1. Estimating spatial-temporal differences in Chinook salmon outmigration survival with habitat- and predation-related covariates
- Author
-
Henderson, Mark J., Iglesias, Ilysa S., Michel, Cyril J., Ammann, Arnold J., and Huff, David D.
- Subjects
Fishes -- Analysis -- Models ,Salmon -- Analysis -- Models ,Predation (Biology) -- Analysis -- Models ,Earth sciences - Abstract
Low survival rates of Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) smolts in California's Central Valley have been attributed to multiple biological and physical factors, but it is not clear which factors have the largest impact. We used 5 years of acoustic telemetry data for 1709 late-fall Chinook salmon smolts to evaluate the effect of habitat- and predation- related covariates on outmigration survival through the Sacramento River. Using a Cormack-Jolly-Seber mark-recapture model, we estimated survival rates both as a function of covariates (covariate model) and as a function of river location and release year (spatial-temporal model). Our covariate model was overwhelmingly supported as the preferred model based on model selection criteria, suggesting the covariates adequately replicated spatial and temporal patterns in smolt survival. The covariates in the selected model included individual fish covariates, habitat-specific covariates, and temporally variable physical conditions. The most important covariate affecting salmon survival was flow. We describe the importance of these parameters in the context of juvenile salmon predation risk and suggest that additional research on predator distribution and density could improve model estimates. Si les faibles taux de survie des saumoneaux de saumon chinook (Oncorhynchus tshawytscha) dans la vallee centrale de la Californie ont ete attribues a differents facteurs biologiques et physiologiques, l'identite des facteurs exerqant la plus grande influence demeure incertaine. Nous avons utilise 5 annees de donnees de telemetrie acoustique pour 1709 saumoneaux de saumon chinook de la fin de l'automne pour evaluer l'effet de covariables associees a l'habitat et a la predation sur la survie durant la devalaison dans le fleuve Sacramento. En utilisant un modele de marquage-recapture de Cormack-Jolly-Seber, nous avons estime les taux de survie en fonction de covariables (modele des covariables) et en fonction de l'emplacement dans le fleuve et de l'annee du lacher (modele spatiotemporel). Le modele de covariables s'est avere, de loin, le modele a privilegier sur la base de criteres de selection de modeles, ce qui donne a penser que les covariables reproduisent adequatement les motifs spatiaux et temporels de survie des saumoneaux. Les covariables dans le modele selectionne comprennent des covariables associees aux poissons individuels, des covariables propres a l'habitat et des conditions physiques variables dans le temps. La covariable ayant la plus importante influence sur la survie des saumons est le debit. Nous decrivons l'importance de ces parametres dans le contexte du risque de predation de saumons juveniles et suggerons que d'autres travaux sur la repartition et la densite des predateurs pourraient ameliorer les estimations decoulant du modele. [Traduit par la Redaction], Introduction Salmon smoltification and outmigration from freshwater rearing habitats is a time of increased mortality as fish undergo physiological changes and encounter new stressors (Connor et al. 2003; Welch et [...]
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF