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Introduction. Influenza, the most contagious of the Acute Respiratory Infections (ARIs) is considered an emergent and re-emergent disease due to a wide range of variants among the world population. Since 1997 Avian Influenza virus (H5N1) is reported in the human population of various countries and the apparent endemic feature of this Southeast Asian virus type will continue to be a risk for the world public health. The international community needs to be committed and prepared to improve and strengthen ahead some of the deficiencies of surveillance and control systems at national level. One of the main issues to be considered is the detection of new virus variants before the pandemic this will allow time of preparation for the proper response. Materials and Methods. A total of 309 samples from patients with clinical diagnosis of ARI were processed during 2005-2006 using a scheme of molecular diagnosis. Four RT-PCR assays were implemented for the virological diagnosis of ARI caused by influenza virus. Results. Samples distribution was, 65.6% of the samples belonged to patients under 18 years old, 21.35% were from ambulatory patients, 18.4% from hospitalized patients and 60.1% from units belonging to the sentinel network. Of the total of the processed samples, 13 (4.2 %) were positive to influenza virus type B, 6 (1.9 %) to influenza virus type A and 4 (1.2 %) to influenza virus C. Three (50.0 %) of the positive samples to influenza type A were H3/N2 subtype virus and three could not be subtyped (50.0 %). Discussion. The advances in the molecular biology have revolutionized the biological sciences. At present, those tools are applied in studies of influenza virus to try to identify the frequent causes of lethal influenza epidemics. Reference laboratories worldwide have implemented the powerful tools of molecular biology for surveillance and control strategies, our laboratory is one to them. During 2005-2006 the influenza virus type B showed predominance of frequent ci, Introducción. La Influenza, la más contagiosa de las Infecciones Respiratorias Agudas (IRAs), se considera actualmente como una enfermedad emergente y re-emergente, debido a la amplia circulación de variantes antiguas y nuevas entre la población mundial. A partir de 1997, se comienzan a detectar y reportar los brotes de Influenza Aviar (H5N1) en humanos, en varios países del mundo, y la aparente endemicidad de este subtipo en el Sudeste Asiático constituye y continuará siendo un riesgo para la Salud Pública a nivel mundial. Por otra parte, está la preparación y el compromiso de la comunidad científica internacional en mejorar tempranamente algunas deficiencias y obtener logros importantes en los Sistemas Nacionales de Vigilancia; uno de los primordiales lo constituye el hallazgo o detección de nuevos virus antes del comienzo de la pandemia, que permitirá disponer de tiempo para organizar una respuesta adecuada. Materiales y Métodos. Se procesaron un total de 309 muestras clínicas respiratorias de pacientes con diagnóstico clínico de IRA, durante la temporada 2005-2006, por medio de un esquema de diagnóstico molecular. Se introdujeron cuatro ensayos de Transcriptasa Reversa/Reacción en Cadena de la Polimerasa (RT/PCR) para el diagnóstico virológico de las IRAs producidas por los virus influenza. Resultados. El 65.6% de las muestras pertenecían a pacientes menores de 18 años de edad. 21.35% procedentes de pacientes ambulatorios, 18.4% de pacientes hospitalizados y 60.1% de unidades pertenecientes a la Red centinela. Del total de las muestras procesadas, 13 fueron positivas al tipo B de los virus influenza (4.2%), 6 al virus influenza A (1.9%) y 4 al virus influenza C (1.2%). Tres de las muestras positivas a influenza A fueron subtipificadas como H3/N2 (50%) y tres no pudieron ser subtipificadas (50%). Discusión. Los avances en la biología molecular han revolucionado a las ciencias biológicas; se aplican en la actualidad a los estudios de los virus influenza y se emple