. The results show that with the use of the approach presented in this paper it is possible to obtain results closer to reality, thus more efficient flight strategies can be developed and evaluate. Sistemas que utilizam Veículos Aéreos Não-Tripulados (VANT) são exemplos típicos de sistemas ciber-físicos. Projetar tais sistemas não é uma tarefa trivial porque traz consigo o desafio de lidar com a incerteza, que é algo inerente a este tipo de sistema. Por isso, é importante que o projeto seja feito com ferramentas apropriadas que possam viabilizar a execução desses sistemas com um certo nível de confiança para seus usuários. Deste modo, a proposta deste trabalho é unir dois simuladores, através do HLA, com o objetivo de simular e avaliar estratégias de voos mais próximas do ambiente de voo real. Para isso, foi construído um simulador onde é possível realizar diversos planos de voo com a finalidade de analisar diferentes estratégias em um ambiente provido de incertezas. O simulador foi desenvolvido na ferramenta Ptolemy e integrado, através do HLA, com o simulador SITL/ArduPilot. Os resultados mostram que com a utilização da abordagem defendida neste trabalho é possível obter resultados mais próximos da realidade, assim estratégias mais eficientes de voo podem ser desenvolvidas e avaliadas.

The autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is a disease of genetic origin. The progressive increase of the kidneys occurs by the formation of cysts and that affects the functionality of the renal parenchyma. The formation of cysts can occur in other regions, such as liver, pancreas, seminal vesicle. Some complications are associated with kidney volume as hypertension, macroscopic hematuria, nephrolithiasis, increased cysts and pain. Several studies have shown the influence of HLA in the development and / or protection against some diseases. The aim of this study was to investigate the associations between HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DQ and HLA-DR genes with ADPKD. The research included 68 patients with ADPKD and 375 patients without clinical diagnosis of the disease on dialysis, matched for age, gender and age, using the PCR-SSO method (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide) of LABType® One Lambda kit, CA, USA, coupled with the Luminex technology. Association was found in the genes: HLA-A*26 (OR = 2.09), HLA-B*07 (OR = 2.08), HLA-B*38 (OR = 2.34) and HLA-B*55 (OR = 3.76) and haplotype HLA-A*26-HLA-C*07 (OR = 3.41). The results suggest susceptibility to the presence ADPKD certain HLA alleles. A doença renal policística autossômica dominante (DRPAD) é uma patologia de origem genética. O aumento progressivo do volume dos rins pela formação de cistos, afetando a funcionalidade do parênquima renal. A formação de cistos pode ocorrer em outras regiões, tais como o fígado, pâncreas e vesícula seminal. Algumas complicações são associadas ao volume renal como a hipertensão, hematúria macroscópica, litíase renal, aumentos dos cistos e dor. Vários estudos demonstraram a influência do HLA no desenvolvimento e/ou proteção a algumas doenças. O objetivo deste estudo foi verificar a existência de associações entre genes HLA-A, HLA -B, HLA-C, HLA-DQ e HLA-DR com a DRPAD. A pesquisa incluiu 68 pacientes com DRPAD e 375 pacientes sem diagnóstico clínico da doença, em tratamento dialítico, pareados por idade, sexo e faixa etária, utilizando o método PCR-SSO (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide) do kit LABType® One Lambda, CA, USA, aliado à tecnologia Luminex. Foi verificada associação nos genes: HLA-A*26 (OR=2,09), HLA-B*07 (OR=2,08), HLA-B*38 (OR=2,34) e HLA-B*55 (OR=3,76) e nos haplótipos HLA-A*26-HLA-C*07(OR=3,41) com o desenvolvimento da DRPAD. Os resultados sugerem suscetibilidade à DRPAD com a presença dos alelos HLA-A*26, HLA-B*07, HLA-B*38, HLA-B*55 e o haplótipo HLA-A*26-HLA-C*07. 49 f

Sensitization to dust mites affects between 15 to 20% of the population in industrialized countries and is influenced by several genetic and environmental factors. Allergic reactions are triggered by allergens in certain pre-sensitized individuals who have specific IgE antibodies on the surface of the mast cells, causing the release of vasoactive substances. Immune response genes are one of the candidates responsible for the susceptibility of atopic diseases. The interactions of the KIR (killer cell immunoglobulin-like receptors) isotypes, present in NK (natural killer) cells, with certain HLA (human leukocyte antigen) class I molecules are known to maintain homeostasis. HLA molecules are responsible for the presentation of peptides to the T lymphocytes and the KIR receptors controls the activation/inhibition of NK cells, functions that could explain the associations observed with certain allergies. Conduct a genetic association study, to investigate markers of immune response in Class I (-A, -B, and -C) and Class II (-DRB1) HLA genes, and KIR genes in mite-sensitive individuals (D. farinae, D. pteronyssinus, or Blomia tropicalis) and controls. A total of 396 participants were classified as mite-sensitive and mite-insensitive individuals, after the immediate-type hypersensitivity skin test - Prick Test . Genotyping of HLA (human leukocyte antigen) genes and the presence/absence of KIR genes were performed by PCR-SSO (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotides). After the heterogeneity test, the HLA-DRB1 locus presented a significant difference between the frequencies of the sensitive and non-sensitive individuals for the DRB1*04:11 allele (1.2% vs. 4.4%, P = 0.0042, OR = 0.26 and 95% IC = 0.09-0.70). For KIR receptors and their respective ligands, no significant difference was observed. Our results suggest a possible association between HLA-DRB1 genes and dust mite sensitization. A sensibilização aos ácaros afeta entre 15 a 20% da população dos países industrializados e ocorre por influência de diversos fatores genéticos e ambientais. Reações alérgicas são desencadeadas por alérgenos em certos indivíduos pré sensibilizados que possuem anticorpos IgE específicos sobre a superfície dos mastócitos, provocando a liberação de substâncias vasoativas. Genes de resposta imune são um dos candidatos responsáveis à suscetibilidade das atopias. As interações dos isótipos KIR (killer cell immunoglobulin-like receptors), presentes nas células NK (natural killer), com certas moléculas HLA (human leukocyte antigen) de classe I, são conhecidas por manter a homeostasia. As moléculas HLA são responsáveis pela apresentação dos peptídeos aos linfócitos T e os receptores KIR pela ativação/inibição das células NK, funções que poderiam explicar as associações observadas com certas alergias. Realizar um estudo de associação genética, para investigar marcadores de resposta imune em genes HLA de Classe I (-A, -B, and C), de Classe II (-DRB1) e genes KIR em indivíduos sensíveis a ácaros (Dermatophagoides farinae, Dermatophagoides pteronyssinus, ou Blomia tropicalis) e controles. O total de 396 participantes foi classificado em sensíveis e não sensíveis a ácaros, após a realização do teste cutâneo de hipersensibilidade imediata Prick Test . A genotipagem dos genes HLA e a verificação da presença/ausência dos genes KIR foram realizadas pelo método PCR-SSO (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotides). Após o teste de heterogeneidade, o loco HLA-DRB1 apresentou diferença significativa entre as frequências dos indivíduos sensíveis e não sensíveis para o alelo DRB1*04:11 (1,2% vs. 4,4%, P = 0,0042, OR = 0,26 e IC95% = 0,09 - 0,70). Para os receptores KIR e seus respectivos ligantes, nenhuma diferença significativa foi observada. Nossos resultados sugerem uma possível associação entre os genes HLA-DRB1 à sensibilização aos ácaros. 111 f

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T18:14:03Z No. of bitstreams: 1 Aline Brazao Gabrielli Dissertacao completa.pdf: 3330237 bytes, checksum: f72b1c4a320d9997291aee099e3136f3 (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-05T18:14:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Brazao Gabrielli Dissertacao completa.pdf: 3330237 bytes, checksum: f72b1c4a320d9997291aee099e3136f3 (MD5) Previous issue date: 2015-08-26 It is undeniable the influence of human leukocyte antigen class II DR-DQ in the outbreak of type 1 diabetes mellitus. However, the frequency of alleles and haplotypes associated with the disease and their respective effect is diversified among different ethnic groups and geographic regions. Studies in admixed or not Caucasian populations are scarce and face inadequate population stratification, generating spurious associations. In view of this, this study aimed to investigate the genetic ancestry from the distribution of HLA-DRB1, -DQA1 -DQB1 and within ethnic groups observed in the Brazilian population. The genetic ancestry of 972 DM1 patients from different regions of the country was estimated using 46 informative markers of ancestry (AIMs), of whom 479 had the HLA class II loci typed. With the inference of ancestry was observed that the study sample was not properly stratified using the ethnic self-declaration only. Across the country there was a predominance of European ancestry with some regional differences. It was not possible to see differences in the frequencies of HLA haplotypes between ethnic groups, but we found significant differences in the diversity of alleles between groups, the presence of heterozygotes DR3 / DR4 and influence of ethnic origin of haplotype and related effects even at the age diagnosis. In the DM1 Brazilian population the presence of protective haplotypes was higher than expected (28%), of these, 41% was found in the Caucasian group. The presence of protective haplotypes can justify the average age at diagnosis higher observed in our population when compared to the findings of the American population. These data help us understand the genetic variation present in the brazilian population and also the differences in the clinical presentation of type 1 diabetes in different ethnic groups. É irrefutável a influência do antígeno leucocitário humano classe II DR-DQ na deflagração do diabetes mellitus tipo 1. Entretanto, a frequência dos alelos e haplótipos ligados à doença e o seu respectivo efeito pode ser distinto entre os diferentes grupos étnicos e regiões geográficas. Estudos em populações miscigenadas ou não caucasianas são escassos e esbarram com a estratificação populacional inadequada, gerando associações espúrias. Diante disto, este estudo buscou investigar a partir da ancestralidade genômica a distribuição dos haplótipos HLA-DRB1, -DQA1 e -DQB1 dentro dos grupos étnicos observados na população brasileira. A ancestralidade genômica de 972 pacientes DM1 de diferentes regiões do país foi estimada utilizando 46 marcadores informativos de ancestralidade (AIMs), destes, 479 tiveram os loci HLA de classe II tipificados. Com a inferência da ancestralidade foi possível observar que a população analisada não seria estratificada corretamente utilizando apenas a autodeclaração étnica. Em todo o país houve predominância de ancestralidade europeia com algumas diferenças regionais. Não foi possível visualizar diferenças nas frequências dos haplótipos HLA entre os grupos étnicos, mas verificamos diferenças relevantes quanto à diversidade de alelos entre os grupos, a presença de indivíduos heterozigotos DR3/DR4 e influência da origem étnica do haplótipo e efeito relacionado ao mesmo na idade ao diagnóstico. Na população DM1 brasileira a presença de haplótipos de proteção foi maior do que o esperado (28%), destes, 41% foi encontrado no grupo caucasiano. A presença de haplótipos de proteção pode justificar a média de idade ao diagnóstico mais elevada observada na nossa população quando comparada aos achados da população americana. Estes dados ajudam a compreender a variação genética presente na população brasileira e também as diferenças observadas na apresentação clínica do DM1 em diferentes grupos étnicos.

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Biologia Molecular em Saúde. Escola Superior de Saúde Egas Moniz. A Diabetes Mellitus tipo 1 (DMT1) é uma desordem metabólica de etiologia múltipla, caracterizada pela destruição autoimune de células β das ilhotas de Langerhans pancreáticas. Não há cura para esta doença e as complicações a longo prazo podem causar incapacidade grave, diminuindo a esperança média de vida. A sua etiologia exata e patogénese ainda são desconhecidas. Com este estudo pretendeu-se verificar se o Single Nucleotide Polymorphism (SNP) A49G no gene CTLA4 está associado à suscetibilidade para o desenvolvimento da DMT1 na população madeirense. Para tal, através da técnica de Restriction Fragment Length Polymorphism caracterizaram-se 81 amostras de doentes e 98 de controlos para este polimorfismo, procedendo à sua análise estatística e incluindo dados previamente existentes para os genes HLA-DQA1, HLA-DQB1 e HLA-DRB1. O presente estudo não permitiu confirmar a existência de uma associação entre o SNP A49G CTLA4 e o desenvolvimento da DMT1 nas análises efetuadas apenas com este polimorfismo. Contrariamente, os haplotipos HLA DQA1*03:01-DQB1*03:02-DRB1*04:01 (RE1), DQA1*03:01-DQB1*03:02-DRB1*04:02 (RE2) e DQA1*05:01-DQB1*02:01-DRB1*03:01 (RE4) revelaram-se significativamente mais prevalentes nos doentes e apresentaram valores que confirmam a sua associação ao aumento do risco de desenvolver a DMT1 na população madeirense. Os haplotipos HLA RE1 e RE4 apresentam diferenças significativas na sua associação com o genótipo AA do SNP A49G CTLA4, e no que diz respeito à associação do genótipo heterozigótico (AG) aos haplotipos HLA de risco apenas os RE3 (DQA1*03:01-DQB1*03:02-DRB1*04:05) (p=0,01255) e RE4 (p=0,00317) apresentam diferenças significativas entre doentes e controlos, embora o primeiro possua um OR (0,037) indicador de proteção. Nesse sentido, a identificação da influência do genótipo AG na redução do risco conferido pelos haplotipos HLA RE3 e RE4 no desenvolvimento da DMT1 na população madeirense revela-se um contributo importante para o acompanhamento clínico de crianças de risco para o desenvolvimento de DMT1. Futuros estudos deverão ser desenvolvidos no sentido de permitir o esclarecimento dos resultados encontrados, sendo importante proceder ao aumento da amostra e à inclusão de outros marcadores genéticos.

O transplante de medula óssea (TMO) é um procedimento terapêutico importante em casos relacionados à pacientes com leucemia ou linfoma. Em decorrência desse processo, uma reação conhecida como doença enxerto-versus-hospedeiro (GVHD) pode ocorrer em pacientes susceptíveis como conseqüência da presença de células imunocompetentes do doador. Entretanto, não existe um modelo para descrever completamente as ações relacionadas ao mecanismo imunológico da GVHD desde a fase que inicializa a doença até a fase efetora. O Objetivo geral deste estudo é a investigação da resposta imunológica considerando-se o sistema HLA (antígenos leucocitários humano) em pacientes que desenvolveram a GVHD em decorrência do TMO. O National Cancer Institute (NCI) – Pathway interaction Database e Reactome foram usados como bases de dados com o objetivo de se estudar a expressão de genes e vias relacionados às Classes I e II do sistema HLA (antígenos leucocitários humano). O estudo considerou a mudança de expressão de genes relacionados às 17 vias do sistema imunológico com potencialidade para se expressar em pacientes que desenvolveram a GVHD associada à TMO. Dados referentes aos transcriptomas foram obtidos utilizando-se a plataforma GPL570 Affymetrix Genoma Humano U133 Plus. A atividade relativa foi usada para determinar as alterações das vias em amostras de GVHD em relação ao controle. As análises foram realizadas utilizando-se o software Via Complex e Bioconductor. Observou-se aumento significativo da expressão de genes ralacionados às vias do sistema imune adaptativo, antígenos associados às Classe I e II do HLA, fosforilação de CD3 e CD247, sinalização dos receptores de células T em CD4+ nativas e ativação de NF-kapa β nas células B. Também observou-se alterações significativas na mudança de expressão dos genes associados às vias relacionadas à super família de moléculas B7:CD28\CTLA-4 quando comparadas ao controle. Isso pode indicar a necessidade de geração de um segundo sinal co-estimulador em GVHD, acionado pelas moléculas dessa super família. O aumento da expressão do gene CD69 nas amostras experimentais caracteriza a ativação celular e, portanto, a sinalização de estímulos em GVHD. Os achados obtidos neste estudo contribuem para melhor elucidar o mecanismo imunopatogênico associado à GVHD. P Bone marrow transplantation (BMT) is a major therapeutic procedure in cases involving patients with leukemia or lymphoma. Due to this process, a reaction known as graft-versus-host disease (GVHD) may occur in susceptible patients as a result of the presence of immunocompetent cells of the donor. However, there is no model to fully describe the actions related to the immunological mechanism of GVHD from the stage that starts the disease to the effector phase. The general aim of this study is to research the immune response considering the HLA (human leukocyte antigen) in patients who developed GVHD due to the TMO. The National Cancer Institute (NCI) - Nature Pathway Interaction and Reactome were used as data bases in order to study the expression of genes and pathways related to the Class I and Class II HLA (human leukocyte antigens). The study considered 17 pathways of the immune system with the potential to express in patients who developed GVHD associated with BMT. Data for the transcriptomes were obtained using the Affymetrix Human Genome U133 GPL570 Plus platform. The relative activity was used to determine changes in the pathway in samples of GVHD compared to control. Analyses were performed using the Via Complex and Bioconductor software. A significant increase in the expression of the adaptive immune system, antigens associated to class I and II HLA, phosphorylation of CD3 and CD247, signaling of T cell receptors on CD4 + and NF-kappa native β activation in B cells also observed Significant changes in changing expression of pathways related to the superfamily of B7: CD28 \ CTLA-4 as compared to control. This may indicate the need for generation of a second costimulatory signal in GVHD, triggered by molecules of this superfamily. The increased expression of CD69 in experimental samples featuring cell activation and thus signaling stimuli in GVHD. The findings from this study contribute to the improvement of knowledge related to immunopathogenic mechanism associated to GVHD. Keywords: Pathways and genes expression in GVHD

We report the results of a serological and molecular research in individuals with no clinical manifestations of American cutaneous leishmaniasis (ACL) who lived in endemic area and we report the results of association between HLA class I genes (HLA-A, -B, and -C) and ACL in an endemic region of southern Brazil. A retrospective study was carried out on the epidemiological records of patients from the 13th and 15th Health Sections of the state of Paraná diagnosed with ACL. Patients with clinical manifestations of the disease and with positive parasite detection and/or Montenegro skin test were contacted for the collection of biological material and composition cases of group. The control group consisted of individuals with no clinical manifestations of ACL who lived in endemic region. Antibodies were detected in the healthy individuals by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and the positive samples were analyzed by indirect immunofluorescence (IIF) for Leishmania braziliensis and Trypanosoma cruzi. Polymerase chain reaction (PCR), employing the MP3H/MP1L primers, amplified a fragment of Leishmania (Viannia) k-DNA. All cases and controls group samples were subjected to HLA class I (HLA-A, -B, -C) typing were carried out through PCR-SSO using Luminex technology. The results reveal the presence of subclinical Leishmania infections and demonstrate the involvement of HLA-C*04 in the ACL susceptibility in individuals from an ACL-endemic region of southern Brazil. Neste estudo são relatados os resultados de uma investigação sorológica e molecular em indivíduos sem manifestações clínicas da leishmaniose tegumentar americana (LTA) e demonstrados os resultados da associação com marcadores genéticos HLA de Classe I (-A, -B, -C) e LTA em moradores de uma região endêmica do sul do Brasil. Foi realizado um estudo retrospectivo das fichas epidemiológicas de pacientes atendidos no Laboratório de Leishmanioses da Universidade Estadual de Maringá, para o diagnóstico de LTA, pertencentes a 13ª e 15ª Regional de Saúde do Estado do Paraná. Os pacientes que apresentaram positividade na pesquisa do parasito e/ou intradermorreação de Montenegro foram contatados para a coleta de material biológico e composição do grupo de casos. O grupo controle foi composto por indivíduos saudáveis com ausência de manifestações clínicas da doença e moradores de locais endêmicos para LTA. A detecção de anticorpos do grupo sem manifestação clínica da LTA foi realizada por Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), e as amostras positivas, foram analisadas pela imunofluorescência indireta (IFI) para Leishmania braziliensis e Trypanosoma cruzi. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada com os iniciadores MP3H/MP1L que amplificam fragmento do k-DNA de Leishmania (Viannia). Todas as amostras do grupo de casos e controles foram submetidas à tipificação HLA-A, -B, -C pela metodologia PCR-SSO (tecnologia Luminex). Os resultados demonstraram a presença de infecção subclínica por Leishmania e o envolvimento do HLA-C*04 na susceptibilidade a LTA em moradores de uma região endêmica para LTA no sul do Brasil. 46 f

Made available in DSpace on 2014-09-30T18:18:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-01Bitstream added on 2014-10-01T14:03:29Z : No. of bitstreams: 1 S0482-50042014000100038.pdf: 354755 bytes, checksum: 33a741d479d929bb27e94f2d2aab9261 (MD5) Objetivo:O objetivo deste estudo foi investigar o fenótipo do HLA em pacientes com contratura de Dupuytren (CD) para verificar a correlação desses alelos com os fatores de risco para o desenvolvimento da CD na população brasileira.Métodos:Este foi um estudo de caso-controle de 25 pacientes com CD e 443 indivíduos saudáveis sem histórico de doenças associadas ao HLA. As tipagens classe I e classe II do HLA foram feitas utilizando o método iniciador de sequências específicas da reação em cadeia da polimerase.Resultados:O fenótipo HLA-B*18 foi observado em 32% dos pacientes e 10,5% do grupo controle. Contudo, os valores de p não permaneceram significativos após correção.Discussão:Apesar de termos observado um aumento na tendência de os pacientes com CD terem o alelo HLA-B*18, os resultados não foram estatisticamente significativos após correção. Esse alelo foi maior em pacientes de etnia italiana e/ou espanhola, locais com frequências superiores a 18% e 14%, respectivamente. São necessárias investigações adicionais com uma coorte maior de pacientes com CD para confirmar o possível papel do HLA nessa doença. Purpose:The aim of the present study was to investigate the HLA phenotype in Dupuytren's contracture (DC) patients in order to verify the correlation of these alleles with risk factors for development of DC in the Brazilian population.Methods:This was a case-controlled study of 25 DC patients and 443 healthy individuals with no history of HLA-associated diseases. HLA class I and class II typing was performed using the polymerase chain reaction sequence-specific primer method.Results:The HLAB*18 phenotype was observed in 32% of the patients and 10.5% of controls. However, P values did not remain significant after correction.Discussion:Although we observed an increased tendency of DC patients to possess the HLA-B*18 allele, the results were not statistically significant after correction. This allele was higher in patients of Italian and/or Spanish ethnicity, localities with frequencies higher than 18.0% and 14.0% respectively. Further investigation with a larger cohort of DC patients is required to confirm the potential role of HLA in this disease. Universidade Estadual Paulista Faculdade de Medicina Instituto Lauro de Souza Lima Faculdade de Medicina Instituto Lauro de Souza Lima Departamento de Reabilitação Instituto Lauro de Souza Lima Universidade Estadual Paulista Faculdade de Medicina

Submitted by Renorbio (renorbioba@ufba.br) on 2019-05-16T19:12:35Z No. of bitstreams: 1 Tese Aplasia- Marco Aurelio Salvino_ Ponto Focal Bahia_2013.pdf: 22338461 bytes, checksum: 9b5eaa000e4d5d1e911f1e8fe96f2b21 (MD5) Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2019-05-17T11:54:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Aplasia- Marco Aurelio Salvino_ Ponto Focal Bahia_2013.pdf: 22338461 bytes, checksum: 9b5eaa000e4d5d1e911f1e8fe96f2b21 (MD5) Made available in DSpace on 2019-05-17T11:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Aplasia- Marco Aurelio Salvino_ Ponto Focal Bahia_2013.pdf: 22338461 bytes, checksum: 9b5eaa000e4d5d1e911f1e8fe96f2b21 (MD5) Introdução: A anemia aplásica é uma rara e grave doença caracterizada por pancitopenia. A forma mais frequente é a adquirida, e na sua maioria das vezes de origem idiopática. Doença imunomediada de fisiopatologia muito mais conhecida pela sua resposta as terapias imunossupressoras do que por estudos capazes de entender sua complexidade. Sabe-se que a doença pode ser desencadeada por algum gatilho , entretanto necessita de um hospedeiro com características imunológicas de forte predisposição ao seu desenvolvimento. Destaca-se como fator associados a doença a presença de alguns antígenos HLA, polimorfismo de alguns genes, presença de clone HPN, encurtamento dos telômeros medulares, etc. Fatal se não tratada, hoje a doença possui prognóstico muito bom quando tratado precoce e adequadamente com imunossupressores ou transplante alogênico de medula óssea. Dada a gravidade e raridade da doença, estudos clínicos em países em desenvolvimento são muito poucos. Sua incidência varia de, ao redor de 1 a 4 casos /milhão hab/ano na Europa e américa do norte, até 5-9 casos/milhão/ano na Ásia, motivo pelo qual a maioria dos estudos são chineses e japoneses. Entretanto, questionamos se os fatores epidemiológicos, clínicos e laboratoriais no Brasil, sobretudo na Bahia, são os mesmos descritos pela literatura mundial; se existem associações entre eles e a doença; se temos em nossa população fatores preditores de resposta ao tratamento imunossupressor diferentes da literatura. Materiais/Métodos: Retrospectivamente, analisamos mais de 215 pacientes em relação aos seus dados clínico-epidemiológicos, e 100 pacientes em relação as respostas ao tratamento submetido, no período de 2000 ate 2013, no Hupes/Universidade Federal da Bahia referenciados pela HEMOBA e rede estadual de saúde. Resultados: A idade média dos pacientes foi de 23 anos, com 80% dos casos diagnosticados abaixo dos 45 anos, e composta por homens em 56% das vezes. 30% dos pacientes eram de Salvador, capital. A maioria dos casos 70%,eram idiopáticos, Dois terços dos casos eram de formas severas. Não houve nenhum padrão de distribuição geo-espacial dos casos de AA no estado da Bahia. Em relação ao HLA, o HLADR15 foi o mais associado a doença como fator de risco, sendo presente em 42% dos casos (24%controle-OR2,2).O HLAB15 foi o mais importante fator protetor da doença(6% versus 24% controle-OR 0,2). Houve maior significância destes achados na faixa etária de 15-35 anos. Descrevemos pela primeira vez na literatura o sinergismo entre estes HLAs, demonstrando que o B15 perde parte de seu efeito protetor na presença de DR15+, e o B15+ se torna ainda mais protetor quando em presença de DR15-. O tratamento mais utilizado (70%) em nosso serviço foi baseado em ciclosporina, sendo na grande maioria dos casos, em monoterapia. Foi realizado Transplante Alogênico de Medula Óssea em 24% dos casos. As curvas de sobrevida global aos 24 e aos 60 meses, comparando tratamento com TMO ou com CSA não mostrou diferença significativa. A taxa de SG aos 24 meses foi ao redor de 80% e de 70% aos 5 anos (60 meses) para ambos os grupos. Achados semelhantes as curvas da literatura internacional, mesmo com o uso de CSA em associação com ATG. Houve diferença muito significativa entre casos de AA muito severa (40% de sobrevida global) versus não severo/severo (90%) na análise de Sobrevida Global aos 24 meses. Sexo (masculino/feminino), presença de HLADR15(positivo ou negativo), proveniência (capital ou interior) e causa da AA (idiopática ou secundaria) não mostraram interferir na resposta de sobrevida global. Conclusão: Nesta ampla análise, descrevemos pela primeira vez na região nordeste do Pais, importantes dados clinico epidemiológicos ligados a anemia aplásica. Novas perspectivas com relação ao HLA e a doença foram descritas. A monoterapia baseada com ciclosporina é uma excelente e disponível terapia em países em desenvolvimento.

The nasal carriage of Staphylococcus aureus is a complex, worldwide-present, multifactorial event, depending on variables, associated to the bacteria and the host, with serious repercussions on economy and health care. Even though the nasal carriage of S. aureus is asymptomatic, it has great clinic and epidemiological importance, being considered the major risk factor for the acquisition of endogenous infections. Infections are the second major death cause in patients suffering from chronic renal failure and S. aureus is the microorganism most commonly involved in the infectious morbidity and mortality in this group. Patients on dialysis and kidney-transplanted patients are particularly vulnerable to acquisition of infections, once they are constantly submitted to risk factors and to immunosuppression. The development of an infection is directly related to the individual immune system response. In this system, the molecules of the Major Histocompatibility Complex which, in humans is named Human Leukocyte Antigens (HLA System), provide a central role for a comprehensive understanding of associated mechanisms of disease resistance and susceptibility. The role of the HLA molecules in the pathogenesis of diseases has been investigated for several infectious and non-infectious diseases. However, little is known. The present study aimed to investigate the association between the HLA molecules, class I (HLA-A, -B, -C) and class II (HLA-DR, -DQ), of dialysis and kidney-transplanted patients, and the condition of the bacteria's nasal carrier or non-carrier. The population of this research consisted of 166 patients on dialysis and 70 kidney-transplanted patients. The identification of S. aureus isolated samples from the patients' nasal vestibules was performed by means of Gram-stain and Tube coagulase test. Genomic DNA was extracted from the buffy coat by means of Biopur method and the HLA molecules genotyping was performed by SSO-Luminex methodology. Among the 166 dialysis patients, 31.33% were nasal carriers of S. aureus while in 70 kidney-transplanted patients the nasal carriage rate was 52.86%. In our study, the nasal carriage of S. aureus did not differ for gender, ethnicity, age, and duration of dialysis or transplantation, in both patient groups. Our results suggest the involvement of some HLA alleles in the nasal carriage of S. aureus: in dialysis patients, the allele HLA-B*44 (p=0.0331; OR: 2.37; IC95%: 1.01- 5.60) tending to the susceptibility for nasal carriage and, in kidney-transplanted patients, the involvement of the allele HLA-DRB1*03 (p= 0.0052; OR: 11.2; IC95%: 1.55- 494.7) in the susceptibility and the alleles HLA-B*40 (p= 0.0263; OR: 8.66; IC95%: 1.04- 72.39) and HLA-C*03 (p=0.0307; OR: 3.85; IC95%: 1.09- 17.30) in the protection for the nasal carriage of bacteria. Still considering the transplanted patients, it was noticed that the haplotype HLA-DRB1*03, -DQA1*05, -DQB1*02 (p= 0.0074; OR: 11.85; IC95%: 1.42- 98.59) was the most significant for S. aureus nasal carriage susceptibility. This study could contribute for a better understanding of the mechanisms involved in the carriage of these bacteria, aiming at the development of prevention and control strategies. O carreamento nasal de Staphylococcus aureus é um evento complexo, com distribuição mundial, multifatorial e dependente de variáveis associadas à bactéria e ao hospedeiro, com grande repercussão econômica e na área da saúde. Embora seja assintomático, o carreamento nasal de S. aureus tem grande importância clínica e epidemiológica, sendo considerado o principal fator de risco para a aquisição de infecções endógenas. Infecção é a segunda maior causa de morte em pacientes com insuficiência renal crônica, e o S. aureus é o principal microrganismo envolvido na morbimortalidade infecciosa neste grupo. Pacientes submetidos a tratamento dialítico e transplantados renais estão particularmente vulneráveis às infecções devido a constante submissão a fatores de risco e a imunossupressão. O desenvolvimento de uma infecção está diretamente relacionado com a resposta imune individual, na qual as moléculas do Complexo Principal de Histocompatibilidade que, no homem, recebe a denominação de Sistema HLA, do inglês Human Leucocyte Antigens, desempenham um papel central para a compreensão de mecanismos associados à suscetibilidade ou proteção a determinadas doenças. O envolvimento das moléculas HLA na patogênese de doenças tem sido investigado em várias doenças infecciosas e não-infecciosas, entretanto, pouco se sabe sobre a associação entre as moléculas HLA e o carreamento nasal de S. aureus. O presente estudo teve por objetivo principal investigar a associação entre os marcadores genéticos HLA, de classe I (HLA-A, -B, -C) e classe II (HLA-DR, -DQ), de pacientes em diálise e transplantados renais, e a condição de carreador ou não-carreador nasal de S. aureus. A população desta pesquisa foi composta por 166 pacientes em diálise e 70 pacientes transplantados renais. A identificação das amostras de S. aureus, isoladas dos vestíbulos nasais dos pacientes, foi realizada pela coloração de Gram e teste da coagulase em tubo. O DNA genômico foi extraído da camada leucocitária pelo método Biopur e a genotipagem das moléculas HLA foi realizada pela metodologia SSO-Luminex. Entre os 166 pacientes em diálise, 31,33% eram carreadores nasais de S. aureus, enquanto que, nos 70 pacientes transplantados renais a taxa de carreamento nasal foi de 52,86%. Em nosso estudo, o carreamento nasal de S. aureus não diferiu quanto ao sexo, etnia, idade, tempo de diálise ou de transplante, em ambos os grupos de pacientes. Nossos resultados sugerem o envolvimento de alguns alelos HLA no carreamento nasal de S. aureus: nos pacientes em diálise, o alelo HLA-B*44 (p=0,0331; OR: 2,37; IC95%: 1,01- 5,60) tendendo à suscetibilidade para o carreamento nasal e, nos pacientes transplantados renais, o envolvimento do alelo HLA-DRB1*03 (p= 0,0052; OR: 11,2; IC95%: 1,55- 494,7) na suscetibilidade e dos alelos HLA-B*40 (p= 0,0263; OR: 8,66; IC95%: 1,04- 72,39) e HLA-C*03 (p=0,0307; OR: 3,85; IC95%: 1,09- 17,30) na proteção para o carreamento nasal da bactéria. Ainda no grupo de pacientes transplantados foi observado que o haplótipo HLA-DRB1*03, -DQA1*05, -DQB1*02 (p= 0,0074; OR: 11,85; IC95%: 1,42- 98,59) foi o mais significativo para a suscetibilidade do carreamento nasal de S. aureus. Este estudo pode contribuir para um melhor entendimento dos mecanismos envolvidos no carreamento desta bactéria, visando o desenvolvimento de estratégias de prevenção e controlepara um melhor entendimento dos mecanismos envolvidos no carreamento desta bactéria, visando o desenvolvimento de estratégias de prevenção e controle. 45 f

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T19:43:45Z No. of bitstreams: 1 Bruno Silva de Almeida Completa.pdf: 967114 bytes, checksum: db1113ed7dbd333f05e1140d849f103e (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-05T19:43:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bruno Silva de Almeida Completa.pdf: 967114 bytes, checksum: db1113ed7dbd333f05e1140d849f103e (MD5) Previous issue date: 2010-04-30 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Approximately 20% of Hepatitis C virus (HCV) infected individuals clear the virus [3]. The knowledge of host factors that influence the course of HCV infection is still limited. Factors such as ethnicity and route of infection make even more difficult to understand which host-dependent genetic factors influence the hepatitis C outcome. Aims: To investigate whether HLA alleles are associated with clearance of HCV infection in a highly admixed Brazilian population. Methods: HLA-A, -B, -Cw, -DRB1 and DQB1 genotyping were performed in a Brazilian cohort of 135 HCV infected subjects among which 45 cleared HCV infection (cases) and 90 had persistent viral infection (controls). Controls were matched by sex, ethnicity (withes and non whites) and expected route of infection (high infectious dose or low infectious dose). P-values were corrected for multiple comparisons using Bonferroni s correction. Results: We didn t identify any significant association between HLA alleles and the outcome of HCV infection of all ethnic population. However, a new protective association of HLA-DQB1*04 (p= 0,006; pc= 0,030) and a rarely described protective association of HLA-DRB1*08 (p= 0,004; pc= 0,048) were found only among whites, but not among non whites patients. The DRB1*11 allele, previously reported in homogeneous population, was associated with HCV clearance (p= 0,020) only among patients with expected high-dose exposure. Conclusion: We conclude that the immunogenetic basis for HCV clearance differs between ethnic groups and route of infection. Even in an ethnically complex population it is important to establish an ethnic classification to match patients and homogenize groups and to allow stratified analysis to identify different associations for each ethnicity. Aproximadamente 20% dos pacientes infectados pelo vírus da hepatite C (HCV) evoluem com clareamento viral espontâneo [3]. Variáveis como etnia e forma de contaminação tornam ainda mais difícil entender os fatores genéticos do hospedeiro que influenciam a evolução da hepatite C. Objetivo: Avaliar a relação entre o perfil de HLA e o clareamento espontâneo da infecção pelo vírus da hepatite C na população brasileira. Métodos: Foi realizada genotipagem dos HLAs -A, -B, -Cw, -DRB1 e -DQB1 em uma amostra de 135 pacientes infectados pelo HCV, sendo 45 pacientes com clareamento viral espontâneo (casos) e 90 pacientes com infecção crônica (controles). Os controles foram pareados por sexo, etnia (branco e não branco) e forma provável de contaminação (alta dose infectante ou baixa dose infectante). Foi realizada correção do p (pc) para múltiplas comparações usando a correção de Bonferroni. Resultados: quando analisamos os doentes em geral, nenhum alelo obteve significância estatística após a correção do p. Entretanto, uma nova associação protetora do HLA-DQB1*04 (p= 0,006; pc= 0,030) e uma associação protetora raramente descrita do HLA-DRB1*08 (p= 0,004; pc= 0,048) foram encontradas entre pacientes brancos, mas não entre não brancos. O alelo DRB1*11, previamente relatado em populações homogêneas, foi associado ao clareamento do HCV (p= 0,020) apenas entre pacientes com forma de contaminação provável por alta dose infectante. Conclusão: As bases imunogenéticas do clareamento do HCV diferem entre os grupos étnicos e as vias de contaminação. Mesmo em uma população etnicamente complexa como a brasileira é importante a realização de uma classificação étnica para parear os pacientes e para permitir uma análise estratificada para identificar diferentes associações para cada etnia.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-10Bitstream added on 2014-06-13T20:56:15Z : No. of bitstreams: 1 herter_drc_me_sjrp.pdf: 754038 bytes, checksum: 1546a0d9c3ae0583356f9052fe2fb9e8 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) O presente estudo avaliou a relação entre a resposta de anticorpos contra AMA-1 das variantes de P. vivax (VK210, VK247 e P. vivax-like) e os polimorfismos do gene HLA-DRB1 em populações endêmicas da Amazônia brasileira, para melhor entendimento dos mecanismos que modulam a resposta imune contra a malária. A resposta sorológica foi analisada em indivíduos maláricos e não-maláricos por testes de ELISA para AMA-1. Um subgrupo de amostras foi utilizado para genotipagem do gene HLA-DRB1 por PCR-SSP. Foram detectados 13 alelos diferentes do gene HLA- DRB1, sendo o alelo HLA-DRB1*04 o prevalente na população estudada. Foi detectada uma alta freqüência de respondedores para o antígeno AMA-1, com níveis crescentes de acordo com exposição prévia a malária. Nenhuma associação significativa foi observada entre as variantes da CSP do P.vivax e a resposta a AMA- 1, bem como aos polimorfismos do HLA-DRB1. O HLA-DRB1 apresenta uma distribuição heterogênea na população estudada, evidenciando uma contribuição característica de descendência ameríndia. A resposta de anticorpos contra o antígeno AMA-1 parece não influenciar na epidemiologia das variantes da CSP de P. vivax. Os polimorfismos do gene HLA-DRB1 não influenciam no desenvolvimento de reposta de anticorpos contra o AMA-1 na malária vivax na Amazônia brasileira To better understand the mechanisms of the immune response modulation against malaria, this study evaluated the relationship among the antibody response to AMA-1 and variants of the circumsporozoite protein (CSP) of the P. vivax (VK210, VK247 and P. vivax-like) and the polymorphisms of HLA-DRB1 gene in populations endemic from the Brazilian Amazon. The antibody response was analyzed in malarial and non-malarial individuals by AMA-1ELISA test. A subset of samples was genotyping of HLA-DRB1 by PCR-SSP. We detected 13 different alleles of HLA-DRB gene, where the HLA-DRB1*04 was the commonest allele. A high frequency of responders to the antigen AMA-1 was detected, with increasing levels according to previous malaria experience. No significant association was observed among the response to P. vivax AMA-1 and, the variants of the CSP and the polymorphisms of HLA-DRB gene. The HLA-DRB1 has a heterogeneous distribution in the population studied, showing an effective contribution of Amerindian groups. The antibody response against the antigen AMA-1 does not influence the epidemiology of variants of the CSP of P. vivax. The polymorphisms of HLA-DRB1 gene do not influence the development of antibody response against AMA-1 in vivax malaria around the Brazilian Amazon region

Dengue fever is a viral disease of most concern vectors transmitted by arthropods. Each year there is an estimated 50 to 100 million cases of dengue fever in the world. Besides environmental factors, genetic factors seem important in the manifestation of the disease, even in endemic areas because only a small proportion of people develop a more severe form. Immune response gene polymorphisms could be associated with the development of dengue cases. The purpose of this study was to determine the allele frequencies: HLA-A, B, Cw, DRB1, DQA1 and DQB1, in a population with dengue serology and confirmed by a population with symptoms but with negative serology, from Southern Brazil. A comparison of the frequencies of HLA alleles between these populations, by PCR-SSO genotyping based on Luminex technology, allowed determining association of HLA genes with protection and susceptibility to dengue in our region. There was negative association between HLA-A*31, A*69, A*31-B*40, B*40-Cw*03, B*58-Cw*07, DQA1*02-DQB1*03 and DQB1*0402/*0402, and dengue. HLA-A*66 was more frequent in patients than in controls, acting as a susceptibility gene for the disease. For HLA-A*31 and A*66, the values of P became not significant after Bonferroni´s correction. Thus, some HLA genetic factors were associated with classic dengue, serotype 3, in Southern Brazilian population. Dengue é a doença viral de maior preocupação transmitida por vetores artrópodes. Anualmente, existe uma estimativa de 50 - 100 milhões de casos de dengue no mundo. Além de fatores ambientais, os fatores genéticos parecem ter importância na manifestação da doença, pois mesmo em áreas endêmicas somente uma pequena proporção de pessoas desenvolve a forma mais grave. Polimorfismos de genes de resposta imune poderiam estar associados com o desenvolvimento de casos de dengue. A proposta deste estudo foi determinar as freqüências dos alelos: HLA-A, B, Cw, DRB1, DQA1 e DQB1, de uma população com dengue confirmada por sorologia e de uma população com sintomas, mas com sorologia negativa, da região Sul do Brasil. A comparação das freqüências de alelos HLA entre estas populações, através da genotipagem PCR-SSO baseada na tecnologia Luminex, permitiu determinar associação de genes HLA com a proteção e susceptibilidade ao dengue em nossa região. Houve associação negativa dos alelos HLA-A*31 e A*69, dos haplótipos A*31-B*40, B*40-Cw*03, B*58-Cw*07 e DQA1*02-DQB1*03 e do genótipo homozigoto DQB1*0402. O alelo HLA-A*66 foi mais freqüente em pacientes que em controles, atuando como gene de susceptibilidade à doença. Para os alelos HLA-A*31 e A*66, os valores de P tornaram-se não significativos após a correção de Bonferroni. Portanto, alguns fatores genéticos HLA foram associados com o dengue clássico, sorotipo 3, na população sul brasileira. 74 f

Dissertação de mestrado em Biologia Celular e Molecular apresentada ao Departamento de Zoologia da faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra.

Financiadora de Estudos e Projetos Distributed and parallel simulations can be used to create virtual collaborative environments that involve human beings in applications of training, entertainment, etc. The High Level Architecture - HLA, developed by the Defense Modeling and Simulation Office (DMSO) of the North American Department of Defense - DoD and adopted by IEEE for modeling and simulation of high level, is a framework of simulation standardization that basically aims at the reuse and interoperability of/among simulations. The HLA comprises the following services: Federation Management, Declaration Management, Object Management, Ownership Management, Time Management and Distribution of Data Management (DDM). RTI (Run-Time Infrastructure) is the implementation of the interface specification of HLA, whose main objective is to separate the communication from the simulation. A version of the RTI (RTI kit version 1.3 from Georgia Institute of Technology - Georgia Tech) was installed in the cluster of the Computer Department of the Federal University of São Carlos. This version consists of a set of support libraries for real-time distributed simulation. The problem with this version of the RTI is that it has many limitations, such as lack of support for human interaction. In order to overcome these limitations, an architecture was developed and evaluated, as part of this work, that uses the JXTA platform to initiate federates (simulations) and federations (set of federates) at runtime web services. This architecture aims to manage the distribution of data among federates, one of the most important services for distributed simulations. Simulações paralelas e distribuídas podem ser utilizadas para criar ambientes virtuais colaborativos que envolvem seres humanos em aplicações de treinamento, entretenimento, etc. A Arquitetura de Alto Nível (High Level Architecture - HLA) desenvolvida pelo Escritório de Modelagem e Simulação de Defesa (DMSO) do Departamento de Defesa Norte-Americano DoD e adotada pelo IEEE para modelagem e simulação de alto nível é um framework de padronização de simulações que visa, basicamente, o reuso e a interoperabilidade de/entre simulações. A HLA compreende os seguintes serviços: Gerenciamento de Federação (conjunto de federados), Gerenciamento de Declaração, Gerenciamento de Objetos, Gerenciamento de Posse, Gerenciamento de Tempo e Gerenciamento de Distribuição de Dados (DDM). A RTI (Run-Time Infrastructure) é a implementação da especificação de interface da HLA, cujo objetivo principal é separar a comunicação da simulação. Uma versão da RTI (kit RTI versão 1.3 do Instituto de Tecnologia da Georgia - Georgia Tech) foi instalada no cluster do DC da UFSCar. Esta versão consiste de um conjunto de bibliotecas de suporte a simulações de tempo-real distribuídas. O problema com esta versão da RTI é que ela possui várias limitações, dentre elas, a falta de suporte à interação. De modo a superar essas limitações uma arquitetura foi desenvolvida e avaliada, como parte deste trabalho, que utiliza a plataforma JXTA para iniciar federados (simulações) e federações (conjunto de federados) em tempo de execução por meio de serviços web. Esta arquitetura visa gerenciar a distribuição de dados entre os federados, um dos serviços mais importantes de simulações distribuídas.

OBJETIVOS: O objetivo deste estudo foi investigar a freqüência de antígenos HLA Classe I e de alelos HLA Classe II em 164 pacientes com vários tipos de leucemias: 35 pacientes com LLA (leucemia linfóide aguda), 50 com LMA (leucemia mielóide aguda) e 78 com LMC (leucemia mielóide crônica). MÉTODOS: A tipagem HLA Classe I foi realizada por microlinfocitotoxicidade e a de Classe II por PCR-SSP (polymerase chain reaction - sequence specific of primers), ambas da One Lambda (Canoga Park, CA, US). RESULTADOS: Em pacientes com LLA, as freqüências das variantes HLA-B45 e HLA-B56 foram maiores (P = 0,02; OR = 3,13; 95%IC = 0,94-10,44; P = 0,03; OR = 3,61; 95%IC = 0,47-27,64, respectivamente), quando comparadas com controles. Nos pacientes com LMA, a freqüência de HLA-B7 (P = 0,01; OR = 2,41; 95%IC = 1,25-4,67) foi maior que em controles. A presença de HLA-B45 (P= 0,01; OR = 3,29; 95%IC = 1,46-7,40) e de HLA-DRB1*04 (P = 0,002; OR = 2,17; 95%IC = 1,36-3,46) e HLA-DRB1*08 (P = 0,004; OR = 2,36; 95%IC = 1,34-4,16) foi associada ao maior risco de desenvolver LMC. CONCLUSÃO: Nossos resultados sugerem que variantes HLA conferem susceptibilidade a algumas formas de leucemia e podem prover novas ferramentas para a investigação da genética e etiologia desta doença. OBJECTIVE: The main purpose of this study was to investigate the class I HLA antigens and class II HLA allele frequencies in 164 patients with leukemia: 35 patients with ALL (acute lymphoid leukemia), 50 with AML (acute myeloid leukemia) and 78 with CML (chronic myeloid leukemia). METHODS: The genotyping of class I HLA was performed by microlymphocytotoxicity and of class II by PCR-SSP (polymerase chain reaction - sequence specific of primers) (One Lambda, Canoga Park, CA, USA). RESULTS: In patients with LLA, frequencies of HLA-B45 and HLA-B56 were higher (P = 0.02; OR = 3.13; 95%IC = 0.94-10.44; P = 0.03; OR = 3.61; 95%IC = 0.47-27.64, respectively), than in controls. In patients with AML, the frequency of HLA-B7 (P = 0.01; OR = 2.41; 95%IC = 1.25-4.67) was higher than in controls. The presence of HLA-B45 (P= 0.01; OR = 3.29; 95%IC = 1.46-7.40), HLA-DRB1*04 (P = 0.002; OR = 2.17; 95%IC = 1.36-3.46) and HLA-DRB1*08 (P = 0.004; OR = 2.36; 95%IC = 1.34-4.16) was associated to increased risk of CML developing. CONCLUSION: Our results suggest that variants of HLA confer susceptibility to the same forms of leukemia, and could provide new tools for the investigation of genetics and etiology of this disease.

Neste estudo, propomos comparar o teste cutâneo de Mitsuda e os alelos HLA-DR2/HLA-DR3 e HLA-DQ1 relacionados com as formas clínicas da hanseníase em 176 pacientes (50 TT, 50 LL e 76 B). Os resultados obtidos não revelaram associação entre reação de Mitsuda e os alelos HLA nas formas clínicas isoladas; no entanto, quando analisados de acordo com a resposta ao teste de Mitsuda, associação significativa foi encontrada entre os pacientes Mitsuda negativos e HLA-DQ1 (p=0,002). Não foi observada associação entre reação de Mitsuda positiva e alelos HLA-DR2/DR3. Concluímos que existe importante participação do alelo HLA-DQ1 na ausência de resposta ao teste de Mitsuda. Sugerimos estudos mais específicos para este alelo. In this study, we aimed to compare the Mitsuda skin test with the alleles HLA-DR2/HLA-DR3 and HLA-DQ1, in relation to the clinical forms of leprosy in 176 patients (50 TT, 50 LL and 76 B). The results obtained did not reveal any association between the Mitsuda reaction and the HLA alleles in the clinical forms isolated. However, when analyzed according to Mitsuda test response, a significant association was found between patients with negative Mitsuda reaction and HLA-DQ1 (p=0.002). No association was observed between positive Mitsuda reaction and the HLA-DR2/DR3 alleles. We concluded that the allele HLA-DQ1 has an important participation when there is no response to the Mitsuda test. We suggest that more specific studies should be developed on this allele.

p.436-444 Submitted by Texeira Ana (atanateixeira@gmail.com) on 2012-06-14T13:28:51Z No. of bitstreams: 1 Alves, Crésio (5).pdf: 92718 bytes, checksum: 1f72463273aedf015fca1afd67199801 (MD5) Made available in DSpace on 2012-06-14T13:28:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alves, Crésio (5).pdf: 92718 bytes, checksum: 1f72463273aedf015fca1afd67199801 (MD5) Previous issue date: 2006-06 A predisposição genética ao diabetes melito tipo 1 (DM1) é associada a múltiplos genes do sistema de histocompatibilidade humano (HLA) de classe II. Em caucasianos, os antígenos HLA-DR3 e -DR4 são associados à susceptibilidade e o -DR2, à proteção. No Brasil, um país constituído por grande miscigenação entre caucasianos europeus, índios nativos e negros africanos, a base genética do DM1 tem sido pouco estudada. O objetivo desse trabalho foi apresentar uma revisão crítica dos artigos indexados nos bancos de dados MEDLINE e LILACS–BIREME sobre a associação do HLA com DM1 em brasileiros. Todos os oito estudos encontrados foram realizados no sudeste do país. A susceptibilidade imunogenética para o DM1 em brasileiros foi associada com os alelos HLADRB1* 03, -DRB1*04, -DQB1*0201, -DQB1*0302 e a proteção com os alelos -DQB1*0602 e -DQB1*0301 e os antígenos -DR2 e -DR7. Por ser o Brasil constituído por grande miscigenação, não se pode extrapolar para todo o país estudos realizados em apenas uma região. Faz-se necessário pesquisar populações de várias regiões, analisando sua diversidade alélica para identificar novas associações ou reforçar aquelas já existentes. Esse conhecimento contribuirá para futuras intervenções profiláticas e terapêuticas nos grupos de brasileiros com maior risco de desenvolver DM1. São Paulo

A predisposição genética ao diabetes melito tipo 1 (DM1) é associada a múltiplos genes do sistema de histocompatibilidade humano (HLA) de classe II. Em caucasianos, os antígenos HLA-DR3 e -DR4 são associados à susceptibilidade e o -DR2, à proteção. No Brasil, um país constituído por grande miscigenação entre caucasianos europeus, índios nativos e negros africanos, a base genética do DM1 tem sido pouco estudada. O objetivo desse trabalho foi apresentar uma revisão crítica dos artigos indexados nos bancos de dados MEDLINE e LILACS-BIREME sobre a associação do HLA com DM1 em brasileiros. Todos os oito estudos encontrados foram realizados no sudeste do país. A susceptibilidade imunogenética para o DM1 em brasileiros foi associada com os alelos HLA-DRB1*03, -DRB1*04, -DQB1*0201, -DQB1*0302 e a proteção com os alelos -DQB1*0602 e -DQB1*0301 e os antígenos -DR2 e -DR7. Por ser o Brasil constituído por grande miscigenação, não se pode extrapolar para todo o país estudos realizados em apenas uma região. Faz-se necessário pesquisar populações de várias regiões, analisando sua diversidade alélica para identificar novas associações ou reforçar aquelas já existentes. Esse conhecimento contribuirá para futuras intervenções profiláticas e terapêuticas nos grupos de brasileiros com maior risco de desenvolver DM1. The genetic predisposition to type 1 diabetes (DM1) is associated with genes of the human leukocyte antigen (HLA) system, specially the HLA-DR and -DQ. In Caucasians, the HLA-DR3 and -DR4 antigens are associated with susceptibility and the -DR2, with protection. In Brazil, a country with a large miscegenation of Europeans Caucasians, Native Amerindians and African Blacks, the genetic basis of DM1 has not been adequately studied. The aim of this paper is to present a critical review of articles indexed in the MEDLINE and LILACS-BIREME data basis about the association of HLA with DM1 in Brazilians. Eight papers, all of them from the Southeast region, were found. Immunogenetic susceptibility to DM1 in Brazilians was associated with HLA-DRB1*03, -DRB*04, -DQB1*0201, -DQB1*0302 alleles, and protection against DM1 was associated with HLA-DQB1*0602, -DQB1*0301 alleles and -DR2 and -DR7 antigens. Since the Brazilian population is not racially homogeneous, it is not possible to extrapolate studies from a single region to the remaining of the country. It is necessary to study populations from different regions to identify new associations or to strengthen associations with the ones already identified. This knowledge will contribute to future prophylactic or therapeutic interventions in the group of Brazilians at risk of developing DM1.

A revisão da Epidemiologia global do HTLV-I nos permitiu avaliar onde estamos em relação a vários aspectos concernentes ao vírus. Se estamos cientes da sua distribuição geográfica, com tendência à formação de aglomerados, se já compreendemos bem as formas detransmissão e doenças claramente a ele associadas (leucemia de células T do adulto e mielopatia associada ao HTLV), muito nos falta caminhar na busca de esclarecimentos sobre o papel do vírus em outras possíveis patologias, sobre os mecanismos patogenéticos e sobre os fatores de risco / proteção que pudessem explicar porque a grande maioria dos infectados permanece assintomática. As altas taxas de prevalência encontradas no estudo de familiares e parceiros sexuais estáveis de infectados sugerem agregação familiar da infecção, motivando-nos a buscar outros fatores de risco (genéticos? Ambientais?) para a infecção. Também nos alertam sobre a importânciade se pesquisar a infecção em pessoas relacionadas aos infectados (mesmo assintomáticos), a fim de deter a disseminação silenciosa do vírus. O tipo II do HTLV é menos prevalente que o tipo I, mas é encontrado com maior freqüência em populações específicas (usuários de drogas injetáveis e populações nativas das Américas). Ter encontrado uma família HTLV-II em meio a uma coorte de doadores de sangue soropositivos, nos impulsionou os estudos moleculares que apontaram a evidência de transmissão vertical e horizontal na mesma família. Essas formas de transmissão são bem caracterizadas para o tipo I, mas ainda controversas para o tipo II, segundo alguns autores.A questão mais desafiadora para pesquisadores do HTLV-I/II continua sendo o porquê a maioria dos infectados persiste como portadora assintomática. Autores japoneses apontam a possibilidade de que essa explicação resida na eficiência da resposta imune de cada indivíduo, resposta essa condicionada pelos genes HLA (antígenos leucocitários humanos). Com a tipagem HLA de famílias infectadas pelo vírus, percebemos que existem semelhanças e diferenças entre os resultados japoneses e brasileiros, sugerindo que os alelos HLA nãocontrolam isoladamente o desfecho nos infectados. Desde que não há tratamento para as doenças associadas ao HTLV e uma vacina não está disponível, o custo social e financeiro para o indivíduo, sua família e o sistema é imenso. Por essa razão, intervenções em saúde pública direcionadas para aconselhamento e educação de indivíduos e populações em alto risco são de fundamental importância. The review of epidemiologic aspects of human T-lymphotropic virus type I let us to assess where we are. We know well about the geographic distribution of the virus and its trend to clustering; we understood the major modes of transmission and the HTLVs causative role in major disease association (adult T cell leukemia-ATL and HTLV associated myelopathy- TSP/HAM). But we still have a long way to run in search of other answers and more and better studies are needed for other apparent disease outcomes, to clarify pathogenesis and on the promoting / inhibition factors that could explain why the great majority of infected subjects remains health carriers. The high prevalence rates found in the family studies point to family aggregation of infection, leading us to look for other distant factors (environmental? genetic?) that could contribute to this, and underline the importance of screening test for infected individual relatives and sexual partner, in order to detain HTLV silent dissemination. HTLV type II is less prevalent than type I in Brazil, but is often found among UDI and American native population. We found a family infected with HTLV-ll among a seropositive former blood donors cohort and this challenge us to molecular studies. The results point tovertical and horizontal transmission of the virus. These modes of transmission are well defined to HTLV-I but some doubts persist for type II, according some researches. The major question related to HTLV keeps going why the great majority remains as health carriers. Japanese researches report the importance of the individual immune responseconditioning the outcome in infected people. Since the efficiency of the immune answer is established by the HLA alleles, we decide to type some infected families. There were found similarities and differences among Japanese and Brazilian studies, and these results suggestHLA alleles could not control alone the disease outcome in the infected individuals. Since there is not curative treatment of ATL and HAM/TSP and a vaccine is unavailable, the social and financial cost for the individual, his/her family and the health system is immense. For this reason, public health interventions aimed at counseling and educating high riskindividuals and populations are of paramount importance.

A doença de Jorge Lobo é uma micose cutânea/subcutânea de evolução crônica, causada pelo fungo Lacazia loboi. Devido às características epidemiológicas e poucos estudos relacionados aos aspectos imunológicos dessa doença, o objetivo do trabalho foi investigar uma possível associação das especificidades HLA de classe II em 21 pacientes portadores da doença de Jorge Lobo, comparando com indivíduos sadios de mesma etnia. As tipificações HLA foram realizadas pelo método de PCR-SSP. O resultado não revelou qualquer tipo de associação entre os antígenos HLA e doença de Jorge Lobo. Embora sem significância estatística, foi observada a diminuição da freqüência do antígeno HLA-DR7 no grupo dos pacientes em relação aos controles (0% x 18%), sugerindo uma associação negativa (protetora) entre HLA-DR7 e doença de Jorge Lobo. Contudo, estudos devem ser continuados, objetivando melhor entendimento nos mecanismos envolvidos na suscetibilidade e/ou proteção dessa doença. Jorge Lobo's disease is a cutaneous/subcutaneous mycosis with a chronic course, caused by the fungus Lacazia loboi. Considering its epidemiology and the few studies on immunological aspects of this disease, the objective of the present study was to investigate a possible association between HLA class II specificities in 21 Jorge Lobo's disease patients, by comparing them with healthy individual of the same ethnic group. HLA typing was performed using PCR-SSP method. The result did not show any association between HLA antigens and Jorge Lobo's disease. Although not statistically significant, a decreased frequency of HLA-DR7 was observed in the patients compared to the controls (0% x 18%). This suggests a negative association (protective) between HLA-DR7 and Jorge Lobo's disease. Further studies, however, are needed for a better understanding of the susceptibility and/or protection mechanisms involved.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2016-07-27T14:43:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Paulo José Lima Juiz.pdf: 498443 bytes, checksum: 4968a533851b0a67587c42335765e33a (MD5) Made available in DSpace on 2016-07-27T14:43:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Paulo José Lima Juiz.pdf: 498443 bytes, checksum: 4968a533851b0a67587c42335765e33a (MD5) A doença periodontal (DP) é representada por um conjunto de processos inflamatórios e infecciosos que acometem os tecidos periodontais, de etiologia multifatorial, localização sítio-depedente, caracterizada pela interação microrganismo-hospedeiro na superfície do periodonto. Tradicionalmente, a periodontite era analisada estritamente segundo o agente etiológico bacteriano resultado de uma infecção subgengival por um biofilme dental onde os principais microrganismos colonizadores são Porphyromonas gingivalis, Actinobacillus actinomycetemcomitans e Tanerella forsythensis. Somente parte da variabilidade da doença periodontal na população pode ser explicada levando em questão a etiologia bacteriana. É sabido que a susceptibilidade a DP esta relacionada também a uma predisposição genética. No presente estudo foi investigada a associação entre o HLA e a Periodontite crônica severa (PCS) em pacientes mestiços, na faixa etária de 30 a 50 anos, sem distúrbios sistêmicos, residentes em Salvador-BA. Um total de 84 indivíduos foi estudado, sendo 43 pacientes com periodontite crônica severa e 41 indivíduos sem periodontite que constituíram o grupo controle. A avaliação dos parâmetros clínicos se fez por meio do índice de placa visível, índice de sangramento gengival, profundidade de sondagem, recessão gengival, nível de inserção clínica, grau de mobilidade dental e grau de envolvimento de furca. Dentes com coroa totalmente destruída por cárie, com aparelho ortodôntico fixo e parcialmente erupcionados foram excluídos do estudo. A determinação dos alelos dos loci DRB e DQB foi feita pelo método PCR-SSP. Não foi observada diferença estatisticamente significante entre as freqüências dos alelos identificados no grupo de pacientes com PCS e no grupo controle.

OBJECTIVE: To establish the frequencies of HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities in a racially admixed sample of the city of Teresina, Piaui to characterize its genetic composition. METHODS: Polymerase chain reaction-sequence specific primers (PCR-SSP) were used to determine HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities of 97 unrelated healthy racially admixed people of Teresina. The genotypic frequencies were estimated and compared to those described in samples of Brazilian Caucasian, Portuguese, Black and Amerindian populations using Principal Component Analysis (PCA) and Hierarchical Cluster Analysis (HCA). RESULTS: The frequencies of HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities observed in the study sample were intermediate between Blacks and Caucasians and the typical elevation of HLA-specificities seen in the Amerindian race was not observed in the study population. The PCA and HCA analysis revealed that Teresina's racially admixed are very close to both Black and Caucasian and do not show similarities with the Amerindians. CONCLUSION: The genetic composition of Teresina's racially admixed is predominantly bi-hybrid of genes originated from Blacks and Caucasians with little contribution from Amerindian genes.

OBJETIVO: Estabelecer as freqüências das especificidades HLA-A, B, DRB1 e DQB1 numa amostra de mestiços da cidade de Teresina, Piauí, para caracterizar a sua composição genética. MÉTODOS: A reação em cadeia da polimerase de seqüência de "primers" específicos (PCR-SSP) foi utilizada para determinar as especificidades HLA-A, B, DRB1 e DQB1 de 97 indivíduos mestiços, saudáveis e não relacionados da cidade de Teresina. A freqüência genotípica foi estimada e comparada com aquelas descritas em amostras de brasileiros caucasianos, portugueses, negros e índios utilizando a Análise de Componente Principal (PCA) e a Análise de Agrupamento Hierárquico (HCA). RESULTADOS: A freqüência das especificidades HLA-A, B, DRB1 e DQB1 observada na amostra de Teresina foi intermediária entre os caucasianos e negros e não foi observada freqüência elevada das especificidades típicas de populações ameríndias. A PCA e HCA demonstraram que os mestiços de Teresina estão muito próximos aos caucasianos e negros e não apresentam similaridades com os índios. CONCLUSÃO: A composição genética do mestiço de Teresina é predominantemente bi-híbrida de genes de origem caucasiana e negra com pouca participação de genes indígenos. OBJECTIVE: To establish the frequencies of HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities in a racially admixed sample of the city of Teresina, Piaui to characterize its genetic composition. METHODS: Polymerase chain reaction-sequence specific primers (PCR-SSP) were used to determine HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities of 97 unrelated healthy racially admixed people of Teresina. The genotypic frequencies were estimated and compared to those described in samples of Brazilian Caucasian, Portuguese, Black and Amerindian populations using Principal Component Analysis (PCA) and Hierarchical Cluster Analysis (HCA). RESULTS: The frequencies of HLA-A, B, DRB1 and DQB1 specificities observed in the study sample were intermediate between Blacks and Caucasians and the typical elevation of HLA-specificities seen in the Amerindian race was not observed in the study population. The PCA and HCA analysis revealed that Teresina's racially admixed are very close to both Black and Caucasian and do not show similarities with the Amerindians. CONCLUSION: The genetic composition of Teresina's racially admixed is predominantly bi-hybrid of genes originated from Blacks and Caucasians with little contribution from Amerindian genes.

A introdução de nova nomenclatura para os componentes do complexo principal de histocompatibilidade (Major Histocompatibility Complex - MHC) e a descrição de novos métodos moleculares para a tipificação dos alelos do MHC contribuíram, grandemente, para o entendimento e identificação do extenso polimorfismo do sistema. No entanto, para o não especialista, essas novas aquisições têm dificultado o entendimento do papel do MHC em associação com as doenças. Assim, neste artigo, foram revisados os conceitos atuais acerca dos genes e moléculas do MHC, os métodos de tipificação desses marcadores de histocompatibilidade e a nomenclatura vigente para os componentes do sistema. Esses aspectos são extremamente importantes para o entendimento do polimorfismo do MHC, dando embasamento para a compreensão dos mecanismos propostos de associação desses marcadores com as doenças auto-imunes endócrinas como diabetes mellitus do tipo 1, doença de Graves e tireoidite de Hashimoto, doença de Addison, síndrome poliglandular auto-imune e insuficiência ovariana prematura. The acquisition of a new nomenclature and the development of molecular methods for the assignment of major histocompatibilty complex (MHC) alleles have widely contributed to the understanding of the extensive polymorphism of the system; however, many doubts have arisen to the non-specialist in terms of MHC and disease association. In order to understand the MHC polymorphism and the association with endocrine diseases as type 1 diabetes mellitus, Grave’s disease, Hashimoto’s thyroiditis, Addison’s disease, autoimmune polyglandular syndromes and premature ovarian failure, in this report we revised relevant aspects of MHC molecules, genes, typing methods as well as the new nomenclature.