1. Subsampling herbarium collections to assess geographic diversity gradients : a case study with endemic Orchidaceae and Rubiaceae in Cameroon
- Author
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Droissart, Vincent, Hardy, Olivier J., Sonké, Bonaventure, Dahdouh-Guebas, Farid, Stévart, Tariq, Équipe 1 - Diversité des Plantes et des Communautés Végétales, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, Université libre de Bruxelles (ULB), Service Evolution Biologique et Ecologie -Faculté des Sciences, Laboratoire de Botanique et Ecologie, Université de Yaoundé I, Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, ECOFAC Program (EC-DG8°, DIVEAC (CUD-ULB), Wildlife Conservation Society (WCS), Fonds de la Recherche Scientifique (F.R.S.-F.N.R.S.), American Orchid Society, Sud Expert Plant (France - Ministère des Affaires Etrangères), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Laboratoire de Complexité Dynamique des Systèmes Tropicaux (ULB), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)-Herbarieum et Bibliothèque de Botanique africaine, Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), and Université de Yaoundé I [Yaoundé]
- Subjects
Effective number of species ,Similarity index ,Central Africa ,effective number of species ,BiodivR ,diversity patterns ,Herbarium collections ,herbarium collections ,Diversity patterns ,similarity index ,Subsampling procedure ,[SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics ,central Africa ,subsampling procedure ,rarefaction principles ,Rarefaction principles ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,human activities - Abstract
ACL-12-04; International audience; We compiled herbarium specimen data to provide an improved characterization of geographic patterns of diversity using indices of species diversity and floristic similarity based on rarefaction principles. A dataset of 3650 georeferenced plant specimens belonging to Orchidaceae and Rubiaceae endemic to Atlantic Central Africa was assembled to assess species composition per half-degree or one-degree grid cells. Local diversity was measured by the expected number of species (Sk) per grid cell found in subsamples of increasing size and compared with raw species richness (SR). A nearly unbiased estimator of the effective number of species per grid cell was also used, allowing quantification of ratios of 'true diversity' between grid cells. Species turnover was measured using a presence/absence-based similarity index (Sørensen) and an abundance-based index that corrects for sampling bias (NNESS). Our results confirm that the coastal region of Cameroon is more diverse in endemic species than those more inland. The southern part of this coastal forest is, however, as diverse as the more intensively inventoried northern part, and should also be recognized as an important center of endemism. A strong congruence between Sørensen and NNESS similarity matrices lead to similar delimitations of floristic units. Hence, heterogeneous sampling seems to confer more bias when measuring patterns of local diversity using raw species richness than species turnover using Sørensen index. Overall, we argue that subsampling methods represent a useful way to assess diversity gradients using herbarium specimens while correcting for heterogeneous sampling effort.
- Published
- 2012
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