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Las comunidades de la infauna (macro- and meiobentos) y varios factores abióticos fueron muestreados en cuatro estaciones en la Bahía de La Habana, Cuba, en junio del 2006. Una comparación de concentración de contaminantes con valores de referencia indicó que la bahía está fuertemente contaminada. Varios tipos de contaminantes (hidrocarburos del petróleo, metales pesados y pesticidas organoclorados) fueron detectados en los sedimentos y se registró eutrofización en el agua. Existieron diferencias en la naturaleza de la contaminación entre las ensenadas: las más contaminadas fueron Marimelena, fundamentalmente por metales de origen industrial (Cr, Co, Mn, Ni, V) y Atarés, principalmente por metales de origen urbano (Pb y Zn) y enriquecimiento orgánico. Las comunidades de la infauna estuvieron fuertemente impactadas en el número de taxa y la densidad; y una defaunación casi total ocurrió en la ensenada más impactada. Solo especies de nemátodos marinos de vida libre tolerantes a la contaminación (Sabatieria pulchra, Terschellingia longicaudata, and Parodontophora xenotricha) estuvieron presentes en muy bajas densidades en los sedimentos. La explicación más plausible de estos resultados es los efectos de la contaminación sobre la infauna. El régimen hidrodinámico aparentemente modula los efectos de la contaminación sobre las comunidades de nemátodos en el canal de entrada de la bahía por aumentar la cantidad de micro-hábitat disponible y/o facilitar los procesos de colonización.