1. Идентификация белков плазмы крови человека с использованием внутренних пептидных стандартов в панорамном протеомном анализе
- Author
-
N. A. Petushkova, T.E. Farafonova, Yu. V. Miroshnichenko, O. V. Tikhonova, A.T. Kopylov, and V. G. Zgoda
- Subjects
0303 health sciences ,Chromatography ,Human blood ,Chemistry ,010401 analytical chemistry ,General Medicine ,масс-спектрометрия ,идентификация белков ,панорамный протеомный анализ ,внутренний пептидный стандарт ,Mass spectrometry ,Trypsin ,01 natural sciences ,Tandem mass spectrum ,Blood proteins ,0104 chemical sciences ,03 medical and health sciences ,EXPERIMENTAL RESEARCH ,Proteome ,medicine ,Identification (biology) ,Shotgun proteomics ,030304 developmental biology ,medicine.drug ,mass spectrometry ,protein identification ,shotgun proteomics ,spike-in peptides - Abstract
LC-MS/MS allows identification of thousands of proteins in the complex proteomes. However, a significant part of a proteome remains inaccessible for identification due to the absence or poor quality of MS/MS spectra. The method described herein allows identifying the desired proteins of human blood plasma by comparing aligned chromatographic data of digested by trypsin sample and the same sample with spikedin synthetic peptides. Identification of human blood plasma proteins is archived by assigning tandem mass spectra of spiked-in peptides to the corresponding aligned chromatographic peaks of proteolytic peptides. Using the described approach we have identified 19 low abundant proteins in human blood plasma, which corresponded to 19 synthetic peptides used in the study. SRM verification of the identifications with isotopically labelled standards (SIS) confirmed the presence in the plasma of above 17 proteins., Использование метода панорамной жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (ЖХ-МС/МС) позволяет идентифицировать в сложных протеомах до нескольких тысяч белков. Однако значительная часть протеома остается недоступной для идентификации из-за отсутствия или плохого качества МС/МС спектров. Описываемый в данной работе метод повышает вероятность идентификации белков плазмы крови человека путем выравнивания хроматографических данных образца смеси протеолитических пептидов и этого же образца, разбавленного синтетическими пептидами. Такая идентификация происходит в результате сопоставления тандемных масс-спектров синтетических пептидов с соответствующими выровненными хроматографическими пиками протеолитических пептидов. Используя данный подход, мы выявили 19 низко представленных белков плазмы крови человека, соответствующих 19 синтетическим пептидам, выбранным для исследования. Проверка идентификаций методом мониторинга диссоциативных переходов с изотопно-мечеными стандартами подтвердила наличие в плазме 17 белков.
- Published
- 2019