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Floods increase the similarity of the abiotic water characteristics of the rivers with those of the surrounding floodplains and are the main factors that influence the ecosystem dynamics. The aim of this paper was to examine the alterations in abiotic characteristics of the Paranapanema River and three lateral lagoons with different degrees of connectivity to the river during the flood period. Samplings were performed twice a week during a three-month period. Water quality in the Camargo and Coqueiral lagoons, connected to the Paranapanema River, presented patterns of variation similar to those of the lotic ecosystem, evidenced by the principal component analysis. In Cavalos Lagoon, changes in water quality were observed in all the environments, such as a function of dilution after the water level increased and greater nutrients resulting from littoral plant decomposition after submersion. In conclusion, the marginal lagoons and river were influenced by two anthropogenic actions: water storage in a dam reservoir, which acted like a buffer against hydrological pulses, and the widening of the channel uniting Camargo Lagoon with the river, changing the connectivity level and causing an ever-greater similarity of the lagoon with the lotic system.Las inundaciones asemejan las características abióticas del agua de los ríos a la de los entornos de planicies aluviales y son los principales factores que influyen en la dinámica del ecosistema. El objetivo de este trabajo fue analizar las alteraciones en las características abióticas del río Paranapanema y de tres lagunas laterales con distintos niveles de conectividad al río durante el período de inundación. Los muestreos se realizaron dos veces por semana durante un período de tres meses. La calidad del agua en las lagunas Camargo y Coqueiral, conectadas al río Paranapanema, presentó patrones de variación similar a aquellos del ecosistema lótico, demostrado por medio de análisis de componentes principales. En la laguna de Cavalos se observaron cambios en la calidad del agua de todos los ambientes, tales como una función de dilución después del aumento del nivel de agua y del incremento de nutrientes como resultado de la descomposición de las plantas litorales después de la inmersión. En conclusión, las lagunas marginales y el río fueron influenciados por dos acciones antropogénicas: el almacenamiento de agua en la presa, que actúa como un sistema de amortiguación de pulsos hidrológicos y la ampliación del canal de la asociación de la laguna Camargo con el río, cambiando el nivel de conectividad, y causando una similitud cada vez mayor de la laguna con el sistema lóticos.