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El canvi climàtic afectarà diferents elements de la vida de les persones en el nostre planeta. Entre ells, un dels més importants es relaciona amb l’alimentació humana i, més concretament, amb la seguretat dels aliments que consumirem. La temperatura és determinant en el creixement dels microorganismes. D’aquesta manera, com més alta és la temperatura més de pressa creixen els microorganismes, i es troba una relació directa entre el nombre de microorganismes i la presència de patògens entèrics. En aquest sentit, s’espera un augment significatiu de brots de malalties de transmissió alimentària per salmonel·la, però també es produirà un augment de les malalties parasitàries i alguns virus, especialment els enterovirus. Això requerirà un esforç en el control de les condicions que permetin l’arribada d’aquests patògens als aliments, assegurar unes temperatures adequades de manteniment dels aliments i de cuina i una gestió adequada de les mesures d’higiene en la manipulació i el processament dels aliments., Climate change will be affecting different aspects of people’s lives on our planet. One of the most important of these aspects involves human nutrition and, more specifically, the safety of the food that we consume. Temperature, in particular, is decisive for the growth of microorganisms. At higher temperatures, microorganisms grow faster, and there is a direct relationship between the number of microorganisms and the presence of enteric pathogens. In this respect, a significant rise is expected in outbreaks of foodborne diseases due to Salmonella, but there will also be an increase in parasitic diseases and in some viruses, especially enteroviruses. This will require a major effort to control the conditions that allow these pathogens to reach food, ensuring suitable temperatures for food maintenance and cooking, and appropriate management of hygiene measures in food handling and processing.

Shiga toxigenic E. coli (STEC) are an important cause of foodborne disease globally with many outbreaks linked to the consumption of contaminated foods such as leafy greens. Existing methods for STEC detection and isolation are time-consuming. Rapid methods may assist in preventing contaminated products from reaching consumers. This proof-of-concept study aimed to determine if a metabolomics approach could be used to detect STEC contamination in spinach. Using untargeted metabolic profiling, the bacterial pellets and supernatants arising from bacterial and inoculated spinach enrichments were investigated for the presence of unique metabolites that enabled categorization of three E. coli risk groups. A total of 109 and 471 metabolite features were identified in bacterial and inoculated spinach enrichments, respectively. Supervised OPLS-DA analysis demonstrated clear discrimination between bacterial enrichments containing different risk groups. Further analysis of the spinach enrichments determined that pathogen risk groups 1 and 2 could be easily discriminated from the other groups, though some clustering of risk groups 1 and 2 was observed, likely representing their genomic similarity. Biomarker discovery identified metabolites that were significantly associated with risk groups and may be appropriate targets for potential biosensor development. This study has confirmed that metabolomics can be used to identify the presence of pathogenic E. coli likely to be implicated in human disease.

La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. L’industrie de transformation des aliments est très florissante. La recherche de nouveaux produits est en constante évolution, parfois dans le but d'augmenter la diversité de la gamme offerte, de satisfaire un besoin des consommateurs, de réduire la quantité des ingrédients utilisés ou simplement de minimiser le coût des aliments. Dû au changement du rythme de vie dans la société Nord-Américaine et Européenne, plusieurs nouveaux produits tels que les aliments prêts-à-manger et prêts-à-cuire sont de plus en plus présents sur les rayons de l’épicerie. Cependant, ces produits ont une durée de conservation très courte et peuvent facilement être contaminés, principalement à cause des différentes étapes de transformation. De plus, avec la mondialisation de l'industrie alimentaire, les distances parcourues par ces produits sont augmentées, ce qui augmente les risques de contamination et de dégradation. De ce fait, les antimicrobiens d’origine naturelle peuvent être une solution. Ils sont efficaces et ont une bonne réputation chez les consommateurs. En revanche, plusieurs défis gouvernent leur utilisation; d’une part, leur arôme fort et d’autre part, leur sensibilité et instabilité au cours du temps. Dans ce contexte, le premier but de ce projet est de développer des formulations antimicrobiennes à base d’un mélange de différents antimicrobiens naturels. De cette façon, nous pouvons créer une synergie entre les antimicrobiens et nous pouvons également réduire la dose nécessaire de chacun d’entre eux. Le deuxième but de ce projet est de développer des formes d’encapsulation permettant une utilisation adéquate des antimicrobiens naturels afin d'améliorer leur stabilité pour une application alimentaire (carottes précoupées et pain). Afin d’atte

Juniperus communis and Satureja montana essential oils (EOs) were chemically characterized and their activity against Listeria monocytogenes was evaluated. Antilisterial effect was determined in vitro and in situ, in red winemarinated beef, where the effect against common meat contaminants (aerobic heterotrophic mesophyll bacteria, Enterobacteriaceae and lactic acid bacteria) was also monitored. Microdilution assay on L. monocytogenes (strain ATCC19111 and three primoisolates) showed that minimal inhibitory concentrations (MICs) varied in the range 0.5-1% for both EOs. Effect of EOs mixtures was monitored in checkerboard assay revealing that all types of interactions including synergism were obtained only for isolates. In vitro time kill assay confirmed the mode of interactions: synergism for isolate from beef carcass (LMB), and its absence for ATCC19111 strain. The analysis of concentration dependent growth rates showed that estimated curve MIC values were notably lower than in microdilution assay (0.03-0.14%). In situ time kill assay against inoculated L. monocytogenes (ATCC19111 and LMB strains) and pre-existing meat spoiling contaminants was performed on marinated beef using EOs concentrations that were confirmed to be sensory acceptable. Basic red wine marinades and the ones containing each EO or their combination remarkably decreased the counts of all monitored groups comparing to saline control. The most pronounced effect was obtained with the marinade containing EOs mixture. For all monitored bacteria, the bactericidal effect during marination was followed by bacteriostatic effect during subsequent meat storage. Our results demonstrate for the first time the in situ efficacy of J. communis EO against meat contaminants and provide additional data on the preservation potential of S. montana EO.

Tato diplomová práce je zaměřena na metodu FISH a její využití při detekci potravinářských patogenů. V první části se pojednává o základních modifikacích této metody a dále pak o konkrétních postupech využitých při detekci patogenů. Experimentální část poté popisuje zavedení FISH pro detekci Listeria monocytogenes a Salmonella spp.., This thesis is focused on the FISH method and its using for the detection of food pathogens. The first part deals with the basic modifications of this method and with the specific procedures used in detection of pathogens. The experimental part describes the application of FISH for detection of Listeria monocytogenes and Salmonella spp.., Fakulta chemicko-technologická, Studentka seznámila členy zkušební komise s obsahem své diplomové práce, poté byla seznámena s posudky vedoucího a oponenta diplomové práce. Studentka odpověděla na otázky oponenta diplomové práce a členů zkušební komise., Dokončená práce s úspěšnou obhajobou

Jadhav, S. R., Shah, R. M., Karpe, A. V., Barlow, R. S., McMillan, K. E., Colgrave, M. L., & Beale, D. J. (2021). Utilizing the food–pathogen metabolome to putatively identify biomarkers for the detection of shiga toxin-producing e. coli (STEC) from spinach. Metabolites, 11(2), article 67. https://doi.org/10.3390/metabo11020067