Search

Cryptosporidium spp. is an opportunistic protozoan transmitted by fecal-oral route via oocysts. The agent may cause severe infection especially in individuals with suppressed immune system, due to its intracellular location and ability to cause auto-infection. MicroRNAs (miRNAs) are non-translated endogenous RNA molecules with an average of 22 nucleotides in length that regulate the expression of genes involved in important biological functions such as proliferation, differentiation, apoptosis and immune response. Recent studies have focused on the role of miRNAs in pathogenesis of infectious diseases and their potential to be used as biomarkers. The aim of this study was to determine the miRNA profile of human ileocecal adenocarcinoma (HCT-8) cells at 24 hours of infection with Cryptosporidium spp. In the study, the HCT-8 cell line was infected with Cryptosporidium spp. that were isolated from infected human stool samples and RNA was isolated from the cells 24 hours after infection. After this process, cDNA synthesis was performed and the expression of 95 human miRNA profiles were investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Fold changes of expression were determined by comparison with Cryptosporidium spp. uninfected cell lines. Sequence information of miRNAs and their target genes were performed via TargetScanHuman7.1 and miRDB websites, while gene ontology (GO) pathways of target genes were analyzed with the mirPath v.3 program. It was detected that the expression of 10 miRNAs were upregulated and 11 of them were downregulated compared with the control group. It was observed that, this 21 differentially expressed miRNAs were mainly associated with apoptosis, mitotic cell cycle, and immune response. Hsa-miR-612, hsa-miR-6763-5p, hsa-miR-188-5p, hsa-miR-664b-3p, hsa-miR-210-3p, hsa-let-7e-5p hsa-let-7b-3p, hsa-miR-4787-3p, hsa-miR-548ab, hsa-miR-3714 and hsa-miR-4803 were found to be associated with apoptosis; and hsa-miR-612, hsa-miR-664b-3p, hsa-miR-210-3p, hsa-let-7e-5p, hsa-let-7b-3p, hsa-miR-548ab, and hsa-miR4803 were found to be associated with mitotic cell cycle. The balance of proliferation and apoptosis is very significant in the development of infection and cancer. It is thought that determination of the effect of miRNAs on proliferation-apoptosis balance could provide information related to the etiopathogenesis and prognosis of infections, and on the role of microorganisms in carcinogenesis. In this study, 12 differentially expressed miRNAs were found to be associated with immune response. This may emphasize the role of miRNAs in the prevention and treatment of infections. It was concluded that, miRNAs could be used in the diagnosis, treatment and prevention of infections with the determination of miRNA's role in the infection mechanism as a result of the increasing number of studies.

Leyşmanyazis, hücre içi bir parazit olan Leishmania türlerinin etken olduğu bir hastalıktır. Parazitintürlerine ve konakçı immün tepkisine bağlı olarak, hastalıkların üç temel klinik formu; kutanöz, mukokutanözve viseral leyşmanyazis olarak adlandırılmaktadır. Kutanöz leyşmanyazis kronik bir hastalık olup ülserleşmişlezyonların varlığı ile karakterizedir. Hastalık sırasında oluşan cilt patolojisi, kısmen enfekte edenLeishmania türleriyle, aynı zamanda çeşitli klinik sonuçlara neden olan enflamatuvar ve anti-enflamatuvarkonak immün yanıt faktörlerinin kombinasyonu ile belirlenmektedir. Bu çalışmada, Leishmania major veLeishmania braziliensis’e karşı doğal dirençli ve duyarlı olan farelerde hastalığın patogenezi ile bağışıklıkyanıtında rolü olan ve konak-parazit etkileşimlerini belirleyen genleri, moleküler sinyal mekanizmalarınıve moleküllerin biyolojik fonksiyonlarını belirlemek amaçlanmıştır. Bunun için, L.major/L.braziliensis ileenfekte ve sağlıklı farelerden elde edilmiş yirmi dört doku örneğinin ekspresyon profilini içeren GSE56029kodlu transkriptomik veri seti “Gene Expression Omnibus” (GEO) veri tabanından elde edilmiştir. Dahasonra, R betiğinde limma paketi ile diferansiyel olarak eksprese edilmiş genler tanımlanmıştır. AnalizlerdeFDR q< 0.05 ve mutlak log2FC> 2 eşik değer olarak kabul edilmiştir. Ardından diferansiyel olarak ekspreseedilmiş genler için fonksiyonel ve yolak zenginleştirme analizleri “Ingenuity Pathway Analysis” (IPA) ilegerçekleştirilmiştir. Anlamlı derecede farklı seviyede eksprese edilen genlerin her biri için p< 0.01, FDR qdeğeri< 0.01 ve mutlak log2FC> 1 kullanılarak IPA 8.0 yazılım programı ile analiz edilmiştir. Bu analizlerile en yüksek oranda zenginleştirilmiş yolakların enflamasyon, dendritik hücre olgunlaşması ve TREM-1“Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 1” (TREM-1) sinyal mekanizmaları olduğu ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesiyle ilgili diferansiyel olarak eksprese edilmiş genlerin kutanöz leyşmanyazis seyriile yakından ilişkili olduğu belirlenmiştir. Akım-yukarı regülatör analizi ile dokularda biyolojik aktivitelereneden olan gen ekspresyon değişikliklerini açıklayan regülatörün TNF-?, IFNy, IL-1 ?, IL-10RA ve “SignalTransducer and Activator of Transcription-1” (STAT-1) olduğu öngörülmüştür. Çalışmada ayrıca, antileishmanialetkiye sahip olabilecek kimyasal bileşikler de tanımlanmıştır. Bu çalışma ile direnç/duyarlılıkfenotipini belirleyen parazit türlerine ve konağa ait mekanizmalar aydınlatılmaya çalışılmıştır. L.major veL.braziliensis ile enfekte olan BALB/c ve C57BL/6 farelerinde farklılık gösteren gen ekspresyon paternleri,sitokin/kemokinler ve sinyal yolaklarının değerlendirilmesi, enfeksiyonun altında yatan potansiyel mekanizmalarıgenetik açıdan daha iyi anlamamızı sağlayacaktır. Bu sonuçların kutanöz leyşmanyazisin tanıve prognoz tahmini için potansiyel biyobelirteçlerin geliştirilmesi ve yeni tedavi hedefleri hakkında bilgisağlaması açısından gelecek çalışmalar için yol gösterici nitelikte olabileceği düşünülmektedir.

Majör depresyon bozukluğu (MDB), üzüntü, ilgi ya da zevk kaybı, suçluluk duygusu, düşük özsaygı, uyku düzeninde ya da iştah duygusunda bozukluk, yorgunluk hissi ve zayıf konsantrasyon ile karakterize olan bir psikiyatrik hastalıktır. Yaşam boyu MDB prevalansı yaklaşık %13'dür. MDB' ye sahip olan bireyler arasında yapılan genetik araştırmalar sonucunda bu hastalığın gelişiminde hem genetik hem de çevresel etmenlerin rol oynadığı belirtilmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar sonucunda MDB' nin nörogenez ile ilgili genlerle ilişkili olduğu gösterilmektedir. NEGR1 (nöronal büyüme regülatörü 1) geni, 1. Kromozomun p31.1 bölgesinde konumlanmıştır ve yaklaşık 886 908 bazdan oluşur. Nörit oluşumundan ve sinaps oluşumundan sorumlu olan birkaç protein ailesinden biri olan IgSA (immünoglobulin süper ailesi)'nın bir üyesi ve sinaptik transmembran proteinidir. NEGR1 geninin MDB ile olan ilişkisi ile ilgili araştırmalar bulunmaktadır. Bu çalışmada, MDB teşhisi konulan 40 hasta ve 40 kontrol örneği kullanıldı. Her iki gruptan alınan kan örnekleri ile lenfositler izole edildi. Çalışmada hasta, kontrol ve her iki gruba fluoksetin antidepresanı uygulanarak NEGR1'in gen aktivitesi ve protein düzeyi ölçüldü. Çalışmamızda hücre kültürü, PZR ve ELİZA yöntemleri kullanıldı. MDB ve kontrol grupları ile NEGR1 protein düzeyi açısından anlamlı bir sonuç bulundu (p = 0,01). Fluoksetin uygulanan MDB grubunun NEGR1 protein düzeyi ile psikiyatrik bir ölçek olan Beck skoru arasında korelasyon bulundu (p = 0,03; r = 0,33). Tez çalışmamızda, MDB hastalarından elde edilen lenfositlerden NEGR1 mRNA ve NEGR1 protein düzeyinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Bu çalışmada MDB hastalarında NEGR1 protein düzeyi kontrol grubuna göre anlamlı olarak farklı bulunduğundan bu protein düzeyi MDB hastalarında belirteç olarak kullanılabilir. Major depressive disorder (MDD) is a psychiatric disorder which is characterized by sadness, loss of interest or pleasure, feelings of guilt, low self-esteem, sleep disorder or appetite feeling, fatigue and poor concentration. Lifetime prevalence of MDD is approximately 13%. Both genetic and environmental factors were reported to play a role in MDD. NEGR1 (neuronal growth regulator 1) is located on chromosome 1, p31.1 region and consists of approximately 886 908 bases. There are some studies about the association of NEGR1 gene and MDD. NEGR1 a member of IgSF (immunoglobulin superfamily), is a synaptic transmembrane protein, one of several protein families responsible for formation of neurites and synapses. In this study, 40 patients with MDD and 40 control specimens were used. Lymphocytes were isolated from blood samples of both groups. In this study, mRNA and protein levels of NEGR1 were measured by applying fluoxetine to both groups. Cell culture, PCR and ELISA methods were used in our study. NEGR1 protein levels were found to be statistically significant between MDD and control groups (p = 0.01). A positive correlation was found in NEGR1 protein levels between fluoxetine treated MDD group and psychiatric scale Beck score (p = 0.03; r = 0.33). Our study is the first study to investigate levels of NEGR1 mRNA and NEGR1 protein from lymphocytes collected from MDD patients. In this study, NEGR1 protein levels can be used as a marker in patients with MDD since NEGR1 protein levels are significantly different in MDD patients compared to control group. 99

Meme kanseri, Dünya'daki kanser çeşitlerinin arasında yeni vakalarda ikinci sırada, ölüm vakalarında ise beşinci sırada gelmektedir. Gün geçtikçe tüm Dünya'da ve ülkemizde meme kanserinin görülme sıklığı artmaktadır. Transkripsiyon faktörlerinden olan Twist1, epitel hücrelerinin yer değiştirme, düzenlenme, farklılaşma gibi faaliyetlerini düzenlemektedir. Tüm kanser türlerinde, kötü prognoz, yüksek dereceli invaziv ve metastatik lezyonlarla ilişkilendirilmiş ve ayrıca apoptozisi indüklediği belirtilmiştir. Ayrıca Twist1, anjiyojenezi ve kromozomal instabiliteyi indükleyen MCF-7 hücrelerinde vasküler endotel büyüme faktörü (VEGF) sentezini arttırabilir. Twist1, kanser ile ilişkilendirilen mikro RNA (miRNA)'ların da ekspresyonlarını düzenlemektedir. miRNA'lar, fonksiyonel RNA molekülleridir. Gen ekspresyonunun fonksiyonel olarak düzenlenmesinde rol oynamaktadır. miRNA'ların meme kanseri patogenezinde rol oynadığının belirlenmesi, miRNA'ların ileride meme kanserinin tanı ve tedavisinde de yararlı olabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada MCF-7 meme kanseri hücre serisinde eksprese olan Twist1 geninin miRNA'ların ekspresyon düzeylerine etkisi Real Time PCR analizi ile incelendi. Çalışma sonucunda, miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-15b-5p, miR-34c-5p, miR-39-3p, miR-183-5p ve miR-210-3p ekspresyonlarının up regüle olduğu tespit edildi.Çalışmada elde edilen verilere göre, miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-34c-5p, miR-210-3p ve miR-183-5p'nin hücre döngüsünü, apoptozu ve metastazı etkileyebileceği gözlemlenmiştir.Anahtar Sözcükler: MCF-7; miRNA; Twist1. Breast cancer is second among new types of cancers in the world and fifth in death cases.The prevalence of breast cancer is increasing day by day in our country and in the world.Twist1 Transcription factor regulates the functions of epithelial cells such as displacement, regulation, and differentiation. In all types of cancer, poor prognosis is associated with high-grade invasive and metastatic lesions and has also been implicated in inducing apoptosis. In addition, Twist1 may enhance the synthesis of vascular endothelial growth factor (VEGF) in MCF-7 cells that induce angiogenesis and chromosomal instability. Twist1 also regulates the expression of micro-RNAs (miRNAs) associated with cancer.miRNAs are functional RNA molecules. It plays a role in the functional regulation of gene expression. Whether miRNAs play a role in breast cancer pathogenesis suggests that miRNAs may be useful in the diagnosis and treatment of breast cancer in the future.In this study, the effect of Twist1 gene on expression levels of miRNAs expressed in MCF-7 breast cancer cell line was investigated by Real-Time PCR analysis.At the end of the study, the result of expressions of miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-15b-5p, miR-34c-5p, miR-39-3p, miR-183-5p and miR-210-3p were determined as up-regulated.According to the data obtained in the study, it was observed that miR-1-1, miR-7-5p, miR-15a-5p, miR-34c-5p, miR-210-3p and miR-183-5p may affect cell cycle, apoptosis and metastasis.Keywords: MCF-7; miRNA; Twist1. 66

Kırım-Kongo Kanamalı Ateş, kene kaynaklı zoonotik viral bir hastalıktır. KKKA hastalığı, viral kanamalı ateş sendromları arasında yer alır ve ön planda ateş, kanama ve karaciğer fonksiyon bozukluğu ile seyreder. Gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli rol oynayan mikroRNA'lar gelişme, farklılaşma, sağkalım, apoptoz ve yaşlanma gibi hücre yaşamı için gerekli birçok süreçte görev alırlar. İşlevlerini yerine getiremediklerinde birçok hastalığa yatkınlığa yol açabilirler. Bu çalışma KKKA hastalarında miRNA-1908 ekspresyon düzeylerinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Bu amaçla, 60'ı hastalardan ve 40'ı kontrollerden olmak üzere toplam 100 adet kan örneğinin qPCR yöntemi ile miRNA ekspresyon düzeyleri ölçülmüştür. KKKA hastalarında kontrol grubuna göre miRNA-144 ekspresyon seviyesinin 11 kat azalmış olduğu (p=0.91), miRNA-1908 ekspresyonunun ise 1.44 kat artmış olduğu gösterilmiştir (p=0.87). Hastalar klinik ciddiyet düzeyine göre hafif, orta ve ağır olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Ciddiyet grupları arasında karşılaştırılma yapıldığında; hastalığı ağır/orta geçirenlerde hafif geçirenlere göre miRNA-144 ve miRNA-1908 ekspresyonunun sırasıyla 2 ve 2.36 kat artmış olduğu bulundu (p=0.09, p=0.37). Yaşayan hastalara kıyasla ölen hastalarda miRNA-144 ekspresyonu 16.3 kat (P=0.002); miRNA-1908 ekspresyonu 14.3 kat (p=0.01) artmıştır. PT'si normal değerlerin üzerinde olan hastalarla normal değerlerde olanlar ve lökosit sayısı normal değerin altında olanlarla normal değerlerde olanlar karşılaştırıldığında, PT'si normal değerin üzerinde olanlarda miRNA-1908 ifadesinin 7 kat arttığı (p

Alzheimer Hastalığı (AH), ileri yaşta en sık görülen, hücre dışında amiloid beta plak birikimi, hücre içinde nörofibriler yumaklar ve sinir sisteminde nöron kayıplarıyla karakterize nörodejeneratif bir hastalıktır. Uzun kodlamayan RNA' ların (long non-coding RNA= lncRNAs) gen ekspresyonunu transkripsiyonel, post-transkripsiyonel ve epigenetik düzeyde regüle edebildikleri bilinmektedir. Son araştırmalarda birçok lncRNA'nın AH' de sinir sisteminde amiloid beta (A) üretimini ve sinaptik kaybı regüle ettiği gösterilmiştir. Araştırmamızda AH' de ekspresyonları değişen ve hastalığın patogenezine katkısı olabileceğini düşündüğümüz lncRNA' ları belirlemeyi amaçladık. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı'na başvuran hastalardan (23 kişi Alzheimer hastası; 33 kişi kontrol grubu) gönüllü onam formu ve etik kurul izni ile periferik kan örnekleri alındı. AH'de lncRNA' ların değişen ekspresyonlarını incelemek için, muhtemel AH teşhisi alan bireylerin (n=4) ve sağlıklı kontrol gruplarının (n=4) periferik kan-mononükleer hücrelerinden (peripheral blood mononuclear cells=PBMC) elde edilen total RNA'lar mikrodizin analizi ile değerlendirildi. Analiz sonucu kat değişimi en fazla olan (fc1.5) lncRNA'lar belirlenerek, hasta ve kontrol gruplarında kantitatif eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) ile bazı lncRNA'ların ekspresyon değişimleri araştırıldı. Çalışmamızda Alzheimer hastalığı ile ilişkili olabilecek lncRNA'ların profilleri belirlendi. Mikrodizin analizi sonucunda toplamda 31 downregüle ve 41 upregüle lncRNA saptanmış olup bu lncRNA'lardan, lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 ve LOC728763' ün ekspresyonları qRT-PCR ile değerlendirildi ve doğrulandı. AH PBMC lncRNA profilleri KEGG analizi ile değerlendirildiğinde; lncRNA'ların bazı metabolik yolaklarla anlamlı ilişkisi belirlendi. Bunlar TNF sinyal yolağı, PI3K/AKT, Ras, MAPK yolakları; glutamerjik, dopaminerjik, kolinerjik sinapslar; GABA ve nörotrofin sinyal yolaklarıdır. Araştırmamız, mRNA'lara göre daha doku-spesifik olan lncRNA'ların, AH PBMC' lerinde lncRNA profillerinin belirlenmesi açısından ilk olma özelliği taşımaktadır. Bu bulguların AH patogenezinde bilgi verici rolü olduğunu ve ileriki çalımalarla desteklenebileceğini düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Alzheimer, Long non-coding RNA, qRT-PCR, mikrodizin Alzheimer's Disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized by accumulation of extracellular amyloid beta plaques, neurofibrillary tangles within the cell, and neuronal loss in the nervous system, the most common in elderly. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are known to regulate gene expression at transcriptional, post-transcriptional, and epigenetic levels. Recent studies have shown that many lncRNAs regulate amyloid beta (Aβ) production and synaptic loss in the nervous system in AD. In our study, we aimed to determine the expression of lncRNAs in AD which may alter expression and contribute to the pathogenesis of the disease. Peripheral blood samples were obtained from patients admitted to the Neurology Department of Pamukkale University Medical Faculty (23 patients with Alzheimer's disease, 33 control group) with voluntary consent form and ethics committee. Total RNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of subjects with probable AD (n = 4) and healthy control groups (n = 4) was examined to determine the altered expression of lncRNAs in AD were evaluated by microarray analysis. LncRNAs with the highest end-to-end fold change (fc 1.5) were identified and quantified by quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR) in patient and control groups were confirmed. In this study, the profiles of lncRNAs that may be associated with Alzheimer's disease were determined. A total of 31 downregulated and 41 upregulated lncRNAs were detected as a result of microarray analysis. From these lncRNAs, expression of lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 and LOC728763 were confirmed by qRT-PCR. When assessed by KEGG analysis of AD PBMC lncRNA profiles; LncRNAs were significantly associated with some metabolic pathways. These include TNF signaling pathway, PI3K/AKT, Ras, MAPK pathways; glutamergic, dopaminergic, cholinergic synapses; GABA and neurotrophin signaling pathways. Our study is the first to identify lncRNA profiling in AH PBMCs of more tissue-specific lncRNAs compared to mRNAs. We think that these findings are informative in the pathogenesis of AD and can be supported by further studies.Keywords: Alzheimer, long non-coding RNA, qRT-PCR, microarray 91

WWOX, yaklaşık 1.1 mb'lık genomik bir bölgeyi kaplayan ve 16q23.3→q24.1'te yerleşik bir tümör baskılayıcı gendir. Bu bölge insanlarda en yaygın ikinci frajil bölge olan FRA16D'yi kapsamaktadır. WWOX geni, 2.2 kb uzunluğunda bir transkriptten ve 414 amino asit'ten oluşan 46 kDa'luk bir protein kodlar. WWOX proteini N-terminalinde iki WW alanından ve C terminalinde ise SDR adlı bir kısa zincirli dehidrojenaz domeininden oluşur. WW alanları, prolin içeren ligandlarla bağlanarak protein-protein etkileşimlerine aracılık etmektedir. WWOX; hücre çoğalması, embriyonik gelişim, metabolizma ve apoptozu düzenleyen birçok sinyal yolağında görev almaktadır. Birçok kanser türünde WWOX'un kaybı veya anormal transkriptlerinin bulunması WWOX'un tümör baskılayıcı aktivitesini göstermektedir.Bu çalışmada, bir tümör analoğu olabileceği düşünülen pterjiyumda WWOX gen ifade ve protein düzeyinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla 27 hastaya ait pterjiyum dokusunda WWOX gen ifade değişimi gerçek zamanlı PZR yöntemi ile, WWOX protein değişimi ise Western Blot yöntemi kullanılarak araştırılmıştır.Çalışma sonuçlarımıza göre pterjiyum dokusunda WWOX geni ifade ve protein düzeyinin kontrol dokusuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir oranda azaldığı bulunmuştur (p˂0,05). Bu bilgiler ışığında; bir tümör baskılayıcı gen olan WWOX'un, pterjiyum dokusunda ifade ve protein düzeyinin azalması, pterjiyumun kanser analoğu bir doku olabileceği yönündeki iddiaları desteklemektedir. WWOX is a tumor suppressor that covering approximately 1.1 MB genomic region and the 16q23.3 → q24.1. This region includes FRA16D, the second most common fragile region in humans. The WWOX gene encodes a protein of 46 kDa consisting of a 2.2 kb long transcript and 414 amino acids.. The WWOX gene consists of two WW domains at the N-terminal and a short chain dehydrogenase domain at the C-terminal. WW domains mediate protein-protein interactions by binding to proline-containing ligands. WWOX is involved in many signal pathways such as; cell proliferation, embryonic development, metabolism and apoptosis. In many cancers, the loss of WWOX or the presence of abnormal transcripts indicates the tumor suppressor activity of WWOX.In this study, it was aimed to determine WWOX gene expression and protein level in pterygium which may be a tumor analog.For this purpose, the WWOX gene expression change in 27 pterygium tissue was investigated by real-time PCR method, and the change in WWOX protein was investigated using the Western Blot method.According to our results, it was found that the expression and protein levels of WWOX gene in pterygium tissue decreased significantly compared to control tissue (p ˂0.05).This informations indicate that a decrease in expression and protein level in pterygium tissue of WWOX, a tumor suppressor gene, supports claims that pterygium may be a cancer analogue tissue. 113

Bu tez projesinde, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi'nin desteklediği Multiple Myeloma Hastalarının Kemik İliği Myeloma Hücrelerinde Gen İfadesinin Transkriptom Dizileme Yöntemi İle Araştırılması (Proje No: 7348) başlıklı çalışmanın verileri değerlendirilmiştir. Değerlendirme sonucu elde edilen sinyal iletimi, immun sistem ve hücresel yanıt gibi bazı yolaklar ile ilişkili PTPN6, FUS, CD74, MS4A3, PRDX5 genlerinin ve hasta-kontrol örnekleri arasında ekspresyonunun en anlamlı farklılık gösterdiği tespit edilen UNC45B geninin ekspresyon düzeylerinin qRT-PZR tekniğiyle konfirme edilmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonuçlarına göre PTPN6, CD74, MS4A3 ve UNC45B genlerinde hasta grubu (50 örnek) ile kontrol grubu (16 örnek) arasında istatistiki olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmemiştir. Bununla birlikte FUS ve PRDX5 genlerinin hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla anlamlı seviyede daha yüksek ifadesi tespit edilmiştir. FUS ve PRDX5 genlerinin fonksiyonları ve kanserdeki önemleri göz önüne alındığında multiple myeloma açısından yeni tedavi seçeneklerine ışık tutabileceklerini düşündürmektedir.Anahtar Kelimeler:Transkriptom, RNAseq, Multiple myeloma, Yolak analizi, qRT-PZRKey Words: Transcriptomics, RNAseq, Multiple myeloma, Pathway analysis, qRT-PCR In this thesis project, the data was evaluated which the study named the Investigation of Gene Expression in Bone Marrow Myeloma Cells by Multiple Myeloma Patients Using Transcriptome Sequencing Method that supported by the Istanbul University Scientific Research Projects Unit (Project No: 7348). Assessment of data revealed that the PTPN6, FUS, CD74, MS4A3, PRDX5 genes which are associated with some pathways such as signal transduction, immunological system and cellular response and UNC45B gene which is found to be the most significant difference in expression level between patient-control samples and it is aimed to make confirmation of the expression levels of these genes by the qRT-PCR technique. According to the study results, no statistically significant difference was found PTPN6, CD74, MS4A3 and UNC45B genes between the patient group (50 samples) and the control group (16 samples). However, FUS and PRDX5 genes were significantly higher in the patient group than in the control group. Considering the functions of FUS and PRDX5 genes and their importance in cancer, it is thought to be these genes may shed light on new treatment options for multiple myeloma. 129

Araştırma, sığır karkasının farklı kas bölgeleri arasındaki gen ifadesi ve kalite farklılıklarının tespiti amacı ile yapılmıştır. Çalışmada, aynı yaş ve cinsiyette 15 Angus sığırı kullanılmış ve tüketime sunulan tüm karkas bölgelerini temsilen 12 farklı kas bölgesinden örneklem gerçekleştirilmiştir. Alınan örnekler; moleküler düzeyde qPCR analizleri gerçekleştirilerek ANK1, CAPN1, CAST, HSPB1 (HSP27), HSPA1A (HSP70) gen ifadeleri yönünden, gıda analizleri için gevreklik, pişirme kaybı, su tutma kapasitesi, renk (L, a, b), pH-sıcaklık değerleri yönünden ve histolojik analizler için sarkomer uzunluğu açısından incelemeye alınmıştır.ANK1 geninin, yüksek kaliteye sahip kaslarda düşük kaliteye sahip kaslara kıyasla daha fazla ifade olduğu görülmüş ve diğer tüm genlerden daha belirgin bir farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. CAPN1 geninin de ise yüksek kaliteye sahip kaslardan düşük kaliteye sahip kaslara doğru bir azalma trendi olduğu gözlemlenmiştir. CAST, HSPB1 ve HSPA1A genlerinin yüksek ve düşük kaliteli kaslar arasında anlamlı bir farklılık göstermediği ortaya konmuştur. Gıda analizlerinde ise değerlendirmeye en uygun sonuçların gevreklik analizi olduğu görülmüştür.Bu araştırma ile ANK1 ve CAPN1 genlerinin et kalitesinin belirlenmesinde önemli bir belirteç olabileceği, CAST, HSPB1 ve HSPA1A genlerinin ise et kalitesinin belirlenmesinde belirteç olarak kullanılmasının uygun olmadığı sonucuna varılmıştır. Bununla birlikte aynı hayvanın farklı karkas bölgelerinde yapılabilecek çalışmalarda m. longissimus thoracis ve m. extensor digitorum kaslarının karşılaştırmalı olarak kullanılmasının diğer kas bölgelerinin kullanılmasına kıyasla daha doğru sonuçlar verebileceği ortaya konmuştur. The research was carried out with the aim of detecting the expression of genes and quality differences between different muscle groups of the bovine carcass.In the present study, 15 Angus were used in the same age and gender, and 12 different muscle groups were sampled to represent all the carcass parts that were offered for consumption. Following that qPCR analysis was performed for ANK1, CAPN1, CAST, HSPB1 (HSP27), HSPA1A (HSP70) genes and tenderness, cooking loss, water holding capacity, color (L, a, b), pH, temprature, sarcomer lenght analysis performed for meat quality traits.Our findings reveal that ANK1 gene expression was found higher in high quality muscles comparing with low quality muscles. Also that gene shows better relation with meat quality as against the other meat quality related genes. Furthermore, the trend of CAPN1 gene expression decrease from high quality muscles to low quality muscles which indicate that the gene could be relatable with meat quality. Nevertheless CAST, HSPB1 and HSPA1A genes do not represent any significant difference between high and low quality muscles. Additionally, in meat quality analysis, it has been seen that the most appropriate outcome come up from the tenderness results.Collectively, ANK1 and CAPN1 genes are important biomarkers for determining the meat quality and CAST, HSPB1, HSPA1A genes may not be suitable biomarkers for the determination quality of meat. Besides that our results also indicate that comparative use of m. longissimus thoracis and m. extensor digitorum muscles may give more accurate results than using other muscle groups in comparative studies. 107

Aksolot beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi sayesinde araştırmacıların model organizma olarak kullandığı önemli bir canlıdır. Aksolotun böylesine bir rejeneratif kapasiteye sahip olmasının altında yatan moleküler mekanizmaların ne olduğu konusunda araştırmalar halen devam etmektedir. Memelilerin genel olarak rejenerasyon kapasitesinin kısıtlı olması ve özelde de merkezi sinir sistemi hasarlarını tamamen düzeltememelerine karşılık aksolotda merkezi sinir sistemi rejenerasyonu başarısını sağlayan gen ve yolaklar merak uyandırmaktadır. Transkriptom canlıların belirli bir organ, doku ya da hücre veya belirli bir zaman dilimi için ifade RNA profilinin tümüne verilen isimdir. Bu çalışmada da transkriptom analizinden faydalanarak sinir rejenerasyonunda yer alan çeşitli faktörlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için neotenik aksolotlar kuyruk bölgesinden kesilmiş olup; 0.gün, 1.gün, 4.gün ve 7.gün örnekleri alınarak bu örnekler için RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Tanımlanan RNA'lardan anlamlı olarak ifade edilenler, PANTHER Sınıflandırma Sistemi'yle moleküler fonksiyon, biyolojik süreç, hücresel bileşen ve protein sınıf analizi belirlenmiş, STRING veri tabanı ile de protein-protein etkileşimi analiz edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Aksolot, merkezi sinir sistemi, omurilik, rejenerasyon,transkriptom. Axolotl is a living creature, being used as a model organism through the capacity of regenaration of organs and limbs including the brain and the spinal cord. Researchs issue the underlying molecular mechanism of such a regenerative capacity have been still continuing. Despite mammals have a limited regeneration capacity and they are not able to completely fix central nerve system damages, genes and pathways ensuring central nerve system regeneration success in axolotls arouse curiosity. Transcriptome is the name for a specific organ, tissue, cell or RNA profile for a certain amount of time. This research aims to identify various factors taking place in nerve regeneration. Neotenic axolotls were cut from the queue area. Day 0,1,4 and 7 samples collected and a RNA sequence study conducted based on these samples. Those demonstrating significance among identified RNAs, molecular function by PANTHER classification system, biological process, cellular component and protein category analysis were determined. Additonally, protein-protein interaction analysis was conducted by STRING database.Key Words: Axolotl, central nervous system, spinal cord, regeneration,transcriptome. 108

The aim of this project was to determine the effect of n-3 LCPUFA supplementation the prevention and treatment of obesity and obesity related diseases, and to compare the effectiveness of different n-3 LCPUFA sources via biochemical and genetic mechanisms in rats. Thirty three male Wistar rats were classified into four study groups and fed for eight weeks with a standart diet, a High Fat Diet (HFD), a a High Fat Diet+%2.5 fish oil (FO-HFD) or a High Fat Diet+%2.5 krill oil (KO-HFD). At the end of eight weeks, rats were sacrified, and blood and liver tissue samples were taken. The amount of pellet food consumed, weight gain, serum glucose, insulin, ghrelin and leptin concentrations, lipid profile, liver fatty acid composition and fatty acid desaturase 1 and 2 (FADS1 and FADS2) mRNA gene expression levels of rats were measured. The amount of pellet feed consumed by each group was significantly differed with a minimum consumption in FO-HFD group (p0.05). Serum glucose, total cholesterol (TC), triglycerides (TG) and low density lipoprotein cholesterol (LDL-C) were higher in all HFD groups compared to control group (p0.05). Serum TC level of KO-HFD group was significantly lower than both HFD and BO-HFD groups (p0.05), but serum leptin levels was higher in HFD vs control (p0.05). Liver n-3 fatty acid desaturation activity was higher, and liver total lipid content was lower in KO-HFD compared to BO-HFD (p>0.05). FADS1 gene expression was higher in the HFD (p0.05). As a result, it was showed that n-3 LCPUFA supplementation from different resources regulate lipid metabolism and expression of desaturase genes differently in rats. In light of the results of this preclinical study, randomized controlled trials are needed to determine the efficacy and different types of n-3 LCPUFA in the treatment and prevention of diseases associated with obesity and obesity in human metabolism. ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xv TABLOLAR xvi 1. GİRİŞ 1 1.1. Kuramsal Yaklaşımlar 1 1.2. Amaç ve Hipotezler 3 2. GENEL BİLGİLER 5 2.1. Obezite Tanımı ve Epidemiyolojisi 5 2.2. Obeziteye Eşlik Eden Hastalıklar 6 2.2.1. Obezite-T2DM 7 2.2.2. Obezite-KVH 7 2.2.3. Obezite-NAYKH 7 2.3. Obezitenin Etiyolojisi 8 2.3.1. İştah Metabolizması ve Obezite 9 2.4. Obezitenin Tedavisi 14 2.4.1. Diyet Tedavisi 15 2.4.2. Egzersiz Tedavisi 16 2.4.3. İlaç Tedavisi 16 2.4.4. Cerrahi Tedavi 17 2.4.5. Davranışsal/Bilişsel Tedavi 17 2.5. Obezite ve n-3 LCPUFA 18 2.6. α- Linolenik Asit ve n-3 Uzun Zincirli Çoklu Doymamış Yağ Asitleri 20 2.6.1. n-3 LCPUFA Kaynakları 21 2.6.2. n-3 LCPUFA Sindirim ve Emilimi 23 2.6.3. n-3 LCPUFA’nın Biyoyararlılığı 28 2.6.4. n-3 LCPUFA Metabolizması ve Fonksiyonları 29 Yağ Asidi Desaturaz 1 ve Yağ Asidi Desaturaz 2 30 2.6.5. n-3 LCPUFA ve Diğer Hastalıklarla İlişkisi 31 2.6.6. n-3 LCPUFA Gereksinimi 34 3. GEREÇ ve YÖNTEM 35 3.1. Çalışma Dizaynı ve Deney Hayvanları 35 3.2. Sıçanlara Verilen Yem Özellikleri ve Grupların Oluşturulması 35 3.3. Kan ve Doku Örneklerinin Hazırlanması 36 3.4. Yem Tüketimlerinin ve Vücut Ağırlığı Değerlendirilmesi 37 3.5. Serum Örneklerinde Biyokimyasal Analizlerin Yapılması 37 3.5.1. Serum Glukoz ve Kan Lipitleri 37 3.5.2. Serum İnsülin, Leptin, Ghrelin Düzeyleri 37 3.6. Karaciğer Yağ asidi Kompozisyon Analizi 38 3.6.1. Karaciğer Örneklerinden Toplam Yağın Ekstrakte Edilmesi 38 3.6.2. Karaciğer Örneklerinde Yağ Asidi Metil Esterlerinin Tayini 39 3.6.3. Karaciğer Örneklerinde Yağ Asidi Oranlarının Belirlenmesi 39 3.7. Karaciğer FADS1 ve FADS2 Gen Ekspresyonlarının Belirlenmesi 40 3.7.1. RNA İzolasyonu 40 3.7.2. cDNA Sentezi 42 3.7.3. RT-PCR 42 3.8. İstatistiksel Analiz 43 4. BULGULAR 44 4.1. Deney Gruplarına Göre Sıçanların Besin Alımları ve Vücut Ağırlıklarına İlişkin Bulgular 44 4.2. Deney Gruplarına Göre Sıçanların Bazı Biyokimyasal Bulguları 50 4.3. Deney Gruplarına Göre Sıçanların Karaciğer Yağ Asidi Kompozisyonuna İlişkin Bulgular 57 4.4. Deney Gruplarına Göre Sıçan Karaciğer Yağ Asidi Desaturaz 1 ve Yağ Asidi Desaturaz 2 mRNA Gen Ekspresyonu Bulguları 60 5. TARTIŞMA 62 5.1. n-3 LCPUFA’nın Besin Alımı ve Vücut Ağırlığı Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi 62 5.2. n-3 LCPUFA’nın Bazı Biyokimyasal Bulgular Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi 64 5.3. n-3 LCPUFA’nın Karaciğer Yağ Asidi Kompozisyonu Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi 68 5.4. n-3 LCPUFA’nın Karaciğer Yağ Asidi Desaturaz 1 ve Yağ Asidi Desaturaz 2 Gen Ekspresyonları Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi 70 6. SONUÇ ve ÖNERİLER 74 6.1. Sonuçlar 74 6.2. Öneriler 79 7. KAYNAKLAR 81 8. EKLER EK 1: Etik Kurul İzini EK 2: Krill Yağı Analiz Raporu 9. ÖZGEÇMİŞ Bu çalışmanın amacı, sıçanlarda obezite ve obezite ile ilişkili hastalıkların tedavisinde ve önlenmesinde n-3 uzun zincirli çoklu doymamış yağ asidi (n-3 LCPUFA) desteğinin etkinliğini çeşitli biyokimyasal ve genetik mekanizmalar aracılığı ile incelemek ve n-3 LCPUFA kaynaklarının etkinliğini karşılaştırmaktır. Çalışmada 33 adet erkek Wistar sıçan dört gruba ayrılarak, sekiz hafta süre ile standart diyet, yüksek yağlı diyet (YYD), YYD+%2,5 balık yağı (BY-YYD) içeren diyet veya YYD+%2,5 krill yağı (KY-YYD) içeren diyet ile beslenmiştir. Sekiz haftanın sonunda sakrifiye edilen sıçanların kan ve doku örnekleri alınmıştır. Sıçanların yem tüketimleri, ağırlık kazanımları, serum glukoz, insülin, ghrelin, leptin düzeyleri ile lipit profilleri, karaciğer lipit kompozisyonları ile yağ asidi desaturaz 1 ve 2 (FADS1 ve FADS2) mRNA gen ekspresyonları karşılaştırılmıştır. Grupların yem tüketimleri arasındaki farkın önemli olduğu bulunmuş; en az yem tüketen grubun BY-YYD olduğu saptanmıştır (p0,05). Serum glukoz, trigliserit (TG), total kolesterol (TK) ve düşük yoğunluklu kolesterol (LDL-K) düzeylerinin YYD gruplarında kontrol grubuna göre daha yüksek olduğu saptanmıştır (p0,05); ancak lipit profilinde olumlu etkilerinin olduğu gösterilmiştir. KY-YYD grubunun YYD’ye göre TG ve TK; BY-YYD’ye göre ise TK düzeyleri daha düşük bulunmuştur (her biri için p0,05). Serum leptin düzeylerinin ise YYD grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek olduğu saptanmıştır (p0,05). Karaciğer n-3 yağ asidi desaturaz aktivitesi KY-YYD grubunda BY-YYD’ye göre daha yüksek, toplam lipit oranı daha düşük bulunmuştur (p>0,05). FADS1 gen ekspresyonunun YYD grubunda daha yüksek olduğu (p0,05). Sonuç olarak, n-3 LCPUFA kaynaklarının lipit metabolizmasını ve desaturaz genlerinin ekspresyonlarını sıçanlarda farklı düzeyde etkilediği gösterilmiştir. Bu preklinik çalışmanın sonuçları ışığında, n-3 LCPUFA’nın ve farklı kaynaklarının obezite ve obezite ile ilişkili hastalıkların tedavisinde ve önlenmesinde insan metabolizmasındaki etkinliğinin belirlenebilmesi için randomize kontrollü çalışmalara ihtiyaç vardır.

Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığı (ODPBH) en sık görülen polikistik böbrek hastalığıdır. Klasik olarak ODPBH, hastalığa neden olan gene ve klinik bulgulardaki bazı farklara göre 2 tipe ayrılmıştır; tip 1 PKD1 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %85'ini ve tip 2 PKD2 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %15'ini oluşturmaktadır.Bu çalışmanın amacı, ODPBH tanılı hastalarda hastalıkla ilişkisi bilinen PKD1 ve PKD2 genlerinin yeni nesil dizileme sonuçlarının incelenmesi, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki serumda dolaşan mikroRNA'larda ekspresyon farkının olup olmadığının, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP, ERBB4 genlerinin ekspresyon farkının olup olmadığının ve istatistiksel anlamlı fark bulunan genlerin hastalığın klinik tablosundaki farklılıkları açıklayabilecek yolakların, patojen varyant saptanan hasta grubu ile kontrol grubu arasında serum polisistin-1 ve polisistin-2 protein düzeyleri arasında farkın olup olmadığının araştırılmasıdır.PKD1 ve PKD2 genleri periferik kandan izole edilen DNA'dan yeni nesil dizileme yöntemiyle tarandı. Seçilmiş genlerin tam kandan, miRNA'ların ise serumdan izole edilen total RNA'larından real-time PCR yöntemiyle ekspresyonlarına bakılmıştır. Proteinlerin serumdaki konsantrasyonları ELİSA yöntemi ile tespit edilmiştir.Çalışmamızda PKD1 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 miRNA'larının ve THRA, NTN1, WNT9B genlerinin istatistiksel anlamlı ekspresyon artışı saptanmıştır. Aynı grup hastalarda polisistin-1'in serumda konsantrasyonunun istatistiksel anlamlı olarak azaldığı, ancak PKD2 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda polisistin-2 konsantrasyonunun arttığı gözlemlenmiştir. Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most common polycystic kidney disease. Classically, ADPKD is divided into 2 types according to the differences in the disease-causing gene and clinical findings; type 1 is caused by the alterations in the PKD1 gene, accounting for 85% and type 2 caused by alterations in PKD2 gene, accounting for 15% of cases.The aim of this study was to investigate the NGS results of PKD1 and PKD2, which are known to be related to the disease in patients with ADPKD, to determine whether there is a difference in expression in miRNA's circulating in the serum between the pathogenic variant detected patient and healthy control group. Serum PC1 and PC2 protein levels between the pathogen variant detected patient group and the control group also were investigated. And the expression levels of PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP and ERBB4 which thought to be role players in the disease-related pathways compared between the groups. PKD1 and PKD2 genes were screened by DNA sequencing from peripheral blood samples. RNAs of selected genes were extracted from whole blood and miRNAs were extracted from serum and analysed by real-time PCR. The concentration of proteins in serum was determined by ELISA method.In our study, statistically significant expression increases of miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 and THRA, NTN1, WNT9B genes were detected in patients carrying the PKD1 nonsense/ frameshift pathogenic variant. In the same group of patients, the concentration of PC1 in the serum was statistically significantly reduced, but PC2 in patients with the nonsense/ frameshift pathogenic variant of PKD2 was observed to be increased. 104

Larenks kanseri, malign hücrelerin larenkste veya gırtlakta büyüdüğü nadir bir kanserdir. Sigara tütünü ve alkol tüketimi, larenks kanseri için temel risk faktörleridir. Larenks vucütta yerleşim bölgesi nedeniyle kişinin yaşamsal fonksiyonları haricinde, kişinin sosyal hayatı yönünden de önemlilik arz eden bir organdır. Bu nedenle tedavi aşamasında kişinin sağkalım süresinin yanında cerrahi olarak larenksin rezeksiyona karşı korunması da amaçlanmaktadır. Hastalığın tanısının zor yapılması ve çoğunlukla ileri evrelerde hastalığın belirlenmesi, larenks kanserinin erken tanısını sağlayabilecek çalışmaları hızlandırmıştır. Tüm gelişmelere karşın, nüks ve tedaviye direnç halen tedaviyi güçleştirmektedir. Larenks kanseri halen tedavisi zorlu yapılan kanserler grubunda yer almaktadır. Bu sebeple, günümüzde erken teşhiste kullanılabilecek biyomarkerların ve daha efektif tedavi metodlarının geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Larenks kanseri taraması ve erken evrelerde tespitini sağlayacak onaylı yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü olan ve malign dokuların tespiti yapan onaylı test bulunmamaktadır. Onkolojik çalışmalarda tümör hücreleri ile normal hücreler arasında ekspresyon düzeyinin karşılaştırılabiliyor olması oldukça önemlidir. SETD2 geni, çeşitli tümörlerde kopya sayısı kaybıyla sıklıkla hedeflenen bir bölge olan kromozom 3'ün p21.31 sitogenetik bandında yer almaktadır. SETD2, DNA onarımı, kromozom segregasyonu ve RNA ekleme işleminde rol oynamaktadır. Tez çalışmamızda da larenks kanserinde, tanısında ve izlenmesinde marker olarak kullanılabilecek SETD2 geninin ekspresyon düzeylerinin araştırılması hedeflendi. Çalışma sonucunda hasta tümör örnekleri, eşlenik sağlıklı normal dokuları ve cerrahi öncesi toplanan serum örnekleri SETD2 gen ekspresyonu açısından karşılaştırıldı ve değerlendirildi. Hastaların %32'sinde (16/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla, ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken, hastaların %26'sında (13/50) tümör ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. Ekspresyon durumu ile hastaların klinikopatolojik verileri karşılaştırıldığında sigara ve alkol kullanımı, nüks, anatomik tutulum bölgeleri ve metastaz ile anlamlılık bulunamadı (p>0,05). Sadece SETD2 genindeki ekspresyon artışı ile lenf nodu tutulumu arasında anlamlı bir ilişki gözlemlendi (p=0.048).Anahtar Kelimeler:Larenks Kanseri, SETD2 geni, tümör dokusu, ekspresyon analizi, biyobelirteç.Bu çalışma,İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir.Proje No:17190 Laryngeal cancer is a rare type of tumor in which malignant cells grow in the larynx. Cigarette and alcohol consumption are the main risk factors for laryngeal cancer. Apart from the vital functions of the person it is also important for the social life of the person due to the location of the larynx in the body. For this reason, it is aimed to protect the laryngeal resection as well as the duration of the patient's survival. The difficulty of diagnosis and the determination of the disease mostly in advanced stages have accelerated the studies that can provide early diagnosis of laryngeal cancer. Despite all developments, recurrence and treatment of the disease resistance still make treatment difficult. Laryngeal cancer is still in the group of cancer patients who are difficult to treat. For these reasons, biomarkers and more effective methods of treatment that can be used in the early stages of aging are needed nowadays. There are no approved tests to detect malignant tissues and confirmed high specificity to detect early stage detection for.laryngeal cancer.It is very important that oncology studies can compare expression levels between tumor cells and normal cells. The SETD2 gene is located on the cytogenetic band p21.31 of chromosome 3, a region frequently targeted by loss of copy number in various tumors. SETD2 plays a role in DNA repair, chromosome segregation and RNA addition. Therefore, we aimed to investigate the expression levels of the SETD2 gene which can be used as a marker in larynx cancer, diagnosis and follow-up in our thesis study. As a result of the study, patient tumor samples, conjugated healthy normal tissues and serum samples collected before surgery were compared and evaluated in terms of SETD2 gene expression. In 32% of patients (16/50) there was an increase in the level of expression compared to the normal tissue in the tumor,26% (13/50) of patients showed a decrease in tumor expression level. When the expression status and the clinicopathological data of the patients were compared, no significant difference was found between smoking and alcohol consumption, recurrence, anatomic involvement zones and metastasis (p> 0.05). Only a significant correlation was observed between expression increase in the SETD2 gene and lymph node involvement (p = 0.048).Key words: Laryngeal Cancer, gene, tumor tissue, expression analysis, biomarker. This work wassupported by the Istanbul University Scientific Research Projects Unit. Project number:17190 61

Mesenchymal Stem Cells (MSC) have therapeutic importance because of their multipotency and immune modulation potentials. Erythropoietin is responsible for erytropoesis. However, EPO treatment of cells including mesenchymal stem cells, showed therapeutic effects. The aim of this thesis is to examine the effect of erythropoietin on bone marrow mesenchymal stem cells transcriptome and exosome derived miRNA profile. Firstly, effect of three different doses of EPO (1 IU/ml, 10 IU/ml ve 100 IU/ml) for 48 hours on MSC transcriptome profile was analyzed. The results illustrated that EPO treatment resulted in slight difference than control not exposed to EPO. The statistical analysis revealed that 10 IU/ml is the most different from the other groups. Therefore, small RNA libraries targeting miRNA was analyzed with 10 IU/ml EPO treated/not treated conditions with next generation sequencing. As a result, 44 miRNA showed different reading numbers. The expression of 22 was opened due to EPO treatment while the expression of 5 was closed because of same reason. Even though, 14 of miRNA illustrated decreasing reading number, only 2 of miRNA’s had increasing reading number. It will be important to perform studies in in vitro models mimicking different physiological conditions and diseases for MSC and exosome biology. İÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER VE KISALTMALAR xi ŞEKİLLER xiv TABLOLAR xv 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 2 2.1. Mezenkimal Kök Hücreler 2 2.2. Mezenkimal Kök Hücre Kaynaklı Ekzozomlar 3 2.3. Eritropoetin 5 2.4. Eritropoetin Reseptörü 7 2.5. Mezenkimal Kök Hücrelerin Eritropoetin ile Muamele Edilmesine Dair Örnek Çalışmalar 10 3. GEREÇ VE YÖNTEM 13 3.1. Gereçler 13 3.1.1. Mezenkimal Kök Hücreler 13 3.1.2. Mezenkimal Kök Hücre Kültürü 13 3.1.3. RNA Eldesi 13 3.1.4. Ekzozom ve Ekzozomdan RNA Eldesi 14 3.1.5. Kantitatif Transkriptom Analizi 14 3.1.6. Yüksek Ölçekli miRNA dizileme 14 3.2. Yöntemler 15 3.2.1. Mezenkimal Kök Hücre Kültürü 15 3.2.2. Mezenkimal Kök Hücrelerin Eritropoetin (EPO) ile Muamele Edilmesi 15 3.2.3. RNA Eldesi 16 x 3.2.4. Ekzozom Eldesi 17 3.2.5. Ekzozomdan miRNA Eldesi 17 3.2.6. Kantitatif Transkriptom Analizi 18 3.2.7. Yüksek Ölçekli miRNA dizileme 19 3.2.8. miRNA Dizileme İçin Biyoinformatik Analiz 21 4. BULGULAR 23 4.1. Eritropoetin Uygulaması Sonrası Mezenkimal Kök Hücre Morfolojisi 23 4.2. Eritropoetin Uygulamasının Transkriptom Profiline Etkisi 23 4.3. Eritropoetin Uygulamasının Ekzozom Kaynaklı miRNA Profiline Etkisi 27 5. TARTIŞMA 30 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 35 6.1. Sonuçlar 35 6.2. Öneriler 35 7. KAYNAKLAR 36 8. EKLER Ek 1. Orjinallik Ekran Çıktısı 9. ÖZGEÇMİŞ Mezenkimal kök hücreler (MKH) multipotent karaktere sahip olmaları ve immün modülasyon etkileri nedeniyle terapötik açıdan öneme sahiptirler. Eritropoetin normalde eritrosit hücrelerinin oluşması sürecinden sorumlu bir sitokindir. MKH de dahil olmak üzere, farklı hücrelere uygulandığında terapötik etki göstermektedir. Bu tez çalışmasında, eritropoetinin kemik iliği kaynaklı MKH transkriptom ve ekzozom kaynaklı miRNA profilleri üzerine etkileri yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Tez çalışmasının ilk bölümünde 3 farklı konsantrasyonda (1 IU/ml, 10 IU/ml ve 100 IU/ml) 48 saatlik EPO uygulamasının MKH transkriptom profili üzerindeki etkisi incelenmiştir. Yapılan deneyler sonucunda, farklı konsantrasyonlardaki EPO uygulamasının, kontrol grubuna (EPO uygulanmayan) göre oldukça düşük düzeyde farklılıklar meydana geldiği tespit edilmiştir. Diğer konsantrasyonlara göre istatistiksel olarak en farklı olanı 10 IU/ml olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle, yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak miRNA’ları hedefleyen “küçük RNA” kütüphaneleri 10 IU/ml EPO uygulaması yapılan/yapılmayan koşullarda incelenmiştir. Yapılan analizlerde, 44 farklı miRNA’da okuma sayısında değişim saptanmıştır. Yirmi iki tane miRNA’nın EPO uygulamasına bağlı olarak ekzozomların içerisinde bulunduğu, kontrollerde bulunmadığı gösterilmiştir, 5 miRNA’nın ise kontrol grubu hücrelerde bulunmasına rağmen EPO uygulaması sonucu ekzozomların içerisinde yer almadığı dikkati çekmiştir. Bununla beraber, 14 miRNA’nın okuma sayısında EPO nedeniyle azalma gözlemlenirken, 2 miRNA ise artmıştır. Farklı fizyolojik koşulları ve hastalık modellerini taklit eden in vitro sistemlerde yapılacak araştırmalar MKH ve ekzozom biyolojisi adına son derece önemli olacaktır.

Pterjium, limbustan korneaya doğru konjonktivanın kanat şeklinde anormal, epitelyal ve fibrovasküler büyümesidir. Aynı zamanda, proliferatif, invaziv ve oldukça vaskülarize bir doku olduğu da söylenebilir. Pterjium, kanser benzeri özelliklere sahiptir. Bu özellikler, hücre proliferasyonu, invazyonu ve rezeksiyon sonrası tekrarlama şekilde sıralanabilir. Hastalığın en yaygın olarak bilinen faktörü ultraviyole radyasyon olmasına rağmen, patogenezi hala açık değildir.Son yıllardaki çalışmalar pterijiumlarda moleküler değişikliklerin tümör hücrelerine benzer bir mekanizmaya sahip olabileceğini desteklemektedir. Konneksinlerin hücre döngüsünün ve apoptozun düzenlenmesinde rol alan proteinlerle direkt etkileşim halinde olduğu ve bu yolla hücre büyümesini düzenleyebildiği yönünde çalışmalar mevcuttur. Konneksinler (CX), hücreler arası bağlantı birimlerinden olan gap junction kanallarının oluşumundan sorumlu olarak işlev görürler. Bu bağlantılar hücreler arasında iyonların ikincil mesajcıların ve küçük sinyal moleküllerinin doğrudan değişiminde, doku homeostazında, büyüme, farklılaşma ve gelişmenin düzenlenmesinde önemli rol oynarlar. Neredeyse her memeli hücre tipinde görülen bu bağlantı bölgelerinin en önemli özelliği hücreler arası iletişimi sağlamalarıdır.Çalışmada, 26 pterjiumlu olgunun gözüne ait pterjium ve normal konjonktiva dokularında Konneksin 43 (CX43) gen ifade düzeyi Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) yöntemi ile CX43 protein miktarı ise Western Blot yöntemi kullanılarak araştırılmıştır.Sonuçlarımıza göre, pterjium ve normal konjonktiva dokularında CX43 gen ifade düzeyi ve protein miktarı bakımından ististiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı (p>0.05).Pterjiumda, CX43 gen ifadesinin bir risk etmeni olamayacağı sonucuna varılmıştır. Pterygium is a wing-shaped abnormal epitelyal and fibrovascular growth of the conjunctiva across the limbus onto the cornea. At the same time, It can be said that, a pterygium is a proliferative, invasive, and highly vascularized tissue pathologically. Pterygium also has cancer like properties. These properties can be listed as follows; cell proliferation, invasion, and recurrence after resection. The pathogenesis of this disease remains unclear, although the most widely recognized originating factor is ultraviolet radiation.Recent studies have suggested that molecular changes in pterygiums may have a mechanism similar to tumor cells. There are studies in which adnexin interacts directly with proteins involved in the regulation of cell cycle and apoptosis, and in this way regulates cell growth. Connexins (CX) function as responsible for the formation of gap junction channels, which are inter-cell junction units. These connections play an important role in the direct exchange of ions between secondary messengers and small signal molecules between cells, in the regulation of growth, differentiation and development in tissue homeostasis. The most important feature of these junctional regions seen in almost every mammalian cell type is the intercellular communication.In our study, In pterygium and normal conjunctival tissues of 26 pterygium cases connexin 43 (CX43) gene expression and CX43 protein level were investigated with Real-Time PCR (RT-PCR) and Western Blotting, respectively.According to our results, there were no statistically significant differences in CX43 gene expression level and protein content between pterygium and normal conjunctiva tissues (p> 0.05).In pterygium, the CX43 gene expression can't a risk factor. 106

Glokom genellikle göz içi basıncı artışı ile seyreden, retina ganglion hücre dejenerasyonuna bağlı görme alanı kaybı izlenen önlenebilir bir optik nöropatidir. Glokomda gangliyon hücre kaybına neden olabilecek mekanik, iskemik ve oksidatif stres olmak üzere birçok mekanizma etkilidir. Bu çalışmada primer açık açılı glokom ve psödoeksfolyatif glokom tanılı olguların, trabeküler ağ dokusundaki oksidatif stres mekanizmalarında etkili olduğu gösterilmiş SIRT 1 ve FOXO 1, FOXO 3a gen ekspresyonlarının incelenmesi ve farklı etyopatogeneze sahip iki glokom türünde karşılaştırılması amaçlanmıştır. Verilerin istatistiksel analizinde parametrik ve nonparametrik testlerden yararlanılmıştır ve istatistiksel anlamlılık p

Bu tez çalışmasında, Şubat 2016 – Ocak 2017 tarihleri arasında iki farklı kanatlı mezbahasından toplanan 120 piliç boyun derisi örneğinden Listeri monocytogenes, 60 mezbaha atık suyu örneğinden ise L. monocytogenes'e litik bakteriyofaj izolasyonu yapılarak, izolatların karakterizasyonlarının yapılması ve en geniş spektrumda litik etki gösteren fajlardan oluşan bir kokteyl ile piliç butlarında L. monocytogenes'in biyokontrolünün araştırılması amaçlanmıştır.Analiz edilen piliç boyun derisi örneklerinin 20'sinden (% 16,7) 31 şüpheli L. monocytogenes kolonisi izole edilerek, izolatlar PCR ile doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile yapılan serotiplendirmede izolatların tamamının 1/2a (3a) olduğu tespit edilmiştir. Real Time RT-PCR analizi ile tüm izolatlarda L. monocytogenes'in başlıca virülens genlerinden olan hlyA, actA, inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, plcB, fbpA ve fri genleri tespit edilmiş ve virülens faktörlerinin yüksek düzeyde eksprese edildiği izolatlar genetik potansiyel açısından yüksek virülent olarak tanımlanmıştır. İzolatların DNA parmak izi analizi ve aralarındaki klonal ilişki ERIC-PCR ile belirlenmiş olup, 7 farklı DNA profiline sahip oldukları saptanmıştır. Çalışmada, toplanan 60 mezbaha atık suyu örneğinden L. monocytogenes'e litik etkili 5 listeriyofaj izole edilmiştir. Faj DNA'ları Cla1 ve Sac1 restriksiyon enzimleriyle muamele edilerek aynı DNA profiline sahip oldukları belirlenmiştir. Bu analizler göz önüne alınarak M117, M119 ve M135 kodlu fajlar kokteyl oluşturmak amacıyla seçilmiş ve piliç butlarında L. monocytogenes'in biyokontrolü amacıyla kullanılmıştır. Faj kokteylinin piliç butlarına uygulanmasıyla 4°C muhafazada inkübasyonun 3. saatinde L. monocytogenes sayısında 3,30 log kob/ml'a varan bir redüksiyon sağlanmıştır. Sonuç olarak bu tez çalışmasında, piliç etlerinin L. monocytogenes açısından potansiyel bir risk kaynağı olabileceğinin ortaya konmasının yanı sıra, çalışmada elde edilen 3 fajdan oluşan kokteylin kanatlı mezbahalarında son yıkama ya da soğutma aşamasında piliç karkasları veya parça etlerindeki L. monocytogenes'lerin dekontaminasyonunda uygulanabilir olduğu belirlenmiştir. In this thesis study, it was aimed to isolate L. monocytogenes from 120 chicken neck samples and to isolate lytic bacteriophages from 60 slaughterhouse wastewater from two different poultry slaughterhouses between February 2016 and January 2017, to characterize the isolates and to investigate the biocontrol of L. monocytogenes in broiler chicken legs with a cocktail consisting of phages that showed the broadest lytic activities. Thirty-one suspected L. monocytogenes colonies were isolated from 20 (16,7 %) chicken neck samples and the isolates were confirmed by PCR. By multiplex PCR, it has been determined that all of the isolates were belonged to serotype 1/2a (3a). Real-time RT-PCR analysis revealed that all the isolates were harbored the major virulence genes of L. monocytogenes (hlyA, actA, inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, plcB, fbpA ve fri) and the isolates which expressed the virulence factors highly were identified as genetic potentially high virulent. DNA fingerprint analysis of the isolates and their clonal relationships were determined by ERIC-PCR and were found to have 7 different DNA profiles. In the study, 5 listeriophages with lytic effect on L. monocytogenes were isolated from 60 slaughterhouse wastewater samples. Phage DNAs were treated with Cla1 and Sac1 restriction enzymes and were found to have the same DNA profiles. Taking these analyzes into consideration, phages encoded as M117, M119 and M135 were selected for the cocktail and used for biocontrol of L. monocytogenes in chicken legs. The application of the phage cocktail on chicken legs achieved a reduction up to 3,30 log cfu/ml in L. monocytogenes count at 3 hours of incubation at 4°C. In conclusion, this study suggests that chicken meat can be a potential risk source for L. monocytogenes, and on the other hand the use of the cocktail which consisted 3 phages obtained from this study can be applicable in chicken slaughter process at final wash or at cooling stage for chicken carcasses, as well as in decontamination of chicken meat parts. 153

Akut koroner sendromlar (AKS) tüm dünyada mortalite ve morbiditenin en önemli nedenlerindendir. AKS'nin en önemli nedeni aterosklerozdur. Uzun kodlamayan RNA'lar (LncRNA) 200 nükleotidden daha uzun protein kodlamayan RNA molekülleri olup birçok hücresel süreçte görev aldıkları ve gen ifadesini düzenledikleri belirlenmiştir. Bu çalışmada AKS vakalarında, iki aday lncRNA'nın anlatım düzeylerinin hem hastalık tanısındaki önemi hem de ateroskleroz ciddiyeti ile ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu araştırmaya katılan 228 vaka, ST-yükselmeli veya yükselmesiz miyokard enfarktüsü (MI) geçirmesine ve koroner anjiyografi değerlendirmesindeki ateroskleroz lezyonlarının derecesine ve yerleşimine göre hesaplanan Gensini ve SYNTAX skorlamalarına göre gruplar oluşturularak incelenmiştir. Tüm bireylerin kanından ayrıştırılan lökositlerinden total RNA izole edilmiştir. Literatüre göre seçilen henüz fonksiyonu bilinmeyen BAT5 ve IL21R-AS1 adlı lncRNA'ların ifade düzeyleri, kantitatif RT-PZR ile belirlenmiştir. AKS ile aday lncRNA'ların ilişkisi istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Araştırma kapsamında, çalışma popülasyonu akut miyokard enfarktüs (AMI) geçirmiş hastalar, anjina pektorisi ve yüksek skoru olan ancak enfarktüs geçirmemiş hastalar (non-MI) ve seçilmiş kontrol grubu olarak üç gruba ayrıldığında, AMI hastalarında BAT5 kodlamayan RNA transkriptinin ifade düzeyi kontrol hastalarına göre 2.5 kat azalırken (p=0.028), IL21R-AS1 adlı lncRNA'nın ifade düzeyinin 1.6 kat arttığı belirlenmiştir (p=0.059). Cinsiyete göre ayrılarak karşılaştırıldığında ise erkek hastalarda, BAT5 kodlamayan RNA transkriptinin ifade düzeyinin AMI ve non-MI gruplarında kontrol grubuna göre kıyaslandığında 2.55 kat arttığı belirlenmiştir. Kadın hastalarda, IL21R-AS1 ifade düzeyi kontrol grubuna göre AMI grubunda 2 kat artarken, non-MI grubunda 4.3 kat arttığı belirlenmiştir (p=0.040).Sonuç olarak, ani ölüm riski taşıyan akut koroner sendromda, BAT5 ve IL21R-AS1 kodlamayan RNA ifade düzeylerinin değerlendirilmesinde cinsiyet ve klinik tanı durumunun önem taşıdığı belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Akut koroner sendromlar, ateroskleroz, uzun kodlamayanRNA‟lar, ifade düzeyi, biyobelirteç Acute coronary syndromes (ACS) are among the most important cause of mortality and morbidity. Atherosclerosis is the most important cause of ACS. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have functions in many cellular processes and regulate gene expression. In this study, we aimed to determine expression levels of two candidate lncRNAs in prevalence on disease diagnosis and severity of atherosclerosis in ACS cases.228 cases established groups according to Gensini and SYNTAX scores that calculated according to degree and location of atherosclerotic lesions in coronary angiography evaluation and ST-elevated or non-elevated myocardial infarction (MI). Total RNA was isolated from leukocytes that isolated from blood of all individuals. Expression levels of selected lncRNAs BAT5 and IL21R-AS1 were determined by qRT-PCR. The association between ACS and lncRNAs evaluated statistically.When study population separated to 3 groups, patients have acute MI, have angina pectoris and high score but not MI (non-MI) and selected control group, expression level of BAT5 of AMI group decreased 2.5 fold (p=0.028) and, expression level of IL21R-AS1 increased 1.6 fold (p=0.059) than control group. When compared by sex, expression level of BAT5 in male patients increased 2.55 fold in AMI and non-AMI groups compared to the control group. In female patients, expression level of IL21R-AS1 increased 2 fold in AMI group and, 4.3 fold in non-AMI group compared to control group (p=0.040). In conclusion, it was determined that gender and clinical diagnosis is important in evaluation of expression levels of BAT5 and IL21R-AS1 in ACS with risk of sudden death. 96

Katekol-O-metil transferaz (COMT) enzimi; dopamin, epinefrin, norepinefrin gibi katekolamin ve katekolamin içeren maddelerin metabolik inaktivasyonunda rol oynayan önemli bir enzimdir. COMT genindeki fonksiyonel polimorfizmlerin COMT enzim aktivitesinde değişime neden olduğu bilinmektedir. BDNF (beyin kaynaklı nörotrofik faktör) ise çoğunlukla merkezi sinir sistemi nöronlarından sentezlenen bir nörotrofik faktördür. BDNF geninin dopamin ve serotonin sistemi üzerinde etkisi olduğu bilinmektedir. COMT ve BDNF gen polimorfizmlerin de psikiyatrik hastalıklar ile ilişkisi olduğunu vurgulayan pek çok araştırma vardır.Cinsel saldırıya uğramış kişilerde ek tanı olarak bazı psikiyatrik bozukluklar oluşmakta ve bu hastalıklarla ilgisi olabilecek genler araştırılmaktadır. Edinilen literatür bilgileri kapsamında cinsel saldırı gerçekleştiren kişilerde ilgili genlerin araştırıldığı herhangi bir çalışmaya rastlanmadı. Bu nedenle cinsel suç işlemiş kişiler ve kontrollerde COMT(val158met) ve BDNF(val66met) genlerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda ; cinsel istismar suçu işlemiş 70 birey ve 70 kontrol denekte COMT geni val158met ve BDNF val66met polimorfizmlerinin ilişkisini araştırdık.Polimorfizmler Real-Time PCR (Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile saptandı.COMT geni val158met polimorfizminin genotip frekansları hasta grubunda GG %31.4, GA %45.7, AA %22.9; kontrol grubunda GG %24.3, GA %45.7, AA %8.6 olarak saptanmış ve gruplar arasında anlamlı bir fark bulunmuştur(p=0.018).BDNF geni val66met polimorfizminin genotip frekansları hasta grubunda GG %77.1, GA %21.4, AA %1.4; kontrol grubunda GG %65.7 GA %31.4 AA %2.9 olarak saptanmışve anlamlı bir fark bulunamamıştır(p=0.317).Bu çalışma cinsel istismar suçu işlemiş kişilerde COMT(val158met) ve BDNF(val66met) genlerinin incelendiği bir çalışmadır ve elde edilen bulgularla COMT geni ile cinsel istismar arasında bir ilişkinin olduğu, BDNF geni ile pozitif bir ilişkisinin olmadığı bulunmuştur. Catechol-O-methyl transferase (COMT) enzyme is an important enzyme that plays a role in the metabolic inactivation of substances containing catecholamine and catecholamine such as dopamine, epinephrine, norepinephrine. COMT gene polymorphism causes functional changes in COMT enzyme activity . BNDF (brain-derived neurotrophic factor) is usually neurotrophic factor synthesised from central nervous system neurons. Having the effect of BDNF gene on dopamine and serotonin is known. There are lot of studies about existing of the relationship between COMT and BDNF gene polymorphisms and psychiatric disease.Some psychiatric diseases can be occurred in the people who is subject to sexual assault as additional diagnosis. As far as we know there is not any research about studying on related genes in sexual offenders. Therefore, it was aimed to examine the COMT(val158met) and BDNF(val66met) genes in child sexual abuser and controls.In our research, we investigated the relationship between COMT gene val158met and BDNF val66met polymorphisms on 70 child sexual abuser and 70 control subjects. Real-time polymerase chain reaction (PCR) technique was used to determine polymorphisms.COMT gene val158met genotype frequencies was determined as GG %31.4, GA %45.7, AA %22.9 in patients , GG %24.3, GA %45.7, AA %8.6 in controls and determined a positive relationship between groups (p=0.018). BDNF gene was determined as GG %77.1, GA %21.4, AA %1.4 in genotype frequencies of val66met polymorphic in patients, GG %65.7 GA %31.4, AA %2.9 in controls and determined a negative relationship between groups (p=0.317).This research is to investigate COMT (val158met) and BDNF (val66met) in child sexual abuser. It was found a positive relationship between sexual abuse and COMT gene ; there was not an important relationship at BDNF gene according to acquired findings. 61

Background/aim: Propolis is a bee product with antioxidative, antimutagenic, and other beneficial properties, and it is used as a natural drug. It is rich in polyphenolic compounds. Its composition varies depending on the particular geographical region. Oxidative stress is caused by an imbalanced free radical production and antioxidant system. The effects of flavonoids on the expression of DNA repair enzymes have been examined previously; however, no study has investigated the effects of propolis. This study investigated the effects of ethanolic extracts of Turkish propolis (EEP) on the expression of DNA repair enzymes. Materials and methods: The effects of EEP and tertiary-butyl-hydroperoxide (t-BHP) on cell viability were determined using MTT. DNA damage was determined using comet assay. mRNA expression of target enzymes was detected using RT-PCR. Results: According to the cytotoxicity analysis, after a recovery time of 4 h, appropriate damage agent t-BHP and optimum EEP concentrations were 300 µM and 200 µg/mL, respectively. 8-Oxoguanine-glycosylase (hOGG-1) and endonuclease-VIII-like-1 (NEIL-1) expressions increased in the positive control group (t-BHP alone) and the study group (t-BHP+EEP). Maximum increase in NEIL-1 expression was at hour 12 in the positive control group and at hour 8 in the study group. Conclusion: EEP can be considered as a potential source of functional food and pharmaceutical agents. WOS:000359064200011 2-s2.0-84933049862 PubMed: 26422850

Glucocorticoids (GCs) induce cell cycle arrest and apoptosis in lymphoid cells and constitute a central component in the treatment of lymphoid malignancies. The molecular basis of this clinically important phenomenon remains, however, poorly understood. Using whole genome expression profiling we have previously identified glucocorticoid response genes in children with acute lymphoblastic leukemia (ALL). The promyelocytic leukemia zinc finger (PLZF) appeared as one of the most promising candidate genes, which has been implicated in the pathogenesis of several leukemia types. We have already established that transgenic PLZF reduced the sensitivity to GC-induced apoptosis in the CEM-C7H2-2C8 leukemic cell line and knockdown of PLZF resulted in a small but significant increase in cell death in this cell line. The present study was proposed to find a plausible molecular explanation for this protective effect of PLZF against GC-induced cell death. It was found that doxycycline-regulated PLZF overexpression in the CCRF- CEM T-ALL cell line downregulates the GC-induced GR expression and its target genes, which resulted in reduced apoptosis induced by GC.