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Zuckerrüben können während der Lagerung von verschiedenen Fäulniserregern befallen werden, die erhebliche Zuckerverluste verursachen und die Verarbeitungsqualität in der Zuckerfabrik verschlechtern. Bisher ist nur wenig über das Mikroorganismenspektrum und Faktoren, die dessen Zusammensetzung bestimmen, bekannt. Ziel der vorliegenden Arbeit war es, den Einfluss von Genotyp, Anbauumwelt und Lagerungstemperatur auf die mikrobielle Besiedlung von Zuckerrüben während der Lagerung zu beschreiben. Die Zusammensetzung des Mikrobioms gelagerter Zuckerrüben wurde mit Hilfe eines Microarray basierten Nachweisverfahrens und der Hochdurchsatzsequenzierung bestimmt. In mehreren unabhängigen Lagerungsversuchen unter kontrollierten Bedingungen konnte erstmalig gezeigt werden, dass die mikrobielle Besiedlung und damit verbunden das Auftreten von Lagerfäule entscheidend durch die Lagerungstemperatur und die Anbauumwelt beeinflusst wird. Signifikante Genotypeffekte, die auf eine Resistenz gegenüber Fäulniserregern hindeuten, ließen sich ebenso reproduzierbar nachweisen. Das Speziesspektrum wurde dominiert von den Arten Botrytis cinerea, Fusarium spp. und Penicillium spp. Die mikrobielle Besiedlung der Zuckerrüben hatte eine Reduktion des Zuckerertrages und eine Verschlechterung der Verarbeitungsqualität zur Folge. Bedeutung und Konsequenz der Ergebnisse für die praktische Zuckerrübenlagerung werden diskutiert.