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Two members of the family Betaflexiviridae associated with yam (Dioscorea spp.) have been described so far: yam latent virus (YLV) and yam virus Y (YVY). However, their geographical distribution and molecular diversity remain poorly documented. Using a nested RT-PCR assay, we detected YVY in D. alata, D. bulbifera, D. cayenensis, D. rotundata, and D. trifida in Guadeloupe, and in D. rotundata in Côte d'Ivoire, thus extending the known host range of this virus and geographical distribution. Using amplicon sequencing, we determined that the molecular diversity of YVY in the yam samples analyzed in this work ranged between 0.0 and 29.1% and that this diversity is partially geographically structured. We also identified three isolates of banana mild mosaic virus (BanMMV) infecting D. alata in Guadeloupe, providing the first evidence for BanMMV infection in yam.

[ES] La metilación del nitrógeno en posición 6 de la adenosina (m6A) es la modificación interna más abundante de mRNAs en eucariotas. Las proteínas conocidas como m6A writers y erasers (escritoras y borradoras) definen el estado de metilación de un mRNA, mientras que las m6A readers (lectoras) reconocen este nucleótido modificado y controlan el destino de los mRNAs metilados. Aunque el estudio de la modificación del ARNm está todavía en sus inicios, el intenso interés que despierta su participación en importantes procesos biológicos, así como en patologías como el cáncer, ha llevado a rápidos avances en la comprensión de cómo las modificaciones del ARNm controlan la expresión génica en los sistemas de mamíferos. En mamíferos, las erasers pertenecen a la familia de proteínas AlkB (oxigenasas dependientes de 2-oxoglutarato y Fe (II) ), que en Escherichia coli se ha demostrado que protege los ácidos nucleicos contra el daño por metilación, mientras que las readers son proteínas de unión al RNA que contienen un dominio llamado YT521-B homolog (YTH). Tal y como ocurre en animales, recientemente se ha demostrado que la modificación m6A de los mRNAs en plantas es esencial para su desarrollo, así como en la respuesta a estreses abióticos y bióticos. Algunos virus de plantas, principalmente los pertenecientes a las familias Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contienen un dominio AlkB en la secuencia de sus correspondientes replicasas. Su función en el ciclo de infección de estos virus es todavía desconocida pero su conservación en los virus que usualmente infectan huéspedes leñosos hace sugerir un papel relevante en las interacciones virus- huésped. En este trabajo se tratará de identificar este dominio en los virus caracterizados molecularmente en los últimos años y establecer una posible correlación entre su presencia y su tropismo de huésped. Por otra parte, se estudiarán las relaciones filogenéticas de los distintos géneros de virus que presentan di, [EN] Methylation of the nitrogen at position 6 of adenosine (m6A) is the most abundant internal modification of mRNAs in eukaryotes. Proteins known as m6A writers and erasers define the methylation state of an mRNA, while m6A readers recognise this modified nucleotide and control the fate of methylated mRNAs. Although the field of mRNA modification is young, the intense interest in its involvement in important biological processes, as well as in pathologies such as cancer, has led to rapid advances in the understanding how mRNA modifications control gene expression in mammalian systems. In mammals, erasers belong to the AlkB (2-oxoglutarate and Fe (II)-dependent oxygenase) family of proteins, which in Escherichia coli protects nucleic acids against methylation damage, while readers are RNA-binding proteins containing a domain called YT521-B homolog (YTH). As in animals, it has recently been shown that m6A modification of mRNAs in plants is essential for their development as well as in the response to abiotic and biotic stresses. Some plant viruses, mainly those belonging to the families Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contain an AlkB domain in the sequence of their corresponding replicases. Their function in the infection cycle of these viruses is still unknown, but their conservation in viruses that usually infect woody hosts suggests a relevant role in virus-host interactions. In this work, we will try to identify this domain in viruses molecularly characterised in recent years and to establish a possible correlation between its presence and host tropism. On the other hand, the phylogenetic relationships of the different virus genera that present this domain will be studied and compared with the more classical ones based on the phylogenetic relationships of the coat protein.

[ES] La metilación del nitrógeno en posición 6 de la adenosina (m6A) es la modificación interna más abundante de mRNAs en eucariotas. Las proteínas conocidas como m6A writers y erasers (escritoras y borradoras) definen el estado de metilación de un mRNA, mientras que las m6A readers (lectoras) reconocen este nucleótido modificado y controlan el destino de los mRNAs metilados. Aunque el estudio de la modificación del ARNm está todavía en sus inicios, el intenso interés que despierta su participación en importantes procesos biológicos, así como en patologías como el cáncer, ha llevado a rápidos avances en la comprensión de cómo las modificaciones del ARNm controlan la expresión génica en los sistemas de mamíferos. En mamíferos, las erasers pertenecen a la familia de proteínas AlkB (oxigenasas dependientes de 2-oxoglutarato y Fe (II) ), que en Escherichia coli se ha demostrado que protege los ácidos nucleicos contra el daño por metilación, mientras que las readers son proteínas de unión al RNA que contienen un dominio llamado YT521-B homolog (YTH). Tal y como ocurre en animales, recientemente se ha demostrado que la modificación m6A de los mRNAs en plantas es esencial para su desarrollo, así como en la respuesta a estreses abióticos y bióticos. Algunos virus de plantas, principalmente los pertenecientes a las familias Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contienen un dominio AlkB en la secuencia de sus correspondientes replicasas. Su función en el ciclo de infección de estos virus es todavía desconocida pero su conservación en los virus que usualmente infectan huéspedes leñosos hace sugerir un papel relevante en las interacciones virus- huésped. En este trabajo se tratará de identificar este dominio en los virus caracterizados molecularmente en los últimos años y establecer una posible correlación entre su presencia y su tropismo de huésped. Por otra parte, se estudiarán las relaciones filogenéticas de los distintos géneros de virus que presentan di, [EN] Methylation of the nitrogen at position 6 of adenosine (m6A) is the most abundant internal modification of mRNAs in eukaryotes. Proteins known as m6A writers and erasers define the methylation state of an mRNA, while m6A readers recognise this modified nucleotide and control the fate of methylated mRNAs. Although the field of mRNA modification is young, the intense interest in its involvement in important biological processes, as well as in pathologies such as cancer, has led to rapid advances in the understanding how mRNA modifications control gene expression in mammalian systems. In mammals, erasers belong to the AlkB (2-oxoglutarate and Fe (II)-dependent oxygenase) family of proteins, which in Escherichia coli protects nucleic acids against methylation damage, while readers are RNA-binding proteins containing a domain called YT521-B homolog (YTH). As in animals, it has recently been shown that m6A modification of mRNAs in plants is essential for their development as well as in the response to abiotic and biotic stresses. Some plant viruses, mainly those belonging to the families Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contain an AlkB domain in the sequence of their corresponding replicases. Their function in the infection cycle of these viruses is still unknown, but their conservation in viruses that usually infect woody hosts suggests a relevant role in virus-host interactions. In this work, we will try to identify this domain in viruses molecularly characterised in recent years and to establish a possible correlation between its presence and host tropism. On the other hand, the phylogenetic relationships of the different virus genera that present this domain will be studied and compared with the more classical ones based on the phylogenetic relationships of the coat protein.

[ES] La metilación del nitrógeno en posición 6 de la adenosina (m6A) es la modificación interna más abundante de mRNAs en eucariotas. Las proteínas conocidas como m6A writers y erasers (escritoras y borradoras) definen el estado de metilación de un mRNA, mientras que las m6A readers (lectoras) reconocen este nucleótido modificado y controlan el destino de los mRNAs metilados. Aunque el estudio de la modificación del ARNm está todavía en sus inicios, el intenso interés que despierta su participación en importantes procesos biológicos, así como en patologías como el cáncer, ha llevado a rápidos avances en la comprensión de cómo las modificaciones del ARNm controlan la expresión génica en los sistemas de mamíferos. En mamíferos, las erasers pertenecen a la familia de proteínas AlkB (oxigenasas dependientes de 2-oxoglutarato y Fe (II) ), que en Escherichia coli se ha demostrado que protege los ácidos nucleicos contra el daño por metilación, mientras que las readers son proteínas de unión al RNA que contienen un dominio llamado YT521-B homolog (YTH). Tal y como ocurre en animales, recientemente se ha demostrado que la modificación m6A de los mRNAs en plantas es esencial para su desarrollo, así como en la respuesta a estreses abióticos y bióticos. Algunos virus de plantas, principalmente los pertenecientes a las familias Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contienen un dominio AlkB en la secuencia de sus correspondientes replicasas. Su función en el ciclo de infección de estos virus es todavía desconocida pero su conservación en los virus que usualmente infectan huéspedes leñosos hace sugerir un papel relevante en las interacciones virus- huésped. En este trabajo se tratará de identificar este dominio en los virus caracterizados molecularmente en los últimos años y establecer una posible correlación entre su presencia y su tropismo de huésped. Por otra parte, se estudiarán las relaciones filogenéticas de los distintos géneros de virus que presentan di, [EN] Methylation of the nitrogen at position 6 of adenosine (m6A) is the most abundant internal modification of mRNAs in eukaryotes. Proteins known as m6A writers and erasers define the methylation state of an mRNA, while m6A readers recognise this modified nucleotide and control the fate of methylated mRNAs. Although the field of mRNA modification is young, the intense interest in its involvement in important biological processes, as well as in pathologies such as cancer, has led to rapid advances in the understanding how mRNA modifications control gene expression in mammalian systems. In mammals, erasers belong to the AlkB (2-oxoglutarate and Fe (II)-dependent oxygenase) family of proteins, which in Escherichia coli protects nucleic acids against methylation damage, while readers are RNA-binding proteins containing a domain called YT521-B homolog (YTH). As in animals, it has recently been shown that m6A modification of mRNAs in plants is essential for their development as well as in the response to abiotic and biotic stresses. Some plant viruses, mainly those belonging to the families Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contain an AlkB domain in the sequence of their corresponding replicases. Their function in the infection cycle of these viruses is still unknown, but their conservation in viruses that usually infect woody hosts suggests a relevant role in virus-host interactions. In this work, we will try to identify this domain in viruses molecularly characterised in recent years and to establish a possible correlation between its presence and host tropism. On the other hand, the phylogenetic relationships of the different virus genera that present this domain will be studied and compared with the more classical ones based on the phylogenetic relationships of the coat protein.

[ES] La metilación del nitrógeno en posición 6 de la adenosina (m6A) es la modificación interna más abundante de mRNAs en eucariotas. Las proteínas conocidas como m6A writers y erasers (escritoras y borradoras) definen el estado de metilación de un mRNA, mientras que las m6A readers (lectoras) reconocen este nucleótido modificado y controlan el destino de los mRNAs metilados. Aunque el estudio de la modificación del ARNm está todavía en sus inicios, el intenso interés que despierta su participación en importantes procesos biológicos, así como en patologías como el cáncer, ha llevado a rápidos avances en la comprensión de cómo las modificaciones del ARNm controlan la expresión génica en los sistemas de mamíferos. En mamíferos, las erasers pertenecen a la familia de proteínas AlkB (oxigenasas dependientes de 2-oxoglutarato y Fe (II) ), que en Escherichia coli se ha demostrado que protege los ácidos nucleicos contra el daño por metilación, mientras que las readers son proteínas de unión al RNA que contienen un dominio llamado YT521-B homolog (YTH). Tal y como ocurre en animales, recientemente se ha demostrado que la modificación m6A de los mRNAs en plantas es esencial para su desarrollo, así como en la respuesta a estreses abióticos y bióticos. Algunos virus de plantas, principalmente los pertenecientes a las familias Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contienen un dominio AlkB en la secuencia de sus correspondientes replicasas. Su función en el ciclo de infección de estos virus es todavía desconocida pero su conservación en los virus que usualmente infectan huéspedes leñosos hace sugerir un papel relevante en las interacciones virus- huésped. En este trabajo se tratará de identificar este dominio en los virus caracterizados molecularmente en los últimos años y establecer una posible correlación entre su presencia y su tropismo de huésped. Por otra parte, se estudiarán las relaciones filogenéticas de los distintos géneros de virus que presentan di, [EN] Methylation of the nitrogen at position 6 of adenosine (m6A) is the most abundant internal modification of mRNAs in eukaryotes. Proteins known as m6A writers and erasers define the methylation state of an mRNA, while m6A readers recognise this modified nucleotide and control the fate of methylated mRNAs. Although the field of mRNA modification is young, the intense interest in its involvement in important biological processes, as well as in pathologies such as cancer, has led to rapid advances in the understanding how mRNA modifications control gene expression in mammalian systems. In mammals, erasers belong to the AlkB (2-oxoglutarate and Fe (II)-dependent oxygenase) family of proteins, which in Escherichia coli protects nucleic acids against methylation damage, while readers are RNA-binding proteins containing a domain called YT521-B homolog (YTH). As in animals, it has recently been shown that m6A modification of mRNAs in plants is essential for their development as well as in the response to abiotic and biotic stresses. Some plant viruses, mainly those belonging to the families Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae and Closteroviridae, contain an AlkB domain in the sequence of their corresponding replicases. Their function in the infection cycle of these viruses is still unknown, but their conservation in viruses that usually infect woody hosts suggests a relevant role in virus-host interactions. In this work, we will try to identify this domain in viruses molecularly characterised in recent years and to establish a possible correlation between its presence and host tropism. On the other hand, the phylogenetic relationships of the different virus genera that present this domain will be studied and compared with the more classical ones based on the phylogenetic relationships of the coat protein.

Yellow mosaic disease in winter wheat is usually attributed to the infection by bymoviruses or furoviruses; however, there is still limited information on whether other viral agents are also associated with this disease. To investigate the wheat viromes associated with yellow mosaic disease, we carried out de novo RNA sequencing (RNA-seq) analyses of symptomatic and asymptomatic wheat-leaf samples obtained from a field in Hokkaido, Japan, in 2018 and 2019. The analyses revealed the infection by a novel betaflexivirus, which tentatively named wheat virus Q (WVQ), together with wheat yellow mosaic virus (WYMV, a bymovirus) and northern cereal mosaic virus (a cytorhabdovirus). Basic local alignment search tool (BLAST) analyses showed that the WVQ strains (of which there are at least three) were related to the members of the genus Foveavirus in the subfamily Quinvirinae (family Betaflexiviridae). In the phylogenetic tree, they form a clade distant from that of the foveaviruses, suggesting that WVQ is a member of a novel genus in the Quinvirinae. Laboratory tests confirmed that WVQ, like WYMV, is potentially transmitted through the soil to wheat plants. WVQ was also found to infect rye plants grown in the same field. Moreover, WVQ-derived small interfering RNAs accumulated in the infected wheat plants, indicating that WVQ infection induces antiviral RNA silencing responses. Given its common coexistence with WYMV, the impact of WVQ infection on yellow mosaic disease in the field warrants detailed investigation.

To date, several viruses of different genera have been reported to infect yam (Dioscorea spp.). The full diversity of viruses infecting yam, however, remains to be explored. High-throughput sequencing (HTS) methods are increasingly being used in the discovery of new plant viral genomes. In this study, we employed HTS on yam to determine whether any undiscovered viruses were present that would restrict the international distribution of yam germplasm. We discovered a new virus sequence present in 31 yam samples tested and have tentatively named this virus “yam virus Y” (YVY). Twenty-three of the samples in which YVY was detected showed mosaic and chlorotic leaf symptoms, but Yam mosaic virus was also detected in these samples. Complete genome sequences of two YVY viral isolates were assembled and found to contain five open reading frames (ORFs). ORF1 encodes a large replication-associated protein, ORF2, ORF3 and ORF4 constitute the putative triple gene block proteins, and ORF5 encodes a putative coat protein. Considering the species demarcation criteria of the family Betaflexiviridae, YVY should be considered as a novel virus species in the family Betaflexiviridae. Further work is needed to understand the association of this new virus with any symptoms and yield loss and its implication on virus-free seed yam production.