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Background Systemic lupus erythematosus (SLE) is a chronic autoimmune disease of unknown origin. The objective of this research was to develop phenotype algorithms for SLE suitable for use in epidemiological studies using empirical evidence from observational databases. Methods We used a process for empirically determining and evaluating phenotype algorithms for health conditions to be analyzed in observational research. The process started with a literature search to discover prior algorithms used for SLE. We then used a set of Observational Health Data Sciences and Informatics (OHDSI) open-source tools to refine and validate the algorithms. These included tools to discover codes for SLE that may have been missed in prior studies and to determine possible low specificity and index date misclassification in algorithms for correction. Results We developed four algorithms using our process: two algorithms for prevalent SLE and two for incident SLE. The algorithms for both incident and prevalent cases are comprised of a more specific version and a more sensitive version. Each of the algorithms corrects for possible index date misclassification. After validation, we found the highest positive predictive value estimate for the prevalent, specific algorithm (89%). The highest sensitivity estimate was found for the sensitive, prevalent algorithm (77%). Conclusion We developed phenotype algorithms for SLE using a data-driven approach. The four final algorithms may be used directly in observational studies. The validation of these algorithms provides researchers an added measure of confidence that the algorithms are selecting subjects correctly and allows for the application of quantitative bias analysis.

Justificación y objetivo: Streptococcus pneumoniae es globalmente la primera causa de muertes inmunoprevenibles en niños menores de 5 años. Métodos: entre 2007 y 2009 se realizó una vigilancia prospectiva con base poblacional en niños de 28 días a 36 meses en San José, Costa Rica. Se determinaron la incidencia de la enfermedad neumocócica invasora y de neumonía confirmada clínicamente y por radiografía, la distribución de serotipos y la sensibilidad a los antibióticos. Resultados: participaron 8801 sujetos (mediana de edad: 13,0 meses). En 25 niños se detectó enfermedad neumocócica invasora mediante aislamiento en cultivos (22) o mediante reacción de polimerasa en cadena y un cuadro clínico compatible con enfermedad neumocócica invasora (3) En los casos diagnosticados únicamente por cultivo, la tasa de incidencia de enfermedad neumocócica invasora en niños de 28 días a 36 meses de edad fue de 33,7/100 000 por año para los años 1 y 2 combinados. Al considerar los casos adicionales diagnosticados por reacción de polimerasa en cadena, la incidencia aumentó a 46,0/100 000. El serotipo más frecuente fue el 14 (28,6%), seguido por los serotipos 3, 4, 6A, 19A y 22F. 42,9% de los aislamientos eran insensibles a la penicilina y al cotrimoxazol. La incidencia de neumonía confirmada clínicamente y de neumonía confirmada por radiografía fue de 1968/100 000 y 551/100 000, respectivamente. Conclusión: la incidencia de enfermedad neumocócica invasora y neumonía en niños de San José es considerable. Estos datos epidemiológicos sirven como línea de base para evaluar la efectividad de nuevas vacunas antineumocócicas conjugadas.Background and aim: Streptococcus pneumoniae is globally the leading cause of vaccine-preventable death in children below 5 years of age. Methods: Between 2007 and 2009, a prospective, population-based surveillance was conducted in children aged 28 days to 36 months in San José, Costa Rica. Incidence of invasive pneumococcal disease as well as clinically- and chest X ray-confirmed pneumonia were determined, as well as serotype distribution and antibiotic susceptibility. Results: 8801 subjects were enrolled (median age: 14.5 months). Invasive pneumococcal disease was detected in 25 children by isolation from cultures (22)or by PCR and a clinical picture consistent with invasive pneumococcal disease (3). For culture-positive only cases in children aged 28 days to