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The aim of this study was to evaluate the diversity of Enterobacteriaceae present in soil and tomato fruits from three greenhouses with fertirigation system. These crop systems are an important alternative for production in protected agriculture; however, there is little information about the microbiological quality of the fruit and its relationship with chemical soil characteristics. Soil evaluations consisted of analyzing organic matter content and pH. In the microbiological analysis were isolated and identified enterobacterias organisms from composite samples of soil and fruits at different stages of maturity (0, 50 and 100%). Culture media used was selective, differential and confirmatory testing with VITEK system. Enteropathogenic E. coli (EPEC) and enterotoxigenic E. coli (ETEC) were characterized genotypically, amplifying the lngA and bfpA genes by the technique of polymerase chain reaction (PCR). Diversity index (Simpson (D), Shannon-Wiener (H') and Chao estimator (SChao1) were calculated with the identified species. The species Enterobacter cloacae, Citrobacter freundii and C. brakii had a higher frequency of isolation, EPEC and ETEC were identified in soil samples and in fruits with 100% maturity. In soil, H' indices were positively correlated with the highest organic matter percentages. In fruit, although H 'and D showed less diverse bacterial communities, the isolation of ETEC and Shigella boydii on the fruit surface compromise their safety because they are usually consumed raw. El objetivo de este trabajo fue determinar la diversidad de enterobacterias presentes en suelo y tomates provenientes de tres invernaderos de fertirrigación. Estos sistemas de cultivo son una alternativa importante de producción en agricultura protegida, sin embargo, existe escasa información acerca de la calidad microbiológica de los frutos y su relación con las características químicas del suelo. Las evaluaciones del suelo consistieron en analizar el contenido de materia orgánica y pH. En los análisis microbiológicos se aislaron e identificaron enterobacterias en muestras compuestas de suelo y frutos con diferentes grados de madurez (0, 50 y 100%), utilizando medios de cultivo selectivos, diferenciales y pruebas confirmatorias con el sistema VITEK. Los patogrupos de Escherichia coli enteropatogena (EPEC) y enterotoxigénica (ETEC) se caracterizaron genotípicamente mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), amplificándose los genes bfpA y lngA. Con las especies identificadas se calcularon los índices de diversidad Simpson (D) y Shannon-Wiener (H´) y estimador de Chao (SChao1). Las especies Enterobacter cloacae, Citrobacter freundii y C. brakii presentaron mayor frecuencia de aislamiento, EPEC y ETEC fueron identificadas en muestras de suelo y en frutos con 100% de madurez. En suelo, los porcentajes de materia orgánica se correlacionaron positivamente con los índices H´. En fruto, aunque H´ y D reflejaron comunidades bacterianas menos diversas, el aislamiento de ETEC y Shigella boydii sobre la superficie del fruto comprometen su inocuidad debido a que habitualmente se consume en forma cruda.