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Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2022 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 358 anguilles ont été prélevées de Mai à Décembre 2022 dans la Loire (86 dont 49 en Loire et 37 dans un affluent l’Erdre), l’Adour (100 individus) et la Garonne (172 dont 152 dans la Garonne fluviale et 20 dans l’estuaire de la Gironde). La relation entre la longueur totale (Lt, mm) et le poids total (W, g) des anguilles prélevées en 2022 dans toute la France est du type W = 6.10-7Lt3,176. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie isométrique (b=3,176) c’est-à-dire que le poids croit aussi vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-Mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne du poisson, permettant d’estimer leur âge. Pour chaque otolithe, un polissage mince sur le plan sagittal a été réalisé afin de permettre l’estimation de l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel libre Icy. Tous les otolithes et ainsi que les données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2022 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 358 anguilles ont été prélevées de Mai à Décembre 2022 dans la Loire (86 dont 49 en Loire et 37 dans un affluent l’Erdre), l’Adour (100 individus) et la Garonne (172 dont 152 dans la Garonne fluviale et 20 dans l’estuaire de la Gironde). La relation entre la longueur totale (Lt, mm) et le poids total (W, g) des anguilles prélevées en 2022 dans toute la France est du type W = 6.10-7Lt3,176. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie isométrique (b=3,176) c’est-à-dire que le poids croit aussi vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-Mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne du poisson, permettant d’estimer leur âge. Pour chaque otolithe, un polissage mince sur le plan sagittal a été réalisé afin de permettre l’estimation de l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel libre Icy. Tous les otolithes et ainsi que les données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2021 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 578 anguilles ont été prélevées de Juin à Octobre 2021 dans la Loire (303 individus), l’Adour (100 individus), la Dordogne (49 individus) et la Garonne (126 individus). La relation entre la longueur totale (Lt, mm) et le poids total (W, g) des anguilles prélevées en 2021 dans toute la France est du type W = 4.10-7Lt3,232. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie isométrique (b=3,232) c’est-à-dire que le poids croit aussi vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-Mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne du poisson, permettant d’estimer leur âge. Pour chaque otolithe, un polissage mince sur le plan sagittal a été réalisé afin de permettre l’estimation de l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel libre Icy. Tous les otolithes et ainsi que les données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2021 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 578 anguilles ont été prélevées de Juin à Octobre 2021 dans la Loire (303 individus), l’Adour (100 individus), la Dordogne (49 individus) et la Garonne (126 individus). La relation entre la longueur totale (Lt, mm) et le poids total (W, g) des anguilles prélevées en 2021 dans toute la France est du type W = 4.10-7Lt3,232. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie isométrique (b=3,232) c’est-à-dire que le poids croit aussi vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-Mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne du poisson, permettant d’estimer leur âge. Pour chaque otolithe, un polissage mince sur le plan sagittal a été réalisé afin de permettre l’estimation de l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel libre Icy. Tous les otolithes et ainsi que les données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Le merlan (merlangius merlangus) est une espèce commerciale importante suivie au niveau européen. La pièce calcifiée utilisée pour l’estimation de l’âge du merlan est l'otolithe. Parmi les 3 paires d'otolithes, ce sont toujours les plus gros, les sagittae qui sont utilisés. Ils conservent la séquence complète des marques de croissance enregistrées (Panfili et al., 2002). Pour observer au mieux ces structures, la technique de coupe transversale a été retenue comme la plus précise (ICES WKARWHG2 REPORT 2016). Les images obtenues sont soumises à l’interprétation par les experts européens. Ce rapport propose de décrire précisément les structures observables sur les images obtenues par la technique de coupe transversale. La variabilité des structures est présentée en fonction du groupe d’âge, du trimestre et de la zone géographique. Pour chaque échantillon, une coupe d'otolithe est réalisée. Cette coupe est ensuite observée sous loupe binoculaire en lumière transmise et/ou réfléchie pour une interprétation. Ce rapport se termine en concluant sur les outils disponibles d’aide à la décision pour estimer l’âge. En effet, une aide à l’interprétation des otolithes difficiles est possible, notamment en utilisant des mesures le long de la radiale. Des exemples de mesures sur des otolithes jugés difficiles sont aussi présentés.

Le merlan (merlangius merlangus) est une espèce commerciale importante suivie au niveau européen. La pièce calcifiée utilisée pour l’estimation de l’âge du merlan est l'otolithe. Parmi les 3 paires d'otolithes, ce sont toujours les plus gros, les sagittae qui sont utilisés. Ils conservent la séquence complète des marques de croissance enregistrées (Panfili et al., 2002). Pour observer au mieux ces structures, la technique de coupe transversale a été retenue comme la plus précise (ICES WKARWHG2 REPORT 2016). Les images obtenues sont soumises à l’interprétation par les experts européens. Ce rapport propose de décrire précisément les structures observables sur les images obtenues par la technique de coupe transversale. La variabilité des structures est présentée en fonction du groupe d’âge, du trimestre et de la zone géographique. Pour chaque échantillon, une coupe d'otolithe est réalisée. Cette coupe est ensuite observée sous loupe binoculaire en lumière transmise et/ou réfléchie pour une interprétation. Ce rapport se termine en concluant sur les outils disponibles d’aide à la décision pour estimer l’âge. En effet, une aide à l’interprétation des otolithes difficiles est possible, notamment en utilisant des mesures le long de la radiale. Des exemples de mesures sur des otolithes jugés difficiles sont aussi présentés.

Le merlan (merlangius merlangus) est une espèce commerciale importante suivie au niveau européen. La pièce calcifiée utilisée pour l’estimation de l’âge du merlan est l'otolithe. Parmi les 3 paires d'otolithes, ce sont toujours les plus gros, les sagittae qui sont utilisés. Ils conservent la séquence complète des marques de croissance enregistrées (Panfili et al., 2002). Pour observer au mieux ces structures, la technique de coupe transversale a été retenue comme la plus précise (ICES WKARWHG2 REPORT 2016). Les images obtenues sont soumises à l’interprétation par les experts européens. Ce rapport propose de décrire précisément les structures observables sur les images obtenues par la technique de coupe transversale. La variabilité des structures est présentée en fonction du groupe d’âge, du trimestre et de la zone géographique. Pour chaque échantillon, une coupe d'otolithe est réalisée. Cette coupe est ensuite observée sous loupe binoculaire en lumière transmise et/ou réfléchie pour une interprétation. Ce rapport se termine en concluant sur les outils disponibles d’aide à la décision pour estimer l’âge. En effet, une aide à l’interprétation des otolithes difficiles est possible, notamment en utilisant des mesures le long de la radiale. Des exemples de mesures sur des otolithes jugés difficiles sont aussi présentés.

The assessment and management of fish populations is based on the use of management units called fish stocks. The shape of otoliths, calcified structures of the fish's inner ear, can be used to discriminate these stocks. First, this thesis focuses on the study of the spatio-temporal variability of the otolith’s shape for three fish species with different ecological characteristics (size, swimming speed, behaviour in the water column, etc.) and biogeographical environments. The results showed that there is a decreasing structural gradient across stock sizes from large pelagic species to more localised demersal species. This is linked to the fact that some demersal species such as the bogue (Boops boops) are constrained by the presence of geographical barriers and hydrological fronts, which is not the case for the analysed pelagic species (blue whiting, Micromesistius poutassou; swordfish, Xiphias gladius). Secondly, we tested the effects of potential confounding factors (e. g. bilateral directional asymmetry, DA) on the discriminating power of an otolith’s shape. We have shown that there is a DA for bogue, induced by the lateralisation process, which varies in amplitude and direction according to the geographical area. In the bogue, this DA impacts stock identification by otolith shape, which changes according to which otolith is used (i.e. right or left). Otolith shape is useful to discriminate among fish stocks because it reflects the specific environmental conditions that fish have experienced during their lifetime. Finally, in the third part of the thesis, we analyzed, under controlled conditions, the effects of temperature and the diet content of omega-3 polyunsaturated fatty acids (n-3 PUFAs) on otolith morphogenesis for seabass (Dicentrachus labrax). After emergence, two phases can be distinguished in the ontogenesis of otolith shape with an initial elongation that reflects slower growth of the dorso-ventral axis compared to the antero-posterior axis. This lea, L’évaluation et la gestion des populations de poissons se basent sur l'utilisation d’unités de gestion appelées « stocks halieutiques ». Pour discriminer ces stocks, la forme des otolithes, pièces calcifiées de l’oreille interne des poissons, peut être utilisée. Dans ce contexte, cette thèse s'est consacrée premièrement à l’étude de la variabilité spatio-temporelle de la forme des otolithes chez 3 espèces de poissons présentant des caractéristiques écologiques (taille, vitesse de nage, comportement dans la colonne d’eau, etc.) et des environnements biogéographiques différents. Les résultats montrent qu’il existe un gradient structurel décroissant de taille des stocks allant des espèces de grands pélagiques aux espèces démersales. Ceci est lié au fait que certaines espèces démersales comme la bogue (Boops boops) sont contraintes par la présence de barrières géographiques et de fronts hydrologiques ce qui n’est pas le cas chez les espèces pélagiques analysées (merlan bleu, Micromesistius poutassou ; Espadon, Xiphias gladius). Dans un deuxième temps, nous avons testé les effets de facteurs confondants potentiels (e.g. l’asymétrie bilatérale directionnelle, AD) sur le pouvoir discriminant de la forme des otolithes. Ainsi, nous avons montré qu'il existe chez la bogue une AD, induite par un processus de latéralisation et qui varie en amplitude et en direction selon la zone géographique étudiée. Chez la bogue, cette AD impacte les résultats d’identification des stocks par la forme qui changent en fonction de l'otolithe, droit ou gauche, utilisé. Si la forme de l’otolithe est utilisée pour discriminer les stocks halieutiques, c’est parce qu’elle reflète en particulier les conditions environnementales qu’a subi le poisson au cours de sa vie. Ainsi, dans la troisième partie de la thèse, nous avons analysé, en conditions contrôlées, les effets de la température et du taux d'acides gras polyinsaturés omega-3 (n-3 AGPI) contenus dans l’alimentation sur la morphogenèse des otolit

The assessment and management of fish populations is based on the use of management units called fish stocks. The shape of otoliths, calcified structures of the fish's inner ear, can be used to discriminate these stocks. First, this thesis focuses on the study of the spatio-temporal variability of the otolith’s shape for three fish species with different ecological characteristics (size, swimming speed, behaviour in the water column, etc.) and biogeographical environments. The results showed that there is a decreasing structural gradient across stock sizes from large pelagic species to more localised demersal species. This is linked to the fact that some demersal species such as the bogue (Boops boops) are constrained by the presence of geographical barriers and hydrological fronts, which is not the case for the analysed pelagic species (blue whiting, Micromesistius poutassou; swordfish, Xiphias gladius). Secondly, we tested the effects of potential confounding factors (e. g. bilateral directional asymmetry, DA) on the discriminating power of an otolith’s shape. We have shown that there is a DA for bogue, induced by the lateralisation process, which varies in amplitude and direction according to the geographical area. In the bogue, this DA impacts stock identification by otolith shape, which changes according to which otolith is used (i.e. right or left). Otolith shape is useful to discriminate among fish stocks because it reflects the specific environmental conditions that fish have experienced during their lifetime. Finally, in the third part of the thesis, we analyzed, under controlled conditions, the effects of temperature and the diet content of omega-3 polyunsaturated fatty acids (n-3 PUFAs) on otolith morphogenesis for seabass (Dicentrachus labrax). After emergence, two phases can be distinguished in the ontogenesis of otolith shape with an initial elongation that reflects slower growth of the dorso-ventral axis compared to the antero-posterior axis. This lea, L’évaluation et la gestion des populations de poissons se basent sur l'utilisation d’unités de gestion appelées « stocks halieutiques ». Pour discriminer ces stocks, la forme des otolithes, pièces calcifiées de l’oreille interne des poissons, peut être utilisée. Dans ce contexte, cette thèse s'est consacrée premièrement à l’étude de la variabilité spatio-temporelle de la forme des otolithes chez 3 espèces de poissons présentant des caractéristiques écologiques (taille, vitesse de nage, comportement dans la colonne d’eau, etc.) et des environnements biogéographiques différents. Les résultats montrent qu’il existe un gradient structurel décroissant de taille des stocks allant des espèces de grands pélagiques aux espèces démersales. Ceci est lié au fait que certaines espèces démersales comme la bogue (Boops boops) sont contraintes par la présence de barrières géographiques et de fronts hydrologiques ce qui n’est pas le cas chez les espèces pélagiques analysées (merlan bleu, Micromesistius poutassou ; Espadon, Xiphias gladius). Dans un deuxième temps, nous avons testé les effets de facteurs confondants potentiels (e.g. l’asymétrie bilatérale directionnelle, AD) sur le pouvoir discriminant de la forme des otolithes. Ainsi, nous avons montré qu'il existe chez la bogue une AD, induite par un processus de latéralisation et qui varie en amplitude et en direction selon la zone géographique étudiée. Chez la bogue, cette AD impacte les résultats d’identification des stocks par la forme qui changent en fonction de l'otolithe, droit ou gauche, utilisé. Si la forme de l’otolithe est utilisée pour discriminer les stocks halieutiques, c’est parce qu’elle reflète en particulier les conditions environnementales qu’a subi le poisson au cours de sa vie. Ainsi, dans la troisième partie de la thèse, nous avons analysé, en conditions contrôlées, les effets de la température et du taux d'acides gras polyinsaturés omega-3 (n-3 AGPI) contenus dans l’alimentation sur la morphogenèse des otolit

The assessment and management of fish populations is based on the use of management units called fish stocks. The shape of otoliths, calcified structures of the fish's inner ear, can be used to discriminate these stocks. First, this thesis focuses on the study of the spatio-temporal variability of the otolith’s shape for three fish species with different ecological characteristics (size, swimming speed, behaviour in the water column, etc.) and biogeographical environments. The results showed that there is a decreasing structural gradient across stock sizes from large pelagic species to more localised demersal species. This is linked to the fact that some demersal species such as the bogue (Boops boops) are constrained by the presence of geographical barriers and hydrological fronts, which is not the case for the analysed pelagic species (blue whiting, Micromesistius poutassou; swordfish, Xiphias gladius). Secondly, we tested the effects of potential confounding factors (e. g. bilateral directional asymmetry, DA) on the discriminating power of an otolith’s shape. We have shown that there is a DA for bogue, induced by the lateralisation process, which varies in amplitude and direction according to the geographical area. In the bogue, this DA impacts stock identification by otolith shape, which changes according to which otolith is used (i.e. right or left). Otolith shape is useful to discriminate among fish stocks because it reflects the specific environmental conditions that fish have experienced during their lifetime. Finally, in the third part of the thesis, we analyzed, under controlled conditions, the effects of temperature and the diet content of omega-3 polyunsaturated fatty acids (n-3 PUFAs) on otolith morphogenesis for seabass (Dicentrachus labrax). After emergence, two phases can be distinguished in the ontogenesis of otolith shape with an initial elongation that reflects slower growth of the dorso-ventral axis compared to the antero-posterior axis. This lea, L’évaluation et la gestion des populations de poissons se basent sur l'utilisation d’unités de gestion appelées « stocks halieutiques ». Pour discriminer ces stocks, la forme des otolithes, pièces calcifiées de l’oreille interne des poissons, peut être utilisée. Dans ce contexte, cette thèse s'est consacrée premièrement à l’étude de la variabilité spatio-temporelle de la forme des otolithes chez 3 espèces de poissons présentant des caractéristiques écologiques (taille, vitesse de nage, comportement dans la colonne d’eau, etc.) et des environnements biogéographiques différents. Les résultats montrent qu’il existe un gradient structurel décroissant de taille des stocks allant des espèces de grands pélagiques aux espèces démersales. Ceci est lié au fait que certaines espèces démersales comme la bogue (Boops boops) sont contraintes par la présence de barrières géographiques et de fronts hydrologiques ce qui n’est pas le cas chez les espèces pélagiques analysées (merlan bleu, Micromesistius poutassou ; Espadon, Xiphias gladius). Dans un deuxième temps, nous avons testé les effets de facteurs confondants potentiels (e.g. l’asymétrie bilatérale directionnelle, AD) sur le pouvoir discriminant de la forme des otolithes. Ainsi, nous avons montré qu'il existe chez la bogue une AD, induite par un processus de latéralisation et qui varie en amplitude et en direction selon la zone géographique étudiée. Chez la bogue, cette AD impacte les résultats d’identification des stocks par la forme qui changent en fonction de l'otolithe, droit ou gauche, utilisé. Si la forme de l’otolithe est utilisée pour discriminer les stocks halieutiques, c’est parce qu’elle reflète en particulier les conditions environnementales qu’a subi le poisson au cours de sa vie. Ainsi, dans la troisième partie de la thèse, nous avons analysé, en conditions contrôlées, les effets de la température et du taux d'acides gras polyinsaturés omega-3 (n-3 AGPI) contenus dans l’alimentation sur la morphogenèse des otolit

The assessment and management of fish populations is based on the use of management units called fish stocks. The shape of otoliths, calcified structures of the fish's inner ear, can be used to discriminate these stocks. First, this thesis focuses on the study of the spatio-temporal variability of the otolith’s shape for three fish species with different ecological characteristics (size, swimming speed, behaviour in the water column, etc.) and biogeographical environments. The results showed that there is a decreasing structural gradient across stock sizes from large pelagic species to more localised demersal species. This is linked to the fact that some demersal species such as the bogue (Boops boops) are constrained by the presence of geographical barriers and hydrological fronts, which is not the case for the analysed pelagic species (blue whiting, Micromesistius poutassou; swordfish, Xiphias gladius). Secondly, we tested the effects of potential confounding factors (e. g. bilateral directional asymmetry, DA) on the discriminating power of an otolith’s shape. We have shown that there is a DA for bogue, induced by the lateralisation process, which varies in amplitude and direction according to the geographical area. In the bogue, this DA impacts stock identification by otolith shape, which changes according to which otolith is used (i.e. right or left). Otolith shape is useful to discriminate among fish stocks because it reflects the specific environmental conditions that fish have experienced during their lifetime. Finally, in the third part of the thesis, we analyzed, under controlled conditions, the effects of temperature and the diet content of omega-3 polyunsaturated fatty acids (n-3 PUFAs) on otolith morphogenesis for seabass (Dicentrachus labrax). After emergence, two phases can be distinguished in the ontogenesis of otolith shape with an initial elongation that reflects slower growth of the dorso-ventral axis compared to the antero-posterior axis. This lea, L’évaluation et la gestion des populations de poissons se basent sur l'utilisation d’unités de gestion appelées « stocks halieutiques ». Pour discriminer ces stocks, la forme des otolithes, pièces calcifiées de l’oreille interne des poissons, peut être utilisée. Dans ce contexte, cette thèse s'est consacrée premièrement à l’étude de la variabilité spatio-temporelle de la forme des otolithes chez 3 espèces de poissons présentant des caractéristiques écologiques (taille, vitesse de nage, comportement dans la colonne d’eau, etc.) et des environnements biogéographiques différents. Les résultats montrent qu’il existe un gradient structurel décroissant de taille des stocks allant des espèces de grands pélagiques aux espèces démersales. Ceci est lié au fait que certaines espèces démersales comme la bogue (Boops boops) sont contraintes par la présence de barrières géographiques et de fronts hydrologiques ce qui n’est pas le cas chez les espèces pélagiques analysées (merlan bleu, Micromesistius poutassou ; Espadon, Xiphias gladius). Dans un deuxième temps, nous avons testé les effets de facteurs confondants potentiels (e.g. l’asymétrie bilatérale directionnelle, AD) sur le pouvoir discriminant de la forme des otolithes. Ainsi, nous avons montré qu'il existe chez la bogue une AD, induite par un processus de latéralisation et qui varie en amplitude et en direction selon la zone géographique étudiée. Chez la bogue, cette AD impacte les résultats d’identification des stocks par la forme qui changent en fonction de l'otolithe, droit ou gauche, utilisé. Si la forme de l’otolithe est utilisée pour discriminer les stocks halieutiques, c’est parce qu’elle reflète en particulier les conditions environnementales qu’a subi le poisson au cours de sa vie. Ainsi, dans la troisième partie de la thèse, nous avons analysé, en conditions contrôlées, les effets de la température et du taux d'acides gras polyinsaturés omega-3 (n-3 AGPI) contenus dans l’alimentation sur la morphogenèse des otolit

The impact of biotic factors such as density-dependent processes, recruitment, total mortality, and abiotic factors such as upwelling intensity, temperature and chlorophyll a concentration on the variation of growth parameters of pelagic and demersal fish were studied during the periods 1990 - 2008 (pelagic) and 1971 - 2015 (demersal). Life history parameters vary according to the species and from one region to another and over time within a given area because of their plasticity and the high fishing pressure. Interspecies and inter-regional comparison were carried out. Non-linear mixed effects models were used on different fish species of the Atlantic Ocean in order to estimate the growth parameters at the individual and population levels. Variations in growth parameters of selected species were correlated with biotic and abiotic factors. Selected species (Sardinella aurita, round sardinella, Xenomelaniris brasiliensis, tinicalo, Merlangus merlangus, whiting, Melanogrammus aeglefinus, haddock and Solea solea, sole) showed different responses to biotic and abiotic factors. Regardind the spatial component for whiting and haddock, the variation of growth parameters was affected by latitude and temperature. Concerning the temporal component, whiting was affected by temperature and density-dependent processes. There was also an interest to know if the morphometric variables and the diameter of the otolith of Atherinella brasilensis were good growth indicators. Among the morphometric parameters examined, the standard length-Age relationship showed the best fit (r2 = 0.90), followed by the otolith diameter (r2 = 0.85). Finally, the variation in individual growth whiting in terms of region and sex was also studied. Differences were found between sexes and regions., Les paramètres de croissance de poissons pélagiques et démersaux ont été étudiés durant la période de 1990 à 2015 dans le but d’examiner l’impact de facteurs biotiques comme la densité-dépendance, le recrutement, la mortalité totale et de facteurs abiotiques tels que l’intensité d’upwelling, la température et la concentration en chlorophylle a. Les paramètres d’histoire de vie des espèces peuvent varier selon les espèces, d’une région à l’autre, et dans le temps au sein d’une même région en raison de leur plasticité et de la pression de la pêche. Une comparaison inter-espèces et inter-régions a été réalisée. Le modèle non linéaire à effets mixtes a été utilisé pour différentes populations de l’Océan Atlantique afin d’établir les paramètres de croissance aux niveaux individuel et de la population. Les variations des paramètres de croissance d’une sélection d’espèces ont été mises en corrélation avec des facteurs biotiques et abiotiques. Les espèces (Sardinella aurita, sardinelle ronde, Atherinella brasiliensis, tinicalo, Merlangius merlangus, merlan, Melanogrammus aeglefinus, églefin et Solea solea, sole) montrent des réponses différentes aux facteurs biotiques et abiotiques. Au niveau spatial pour le merlan et l’églefin, la croissance est affectée par la latitude et la température, tandis qu’au niveau temporel la croissance du merlan est affectée par la température et la densité. Il y avait un intérêt pour savoir si les variables morphométriques et le diamètre de l’otolithe de tinicalo étaient de bons indicateurs de la croissance : c’est la longueur standard qui a présenté le meilleur ajustement. La variation de la croissance individuelle du merlan a ensuite été étudiée. Des différences ont été observées entre individus, sexes et régions.

The impact of biotic factors such as density-dependent processes, recruitment, total mortality, and abiotic factors such as upwelling intensity, temperature and chlorophyll a concentration on the variation of growth parameters of pelagic and demersal fish were studied during the periods 1990 - 2008 (pelagic) and 1971 - 2015 (demersal). Life history parameters vary according to the species and from one region to another and over time within a given area because of their plasticity and the high fishing pressure. Interspecies and inter-regional comparison were carried out. Non-linear mixed effects models were used on different fish species of the Atlantic Ocean in order to estimate the growth parameters at the individual and population levels. Variations in growth parameters of selected species were correlated with biotic and abiotic factors. Selected species (Sardinella aurita, round sardinella, Xenomelaniris brasiliensis, tinicalo, Merlangus merlangus, whiting, Melanogrammus aeglefinus, haddock and Solea solea, sole) showed different responses to biotic and abiotic factors. Regardind the spatial component for whiting and haddock, the variation of growth parameters was affected by latitude and temperature. Concerning the temporal component, whiting was affected by temperature and density-dependent processes. There was also an interest to know if the morphometric variables and the diameter of the otolith of Atherinella brasilensis were good growth indicators. Among the morphometric parameters examined, the standard length-Age relationship showed the best fit (r2 = 0.90), followed by the otolith diameter (r2 = 0.85). Finally, the variation in individual growth whiting in terms of region and sex was also studied. Differences were found between sexes and regions., Les paramètres de croissance de poissons pélagiques et démersaux ont été étudiés durant la période de 1990 à 2015 dans le but d’examiner l’impact de facteurs biotiques comme la densité-dépendance, le recrutement, la mortalité totale et de facteurs abiotiques tels que l’intensité d’upwelling, la température et la concentration en chlorophylle a. Les paramètres d’histoire de vie des espèces peuvent varier selon les espèces, d’une région à l’autre, et dans le temps au sein d’une même région en raison de leur plasticité et de la pression de la pêche. Une comparaison inter-espèces et inter-régions a été réalisée. Le modèle non linéaire à effets mixtes a été utilisé pour différentes populations de l’Océan Atlantique afin d’établir les paramètres de croissance aux niveaux individuel et de la population. Les variations des paramètres de croissance d’une sélection d’espèces ont été mises en corrélation avec des facteurs biotiques et abiotiques. Les espèces (Sardinella aurita, sardinelle ronde, Atherinella brasiliensis, tinicalo, Merlangius merlangus, merlan, Melanogrammus aeglefinus, églefin et Solea solea, sole) montrent des réponses différentes aux facteurs biotiques et abiotiques. Au niveau spatial pour le merlan et l’églefin, la croissance est affectée par la latitude et la température, tandis qu’au niveau temporel la croissance du merlan est affectée par la température et la densité. Il y avait un intérêt pour savoir si les variables morphométriques et le diamètre de l’otolithe de tinicalo étaient de bons indicateurs de la croissance : c’est la longueur standard qui a présenté le meilleur ajustement. La variation de la croissance individuelle du merlan a ensuite été étudiée. Des différences ont été observées entre individus, sexes et régions.

The impact of biotic factors such as density-dependent processes, recruitment, total mortality, and abiotic factors such as upwelling intensity, temperature and chlorophyll a concentration on the variation of growth parameters of pelagic and demersal fish were studied during the periods 1990 - 2008 (pelagic) and 1971 - 2015 (demersal). Life history parameters vary according to the species and from one region to another and over time within a given area because of their plasticity and the high fishing pressure. Interspecies and inter-regional comparison were carried out. Non-linear mixed effects models were used on different fish species of the Atlantic Ocean in order to estimate the growth parameters at the individual and population levels. Variations in growth parameters of selected species were correlated with biotic and abiotic factors. Selected species (Sardinella aurita, round sardinella, Xenomelaniris brasiliensis, tinicalo, Merlangus merlangus, whiting, Melanogrammus aeglefinus, haddock and Solea solea, sole) showed different responses to biotic and abiotic factors. Regardind the spatial component for whiting and haddock, the variation of growth parameters was affected by latitude and temperature. Concerning the temporal component, whiting was affected by temperature and density-dependent processes. There was also an interest to know if the morphometric variables and the diameter of the otolith of Atherinella brasilensis were good growth indicators. Among the morphometric parameters examined, the standard length-Age relationship showed the best fit (r2 = 0.90), followed by the otolith diameter (r2 = 0.85). Finally, the variation in individual growth whiting in terms of region and sex was also studied. Differences were found between sexes and regions., Les paramètres de croissance de poissons pélagiques et démersaux ont été étudiés durant la période de 1990 à 2015 dans le but d’examiner l’impact de facteurs biotiques comme la densité-dépendance, le recrutement, la mortalité totale et de facteurs abiotiques tels que l’intensité d’upwelling, la température et la concentration en chlorophylle a. Les paramètres d’histoire de vie des espèces peuvent varier selon les espèces, d’une région à l’autre, et dans le temps au sein d’une même région en raison de leur plasticité et de la pression de la pêche. Une comparaison inter-espèces et inter-régions a été réalisée. Le modèle non linéaire à effets mixtes a été utilisé pour différentes populations de l’Océan Atlantique afin d’établir les paramètres de croissance aux niveaux individuel et de la population. Les variations des paramètres de croissance d’une sélection d’espèces ont été mises en corrélation avec des facteurs biotiques et abiotiques. Les espèces (Sardinella aurita, sardinelle ronde, Atherinella brasiliensis, tinicalo, Merlangius merlangus, merlan, Melanogrammus aeglefinus, églefin et Solea solea, sole) montrent des réponses différentes aux facteurs biotiques et abiotiques. Au niveau spatial pour le merlan et l’églefin, la croissance est affectée par la latitude et la température, tandis qu’au niveau temporel la croissance du merlan est affectée par la température et la densité. Il y avait un intérêt pour savoir si les variables morphométriques et le diamètre de l’otolithe de tinicalo étaient de bons indicateurs de la croissance : c’est la longueur standard qui a présenté le meilleur ajustement. La variation de la croissance individuelle du merlan a ensuite été étudiée. Des différences ont été observées entre individus, sexes et régions.

The impact of biotic factors such as density-dependent processes, recruitment, total mortality, and abiotic factors such as upwelling intensity, temperature and chlorophyll a concentration on the variation of growth parameters of pelagic and demersal fish were studied during the periods 1990 - 2008 (pelagic) and 1971 - 2015 (demersal). Life history parameters vary according to the species and from one region to another and over time within a given area because of their plasticity and the high fishing pressure. Interspecies and inter-regional comparison were carried out. Non-linear mixed effects models were used on different fish species of the Atlantic Ocean in order to estimate the growth parameters at the individual and population levels. Variations in growth parameters of selected species were correlated with biotic and abiotic factors. Selected species (Sardinella aurita, round sardinella, Xenomelaniris brasiliensis, tinicalo, Merlangus merlangus, whiting, Melanogrammus aeglefinus, haddock and Solea solea, sole) showed different responses to biotic and abiotic factors. Regardind the spatial component for whiting and haddock, the variation of growth parameters was affected by latitude and temperature. Concerning the temporal component, whiting was affected by temperature and density-dependent processes. There was also an interest to know if the morphometric variables and the diameter of the otolith of Atherinella brasilensis were good growth indicators. Among the morphometric parameters examined, the standard length-Age relationship showed the best fit (r2 = 0.90), followed by the otolith diameter (r2 = 0.85). Finally, the variation in individual growth whiting in terms of region and sex was also studied. Differences were found between sexes and regions., Les paramètres de croissance de poissons pélagiques et démersaux ont été étudiés durant la période de 1990 à 2015 dans le but d’examiner l’impact de facteurs biotiques comme la densité-dépendance, le recrutement, la mortalité totale et de facteurs abiotiques tels que l’intensité d’upwelling, la température et la concentration en chlorophylle a. Les paramètres d’histoire de vie des espèces peuvent varier selon les espèces, d’une région à l’autre, et dans le temps au sein d’une même région en raison de leur plasticité et de la pression de la pêche. Une comparaison inter-espèces et inter-régions a été réalisée. Le modèle non linéaire à effets mixtes a été utilisé pour différentes populations de l’Océan Atlantique afin d’établir les paramètres de croissance aux niveaux individuel et de la population. Les variations des paramètres de croissance d’une sélection d’espèces ont été mises en corrélation avec des facteurs biotiques et abiotiques. Les espèces (Sardinella aurita, sardinelle ronde, Atherinella brasiliensis, tinicalo, Merlangius merlangus, merlan, Melanogrammus aeglefinus, églefin et Solea solea, sole) montrent des réponses différentes aux facteurs biotiques et abiotiques. Au niveau spatial pour le merlan et l’églefin, la croissance est affectée par la latitude et la température, tandis qu’au niveau temporel la croissance du merlan est affectée par la température et la densité. Il y avait un intérêt pour savoir si les variables morphométriques et le diamètre de l’otolithe de tinicalo étaient de bons indicateurs de la croissance : c’est la longueur standard qui a présenté le meilleur ajustement. La variation de la croissance individuelle du merlan a ensuite été étudiée. Des différences ont été observées entre individus, sexes et régions.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2015 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF. 306 anguilles ont été prélevées de mai à octobre 2015 dans l’Adour fluvial (n=104), la Dordogne (n=51), la Garonne (n=50), au lac de Grand Lieu (n=50) et dans la Loire fluviale (n=51). Lors du prélèvement, quelques règles sont à respecter pour optimiser l'utilisation des données: · prélever la paire de sagittae (paires d’otolithes les plus grands et non cassés), · noter de façon précise la date de prélèvement (JJ/MM/AA), · noter de façon précise le lieu de capture et fournir les cartes avec les lieux référencés à l'IFREMER, · identifier le sexe du poisson, · mesurer le poids total, la longueur totale et si possible le diamètre de l'oeil, · placer l’ensemble des données dans un fichier standardisé fourni par l’IFREMER. Suivi des échantillons par l'ONEMA, il est important de suivre la provenance des différents échantillons de façon à ne pas avoir 2 échantillons très différents comme cela a été le cas depuis 2011 avec des grands individus capturés dans la Loire et de petits individus capturés dans la Garonne et la Dordogne sauf si cela représente les captures dans ces milieux. Traitement des échantillons par le pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER1, une rencontre avec l'IRSTEA2 a permis d'échanger sur les techniques employées par les 2 instituts et de réaliser une calibration des estimations d'âge. Cependant, il serait important de pouvoir continuer à échanger entre ces 2 instituts qui analysent des otolithes d'anguilles. La technique utilisée au pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER de Boulogne-sur-Mer est l'obtention d'une lame mince polie sur le ou les plan(s) sagittal(aux) avant d'être interprétée à l’aide de TNPC 7.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2015 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF. 306 anguilles ont été prélevées de mai à octobre 2015 dans l’Adour fluvial (n=104), la Dordogne (n=51), la Garonne (n=50), au lac de Grand Lieu (n=50) et dans la Loire fluviale (n=51). Lors du prélèvement, quelques règles sont à respecter pour optimiser l'utilisation des données: · prélever la paire de sagittae (paires d’otolithes les plus grands et non cassés), · noter de façon précise la date de prélèvement (JJ/MM/AA), · noter de façon précise le lieu de capture et fournir les cartes avec les lieux référencés à l'IFREMER, · identifier le sexe du poisson, · mesurer le poids total, la longueur totale et si possible le diamètre de l'oeil, · placer l’ensemble des données dans un fichier standardisé fourni par l’IFREMER. Suivi des échantillons par l'ONEMA, il est important de suivre la provenance des différents échantillons de façon à ne pas avoir 2 échantillons très différents comme cela a été le cas depuis 2011 avec des grands individus capturés dans la Loire et de petits individus capturés dans la Garonne et la Dordogne sauf si cela représente les captures dans ces milieux. Traitement des échantillons par le pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER1, une rencontre avec l'IRSTEA2 a permis d'échanger sur les techniques employées par les 2 instituts et de réaliser une calibration des estimations d'âge. Cependant, il serait important de pouvoir continuer à échanger entre ces 2 instituts qui analysent des otolithes d'anguilles. La technique utilisée au pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER de Boulogne-sur-Mer est l'obtention d'une lame mince polie sur le ou les plan(s) sagittal(aux) avant d'être interprétée à l’aide de TNPC 7.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2015 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF. 306 anguilles ont été prélevées de mai à octobre 2015 dans l’Adour fluvial (n=104), la Dordogne (n=51), la Garonne (n=50), au lac de Grand Lieu (n=50) et dans la Loire fluviale (n=51). Lors du prélèvement, quelques règles sont à respecter pour optimiser l'utilisation des données: · prélever la paire de sagittae (paires d’otolithes les plus grands et non cassés), · noter de façon précise la date de prélèvement (JJ/MM/AA), · noter de façon précise le lieu de capture et fournir les cartes avec les lieux référencés à l'IFREMER, · identifier le sexe du poisson, · mesurer le poids total, la longueur totale et si possible le diamètre de l'oeil, · placer l’ensemble des données dans un fichier standardisé fourni par l’IFREMER. Suivi des échantillons par l'ONEMA, il est important de suivre la provenance des différents échantillons de façon à ne pas avoir 2 échantillons très différents comme cela a été le cas depuis 2011 avec des grands individus capturés dans la Loire et de petits individus capturés dans la Garonne et la Dordogne sauf si cela représente les captures dans ces milieux. Traitement des échantillons par le pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER1, une rencontre avec l'IRSTEA2 a permis d'échanger sur les techniques employées par les 2 instituts et de réaliser une calibration des estimations d'âge. Cependant, il serait important de pouvoir continuer à échanger entre ces 2 instituts qui analysent des otolithes d'anguilles. La technique utilisée au pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER de Boulogne-sur-Mer est l'obtention d'une lame mince polie sur le ou les plan(s) sagittal(aux) avant d'être interprétée à l’aide de TNPC 7.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2015 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF. 306 anguilles ont été prélevées de mai à octobre 2015 dans l’Adour fluvial (n=104), la Dordogne (n=51), la Garonne (n=50), au lac de Grand Lieu (n=50) et dans la Loire fluviale (n=51). Lors du prélèvement, quelques règles sont à respecter pour optimiser l'utilisation des données: · prélever la paire de sagittae (paires d’otolithes les plus grands et non cassés), · noter de façon précise la date de prélèvement (JJ/MM/AA), · noter de façon précise le lieu de capture et fournir les cartes avec les lieux référencés à l'IFREMER, · identifier le sexe du poisson, · mesurer le poids total, la longueur totale et si possible le diamètre de l'oeil, · placer l’ensemble des données dans un fichier standardisé fourni par l’IFREMER. Suivi des échantillons par l'ONEMA, il est important de suivre la provenance des différents échantillons de façon à ne pas avoir 2 échantillons très différents comme cela a été le cas depuis 2011 avec des grands individus capturés dans la Loire et de petits individus capturés dans la Garonne et la Dordogne sauf si cela représente les captures dans ces milieux. Traitement des échantillons par le pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER1, une rencontre avec l'IRSTEA2 a permis d'échanger sur les techniques employées par les 2 instituts et de réaliser une calibration des estimations d'âge. Cependant, il serait important de pouvoir continuer à échanger entre ces 2 instituts qui analysent des otolithes d'anguilles. La technique utilisée au pôle de Sclérochronologie de l'IFREMER de Boulogne-sur-Mer est l'obtention d'une lame mince polie sur le ou les plan(s) sagittal(aux) avant d'être interprétée à l’aide de TNPC 7.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2014 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 212 anguilles ont été prélevées de septembre à décembre 2014 dans le lac de Grand Lieu (n=49), la Loire fluviale (n=51), la Dordogne (n=59) et la Garonne (n=53). La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2014 dans toute la France est du type W = 4.10-4.Lt3,41. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,41) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2014 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 212 anguilles ont été prélevées de septembre à décembre 2014 dans le lac de Grand Lieu (n=49), la Loire fluviale (n=51), la Dordogne (n=59) et la Garonne (n=53). La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2014 dans toute la France est du type W = 4.10-4.Lt3,41. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,41) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER

L’espadon (Xiphias gladius) de l’océan Indien est actuellement une ressource évaluée comme étant pleinement exploitée à l’échelle de cet océan, avec un risque de surexploitation dans le sud-ouest de l’océan Indien. Une précédente étude a permis de démontrer que les espadons de l’océan Indien ne formaient qu’une seule et même population génétique (conclusion du projet IOSSS – ESPADON). L’objectif de ce projet a été d’explorer la forme de 395 otolithes d’espadons collectés dans sept zones différentes de l’océan Indien pour identifier s’ils provenaient de stocks différents ou non. Cette étude a permis de tirer 5 conclusions principales : les otolithes gauche et droit de l’espadon sont significativement similaires. 1- il n’y a pas d’effet de la taille des espadons matures sur la forme de leurs otolithes 2- il n’y a pas de dimorphisme sexuel sur la forme des otolithes d’espadons matures. 3- il n’y a pas d’effet ou de biais de l’année d’échantillonnage sur la forme de l’otolithe d’espadon. 4- il n’existe pas une structure liée à l’origine géographique des espadons dans l’océan Indien Cette étude réalisée à partir d’une analyse de formes des otolithes confirme donc les résultats préalablement mis en évidence par l’approche génétique, à savoir que les espadons de l’océan Indien forment un seul et unique stock. Ces résultats ont permis à la Commission des Thons de l’Océan Indien (CTOI) de considérer en 2014 et jusqu’à preuve du contraire, qu’il n’existait qu’un seul stock d’espadons dans l’océan Indien, une décision qui écarte pour un certain nombre d’années, la mise en place de mesures de gestion concrètes (eg TAQ) pour cette espèce dans le sud-ouest de l’océan Indien, mesures qui auraient pu pénaliser la flottille palangrière réunionnaise

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2014 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 212 anguilles ont été prélevées de septembre à décembre 2014 dans le lac de Grand Lieu (n=49), la Loire fluviale (n=51), la Dordogne (n=59) et la Garonne (n=53). La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2014 dans toute la France est du type W = 4.10-4.Lt3,41. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,41) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER

L’espadon (Xiphias gladius) de l’océan Indien est actuellement une ressource évaluée comme étant pleinement exploitée à l’échelle de cet océan, avec un risque de surexploitation dans le sud-ouest de l’océan Indien. Une précédente étude a permis de démontrer que les espadons de l’océan Indien ne formaient qu’une seule et même population génétique (conclusion du projet IOSSS – ESPADON). L’objectif de ce projet a été d’explorer la forme de 395 otolithes d’espadons collectés dans sept zones différentes de l’océan Indien pour identifier s’ils provenaient de stocks différents ou non. Cette étude a permis de tirer 5 conclusions principales : les otolithes gauche et droit de l’espadon sont significativement similaires. 1- il n’y a pas d’effet de la taille des espadons matures sur la forme de leurs otolithes 2- il n’y a pas de dimorphisme sexuel sur la forme des otolithes d’espadons matures. 3- il n’y a pas d’effet ou de biais de l’année d’échantillonnage sur la forme de l’otolithe d’espadon. 4- il n’existe pas une structure liée à l’origine géographique des espadons dans l’océan Indien Cette étude réalisée à partir d’une analyse de formes des otolithes confirme donc les résultats préalablement mis en évidence par l’approche génétique, à savoir que les espadons de l’océan Indien forment un seul et unique stock. Ces résultats ont permis à la Commission des Thons de l’Océan Indien (CTOI) de considérer en 2014 et jusqu’à preuve du contraire, qu’il n’existait qu’un seul stock d’espadons dans l’océan Indien, une décision qui écarte pour un certain nombre d’années, la mise en place de mesures de gestion concrètes (eg TAQ) pour cette espèce dans le sud-ouest de l’océan Indien, mesures qui auraient pu pénaliser la flottille palangrière réunionnaise

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2014 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 212 anguilles ont été prélevées de septembre à décembre 2014 dans le lac de Grand Lieu (n=49), la Loire fluviale (n=51), la Dordogne (n=59) et la Garonne (n=53). La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2014 dans toute la France est du type W = 4.10-4.Lt3,41. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,41) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER

L’espadon (Xiphias gladius) de l’océan Indien est actuellement une ressource évaluée comme étant pleinement exploitée à l’échelle de cet océan, avec un risque de surexploitation dans le sud-ouest de l’océan Indien. Une précédente étude a permis de démontrer que les espadons de l’océan Indien ne formaient qu’une seule et même population génétique (conclusion du projet IOSSS – ESPADON). L’objectif de ce projet a été d’explorer la forme de 395 otolithes d’espadons collectés dans sept zones différentes de l’océan Indien pour identifier s’ils provenaient de stocks différents ou non. Cette étude a permis de tirer 5 conclusions principales : les otolithes gauche et droit de l’espadon sont significativement similaires. 1- il n’y a pas d’effet de la taille des espadons matures sur la forme de leurs otolithes 2- il n’y a pas de dimorphisme sexuel sur la forme des otolithes d’espadons matures. 3- il n’y a pas d’effet ou de biais de l’année d’échantillonnage sur la forme de l’otolithe d’espadon. 4- il n’existe pas une structure liée à l’origine géographique des espadons dans l’océan Indien Cette étude réalisée à partir d’une analyse de formes des otolithes confirme donc les résultats préalablement mis en évidence par l’approche génétique, à savoir que les espadons de l’océan Indien forment un seul et unique stock. Ces résultats ont permis à la Commission des Thons de l’Océan Indien (CTOI) de considérer en 2014 et jusqu’à preuve du contraire, qu’il n’existait qu’un seul stock d’espadons dans l’océan Indien, une décision qui écarte pour un certain nombre d’années, la mise en place de mesures de gestion concrètes (eg TAQ) pour cette espèce dans le sud-ouest de l’océan Indien, mesures qui auraient pu pénaliser la flottille palangrière réunionnaise

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2013 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 240 anguilles ont été prélevées en septembre/octobre 2013 dans le lac de Grand Lieu, la Dordogne et la Garonne. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2013 dans toute la France est du type W = 3.10-7.Lt3,273. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,273) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2013 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 240 anguilles ont été prélevées en septembre/octobre 2013 dans le lac de Grand Lieu, la Dordogne et la Garonne. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2013 dans toute la France est du type W = 3.10-7.Lt3,273. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,273) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2013 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 240 anguilles ont été prélevées en septembre/octobre 2013 dans le lac de Grand Lieu, la Dordogne et la Garonne. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2013 dans toute la France est du type W = 3.10-7.Lt3,273. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,273) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2013 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 240 anguilles ont été prélevées en septembre/octobre 2013 dans le lac de Grand Lieu, la Dordogne et la Garonne. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (W) des anguilles prélevées en 2013 dans toute la France est du type W = 3.10-7.Lt3,273. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3,273) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièces calcifiées de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et gérés actuellement dans la base nationale d'archivage et de gestion des pièces calcifiées développée par l'IFREMER.

La réintroduction du bar rayé dans l'estuaire du Saint-Laurent, suite à son extinction en 1966, soulève des questionnements et requiert l'acquisition de connaissances concernant la population. Entre autres, l'identification des habitats essentiels chez tous les stades de vie du bar rayé est une priorité. Cette étude vise à décrire les comportements migratoires des individus larvaires et juvéniles de bars rayés de l'estuaire du Saint-Laurent en utilisant la chimie des otolithes. Dans le but de cibler d'éventuels habitats essentiels, 118 bars rayés juvéniles (0+ et 1+ an) furent capturés dans le Saint-Laurent en 2011 et 2012. Les variations dans la composition chimique d'un tracé passant du coeur à la marge des otolithes furent analysées par spectrométrie de masse couplée à un plasma inductif avec ablation au laser (LA-ICP-MS). Les signaux élémentaires du noyau de l'otolithe ont aussi été analysés afin de définir une signature représentative de leur lieu de naissance. Trois comportements (contingents) migratoires récurrents (résident en eau douce, migrant oligohalin exploitant des eaux de 2 à 14 de salinité et migrant mésohalin exploitant des eaux de 11 à > 18 de salinité) furent identifiés par l'utilisation de l'analyse à fenêtre mobile (split-moving window). L'occupation des habitats d'eau douce par tous les contingents montre leur importance dans le développement des bars. Chez les deux cohortes, l'initiation de la migration s'est faite approximativement au milieu de la saison de croissance et, suivant l'atteinte des milieux oligohalins et mésohalins, les retours vers l'eau douce ont été peu fréquents. La classification des empreintes élémentaires du coeur de l'otolithe laisse croire qu'au moins deux sites de reproduction coexistent dans le Saint-Laurent. Un site situé en eau douce et l'autre ayant une signature élémentaire oligohaline. La spatialisation des comportements migratoires chez les juvéniles de bar rayé du Saint-Laurent cible les zones d'eau douce comme

L'éperlan arc-en-ciel (Osmerus mordax) est un poisson-fourrage important dans plusieurs écosystèmes aquatiques. Au Lac-Saint-Jean, la pêche sportive à la ouananiche est un moteur économique considérable. Depuis le début des années 2000, les stocks de l'espèce se sont effondrés. Puisque la proie préférentielle de la ouananiche est l'éperlan arcen- ciel, ces observations coïncident avec la baisse importante des stocks d'éperlans observés. Afin de rétablir les stocks d'éperlans du Lac Saint-Jean, des incubateurs ont été installés sur la rivière Métabetchouan à Desbiens depuis 2003 produisant en moyenne 20 millions de larves annuellement. Dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent, le récent déclin de la population d'éperlans arc-en-ciel de la rive sud du Saint-Laurent a incité le Ministère des Ressources naturelles et de la Faune à l'inclure sur la liste provinciale des espèces vulnérables en 2005. Depuis 1992, des incubateurs ont été installés dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent, au ruisseau de l'Église à Beaumont produisant environ 28 millions de larves annuellement. L'objectif général de ce projet est d'évaluer la contribution des larves d'éperlans arc-enciel issues des incubateurs aux populations naturelles du lac Saint-Jean et à celles de la population de la rive sud de l'estuaire moyen du Saint-Laurent. Pour atteindre cet objectif, les otolithes de plusieurs millions d'embryons ont été marqués à l'alizarine rouge S dans les incubateurs de la rivière Métabetchouan en 2005-2006 et du ruisseau de l'Église de 2004 à 2007. Le temps d'immersion des larves a été de 24h à une concentration de 150 mg L"1 et après 12h le tiers de la concentration initiale d'alizarine a été ajouté. Le succès de marquage a été de 100% et le taux d'éclosion était similaire aux années précédentes, lorsqu'il n'y avait pas de marquage (autour de 90%). L'échantillonnage des larves d'éperlans arc-en-ciel a été réalisé à trois reprises dans chacun des écosystèmes. Le premier échantillonnage avait li

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2011 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 140 anguilles ont été prélevées entre fin juillet et fin octobre 2011 dans la Loire, la Dordogne et la Gironde. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (Wt) des anguilles prélevées en 2011 dans toute la France (Loire, Garonne et Dordogne) est du type Wt = 5.10-7.Lt3,21. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3.21) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièce calcifiée de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Parmi les 140 poissons échantillonnés, l'âge de 130 anguilles a pu être estimé. L'âge de 10 poissons n'a pas pu être réalisé car soit les otolithes étaient cassés donc inutilisables soit les coupes d'otolithes ne présentaient pas de structures interprétables. Les âges estimés étaient dans la Garonne et la Dordogne de 2 à 16 ans avec une moyenne de 7 ans et dans la Loire de 5 à 15 ans avec une moyenne de 11 ans. Parmi les classes d'âge observées de 2 à 16 ans, on observe que les intervalles de longueur pour les classes d'âge de 2 à 10 ans sont relativement faibles à l'inverse des groupes d'âge supérieurs à 10 ans (Fig. 8). Ainsi, pour les groupes d'âge supérieurs à 10 ans, les variations de croissance entre les individus sont très importantes et pour une taille donnée, il est très difficile d'estimer l'âge sans interpréter l'otolithe. Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2011 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 140 anguilles ont été prélevées entre fin juillet et fin octobre 2011 dans la Loire, la Dordogne et la Gironde. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (Wt) des anguilles prélevées en 2011 dans toute la France (Loire, Garonne et Dordogne) est du type Wt = 5.10-7.Lt3,21. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3.21) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièce calcifiée de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Parmi les 140 poissons échantillonnés, l'âge de 130 anguilles a pu être estimé. L'âge de 10 poissons n'a pas pu être réalisé car soit les otolithes étaient cassés donc inutilisables soit les coupes d'otolithes ne présentaient pas de structures interprétables. Les âges estimés étaient dans la Garonne et la Dordogne de 2 à 16 ans avec une moyenne de 7 ans et dans la Loire de 5 à 15 ans avec une moyenne de 11 ans. Parmi les classes d'âge observées de 2 à 16 ans, on observe que les intervalles de longueur pour les classes d'âge de 2 à 10 ans sont relativement faibles à l'inverse des groupes d'âge supérieurs à 10 ans (Fig. 8). Ainsi, pour les groupes d'âge supérieurs à 10 ans, les variations de croissance entre les individus sont très importantes et pour une taille donnée, il est très difficile d'estimer l'âge sans interpréter l'otolithe. Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2011 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 140 anguilles ont été prélevées entre fin juillet et fin octobre 2011 dans la Loire, la Dordogne et la Gironde. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (Wt) des anguilles prélevées en 2011 dans toute la France (Loire, Garonne et Dordogne) est du type Wt = 5.10-7.Lt3,21. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3.21) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièce calcifiée de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Parmi les 140 poissons échantillonnés, l'âge de 130 anguilles a pu être estimé. L'âge de 10 poissons n'a pas pu être réalisé car soit les otolithes étaient cassés donc inutilisables soit les coupes d'otolithes ne présentaient pas de structures interprétables. Les âges estimés étaient dans la Garonne et la Dordogne de 2 à 16 ans avec une moyenne de 7 ans et dans la Loire de 5 à 15 ans avec une moyenne de 11 ans. Parmi les classes d'âge observées de 2 à 16 ans, on observe que les intervalles de longueur pour les classes d'âge de 2 à 10 ans sont relativement faibles à l'inverse des groupes d'âge supérieurs à 10 ans (Fig. 8). Ainsi, pour les groupes d'âge supérieurs à 10 ans, les variations de croissance entre les individus sont très importantes et pour une taille donnée, il est très difficile d'estimer l'âge sans interpréter l'otolithe. Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2011 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 140 anguilles ont été prélevées entre fin juillet et fin octobre 2011 dans la Loire, la Dordogne et la Gironde. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (Wt) des anguilles prélevées en 2011 dans toute la France (Loire, Garonne et Dordogne) est du type Wt = 5.10-7.Lt3,21. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3.21) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièce calcifiée de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Parmi les 140 poissons échantillonnés, l'âge de 130 anguilles a pu être estimé. L'âge de 10 poissons n'a pas pu être réalisé car soit les otolithes étaient cassés donc inutilisables soit les coupes d'otolithes ne présentaient pas de structures interprétables. Les âges estimés étaient dans la Garonne et la Dordogne de 2 à 16 ans avec une moyenne de 7 ans et dans la Loire de 5 à 15 ans avec une moyenne de 11 ans. Parmi les classes d'âge observées de 2 à 16 ans, on observe que les intervalles de longueur pour les classes d'âge de 2 à 10 ans sont relativement faibles à l'inverse des groupes d'âge supérieurs à 10 ans (Fig. 8). Ainsi, pour les groupes d'âge supérieurs à 10 ans, les variations de croissance entre les individus sont très importantes et pour une taille donnée, il est très difficile d'estimer l'âge sans interpréter l'otolithe. Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et

Ce rapport synthétise l'analyse des otolithes d'anguilles prélevés en 2011 dans le cadre du suivi des captures de cette espèce inscrite à la DCF (Data Collection Framework règlement CE n°199/2008 du conseil du 25 février 2008). 140 anguilles ont été prélevées entre fin juillet et fin octobre 2011 dans la Loire, la Dordogne et la Gironde. La relation entre la longueur totale (Lt) et le poids total (Wt) des anguilles prélevées en 2011 dans toute la France (Loire, Garonne et Dordogne) est du type Wt = 5.10-7.Lt3,21. Ainsi, les anguilles présentent une allométrie majorante (b=3.21) c’est-à-dire que le poids croit plus vite que la longueur. L'institut IFREMER à travers le pôle national de Sclérochronologie à Boulogne-sur-mer a préparé et interprété les otolithes, pièce calcifiée de l'oreille interne, permettant d'estimer l'âge de ces poissons. Pour chaque otolithe, une lame mince transversale polie a été réalisée pour permettre d'estimer l'âge de chaque individu à l'aide du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr). Parmi les 140 poissons échantillonnés, l'âge de 130 anguilles a pu être estimé. L'âge de 10 poissons n'a pas pu être réalisé car soit les otolithes étaient cassés donc inutilisables soit les coupes d'otolithes ne présentaient pas de structures interprétables. Les âges estimés étaient dans la Garonne et la Dordogne de 2 à 16 ans avec une moyenne de 7 ans et dans la Loire de 5 à 15 ans avec une moyenne de 11 ans. Parmi les classes d'âge observées de 2 à 16 ans, on observe que les intervalles de longueur pour les classes d'âge de 2 à 10 ans sont relativement faibles à l'inverse des groupes d'âge supérieurs à 10 ans (Fig. 8). Ainsi, pour les groupes d'âge supérieurs à 10 ans, les variations de croissance entre les individus sont très importantes et pour une taille donnée, il est très difficile d'estimer l'âge sans interpréter l'otolithe. Tous ces otolithes et données associées (taille, poids, date de capture, lieu...) sont stockés et

L’objectif de ce travail de thèse était d’étudier les effets des variations environnementales observées au large des côtes françaises, sur les populations d’une sélection de poissons démersaux. Pour cela, nous nous sommes focalisés sur trois conséquences possibles des variations environnementales importantes en termes de gestion des stocks : l’abondance, la distribution et la taille des individus. Il s’agissait donc d’étudier l’effet de plusieurs facteurs environnementaux, comme la température et la salinité, sur ces trois paramètres. Néanmoins, comme l’abondance, la distribution et la taille des individus peuvent aussi être affectées par des facteurs biotiques, tels que la compétition intraspécifique ou la disponibilité en nourriture (Brett, 1979 ; Swain & Benoît, 2006), ces facteurs ont également été pris en compte.

In a context of decline of European eel (Anguilla anguilla L.) and search for biological markers of habitat use and quality, a multidisciplinary approach was engaged on the Adour estuary and its associated wetlands. Two axes were developed. The first axe aimed at highlighting the successive presence of the species in different ecosystems based on the otolith elemental composition. The second aimed at the evaluation of the chemical pressure underwent by eels based on the contaminant bioconcentration in soft tissues and the early molecular response to the chemical stress. With a view to the analyses of otolith elemental composition taking into account the 3D structure, the low elemental concentration in the matrix and keeping the finest spatial resolution, four micro sampling strategies and multi elemental analyses using femtosecond laser ablation ICP-MS were tested (crater, 1D scan, 2D scan, flash ablation). The strategy showing the best compromise according to the objectives (continuous recording, multi elemental approach) was applied on otolith of yellow eels from the Adour. The simultaneous use of Sr and Ba profiles, after validation, represents a new tool, easy, fast and reliable for the reconstruction of freshwater and brackish ecosystems use by eel avoiding misinterpretation due to vaterite inclusions. Three major behaviors were highlighted on the Adour: a residency in brackish water, a residency in freshwater and nomad behavior. The last one is illustrated by a shift to brackish water after three to four years spent in freshwater. Simultaneously, the study of inorganic and organic contamination of eel soft tissues showed that sampled wetlands are moderately contaminated. These results were confirmed by the first estimation, in wild conditions, of the early response to the chemical stress using the hepatic expression of CYP1A1 gene measured by real time RT-PCR. Conversely, in the downstream part of the Adour estuary, Hg loads in eels, especially methyl mercury, Dans un contexte de déclin de l'anguille européenne (Anguilla anguilla L.) et de recherche de marqueurs biologiques retraçant la fréquentation des divers habitats et renseignant sur la qualité de ceux-ci, une approche pluridisciplinaire a été mise en place sur l'estuaire de l'Adour et ses zones humides. Deux axes ont été privilégiés. Le premier cherchait à visualiser la présence successive de l'espèce dans différents écosystèmes en se basant sur la composition élémentaire des otolithes. Le deuxième avait pour but d'évaluer la pression chimique inorganique et organique subie par l'anguille dans les zones d'études en s'appuyant sur la bioconcentration des contaminants dans les tissus mous et la réponse moléculaire précoce au stress chimique. En vue des analyses de la composition élémentaire des otolithes et pour répondre au mieux à la structure en trois dimensions, à la faible concentration des éléments dans la matrice tout en conservant une résolution spatiale la plus fine possible, quatre stratégies de micro-échantillonnage et d'analyses multiélémentaires par ablation laser femtoseconde ICP-MS ont été testées (cratère, scan 1D, scan 2D, ablation flash). La méthodologie présentant le meilleur compromis par rapport aux objectifs fixés (enregistrement continu, approche multiélémentaire) a ensuite été appliquée sur les otolithes d'anguilles jaunes du Bas-Adour. L'utilisation simultanée des profils continus de Sr et de Ba, après validation, constitue un outil facile d'utilisation, rapide et fiable pour reconstruire les historiques de fréquentation des différents écosystèmes estuariens et dulçaquicoles par l'anguille tout en s'affranchissant des problèmes potentiels liés aux inclusions de vatérite, un polymorphe du carbonate de calcium. Trois grands types de comportement ont pu être mis en évidence sur l'Adour : résidence en eau saumâtre, résidence en eau douce et nomadisme. Ce dernier est plus particulièrement illustré par un mouvement marqué vers l'eau saumâtre pour des

This document presents all the techniques used in routine by Ifremer to estimate the age of fish from the calcified piece. The procedure for estimating age describes each technical stage from the taking of the calcified piece through to the supplying of key sizes/ages to the European work groups. This procedure is specific to each species and even each population of fish., Ce document présente toutes les techniques utilisées en routine par l'Ifremer pour estimer l'âge des poissons à partir des pièces calcifiées. La procédure d'estimation de l'âge décrit toutes les étapes techniques du prélèvement des pièces calcifiées jusqu'à la fourniture de clé tailles/âges aux groupes de travail européens. Celle-ci est spécifique à chaque espèce voire à chaque population de poissons.

L’objectif de ce travail de thèse était d’étudier les effets des variations environnementales observées au large des côtes françaises, sur les populations d’une sélection de poissons démersaux. Pour cela, nous nous sommes focalisés sur trois conséquences possibles des variations environnementales importantes en termes de gestion des stocks : l’abondance, la distribution et la taille des individus. Il s’agissait donc d’étudier l’effet de plusieurs facteurs environnementaux, comme la température et la salinité, sur ces trois paramètres. Néanmoins, comme l’abondance, la distribution et la taille des individus peuvent aussi être affectées par des facteurs biotiques, tels que la compétition intraspécifique ou la disponibilité en nourriture (Brett, 1979 ; Swain & Benoît, 2006), ces facteurs ont également été pris en compte.

Despite numerous applications on the use of otoliths at both population and individual levels, knowledge regarding the mechanisms of the otolith and their variations with environmental and physiological factors has to be improved. In particular, the characterization of mineral and organic fractions of the otolith structures and the influence of their qualitative and quantitative composition on the opacity remain poorly documented. Yet this information is of key interest for the calibration of the archive "otolith" allowing a robust analysis of information. The first issue of this study focused on the analysis of the opacity and the effects of temperature, growth and metabolism through experiments in controlled conditions. Results led to the modelling of opacity as a function of two energetic contributions: one related to somatic growth and the other independent of somatic growth and associated to maintenance mechanisms. The second issue dealt with the physico-chemical characterization of otolith structures. The development of an approach based on micro-spectrometry Raman, non-destructive, has allowed to quantitatively discriminating organic and mineral signatures at very high resolution. It has led to the characterization of microstructures (L and D zones) and macrostructures (translucent and opaque zones) led to the development of a predictive model of opacity from the signatures of these two fractions. The relationship between the environmental and metabolic factors and the chemical composition of structural features has still to be established but our results promising perspectives for a better understanding of the mechanisms of otolith biomineralisation., Malgré un grand nombre d’études relatives à l’utilisation des otolithes, les connaissances sur les mécanismes de formation de l’otolithe et leur modulation par les facteurs environnementaux et physiologiques restent parcellaires. En particulier, la caractérisation des fractions minérale et organique des structures de l’otolithe et l’influence de leurs propriétés qualitatives et quantitatives sur l’opacité restent peu documentées. Pourtant ces informations sont d’importance en vue d’une calibration robuste de l’archive « otolithe ». Le premier axe de recherche s’est concentré sur l’opacité et les effets de la température, la croissance et du métabolisme à partir d’expérimentation en milieu contrôlé. L’opacité a ainsi été définie comme une fonction de deux contributions énergétiques : l’une relative à la croissance somatique et l’autre indépendante de la croissance somatique et associée à des mécanismes de maintenance. Le second axe de recherche s’est focalisé sur l’analyse des propriétés physico-chimiques des structures de l’otolithe. Le développement d’une approche en micro-spectrométrie Raman, non destructive, nous a permis de discriminer de manière quantitative des signatures organique et minérale à une très haute résolution. La caractérisation de micro et macrostructures a permis la construction d’un modèle de prédiction de l’opacité en fonction des signatures de ces deux fractions. Si la relation entre facteurs modulant la biominéralisation et caractéristiques physico-chimiques des structures reste à établir, les résultats obtenus dans cette thèse ouvrent de pistes prometteuses pour une meilleure compréhension des mécanismes de formation de l’otolithe.

This document presents all the techniques used in routine by Ifremer to estimate the age of fish from the calcified piece. The procedure for estimating age describes each technical stage from the taking of the calcified piece through to the supplying of key sizes/ages to the European work groups. This procedure is specific to each species and even each population of fish., Ce document présente toutes les techniques utilisées en routine par l'Ifremer pour estimer l'âge des poissons à partir des pièces calcifiées. La procédure d'estimation de l'âge décrit toutes les étapes techniques du prélèvement des pièces calcifiées jusqu'à la fourniture de clé tailles/âges aux groupes de travail européens. Celle-ci est spécifique à chaque espèce voire à chaque population de poissons.

In a context of decline of European eel (Anguilla anguilla L.) and search for biological markers of habitat use and quality, a multidisciplinary approach was engaged on the Adour estuary and its associated wetlands. Two axes were developed. The first axe aimed at highlighting the successive presence of the species in different ecosystems based on the otolith elemental composition. The second aimed at the evaluation of the chemical pressure underwent by eels based on the contaminant bioconcentration in soft tissues and the early molecular response to the chemical stress. With a view to the analyses of otolith elemental composition taking into account the 3D structure, the low elemental concentration in the matrix and keeping the finest spatial resolution, four micro sampling strategies and multi elemental analyses using femtosecond laser ablation ICP-MS were tested (crater, 1D scan, 2D scan, flash ablation). The strategy showing the best compromise according to the objectives (continuous recording, multi elemental approach) was applied on otolith of yellow eels from the Adour. The simultaneous use of Sr and Ba profiles, after validation, represents a new tool, easy, fast and reliable for the reconstruction of freshwater and brackish ecosystems use by eel avoiding misinterpretation due to vaterite inclusions. Three major behaviors were highlighted on the Adour: a residency in brackish water, a residency in freshwater and nomad behavior. The last one is illustrated by a shift to brackish water after three to four years spent in freshwater. Simultaneously, the study of inorganic and organic contamination of eel soft tissues showed that sampled wetlands are moderately contaminated. These results were confirmed by the first estimation, in wild conditions, of the early response to the chemical stress using the hepatic expression of CYP1A1 gene measured by real time RT-PCR. Conversely, in the downstream part of the Adour estuary, Hg loads in eels, especially methyl mercury, Dans un contexte de déclin de l'anguille européenne (Anguilla anguilla L.) et de recherche de marqueurs biologiques retraçant la fréquentation des divers habitats et renseignant sur la qualité de ceux-ci, une approche pluridisciplinaire a été mise en place sur l'estuaire de l'Adour et ses zones humides. Deux axes ont été privilégiés. Le premier cherchait à visualiser la présence successive de l'espèce dans différents écosystèmes en se basant sur la composition élémentaire des otolithes. Le deuxième avait pour but d'évaluer la pression chimique inorganique et organique subie par l'anguille dans les zones d'études en s'appuyant sur la bioconcentration des contaminants dans les tissus mous et la réponse moléculaire précoce au stress chimique. En vue des analyses de la composition élémentaire des otolithes et pour répondre au mieux à la structure en trois dimensions, à la faible concentration des éléments dans la matrice tout en conservant une résolution spatiale la plus fine possible, quatre stratégies de micro-échantillonnage et d'analyses multiélémentaires par ablation laser femtoseconde ICP-MS ont été testées (cratère, scan 1D, scan 2D, ablation flash). La méthodologie présentant le meilleur compromis par rapport aux objectifs fixés (enregistrement continu, approche multiélémentaire) a ensuite été appliquée sur les otolithes d'anguilles jaunes du Bas-Adour. L'utilisation simultanée des profils continus de Sr et de Ba, après validation, constitue un outil facile d'utilisation, rapide et fiable pour reconstruire les historiques de fréquentation des différents écosystèmes estuariens et dulçaquicoles par l'anguille tout en s'affranchissant des problèmes potentiels liés aux inclusions de vatérite, un polymorphe du carbonate de calcium. Trois grands types de comportement ont pu être mis en évidence sur l'Adour : résidence en eau saumâtre, résidence en eau douce et nomadisme. Ce dernier est plus particulièrement illustré par un mouvement marqué vers l'eau saumâtre pour des

Despite numerous applications on the use of otoliths at both population and individual levels, knowledge regarding the mechanisms of the otolith and their variations with environmental and physiological factors has to be improved. In particular, the characterization of mineral and organic fractions of the otolith structures and the influence of their qualitative and quantitative composition on the opacity remain poorly documented. Yet this information is of key interest for the calibration of the archive "otolith" allowing a robust analysis of information. The first issue of this study focused on the analysis of the opacity and the effects of temperature, growth and metabolism through experiments in controlled conditions. Results led to the modelling of opacity as a function of two energetic contributions: one related to somatic growth and the other independent of somatic growth and associated to maintenance mechanisms. The second issue dealt with the physico-chemical characterization of otolith structures. The development of an approach based on micro-spectrometry Raman, non-destructive, has allowed to quantitatively discriminating organic and mineral signatures at very high resolution. It has led to the characterization of microstructures (L and D zones) and macrostructures (translucent and opaque zones) led to the development of a predictive model of opacity from the signatures of these two fractions. The relationship between the environmental and metabolic factors and the chemical composition of structural features has still to be established but our results promising perspectives for a better understanding of the mechanisms of otolith biomineralisation., Malgré un grand nombre d’études relatives à l’utilisation des otolithes, les connaissances sur les mécanismes de formation de l’otolithe et leur modulation par les facteurs environnementaux et physiologiques restent parcellaires. En particulier, la caractérisation des fractions minérale et organique des structures de l’otolithe et l’influence de leurs propriétés qualitatives et quantitatives sur l’opacité restent peu documentées. Pourtant ces informations sont d’importance en vue d’une calibration robuste de l’archive « otolithe ». Le premier axe de recherche s’est concentré sur l’opacité et les effets de la température, la croissance et du métabolisme à partir d’expérimentation en milieu contrôlé. L’opacité a ainsi été définie comme une fonction de deux contributions énergétiques : l’une relative à la croissance somatique et l’autre indépendante de la croissance somatique et associée à des mécanismes de maintenance. Le second axe de recherche s’est focalisé sur l’analyse des propriétés physico-chimiques des structures de l’otolithe. Le développement d’une approche en micro-spectrométrie Raman, non destructive, nous a permis de discriminer de manière quantitative des signatures organique et minérale à une très haute résolution. La caractérisation de micro et macrostructures a permis la construction d’un modèle de prédiction de l’opacité en fonction des signatures de ces deux fractions. Si la relation entre facteurs modulant la biominéralisation et caractéristiques physico-chimiques des structures reste à établir, les résultats obtenus dans cette thèse ouvrent de pistes prometteuses pour une meilleure compréhension des mécanismes de formation de l’otolithe.

L’objectif de ce travail de thèse était d’étudier les effets des variations environnementales observées au large des côtes françaises, sur les populations d’une sélection de poissons démersaux. Pour cela, nous nous sommes focalisés sur trois conséquences possibles des variations environnementales importantes en termes de gestion des stocks : l’abondance, la distribution et la taille des individus. Il s’agissait donc d’étudier l’effet de plusieurs facteurs environnementaux, comme la température et la salinité, sur ces trois paramètres. Néanmoins, comme l’abondance, la distribution et la taille des individus peuvent aussi être affectées par des facteurs biotiques, tels que la compétition intraspécifique ou la disponibilité en nourriture (Brett, 1979 ; Swain & Benoît, 2006), ces facteurs ont également été pris en compte.

Despite numerous applications on the use of otoliths at both population and individual levels, knowledge regarding the mechanisms of the otolith and their variations with environmental and physiological factors has to be improved. In particular, the characterization of mineral and organic fractions of the otolith structures and the influence of their qualitative and quantitative composition on the opacity remain poorly documented. Yet this information is of key interest for the calibration of the archive "otolith" allowing a robust analysis of information. The first issue of this study focused on the analysis of the opacity and the effects of temperature, growth and metabolism through experiments in controlled conditions. Results led to the modelling of opacity as a function of two energetic contributions: one related to somatic growth and the other independent of somatic growth and associated to maintenance mechanisms. The second issue dealt with the physico-chemical characterization of otolith structures. The development of an approach based on micro-spectrometry Raman, non-destructive, has allowed to quantitatively discriminating organic and mineral signatures at very high resolution. It has led to the characterization of microstructures (L and D zones) and macrostructures (translucent and opaque zones) led to the development of a predictive model of opacity from the signatures of these two fractions. The relationship between the environmental and metabolic factors and the chemical composition of structural features has still to be established but our results promising perspectives for a better understanding of the mechanisms of otolith biomineralisation., Malgré un grand nombre d’études relatives à l’utilisation des otolithes, les connaissances sur les mécanismes de formation de l’otolithe et leur modulation par les facteurs environnementaux et physiologiques restent parcellaires. En particulier, la caractérisation des fractions minérale et organique des structures de l’otolithe et l’influence de leurs propriétés qualitatives et quantitatives sur l’opacité restent peu documentées. Pourtant ces informations sont d’importance en vue d’une calibration robuste de l’archive « otolithe ». Le premier axe de recherche s’est concentré sur l’opacité et les effets de la température, la croissance et du métabolisme à partir d’expérimentation en milieu contrôlé. L’opacité a ainsi été définie comme une fonction de deux contributions énergétiques : l’une relative à la croissance somatique et l’autre indépendante de la croissance somatique et associée à des mécanismes de maintenance. Le second axe de recherche s’est focalisé sur l’analyse des propriétés physico-chimiques des structures de l’otolithe. Le développement d’une approche en micro-spectrométrie Raman, non destructive, nous a permis de discriminer de manière quantitative des signatures organique et minérale à une très haute résolution. La caractérisation de micro et macrostructures a permis la construction d’un modèle de prédiction de l’opacité en fonction des signatures de ces deux fractions. Si la relation entre facteurs modulant la biominéralisation et caractéristiques physico-chimiques des structures reste à établir, les résultats obtenus dans cette thèse ouvrent de pistes prometteuses pour une meilleure compréhension des mécanismes de formation de l’otolithe.

This document presents all the techniques used in routine by Ifremer to estimate the age of fish from the calcified piece. The procedure for estimating age describes each technical stage from the taking of the calcified piece through to the supplying of key sizes/ages to the European work groups. This procedure is specific to each species and even each population of fish., Ce document présente toutes les techniques utilisées en routine par l'Ifremer pour estimer l'âge des poissons à partir des pièces calcifiées. La procédure d'estimation de l'âge décrit toutes les étapes techniques du prélèvement des pièces calcifiées jusqu'à la fourniture de clé tailles/âges aux groupes de travail européens. Celle-ci est spécifique à chaque espèce voire à chaque population de poissons.