Search

33 ÖZET Hidatidozun tanımında komplement birleşmesi reaksiyonu (Wein berg), Casoni reaksiyonu, Latex aglutinasyonu, ELİSA ve PELİSA deneyleri yapıldı. 10 sağlıklı çocuğun serumu ile yapılan ELİSA deneyinde absor- bans değeri (0,207i0,065) olarak bulundu. Operasyonla hidatidozlu olduğu kanıtlanmış olan 40 hastadan 37'sinde ELİSA pozitif, 38'inde PELİSA pozi tif, 15'inde Weinberg pozitif, 38'inde Casoni pozitif ve 30'unda Latex agluti- nasyon testi pozitif olarak bulundu. 34 SUMMARY Complement fixation test (Weinberg), Casoni (Intradermal reacti on), Latex agglutination test, ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) and PELISA (Paper Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) were applied for the diagnosis of human hydatid disease. ELISA absorbans value was found as optimal (0,2Q7±0,065) in healty 10 children. Of the 40 patients who had proven haydatid disease by surgical operation 37 were found positive by ELISA, 38 were positive by PELISA, only 15. had positive Weinberg, 38 were found positive with Casoni test and 30 had positive Latex agglutination test. 39

ÖZET BANKNOTLARDA GRAM NEGATİF BAKTERİ VARLIĞI VE ANTİBİYOTİK DİRENCİNİN ARAŞTIRILMASITürkiye OECD ülkeleri arasında antibiyotik kullanımının en fazla olduğu ülkedir. Dolayısıyla antibiyotik direnci konusunu sadece hastane ortamından izole edilen bakterilerde değil toplumda ve çevrede de araştırmak epidemiyolojik veri eldesi ve dirençle mücadelede yeni yaklaşımların belirlenmesi bakımından anlamlı olacaktır. Toplumda dirençli bakterilerin yayılımı konusunda yaygın dolaşımda bulunan materyal olan banknotlar, konunun araştırılması bakımından uygun görülmüş; çalışmamızda dirençli bakteri sorununda en büyük paya sahip Gram negatif basiller başta olmak üzere dirençli bakterilerin banknotlarda varlığını araştırmak amaçlanmıştır. Banknotların, dirençli bakterilerin taşınmasında bir risk faktörü olup olmadığı yorumlanmıştır.İstanbul'da Aralık 2018- Ocak 2019 tarihlerinde farklı bölgelerden 5 TL ve 10 TL'lik toplam 200 adet banknot toplanmış olup kültür, tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri gerçekleştirilmiştir. 5 TL'lik banknotlarda saptanan bakteri sayısı 36, 10 TL'lik banknotlarda ise 22 olarak bulunmuştur. Tespit edilen bakterilerin %60'ı 5 TL'lik banknotlarda görülmüştür. Staphylococcus aureus %12,2, Enterococcus spp. %14, Escherichia coli %24, Klebsiella pneumoniae %22,8, Pseudomonas aeuroginosa %8,77, Serratia marcescens %3,5, Kluyvera cryocrescens %1,75 ve Salmonella spp. %3,5 oranında bulunmuştur. Dirençli bakteriler olarak metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) %5,2, Vankomisine dirençli Enterococcus spp. (VRE) %7,01 ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (ESBL) yapan Enterobacteriaceae üyeleri %17,4 oranında bulunmuştur. Çalışmamızda banknotların dirençli bakterilerle kontamine olduğu gösterilmiş olup dirençli bakterilerin taşınmasında bir risk faktörü olabileceği sonucuna ulaşılmıştır.Anahtar Kelimeler: Banknot, Gram Negatif Bakteri, Gram Pozitif Bakteri, Antibiyotiklere Direnç Turkey is the country where antibiotic usage is most common among OECD countries. Therefore, it would be meaningful to investigate the issue of antibiotic resistance not only in bacteria isolated from the hospital environment but also in the community and the environment in terms of obtaining epidemiological data and identifying new approaches in the fight against resistance.Banknotes, which are widely circulating material in the society which makes appropriate subject to investige the role on spreading antibiotic resistant . In our study, we aimed to investigate the presence of resistant bacteria in banknotes, especially Gram negative bacilli, which have the largest share in the problem of resistant bacteria. It was interpreted whether banknotes were a risk factor for the transport of resistant bacteria.A total of 200 banknotes of 5TL and 10TL were collected from different regions in Istanbul between December 2018 and January 2019 and culture, identification and antibiotic susceptibility tests were performed. The number of bacteria were isoleted from 5-note and 10-note banknotes were found to be 36 and 22 respectively. Which were defined as Staphyloococcus aureus (12.2%), Enterococcus spp. (14%), E.coli (24%), Klebsiella pneumoniae (22.8%), Pseudomonas aeuroginosa (8.77%), Serratia marcescens (3.5%), Kluyvera cryocrescens (1.75%) and Salmonella spp. It was found to be (3.5%). Methicillin-resistant staphylococcus aureus (MRSA) was resistant to (5.2%) and vancomycin-resistant enterococcus spp. (VRE) 7.01% and extended spectrum beta lactase (ESBL) were found in (17,4 %).In our study, it was shown that banknotes were contaminated with resistant bacteria and it was concluded that it may be a risk factor in the transportion of resistant bacteria among community.Keywords: Paper Money, Gram Negative Bacteria, Gram Positive Bacteria, Bacteria Resistance 74

İnsanlar arasında çok sık el değiştiren araçlardan biri olan kâğıt ve madeni paraların ciddi infeksiyonların bulaştırıcılığı açısından önemli bir vasıta olduğu bilinmektedir. Dünyada ve ülkemizde farklı araştırma gruplarının kâğıt ve madeni paralarda yaptıkları araştırmalar halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Para sayma alışkanlıkları, tuvalet ve el hijyenine uyum gibi birçok konuda ülkeler arasında büyük farklılıklar görülebildiği gibi ülkelerin bölgeleri arasında da fark görülmektedir. Bu düşünce kapsamında yabancı turistlerin fazla olduğu, yabancı göçünün fazla olduğu, dolayısıyla ticaretin fazla olduğu İstanbul ili/Fatih ilçesinde çevrimde olan yerli ve yabancı madeni paraların farklı meslek gruplarından toplanarak bakteriyolojik açıdan çalışılması amaçlandı. . Çalışmada 50 adet yerli para balıkçı, sebzeci, tekstilci ve market çalışanından, 50 adet yabancı madeni para ise döviz bürosundan rastgele örnekleme metodu ile toplandı. Paraların her biri Brain Heart Infusion Broth içinde laboratuvara ulaştırıldı. Falkonlar içinde laboratuvara ulaştırıldıktan sonra oda ısısında 24 saat bekletildi ve sonrasında bakteri üretimi için besiyerlerine ekim işlemi yapıldı.Bakteriyel kontaminasyon oranı yerli madeni paralarda %86, yabancı madeni paralarda %74 olarak saptandı. Acinetobacter spp. yerli madeni paraların 26'sında (%52), Bacillus spp. 15'inde (%30), Klebsiella spp. 12'sinde (%24), KNS 5'inde (%10), Enterobacter spp. 5'inde (%10), Pseudomonas spp. 2'sinde (%4), E. coli 2'sinde (%4), Maya(Candida) ise 1'inde (%2) üredi. Acinetobacter spp. yabancı madeni paraların 22'sinde (%44), Bacillus spp. 9'unda (%18), KNS 4'ünde (%8), Klebsiella spp. 4'ünde (%8), Enterobacter spp. 2'sinde (%4), Nocardia spp. ise 1'inde (%2) üredi. Farklı esnaf gruplarından; balıkçı sebzeci, market, tekstilciden toplanan yerli madeni paralarda özellikle balıkçı(%100), sebzeci(%95) gibi esnaflarda yüksek oranda gözlenen bakteri kontaminasyonunu, bu gruplarda çok iyi hijyenik ortamın sağlanamamasına bağlıyor ve el hijyeninin kesintiye uğradığını düşünüyoruz It is known that paper and coins, one of the tools that change hands frequently among people, it is important means of transmitting serious infections. The researches carried out by different research groups on paper and coins in the world and in our country are important for public health. There are great differences between countries in terms of money counting habits, toilet and hand hygiene compliance, as well as in different regions. Within the scope of this idea, it was aimed to work bacteriologically by collecting domestic and foreign coins from different occupational groups in Istanbul / Fatih region where there is a lot of foreign tourists and foreign migration thus trade is high. . In this study, 50 local coins were collected from fishermens, grocers, textile sellers and marketers and 50 foreign coins were collected from the exchange offices. Each of the money was delivered to the laboratory in Brain Heart Infusion Broth. After being delivered to the laboratory in the falks, it was kept at room temperature for 24 hours and then the microbial cultivation process was carried out for the production of bacteria. Bacterial contamination rate was 86% in domestic coins and 74% in foreign coins. Acinetobacter spp. in 26 samples (52%) of the domestic coins, Bacillus spp. in 15 samples (30%), Klebsiella spp. in 12 samples (24%), CNS in 5 samples (10%), Enterobacter spp. in 5 samples (10%), Pseudomonas spp. in 2 samples (4%), E. coli in 2 samples (4%), yeast (Candida) in 1 sample (2%) was produced. Acinetobacter spp. in 22 samples (44%) of the foreign coins, Bacillus spp. in 9 samples (18%), CNS in 4 samples (8%), Klebsiella spp. in 4 samples (8%), Enterobacter spp. in 2 samples (4%), Nocardia spp. in 1 sample (2%) was produced. Different trades groups; We believe that the high levels of bacterial contamination observed especially in fishermen (100%) and grocers (95%) in local coins collected from fishermens, grocers, marketers, textile sellers and the lack of hygienic environment and hand hygiene in these groups. 45

Bakterilerin hızlı bir şekilde tespit edilmesi hastalık tanısı, çevre ve gıda analizleri için son zamanlardaki en önemli konulardan biridir. Bakterilerin varlığını gösteren en doğru ve güvenilir yöntemler kültürel yöntemlerdir, ancak bu analizlerin sonuçlanması 24 saat ya da daha uzun süreler gerektirmektedir. Bu uzun bekleme sürelerini ortadan kaldırmak için antijen-antikor reaksiyonunu temel alan hızlı antijen testleri geliştirilmiştir. Fakat hızlı antijen testlerinin en önemli dezavantajı düşük doğruluk ve düşük duyarlılıktır. Yatay akış immunoassay sistemleri ucuz ve hızlı bir alternatif olarak son yıllarda oldukça önem kazanmıştır. Ancak bu sistemlerde nicel analiz için renk değişimi ölçümlerinin yerine, daha düşük tayin limitlerine ulaşabilecek yüksek hassasiyet ve doğrulukta tayin yöntemlerine ihtiyaç vardır. Bu amaçla tez kapsamında geliştirilen kâğıt tabanlı yatay akış immunoassay sistemi yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopi (SERS) tekniği ile tayin edilmiştir. Hedef bakteri olarak seçilen E.coli tayini, yıkama işlemlerine gerek kalmadan ve SERS etiketi sisteme önceden yerleştirilerek gerçekleştirilmiştir. Yatay akış immunoassay platformu örnek pedi, konjugasyon pedi, nitroselüloz membran ve absorban ped olmak üzere dört bölgeden oluşacak şekilde inşa edilmiştir. Örneğin sisteme verilmesi ile konjugasyon pedindeki nanopartikül-antikor-bakteri kompleksi test pedindeki antikorlar ile yakalanmış ve bu şerit üzerinden E.coli tayini için SERS ölçümleri gerçekleştirilmiştir. Yöntemin seçiciliği Salmonella Enteritidis, Bacillus subtilis, Micrococcus luteus bakterileri ile test edilmiş ve bu bakterilerin SERS ölçümleri ile gerçekleştirilen E.coli tayininde girişim etkisi gözlenmemiştir. E.coli için kalibrasyon grafiğinde doğrusal aralık 2,7x101 - 1,0x106 kob/mL dir. Tayin için toplam analiz süresi bir saatten az ve teşhis sınırı ise 10 kob/mL olarak tespit edildi. Bakteri tayini için kullanılabilecek nanopartiküllerin tasarımı, sentezi ve yüzey modifikasyonu, karmaşık bir numuneden E.coli bakterisinin etkili bir şekilde ayrılmasına olanak sağlamış ve ayrıca biotinli antikorların kontrollü bir şekilde avidin-bağlı nanopartikül yüzeyine immobilizasyonu ile de yatay akış immunoassay platformları üzerinden SERS sinyali alınarak veri analizi yapılmıştır. Hızlı bakteri tayin yöntemleri ülke ve dünya ekonomisinde günden güne önem kazanmaktadır, gerçekleştirilecek olan kâğıt tabanlı yatay akış immunoassay ölçümlerinin geçerli bir alternatif yöntem olarak çok yüksek bir ekonomik potansiyele sahip olduğu açıkça görülmektedir. The fast detection of pathogenic bacteria has one of the most significant and recent subject for food industry, environment and diagnostic analysis. The most accurate and reliable methods for the presence of bacteria are cultural methods, but the results of these analyzes require 24 hours or more. Rapid antigen tests based on the antigen-antibody reaction have been developed to eliminate these long waiting times. However, the most important disadvantage of rapid antigen tests is low accuracy and low sensitivity.Lateral flow immunoassay systems have gained considerable importance in recent years as a cheap and fast alternative. However, in these systems, instead of color change measurements for quantitative analysis, high accuracy and accuracy determination methods are needed which can reach lower detection limits. For this purpose, the paper-based lateral flow immunoassay system developed within the scope of the thesis was determined by Raman spectroscopy (SERS) technique on the surface. The determination of E.coli as the target bacteria was carried out without the need for washing and pre-placing the SERS label on the system. The lateral flow immunoassay platform is constructed of four zones: sample pad, conjugation pad, nitrocellulose membrane and absorbent pad. After the sample was introduced into the system, the nanoparticle-antibody-bacteria complex on the conjugation pad was captured with the antibodies on the test pad and SERS measurements were performed for the determination of E.coli on this strip. The selectivity of the method was tested with Salmonella enteritidis, Bacillus subtilis, Micrococcus luteus and no interference effect was observed for the determination of E.coli by SERS measurements. The linear range in the calibration for E.coli is 2.7x101-1.0x107 cfu/mL. The total analysis time for the assay was less than one hour and the diagnostic limit was 10 cfu/mL. The design, synthesis and surface modification of the nanoparticles that can be used for bacterial determination enabled efficient separation of E. coli bacteria from a complex sample and also by controlled immobilization of biotinylated antibodies to the avidin-bound nanoparticle surface and data analysis by means of lateral flow immunoassay platforms.Rapid bacterial determination methods are gaining importance day by day in the country and world economy. It is clear that the paper-based lateral flow immunoassay measurements to be performed have a very high economic potential as a viable alternative method. 77

Amaç: Bu çalışmanın amacı SLA, flor modifiye ve anodize implant yüzeyi kullanılan bölgelerde peri-implant hastalığın immünolojik belirteçleri olan TNF-α, PGE2, RANKL, RANK, OPG ve mikrobiyolojik etkenleri olan Fusobacterium nucleatum (F. nucleatum), Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis), Treponema denticola (T. denticola), Tannerella forsythia (T. forsythia), Prevotella intermedia (P. intermedia), Streptococcus oralis (S. oralis) seviyelerinin karşılaştırılmalı olarak değerlendirilmesidir.Yöntem: Çalışmamız Necmettin Erbakan Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Periodontoloji Anabilim Dalı'nda kısmi diş eksiklikleri implant destekli sabit restorasyonlarla tedavi edilen ve implantları en az 1 yıldır fonksiyonda olan bireyler geri çağırılarak gerçekleştirildi. Çalışmaya kemik metabolizmasını ve yara iyileşmesini etkileyecek herhangi bir sistemik rahatsızlığı bulunmayan, 18 yaşından büyük, standart abutment kullanılan siman tutuculu implant üstü protez yapılan hastalar dahil edildi. Çalışmada her iki cinsten 24'ü kadın 13'ü erkek toplam 37 bireydeki 71 adet dental implant değerlendirildi. Çağrılan hastalar yapılan implantların yüzey özelliklerine göre 3 gruba ayrıldı. Grup 1: Yüzeyi SLA (kumlanmış ve asitlenmiş titanyum yüzeyi) ile pürüzlendirilmiş implantlar (Straumann®, Basel, İsviçre), Grup 2: Yüzeyi flor ile modifiye edilerek pürüzlendirilmiş implantlar (Astra Tech, OsseoSpeed™, İsveç) Grup 3: Yüzeyi anodizasyon ile pürüzlendirilmiş implantlar (TiUnite Nobel Biocare, Replace® Conical Connection, İsveç). İmplantların plak indeksi, gingival indeks, sondlamada kanama, cep derinlikleri, klinik ataçman seviyeleri ve vestibül yüzeylerindeki keratinize dişeti genişlikleri ölçüldü. Peri-implant oluk sıvısı (PIOS) örnekleri, standart boyutta özel kağıt şeritler (Perio-paper, Oraflow Inc, New York, ABD) yardımıyla toplandı. Subgingival plak örnekleri PIOS toplandıktan yaklaşık 15 dakika sonra gracey küretleri yardımıyla toplandı. Toplanan örnekler 200 µl fosfat buffer solüsyonu içeren steril eppendorf tüplerine transfer edildi. Tüpler analiz gününe kadar -80 °C'de saklandı. PIOS örnekleri için ELISA, subgingival plaktaki bakterileri tespit etmek için PCR yöntemi kullanıldı.Bulgular: Plak indeksinin gruplar arasında anlamlı farklılığa sahip olduğu izlendi (p=0,01). En düşük değer Grup 1'de gözlemlenirken en yüksek değer Grup 3'de gözlemlendi. Sondlamada kanama durumu ile gruplar arasında anlamlı derecede ilişki bulundu (p=0,001). Grup 3 implantlarında sondlamada kanama daha fazla bulundu. Peri-implant durumlar da gruplar arasında anlamlı farklılık gösterdi (p=0,015). Grup 1 ve Grup 2'de sağlıklı implantların oranı fazla iken peri-implant mukositis ve peri-implantitis Grup 3'te daha yüksek oranda görüldü. Gingival indeks, cep derinliği, klinik ataşman seviyesi, keratinize dişeti genişliği ölçüm değerleri gruplar arasında anlamlı farklılık göstermemiştir. İmplant gruplarına göre kemik immünolojik biyomarkırların karşılaştırmaları yapıldı. TNF-α, PGE2, RANKL, RANK, OPG ölçümlerinde ve hesaplanan RANKL/OPG oranı gruplar arasında anlamlı bulunmadı (p>0,05). Mikrobiyolojik sonuçlar ise gruplar arasında anlamlıydı. F. nucleatum, T. forsythia, T. denticola ve P. intermedia Grup 3'te en yüksek iken, P. gingivalis ve S. oralis Grup 2'de yüksek bulundu. Sonuç: Gruplar karşılaştırıldığında, Grup 3 (anodize yüzey) implantlarında peri-implantitis oranı, sondlamada kanama ve plak miktarı oranı daha fazla bulundu. F. nucleatum, T. forsythia, T. denticola, ve P. intermedia DNA miktarlarının da Grup 3 implantlarında anlamlı derecede fazla olduğu görüldü. Bu durumun anodize yüzeyin porlu yapısına bağlı olabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Dental implant, İmmünoloji, Mikrobioloji, Yüzey özelliği Objective: The purpose of this study was to investigate the effects of peri-implant disease markers such as TNF-α, PGE2, RANKL, RANK, OPG and Fusobacterium nucleatum (F. nucleatum), Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis), Treponema denticola (T. denticola), Tannerella forsythia (T. forsythia), Prevotella intermedia (P. intermedia), Streptococcus oralis (S. oralis).Method: This study was performed in Necmettin Erbakan University Faculty of Dentistry Department of Periodontology that include partial dental deficiencies, who were treated with fixed implant-supported restorations and were recalled for at least 1 year. Patients who underwent implant-assisted prosthesis with a cement-retaining abutment greater than 18 years old, with no systemic disease affecting bone metabolism and wound healing, were included in this study. In this study, 71 dental implants were evaluated in 37 individuals in 24 women 13 men. The patients were divided into 3 groups according to the surface characteristics of implants. Group 1: Surfaces roughened with SLA (sandblasted and large grit acid etched) titanium surface (Straumann®, Basel, Switzerland) Grup 2: Surfaces roughened implants modified with fluorine (Astra Tech, OsseoSpeed ™, Sweden) Group 3: Surfaces roughened with anodisation (TiUnite Nobel Biocare, Replace® Conical Connection, Sweden). The plaque index, gingival index, bleeding on probing, pocket depths, clinical attachment levels and keratinized gingival widths on the vestibule surface of the implants were measured. Peri-implant crevicular fluid (PICF) specimens were collected using with standard size special paper strips (Perio-paper, Oraflow Inc, New York, USA). Subgingival plaque samples were collected with plastic gracey curette approximately 15 minutes after PICF collection. The pooled samples were transferred to sterile eppendorf tubes containing 200 μl of phosphate buffer solution. The tubes were stored at -80 °C until the analysis day. ELISA method was done for PIOS samples and PCR method was performed for detecting subgingival plaque bacteria.Results: Results of this study, it was observed that the plaque index had a significant difference between the groups (p = 0,01). The lowest value belonged to group 1 while the highest value belonged to group 3. There was a significant relationship between the bleeding on probing and the groups (p = 0.001). Group 3 implants had more bleeding on probing. Peri-implant status also showed a significant difference between the groups (p = 0,015). When groups were compared peri-implant mucositis and peri-implantitis was found higher in Group 3. Gingival index, pocket depth, clinical attachment level, gingival keratinized tissue were found simillar between groups. TNF-α, PGE2, RANKL, RANK, OPG and RANKL / OPG ratio was not found significantly different between the groups (p>0,05). Microbiological results were found significantly different between the groups. Ratio of F. nucleatum, T. forsythia, T. denticola and P. intermedia were the highest in Group 3, while P. gingivalis and S. oralis were higher in Group 2.Conclusion: The findings of this study that when compared the groups, peri-implantitis rate, bleeding on probing and plaque index rate were found higher in group 3 (anodized surface) implants. DNA quantities of F. nucleatum, T. forsythia, T. denticola, and P. İntermedia were significantly higher in Group 3 implants. This can be attributed to the porosity of the anodized surface. Key Words: Dental implant, Immunology, Microbiology, Surface properties 123

Periodontitis, periodontal liflerde ve se¬mentte harabiyete, alveolar kemikte yıkı¬ma neden olan klinik bir enflamasyondur. Kronik periodontitis ise plak birikimi sonucu ortaya çıkan, dişeti enflamasyonu ve cep oluşumu ile sonlanan, periodontal ataşman ve alveol kemiği kaybıdır. Bu tezde kronik periodontitisli hastalardan alınan subgingival plak örneklerinden, anaerob bakterilerin varlığının moleküler yöntemler ile araştırılması ve bu hastalardaki bakteri sıklığı ile, periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan, plak indeksi (Pİ), gingival indeks (Gİ) ve sondalama derinliği (SD) gibi parametreler arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, 2013 yılında Elazığ Diş Hastanesi' ne başvuran kronik periodontitisli 37 ve periodontitis yönünden sağlıklı 33 bireyden, periodontal ceplere paper pointler yerleştirilerek krevikular sıvı örnekleri alındı. Daha sonra, bu örneklerden DNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen DNA'lar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)-Ters hibridizasyon yöntemiyle incelendi. PCR-Ters hibridizasyon sonuçlarına göre; kronik periodontitisli 37 hastada % 94 Tannerella forsythia (T. forsythia-Tf) ve Fusobacterium nucleatum (F. nucleatum-Fn), % 86 Capnocytophaga türleri (C sp), % 78 Campylobacter rectus (C. rectus-Cr), % 70 Treponema denticola (T. denticola-Td), % 56 Parvimonas micra (P. micra-Pm) ve Eikenella corrodens (E.corrodens-Ec), % 51 Porphyromonas gingivalis (P.gingivalis-Pg), % 21 Eubacterium nodatum (E.nodatum-En) ve % 16 Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans-Aa)' a rastlanmıştır. Kontrol grubunda ise, % 54 Fn , % 15 C sp, % 3 Tf ve Ec' ye rastlanmıştır. Kronik periodontitisli ve sağlıklı bireylerdeki mikroorganizmaların dağılımı incelendiğinde, iki grup arasındaki farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlendi (p< 0,01, p 0,05). Sonuç olarak, kronik periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan klinik parametreler ile anaerob bakteri varlığı arasında kuvvetli bir ilişkinin olduğu ve bu ilişkiyi belirlemede daha hızlı, spesifik, doğru sonuçlara kısa sürede ulaşılabilecek, PCR-Ters hibridizasyon yönteminin uygulananabileceği kanaatine varıldı. Periodontitis is an inflammatory disease damaging periodontal fibers and cement, and destructing alveolar bone. Chronic periodontitis on the other hand is the loss of periodontal attachment and alveolar bone resulting from the accumulation of plaque and resulting in the inflammation of gingiva and a pocket formation. The objectives of this thesis were molecular detection of anaerobic agents from the subgingival plaque samples and to determine whether there is any relationship between the frequency of these agents in the patients and some parameters such as plaque index (PI), gingival index (GI), and probing depth (SD) that are important in determining the course of the periodontitis. For this purpose, in 2013, crevicular fluid samples were taken from 37 periododntitis patients at the Elazığ Dental Hospital and 33 otherwise healthy people by placing paper points to the periodontal pockets. Next, DNA was isolated from these samples. The DNA samples were tested by Polymerase chain reaction (PCR)-Reverse hybridization method. According to the results of PCR-reverse hybridization , the agents detected from the 37 periodontitis patients were % 94 Tannerella forsythia (T. forsythia-Tf) and Fusobacterium nucleatum (F. nucleatum-Fn), % 86 Capnocytophaga türleri (C sp), % 78 Campylobacter rectus (C. rectus-Cr), % 70 Treponema denticola (T. denticola-Td), % 56 Parvimonas micra (P. micra-Pm) and Eikenella corrodens (E.corrodens-Ec), % 51 Porphyromonas gingivalis (P.gingivalis-Pg), % 21 Eubacterium nodatum (E.nodatum-En)and % 16 Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans-Aa). On the other hand, % 54 Fn , % 15 C sp, % 3 Tf and Ec were found. within the control group. When distribution of the microorganisms were looked into, the difference between the two groups were found significant (p< 0,01, p 0,05). As a result, there is a strong relationship between the clinical parameters of importance and the presence of anaerobic bacteria. PCR-reverse hybridization can be used to detect this relationship faster, and more specifically and accurately. 81

Adli inceleme laboratuvarlarına gönderilen birçok biyolojik delil, doğru toplanıp paketlenmediği, uygun ortamda saklanmadığı ve uygun koşullarda gönderilmediği için DNA analizi yapılamamakta ve bunun yanında, diğer birçok delile DNA dışı testler de uygulanamamaktadır (James SH. 2005). Kan delillerin bozulmasına neden olan etkenlerin saptanması için, delillerin hangi mikroorganizmalar tarafından bozulduğunun tespit edilmesi çok önemlidir.Bu amaçla çalışmamızda, kan örneklerinin bozulmasına neden olan mikroorganizmaların neler olduğunun tespit edilmesi, farklı sürelerde, sıcaklığın ve ortamın bir biyolojik delil olan kan örneklerinin bozulmasına etkisinin araştırılması, farklı özellikteki maddelerden yapılan paket türlerinin biyolojik delillerin bozulmasına etkisinin araştırılması ve ideal paketlerin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamızda, beş farklı zemin (duvar, ahşap, metal, kumaş ve sünger) üç farklı sıcaklık (4oC, 25oC ve 37oC), iki farklı süre (bir ve dört hafta) ve üç farklı paket türü (kağıt zarf, naylon poşet ve bez torba) kullanılarak 90 farklı paket hazırlanmış ve bekleme süreleri sonunda paketler açılarak mikrobiyolojik analizleri yapılmıştır.Yapılan mikrobiyolojik analizler sonunda, paketlerin bekleme süresi artıkça kağıt ve bez çuvallarda mikrobiyolojik üremenin arttığı ancak dört hafta bekletilen naylon poşetlerde bir hafta bekleyenlere nazaran üremenin daha az olduğu görülmüştür.Delil bozulmasının en fazla duvardan alınan kan numunesinde, daha sonra sırasıyla ahşap, sünger, kumaş ve bıçak zeminler üzerinde olduğu görülmüştür.Delil modüllerindeki mikrobiyal üremenin en fazla 4oC'de, en az üremenin oda sıcaklığında olduğu görülmüştür. Bozulmanın en fazla naylon poşetlerde, daha sonra bez poşetlerde, en az bozulmanın ise kağıt zarflar içerisinde olduğu görülmüştür.Çalışmamız boyunca üreyen mikroorganizma türlerine bakıldığında, en sık rastlanan mikroorganizmaların Staphylococcus sp., Bacillus sp. Penicillium sp., Bacillus subtilis, S. aureus ve E. coli olduğu görülmüştür.Sonuç olarak, olay yerinden alınan kan örneklerinin veya kanlı örneklerin, kısa sürede laboratuvarlara teslim edilmesi, mümkün ise kuru bir şekilde sulandırılmadan kazıma yöntemi ile alınması, kağıt zarflarda paketlenmesi, buzdolabı, taşıma kutusu gibi kapalı ortamlarda taşınmaması önerilmektedir. DNA analysis has not applied to many biological evidence. Because, many evidences are not packaged, collected and stored in a suitable environment correctly (James SH. 2005).The relationship between a suspicious, victim and crime scene is detected by DNA analysis. The mistakes during storaging and sending samples to the laboratory are adversely affect the DNA analysis (Hancı İ.H. 2002).We aimed to deterioration of microorganisms causing putreficiation bloody samples, to determine effect of temperature, kind of pocket, waiting time of evidence pockets, environment conductions (sun, rain, humidity, etc.) to decaying.We used to five different surfaces (walls, woods, metals, fabrics and foams), three different temperatures ( 4 °C , 25 °C and 37 °C ), two different times (one and four weeks) and three different pocket types (paper envelopes, plastic bags and cloth sacks) in our study. At the end of the microbiological analysis, longer waiting time of pockets, microbial growth increase in paper and cloth packages. But microbial growth is decrease in nylon packages. The putrefication is more in one week waited package than four week waited.In our study, we saw that the most decaying carry out in wall board. After wall respectively wood, sponge, fabric and knife.The most microbiological growth is at 4°C. The least growth have seen at room temperature. The reason of microbiological growth at temperature 4°C more than other is refrigerator have more moisture then external environment.The decaying is more in the plastic bags then cloth bags and paper envelopes. The least reproduction have seen in paper envelope. The most common coagulase-negative Staphylococcus sp., Bacillus sp., Penicillium sp., Bacillus subtilis, S. aureus and E. coli was found during our examinations. We suggest that, sent the evidences to laboratory in short time and after desiccation, scrapt the blood samples to clean and steril paper, packages the evidences in paper envelope, don't conservative the evidences in a refrigatory, carry box etc. 78

Yakın zamanlarda yapılan çalışmalarda herpesvirüslerle periodontitis şiddeti arasındaki ilişki ortaya konmuştur. Bu çalışmalar hastalığın etyopatogenezinin daha ayrıntılı olarak anlaşılması yönündeki çalışmalara katkı sağlamıştır. Mevcut çalışmada periodontitisli hastalardan alınan subgingival krevikular sıvı örneklerinde farklı herpesvirüslerin (herpes simpleks virüs tip 1 ve 2; HSV-1 ve HSV-2, Epstein?Barr virüs; EBV ve insan sitomegalovirüs; HCMV) varlığının araştırılması ve bu hastalardaki herpesvirüs sıklığı ile, periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan, plak indeksi (Pİ), gingival indeks (Gİ) ve cep derinliği (CD) gibi parametreler arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, 2007 yılında Elazığ Diş Hastanesi Periodontoloji Kliniğine başvuran periodontitisli 52 hastadan ve periodontitis yönünden sağlıklı 20 bireyden paper pointler periodontal ceplere yerleştirilerek krevikular sıvı örnekleri alındı. Daha sonra, bu örneklerden DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen DNA'lar ve dört herpesvirüse özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) uygulandı.PZR sonuçlarına göre, 52 periodontitisli hasta örneğinin %61.5'inde EBV, %53.8'ünde CMV, %32.6'sında HSV-1 ve %25'inde HSV-2 pozitifliği tespit edildi. Sağlıklı kişilerde ise %20'sinde EBV, %10'unda CMV, %10'unda HSV-1 ve %5'inde ise HSV-2 pozitifliği belirlendi. EBV varlığı ile klinik parametler kıyaslandığında; hastaların Pİ, Gİ ve CD ile EBV varlığı arasında pozitif bir korelasyon tespit edildi (spearman's rho). Hastalıklı gruptaki CMV varlığı ile klinik parametreler kıyaslandığında CMV varlığı ile Pİ ve CD arasında pozitif bir korelasyon tespit edilirken gingival indeks ile bir korelasyona rastlanmadı. Hem HSV-1 hem de HSV-2 varlığı ile klinik parametreler arasında bir ilişki belirlenmedi.Sonuç olarak, periodontitisler ve bunların klinik seyirleri ile EBV ve CMV arasında kuvvetli, HSV'lar ile de zayıf bir etyolojik ilişkinin olduğu kanaatine varılmıştır. Recently a relation was revealed between herpesvirus and severity of periodontitis. This studys contribute to understand etiopathogenesis of periodontitis. The aim of this study was to determine prevalence of herpesvirus (Herpes simpleks virus tip 1 ve 2 (HSV-1,2), Epstein?Barr virus (EBV), Cytomegalovirus (CMV)) in crevicular fluid sample which were taken patients with periodontitis and to reveal a relation between clinic paremeter (plak indeks; PI, gingival indeks; GI and probing depth; PD) and present of herpesvirus.For this aim, as sample; 52 patients with periodontitis and 20 healthy persons who attend to periodontology clinic of Elazığ Tooth Hospital were accepted in 2007. Crevicular fluid of sample were taken with paper point. Later DNA was extracted from this sample. Present of herpesvirus (HSV-1,2, EBV, CMV) were investigated with Polymerase Chain Reaction (PCR) using specific primers.EBV was determined in 61.5% of 52 patient?s sample. CMV was determined in 53.8% of 52 sample. HSV-1 and HSV-2 were determined timely in 32.6 % and 25 % of 52 sample. EBV was determined in 20% of 20 sample of healthy persons. CMV was determined in 10% of the 20 sample. HSV-1 and HSV-2 were determined timely in 10 % and 5 % of the 20 sample. A correlation between EBV and clinic parameter (PI, GI, PD) was determined (spearman?s rho). A correlation between CMV and clinic parameter (PI, PD) was determined but a correlation between CMV and GI was not determined. A correlation between HSV-1, 2 and clinic parameter (PI, GI, PD) was not determined.As result; present of a strong etiologic relation between present of EBV, CMV and periodontitis, its clinic condition were convinced. Weak etiologic relation between HSV and periodontitis, its clinic condition were convinced. 79

Bu çalışmada Kahramanmaraş ili kağıt fabrikaları çevresinden alınan toprak, su ve artık örneklerinden izole edilen Bacillus suşlarının farklı substrat olan CMC ve filtre kağıtları ve farklı karbon kaynakları kullanılarak enzim üretme yetenekleri araştırılmış ve kısmi olarak saflaştırılan enzimin üretimini arttıran ve azaltan etkiler belirlenmeye çalışılmıştır.En yüksek selülaz aktivitesi gösteren Bacillus sp A20, A36 ve C14 suşlarından CMC ve fitle kağıdı kullanılarak üretilen enzim miktarı saptanmıştır. Selülaz enziminin kısmi saflaştırma yapıldıktan sonra substrat olarak CMC kullanıldığında optimum pH C14 için 4, A20 için 5 ve A36 için 7; sıcaklık ise C14 için 37 ºC, A20 ve A36 için ise en iyi aktivite 42 ºC olarak tespit edilmiştir. Karbon kaynaklarını incelendiğinde ise C14 ve A26 için galaktoz, A20 için ise en iyi aktivite laktoz varlığında gözlenmektedir. Substrat olarak filtre kağıdı kullanıldığında optimum pH C14 ve A20 için 9, A36 için ise 5 olarak tespit edilmiştir; her üç örneğimiz için de en iyi aktivite gösterdiği sıcaklık 42 ºC olarak tespit edilmiştir. Farklı karbon kaynaklarındaki en yüksek enzim aktivitesi de galaktoz varlığında gerçekleştiği tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Bacillus , CMC, FP, sıcaklık, pH , selülaz, karbon kaynakları In this study Bacillus species enzyme production ability searced by using CMC which is different substrate and filter paper and different carbon sources which are taked from Kahraman Maraş city?s paper factories and insulated from soil, water and water samples, and tried to determine factors that rised and reduced semipured enzymes products.Amount of the produced enzyme is determined by using filter paper of Bacillus species A20, A36 and C14 species are gives highest cellulase activities. After from to be made insulation as using subtract CMC of cellulase enzyme that best activity is determined optimum pH for C14 is 4, for A20 is 5, for A 36 is 7 and temperature for C14 is 37C, for A20 and A36 is 42. When carbon sources detected for C14 and A26 in Galactose and for A20 the best activity presence of Lactose is behelded. When filter paper is used as substract optimum pH for C14 and A20 is 9, for A36 is 5 and for three sample the best activity temperature is determined as 42. Different carbon sources also the highest enzyme activity are determined in the presence of Galactose.Key Words: Bacillus , CMC, FP, temprature, pH , cellulase, different carbon sourcesIV 50

Numerous antibiotics have been tested for the treatment of Honeybee Foulbrooddiseases which cause significant loss in Beekeeping Industry. For this purpose,different groups of antibiotics such as oxytetracycline, erithromycine, tylosin,azadirachtin, ampicillin, mirosamycin were studied under in-vitro and in-vivoconditions and residue levels were measured in honey and other honeybeeproducts. But it was not important to use an antibiotic, as the real problem comesinto existence after its use. Especially, in nectar flow period the residues ofantibiotics remain in honey and other honeybee products. This event is veryhazardous for human health. The results of the experiments demonstrate thateven the most useful and effective antibiotic needs a degradation time and leavesresidues.Recently, all of the studies are directed the efficiency of essential oils asantibiotics. According to the reports of these studies, natural essential oils haveboth physical and toxicological mode of action. On the other hand, they have ashort degradation time and don?t leave any residue in honey or other honeybeeproduct.In this study, esential oils are selected from selected endemic plant species fromTurkey. Then, these oils were examined for antibacterial activity and comparedwith some synthetic antibiotics. In this way, natural essential oils, that havemaximum antibacterial activity, may be put forward as alternative to syntheticantibiotics. Because these oils are extracted mostly from endemic plants ofTurkey, the results of this experiment will be very important for BeekeepingIndustry all over the World. In this way, this study will carry extra importance forTurkey in World Beekeeping Literature.iiiThe first stage of experiment was started with honeybee brood sample collectionin field studies from different regions of Turkey. At the same time extraction ofessential oils from plants were undertaken. The isolation and identification offoulbrood strains were performed. In these experiments 14 Paenibacillus larvae(the cause of American Foulbrood), 17 Melissococcus pluton (the cause ofEuropean Foulbrood) were diagnosed. Antibiotic disc papers were prepared andessential oils were absorbed to these paper discs. From then, the experimentcontinued as a routine antibiogram test. In the end, the diameter of zones weremeasured and evaluated the efficiency antibiotic discs which contain standardvalues of essential oils.In conclusion, the essential oil of Origanum onites and one of the its ingredents,Carvacrol and the essential oil of Rosmarinus officinalis were found effective onAmerican Foulbrood Disease. Similarly, the essential oil of Origanum onites andone of its ingredents, Carvacrol and the essential oils of Seseli androanki, Biforaradians were found effective on European Foulbrood Disease.This study shows that, these natural medicines which were extracted from Turkeyplants may be alternative antibiotics for the treatment of the two importanthoneybee diseases. 121

ÖZET VE SONUÇ Bu çalışmada klinik tanı kriterlerine göre dişhekimi tarafından 100 hastaya periodontal apse tanısı konulmuştur. Tanıda, radyolojik bulgular, yüzde şişme, ağrı, dişetinin normal konturunun kaybolması gibi kriterler önem taşımaktadır. İncelenen hasta grubunun yaşlan 10-58 arasında olup ortalama 34 olarak tesbit edilmiştir. Hastaların 63'ü bayan, 37'si erkektir. Periodontal apseli 100 hastanın apse örnekleri periodontal cepten paper- point'lerle alınmış ve örneklerden mikroskobik inceleme, aerop ve anaerop kültürler yapılarak sonuçlar kıyaslanmıştır. Hastaların %23' ünde yanlızca anaerop bakteri, %77' sinde anaerop ve aerop bakteriler birlikte izole edilmiştir, (şekil 1) İncelenen apse örneklerinden 111'i zorunlu anaerop, 93'ü fakültatif anaerop olmak üzere, toplam 204 bakteri kökeni elde edilmiştir. Fakültatif anaerop bakteriler içinde PA'lı hastalardan en sık izole edilen bakteriler Alfa hemolitik streptokoklar olmuştur. Bu kökenler 48 hastadan (%52) izole edilmiştir. Bu bakteriyi takiben Stafilokok cinsi bakteri 19 hastadan (%20), enterik bakterilerden Enterobacter cinsi bakteri 14 hastadan(%15), E. coli ise 12 hastadan (%13) izole edilmiştir. Anaerop kültür incelemelerinde PA'lı hastalardan en fazla izole edilen kökenler anaerop Gram pozitif çomaklar olmuştur. Bunlar 46 hastadan (%41) izole edilmiştir. Anaerop Gram pozitif çomaklardan en sık izole edilen köken ise Actinomyces spp. olup 17 hastadan (%37) izole edilmiştir. Diğer cinslerden Eubacterium spp. 13 hastadan (%28), Lactobacillus spp. 11 hastadan (%22), Clostridium spp. 4 hastadan (%9) ve Propioniobacterium spp. 1 hastadan (%4) izole edilmiştir. PA'lı hastalardan ikinci grup olarak %36' lık oranla en fazla anaerop koklar izole edilmiştir. Bunlar toplam 40 hastadan izole edilmiş olup kendi aralarındaki dağılımları ise şöyledir. Streptococcus intermedius 15 hastadan 66(%37), Peptostreptococcus spp. 14 hastadan (%35), Ruminococcus spp. 5 hastadan (%13), Veillonella spp. 4 hastadan (%10) ve Staphylococcus spp. 2 hastadan (%5) izole edilmiştir. İncelenen apse örneklerinden izole edilen anaerop kökenlerin %23'lük kısmını ise anaerop Gram negatif çomaklar oluşturmaktadır. Bunlar toplam 25 hastadan (%23) elde edilmiştir. En sık izole edilen cins ise Bacteroides spp. olup 12 hastadan (%48) izole edilirken, Porphyromonas spp. 7 hastadan (%28), Prevotella spp. 5 hastadan (%20), Fusobacterium spp. 1 hastadan (%4) izole edilmişlerdir. Kültür incelemelerinde PA'lı hastaların 65'inde 2 tip bakteri cinsi birarada bulunurken, 20'sinde 3 tip bakteri cinsi birarada üremiştir. Çalışmamızın sonucu olarak periodontal apseli hastaların tümünde (%100) çeşitli cinslerde bulunan zorunlu anaerop bakterilerin varlığı tespit edilmiştir. Bu anaerop bakteriler hastaların %23'ünde tek başına, %77'sinde fakültatif anaerop bakterilerle birlikte bulunmaktadır. Periodontal apseli hastaların tedavisi; etiyolojide birinci derecede önemli patojenler olan zorunlu anaerop bakteriler düşünülerek planlanmalıdır. 67 SUMMARY In this study, according to criterious of clinical diagnose, one hundred patients have been diagnosed as a periodontal abscess by a dentist. In diagnose, radiological findings swelling in a face, pain and disappering of normal gum countour are important. The age of examined group of patients is between 10-58 years old, the average is 34 years old. For periodontal abscess, the absecess of one hundred patients have been taken by paper- points from periodontal pocket and by doing microscopic analysis aerobe and anaerobe culture, results have been compared. In %77 of the patients, both anaerob and aerobe bacteria has been isolated but in %23 of patients, only anaerobe bacterium has been isolated. (Figure. 1) From the samples of abscess, the 111 samples are strict anaerobe, 93 ones are fakültative anaerobe, total 204 origins of bacteria has been obtained. In the fakültative anaerobe bacteria, from patients with PA, the most often isolated bacteria is a hemolytic streptococci. By following this bacteria, the staphylococcus type of bacteria has been isolated from 19 patients (%20), from enteric bacteria, the type of enterobacter from 14 patients (%15), E.coli from 12 patients (%1 3). In the culture analysis of anaerobe, from the patient with PA, the most isolated origin is anaerobe Gram positive bacilli. These has been isolated from 46 patients. From anaerobe Gram positive bacilli, the most often isolated one is Actinomyces spp isolated from 17 patients (%37). From the other types, Eubacterium spp. 13 patients (%28), Lactobacillus spp. 11 patients (%22) and Propioniobacterium spp 1 patients (%4) has been isolated. From the patients with PA, as a second group with the maximum portion of %36, anaerobe origin has been isolated. This one has been isolated from totally 40 patients, the proportion among then is that. Streptococcus intermedius 15 patients (%37), Peptostreptococcus spp.14 patients (%35), 68Ruminococcus spp. 5 patients (%13), Veilonella spp. 4 patients (%10) and Staphylococcus spp. 2 patients (%5) has been isolated. The proportion of %23 of anaerobe origin isolated from examined samples of abscess comtamins anaerobe Gram negative bacilli. These ones have been obtained totally 25 (%23) patients. While the most often isolated type is Bacteroides spp. isolated from 12 patients(%48), Porphyromonas spp.7 patients (%28), Prevotella spp. 5 patients (%20), Fusobacterium spp. 1 patients have been isolated. In cultur analysis as there are two types of bacteria at the 65 patients with PA, three types of bacteria reproduce all together at the 20 patients with PA. As a results of our study, the existance of strict anaerobe bacteria with several types has been determined at the all of the patients. While these anaerobe bacteria exists alone at the %23 of patients, at the %77 of patients, they exists with fakültative anaerobe bacteria together, the treatment of patients with PA, by the strict anaerobe bacteria which is important at the first degree in etioloji should be planed. 69 83

SUMMARY MICROBIOLOGICAL AND HISTOLOGICAL EVALUATION OF EFFECT OF EXPERIMENTAL DIABETES ON RAT PERIODONTIUM In this study, microbiological and histopathological evaluation of periodontium in experimental diabetic rats were aimed. Total 43 Sparagua-Dawley rats in both experi mental and control groups were standardized in respect to their age, weight and sex. Experimental diabetes was in duced by injecting a single dose of 60mg/Kg Streptozotocin to rats. Identification of oral microflora was established by means of bacterial culture technique and microbical sam ples were obtained by using steril paper points. Alveolar bone loss was measured histometrically in the hematoxy lin- eosin stained tissue sections. Structure of gingival cap illary basement membrane was evaluated in PAS stained sections and additionally by electron microscopy. Animals in experimental group demostrated statistically significant weight loss at the end of the study (P0.05). While structure of capil lary basement membrane was homogenous in control gin-36 gival tissue sections, it had irregular thickenings in the ex perimental group. Although suspected causitive conditions for periodontal tissue destruction, altered composition of oral microflora and thickened capillary basement mem brane, were occured at the end of the experimental study, alveolar bone loss was not different for diabetic rats. SUMMARY MICROBIOLOGICAL AND HISTOLOGICAL EVALUATION OF EFFECT OF EXPERIMENTAL DIABETES ON RAT PERIODONTIUM In this study, microbiological and histopathological evaluation of periodontium in experimental diabetic rats were aimed. Total 43 Sparagua-Dawley rats in both experi mental and control groups were standardized in respect to their age, weight and sex. Experimental diabetes was in duced by injecting a single dose of 60mg/Kg Streptozotocin to rats. Identification of oral microflora was established by means of bacterial culture technique and microbical sam ples were obtained by using steril paper points. Alveolar bone loss was measured histometrically in the hematoxy lin- eosin stained tissue sections. Structure of gingival cap illary basement membrane was evaluated in PAS stained sections and additionally by electron microscopy. Animals in experimental group demostrated statistically significant weight loss at the end of the study (P0.05). While structure of capil lary basement membrane was homogenous in control gin-36 gival tissue sections, it had irregular thickenings in the ex perimental group. Although suspected causitive conditions for periodontal tissue destruction, altered composition of oral microflora and thickened capillary basement mem brane, were occured at the end of the experimental study, alveolar bone loss was not different for diabetic rats. 48

85 7. ÖZET Bu çalışmada» Newcastle hastalığına karşı aşılanmış tavukların; kağıt şeritlere emdirilmiş kanlarından elde edilen elüsyon sıvıları ve yine aynı hayvanların kan serumları ile karşılaştırmalı olarak HI testi gerçekleştirilmiş ve testin standardize sy onu sağlanmıştır* Bu amaçla» incelenen ve pozitif sonuç veren 245 tavuğa ait serum ve şeritlerden elde edilen elüsyon sıvısı örnekleri değerlendirmeye alınmıştır. Yapılan ön çalışma ile kağıt şeritler için en iyi elüsyon suresi 18 saat» en iyi elüsyon ısısı ise 22°C olarak tespit edilmiştir. Kağıt şeritlerin ve serumların muhafaza sü relerinin tespiti çalışmasında 30 tavuk kullanılmıştır. Bu amaçla; kağıt şeritler 5» 10» 15 gün 4°C de» aynı hayvanlara ait serumlar İse ilk değerlendirmeyi takiben 5» 10, 15 gün 4°C de muhafaza edilmişlerdir. Kağıt şeritler ve serumların HI titreleri» muhafaza işleminden once ve her muhafaza süre sinden sonra tespit edilerek karşılaştırılmıştır. Buna göre kağıt şeritlerdeki titrelerin; 5» 10» 15 gün muhafaza edilen 16 numunede, aynı hayvanlara ait ilk değerlendirilen şeritler le aynı, 5» 10, 15 gün muhafaza edilen 8 kağıt şeritte ise düştüğü ve 6 kağıt şeritteki değerlerin değişkenlik gösterdi ği, ilk olarak değerlendirilen serum titrelerinin ise; ilk değerlendirmeden sonra 5» 10» 15 gün muhafaza edilen 15 numu nede aynı, 7 numunede düştüğü ve 8 numunede ise değişkenlik gösterdiği saptanmıştır. Bu verilere göre uygun bir muhafaza86 süresi tespit edilememiştir. Kan emdirilen kağıt şeritlerin kurutulup, hiç bekletilmeden 22°C de 18 saatlik elüsyondan sonra ve yine serumların da bu çalışmada 4°C de 18 saat bek letildikten sonra HI testinin gerçekleştirilmesi ile en iyi sonuçlar alınmıştır. Değerlendirmeye alınan 245 kağıt şeritten HI titresi serumla aynı olan şeritlerin sayısı 77 (% 31-43)» serumdan 1 titre düşük şeritlerin sayısı 63 (% 25.71), 2 titre düşük şe ritlerin sayısı 67 (% 27.34) olarak saptanmıştır. Serumdan 3 titre düşük olan şeritlerin sayısı 24 (% 9.80), 4 titre dü şük olan şeritlerin sayısı 10 {% 4.08) olarak belirlenmiştir. Serumdan 5 titre düşük olan şeritlerin sayısı ise 2 (% 0.82), 6 titre düşük olan şeritlerin sayısı da yine 2 (# 0.82) ola rak tespit edilmiştir. Bu çalışmada, Newcastle hastalığına karşı aşılanmış tavuklarda, HI testinin kan serumu yerine kağıt şeritlere emdirilmiş kandan elde edilen elüsyon sıvısı ile de yapılabi leceği kanaatine varılmıştır. Bu denemede, incelenen serumla rın ortalama HI titresi, şeritlerin ortalama HI titre sinden 1*35 daha yüksek bulunmuştur. Ancak, bu fark küçük olmakla birlikte, incelenen gruplar düzeyinde ortalama HI titreleri arasındaki farklar 0.47 ile 2.33 arasında geniş bir variasyon gösterdiğinden, şeritlerle yapılan HI testinde, serumlar için bağışıklık göstergesi olarak kabul edilen 7 kriteri gibi kesin bir değer belirlenememiştir. 87 8. SUMMARY In this study, elution fluids obtained from paper strips saturated with blood from chickens vaccinated against Newcastle disease was examined by HI test and compared with HI teat using the sera of same chickens* In the study, elution fluids and sera from 245 HI positive chickens were used. In preliminary experiments it was determined that the most convenient elution time was 18 h and the temperature was 22°C. A total of 30 chickens was used to determine the storage time of paper strips and sera» Paper strips were stored at 4°C for 5» 10 and 15 days, sera from same animals were assayed for HI titers and stored at 4°C for 5, 10 and 15 days. HI titers of paper strips and sera were determined before the storage and after each storage time and compared. In 16 strip samples, pre-and post-storage (5, 10, 15 days) HI titers were same; in 8 strips HI titers of stored strips were lower than fresh samples; and 6 samples results were variable. In 15 se rum samples, pre- and post-storage (5, 10, 15 days) HI titers were same; in 7 serum samples HI titers of stored sera were lower than fresh samples; and 8 samples results were variable. According to these results a standard storage time could not be determined. In fact the highest titers were obtained from fresh paper strips immediately eluted at 22°C for 18 h. In this study, the highest titers were obtained with sera stored at 4°C for 18 h.88 Of 245 chickens, 77 (31.43 %) have same paper elution HI titer and serum HI titer, 63 (25.71 %) have 1 titer lower paper elution HI titer than serum. The distribution of elution fluids with 2, 3t 4, 5 and 6 titer lower HI titers than serum was 67 (27.34 %)t 24 (9.80 %), 10 (4.08 %), 2 (0.82 %) and 2 (0.82 %)9 respectively. It was determined that HI tests of Newcastle disease vaccinated chicken could be performed with elution fluid obta ined from blood saturated paper strips instead of serum. Mean HI titer of serum was higher (1.35 titer) than paper strips. Although the difference between serum and paper was small, the differences between titers variated between 0.47 and 2#33. For this reason, an immunity criteria for paper strip method could not be established. 106

Bu çalışmada; lignoselülozik atıkların P. pulmonarius'nun kültüründe değerlendirilebilme imkanları araştırılmıştır. Ana kültürün çoğaltılmasında patates dekstroz agar, tohumluk misel (spawn) üretiminde ise arpa taneleri kullanılmıştır. Bazidiokarp eldesi için ise kompost ortamı olarak üçgül samanı (Trifolium repens L.) (ÜS), buğday samanı (BS) ve kağıt atıkları (KA) kullanılmıştır. Bu amaçla; kompost ortamı ÜS, ÜS-BS (1:1) ve ÜS-KA (1:1) olarak hazırlanmıştır. Misel gelişim süresi 8.6-11.4 gün, primordium oluşum süresi 19.0-23.4 gün, ilk hasat süresi 23.4-27.2 gün, toplam hasat süresi 59.8-64.8 gün ve toplam verim miktarı ise 33.8-41.8 g/100 g olarak elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; 4 hasat sonunda elde edilen en yüksek verim % 41.8 ile ÜS-BS (1:1) ortamında gözlenmiştir. Sonuç olarak; P. pulmonarius yetiştiriciliği için en fazla 2 aylık bir kültür periyodunun yeterli olduğu, bu sürelerde 4 hasat evresinin uygulanabileceği ve yetiştirme koşullarının (sıcaklık, gece-gündüz periyodu, havalandırma, sulama vb.) homojen tutulması ile üreticilerin kısa sürede bol kazançlar elde edebileceği görülmüştür. In this study; the possibility of using lignocellulosic wastes in the culture of P. pulmonarius was investigated. Potato dextrose agar was used for the propagation of the main culture and barley grains were used for spawn production. For the production of bazidiocarp, Trifolium repens L. (TR), wheat straw (WS) and paper wastes (PW) were used as compost medium. Three types of compost were prepared: a mixture of TR-WS (1:1), TR-PW (1:1) and TR. The mycelium growing period was 8.6-11.4 d, primordia initiation days was 19.0-23.4 d, first harvest days was 23.4-27.2 d, total harvest period was 59.8-64.8 d and total yield was 33.8-41.8 g per 100 g of material (70% moisture). Based on the results obtained, it was observed that the average yield of 41.8% was obtained by using 1:1 ratio of mixture of TR-WS. As a result, it was determined that a culture period of maximum 2 months was sufficient for the cultivation of P. pulmonarius, and 4 harvest stages were considered reasonable during these periods. In the case of that the cultivation conditions (temperature, day-night period, ventilation, irrigation, etc.) are kept homogeneous in the incubation room, producers will be able to gain abundant gains in a short time. 62

İnsanların tüketimine sunulan gıdaların içerisindeki mikroorganizmaların çoğu istenilir değildir ve insan sağlığını tehdit etmektedir. Özellikle, bebekler, çocuklar, yaşlılar ve bağışıklığı baskılanan kişiler için, gıda hijyenine uygun koşullarda üretilmeyen ya da uygun koşullarda saklanmayan gıdalar büyük tehdit oluşturmaktadır. Pazarlarda satışa sunulan gıdalar, yoğun kontrol ve denetimlere tabii olmadığından, çalışmamızda pazarlardan toplanan gıda numunelerinin Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliğine uygun olup olmadığının tespiti yapılarak, adli bilimler çerçevesinde tartışılmıştır.Bu çalışma kapsamında, 2019 yılı ocak-mart ayları arasında İstanbul ilinin, Avrupa ve Anadolu yakasında kurulan 14 semt pazarından toplanan süt ve beyaz peynir gıdaları üzerinde araştırma yapılmıştır. Toplanan örnekler usulüne uygun olarak kontaminasyonu engelleyecek şekilde en kısa sürede ve uygun sızdırmaz özellikli steril kaplarla laboratuara getirilerek, aynı gün içerisinde analiz edilmiş, besin zehirlenmesine neden olabilecek patojenitesi, yüksek mikroorganizmalar açısından incelenmiş ve bulgular adli mikrobiyoloji bilimi ışığında yorumlanmıştır. İstanbul Üniversitesi – Cerrahpaşa Adli Tıp Enstitüsü Mikrobiyoloji Laboratuarı ve Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuarında yürütülen çalışmada,28157 sayılı Resmi Gazete'de 29.12.2011 tarihinde yayımlanan Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Yönetmeliği ve Ek-1 Gıda Güvenilirliği Kriterleri limitleri esas alınmıştır.Çalışmamızda, 50 süt, 50 peynir örneği Staphylococcus aureus, E.coli, Listeria monocytogenes, Enterobacteriaceae, mantar ve küfler bakımından araştırılmıştır. Bu numunelerin hiçbirinde Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Salmonella ssp., Shigella ssp. tespit olunmamıştır.Ancak 50 peynir örneğinin 24' ünde (% 48) viridans Streptokoklar, 6' sında (%12) Citrobacter freundii, 14' ünde (%28) Enterococcus faecium, 3' ünde (%6) Enterococcus faecalis, 2' sinde (%4) Klebsiella oxytoca, 2' sinde (%4) Klebsiella pneumoniae, 8' inde (%16) E.coli, 7' sinde (%14) Lactobasiller, 24' ünde (%48) Koagulaz Negatif Stafilokoklar, 5' inde (%10) Bacillus sp.; 50 süt örneğinin ise 24'ünde (%48) Viridans Streptokoklar, 2' sinde (%4) Koagülaz Negatif Stafilokoklar tespit olunmuştur.Çalışmamızın sonucunda, süt ve peynir örneklerinin tamamının mikroorganizma tür ve sayıları bakımından Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Yönetmeliği'ndeki limitlere uygun olduğu, bunun yanı sıra tebliğde belirtilmeyen ancak patojenitesi tartışmaya açık olan farklı bakterilerin mevcut olduğu saptanmıştır.Dolayısı ile mikrobiyal hastalık bulaştırma aracı olan bu gıdaların tüketiminde daha sıkı denetimlerin yapılmasının gerekliliği ve gıda güvenliğinin insan sağlığı için önemi vurgulanmıştır. Most of the microorganisms in food for human consumption are undesirable and threaten human health. Particularly for infants, children, the elderly and immunocompromised people, food that is not produced or stored under conditions suitable for food hygiene is a major hazard. Since the foods offered for sale in the markets are not subject to intensive controls and inspections, it was decided whether the food samples collected from the market were in compliance with the Turkish Food Codex Regulation and discussed within the framework of forensic sciences.In this study, milk and white cheese foods collected from 14 district markets in Istanbul and in the European side between January and March 2019 were investigated.Taken samples were taken to the laboratory as soon as possible and properly sealed with sterile containers to prevent contamination. They were analyzed on the same day and examined for pathogenic microorganisms that might cause food poisoning and the findings were interpreted in the light of forensic microbiology.In the study conducted by Istanbul University – Cerrahpaşa Institute of Forensic Medicine Microbiology Laboratory and Cerrahpaşa Medical Faculty Medical Microbiology Laboratory, Turkish Food Codex Regulation on Microbiological Criteria and Annex-1 Food Safety Criteria limits published on 29.12.2011 in the Official Gazette No: 28157.In our study, 50 milk and 50 cheese samples were investigated for Staphylococcus aureus, E.coli, Listeria monocytogenes, Enterobacteriaceae, fungi and molds. Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Salmonella ssp., Shigella ssp. not detected.However, 24 of 50 cheese samples (48%) were viridans Streptococci, 6 (12%) were Citrobacter freundii, 14 (28%) were Enterococcus faecium, 3 (6%) were Enterococcus faecalis, 2 (4%). Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae in 2 (4%), E.coli in 8 (16%), Lactobacilli in 7 (14%), Coagulase Negative Staphylococci in 24 (48%), 5 (%) 10) Bacillus sp .; 24 of 50 cheese samples, viridans Streptococci were detected in 24 (48%), Coagulase Negative Staphylococcus in 2 (4%).As a result of our study, it was determined that all of the milk and cheese samples were in conformity with the Turkish Food Codex Microbiological Criteria Regulation, in terms of microorganism species and limits, as well as other bacteria that are not mentioned in the paper but which are open to discussion of pathogenesis.Therefore, the necessity of more strict controls on the consumption of these foods as a means of transmitting microbial diseases and the importance of food safety for human health are emphasized. 103

İnsanlık Tarihinin büyük bir kısmı, kağıt destekli belgeler veya sanat eserleri şeklinde kayıtlıdır. Bu kayıtlar biyodeterojenler nedeniyle bozulmaya uğramaktadır. Kemirgenler, böcekler gibi makro-biyodeterojenler tam olarak ortadan kaldırılabilirken; fungus, bakteri gibi mikro-biyodeterojenler üzerinde çalışmalar halen devam etmektedir. araştırma kapsamında elde edilen mikroflora sonuçlarının moleküler çalışmalara ve konservasyon çalışmalarına katkı sağlaması amaçlanmıştır.Vakıflar Genel Müdürlüğü Ankara Kültür ve Tescil Daire Başkanlığı'nda muhafaza edilen Safranbolu koleksiyonu durum taramasından geçirildikten sonra Mushaf-ı Şerifler'den 3 adet eser çalışma kapsamına alınmıştır. Ayrıca arşiv odası mikroflorası, kompakt raylı ray sistemi mikroflorası tespit edilerek eser mikroflorası ile karşılaştırılma yapılması amaçlanmıştır. Ayrıca kullanılan çeşitli besiyerleri ile tanımlama çalışmaları desteklenmiştir.Çalışma kapsamında arşiv odasının çeşitli bölgelerine (pencere önlerine, kapı ağzına, dolap üstüne, dolap içine ve eserin alındığı rafa) 1'er adet Nutrient agar (NA) ve Potato dextrose agar (PDA) petri kabı yerleştirilmiş 45 dakika süreyle havadan spor toplanmıştır. Kompakt raylı raf sisteminde depolanan eserlerin temas yüzeylerinden (diğer eserlerin dış kapakları ile bulunduğu rafın alt ve üst yüzeyi) eküvyon yöntemi ile örnekler alınmıştır. Eserler çok fasiküllü olduğu için eserin 3 farklı sayfası ile cildinden de örnek alınmıştır. Eküvyon yöntemi ile alınan tüm örnekler serum fizyolojik çözeltisi içinde laboratuara getirilmiştir.Petri kapları direkt inkübasyona bırakılırken kompakt raylı raf sistemi içinden eküvyon çubuklar ile alınan örnekler NA ve PDA'ya aktarılmıştır. Eküvyon çubuklar ile alınan örneklerdeki mikroorganizmalar uzun süredir dormanside olması nedeniyle zenginleştirme besiyeri olan Nutrient broth (NB) ve Yeast extract peptone dextrose (YEPD) broth besiyerlerine aktarılmıştır. 48 saatlik aktifleşme sonrası NB'den alınan örnekler tanımlama için NA, Eosin methylene blue (EMB), Pseudonomas agar F base besiyerine aktarılırken; YEPD broth'dan alınanlar ise PDA'ya aktarılmıştır. Çalışmanın ilerleyen kısımlarında koloni morfolojileri dikkate alınarak tek koloni ekimi gerçekleştirilmiştir. Bakteri kolonilerinden preparatlar hazırlanmış; gram boyaması yapılarak ışık mikroskobunda incelenmiştir. Fungus görülen izolatlardan da ayrıca preparatlar hazırlanmış ve ışık mikroskobunda incelenmiştir.Araştırma sonucunda toplamda tüm izolatların makroskobik olarak koloni morfolojilerinin incelenmesi sonucunda toplamda 38 farklı bakteri kolonisine rastlanılmıştır. Bunun yanı sıra 11 izollatta fungus kolonileri tespit edilmiştir.Çalışmamız kapsamında Mucor sp., Penicillum sp., Aspergillus sp., Rhizopus sp., Trichoderma sp. cinsi küfler ile Bacillus sp, Pseudonomas sp. Micrococcus sp. ve Escherichia sp. cinsi bakteriler izole edilmiştir. Most of the history of mankind is recorded in the form of paper-backed documents or works of art. These records are subject to degradation due to biodet- erogenes. Macro-biodeterogens such as rodents and insects can be completely eliminated; Studies on micro-biodeterogens such as fungus and bacteria are still ongoing. Microflora results obtained within the scope of our study are aimed to contribute to molecular studies and conservation studies.After the Safranbolu collection, which was kept at the Ankara Directorate of Culture and Registration Department of the General Directorate of Foundations, under the condition screening, 3 pieces of Mushaf-i Sharif were included in the study. In addition, archive room microflora and compact rail shelf system microflora were determined and compared with trace microflora. In addition, identification studies were supported with various media used.Within the scope of the study, 1 Nutrient agar (NA) and Potato dextrose agar (PDA) petri dish were placed in various regions of the archive room (in front of windows, doorway, on the cabinet, inside the cabinet and on the shelf where the artifact was taken). Samples were taken from the contact surfaces of the artifacts stored in the compact rail shelf system (the outer covers of the other artifacts and the upper and lower surfaces of the shelf) by the swab method. Because the works are very fasciculated, 3 different pages of the work were sampled from the skin. All samples taken by swabs were brought to the laboratory in saline solution.While the petri dishes were allowed to incubate directly, samples taken with swabs from compact rail shelf system were transferred to NA and PDA. The microorganisms in the samples taken with swabs were transferred to the enrichment medium Nutrient broth (NB) and Yeast extract peptone dextrose (YEPD) broths because of long-term dormancy. After 48 hours of activation, samples taken from NB were transferred to NA, eosin methylene blue (EMB), Pseudonomas agar F base medium for identification; Those taken from YEPD broth were transferred to PDA. In the following sections, single colony cultivation was carried out considering the colony morphology. Preparations from bacterial colonies were prepared; gram stained and examined under light microscope. Preparations were also prepared from the fungus isolates and examined under light microscope.As a result of the study, colony morphology of all isolates were found macroscopically and 38 different bacterial colonies were observed. In addition, fungi colonies were detected in 11 isolates.In our study, Mucor sp., Penicillum sp., Aspergillus sp., Rhizopus sp., Trichoderma sp. genus molds with Bacillus sp, Pseudonomas sp. Micrococcus sp. and Escherichia sp. genus bacteria are isolated. 101

İnsanoğlu çok eski yıllardan beri bitkileri birçok hastalığın tedavisinde kullanmışlar ve başarılı sonuçlar almışlardır. Günümüzde birçok bitki ekstresi, özellikle Uzakdoğuda ve bizim ülkemizde birçok hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır. Bu çalışmada; keçiboynuzu (Ceratonia siliqua), ebegümeci (Malva sylvestris), ökse otu (Viscum album), sarısabır (Aloe vera) ve nevruz otu (Linaria genistifolia) bitkilerinden elde edilen ekstrelerin minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak belirlenmesi amaçlandı.Bitkiler kurutularak toz haline getirildi. Hazırlanan toz halindeki bitki örneklerinden 20 gram tartılıp 24 saat metanol ile ekstraksiyonu (maserasyon yöntemi) yapıldı. Bu karışım Whatman kağıdı kullanılarak süzüldü. Daha sonra rotary evaporatörde (50°C'de) ekstrasyonda kullanılan çözücü tamamen uaklaştırıldı. Bitki ekstreleri analiz edilinceye kadar +4°C'de saklandı. Çalışmada elde edilen bitki ekstrelerinden 25 mg/mL'lik stok hazırlandı. Bitki ekstrelerinin beş standart suşa (Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia ATCC 700603, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212) karşı antibakteriyel etkileri Clinical and Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda test edildi. Stok ekstraktlarının Mueller Hinton sıvı besiyeri ile son konsantrasyonu 6,25-0,05 mg/mL arası olacak şekilde mikropleytlerde dilüsyonları yapıldı. Gram negatif ve gram pozitif bakterilere etkili olan gentamisin çalışmanın kontrolü için kullanıldı. Çalışmaya dahil edilen 4 bitki ekstresinin ilk konsantrasyonu olan 6,25 mg/mL'de, test edilen bakteri suşlarına antibakteriyel etki gösterdiği saptandı. Sadece Linaria genistifolia ekstresinin Standart E.coli suşunda MİK değeri 3,12 mg/mL olarak belirlendi.Sonuç olarak, test edilen bitki ekstrelerinin MİK değerleri yüksek bulunmuş ve yeterli antibakteriyel etki göstermediği saptanmıştır. Aynı bitkilerin farklı ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak tekrar antibakteriyel etkilerinin araştırılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştır. Since ancient times, human beings have used plants to treat many diseases and have achieved successful results. Today, many plant extracts were also used in the treatment of many diseases especially in the Far East and in our country.In this study; it was aimed to determine the minimum inhibitor concentrations (MIC) of extracts obtained from the leaves of Ceratonia siliqua, Malva sylvestris, Viscum albüm, Aloe vera and Linaria genistifolia plants by using liquid microdilution antibacterial activities.The plants were dried and powdered. Twenty grams of the prepared powdery plant samples were weighed and extracted with methanol for 24 hours (maceration method). This mixture was filtered by using Whatman paper. The solvent used in the extraction was then completely evapored in a rotary evaporator (50°C). Plant extracts were stored at +4°C until analyzed.Twenty five mg/mL stock was prepared from plant extracts which were obtained in this study. The antibacterial effect of plant extracts was tested against to five bacterial strains (Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia ATCC 700603, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212) according to intructions of Clinical and Laboratory Standards Institute. Stock extracts were diluted with Mueller-Hinton Broth in microplates to a final concentration of 6,25-0,05 mg/ml. Gentamicin, which is effective against gram negative and gram positive bacteria, was used a control of the study. It was observed that the antibacterial activity is against tested bacterial strains were observed at 6,25 mg/ml, which was the first concentration of 4 plant extracts included in this study. 3,12 mg/ml MIC value was determined in only standart E.coli strain against Linaria genistifolia extract. As a result, tested the plant extracts were found to have high MIC values an did not show enough antibacterial effect. It has been concluded that it would be appropriate to investigate the antibacterial effects of the same plants using different extraction methods. 47

Fitaz (E.C 3.1.3.8, myo-inozitol hegzakisfosfat fosfohidrolaz) fitik asidin inorganik fosfat ve myo inozitol fosfatlara hidroliz reaksiyonlarını katalizleyen enzimdir. Son yıllarda hayvan yetiştiriciliğinde ve insan beslenmesinde fitik asit fosforundan daha etkin şekilde faydalanılması ve çevre kirliliğinin azaltılması amacıyla fitatı parçalayan enzimlerle ilgili çalışmalar hız kazanmıştır. Ayrıca, myo-inozitol fosfatların hazırlanması ile, kağıt endüstrisi ve toprak iyileştirmede fitaz enzimi kullanılmaktadır. Yem katkısı olarak kullanılan fitazların yemlerin pelletlenme aşamasında yüksek sıcaklıklarda inhibe olmaması için termostabilitesinin yüksek olması aranılan en önemli özelliklerden biridir. Bu amaç doğrultusunda son yıllarda termostabil fitaz enzim arayışları hız kazanmıştır. Fitazlar, mikroorganizmalar, bitkiler ve hayvanlar gibi birçok kaynaktan tanımlanmıştır. Bu kaynaklar içinde mikroorganizmalar özellikle de küfler tercih edilen ticari fitaz üreticileridir. Bu çalışmada, Ege bölgesinde yer alan sıcak su kaynaklarından alınan toprak ve sediment örnekleri ile mantar çiftliklerinden alınan kompost örneklerinden 50 adet termofilik/termotolerant fungus izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu fungus izolatları polifazik yaklaşımla tanımlanmıştır. 50 adet izolatın fitaz aktivitesi kantitatif olarak belirlenmiştir. 50 adet izolattan 44 adedinin (%88) aktif fitaz üreticisi oldukları belirlenmiştir. İçlerinden en yüksek spesifik aktiviteye sahip izolat olan 4.5.37 numaralı izolat ileri çalışmalar için seçilmiştir. İzolata ait fitaz enzimi fermantasyonla üretilmiş ultrafiltrasyon yöntemi ile deriştirilmiştir. Deriştirilmiş enzim preparatı optimum sıcaklık, optimum pH, ısıl ve pH kararlılığı, çeşitli inhibitörlerin, ağır metallerin, denatürantların, deterjanların, etkileri, proteaz kararlılığı, çeşitli organik çözgenlerin etkisi ve substrat spesifitesi gibi özellikler bakımından karakterize edilmiştir. Bu karakterizasyon çalışmaları ve tanımlama çalışması sonucunda Aspergillus tubingensis olarak tanımlanan, 4.5.37 numaralı izolatın ürettiği fitaz enziminin birçok koşul bakımından (geniş bir sıcaklık ve pH aralığında aktivite gösterme, ısıl ve pH kararlılığı, metal iyonlarına, proteazlara karşı kararlılık, substrat spesifitesi) endüstriyel uygulamalarda kullanılması için uygun olduğunu göstermektedir. Sonuç olarak, Aspergillus tubingensis, 4.5.37 fitazının ticari bir fitaz olarak kullanılabilecek bir enzim olduğu düşünülmektedir., Phytase (E.C 3.1.3.8, myo-inozitol hegzakisfosfat fosfohidrolaz), is the enzyme catalyses the hydrolysis of phytic acid to inorganic phosphate and myo inositole phosphate. In recent years, studies have been accelerated on the use of phytate-degrading enzymes in livestock farming and human nutrition in order to make more effective use of phytic acid phosphorus and to reduce environmental pollution. In addition, phytase enzyme is used in the paper industry and soil improvement by preparation of myo-inositol phosphates. The high thermostability of the phytases used as feed additives for preventing feeds from being inhibited at high temperatures during the pelleting phase is one of the most demanded characteristics. To this end, the search for thermostable phytase enzymes has accelerated in recent years. Phytases are defined by many sources such as microorganisms, plants and animals. Among these sources, microorganisms, especially molds, are preferred commercial phytase producers. In this study, 50 thermophilic / thermotolerant fungus were isolated from soil samples and sediment samples collected from hot springs in Aegean region and compost samples taken from mushroom farms and these fungus isolates were identified by polyphasic approach. The phytase activity of 50 isolates was quantitatively determined. 44 of 50 isolates (88%) were determined as active phytase producers. 4.5.37 numbered isolate with the highest specific activity, was selected for further studies. The phytase enzyme of this isolate was produced by fermentation and was concentrated by ultrafiltration. Concentrated enzyme preparation is characterized in terms of optimum temperature, optimum pH, thermal and pH stability, properties of various inhibitors, heavy metals, denaturants, detergents effects, protease stability, effect of various organic solvents and substrate specificity. These characterization and identification studies have shown that phytase enzyme produced by isolate No. 4.5.37, which is identified as Aspergillus tubingensis, is suitable for many conditions in industrial applications such as (activity in a wide range of temperature and pH, thermal and pH stability, stability to metal ions, protease stability, substrate specificity). As a result, Aspergillus tubingensis, 4.5.37 phytase is thought to be an enzyme that can be used as a commercial phytase.

Kıvılcım, B. (2018). Endodontide LED Cihazı İle Yapılan Antimikrobiyal Fotodinamik Tedavide LED Cihazının Uygulama Süresinin Enterococcus faecalis Üzerine Etkisinin In Vitro Olarak İncelenmesi. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Endodonti ABD. Doktora Tezi. İstanbul.Bu çalışmada, in vitro koşullarda Enterococcus faecalis ile enfekte edilen dişlerde LED cihazıyla yapılan Antimikrobiyal Fotodinamik Tedavi'de farklı ışık uygulama sürelerinin antibakteriyel etkinliği birbirleriyle ve sodyum hipokloritle kıyaslanmıştır. Çalışmada 106 adet çekilmiş tek köklü ve tek kanallı insan dişleri kullanılmıştır. Bütün dişler standart olarak kemomekanik şekillendirmeyle apikal genişlik ISO 40 numara olacak şekilde genişletilmiştir ve otoklavda steril edilmiştir. Ardından, rastlantısal olarak her birinde 10 adet diş bulunacak şekilde 9 ayrı deney grubuna ve her birinde 8 adet diş bulunacak şekilde pozitif ve negatif olmak üzere iki adet kontrol grubuna ayrılmıştır. Deney ve pozitif kontrol gruplarında bulunan dişler Enterococcus faecalis ATCC 29212 hazır bakteri suşuyla enfekte edilmiştir. Deney grupları sırasıyla şu şekilde oluşturulmuştur: sadece TBO uygulaması, steril salin+ışık uygulaması, 30 sn PDT uygulaması, 60 sn PDT uygulaması, 120 sn PDT uygulaması, NaOCl+30 sn PDT uygulaması, NaOCl+60 sn PDT uygulaması, NaOCl+120 sn PDT uygulaması, sadece NaOCl uygulaması. Deney sonrası steril paper pointlerle kök kanallarından alınan mikrobiyolojik örnekler MSB Agar besiyerine ekilmiş ve üreyen bakteri kolonileri sayılarak CFU cinsinden hesaplanmıştır. Çıkan sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Çalışma sonucunda elde edilen bulgular doğrultusunda, tüm deney gruplarında E.faecalis sayısı değişik oranlarda azalma göstermiştir ve pozitif kontrol grubuna göre anlamlı olarak farklılık bulunmuştur (p

Septic arthritis is classified among the acute emergencies of joint diseases. Gram-positive cocci are responsible in 75-80% of the cases, while Gramnegative bacilli may be the etiological agents in case of compromised immunity, intravenous drug abuse, advanced age, or iatrogenic infections. Cases of posttraumatic septic arthritis due to Gram-negative bacilli in immunocompetent patients are reported in the literature. In this paper we present a severe septic arthritis due to Serratia marcescens in a 43-year-old man with multiple trauma, right patellar and femoral condyle fracture after a traffic accident, three days after an irrigation and debridement procedure was performed. The surgical procedure had to be repeated four times while he was receiving medical treatment. A literature search in PubMed using the keywords "Serratia marcescens and septic arthritis" on October 10th 2017, we found 37 articles, of which 18 were case reports or case series. Of those 18 articles, seven cases were hospital-acquired, five were in intravenous drug users, two were trauma related, one was concomitant with rheumatoid arthritis, one was in a neonate, one was due to intra-articular injection, and one article described an epidemic due to usage of contaminated benzalkonium chloride solution as an antiseptic. We also found a case by searching Turkish Medline reported in a ten-week-old baby with Escobar syndrome. In our case, although hospital-acquired infection cannot be ruled out, we believe that this was a community-acquired infection due to contamination of the open dirty wound, as the irrigation procedure was done in sterile operating room conditions and no other such case has ever been identified. As prompt diagnosis and treatment is critical in prognosis of septic arthritis, we emphasize the possible role of Gram-negative bacilli in posttraumatic cases.

β-1,4 bağlı ksilopiranozil rezidülerinden oluşan ksilanın β-1,4 glikozidik bağlarını yıkan ksilanaz, başta kağıt ve kağıt hamuru endüstrileri olmak üzere tekstil, yem, fırın ve biyoyakıt endüstrilerinde de geniş potansiyel uygulamalara sahip endüstriyel bir enzimdir. Bu çalışmada, Kilis 7 Aralık Üniversitesi merkez kampüs toprak örneğinden ksilanaz üretici Bacillus spp suşlarının izolasyonu ve saflaştırılan ksilanazın çeşitli endüstrilerdeki uygulanabilirliği araştırılmıştır. Ksilan içeren sıvı fermantasyon ortamında geliştirilen Bacillus spp suşundan hücre serbest elde edilen ham ksilanaz preparatına amonyum sülfat ve alkol çöktürme uygulanarak saflaştırılmıştır. En yüksek total ve spesifik enzim aktivitesi 723 U/L ve 64.81 U/mg olarak ham enzim preparatında saptanmıştır. Ksilanazın optimum aktivitesi 90°C ve pH 10.6'da belirlenmiştir. Enzimin 90°C sıcaklıkta 15 dakika ön inkübasyonu sonrası aktivitenin %167'e kadar arttığı saptanmıştır. Karakterizasyon çalışmalarındaki en yüksek aktivitesi 2935 U/L olarak hesaplanmıştır. SDS-PAGE ve zimogram analizlerinde, kısmi saflaştırılmış ekstraselüler ksilanaza ait ortalama 38.75 kDa moleküler ağırlığında tek protein bandı gözlenmiştir. Ksilanın ksilanaz enzimi ile hidrolizi sonucunda parçalama ürünleri olarak ksiloz ve ksilo-oligosakkaritler belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Bacillus spp., ksilanaz, ksilan, kısmi saflaştırma, karakterizasyon Xylanase that cleaves β-1,4-glycosidic linkages of xylan composed of β-1,4-linked xylopyranosyl residues, is a industrial enzyme, have widespread potential applications in the textile, feed, beverage and biofuel industries, especially the paper and pulp industry. In this study, we were examined to the isolation of Bacillus spp strains, produced extracellular xylanase, from Kilis 7 Aralık University central campus soil sample and the application in various industries of purificated xylanase. The cell-free crude xylanase preparate obtained from Bacillus spp strain developed in a liquid fermentation medium including xylan was purified by using ammonium sulfate and alcohol precipitation. The highest total and specific enzyme activities were detected as 723 U/L and 64.81 U/mg in cell-free crude xylanase preparate. The optimum activity of xylanase was emerged at 90°C and pH 10.6. After the pre-incubation of enzyme at 90°C for 15 min, its activity was detected to increase up to 167%. In characterization studies, the highest enzyme activity was calculated as 2935 U/L. In SDS-PAGE and zymogram analysis, single protein band in 38.75 kDa molecular weight belonging to the partially purified extracellular xylanase was observed. Xylose and xylo-oligosaccharides were detected as the products by hydrolysis of xylan with xylanase.Keywords: Bacillus spp., xylanase, xylan, partially purification, characterization 70

Biyofilm oluşumu endüstride su hatlarında, üretim hatlarında, çeşitli yüzeylerde ve evsel koşullarda uzun yıllardan beri problem oluşturmaktadır. Özellikle gıda gibi insan temasının yüksek olduğu alanlarda oluşan biyofilmler sağlığı tehdit etmektedir. Bu nedenle biyofilm ile mücadele uzun yıllardan beri çalışılan konular arasındadır. Evsel koşullarda birçok alanda mikrobiyal birikim oluşmakta ve biyofilme neden olmaktadır. Özellikle mutfak, banyo gibi yerlerde sürekli nemli kalan alanlar ve yüzeyler biyofilm oluşumu için uygun ortamı oluşturmaktadır. Bunların yanında evsel koşullarda kullanılan buzdolabı, çamaşır makinesi, bulaşık makinesi gibi ürünlerde de kullanım koşullarına bağlı olarak zamanla mikrobiyal oluşumlar görülmektedir. Özellikle günümüzde en çok kullanılan beyaz eşya ürünlerinden biri olan çamaşır makinesi bu konuda en çok sorunla karşılaşılan ürün olmaktadır. Çamaşır makinesi tekstil ürünlerinde oluşan kirliliklerin giderilmesi amacıyla kullanılmaktadır. Tekstil üzerinde çamur, boya gibi fiziksel ve kimyasal kirlerin yanında, mikrobiyolojik kirlilikler de toplanabilmektedir ve bu mikroorganizmalar çoğunlukla insan ve ortam kaynaklı olmaktadır. Evcil hayvanlardan da bazı durumlarda tekstile mikroorganizma geçişinin olduğu bilinmektedir. Bu kirli tekstillerin çamaşır makinesi ile yıkanması sırasında mikroorganizmaların çamaşır makinesine geçişi söz konusudur. Özellikle son yıllarda enerji tasarrufu sağlayan düşük sıcaklıklardaki yıkama programlarının ve ağartıcı içermeyen sıvı deterjanların kullanılmaya başlanmasıyla makineye bulaşan mikroorganizmalar giderilememektedir. Çamaşır makinesi içinin ve deterjan çekmecesi gibi bölümlerinin sürekli nemli kalması mikroorganizmaların çoğalması ve birikim oluşturması için uygun ortamı sağlamaktadır. Çamaşır makinesinin körük, deterjan çekmecesi bölümlerinde oluşan bu birikimler zamanla biyofilm oluşumuna yol açmakta ve ayrıca gözle görülen rahatsız edici kirliliklere neden olmaktadır. Hatta bazı durumlarda makine içinde oluşan mikrobiyal birikimlerden kaynaklı koku oluşumu olmaktadır. Koku oluşumu da çamaşır makinesi için şikayet edilen konular arasındadır. Bu sebeplerden dolayı çamaşır makinesinde oluşan mikrobiyal kirliliklerin giderilmesi ve biyofilm oluşumunun engellenmesi amacıyla yapılan çalışmalar önem kazanmaktadır. Bu tez çalışmasında çamaşır makinesi deterjan çekmecesinde oluşan mikrobiyal birikimler ve bu birikimlerin giderilmesine yönelik yöntemler konu alınmıştır. Bu amaçla öncelikle deterjan çekmecesinde karşılaşılan problemlerin tarifi yapılmıştır. Bunun için müşteri koşulunda kullanılan çamaşır makinelerine ait görsel kirliliği bulunan 5 adet deterjan çekmecesi temin edilmiştir. Deterjan çekmecelerinin ana yıkama ve yumuşatıcı gözlerindeki mikroorganizma seviyeleri belirlenmiştir. Yumuşatıcı gözünün ana yıkama gözüne göre daha kirli olduğu görülmüş ve yumuşatıcı gözündeki Pseudomonas ve toplam canlı mikroorganizma seviyelerinin 106 - 107 kob/mL seviyelerine ulaştığı görülmüştür. Problemin daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla kontrollü koşullarda çamaşır makinesinde Günlük 40 °C programında ardışık 20 çevrim yıkama yapılarak deterjan çekmecesi üzerindeki birikim incelenmiştir. Burada toz deterjan ve sıvı deterjan kullanımı iki farklı koşul olarak incelenmiş ve aynı sayıda yıkama sonrasında ikisi arasında mikrobiyal birikim açısından farklılık olup olmadığı incelenmiştir. Testler sonucunda sıvı deterjan kullanımında oluşan mikrobiyal birikimin toz deterjana kıyasla daha yüksek seviyelerde olduğu görülmüştür. Sıvı deterjan kullanımında hem ana yıkama gözünde hem de yumuşatıcı gözündeki Pseudomonas, küf/maya ve toplam canlı türlerinin 106 kob/mL seviyelerine ulaştığı tespit edilmiştir. Toz deterjan kullanımında ise ana yıkama gözünde bu seviyeler 104 kob/mL civarındadır. 20 ardışık yıkama sonrasında deterjan çekmecesinde gözle görülür kirlilik oluşturulamamış, mikrobiyal birikimin olduğu görülmüş ve sıvı deterjanın mikrobiyal birikime daha yatkın olduğu sonucuna varılmıştır.Ayrıca biyofilm oluşum aşamalarının incelenmesi ve biyofilm giderme yöntemlerinin test edilmesinde kullanılması amacıyla laboratuvar koşulunda polipropilen diskler üzerinde biyofilm oluşturma çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Pseudomonas aeruginosa mikroorganizmasının kullanıldığı biyofilm oluşturma çalışmalarında dönen disk biyoreaktörü ve akış hücresi (flowcell) yöntemleri kullanılmış ve çalışma sonunda diskler üzerinde oluşan mikrobiyal birikim seviyesi belirlenmiştir. Akış hücresinde PP diskler üzerinde 107 kob/mL seviyesinde birikim gözlenirken, biyoreaktörde diskler üzerinde 109 kob/mL mikrobiyal birikim oluşturulmuştur. Bu sebeple, mikrobiyal birikim giderme yöntemlerinin giderme etkinliği test edilirken biyoreaktörde biyofilm oluşturulmuş kuponlar kullanılmıştır.Deterjan çekmesinde oluşan mikrobiyal birikim ve biyofilm oluşum aşamaları incelendikten sonra çamaşır makinesi deterjan çekmesi üzerinde oluşan mikrobiyal birikimin giderilmesi ve biyofilm oluşumun engellenmesi amacıyla çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Bunun için öncelikle sıcak su uygulaması ile mikrobiyal birikim giderme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Beko BK 9121BT Model 9kg / 1200 devir çamaşır makinesi kazan temizleme programında, kazanda 70 °C sıcaklığa ulaşan suyun deterjan çekmecesine yönlendirildiği prototipler oluşturulmuştur. Suyun yönlendirilmesi için ek dağıtıcının bulunmadığı Konsept 1 tasarım, su yönlendirme için ek üçgen dağıtıcının eklendiği Konsept 2 tasarım ve üçgen dağıtıcıya ek olarak ekstra nozüllerin eklendiği Konsept 3 tasarımı mikrobiyal birikim giderme etkinliği açısından incelenmiştir. Bunun için öncelikle mikroorganizmalı çamaşır yükü kullanılarak makinede ardışık yıkamalar yapılmış ve deterjan çekmecesi üzerinde 104 – 106 kob/mL seviyelerinde mikrobiyal birikim oluşturulmuştur. Ardışık yıkamalar sonunda kazan temizleme programı çalıştırılarak 110 dk boyunca kazandaki sıcak su deterjan çekmecesine yönlendirilmiştir. Aynı zamanda biyoreaktörde kuponlar üzerinde 108 – 109 kob/mL seviyelerinde biyofilm oluşturulmuş ve kuponlar deterjan çekmecesine yerleştirilerek kazan temizleme programında sıcak su yönlendirilmiştir. Sıcak su yönlendirme sonucunda üç konseptte de mikrobiyal birikimin ve biyofilmin sıfırlandığı görülmüştür. Fakat test sırasında oluşan tıkanıklık sebebi ile Konsept 1 tasarımından vazgeçilmiştir. Sıcak su yönlendirme sırasında en etkin akış şekli Konsept 2'de elde edilmiştir. Bu sebeple makine üzerine uygulanabilecek en uygun tasarım olduğuna karar verilmiştir. Son olarak deterjan çekmecesinde birikimin önlenmesi amacıyla deterjan çekmecesi hammaddesine katılması için antimikrobiyal katkı çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Deterjan çekmecesi malzemesi olan polipropilen plastik malzemeye antimikrobiyal etkinlik gösteren katkıların plastik enjeksiyon prosesi sırasında eklenmesiyle antimikrobiyal aktivite gösteren deterjan çekmecesi oluşturulması amaçlanmıştır. Bu amaçla deterjan çekmecesinde iyonik sıvıların antimikrobiyal aktivitelerinden faydalanmak için 1-desil-3-metil-imidazolyum klorür [DMIM] iyonik sıvısı temin edilmiştir. Temin edilen iyonik sıvının 1 – 25 mM konsantrasyonlarında çözeltileri hazırlanarak tekstile ve filtre kağıdına emdirilmiş, doğrudan antimikrobiyal etkinliğine bakılmıştır. Sonuçlar değerlendirildiğinde 1-desil-3-metil-imidazolyum klorür [DMIM] iyonik sıvısının doğrudan kullanıldığında 1 mM gibi küçük konsantrasyonlarda dahi antibakteriyel aktivitesinin olduğu fakat antifungal etkinliğinin düşük olduğu görülmüştür. Sonrasında saf su ve etil alkol çözücüleri kullanılarak 25 – 500 mM aralığında farklı konsantrasyonlarda iyonik sıvı çözeltileri hazırlanarak 3M Accurel® XP/MP marka polipropilen köpük maddeye emdirilmiş ve plastik enjeksiyon prosesi ile iyonik sıvı katkılı polipropilen plakalar elde edilmiştir. 300 ve 500 mm iyonik sıvı kullanılarak elde edilen plakalarda antibakteriyel etkinliğe rastlanmış, antifungal etkinlik görülmemiştir. İyonik sıvının PP maddeye katılmasının zor olduğu ve proses sırasında antimikrobiyal etkinliğin kaybolduğu sonucuna varılmıştır. Bu sebeple alternatif antimikrobiyal toz katkıların PP plastik malzeme içindeki antimikrobiyal etkinliği test edilmiştir. Bunun için ticari olarak Life Materials adlı firmadan satın alınan Vanzide ZP katkılı %1 KD-00-2A + %1 CP-00-1A kodlu ve Topane katkılı %1 GF-00-5A + %1 CP-00-1A kodlu toz antimikrobiyal katkılar temin edilmiştir. Toz antimikrobiyal katkılar polipropilen malzemeye enjeksiyon prosesi aşamasında katılarak % 1, % 1.5 ve % 2 katkılı plakalar elde edilmiştir. Elde edilen toz antimikrobiyal katkılı polipropilen plakaların tümünde antimikrobiyal ve antifungal etkinliğin olduğu tespit edilmiştir. Yapılan standart antibakteriyel yüzey testi sonucunda katkılı plakalar üzerindeki Escherichia coli ve Staphylococcus aureus mikroorganizmalarının % 99.9998 oranında giderildiği tespit edilmiştir. Toz katkılar ile hazırlanmış deterjan çekmecesinin antimikrobiyal aktivite ömrünün belirlenmesi amacıyla katkılı PP plakalara % 1 standart deterjanlı çözelti içerisinde 60 °C'de yaşlandırma testi gerçekleştirilmiştir. Yaşlandırma sonrasında % 1.5 ve % 2 katkılı plakalarda başlangıçta görülen antimikrobiyal etkinliğin devam ettiği görülmüştür. Yaşlandırma sonrası plakalara yapılan standart antibakteriyel yüzey testi sonucunda katkılı plakalar üzerindeki Escherichia coli ve Staphylococcus aureus mikroorganizmalarının % 99.99 oranında giderildiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak sıcak su uygulamasının mikrobiyal birikim giderme etkinliğinin oldukça iyi olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, ticari toz antimikrobiyal katkılar ile elde edilen PP plakaların yaşlandırma öncesi ve sonrasında antibakteriyel ve antifungal aktivite gösterdiği tespit edilmiştir. Bu sebeple deterjan çekmecesinde biyofilm oluşumunun engellenmesi için sıcak su uygulamasının ve antimikrobiyal toz katkıların kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Biofilm formation has been a problem for many years on industrial water lines, production lines, various surfaces and domestic conditions. Biofilms that form in areas where human contact is particularly high, such as food, are a threat to health. For this reason, the fight against biofilm has been a crucial topic for many years. Microbial accumulation occurs in many areas in domestic conditions and causes biofilm. Especially in areas such as kitchens, bathrooms and surfaces that are constantly damp, it creates a suitable environment for biofilm formation. In addition to these, it is observed that microbial occurrences on the household products such as refrigerators, washing machines, dishwashers due to usage conditions over time. Washing machine, which is one of the most used white goods products in particular today, is the most problematic product in this issue. The washing machine is used to remove the contaminants in textile products. In addition to physical and chemical dirt such as sludge and paint, microbiological contaminants can also be collected on textile products. Textile-contaminated microorganisms are mostly originated by humans and the environment they are in. It is known that there are some microorganisms passing from pets in some cases. These microorganisms are transmitted from the textile to the washing machine during washing. Especially in recent years, low-temperature washing programs which save energy and bleach-free liquid detergents have begun to use for washing of textiles. Therefore, microorganisms on textiles and washing machines are not removed effectively. The constant dampness on the parts of washing machine such as the detergent drawer provide a suitable environment for the growth and accumulation of microorganisms. These microbial accumulations which are formed on detergent drawer parts of the washing machine, lead to the formation of biofilm over time and also cause visible irritating fouling. In some cases, there are odor formation caused from microbial accumulation in the machine, and smell formation is among the complaints for the washing machine. Due to these reasons, studies aiming to eliminate microbial contamination in the washing machine and to prevent biofilm formation gain importance.In this thesis, microbial accumulations in detergent drawer of washing machine and methods for eliminating these deposits were taken up. For this purpose, the problems encountered in the detergent drawer have been described first. For this, 5 detergent drawers with visual contamination of the washing machines used in the customer condition were supplied. The levels of microorganisms in the main wash and softener parts of the detergent drawers were determined. Therefore, microbial level of softener part was higher than the level of main wash part in all provided detergent drawer. Also, results showed that Pseudomonas levels and total viable counts in softener parts of drawers were found to reach levels of 106 - 107 CFU/mL.In order to better understand the problem, the accumulation on the detergent drawer was investigated by 20 times sequential washes in the washing machine at Daily 40 ° C program under controlled conditions. Here, the use of powder detergent and liquid detergent was examined as two different conditions and it was examined whether there was a difference in microbial accumulation between the two after the same number of washes. As a result of the tests, the microbial accumulation in the use of liquid detergent was found to be higher than the powder detergent. After sequential washing with liquid detergent, it was found that Pseudomonas, mold/yeast and total living species in both the main washing part and the softener part reached level of 106 CFU/mL. In the case of using powder detergent, these levels were around 104 CFU/mL in the main washing eye. After 20 washing cycles, no visible contamination was found in the detergent drawer, microbial accumulation was observed and the liquid detergent was more likely to have microbial accumulation.In addition, biofilm formation studies have been carried out on polypropylene discs in laboratory conditions in order to examine the biofilm formation stages and to test for biofilm removal methods. Rotating disc bioreactors and flowcell methods were used in biofilm formation studies using Pseudomonas aeruginosa microorganism and the level of microbial accumulation on the discs was determined at the end of the study. Microbial accumulation level of 109 CFU/mL was formed on the discs in the bioreactor when accumulation level of 107 CFU/mL was observed on the PP discs in the flow cell. For this reason, biofilm formation on coupons with the bioreactor was used while the removal efficiency of biofilm eradication methods were tested. After the microbial accumulation and biofilm formation stages of detergent drawer have been examined, studies have been carried out to remove microbial accumulation on the washing machine detergent drawer and to prevent biofilm formation. First of all, microbial accumulation removing studies with hot water application have been carried out. For this aim, Beko BK 9121BT Model 9 kg / 1200 rpm washing machine and its drum cleaning program was used. The temperature of the water in the drum at this program is reached to approximately 70 °C, so this program is developed to clean the drum and to remove the microbial accumulation in the drum of the washing machine. In studies to use hot water sanitation at the drawer, hot water in the drum at drum cleaning program was directed to the detergent drawer. For this redirection of water, prototypes of three different detergent drawers and direction systems were prepared and these prototypes were tested in terms of removal effectiveness of microbial accumulation and biofilm in drawer. Therefore, firstly sequential washing cycles were made by using laundry with microbial contamination in washing machines. Microbial accumulation on drawer was formed as 104 – 106 CFU/mL. After the wash cycles, drum cleaning program on washing machine was run and hot water was directed from drum to drawer during 110 minutes. At the same time, biofilms were formed at 108 - 109 CFU/mL levels on the coupon in the bioreactor and the coupons were placed in the detergent drawer and the hot water was directed to the dispenser in the drum cleaning program. As a result of the hot water sanitation, microbial accumulation and biofilm on detergent drawer were completely removed for three different concept designs. However, the Concept 1 design has been failed due to the blockage by textile fibers during the test. The most efficient flow shape during hot water sanitation was obtained in Concept 2. For this reason, it is decided that it is the most suitable design that can be applied on the washing machine.Finally, antimicrobial additive studies have been carried out to participate in detergent drawer raw materials which is polypropylene plastic material to prevent microbial accumulation in the detergent drawer. It has been aimed to form antimicrobial detergent drawer by adding the additives which have antimicrobial activity to the polypropylene plastic material during the plastic injection process. For this purpose, 1-decyl-3-methyl-imidazolium chloride [DMIM] ionic liquid has been provided to take advantage of the antimicrobial activities of ionic liquids in the detergent drawer. Solutions were prepared between 1 to 25 mM concentrations of the supplied ionic liquid and impregnated into the textile and filter paper, and the antimicrobial activity of ionic liquid was directly examined by zone inhibition test. When the results were evaluated, it was found that the antibacterial activity even at a small concentration like 1 mM but the antifungal activity was low when 1-decyl-3-methylimidazolium chloride [DMIM] ionic liquid solutions was used directly. Later, ionic liquid solutions were prepared at different concentrations in the range of 25 - 500 mM using pure water and ethyl alcohol solvents and impregnated with 3M Accurel® XP / MP branded polypropylene foam. Therefore, ionic liquid was added to PP plates by plastic injection methods and antimicrobial activities of these plates were tested. Antibacterial activity was found in PP plates obtained using 300 and 500 mM ionic liquid, and no antifungal activity was observed. Consequently, it has been found that it is difficult to incorporate the ionic liquid into the PP material and the antimicrobial activity was lost during the process.At the same time with the ionic liquid studies, 1% KD-00-2A + 1% CP-00-1A and 1% GF-00-5A + 1% CP-00-1A code powdered antimicrobial additives were obtained, these are commercially available from Life Materials. The antimicrobial activities of these powdered additives are based on some antimicrobial compounds like Vanzide ZP and Topane. 1%, 1.5% and 2% powdered antimicrobial mixtures were added to the polypropylene material during the injection process to obtain additive plastic plates. Plateau zone inhibition and antimicrobial surface activity tests were performed to test the antimicrobial activities of these obtained powder antimicrobial-added polypropylene plates. As a result of the standard antibacterial surface test, 99.9998% of the microorganisms of Escherichia coli and Staphylococcus aureus on the plates were removed. In order to determine the antimicrobial activity lifetime of detergent drawers prepared with powder additives, aging tests were carried out at 60 ° C in a 1% standard detergent solution. The plates containing additive were soaked and mixed in this solution during 168 hours. The antimicrobial activity initially observed in 1.5% and 2% platelets continued after aging. As a result of the standard antibacterial surface test made on plates after aging, it was determined that Escherichia coli and Staphylococcus aureus microorganisms on plated plates were removed by 99.99%.As a result, it was determined that the hot water application had very good microbial accumulation removal efficiency. It was also found that PP plates obtained with commercial powdered antimicrobial additives show antibacterial and antifungal activity before and after aging. Consequently, hot water application and antimicrobial powder additives can be used to prevent biofilm formation in the detergent drawer. 103

Fitazlar; hayvanlar, bitkiler ve mikroorganizmalar tarafından üretilebilmektedir. Fakat ticari amaçla kullanımları ve biyoteknolojik uygulamalar için ümit vaat edici olanı, mikrobiyal kaynaklı olanlardır. Myo-inositol fosfatların hazırlanmasında kullanılan fitazlar, gıda sanayinde, toprağı iyi hale getirmede ve kâğıt endüstrisinde de tercih edilmektedir. Biyoteknoloji ise kullanım alanları artan fitaz enzimleri ile birlikte, günümüzde kullanılan ve ilerleyen yıllarda da bu enzimleri gerek üretmede gerekse özelliklerinin geliştirilmesinde kullanılacak oldukça etkili bir araçtır.Bu çalışmada, maruldan izolasyonu yapılmış olan Pectobacterium carotovorum suşunun moleküler olarak tanılanması ve yeni bir mikrobiyal kaynaktan fitaz enzimi üretimi ve enzimin karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bakteriden elde edilen fitaz enziminin aktivitesi ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Suşların izolasyonu, Nutrient agar (Oxoid) kullanılarak 26°C'de 48 saat inkübasyondan sonra yapılmıştır. 16S rRNA yöntemi ile tanılanmıştır. Pectobacterium carotovorum'dan üretilen fitaz enziminin pH 8,0'de en iyi aktiviteyi gösterdiği saptanmıştır. Pectobacterium carotovorum'a ait fitaz enziminin optimum sıcaklığı 60°C olarak bulunmuştur. Bu çalışmada Pectobacterium carotovorum bakterisinde fitaz enzimi aktivitesi ilk kez çalışılmıştır. Bu sonuçlara göre bu bakterinin ürettiği enzimin karakteristik özelliklerinden dolayı endüstriyel alanda kullanımının uygun olabileceği düşünülmektedir. Phytases can be produced by animals, plants and microorganisms. However, the most promising ones for commercial uses and biotechnological applications are those of microbial origin. Phytases are also used in the preparation of myo-inositol phosphates in the food industry, soil remediation and in the paper industry. Biotechnology, along with the increased use of phytase enzymes, is a highly effective technology that is used today and will be used in the future to produce these enzymes and improve their properties.The aim of this study was to conduct the molecular identification of Pectobacterium carotovorum strains isolated from lettuce, to produce phytase enzyme production from a new microbial source and the characterization of this enzyme. The activity and characterization of the phytase enzyme obtained from the bacterium was carried out. Isolation of strains was carried out following the incubation at 26 ° C for 48 hours using Nutrient agar (Oxoid). The identification was performed using the 16S rRNA method. It was determined that the phytase enzyme produced from Pectobacterium carotovorum showed the best activity at pH 8.0. The optimum temperature of the phytase enzyme obtained from Pectobacterium carotovorum was 60 ° C. In this study, phytase enzyme activity was studied for the first time in the Pectobacterium carotovorum bacterium. According to these results, it is considered that use in industrial field may be suitable due to the characteristics of the enzyme produced by this bacterium. 51

Mikroorganizmalarçıplak gözle göremeyeceğimiz kadar küçük canlılardır. Ekolojik dengede roloynayan mikroorganizmalar temel olarak bakteriler, mantarlar, algler, virüslerve protozoalardan oluşur. Besiyeri ve petri kabı, mikroorganizmaların ortamdanyalıtılması, geliştirilmesi, tanımlanması, sayımı gibi işlemlerin yerinegetirilmesi için agar ve diğer besin maddeleri karıştırılarak,mikroorganizmalara büyüme ortamı sağlamak amacı ile kullanılırlar.Mikroorganizmalar çoğalarak sayısı milyonlara hatta daha fazlasına ulaşabilirböylece çıplak gözle görülebilen, koloni olarak adlandırılan yapılarıoluştururlar. Terminolojide bu yapı, koloni oluşturan birim (kob, cfu) olarakifade edilir. Peynir, ekmek, meyve veya yoğurtların üzerindeki küfler,çikolata, marmelat gibi şeker içeren gıdalar üzerindeki mayalar,mikroorganizmaların çoğalarak oluşturduğu kolonilerdir. Besiyeri üzerindeoluşan koloniler, mikroorganizma ve üreme ortamına bağlı olarak farklımorfolojik özelliklerde görüntüler oluşturmaktadır. Bu çalışmada kolonigörüntülerinden görüntü işleme ve örüntü tanıma teknikleri ilemikroorganizmaların sınıflandırılması yapılmaktadır., Microorganismsare small organisms as we cannot see with the naked eye. Microorganisms thatplay a role in the ecological balance are mainly composed of bacteria, fungi,algae, viruses and protozoa. The medium and petri dish are used in order toprovide the growth medium to microorganism by mixing agar and other nutrientsfor performing operations such as isolating from the environment, growth,counting of microorganisms. The number of microorganisms may reach the millionor even more by reproductively, in this way they form structures called colonywhich can be seen with the naked eye. In terminology, this structure expressedas colony forming units (cfu). Mold on the cheese, bread, fruit or yogurt,yeast on the sugar-containing foods such as chocolate, marmalade are coloniesformed by grown microorganism. Colonies formed on the agar, create images ofdifferent morphological characteristics depending on the microorganism andgrowth media. In this paper, classification of microorganism is performed fromthe colony images by image processing and pattern recognition techniques.

Amaç: Bu çalışmada hastanemiz koroner anjiyografi ünitesinde kullanılan tek kullanımlık malzemelerin steril edilerek tekrar kullanılması durumunda maliyet etkinliğinin karşılaştırıl-ması amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Çalışmada, koroner anjiyografide kullanılan malzemelerden tek kullanımlık olup steril edilerek tekrar kullanılan 30 çeşit malzeme belirlendi. Bu malzeme-lerin birim fiyatları çıkarılarak, hastaneye olan maliyetleri satın alma biriminden öğrenildi. Malzemelerin bir kez sterilizasyonundaki personel giderleri, kullanılan su, elektrik miktarı ve maliyeti, sterilizasyon ve paketleme aşamalarındaki giderler hesaplandı. Bu malzemelerin anjiyografi ünitesindeki 2014-2015 yılları arasındaki alım sayısı ve öngörülen sterilizasyon sayısı tespit edildi. Buna göre malzemelerin tek kullanımı ile tekrar kullanımı arasındaki fark belirlenerek hastaneye maliyeti karşılaştırıldı.Bulgular: Bu 30 çeşit malzemenin her birinden birer adet alındığında alım maliyeti 17.839,46 ₺, tekrar kullanıma hazırlanma aşamalarındaki giderlerin toplamı 255,75 ₺, bir yıllık sarfiyat sayısına göre tek sefer kullanımında maliyet 4.787.710,00 ₺, öngörülen sayıda sterilizasyon işlemi uygulandığında yeni malzeme alımının maliyeti 2.162.855,00 ₺,bunların tekrar kullanıma hazırlanma aşamalarındaki giderlerin yıllık toplamı 164.050,00 ₺ olarak hesaplandı.Yeni malzeme alımı ile tekrar kullanıma hazırlanmasındaki giderlerin toplamı (2.162.855,00+164.050,00) 2.336.905,00 ₺ idi. Malzemelerin öngörülen tekrar kullanım sayısına göre hesaplandığında hastanenin maliyet tasarrufu yıllık olarak (4.787.710,00-2.336.905,00) 2.451.608,00 ₺ olarak hesaplandı. Tek sefer kullanıma göre, tekrar kullanımda %51,2 oranında maliyet etkinlik sağlandığı saptandı. Sonuç: Koroner anjiyografideki tek kullanımlık malzemelerin tekrar kullanımının maliyet açısından etkin bir yöntem olduğu ortaya konmuştur. Aim: In our study, we aimed to compare cost-effectiveness of the materials with use of new and re-use used in our hospital coronary angiography unit.Material and Method: The study, in coronary anjiyography unit, disposable materials which sent to the sterilization unit, sterilized and used of re-use. Thirty material have been determi-ned. These materials costs of the hospital were identified considering the prices with company information and healthy application papers. Central sterilization unit consumption costs (water, electricity, staff, etc.) were calculated for the purpose of determine the cost of materials once sterilization. The number of materials and the number of predicted sterilization were determined between 2014-2015 years in angiography unit. According to the hospital's needs at one year, re-use or single use of materials was calculated cost to the hospital. Results: The only use the 30 kinds of materials cost in 17839.46 ₺, total expenses were calculated in the process of preparation for re-use 255.57 ₺. According to one years needs, only once using of disposabl materials cost were calculated 4787710.00 ₺. When the predicting number of sterilization process is applied to annual expenses in the reprocessing stage 164050.00 ₺ , calculated the cost of new materials costs 2162855.00 ₺. New materials costs with in preparation for re-use expenses were estimated total of (2162855.00+ 164050.00) 2336905.00 ₺. When calculated according to predicting number of materials use of re-use were determined (4787710.00 - 2336905.00) 2451608.00 ₺ annually hospital's gain. According to disposable, the re-use cost-effectiveness ratio of %51.2 was determined.Conclusion: Using re-use of disposable materials in coronary angiography are demonstrated to be an effective method in terms of cost. 69

4d ÖZET Enterobacteriaceae ailesinin etken olduğu infeks iyonlar m laboratuvar tanısı için model- olarak seçtiğimiz S.typhimuri- um ile daha duyarlı bir test geliştirmeyi amaçlayan bu çalış ma son 20 yılın bilgi birikimleri değerlendirilerek planlanmıştır. Çeşitli tekniklerin denendiği veya kullanıldığı deneyde genelde S.typhimurium'un dış membran proteinlerinin antijenik özellik teki özgül fraksiyonlarını arama konusunda yoğunlaşmıştır. Çalışma sonucunda `fra-b` ve `fra-a` fraksiyonlarının ELISA ile tanıda kullanılabileceği düşünülmüş ve erken tanı için IgM, IgG sınıfı antikorların araştırılması önerilmiştir. S U MM ARÎ This paper is planned by an aim to develop a more sensitive test in immunologic diagnosis of infection of S. typhimurium which is chosen as a model for Enterobacteriaceae family, by using the last 20 years' investigations. The test that various technics are used or tried in, are generally concentrated on finding a specific fraction of antigenic pro teins in the S. typhimurium outer membrane. As a result, we think that `fra-b` and `fra-a` fractions can be used in diagnosis of S. typhimurium. infection by ELISA and it can be recommended to study IgM, IgG class antibodies for early diagnosis. R E S U M £ Nous avons realise cette etude dans le but de mettre au point un test de diagnostic plus fiable que les tests classiques concernant les infections düs aux membres de la famille des Enterobacteriaceae, notamment S. typhimurium. Nous avons compare` differentes techniques pour valoriser les propriâtgs antigeniques des proteines d'enveloppe de 8. typhimurium. D'aprSs les resultats pre*llminaires nous avons trouvg que les fractions `fra-b` et `fra-a` sont utilisables dans les tests dELISA et que la detection des anticorps- IgM et IgG a un grand interest pour le diagnostic precoce. 4d ÖZET Enterobacteriaceae ailesinin etken olduğu infeks iyonlar m laboratuvar tanısı için model- olarak seçtiğimiz S.typhimuri- um ile daha duyarlı bir test geliştirmeyi amaçlayan bu çalış ma son 20 yılın bilgi birikimleri değerlendirilerek planlanmıştır. Çeşitli tekniklerin denendiği veya kullanıldığı deneyde genelde S.typhimurium'un dış membran proteinlerinin antijenik özellik teki özgül fraksiyonlarını arama konusunda yoğunlaşmıştır. Çalışma sonucunda `fra-b` ve `fra-a` fraksiyonlarının ELISA ile tanıda kullanılabileceği düşünülmüş ve erken tanı için IgM, IgG sınıfı antikorların araştırılması önerilmiştir. S U MM ARÎ This paper is planned by an aim to develop a more sensitive test in immunologic diagnosis of infection of S. typhimurium which is chosen as a model for Enterobacteriaceae family, by using the last 20 years' investigations. The test that various technics are used or tried in, are generally concentrated on finding a specific fraction of antigenic pro teins in the S. typhimurium outer membrane. As a result, we think that `fra-b` and `fra-a` fractions can be used in diagnosis of S. typhimurium. infection by ELISA and it can be recommended to study IgM, IgG class antibodies for early diagnosis. R E S U M £ Nous avons realise cette etude dans le but de mettre au point un test de diagnostic plus fiable que les tests classiques concernant les infections düs aux membres de la famille des Enterobacteriaceae, notamment S. typhimurium. Nous avons compare` differentes techniques pour valoriser les propriâtgs antigeniques des proteines d'enveloppe de 8. typhimurium. D'aprSs les resultats pre*llminaires nous avons trouvg que les fractions `fra-b` et `fra-a` sont utilisables dans les tests dELISA et que la detection des anticorps- IgM et IgG a un grand interest pour le diagnostic precoce. 48

Lignoselülozik biyokütle, monomerik şekerlerin selülotik enzimlerle hidrolizi ile üretiminde, potansiyel yenilenebilir kaynaklardır. Endoglukanaz, ekzoglukanaz ve beta-glikozidaz enzim karışımlarından oluşan selülaz enzimi, bu enzimlerin sinerjik etkileriyle selülozu glikoza parçalar. Bu enzimler başta mantarlar olmak üzere çok çeşitli mikroorganizmalar ile üretilebilmektedir.Bu çalışmada, termofililik Myceliophthora hinnulea kullanılarak yanıt yüzey yöntemi ile selülaz enziminin batık hal fermantasyon üretim parametreleri optimize edilmiştir. pH (4.0 - 5.25 - 6.5), sıcaklık (35°C - 45°C - 55°C), spor sayısı (1x106 - 5x109 - 1x1010) ve kültür yaşının (24 h– 60 h – 96 h) filtre kağıdı birimi cinsinden selülaz aktivitesi üzerine etkileri gözlenmiştir. Optimize edilmiş koşullarda önişlem görmüş üç ayrı lignoselülozik biyokütle (fındık kabuğu, auçiçek sapı ve haşhaş sapı) kullanılarak Myceliophthora hinnulea kültüre alınmış ve bu biyokütlelerin selülaz aktivitesi ve monomerik şeker verimine etkileri incelenmiştir.Optimum enzim aktivitesine (0,216 FPU/ml), pH 6,1, 38°C, 1x1010spor/ml ve 24 sa kültür yaşı şartlarında ulaşılmış, farklı karbon kaynaklarından da % 2'lik önişlem görmüş fındık kabuğu ile 7.gün sonunda en yüksek selülaz aktivitesi (0,181 FPU/ml) elde edilmiştir. Lignocellulosic biomass is potential renewable resource for monomeric sugars which can be produced by the enzymatic hydrolysis of cellulose with celluloytic enzyme. Cellulase is a group of enzymes including endoglucanase, exoglucanase and -glucosidase, which act synergistically to hydrolyze cellulose to glucose. These enzymes can be produced by a large diversity of microorganisms. mainly by funguses.In this study, production of cellulase enzyme was optimized by response surface methadology under submerge conditions using thermophilic Myceliophthora hinnulea. The effect of pH (4.0 - 5.25 - 6.5), temperature (35°C - 45°C - 55°C), spore size (1x106 - 5x109 - 1x1010) and culture age (24 h– 60 h – 96 h) on the cellulase production in terms of filter paper activity was investigated. At optimum conditions, three pretreated lignocellulosic feedstocks (hazelnut shells, sunflower stalks and poppy stalks) were used to culture Myceliophthora hinnulea.The optimum levels of parameters for maximizing cellulase activity were found as 6.1 for pH, 38oC, 1x1010 inoculum size and of 24 h culture age. At these conditions, the cellulase activity was 0.216 FPU/ml. Maximum cellulase activity (0.181 FPU/ml) was reached using 2 % hazelnut shells after 7 days. 72

Selülaz (E.C.3.2.1.4), temel fonksiyonu lignoselülozik biyokütle içinde mevcut kompleks karbohidratların etkili bir şekilde glukoz monomerleri haline dönüşümünü sağlayan bir enzim kompleksidir. Selülazlar nişasta işleme, yem sanayi, tahıl, alkol fermentasyonu, malt, bira, sebze ve meyve suyu endüstrisi, kağıt hamuru ve kağıt endüstrisi gibi çeşitli endüstriyel süreçlerin yanı sıra tekstil sektöründe kullanılmaktadır. Endüstriyel alanlarda selülazların büyük önemi nedeniyle, bunların üretiminde genelde bakteri ve mantarlar kullanılmakla birlikte özellikle Aspergillus, Trichoderma türleri tercih edilir.Bu çalışmada talaş ve çay fabrikası atığı içeren besiyeri hazırlanarak Aspergillus niger aracılığıyla selülaz enzimi üretimi amaçlanmıştır.Deneyler bu atık maddeler ile 5 lt'lik karıştırmalı fermentörde kesikli `Batch` fermentasyon kullanılarak yürütüldü. Oluşan fermentasyon ürününde enzim aktivite tayini dinitrosalisilik asit yöntemi ve protein miktarı tayini için Lowry yöntemi kullanıldı. En iyi enzim aktivitesi 9,6 g talaş ve 3 ml mısır maserasyon sıvısı içeren besiyerinde 6,16 U/ml olarak saptandı. En fazla protein miktarı da 8 g talaş ve 3 g çay çöpü içeren besiyerinde 7 mg/ml olarak saptandı. Cellulase ( E.C. 3.2.1.4 ) is an enzyme complex whose basic function is the conversion of complex carbohydrates which are present in lignocellulosic biomass efficiently into glucose monomers. Cellulases are utilized in a variety of industrial processes, such as starch processing, fodder industry, cereal alcohol fermentation, malting, breweries, vegetable and fruit juice extraction, pulp and paper industry as well as in the textile industry. Due to great importance of cellulases in industrial fields, generally bacteria and fungi,especiallyTrichoderma and Aspergillus species are prefered for producing cellulases.In this study, production of cellulase enzyme using Aspergillus niger on sawdust and tea factory residueis aimed.Batch fermentation were carried out on experiments in a 5 L stirred fermenter using this waste materials. Dinitro salicylic acid method for enzyme activity assay and Lowry methodfor protein determination were made on fermentation product. The best enzyme activity was found 6.16 U/ml in the medium of containing 9.6g sawdust and 3 mlcorn steep liquor. Maximum protein amount was found in medium of containing 8 g sawdust and 3 g tea factory residue. 46

Listeria monocytogenes are gram-positive bacilli causing epidemics through contagious food. It may lead to infections in the elderly and immunocompromised host. Although in vitro efficacy of levofloxacin is promising, published experience is limited. Acatheter-related L. monocytogenes bacteremia cleared microbiologically under levofloxacin is presented in this paper. A patient, diagnosed with metastatic breast carcinoma, was hospitalized for palliative care in medical oncology clinic with the recurrent need of paracentesis and impaired oral in take caused by severe nausea and vomiting. On the second and fourth days of hospitalization,the patient developed recurrent fever. Patient’s cultures were performed and empirical levofloxacin 500 mg/per day was started. Cultures (on the second and fourth days of hospitalization) yielded growth of L. monocytogenes. Under levofloxacin, the patient had no fever again and cultures drawn on the third and eighth days of antibiotherapy did not yield any pathogen. The patient died due to sudden respiratory failure, which was thought to be related to pulmonary embolism on the fifteenth day of hospitalization. Blood cultures, performed on the day the patient died, did not yield any pathogen. To our knowledge, this is the first case of L. monocytogenes bacteremia treated successfully with levofloxacin. The case suggests that levofloxacin (although not as monotherapy) may be a good option for combinations in the salvage therapy of L. monocytogenes bacteremia.

The correlation between malathion resistance and fecundity was investigated in the fruit fly, Drosophila melanogaster. Previous studies have shown that insecticide resistance is negatively correlated with reproductive components in insects. To investigate this relationship, the fecundity (egg production) was determined in 2 natural and 2 esterase 6 (Est-6) marker populations (4016 and 4211) and malathion resistance levels (LC50) were determined in the 4 populations of D. melanogaster. The resistance levels and Est-6 allozyme frequencies were compared to the results of 2 natural populations from Turkey (Antakya-Centre and Antalya-Serik) estimated in previous studies. In addition, malathion resistance levels (LC50) were determined in 2 mutant populations using the paper contact method and the results were tested with Finney's probit analysis. In the bioassays, 4016 marker stock was more susceptible than the Antakya population and 4211 was more susceptible than the Serik population. The daily mean egg production numbers of females were calculated and compared using variance analysis (P < 0.05). The most productive population was found to be Antakya, followed by 4016, Serik, and 4211 populations, in decreasing order. These results indicate that malathion resistance is positively correlated with fecundity of 2 natural and 2 Est-6 marker stocks of D. melanogaster.

Siyanobakteriler antimikrobiyal, antioksidan ve antimutajenik etkilere neden olduğu iddia edilen maddelerin önemli bir kaynağıdırlar. Siyanobakteriler antibiyotikler, algisid, sitotoksik, immun baskılayıcı ve enzim inhibe edici ajanlar gibi endüstriyel olarak önemli sekonder metabolitlerin bir çeşidini üreten prokaryotik organizmaların inanılmaz derecede eski grubudurlar.Mevcut çalışma siyanobakteriyel türlerin (Anabaena sp. GO2, GO10, Synechocystis GO8 and Gloeothece sp. GO9) antimikrobiyal aktivitesi, serbest radikal süpürme yeteneği ve antimutajenik aktivitesi ile ilgilidir. Antimikrobiyal aktivite disk difüzyon ve MİK (minimum inhibitör konsantrasyonu) ölçümlerine dayanmaktadır. Siyanobakteriyel türler metanol kullanılarak ekstrakte edilmiştir. Siyanobakteriyel türlerin in vitro antimikrobiyal etkinlikleri Gram pozitif ve Gram negatif bakterilere karşı denenmiştir. Antimikrobiyal aktivite çalışmaları Escherichia coli ATCC 11229, Staphylococcus aureus RSKK 2392, Bacillus subtilis RSKK 245, Salmonella typhimurium RSKK 19, Enterococcus faecalis ATCC 8093, Listeria monocytogenes ATCC 7644, Yersinia enterocolitica NCTC 11174 ve Candida albicans RSKK 02029 gibi gıda patojenleri ile çalışılmıştır. Siyanobakteriyal türlerin tamamının metanol özütleri arasında en yüksek inhibitör aktivite sırası ile Listeria monocytogenes ATCC 7644 ve Escherichia coli ATCC 11229' da görülmüştür. Anabaena sp. GO2' nin metanol özütü diğer siyanobakteriyal türlere göre tüm gıda patojenlerine karşı maksimum inhibisyon göstermiştir. Maksimum inhibisyon zonu Anabaena sp. GO2' nin özütünde Listeria monocytogenes ATCC 7644'e karşı ve minimum inhibisyon zonu Anabaena sp. GO2 için Salmonella typhimurium RSKK 19' a karşı gözlenmiştir. Buna ilaveten, dört siyanobakteriyel özütlerin Candida albicans RSKK 02029 üzerinde antifungal aktiviteye sahip olduğu bulunmuştur. Bu çalışmanın sonuçları antimikrobiyal maddelerin üretimi için fazla potansiyele sahip organizmalar olduğunu göstermiştir.Çeşitli çalışmalar göstermiştir ki farklı potansiyal antioksidanları ve bunların antioksidan bileşenlerini kapsayan siyanobakteriler potensiyel antimutajenler veya antikarsinojenler olabilir. Bu çalışmanın amacı siyanobakteriyel türlerin metanol özütlerinin antioksidan aktivitelerini değerlendirmektir.Antioksidan aktivitelere ?,?-diphenyl-ß picrylhydrazyl (DPPH), ve 2,2'-azino-bis 3-ethylbenzthiazoline-6-sulphonic acid (ABTS) dahil edilerek test edilmiştir.DPPH kullanılarak serbest radikal süpürme yeteneğinde Synechocystis sp. GO8' in maksimum antioksidan potansiyelini takiben Anabaena sp. GO10 göstermiştir. Oysa ki Anabaena sp. GO2 en az aktivite göstermiştir. Synechocystis sp. GO8' in antioksidan aktiviteleri en yüksek troloks eşdeğeri 0,99 mM olarak DPPH ile saptanmıştır. Oysa ki Synechocystis sp. GO8' in antioksidan aktiviteleri en yüksek troloks eşdeğeri 2,43 mM olarak ABTS ile saptanmıştır. Sonuçlar göstermiştir ki diğer siyanobakteriyel türlerle karşılaştırıldığında Synechocystis sp. GO8 önemli antioksidan özelliğe sahiptir.Bu çalışmada, toplam biyokütle özütlerinin, toplam karotenoidlerin ve toplam fikobiliproteinlerin antimutajenik etkileri de araştırılmıştır. Bu araştırmanın amacı siyanobakteriyel özütlerin antimutajenitesini incelemektir. Metanol özütleri rat mikrozomal karaciğer enzimi (-S9) yokluğunda Ames testi ile sodyum azide karşı antimutajenik aktivitesi açısından taranmıştır. Ames test sisteminde mutant suşlar Salmonella typhimurium TA 98 ve TA 100 kullanılmaktadır. Her bir deneme eş zamanlı olarak üç kez gerçekleştirildi, inhibisyon yüzdesi [1-T/M] ×100 formulü kullanılarak belirlenmiştir. Anabaena sp. GO2 özütleri %73 sodyum azid inhibisyonu ile mutajenik ajanın azalmasında yüksek potansiyel göstermiştir. Bu çalışmada siyanobakteriyel özütler antimikrobiyal, antioksidan ve antimutajenik potansiyel göstermiştir. Bununla birlikte, siyanobakteriyel türlerin aktif bileşiklerinin daha fazla araştırılmasına ihtiyaç duyulmaktadır. Cyanobacteria are an important source of substances which are claimed to induce antimicrobial, antioxidant and antimutagenic effects. Cyanobacteria are an incredibly old group of prokaryotic organisms that produce a variety of industrially important secondary metabolites such as antibiotic, algicide, cytotoxic, immunosuppressive and enzyme inhibiting agents.The present study deals with antimicrobial activity, free radical scavenging ability and antimutagenic activity of cyanobacterial species (Anabaena sp. GO2, GO10, Synechocystis GO8 and Gloeothece sp. GO9). Antimicrobial activity was based on the paper disc diffusion and MIC (minimum inhibitory concentration) assays. Cyanobacterial species were extracted by using methanol. The in vitro antimicrobial efficacy of the cyanobacterial strains was examined against Gram positive and Gram negative bacteria. The antimicrobial activity was studied against the food pathogens like Escherichia coli ATCC 11229, Staphylococcus aureus RSKK 2392, Bacillus subtilis RSKK 245, Salmonella typhimurium RSKK 19, Enterococcus faecalis ATCC 8093, Listeria monocytogenes ATCC 7644, Yersinia enterocolitica NCTC 11174 and Candida albicans RSKK 02029. Among these metanol extracts of all of cyanobacterial species showed high inhibitory activity against Listeria monocytogenes ATCC 7644 and Escherichia coli ATCC 11229 respectively. The metanol extract of Anabaena sp. GO2 showed maximum inhibition against all the food pathogens than other cyanobacterial strains. Maximum inhibition zone of 13 mm was observed in the extracts of Anabaena sp. GO2 against Listeria monocytogenes ATCC 7644 and the minimum inhibition zone of 7 mm was recorded for Anabaena sp. GO2 against Salmonella typhimurium RSKK 19. In addition, four cyanobacterial extracts were found to have antifungal activity on Candida albicans RSKK 02029. The results of this study revealed that these groups of organisms seem to be more potential for producing antimicrobial substances.Several studies have demonstrated that cyanobacteria contain various potential antioxidants and these antioxidant components may be potential antimutagens or anticarcinogens. The objective of this study was to evaluate the antioxidant activities of the metanol extracts of cyanobacterial strains.The antioxidant activities tested included ?,?-diphenyl-ß picrylhydrazyl (DPPH), and 2,2`-azino-bis 3-ethylbenzthiazoline-6-sulphonic acid (ABTS).Free radical scavenging activity by using DPPH indicate the maximum antioxidant potential of Synechocystis sp. GO8 followed by Anabaena sp. GO10 whereas, Anabaena sp. GO2 showed least activity. Antioxidant activities of Synechocystis sp. GO8 was also found in the highest value of 0,99 mM trolox equivalent determined by DPPH. Whereas, antioxidant activities of Synechocystis sp. GO8 was also found in the highest value of 2,43 mM trolox equivalent determined by ABTS. The results showed that Synechocystis sp. GO8 posses significant antioxidant property when compared to other cyanobacterial species.In this study, the antimutagenic effects of total biomass extracts, total carotenoids and total phycobiliproteins have been investigated. The purpose of this research is to examine antimutagenicity of cyanobacterial extracts. Metanol extracts were screened for their antimutagenic activity against sodium azide by Ames test in absence of rat microsomal liver enzyme (-S9). In the Ames test system the mutant strains used are Salmonella typhimurium TA 98 and TA 100. Each assay was performed in triplicates simultaneously and the percentage of inhibition was determined using the formula [1-T/M] ×100. Anabaena sp. GO2 extracts with the inhibition of 73% sodium azide showed high potential in decreasing mutagenic agent. The cyanobacterial extracts showed antimicrobial, antioxidant and anti-mutagenic potential. However, the active compounds of cyanobacterial species need be further investigated. 145

Sıtma, tropikal ve subtropikal ülkelerde her yıl bir milyon kişinin ölümüne neden olan büyük bir halk sağlığı sorunudur. Plasmodium vivax, Türkiye'de ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde en sık görülen Plasmodium türüdür. Parazit suşlarının lokal ya da global epidemiyolojisini anlamak için parazit farklılıklarını ve alt türlerini tanımlamak bir zorunluluktur.Bu çalışmada, sıtma tanısında, nested PCR'nin geçerliğinin ve yerinin belirlenmesi, nested PCR ile sıtma tespiti, Plasmodium türlerinin ve PCR-RFLP ile P. vivax alt türlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir.Metodolojik tipteki bu epidemiyolojik araştırma, Şanlıurfa'nın sıtmanın endemik olarak görüldüğü ilçelerinde gerçekleştirilmiştir. Tarım işçisi olarak çalışan sıtma şüpheli 153 bireyden parmak ucundan kan alınmıştır. İnce yayma ve kalın damla preparatlar , Giemsa ile boyandıktan sonra mikroskopta incelenmiştir. Filtre kağıtlarına emdirilen kanlardan DNA ekstrakte edilmiştir. Plasmodium tespiti ve Plasmodium tür tayini için Snounou ve ark. nın geliştirdiği 18S rRNA gen bölgesi hedeflenen oligonükleotidler kullanılarak nested PCR yapılmıştır. Plasmodium vivax'ın genotiplemesinde Imwong ve arkadaşlarının tanımladığı circumsporozoit protein gen bölgesine ait oligonükleotidler kullanılarak nested PCR yapılmıştır. P. vivax circumsporozoit proteinin iki önemli varyantını (VK210 ve VK247) ayırt etmek için Alu1 ve Bst NI restriksiyon enzimleri kullanılarak PCR-RFLP yapılmıştır.Amplifiye edilen PCR DNA ürünleri %2'lik agaroz jel elektroforezde yürütülmüş, etidyum bromürde 30 dakika boyandıktan sonra ultraviyole transluminatör ile görüntülenmiştir.Mikroskobik tanıya göre, çalışmaya katılan 153 bireyin 11'inde (%7.2), genus spesifik primerlerin kullanıldığı nested PCR'ye göre ise 15'inde (%9.8) sıtma saptanmıştır. Plasmodium türe spesifik primerlerin kullanıldığı nested PCR'ye göre 15 Plasmodium'un 14'ü P.vivax olarak tanımlanmıştır. Pvcs gen bölgesini hedefleyen primerlerin kullanıldığı nested PCR sonrası yapılan PCR-RFLP'ye göre ise 14 P. vivax'ın 2'sinin (%14.3) VK210, 12'sinin ise (%85.7) VK247 olduğu görülmüştür.Nested PCR'nin mikroskobik tanıya göre duyarlılığı %100, özgüllüğü %97.2, pozitif prediktif değeri %73.3 olarak bulunmuştur.Bu çalışmanın, sıtmanın doğru ve hızlı tanısında, düşük parazitemili P. vivax sıtma olgularının tanısında, miks ve asemptomatik enfeksiyonların saptanmasında, CSP bazlı P. vivax aşı çalışmalarında, ilaç direnci ve in vivo ilaç etkinliği çalışmalarında, gerekli epidemiyolojik verilerin sağlanmasında ışık tutacağı düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Sıtma, Plasmodium vivax, circumsporozoit, VK210, VK247 Malaria imposes a huge public health burden in tropical and subtropical countries with one million deaths each year. Plasmodium vivax is the most prevalent of the Plasmodium species in Southeastern Anatolia Region in Turkey. It is necessity to determine the varieties and subspecies of parasites in order to understand the global and local epidemiology of parasite strains.In this study, it was aimed to determine the validity and location of the nested PCR for malaria diagnosis. It was also aimed to detect the Plasmodium, to determine the species of Plasmodium by nested PCR and to identify the variants of P.vivax by PCR-RFLP.This methodological type of epidemiological study was carried out in malaria endemic towns of Şanlıurfa province. Fingerprick blood samples were collected from 153 malaria suspected participants working as farmworkers. Giemsa-stained thick and thin smears were examined by microscopic examination for malaria diagnosis. Plasmodium DNA samples were extracted from blood spotted filter-papers. The extracted DNA was used as template to amplify the 18S ssrRNA gene of Plasmodium with specific primers by nested PCR described by Snounou et al. The amplified PCR products were digested with restriction enzymes Alu I and Bst NI by PCR-RFLP to distinguish between two important variants of P.vivax, VK210 and VK247 (Imwong et al.). The DNA fragments obtained following nested PCR were analysed by electrophoresis in 2% agarose gels and the DNA was visualised on an ultraviolet transilluminator following ethidium bromide staining for 30 minutes.11 of 153 specimens (7.2%) were detected as Plasmodium by microscopy. 15 of 153 (9.8%) participants were detected as Plasmodium by using genus specific primers by nested PCR. 14 of 15 Plasmodium specimens were identified as P. vivax by using species-specific primers. The primers targeted circumsporozoite protein gene of P.vivax amplified by nested PCR. According to the PCR-RFLP analysis, 2 of 14 P. vivax specimens (14.3%) were VK210 and 12 of them (85.7%) were VK247.Compared to microscopy, the sensitivity, specifity and positive predictive values of nested PCR were found 100%, 97.2%, 73.3%, respectively.It is considered that, this study may be useful for rapid and accurate diagnosis of malaria, the diagnosis of P. vivax malaria cases with low parasitemia, the detection of the mixed and asemptomatic infections, the CSP-based vaccine trials of P. vivax, discriminating re-infection from relapse and recrudescence, the trials of drug resistance, in vivo drug efficacy and epidemiologic.Key words: Malaria, Plasmodium vivax, circumsporozoite, VK210, VK247 133

Bruselloz ülkemizde yaygın görülen; halk sağlığı, hayvan endüstrisi ve ekonomik kayıpları yönünden güncelliğini koruyan önemli zoonotik bir enfeksiyondur. Bu çalışma ile açıkta satılan çiğ süt ve süt ürünlerinin Brucella IgG pozitifliğinin saptanması amaçlanmıştır. Araştırmamızda ilk olarak 250 çiğ süt, 100 beyaz peynir, 50 tereyağ ve 50 adet yoğurt örneği olmak üzere toplam 450 örnek Brucella IgG pozitifliği yönünden ELISA yöntemiyle araştırılmıştır. Sivas il merkezi ve çevre köylerinden alınan 150 adet çiğ süt örneğinin 85 (% 56.6) tanesi, Tokat il merkezi sokak sütçüleri ile Tokat'ın Reşadiye ve Pazar ilçelerinden temin edilen toplam 100 adet çiğ süt örneğinin 32 (% 32) tanesi Brucella IgG yönünden pozitif bulunmuştur. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde iller arasındaki fark anlamlıdır (p=0.000). Sivas il merkezinde toplanan 50 adet beyaz peynir örneğinin 2 (% 4) tanesi, Tokat il merkezinde toplanan 50 adet beyaz peynir örneğinin 9 (% 18) tanesi Brucella IgG yönünden pozitif bulunmuştur. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde iller arasındaki fark anlamlıdır (p=0.02). Yoğurt ve tereyağ örneklerinin hiçbirinde Brucella IgG antikorları yönünden pozitiflik saptanamamıştır.Çalışmamızda ikinci bir araştırma konusu olarak farklı yoğunluklarda hazırlanan Brucella melitensis (RSKK 310) ve Brucella abortus (RSKK 279) bakterileri suşlarının, 3 farklı kaynaktan elde edilen (A, B marka ve ev yapımı) kefir içersinde yaşam süreleri araştırılmıştır. Bakteriler A ve B marka kefirde 24, 48, 72. saat aralığında canlılığını sürdürürken 240 saatten itibaren üreyememektedir. Ev yapımı kefir içersinde ise 0-24 saat aralığında canlılığını sürdürürken 24 saatten itibaren üreyememektedir. Bu çalışma Sivas ve Tokat illerinde süt ve süt ürünlerinde Brucella cinsi bakterilerin bulunduğunu, süt ve süt ürünlerinin bruselloz bakımından risk oluşturabileceğini göstermiştir. Ayrıca probiyotik fermente bir süt içeceği olan kefirde Brucella'nın en çok 10 gün canlı kalabildiği tespit edilmiştir. Brucellosis is a common and important zoonotic infection which is always up-to-date in terms of public health, animal industry and econmical loss. In this paper it was aimed to determine Brucella IgG positivenss in raw milk and milk products sold unpacked. In our study firstly, 450 samples consisting of 250 raw milk, 100 white cheese, 50 butter and 50 yoghurt samples were researched by ELISA method in terms of Brucella IgG positivensis. 85(%56.6) of 150 raw milk samples obtained from Sivas city center and neighbouring villages, 32(%32) of 100 raw milk samples obtained from Tokat city center, milkmen on streets, Resadiye and Pazar borough of Tokat were detected positive with regard to Brucella IgG. When evaluated statistically, the difference between the cities is significant (meaningfull) (p=0.00). 2(%4) of 50 white cheese samples gathered from Sivas city center and 9(%18) of 50 white cheese samples were detected positive in terms of Brucella IgG. When evaluated statistically, the difference between the cities is significant (p=0.02). None of the yoghurt and butter samples were detected positive in terms of Brucella IgG antibodyAs a second research subject, the lifetime of the strains of Brucella melitensis (RSKK 310) and Brucella abortus (RSKK 279), prepared in different density, in Kefir obtained from three different sources (A, B brand and home-made) was studied. Bacteria survive 24, 48, 72. hours in A and B brand kefir, and they cannot multiply as from 240 hour. Bacteria in homemade kefir survive between 0-24 hour and cannot multiply as from 24 hours. This study showed the presence of Brucella bacteria in milk and milk products in Sivas and Tokat, and it indicated that milk and milk products can creat risk in terms of Brucellosis. Also, it was concluded that in kefir, a probiotic fermented milk drink, Brucella can survive at most 10 days. 88

Bu çalışma kapsamında, 2009-2010 eğitim-öğretim yılında İstanbul'un Taksim, Mecidiyeköy, Fatih, Kartal, Nişantaşı bölgelerindeki 5 farklı ilköğretim okullarının kantin, büfe gibi yerlerinden alınan gıdalar üzerine araştırma yapılmıştır. Analiz edilen 100 adet gıda örneği, gıda zehirlenmesine sebep olan patojen mikroorganizmalar açısından incelenmiş ve adli bilimler çerçevesinde yorumlanmıştır. Usulüne uygun ve kantin işletmecilerinin gıda hazırlama alışkanlıklarını değiştirmeden gıda numuneleri alınmış ve en kısa sürede kontaminasyonu engelleyecek şekilde uygun taşıma kaplarıyla laboratuara getirilerek analiz edilmiştir.Çalışmamız, İstanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü Mikrobiyoloji Laboratuarı'nda 06.02.2009 tarihli ve 27133 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Mikrobiyolojik Kriterler Tebliği, Türk Gıda Kodeksi yönetmeliği doğrultusunda yürütülmüştür.Çalışmamızın sonucunda, 1 nolu ilköğretim okul kantininde üretilen gıdaların % 50'sinin, 2 nolu ilköğretim okul kantininde üretilen gıdaların % 25'inin, 3 nolu ilköğretim okul kantininde üretilen gıdaların %50'sinin, 4 nolu ilk öğretim okul kantininde üretilen gıda numunelerinin %75'inin ve 5 nolu ilköğretim okul kantininde üretilen gıdaların %50'sinin mikrobiyolojik analiz sonuçlarına göre Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği'ne uymadığı saptanmıştır. In this study, in the 2009-2010 academic year, it were been researched on foods which were taken from places such as canteens, buffet of 5 different elementary schools district of Istanbul's Taksim, Mecidiyeköy, Fatih, Kartal and Nisantasi. 100 Food samples analysed were examined in terms of pathogenic microorganisms that cause food poisoning and interpreted in the way of forensic sciences. Food samples were taken without changing their habits of canteen operators and according to correct method. As soon as possible, these food samples were analyzed to prevent contamination by bringing with appropriate transport containers to the laboratory.Our study were carried out Istanbul University of Forensic Medicine Institute of Microbiology Laboratory Microbiological Criteria Paper towards Turkish Food Codex instructions published to dated 02.06.2009 and 27133 of the Official Gazette.In the our survey were not followed Turkish Food Codex Regulation according to the results of microbiological analysis of 50% of producted food by 1 number school, 25% of producted food by 2 number school, 50% of producted food by 3 number school, 75% of producted food by 4 number school and 50% of producted food by 5 number school. 88

Bu çalışma, başarısız kök kanal tedavisi olgularında, geleneksel kimyasal yıkayıcılarla, lazerin ve bunların kombine kullanımının kök kanalındaki mikroorganizmaları yok etmedeki etkinliklerinin karşılaştırılması amacıyla yapıldı.Genel sağlık durumu iyi, en az 4 yıllık kanal tedavisine sahip, apikal radyolüsensi bulunan, kanal dolgusu apikal daralımdan en fazla 4 mm kısa olan 43 olgu klinik çalışma için seçildi. Kanal içi dezenfeksiyon olarak sodyum hipoklorit + EDTA (Grup 1), Nd:YAG lazer (Grup 2) ve Nd:YAG lazer + sodyum hipoklorit + EDTA (Grup 3) uygulandı. Kanallar 50 numaraya kadar genişletildi. Kanal dolgusu çıkarıldıktan, kanal genişletmesi yapıldıktan, dezenfeksiyon yöntemlerinden biri uygulandıktan ve kanal içi ilaç pansumanı yapıldıktan sonra kanal içinden kağıt konlarla kültür örnekleri alındı (sırasıyla S1, S2, S3, S4). Kanal içinden alınan bu örnekler geleneksel kültür yöntemi ve biyokimyasal ve enzimatik yöntemlerle tiplendirildi ve sayıları belirlendi.Tekrarlayan kanal tedavisi sırasında olguların % 55,8'inde Corynebacterium spp, % 39,5'inde Bacillus spp, % 25,5'inde Enterococcus faecalis, % 25,5'inde Streptococcus mutans ve % 25.5'inde tanımlanamamış oral streptokoklar belirlendi. Üç dezenfeksiyon yönteminde de anlamlı derecede bakteri azalması görüldü (t-testi; p0,05). Lazer uygulamasının olasılıkla kök kanalı dentin duvarında yaptığı etkiden dolayı, pansuman maddesi olarak yerleştirilen kalsiyum hidroksitin antibakteriyel etkinliğini bir miktar azalttığı tespit edildi. Yalnızca sodyum hipokloritin uygulanıp ardından kalsiyum hidroksit pansumanın yapıldığı Grup 1'de en yüksek mikroorganizma azalması olduğu fakat diğer gruplarla aradaki farkın istatistiksel açıdan bir farklılık göstermediği belirlendi. (Kruskal-Wallis testi; p>0.05) In this study traditional EDTA + sodium hypochlorite endodontic irrigation was compared with Nd:YAG laser irradiation either alone or in combination with EDTA + sodium hypochlorite irrigation, in vivo, for the eradication of infecting microorganisms.Forty three human subjects with good general health and with failed root canal treatment were selected. The criteria included root canals filled within 4 mm from the apex, presence of a periapical radiolucency and a minimum obturation history of 4 years.After removal of the filling material, root canal enlargement (#50), disinfection and medication, root canal samples were taken with sterile paper points (Samples S1, S2, S3 and S4, respectively). Colonies were counted and isolated colonies were identified using traditional microbiological and biochemical and enzymatic methods.Corynebacterium spp; 55,8, Bacillus spp; 39,5, Enterococcus faecalis; 25,5, Streptococcus mutans 25,5 and unidentified oral Streptococcus spp 25,5 % were amongst the most frequently recovered microorganisms in the retreated cases.All disinfection methods significantly reduced the number of cultivable microorganisms (t-test; p0,05). Laser treatment, probably due to its physical effect on the root canal dentinal wall, reduced the antibacterial effectiveness of the calcium hydroxide medication.Best colony counts results were taken in group 1 where calcium hydroxide was applied after irrigation with sodium hypochlorite, however differences between the groups were not statistically significant (Kruskal-Wallis; p>0,05). 70

Bu çalışmada, Venezuella kökenli kurak topraktan izole edilerek tanımlanmış Streptomyces sp. NT508 suşunun ekstraselüler ksilanaz ve peroksidaz aktiviteleri araştırılmıştır. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler ksilanazları ve peroksidazları ile gerçekleştirilen destekleyici optimizasyon çalışmaları optimal substrat konsantrasyonunun, mısır sapı söz konusu olduğunda, ksilanazlar için %1,0 (w/v) ve peroksidazlar için %1,2 (w/v) olduğunu göstermiştir. Mikroorganizma en yüksek peroksidaz ve ksilanaz aktivitelerini sırasıyla inkübasyonun 1. ve 2. günlerinde sergilemiştir. Ham enzim örnekleri ile gerçekleştirilen karakterizasyon çalışmaları Streptomyces sp. NT508'in peroksidazları ve ksilanazlarının her ikisi için de optimal pH'ın 8,0 ve optimal sıcaklığın 45 °C olduğunu ortaya koymuştur. Bu enzimlerin aynı zamanda, 30 dakikalık ön inkübasyonun ardından, kararlılıklarını sırasıyla 60 °C (%85) ve 70 °C'ye (%89) kadar korudukları da tespit edilmiştir. Yıkım ürünlerinin TLC analizi Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler ksilanazlarının yulaf ksilanından, endo-tipi aktivite sergilediklerini ortaya koyar biçimde, ksilo-oligosakkaritleri, ksilobiyozu ve ksilozu serbest bırakabildiğini göstermiştir.Kullanılan suş tarafından üretilen ekstrasellüler peroksidazlar, substrat olarak kullanılan ve fenolik bileşiklerden L-DOPA, 2,4-DCP, 2,6-DCP, 2,4,6-triklorofenol, Dye azure-B ve guaiakol'e karşı pozitif aktivite gösterirken, veratril alkole karşı aktivite göstermemiştir. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler endoksilanazları ise kullanılan yulaf ksilanı, huş ağacı ksilanı ve ksilobiyoz üzerinde aktivite göstermişlerdir. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler endoksilanazları için Km ve Vmax değerleri, substrat olarak yulaf ksilanı kullanıldığında, sırasıyla 1,687 mg mL-1 ve 21,74 µmol dk-1 mg-1 olarak hesaplanmıştır. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler peroksidazları için Km ve Vmax değerleri ise, substrat olarak 2,4-DCP kullanıldığında, sırasıyla, 1,02 mmol L-1 ve 1,637 U mg-1 olarak hesaplanmıştır.EDTA'nın (5 mM) ortamdaki varlığı ile endoksilanaz aktivitesi kısmen inhibe olurken (%88), peroksidaz aktivitesi büyük ölçüde düşüş göstermiştir (%17). 2-Merkaptoetanolün [%1 (v/v)] endoksilanaz aktivitesi için indükleyici olarak (%112), peroksidaz aktivitesi için ise inhibitör olarak (%78) rol oynadığı tespit edilmiştir. SDS [%1 (w/v)] ve ürenin (8 M) ortamdaki varlığı her iki enzimin de aktivitesini olumsuz olarak etkilemiştir ve aktivite düzeyleri endoksilanazlar için sırasıyla %34 ve %37'ye, peroksidazlar için de sırasıyla %21 ve %21'e düşmüştür. Streptomyces sp. NT508'in peroksidazları aynı zamanda KCN (1 mM) ve NaN3 (60 mM) ile de inhibisyona uğramış ve aktivite düzeyleri sırasıyla %23 ve %32,9'a düşmüştür. Ortamda CaCl2 (5 mM), NaCl (5 mM), ZnCl2 (5 mM) ve Na2SO3 (5 mM) varlığı ile her iki enzimin kararlığında da dikkate değer bir değişim gözlemlenmemiştir.Streptomyces sp. NT508 tarafından üretilen ekstraselüler peroksidazlar ve endoksilanazlar kültür süpernanatından ultra-filtrasyon, jel filtrasyon kromatografisi ve iyon değiş-tokuş kromatografisi ile saflaştırılmıştır. Streptomyces sp. NT508 tarafından üretilen tek peroksidaz izoformunun moleküler kütle büyüklüğü jel filtrasyon kromatografisi ile 10,45 kDa (GF-P2), üç endoksilanaz izoformunun moleküler kütle büyüklükleri ise 42,35 kDa (GF-X1), 25,69 kDa (GF-X2) ve 7,74 kDa (GF-X3) olarak tanımlanmıştır. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler peroksidazı doğal PAGE çalışmasında tek bir aktivite bandı oluşturmuş ve bu bant bölgesine ait proteinler SDS-PAGE çalışmasında moleküler kütle büyüklüğü 56,41 kDa olan yine tek bir protein bandı oluşturmuştur. Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler endoksilanazları doğal PAGE çalışması üzerinde yaklaşık moleküler kütleleri 84,92 kDa, 17,03 kDa ve 11,37 kDa olan üç aktivite bölgesi meydana getirmiştir.Streptomyces sp. NT508'in ekstraselüler peroksidaz ve endoksilanazlarının substratlarından yoksunken sıcaklığa karşı gösterdikleri kararlılık düzeyleri ve aktivitelerini geniş pH aralığında sergileyebilmeleri bu enzimlerin kağıt ve kağıt hamuru üretimi ya da miyokardiyal enfarktüs riskinin ortaya çıkarılması için serum kolesterolünün tespit edilmesi gibi potansiyel endüstriyel ve diagnostik uygulamalar için uygun olabileceğini göstermektedir. In this study, extracellular xylanase and peroxidase activities of Streptomyces sp. NT508 strain, which was isolated from arid soil in Venezuella and identified, was investigated. Supplementary optimization studies with Streptomyces sp. NT508?s extracellular xlyanases and peroxidases showed that optimal substrate concentration in terms of corn weed is %1.0 (w/v) for xylanases and %1.2 (w/v) for peroxidases. Microorganism exhibited the greatest xlyanase and peroxidase enzyme activities at the 2nd and 1st day of the incubation period, respectively. Characterization studies carried out with crude enzymes showed that peroxidases and xylanases of Streptomyces sp. NT508 both have a pH optima at 8.0 and temperature optima at 45 °C. They were also found to be stable up to 60 °C (85%) and 70 °C (89%), respectively, after 30 minutes of pre-incubation. TLC analysis of the degradation products showed that the extracellular xylanases of Streptomyces sp. NT508 are capable of releasing xylo-oligosaccharides, xylobiose and xylose from oat spelt xylan, thus suggesting an endo-type activity.Extracellular peroxidases produced by the strain used, were demonstrated positive activities against phenolic compounds such as L-DOPA, 2,4-DCP, 2,6-DCP, 2,4,6-trichlorophenol, Dye azure-B and guaiacol, but no activity was observed with veratryl alcohol. Extracellular endoxlyanases of Streptomyces sp. NT508 demonstrated positive activites against oat spelt xylan, birch wood xylan and xylobiose. Km and Vmax values calculated for endoxylanases of Streptomyces sp. NT508 are 1.687 mg mL-1 and 21.74 µmol dk-1 mg-1, respectively, using oat spelt xylan as a substrate. Km and Vmax values calculated for peroxidases of Streptomyces sp. NT508 are 1.02 mmol L-1 and 1.637 U mg-1, respectively, using 2,4-DCP as a substrate.While endoxylanase activity slightly inhibited (88%) with the presence of 5 mM EDTA, peroxidase activity was significantly decreased (17%). 2-Mercaptoethanol [1% (v/v)] was found to act as an inducer for endoxylanase activity (112%) and an inhibitor for peroxidase activity (78%). Presence of SDS [1% (w/v)] and urea (8 M) affected both enzymes activities negatively and activities dropped to 34% and 37% for endoxylanases and to 21% and 21% for peroxidases, respectively. Peroxidases from Streptomyces sp. NT508 were also inhibited with the presence of KCN (1 mM) and NaN3 (60 mM), and activity levels dropped to 23% and 32.9%, respectively. No significant change observed in the stability of both enzymes with the presence of CaCl2 (5 mM), NaCl (5 mM), ZnCl2 (5 mM) and Na2SO3 (5 mM).Extracellular peroxidases and endoxylanases produced by Streptomyces sp. NT508 was purified from the culture supernatant by ultra-filtration, gel filtration chromatography and ion exchange chromatography. Only one peroxidase isoform produced by Streptomyces sp. NT508 identified by gel filtration chromatography with apparent molecular mass was 10.45 kDa (GF-P2) and three endoxylanase isoforms were 42.35 kDa (GF-X1), 25.69 kDa (GF-X2) and 7.74 kDa (GF-X3). Extracellular peroxidase of Streptomyces sp. NT508 appeared as a single activity band on native PAGE and proteins belong to this activity band again appeared as a single protein band on SDS-PAGE, with a molecular mass of 56.41 kDa. Extracellular endoxylanases of Streptomyces sp. NT508 created three activity zones on native PAGE analysis, with estimated molecular masses of 84.92 kDa, 17.03 kDa and 11.37 kDa.The temperature-stability of the extracellular peroxidase and endoxylanases of Streptomyces sp. NT508 in the absence of substrate and their activities over a broad pH range signify the suitability of these enzymes for potential industrial and diagnostic applications, such as pulp and paper production or serum cholesterol determination as a means of assessing myocardial infarction. 159

Bu çalışmada, genel formülü X-ph-SO2-NH-(CH2)n-NH-SO2-ph-X ( n = 2, 3, 4, 5 ve X= o-, m-, p-CH3) olan sekiz simetrik aromatik disülfonamit bileşiği o-, m-, p-toluensülfonil klorür ile bir seri diamin tepkimeye sokularak sentezlenmiştir. Yapıları element analizi, LCMS, 1H-NMR, 13C-NMR, COSY, HETCOR ve IR teknikleri ile aydınlatılmıştır. N,N'-dimetilenbis (m-toluensülfonamit) (mtsen) ve N,N'-trimetilenbis(p-toluensülfonamit) (ptspr) bileşiklerinin yapısı ayrıca X-ışınları kırınım yöntemi ile incelenmiştir.[Cu(phen)2]L (L= n=3, X=p-CH3; n=4, X=p-CH3; n=5, X=p-CH3; n=2, X=m-CH3; n=4, X=m-CH3; n=2, X=o-CH3) kompleksleri sentezlenmiş ve yapıları LCMS, FTIR, iletkenlik teknikleri ile incelenmiştir. [Cu(phen)2](mtsen) ve [Cu(phen)2](otsen) komplekslerinin yapısı X-ışınları kırınım yöntemi ile aydınlatılmıştır.Disülfonamit türevlerinin in vitro antimikrobiyal aktiviteleri Escherichia coli ATCC 11230, Salmonella enterititis ATCC 13076, Bacillus magaterium RSKK 5117, Bacillus cereus ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 25953 bakterilerine karşı disk difüzyon ve mikrodilüsyon metotları ile incelenmiştir.Bileşikler, Gram-negatif ve Gram-pozitif bakterilere karşı geniş spektrumlu aktivite göstermiştir. Gram- negatif bakterilere karşı Gram- pozitifler bakterilerden daha fazla aktivite sergilemektedir. 74 µg/mL MİK değeri ile otsen bileşiği Escherichia coli bakterisine karşı en yüksek aktivite göstermiştir. Bütün bileşikler Bacillus magaterium bakterisine karşı düşük aktiviteye sahiptir. En düşük aktiviteyi ise ptspen bileşiği 440 µg/mL değeri ile göstermiştir.Bir seri simetrik disülfonamit bileşiğinin (26 tane) Bacillus cereus ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC ve Escherichia coli ATCC 1123 bakterilerine karşı antimikrobiyal aktiviteleri ile fizikokimyasal özellikleri ve topolojik parametreleri arasında korelasyon kurmak amacı ile Hansch analizi uygulanarak QSAR çalışması yapılmıştır. QSAR çalışması ile topolojik parametrelerden ortalama konektivite indisinin, en yüksek korelasyonu gösterdiği belirlenmiştir. QSAR model denklemleri çapraz validasyon ve LOO tekniği ile belirlenmiştir. In this study, eight symmetric aromatic disulfonamides (ptspr, ptsbut, ptspen, mtsen, mtsbut, otsen, otsbut, otspen) with general formula X-ph-SO2-NH-(CH2)n-NH-SO2-ph-X ( where n = 2, 3, 4, 5 and X= o-, m-, p-CH3) were synthesized by the reaction of o-, m-, p-toluenesulfonyl chloride with a series of diamines. Their structures were investigated by elemental analysis, LCMS, 1H-NMR, 13C-NMR, COSY, HETCOR and IR techniques. Structure of N,N'-dimethylenebis(m-toluenesulfonamide) (mtsen) and N,N'-trimethylenebis(p-toluenesulfonamide) (ptspr) were also examined by single crystal X-ray analysis.[Cu(phen)2]L (L= (L= n=3, X=p-CH3; n=4, X=p-CH3; n=5, X=p-CH3; n=2, X=m-CH3; n=4, X=m-CH3; n=2, X=o-CH3) complexes were synthezised and their structure were characterized by LCMS, FTIR, conductivity and magnetic susceptibility techniques. Structure of [Cu(phen)2](mtsen) and [Cu(phen)2](otsen) complexes were also examined by single crystal X-ray analysis.Antimicrobial activity of disulfonamide derivatives were evaluated in vitro against Escherichia coli ATCC 11230, Salmonella enterititis ATCC 13076, Bacillus magaterium RSKK 5117, Bacillus cereus ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 25953 by paper disc diffusion and microdilution methods.The compounds exhibit a broad spectrum of activity against Gram-negative and Gram-positive bacteria. It shows relatively better activity against Gram-negative than Gram-positive bacteria. n=2, X=o-CH3 shows higher antibacterial activity with a MIC of 74 µg/mL against Escherichia coli. All compounds possess poor activity against Bacillus magaterium and n=5, X=p-CH3 exhibit the lowest inhibitory activity with a MIC of 440 µg/mL.The QSAR study on a series of symmetric disulfonamides (26 compounds) were carried out to find out the correlation between antimicrobial activities with physicochemical properties and different topological indices using Hansch analysis for Bacillus cereus ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC and Escherichia coli ATCC 1123. The QSAR reveals that average connectivity indice among topological parameters was found to have overall significant correlation. QSAR models were obtained by cross validated and leave-one-out technique. 180

ÖZETED RNE SEL M YE CAM KÜTÜPHANES N N Ç VE DIŞ HAVASINDAKM KROFUNGUSLARBu çalışmada, Selimiye camii kütüphanesinde bulunan 15., 16., ve 17.yy dan kalma elyazması eserlerde karşılaşılan mikrobiyoloji kökenli bozulmalara neden olanmikrofungusların tespiti; aylık, mevsimsel ve meteorolojik faktörlerle ilişkisi ve alınacakönlemlerin belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla kütüphanenin 2 farklı iç ortamından, dış ortamından ve el yazmasıeserlerden Nisan 2006- Eylül 2006 tarihlerini kapsayan 6 aylık sürede ayda 1 defa olmaküzere örnekleme işlemi yapılmıştır. ç ve dış ortam atmosferinden örnek almada?Yerçekimine Dayalı Petri Plak Metodu? kullanılmıştır. Bu metotta içlerinde mikrofunguslariçin Rose-Bengal ve Streptomycin ilaveli Pepton Dekstroz Agar besiyerlerinin bulunduğupetri plaklarının hava ile temas ettirilmesi sağlanmak suretiyle ( ç mekânlarda 30 dk. Dışortamda 20 dk) örnekleme işlemi yapılmaktadır. El Yazması Eserlerden örnek almada isesteril eküvyon çubuklar kullanılmıştır. Gözle yapılan incelemede mikrofungus üremesi olanyada şüphelenilen bölgelerden steril eküvyon çubuklarla örnekler alınıp yine steril şartlarauygun olacak şekilde içlerinde Rose-Bengal ve Streptomycin ilaveli Pepton Dekstroz Agarbulunan besiyerlerinin bulunduğu petri plaklarına ekilmiştir.Mikrofungus izolasyonu için toplam 140 petri plağı kullanılmış ve bu plaklarda 322' siiç ortamdan, 114' ü dış ortamdan ve 1350' si eserlerden olmak üzere toplam 1786mikrofungus kolonisi sayılmıştır.Çalışma sonucunda 19 mikrofungus cinsi ( Alternaria, Penicillium, Ulocladium,Scopulariopsis, Cladosporium, Drechslera, Mycotypha, Aspergillus, Trichoderma,Chaetomium, Rhizopus, Fusarium, Acremonium, Botrytis, Stemphylium, Mucor, Epicoccum,Phoma, Curvularia) tespit edilmiştir.Alternaria, Cladosporium, Penicillium en sık izole edilen mikrofungus cinsleridir.Araştırma süresince her ay Alternaria, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus, Rhizopus,Ulocladium cinsleri ve Ssporsuz mikrofunguslar bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Mikrofungus, Kağıt Yapısında Meydana Lekelenmeler, KâğıtKonservasyonu, Biyolojik bozunma. ABSTRACTINDOOR AND OUTDOOR AIRBORNE MICROFUNGI IN LIBRARY OF EDIRNE SELIMIYEMOSQUEThis study was performed in order to determine the microfungi leading todecomposition of hand-written books dating back to 15th, 16th and 17th centuries and kept inSelimiye Mosque library, to reveal their correlations with monthly, seasonal andmeteorological factors and to report possible measurements to be taken.For this purpose, samples were taken from the library once in a month for a 6 monthsperiod between April 2006 and September 2006, from two different indoor airs, from outdoorair and from the books. ?Gravitational Sampling Method? was used for indoor and outdoorsamplings. For this method, petri plates including Rose-Bengal and Streptomycin addedPeptone Dextrose Agar media were exposed to air for 30 minutes in indoor air and for 20minutes in outdoor air. A sterile swab was used for samplings from books. Swabbing wasdone over places of the books where a microfungal growth existed or it was possible to exist,and samples were inoculated in sterile conditions into petri plates including Rose-Bengal andStreptomycin added Peptone Dextrose Agar mediaThe 140 petri plates were used for microfungi isolation and total 1786 mikrofungi (322 of indoor, 114 of outdoor and 1350 of work of arts) colonies were counted in these plates.As a result of this study, 19 microfungal genera (Alternaria, Penicillium, Ulocladium,Scopulariopsis, Cladosporium, Drechslera, Mycotypha, Aspergillus, Trichoderma,Chaetomium, Rhizopus, Fusarium, Acremonium, Botrytis, Stemphylium, Mucor, Epicoccum,Phoma, Curvularia) were isolated.Most populous microfungi were Alternaria, Cladosporium and Penicillium. Duringsampling, Alternaria, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Ulocladium andnon-sporulating microfungi were isolated every months.Keywords: Microfungi, Foxing, Paper Conservation, Biodeterioration 60

EDiRNE SEL M YE CAM KÜTÜPHANES N N Ç VE DIŞ HAVASINDAK M KROFUNGUSLAR Bu çalışmada, Selimiye camii kütüphanesinde bulunan 15., 16., ve 17.yy dan kalma el yazması eserlerde karşılaşılan mikrobiyoloji kökenli bozulmalara neden olan mikrofungusların tespiti; aylık, mevsimsel ve meteorolojik faktörlerle ilişkisi ve alınacak önlemlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla kütüphanenin 2 farklı iç ortamından, dış ortamından ve el yazması eserlerden Nisan 2006- Eylül 2006 tarihlerini kapsayan 6 aylık sürede ayda 1 defa olmak üzere örnekleme işlemi yapılmıştır. ç ve dış ortam atmosferinden örnek almada ?Yerçekimine Dayalı Petri Plak Metodu? kullanılmıştır. Bu metotta içlerinde mikrofunguslar için Rose-Bengal ve Streptomycin ilaveli Pepton Dekstroz Agar besiyerlerinin bulunduğu petri plaklarının hava ile temas ettirilmesi sağlanmak suretiyle ( ç mekânlarda 30 dk. Dış ortamda 20 dk) örnekleme işlemi yapılmaktadır. El Yazması Eserlerden örnek almada ise steril eküvyon çubuklar kullanılmıştır. Gözle yapılan incelemede mikrofungus üremesi olan yada şüphelenilen bölgelerden steril eküvyon çubuklarla örnekler alınıp yine steril şartlara uygun olacak şekilde içlerinde Rose-Bengal ve Streptomycin ilaveli Pepton Dekstroz Agar bulunan besiyerlerinin bulunduğu petri plaklarına ekilmiştir. Mikrofungus izolasyonu için toplam 140 petri plağı kullanılmış ve bu plaklarda 322' si iç ortamdan, 114' ü dış ortamdan ve 1350' si eserlerden olmak üzere toplam 1786 mikrofungus kolonisi sayılmıştır. Çalışma sonucunda 19 mikrofungus cinsi ( Alternaria, Penicillium, Ulocladium, Scopulariopsis, Cladosporium, Drechslera, Mycotypha, Aspergillus, Trichoderma, Chaetomium, Rhizopus, Fusarium, Acremonium, Botrytis, Stemphylium, Mucor, Epicoccum, Phoma, Curvularia) tespit edilmiştir. Alternaria, Cladosporium, Penicillium en sık izole edilen mikrofungus cinsleridir. Araştırma süresince her ay Alternaria, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Ulocladium cinsleri ve Ssporsuz mikrofunguslar bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Mikrofungus, Kağıt Yapısında Meydana Lekelenmeler, Kâğıt Konservasyonu, Biyolojik bozunma. INDOOR AND OUTDOOR AIRBORNE MICROFUNGI IN LIBRARY OF EDIRNE SELIMIYE MOSQUE This study was performed in order to determine the microfungi leading to decomposition of hand-written books dating back to 15th, 16th and 17th centuries and kept in Selimiye Mosque library, to reveal their correlations with monthly, seasonal and meteorological factors and to report possible measurements to be taken. For this purpose, samples were taken from the library once in a month for a 6 months period between April 2006 and September 2006, from two different indoor airs, from outdoor air and from the books. ?Gravitational Sampling Method? was used for indoor and outdoor samplings. For this method, petri plates including Rose-Bengal and Streptomycin added Peptone Dextrose Agar media were exposed to air for 30 minutes in indoor air and for 20 minutes in outdoor air. A sterile swab was used for samplings from books. Swabbing was done over places of the books where a microfungal growth existed or it was possible to exist, and samples were inoculated in sterile conditions into petri plates including Rose-Bengal and Streptomycin added Peptone Dextrose Agar media The 140 petri plates were used for microfungi isolation and total 1786 mikrofungi ( 322 of indoor, 114 of outdoor and 1350 of work of arts) colonies were counted in these plates. As a result of this study, 19 microfungal genera (Alternaria, Penicillium, Ulocladium, Scopulariopsis, Cladosporium, Drechslera, Mycotypha, Aspergillus, Trichoderma, Chaetomium, Rhizopus, Fusarium, Acremonium, Botrytis, Stemphylium, Mucor, Epicoccum, Phoma, Curvularia) were isolated. Most populous microfungi were Alternaria, Cladosporium and Penicillium. During sampling, Alternaria, Cladosporium, Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Ulocladium and non-sporulating microfungi were isolated every months. Keywords: Microfungi, Foxing, Paper Conservation, Biodeterioration

6. ÖZET Yetişkinlerde periodontal hastalıklarla ilişkilendirilen Actinobacilhıs actinomycetemcomitans, Porphyromonas ve pigmentli Prevotella cinsi bakterilerin çocukluktaki ekolojisi ve epidemiyolojisi hakkındaki bilgiler kesinlik kazanmamıştır. Çalışmamızda süt ve karışık dişlenme dönemindeki çocukların subgingival floralarında bu bakterilerin varlığını araştırmak amacıyla sistemik açıdan sağlıklı 3-11 yaşları arasında olan 50 (22 kız, 28 erkek) süt, 50 (23 kız, 27 erkek) karışık dişlenme dönemindeki 100 çocuk incelenmiştir. Çocukların her bir dişi için dişeti cebi derinlikleri ölçülerek ataşman kaybı araştırılmış; plak indeksi ve sondalamada kanama durumları değerlendirilerek periodontal durumları sağlıklı, gingivitisli veya periodontitisli olarak belirlenmiştir. Çocukların dişeti oluklarından paper pointlerin yardımıyla alman subgingival örnekler taşıma sıvısı olarak VMG II içeren ependorf tüplerine yerleştirilerek laboratuvara ulaştırılmıştır. Anaerop kültür teknikleri ile siyah pigmentli anaerop gram-negatif çomaklar izole edilerek Porphyromonas ve Prevotella cinsi bakteriler ayırt edilmiş; tür tanıları enzimatik ve biyokimyasal özelliklerine göre yapılmıştır. Kültür yöntemine göre P. intermedia grubu (P. intermedia, p.nigrescens, P pollens) olarak tanımlanan bakteriler Ppallens dışında P. intermedia ve P.nigrescens türlerine özel 16 S rRNA primerlerin kullanılarak PCR tekniği ile ayırt edilmiştir. A.actinomycetemcomitans' 'm tanısı ise TSBV (Triptik-soy-serum-basitrasin-vankomisin)agardaki kültüre göre yapılmıştır. Tüm örnekler total kültür edilebilir bakteri, zorunlu anaerop bakteri ve Prevotella cinsi bakteriler yönünden sayısal olarak değerlendirilmiştir. Çalışmamızda sondalamada kanama indeksine göre süt diş dizili çocukların %36'sı, karışık diş dizili çocukların %62'si gingivitisli olarak belirlenmiş ve gingivitis ile yaş arasında pozitif yönde anlamlı bir ilişki bulunmuştur. Çalışmamızda periodontitisli çocuk bulunmamaktadır. Cep derinlikleri ortalama 1 mm olarak bulunan çocukların kanama indeksi ile yaş ve plak indeksi arasında pozitif yönde aniamiı bir ilişki (Spearman, /?

33 6. ÖZET Sefepim son bir yılda ülkemizde de kullanıma sunulan yeni bir 4. kuşak sefalosporindir. Fırat Üniversitesi Fırat Tıp Merkezi'nin değişik kliniklerine farklı klinik yakınmalarla başvuran, farklı yaş ve cinsiyetteki hastalardan izole edilen 250 gram negatif bakterinin sefepime duyarlılığı araştırıldı (E coli, P. aeruginosa, klebsiella, enterobacter, acinetobacter, proteus, morganella, serratia ). Bakterilerin ilk izolasyonunda kanlı agar, EMB ve Mc-Conkey agar besiyerleri kullanıldı. İzole edilen etkenler VİTEK (Bio-merieux ) otomatik identifikasyon cihazında GNİ kitleri ile tanımlandı ve doğrulandı. Elde edilen etkenlerin Kirby Bauer disk diffizyon yöntemi ile sefepime duyarlılıkları araştırıldı (NCCLS M2-A6). Antibiyogramda Oxoid (B47143) Firmasından temin edilen hazır kağıt diskler kullanıldı. Değerlendirmeler sonucunda sefepimin gram negatif bakterilere %94- 77.7 gibi yüksek oranlarda etkili olduğu gözlendi. Bulguların dökümünde en yüksek direncin E. cloacea' da (%27.3) olduğu, birçok farklı türün sefepime yüksek oranda hassas olduğu saptandı. Bulgular literatür bulgularıyla karşılaştırldı. Sefepimin gram negatif bakterilerden oluşan infeksiyonlarda tercih edilebilecek yeni bir seçenek oluşturduğu sonucuna varıldı. 34 7. SUMMARY Cefepime is a new fourth-generation cephalosporin which has been in use since the beginnig of the last year in our country. We investigated the affinity to cefepime of 250 gram negative bacteria strains isolated from various patients differed in age and gender from diffrent clinics in Fırat University, School of Medicine (E. coli, P. aeruginosa, klebsiella, enterobader, acinetobacter, proteus, morganella, serratia ). For the first isolation of strains, blood agar, EMB and Mc- Conkey agar was utilized. Those isolated bacteries were identified and confirmed via VİTEK (Bio-Merieux) automatic identification instruments, using GNI kits. Sensivity against cefepime of all the isolated pathogens were assessed by Kirby- Bauer disc diffusion method. Disposable paper discs were used provided from Oxoid (B47143) company on antibiogram. As a result we found out that cephepime is effective against gram negative strains as high as 77.7-94 %. The highest resistance was observed for E. cloceae, whereas numerous different strains were sensitive for cefepime; with the findings compared to data that obtained from the previous literature. We concluded that cefepime is a new preferable alternative drug against gram negative infections. 41