En Bahía Aeolián es un puerto que esta sometido al tráfico marítimo principalmente turístico, donde se efectúa el centro de distribución comercial de combustibles para las mismas. En el agua de lastre y casco de los barcos se transportan organismos no deseados (virus, bacterias, algas que causan plagas o enfermedades), que se han propagado a nivel mundial, afectando algunos ecosistemas naturales (Waite et al., 2003), generando grandes problemas que siguen afectando tanto a países desarrollados como en vías de desarrollo. Existen escasas investigaciones del plancton en la Bahía Aeolián, el objetivo del presente estudio fue caracterizar una Base de datos de la biodiversidad el fitoplancton y zooplancton del ecosistema marino costero del Puerto Baltra y Bahía Aeolián en ambos estados de marea, forma parte del proyecto multidisciplinario de Gestión Ambiental de la Armada, como herramienta para complementar la conservación y Biodiversidad de la Reserva Marina Galápagos (RMG) e implementar futuras auditorias ambientales. Pseudonitzschia