Los pueblos indígenas son grupos históricamente marginados, invisibilizados y a los cuales se les han vulnerado sus derechos individuales y colectivos, pero que a pesar de ello han logrado situarse a escalas decisorias en los sistemas de protección de derechos humanos desde una larga lucha por su reconocimiento y participación. Es por ello, que este estudio presenta un análisis de las diversas formas de participación de los pueblos indígenas en los mecanismos y sistemas de protección de derechos humanos desde un enfoque social y jurídico. Como referencia, se toma el marco mundial desarrollado por organizaciones internacionales como las Naciones Unidas, se examina las formas, avances y problemas que enfrentan estos pueblos en el caso colombiano y en el Sistema Interamericano de Derechos Humanos, desde la revisión de la jurisprudencia existente, diferentes teorías acerca de la participación y el contexto actual de vulnerabilidad en el que están imbuidos los pueblos indígenas. Como resultado, se da cuenta que las formas de participación aún son escasas y limitadas, refieren mayormente a un ámbito político y todavía no adquieren un grado decisorio en los sistemas de derechos humanos, no obstante los avances de los últimos veinte años se reflejan en las constituciones americanas y en los procesos locales y regionales y paulatinamente adquieren mayor impacto., Indigenous people are a group that historically have been marginalized and whose individual and group rights have been violated. Despite all this, they have managed to be in decisive positions regarding human rights thanks to their long fight for their recognition. This works aims to present an analysis of the different forms of participation of these indigenous groups in the mechanisms and ways of defense of human rights from a social and legal approach. It is taken into account the basis of international organizations as the United Nations. It is studied the development and problems that these groups have to face, particularly, in the case of the Colombian people in the Inter-American Human Rights System reviewing the current case law; and the different theories regarding these groups’ involvement and vulnerability. It is concluded that the participation systems are still scarce and limited, and are focused mainly in the political arena and not in the decisive levels of the Human Rights systems. Nevertheless, the progressions of the last twenty years are reflected in the Americans constitutions and in the local and regional processes that are, step by step, increasing their impact.