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Por possuírem ciclos de vida curtos, os macroinvertebrados aquáticos podem responder rapidamente às modificações ambientais, alterando a estrutura das suas populações e comunidades. O objetivo deste estudo foi determinar se há relação entre a composição de macroinvertebrados aquáticos associados a bancos de Eichhornia crassipes o gradiente de condutividade elétrica da água e a biomassa das raízes destes bancos. No pico da cheia de 2005, 21 bancos de macrófitas aquáticas flutuantes dominados por E. crassipes foram amostrados no rio Negro (baixa condutividade < 30 µS cm-1), na confluência entre os rios Negro e Solimões (média condutividade > 30 µS cm-1 e < 50 µS cm-1), e no rio Solimões (alta condutividade > 50 µS cm-1). Foram encontrados 1707 macroinvertebrados aquáticos, distribuídos em 14 ordens e 35 famílias. A abundância de invertebrados aquáticos foi maior em bancos na confluência das águas. O aumento da biomassa das raízes de E. crassipes levou a um aumento da abundância e da riqueza de famílias de macroinvertebrados. A abundância dos coletores-catadores, coletores-filtradores e raspadores variou com o tipo de água, e apenas a abundância dos coletores-catadores e coletores-filtradores variou em função da biomassa das raízes. A riqueza de famílias dos raspadores variou em função do tipo de água. A organização da comunidade depende do gradiente de biomassa de raízes, indicando a importância da estrutura do hábitat para o estabelecimento dos macroinvertebrados.Owing to their short life cycles aquatic macroinvertebrates may quickly respond to environmental modifications by changing the structure of their populations and communities. The aim of this study was to determine the relationship between the composition of aquatic macroinvertebrates associated with Eichhornia crassipes stands, the gradient of water conductivity and biomass of the roots of these stands. At the peak of the floods of 2005, 21 banks of floating aquatic macrophytes dominated by E. crassipes were sampled in the Solimões River (high conductivity > 50 µS cm-1), the confluence of these the rivers Solimões and Negro (medium conductivity > 30 µS cm-1 and < 50 µS cm-1) and Negro River (low conductivity < 30 µS cm-1). A total of 1707 aquatic macroinvertebrates were found, divided into 14 orders and 35 families. The abundance of aquatic invertebrates was higher in stands in the rivers confluence. The increased biomass of roots of E. crassipes led to an increase of abundance and richness of families of macroinvertebrates. The abundance of collector-gatherers, filter feeders and collector-scrapers varied with the type of water; only the abundance of collector-gatherers and collector-filter-varied with the root biomass. The abundance of collector-gatherers, filter feeders and collector-scrapers varied with the type of water, and only the richness of collectors and filter feeders varied with the root biomass. The family richness of collector-scrapers varied with the type of water. The organization of the community depends on the gradient of root biomass, showing that habitat structure is an important factor for the establishment of macroinvertebrates.