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The aim of this study was to detect antibiotic resistance genes in Escherichia coli isolates obtained from pigs with diarrhoea in intensive pig farms in Metropolitan Lima from 2017 to 2020. In total, 119 E. coli isolates were evaluated. The isolates were reactivated to extract the DNA and detect the resistance genes to the main antibiotics and of greater importance in the pig industry, such as tetracyclines (tetA, tetB and tetC), sulfonamides (sul1, sul2 and sul3), streptomycin-spectinomycin (strA/strB, aadA) and apramycin (aac(3)IV) by conventional Polymerase Chain Reaction (PCR). Results showed that 98.3% (117/119) of the isolates were positive for at least one antimicrobial resistance gene, especially the tetracycline group (88.2%). Of the 10 antimicrobial resistance genes considered, the tetA gene had the highest frequency (68%; 81/119), followed by the sul3 gene (64.7%; 77/119). The high percentage of antimicrobial resistance genes indicates a reality of the problem of bacterial resistance against antimicrobials in the study area, hence the importance of antimicrobial resistance surveillance and the correct use of antibiotics., El estudio tuvo como objetivo la detección de los genes de resistencia a los antibióticos en aislados de Escherichia coli obtenidos de cerdos con cuadros diarreicos granjas tecnificadas de Lima Metropolitana desde 2017 hasta 2020. Se evaluaron 119 aislados de E. coli. Los aislados fueron reactivados para extraer el ADN y detectar los genes de resistencia a los principales antibióticos y de mayor importancia en la industria porcina, tales como las tetraciclinas (tetA, tetB y tetC), sulfonamidas (sul1, sul2 y sul3), estreptomicina-espectinomicina (strA/strB, aadA) y apramicina (aac(3)IV) mediante la Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR) convencional. El 98.3% (117/119) de los aislados fueron positivos a por lo menos un gen de resistencia antimicrobiana, especialmente al grupo de las tetraciclinas (88.2%). De los 10 genes de resistencia antimicrobiana considerados, el gen tetA tuvo la frecuencia más alta (68%; 81/119), seguido del gen sul3 (64.7%; 77/119). El elevado porcentaje de genes de resistencia antimicrobiana indica una realidad a la problemática de la resistencia bacteriana contra los antimicrobianos en la zona del estudio, de allí la importancia de la vigilancia y el correcto uso de los antibióticos.

RESUMEN El estudio tuvo como objetivo la detección de los genes de resistencia a los antibióticos en aislados de Escherichia coli obtenidos de cerdos con cuadros diarreicos granjas tecnificadas de Lima Metropolitana desde 2017 hasta 2020. Se evaluaron 119 aislados de E. coli. Los aislados fueron reactivados para extraer el ADN y detectar los genes de resistencia a los principales antibióticos y de mayor importancia en la industria porcina, tales como las tetraciclinas (tetA, tetB y tetC), sulfonamidas (sul1, sul2 y sul3), estreptomicina-espectinomicina (strA/strB, aadA) y apramicina (aac(3)IV) mediante la Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR) convencional. El 98.3% (117/119) de los aislados fueron positivos a por lo menos un gen de resistencia antimicrobiana, especialmente al grupo de las tetraciclinas (88.2%). De los 10 genes de resistencia antimicrobiana considerados, el gen tetA tuvo la frecuencia más alta (68%; 81/119), seguido del gen sul3 (64.7%; 77/119). El elevado porcentaje de genes de resistencia antimicrobiana indica una realidad a la problemática de la resistencia bacteriana contra los antimicrobianos en la zona del estudio, de allí la importancia de la vigilancia y el correcto uso de los antibióticos. ABSTRACT The aim of this study was to detect antibiotic resistance genes in Escherichia coli isolates obtained from pigs with diarrhoea in intensive pig farms in Metropolitan Lima from 2017 to 2020. In total, 119 E. coli isolates were evaluated. The isolates were reactivated to extract the DNA and detect the resistance genes to the main antibiotics and of greater importance in the pig industry, such as tetracyclines (tetA, tetB and tetC), sulfonamides (sul1, sul2 and sul3), streptomycin-spectinomycin (strA/strB, aadA) and apramycin (aac(3)IV) by conventional Polymerase Chain Reaction (PCR). Results showed that 98.3% (117/119) of the isolates were positive for at least one antimicrobial resistance gene, especially the tetracycline group (88.2%). Of the 10 antimicrobial resistance genes considered, the tetA gene had the highest frequency (68%; 81/119), followed by the sul3 gene (64.7%; 77/119). The high percentage of antimicrobial resistance genes indicates a reality of the problem of bacterial resistance against antimicrobials in the study area, hence the importance of antimicrobial resistance surveillance and the correct use of antibiotics.

RESUMO O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização genética de Staphylococcus spp. resistentes a meticilina isolados de suínos. Foram coletadas 30 amostras de swab nasal de suínos, abatidos em um frigorífico com Serviço de Inspeção Federal. Os isolados foram submetidos a análises macro e microscópicas que, em seguida, para detectar a resistência bacteriana, foram submetidos a ensaios fenotípicos da sensibilidade aos antimicrobianos. Posteriormente, as amostras resistentes a oxacilina, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para verificar a presença do gene mecA. Das 30 amostras analisadas, foram isolados 12 (40%) Staphylococcus spp. coagulase positiva, e 18 (60%) coagulase negativa, e, dentre os isolados, 26 (86,66%) foram resistentes a oxacilina sendo possível detectar o gene mecA em seis (23%) amostras. Este estudo evidencia a presença de genes de resistência em microrganismos comuns a microbiota de animais de produção que podem ser transmitidos ao homem. Além de chamar a atenção para a frequência e quantidade de antimicrobianos aos quais estes animais são expostos durante toda sua vida, podendo ser considerado um problema para a saúde única.

Resistência bacteriana à agentes antimicrobianos é um problema mundial sério, e entendendo a base molecular de como os genes responsáveis pela resistência são adquiridos e transmitidos, pode-se contribuir com a criação de novas estratégias antimicrobianas. Um mecanismo eficiente para a aquisição e disseminação de determinantes de resistência é a transmissão por elementos genéticos móveis (plasmídeos). Verificou-se que plasmídeos, transposons através de conjugação, são responsáveis pela expansão horizontal de genes de resistência ao longo das gerações de bactérias. Recentemente, elementos de expressão gênica foram denominados “integrons” que são veículos para aquisição de genes de resistência levada por plasmídeos. Os integrons também estão envolvidos na recombinação genética de determinantes de resistência e foram observados em patógenos bacterianos múltiplo-antibiótico-resistentes.

El tizón tardío, causado por el oomyceto patógeno Phytophthora infestans, es la principal enfermedad que afecta al cultivo de la papa. Debido a que es un riesgo para la seguridad alimentaria, se han identificado genes de resistencia a P. infestans en cultivares comerciales de papa para ser empleados en programas de cruza y fitomejoramiento; sin embargo, son pocos los estudios que han evaluado la resistencia a nivel molecular en variedades locales. En el presente trabajo, se utilizaron herramientas bioinformáticas para determinar las funciones biológicas, rutas metabólicas y relaciones funcionales existentes entre las proteínas putativas de genes diferencialmente expresados (DEGs) en Solanum goniocalyx por su reacción resistente y susceptible a Phytophthora infestans cepa POX-67 a las 0 y 48 horas post-inoculación (hpi). Los resultados evidencian genes más expresados que codifican a quinasas, proteínas NBS-LRR y proteínas relacionadas a almacenamiento de metabolitos secundarios en el estado basal de la accesión resistente Wira Pasña (CIP 704270) en comparación con la susceptible Sumaq Perqa (CIP 703777), los cuales podrían conferir una ventaja constitutiva frente a factores bióticos. No obstante, la resistencia a tizón tardío en Wira Pasña estaría dada por los genes NBS-LRR, encontrando genes anotados como Rpi-vnt1 que se conoce confieren resistencia contra la cepa POX-67. Adicionalmente, se encontraron genes que codifican a proteínas involucradas en mecanismos de retrotransposición, las cuales podrían regular la expresión de los genes de resistencia a P. infestans en Wira Pasña. Late blight, caused by the pathogen oomycete Phytophthora infestans, is the main disease that affects potato crops. Because of this threat to food security, resistance genes against P. infestans have been identified in commercial potato cultivars to be used in breeding and crop improvement programmes. However, few studies have evaluated molecular resistance in potato landraces. Here, we used bioinformatic tools to determine biological functions, metabolic pathways and functional relationships among putative proteins of differential expressed genes in Solanum goniocalyx by its susceptible and resistant reaction to Phytophthora infestans POX-67 at 0 and 48 hours post inoculation (hpi). The results show more expressed genes that encode kinases, NBS-LRR proteins and proteins related to secondary metabolites storage in the basal state of the resistant accession Wira Pasña (CIP 704270) compared to the susceptible Sumaq Perqa (CIP 703777), which could confer a constitutive advantage against biotic stress. However, the resistance against late blight in Wira Pasña would be given by NBS-LRR genes, being found genes annotated as Rpi-vnt1 known to confer resistance against the POX-67 isolate. In addition, it was found genes that encode proteins involved in retrotransposition mechanisms, which could regulate the expression of resistance genes to P. infestans in Wira Pasña.

The Meia Ponte River – Goiás/Brazil, is responsible for benefiting about 2 million people in Goiás State. However, the increase in pollution with the disposal of sewage, chemicals and drug remains have contributed to the increase in bacterial resistance and the exchange of resistance genes. The objective of this study was to isolate, identify and analyze the resistance profile of gram-positive bacteria present in raw water and sediment of the Meia Ponte River – Goiás. The samples were collected from four sampling points and two collections were carried out, one in the dry season and the other in the rainy season. The isolated bacteria were identificated, then the antibiogram was performed. A total of 75 strains were isolated, 72.0% (54/75) of Streptococcus spp., 12.0% (9/75) of Staphylococcus spp., 9.3% (7/75) of Bacillus spp. and 6.7% (5/75) of Enterococcus spp. Furthermore, 52.0% (39/75) of the isolated strains were from raw water and 48.0% (36/75) were isolated from the sediment. Among the samples, strains of Staphylococcus spp. and Bacillus spp. showed greater resistance to antimicrobials, on the other hand, Enterococcus spp. showed less resistance. Some strains of Bacillus spp. and Streptococcus spp. presented multidrug resistant, Staphylococcus spp. showed multidrug resistant and some pan-drug resistant. In the correlation of Spearman Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. isolated, were the ones that presented the most significant correlations (p < 0.05). Thus, the study shows the importance of ascertaining the resistance profile of this group of bacteria that aquatic environment. El río Meia Ponte - Goiás/Brasil, es responsable de beneficiar a cerca de 2 millones de personas en el estado de Goiás. Sin embargo, el aumento de la contaminación con eliminación de aguas residuales, productos químicos y restos de medicamentos ha contribuido al aumento de resistencia bacteriana y intercambio de genes de resistencia. El objetivo de este estudio fue aislar, identificar y analizar el perfil de resistencia de bacterias grampositivas presentes en aguas crudas y sedimentos del río Meia Ponte - Goiás. Las muestras se recolectaron de cuatro puntos de muestreo y se realizaron dos recolecciones, una en época seca y otra en época de lluvias. Se identificaron las bacterias aisladas, luego se realizó el antibiograma. Se aislaron un total de 75 cepas, 72,0% (54/75) de Streptococcus spp., 12,0% (9/75) de Staphylococcus spp., 9,3% (7/75) de Bacillus spp. y 6,7% (5/75) de Enterococcus spp. Además, el 52,0% (39/75) de las cepas aisladas procedían de agua cruda y el 48,0% (36/75) se aislaron del sedimento. Entre las muestras, cepas de Staphylococcus spp. y Bacillus spp. mostró mayor resistencia a los antimicrobianos, por otro lado, Enterococcus spp. mostró menos resistencia. Algunas cepas de Bacillus spp. y Streptococcus spp. presentó resistentes a múltiples fármacos, Staphylococcus spp. se mostró multirresistente y algunos panresistentes. En la correlación de Spearman Staphylococcus spp. y Streptococcus spp. aisladas, fueron que presentaron las correlaciones más significativas (p

Juchi F2000, Náhuatl F2000 y Tlaxcala F2000 son variedades de trigo harinero recientemente liberadas para siembras de temporal o secano en México. La roya de la hoja del trigo causada por Puccinia triticina E. afecta la producción de este cereal en forma continua, por lo que; el mejoramiento genético para resistencia a esta enfermedad ha sido el método más eficiente para su control. Con el fin de determinar la genética de la resistencia a la roya de la hoja en Juchi F2000, Náhuatl F2000 y Tlaxcala F2000, éstas se cruzaron con la variedad susceptible Avocet-YrA (AOC-YrA). Ciento cuarenta y ocho familias F3 por cruza y sus progenitores fueron evaluadas en el Valle del Yaqui, Sonora, por su respuesta a la roya de la hoja, durante el ciclo de cultivo otoño-invierno 2001-2002. Se creó una epifitia artificial mediante la inoculación con urediniosporas de roya de la hoja de la raza MCJ/SP. Las familias se clasificaron en resistentes, susceptibles y segregantes. Con base en el número de familias homocigóticas resistentes y susceptibles, se determinó que Juchi F2000 y Tlaxcala F2000 poseen cuatro genes de efecto aditivo que condicionan el desarrollo lento de la roya. También se determinó que Náhuatl F2000 posee tres genes de efecto aditivo, que incluye el posible efecto del gene Lr16. Un gene en común en las tres variedades fue Lr34, que confiere resistencia de desarrollo lento de la roya de la hoja. El número de genes se discute de acuerdo con el tamaño de la población y a las frecuencias esperadas.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais Introdução: A disseminação de Acinetobacter baumannii associada à emergência de genótipos de resistência aos carbapenêmicos, é de grande preocupação no mundo todo. Objetivos: Compreender a epidemiologia hospitalar bem como a atual disseminação de clones de alto risco em cepas clínicas de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos. Materiais e métodos: O estudo foi conduzido em duas etapas. Primeiramente, foi realizado estudo epidemiológico através de uma coorte de 489 pacientes internados no Hospital de Clínicas (HC-UFU), com infecção por A. baumannii resistente aos carbapenêmicos no período de 2013 a 2017, considerando o primeiro episódio. Em segundo, foi realizado um estudo molecular de amostras recuperadas do HC-UFU, juntamente com isolados de A. baumannii recuperados de outros hospitais de Minas Gerais (MG), os quais foram selecionados para serem tipadas pela técnica de sequenciamento de MLST (Multilocus Sequence Typing, esquema Pasteur) e, destas, uma amostra foi selecionada para o sequenciamento de genoma completo a partir da plataforma NextSeq 500 (Illumina) utilizando leituras paired-end de 150 pb. Todas as cepas foram submetidas à reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção dos genes de oxacilinases (blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-58 e blaOXA-143) e outras carbapenemases (blaNDM-1, blaKPC, blaIMP-1, blaVIM-1, blaTEM). Resultados: No estudo epidemiológico, foi encontrada incidência de infeção por A. baumannii resistente aos carbapenêmicos de 0,7/1000 pacientes-dia, com a maioria dos pacientes com infecção de trato respiratório (54,7%), predominantemente internados na unidade de terapia intensiva (UTI). Em novembro de 2014 os índices de infecção ultrapassaram os limites estabelecidos, confirmando um surto de infecção por A. baumannii multirresistente. A frequência de mortalidade foi elevada (39%) e a análise multivariada mostrou que os fatores de risco relacionados foram presença de sepse e antibioticoterapia definitiva inapropriada. Foi verificado que 93,9% dos pacientes tiveram infecções por isolados multirresistentes (MDR) e 41,5% por isolados extensivamente resistente (XDR). 94,5% das 107 cepas recuperadas e testadas, recuperadas do HC-UFU, foi positiva para o gene blaOXA-23. Na etapa molecular, foram selecionadas 10 amostras clínicas de A. baumannii, obtidas de diferentes hospitais do estado de MG. Sete amostras (58,3%) foram positivas para o gene blaOXA-23 e uma (8,3%) foi positiva para o gene blaNDM-1. Estas 10 amostras, juntamente com duas amostras selecionadas do HC-UFU, foram tipadas por MLST, e observou-se disseminação clonal de sete STs e quatro complexos clonais (CC), com predominância do ST/CC79 bem como a identificação de dois STs novos, ST1465/CC216, e ST1466/CC79. Foi realizado o sequenciamento de genoma completo da cepa positiva para o gene blaNDM-1, o qual era carreado por um plasmídeo incomum (pAb17), cujo transposon Tn125 sofreu perda de genes. Além disso, a amostra possuía no cromossomo gene blaOXA-106, variante de blaOXA-51, além do gene blaADC-25 com ISAba1 upstream. Conclusões: O estudo evidenciou endemicidade de A. baumannii MDR no HC-UFU, com elevada frequência do gene blaOXA-23 nos isolados recuperados, além de maior risco de evolução para óbito em pacientes com infecções graves recebendo antibioticoterapia definitiva inapropriada. Também mostrou disseminação de diferentes STs de A. baumannii MDR no estado de Minas Gerais, com predominância do ST/CC79 e a identificação de dois novos STs, além da emergência do gene blaNDM-1 em A. baumannii em nosso estado. Introduction: The spread of Acinetobacter baumannii associated with the emergence of resistance genotypes to carbapenems is of great concern worldwide. Aims: To understand hospital epidemiology as well as the current dissemination of high-risk clones in clinical strains of A. baumannii resistant to carbapenems. Materials and methods: The study was conducted in two stages. First, an epidemiological study was conducted using a cohort of 489 patients with carbapenem-resistant A. baumannii infection from 2013 to 2017 hospitalized at Hospital de Clínicas (HC-UFU), considering the first episode. Secondly, a molecular study of samples recovered from HC-UFU was carried out, along with isolates of A. baumannii recovered from other hospitals in Minas Gerais (MG) state, were selected to be typed by the MLST sequencing technique (Multilocus Sequence Typing, Pasteur scheme) and, of these, the whole-genome of one strain was sequenced using an Illumina Next-Seq 500 paired-end reads (150 bp). Polymerase chain reaction (PCR) were used to detect the oxacillinase genes (blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-58 e blaOXA-143) and other carbapenemases (blaNDM-1, blaKPC, blaIMP-1, blaVIM-1, blaTEM). Results: In the epidemiological study, an incidence of carbapenem-resistant A. baumannii infection of 0.7/1000 patient-days were found, with most patients with respiratory tract infections (54.7%), predominantly hospitalized in the intensive care (ICU). In November 2014, the infection rates exceeded the established limits, confirming an outbreak of multi-resistant A. baumannii infection. The frequency of mortality was high (39%) and the multivariate analysis showed that the related risk factors were the presence of sepsis and antimicrobial inappropriate therapy. It was found that 93.9% of the patients had infections with the multidrug resistant microorganism (MDR) and 41.5% with the extensively resistant microorganism (XDR). 94.5% of the 107 strains recovered and tested, recovered from the HC-UFU, were positive for the blaOXA-23 gene. On the molecular stage, 12 clinical strains of A. baumannii, obtained from different hospitals of MG state were selected. Seven strains (58.3%) were positive for the blaOXA-23 gene and one (8.3%) was positive for the blaNDM-1 gene. These 12 strains, along with two selected isolates from the HC-UFU, were typed by MLST, the result showed clonal dissemination of seven STs and four clonal complexes (CC), with predominance of ST/CC79 as well as the identification of two new STs, ST1465/CC216, and ST1466/CC79. Whole-genome sequencing of the positive sample for the blaNDM-1 gene was carried out, which was carried by an unusual plasmid (pAb17), in which some genes of the Tn125 transposon were lost. Besides, on the chromosome, the strain reported here presented blaOXA-106 gene, a variant of blaOXA-51 gene, and blaADC-25 with ISAba1 upstream. Conclusions: The study showed endemicity of A. baumannii MDR at HC-UFU, with a high frequency of the blaOXA-23 gene in recovered isolates, in addition to a higher risk of death in patients with severe infections receiving antimicrobial inappropriate definitive therapy. It also showed dissemination of different STs of A. baumannii MDR in the state of Minas Gerais, the predominance of ST/CC79, the identification of two new STs, in addition to the emergence of the blaNDM-1 gene in A. baumannii in MG. Tese (Doutorado)

Tese de Mestrado, Microbiologia Aplicada, 2021, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2022-02-10T16:36:34Z No. of bitstreams: 1 TM_Iuri_Lopes.pdf: 2303366 bytes, checksum: 6b28dbfd08dd7dfe2797cf8e8cdada08 (MD5) Made available in DSpace on 2022-02-10T16:36:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TM_Iuri_Lopes.pdf: 2303366 bytes, checksum: 6b28dbfd08dd7dfe2797cf8e8cdada08 (MD5) Previous issue date: 2021

Tese (doutorado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2020. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). A banana (Musa spp.) é uma das frutas mais importantes do mundo, base da alimentação familiar em diversos países, sendo uma relevante fonte nutricional, rica em carboidratos, fibras, vitaminas e minerais. Entretanto, as cultivares de maior interesse são suscetíveis ao ataque de fitopatógenos. A Sigatoka-amarela, causada pelo fungo Pseudocercospora musae, é uma das doenças mais destrutivas dessa cultura, resultando em perdas consideráveis na produção, afetando principalmente as cultivares do subgrupo Cavendish. A medida de controle mais eficiente é a criação de novas variedades resistentes ao patógeno, e a genômica pode ser uma grande aliada na descoberta de genes candidatos envolvidos em resistência, para que seja realizada sua introgressão em cultivares comerciais. O objetivo desse trabalho foi identificar e caracterizar os genes associados à resistência envolvidos na interação entre Musa acuminata e P. musae, a partir do RNA-seq de M. acuminata subsp. burmannica Calcutta 4. Para isso, folhas de bananeira do genótipo Calcutta 4 (genótipo resistente) e de M. acuminata cv. Cavendish Grande Naine (genótipo suscetível) foram inoculadas com uma suspensão de conídios de P. musae, e mantidas em câmara de crescimento sob condições controladas. O RNA total foliar foi extraído em dois tempos de coleta: 3 e 12 dias após a inoculação. O RNA-seq foi realizado via Illumina Hiseq 4000 e resultou em 325.264.847 reads, e um total de 30.613 genes foram mapeados contra o genoma de referência de M. acuminata ssp. malaccensis var. DH-Pahang. Após a realização das análises de bioinformática, 1.073 genes apresentaram expressão diferencial (DEGs) aos 3 DAI e 976 DEGs foram observados aos 12 DAI, ambos em relação ao controle não inoculado. Dentre estes, 612 genes estão potencialmente envolvidos em respostas de defesa em Calcutta 4, incluindo diversos genes que codificam para receptores PRR, proteínas PR, fatores de transcrição dos tipos WRKY, MYB e NAC, peroxidases, quitinases e genes de resistência (NRLs). A validação da expressão de 14 genes envolvidos nas respostas a estresse biótico identificados in silico foi realizada via RT-qPCR e demonstrou uma manutenção no padrão de expressão observado no RNA-seq. Foram identificados seis genes candidatos para serem introgredidos em Musa, os dois principais codificam um para quitinase e o outro para endoquitinase. Ambos apresentaram superexpressão aos 3 DAI em Calcutta 4 e repressão em Cavendish, sendo genes potencialmente envolvidos nas respostas iniciais de defesa do genótipo resistente ao patógeno, atuando na degradação de quitina, de forma a impedir o avanço do fungo na superfície foliar. Com isso, este estudo será de grande contribuição para a elucidação dos mecanismos de resistência em Musa e beneficiará futuros programas de melhoramento da espécie para a geração de novos genótipos resistentes. Banana (Musa spp.) is one of the world's most important monocotyledonous crops, providing a source of carbohydrates, fibre, vitamins and minerals, and contributing towards global food security. Whilst wild species are generally fertile, many commercial varieties are sterile. As a result of the limited genetic variation, such cultivars are frequently susceptible to pests and diseases. Sigatoka leaf spot, caused by the fungal pathogen Pseudocercospora musae, is one of the most destructive foliar diseases of Musa, which results in serious economic damage to cultivars in the important Cavendish subgroup, with reduced crop yield and fruit quality. Accessing the genomic information of disease resistant fertile wild genotypes of Musa can improve our understanding of resistance mechanisms and serve as a guide to develop disease resistant commercial cultivars, which is recognized as the most efficient strategy for disease control. The aim of this study was to identify and characterize genetic components of resistance to P. musae in Musa acuminata, using RNA-Seq technology. Leaf RNA samples were extracted from M. acuminata subsp. burmannica Calcutta 4 (resistant genotype) and M. acuminata cv. Cavendish Grande Naine (susceptible genotype) at 3 and 12 days after inoculation (DAI) with fungal conidiospores. Calcutta 4 samples were paired-end sequenced using lllumina HiSeq 4000 technology, which resulted in 325,264,847 reads. In the present study, 30,613 genes were accurately mapped against M. acuminata ssp. malaccensis var. DH-Pahang reference genome. A total of 1,073 differentially expressed genes (DEGs) were identified at 3 DAI, and 976 DEGs were identified at 12 DAI, in relation to non-inoculated controls. 612 DEGs are potentially involved in disease resistance and defense responses to the fungus, including PRR receptors, PR proteins, WRKY, MYB and NAC transcription factors, peroxidases, chitinases and resistance genes (NRLs). Of these, 14 were validated by RT-qPCR, demonstrating that the expression pattern tendencies, at each evaluated time point, were in broad agreement between RNA-Seq and RT-qPCR data for some of the analysed genes. Six candidate defense genes were identified and offer potential for use in development of Sigatoka leaf spot resistant cultivars. Chitinase and endochitinase genes were upregulated at 3 DAI only in the Calcutta 4 genotype, indicating its potential involvement in initial resistance responses to the pathogen, likely resulting in chitin degradation and fungal growth inhibition. DEGs identified as potentially involved in defense responses will contribute to the elucidation of disease resistance mechanisms in the species, benefiting breeding programs for the development of resistant cultivars.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2020. CNPq O feijão-caupi membro da família Fabaceae, pertencente ao gênero Vigna e espécie Vigna unguiculata. Seus grãos são usados principalmente na alimentação humana, possuem alto valor nutritivo, com grande quantidade de proteína (cerca de 23%), vitaminas, fibras e aminoácidos essenciais. O gênero Meloidogyne, conhecido como nematoide das galhas, compreende o maior grupo de fitonematoides, causando grandes perdas anuais mundialmente. O gênero é composto por aproximadamente 100 espécies com alto grau de polifagia, parasitando cerca de 2.000 espécies botânicas. O feijão-caupi é suscetível ao nematoide das galhas (NG) e a busca por genótipos promissores em resistência genética, se faz necessária para melhorar as condições de cultivo e de comercialização dos grãos. Atualmente são conhecidos alguns genes envolvidos na resistência genética para algumas espécies do gênero Meloidogyne, como os genes RK e RK2. Tendo em vista essa resistência já conhecida, o objetivo do presente trabalho foi conhecer os gêneros de fitonematoides que ocorrem em campos de cultivo de feijão-caupi nas principais regiões produtoras do Brasil, identificar a nível de espécie nematoides do gênero Meloidogyne, preparar e manter culturas puras das diferentes populações de Meloidogyne e seleção de fontes de resistência de feijão-caupi às espécies M. enterolobii e M. incognita. Para isso, foram feitas coletas em diversas regiões produtoras de feijão-caupi no Brasil e a identificação dos nematoides a nível de gênero foi feita com base em caracteres morfológicos, já para nível de espécies para o gênero Meloidogyne, a identificação foi feita através do padrão de esterase (enzima presente nos nematoides do gênero Meloidogyne). A seleção de genótipos contrastantes em resistência para as espécies Meloidogyne incognita e Meloidogyne enterolobii foi feita em experimento com delineamento inteiramente causalizado feito em vasos de um litro cada (27 genótipos, com 6 plantas para cada genótipo e 3 repetições no tempo). Após 15 dias da semeadura, as plantas foram inoculadas separadamente com 12.000 mil ovos e eventuais juvenis de cada espécie do nematoide por planta. Sessenta dias após a inoculação, foram estimados o fator de reprodução (FR), o índice de galhas (IG) e o número de ovos por grama de raiz (NOGR). Nesta seleção foi avaliado o Fator de Reprodução para cada planta separadamente, com o objetivo de determinar a suscetibilidade ou resistência dos acessos às duas espécies de nematoides. Os genótipos BRS Fradinho e BRS Milênio mostraram-se resistentes à M. enterolobii (FR≤ 1), já para M. incognita, BRS Caraguaçu, BRS Fradinho, BR 17 Gurguéia, BRS Itaim, BRS Imponente, BRS Milênio, BRS Novaera, BRS Pajeú e BRS Potengi se apresentaram como resistentes, as demais cultivares foram consideradas suscetíveis. Para M. javanica apenas BRS Imponente e BRS Milênio foram resistentes. A identificação de fontes comerciais de resistência às espécies prevalentes de NGR no Brasil fornece uma contribuição importante para a expansão contínua do cultivo de feijão- caupi no país, que, como uma cultura nutricionalmente importante, oferece considerável importância à segurança alimentar no século XXI. Cowpea is a member of the Fabaceae, belonging to the genus Vigna and species Vigna unguiculata. This legume plant represents an important source of protein (about 23%), essential amino acids, vitamins and fibers, with beans used mainly for human consumption, given the high nutritional value of the crop. The genus Meloidogyne, known as the root knot nematode (RKN), comprises the largest group of phytonematodes, causing large annual losses worldwide. The genus is composed of approximately 100 species with a high degree of polyphagy, parasitizing around 2,000 botanical species. Commercial cowpea is susceptible to RKN species, with the identification of sources of genetic resistance necessary to improve cultivation and commercialization of the crop. A limited number of dominant genes conferring resistance to certain species of the genus Meloidogyne have been identified in cowpea, such as the genes RK and RK2, with introgression into commercial materials in breeding programs in other producing countries. Given such potential resistance in cowpea, the objective of the present work was to identify sources of resistance to the prevalent Meloidogyne species in Brazil. Phytonematode genera occurring in cowpea across the main production areas were identified at the genus level on the basis of morphological characters, whereas for species level identification for the genus Meloidogyne, identification was made on the basis of standard esterase enzyme profile. Cowpea germplasm collections were made across several producing regions in Brazil. The selection of contrasting resistant genotypes to the RKN species Meloidogyne incognita and Meloidogyne enterolobii, identified as predominant species, was carried out under greenhouse conditions following a completely randomized design experiment. A total of 27 genotypes were evaluated, with 6 plants employed for each genotype and 3 repetitions for each evaluated time point. Fifteen days after planting, each seedling plant was separately inoculated with 12,000 eggs of each nematode species. Sixty days after inoculation (DAI), the reproduction factor (RF), the gall index (GI) and the number of eggs per gram of root (NEGR) were estimated. The genotypes BRS Fradinho and BRS Milênio were identified as resistant to M. enterolobii (FR≤ 1), whereas for M. incognita, the genotypes BRS Caraguaçu, BRS Fradinho, BR 17 Gurguéia, BRS Itaim, BRS Imponente, BRS Milênio, BRS Novaera, BRS Pajeú and BRS Potengi displayed resistance, with all other genotypes screened considered susceptible. For M. javanica only BRS Imponente and BRS Milênio displayed resistance. The identification of commercial sources of resistance to prevalent RKN species in Brazil provides an important contribution to the continued expansion of cowpea cultivation in the country, which, as a nutritionally important crop, offers considerable importance in food security for the 21st Century. Key words: Meloidogyne enterolobii, Meloidogyne incognita, Meloidogyne javanica, Vigna unguiculata, resistance genes, root knot nematode.

[SPA] En los invernaderos de pimiento del Campo de Cartagena (Murcia) Meloidogyne incognita está ampliamente distribuido y tras la eliminación del bromuro de metilo, se ha convertido en un problema emergente en más del 40% de los invernaderos. El uso de porta-injertos resistentes ha demostrado ser una técnica viable para lidiar con Meloidogyne incognita en varios cultivos (tomate, melón, sandía, etc.). Sin embargo, se ha investigado poco acerca del efecto fisiológico y nutricional del pimiento cultivado en invernadero en condiciones de clima mediterráneo. Por lo tanto, estudiamos una variedad susceptible (Gacela) injertada en porta-injertos resistentes (C19, C25 y RT17), y la comparamos con las plantas no injertadas y autoinjertadas (GAL). Los fenoles totales y carotenoides se vieron afectados significativamente, al igual que el perfil de aminoácidos. Estos resultados proporcionan nuevos conocimientos en los rasgos que pueden identificar porta-injertos resistentes a nematodos, y por lo tanto nuevas herramientas para inducir resistencia, mientras que evitamos el uso de desinfectantes de suelo. [ENG] In the pepper greenhouses of Campo de Cartagena (Murcia) Meloidogyne incognita is widely distributed and after the elimination of methyl bromide, it has become an emerging problem in more than 40% of greenhouses. The use of resistant rootstocks has proved to be a viable technique for dealing with Meloidogyne incognita in several crops (tomato, melon, watermelon, etc.). However, little research has been done on the physiological and nutritional effect of pepper grown in greenhouses under Mediterranean climate conditions. Therefore, we studied a susceptible variety (Gacela) grafted on resistant rootstocks (C19, C25 and RT17), and compared it with non-grafted and autografted (GAL) plants. Total phenols and carotenoids were significantly affected, as was the amino acid profile. These results provide new insights into traits that can identify nematode-resistant rootstocks, and therefore new tools to induce resistance, while avoiding the use of soil disinfectants.

El uso excesivo e inadecuado de antibióticos en la acuicultura ha favorecido la aparición y diseminación de la resistencia antimicrobiana en el ambiente acuático. En el Perú la industria langostinera no cuenta con estudios de línea base ni un plan de vigilancia de la resistencia antimicrobiana en las bacterias del género Vibrio, microorganismos asociados a una serie de enfermedades y que son una de las principales causas por las que se medica el alimento en la crianza de langostinos. Este estudio estuvo dirigido a determinar los determinantes genéticos que confieren resistencia a los principales antibióticos utilizados para combatir bacterias del genero Vibrio y crear puntos de corte epidemiológicos para facilitar la vigilancia de la resistencia a antimicrobianos. Para esto se utilizaron cepas de Vibrio spp. aisladas por el laboratorio de la oficina desconcentrada de SANIPES en Tumbes entre los meses de octubre (2017) y julio (2018) y fueron sometidas a pruebas de difusión en agar y PCR. El 76.46% (91/119) de las cepas estudiadas mostro resistencia a ampicilina, 35.29% (42/119) a tetraciclina y oxitetraciclina, 0.84% (1/119) a trimetropin/sulfametoxazol, 0.84% (1/119) a enrofloxacina; ninguna de las muestras estudiadas mostró resistencia a cloranfenicol. Se lograron detectar los genes tet(A) en el 26.19% (11/42) de las cepas resistentes a tetraciclina y tet(B) en el 69.04% (29/42) de las mismas. El análisis NRI permitió establecer puntos de corte epidemiológicos que identificaron cepas portadoras de genes de resistencia contra tetraciclinas.

[ES] En los últimos años se han incrementado los estudios de resistencias bacterianas a los antibióticos debido a la desmesurada utilización que ha tenido lugar en la producción avícola. Por ello, en este estudio se realizará la investigación de las resistencias a antibióticos de cepas de Enterococcus spp., aislados de productos avícolas que se comercializan para consumo humano. El perfil fenotípico de resistencia se llevará a cabo mediante antibiograma en medio de cultivo sólido, en el cual se analizará la sensibilidad o resistencia que presentan las cepas de Enterococcus spp. analizadas a 8 antibióticos diferentes, para obtener el porcentaje o la tasa de cepas multirresistentes. Por otro lado, el perfil genotípico se realizará mediante dos tipos diferentes de PCR, una simple y una múltiple, de los principales genes involucrados en la resistencia para comprobar si las cepas de Enterococcus spp. analizadas poseen el gen en cuestión y ver si son capaces de expresarlo o no, puesto que, en algunos casos, sí que poseen el gen que se busca, pero no son capaces de expresarlo., [EN] In recent years, studies of bacterial resistance to antibiotics have increased due to the excessive use that has taken place in poultry production. Therefore, in this study will be carried out the investigation of the resistances to antibiotics of strains of Enterococcus spp, isolated of poultry products destined for human consumption. The phenotypic profile of resistance is carried out by antibiogram in solid culture medium, in which the sensitivity or resistance of Enterococcus spp. strains to 8 different antibiotics will be analyzed, to obtain the percentage or rate of multiresistant strains. On the other hand, the Genotypic profile will be done using two different types of PCR, one single and one multiple, of the main genes involved in resistance to check if strains of Enterococcus spp. analysed possess the gene in question and see if they are able to express it or not, since, in some cases, they do possess the gene they are looking for, but they are not able to express it.

Relatório de Estágio do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas apresentado à Faculdade de Farmácia Os antibióticos apareceram no século passado e, aquando do seu aparecimento,revolucionaram a medicina no tratamento das infeções bacterianas, que era a principal causade morte até então. No entanto, com o aparecimento dos antibióticos, depressa as bactériasdesenvolveram mecanismos para se defender dos efeitos dos mesmos, surgindo assim umaameaça para saúde humana a nível mundial, que é a resistência aos antibióticos. Desde então,muitos estudos têm sido feitos para tentar perceber se a origem da resistência se deve aocomportamento de risco do ser humano, a processos naturais ou a ambos.O resistoma, que diz respeito à coleção de todos os genes que codificam resistênciaaos antibióticos pode ser designado de resistoma natural, se resulta dos mecanismos de defesanaturais das bactérias produtoras de antibióticos ou, de resistoma contaminante, se resultadas atividades humanas. Da mesma forma, a resistência pode ser dividida em resistênciaintrínseca, quando diz respeito à resistência desenvolvida pelas bactérias para sobreviver aosantibióticos produzidos por elas próprias, ou em resistência adquirida, quando se refere abactérias que eram suscetíveis ao antibióticos mas que devido a alterações estruturais e/oubioquímicas na célula, passaram a apresentar resistência ao antibiótico.As bactérias podem apresentar resistência aos antibióticos recorrendo a váriosmecanismos, que podemos dividir em: alteração enzimática do antibiótico, diminuição dapenetração e efluxo de antibióticos, alterações no local alvo do antibiótico e, processos deadaptação celular.No estudo da resistência aos antibióticos, devemos ter em conta os maioresreservatórios e fontes de genes de resistência aos antibióticos, de bactérias e de antibióticos,como são, por exemplo, o solo, a pecuária, as Estações de tratamento de água residuais, oshospitais e o ser humano. Para além disso, devemos também ter em conta as formas detransmissão da resistência aos antibióticos para o ser humano. Ter a perceção destes pontosé fulcral para que seja possível começar a desenvolver estratégias tanto a nível profissional eclínico, como a nível científico e farmacológico para controlar a resistência aos antibióticos. Antibiotics emerged in the last century and, upon their forthcoming, theyrevolutionized medicine in the treatment of bacterial infections, the leading cause of deathuntil then. Nevertheless, with the emergence of antibiotics, bacteria soon developed defensemechanisms against their effects, therefore emerging a threat to human health worldwide –antibiotic resistance. From then on, multiple studies have been carried out to figure out if theorigin of resistance is due to human risk behaviour, natural processes or both.The resistome, which refers to the collection of all genes encoding antibiotic resistance,may be referred to as natural resistome if resulting from natural defense mechanisms ofantibiotic-producing bacteria or as contaminating resistome if resulting from human activities.Similarly, resistance can be divided into intrinsic resistance, when it comes to the resistancedeveloped by bacteria to survive the antibiotics they produce themselves, or into acquiredresistance, when it refers to bacteria susceptible to antibiotics that, due to structural and/orbiochemical structural changes in the cell began to show antibiotic resistance.Bacteria may be resistant to antibiotics using several mechanisms, which can be dividedinto: antibiotic’s enzymatic alteration, antibiotic’s decreased penetration and efflux, changes inthe target site of the antibiotic and cellular adaptation processes.In the study of antibiotic resistance we should take into account the largest reservoirsand sources of antibiotic resistance genes, of bacteria and antibiotics, such as soil, livestock,wastewater treatment plants, hospitals and human being himself.Furthermore, we must also take into account the ways antibiotic resistance istransmitted to humans. Understanding these points is crucial to start developing professionaland clinical, as well as scientific and pharmacological strategies to control antibiotic resistance.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) The molecular factors involved in the coffee’s resistance to rust and other diseases have not been completely known, but related projects have been developed since the last century. One of the main problems that make difficult to identify these factors is the lack of a stable version of the Coffea arabica genome. The organization World Coffee Research (WCR) recently made available its version of the C. arabica genome made out of Next Generation Sequencing (NGS) technology. It is known that the pathogenic relations of rust and coffee include effector proteins interacting with the plant’s NBS-LRR proteins, which activate its immune response, normally resulting on a Hypersensitivity Response (HR). The coffee’s resistance gene SH3 codifies a protein similar to the class Coiled Coil-NBS-LRR and the plants that include that gene show a vertical resistance to rust. Looking for factors similar to gene SH3 could lead to new resistance factors able to be used in the development of new coffee varieties with vertical resistance to rust. Through this research it was possible to identify sequences of protein exclusively present in genomes of the Coffea plants, as well as features differentially present in sequences of Arabica and robusta coffee. It was also possible to identify the chromosome localization of the identified sequences. Finally, the results of this research allowed classifying and systematizing all the candidate proteins to use them in coffee genetic improvement programs. Os fatores moleculares envolvidos na resistência a ferrugem do café e outras doenças ainda não são totalmente conhecidos, mas os projetos relacionados com o tema vêm sendo feitos desde o século passado. Um dos principais problemas que dificultam a identificação destes fatores é a falta de uma versão estável do genoma do Coffea arabica. Recentemente, o consórcio World Coffee Research (WCR) liberou a sua versão do genoma de C. arabica feito com tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). É conhecido que as relações patogênicas da Ferrugem e o Café têm proteínas efetoras que interagem com proteínas do tipo NBS-LRR da planta. Estas ativam a resposta imunitária da planta, o que resulta normalmente em Reações de Hipersensibilidade (HR). O gene de resistência de café SH3 codifica uma proteína similar à classe Coiled Coil-NBS-LRR e, sabe-se que as plantas que contêm esse gene apresentam resistência vertical à ferrugem. A procura de fatores similares ao gene SH3 poderia prover novos fatores de resistência que possam ser utilizados no desenvolvimento de novas variedades de café com resistência vertical para ferrugem. Neste estudo, foi possível identificar de proteínas presentes exclusivamente em genomas de plantas do gênero Coffea, assim como motivos presente exclusivamente em sequências de café arábico e robusta. Também foi possível identificar a localização cromossômica das sequencias identificadas. Finalmente, os resultados deste estudo conseguiram classificar e fazer anotações de todas as proteínas candidatas com o objetivo de utiliza-las em programas de melhoramento genético de café. CNPq: 132772/2017-5

The study aimed to identify Staphylococcus spp with phenotypes and genotypes of methicillin resistance, as well as to identify variants of the coa + gene polymorphism in S. aureus. In total, 97 strains of Staphylococcus spp isolated from chickens were used and antibiograms and multiplex PCR, conventional PCR and sequencing tests were carried out. The phenotypic results indicate the presence of resistance to 2 MRSA and 26 SCN resistant to methicillin (cefoxitin) and 2 S. aureus and 67 SCN with presumed resistance to methicillin (oxacillin) in the antibiograms. Using PCR, the mecA gene responsible for methicillin resistance was identified in 24 strains: 2 MRSA and 22 SCNRM. In addition, 4 S. aureus genotypes with variants of the coagulase gene polymorphism were identified. The results suggest a constant genetic activity, the appearance of clones and the expression of genes for resistance to the main antibiotics faced by Staphylococcus spp., El estudio tuvo como objetivo identificar Staphylococcus spp con fenotipos y genotipos de resistencia a meticilina, así como identificar variantes del polimorfismo del gen coa + en S. aureus. Se utilizaron 97 cepas de Staphylococcus spp aislados de pollos y se hicieron antibiogramas y pruebas de PCR multiplex, PCR convencional y secuenciamiento. Los resultados fenotípicos indican la presencia de resistencia a 2 SARM y 26 SCN resistentes a meticilina (cefoxitina) y 2 S. aureus y 67 SCN con presunta resistencia a meticilina (oxacilina) en las pruebas de antibiograma. Mediante PCR se identificó el gen mecA responsable de la resistencia a meticilina en 24 cepas: 2 SARM y 22 SCNRM y se identificaron cuatro genotipos de S. aureus con variantes del polimorfismo del gen coagulasa. Los resultados sugieren una actividad genética constante, la aparición de clones y la expresión de genes para la resistencia a los principales antibióticos que enfrentan Staphylococcus spp.

Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2019-12-19T10:50:46Z No. of bitstreams: 1 ulfc125731_tm_Célia_Domingues.pdf: 5512133 bytes, checksum: bfd000d2631c7876fd87ced355be8bfd (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-19T10:51:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125731_tm_Célia_Domingues.pdf: 5512133 bytes, checksum: bfd000d2631c7876fd87ced355be8bfd (MD5) Previous issue date: 2019

[ES] El uso incontrolado de antimicrobianos de amplio espectro para el tratamiento de ciertas patologías en el sector avícola, ha dado lugar a la aparición de cepas multirresistentes de Escherichia coli en la industria alimentaria. En el presente estudio, se evaluó el perfil de resistencia a nivel fenotípico de un total de 114 cepas de E. coli aisladas a partir de 30 muestras de pollo procedentes de trece comercios del este de España, para ello se empleó la prueba de susceptibilidad agar-difusión en discos, en la cual se utilizaron ocho antimicrobianos distintos de interés clínico. De las cepas aisladas, se seleccionaron 58 según su patrón de resistencias, para completar este perfil mediante el estudio por PCR de los genes involucrados en las resistencias a dos familias antimicrobianas ampliamente utilizadas, las tetraciclinas y los ß-lactámicos. Los resultados muestran un ratio de resistencia elevado (50-70%) para el ácido nalidíxico, resistencia moderada (30-50%) para la tetraciclina y la ampicilina, y por último, resistencia baja o muy baja (¿10%) para el ciprofloxacino, la gentamicina, el cloranfenicol, la cefotaxima y la ceftriaxona. Asimismo, se detectaron 14 patrones de resistencia diferentes, sin embargo, solo un 27,19% de los aislamientos mostraron un fenotipo con multirresistencia a 3 y 4 familias de antibióticos. Los resultados genéticos muestran que el 100% de las cepas que presentaban un fenotipo de resistencia a tetraciclinas contenían al menos en su genotipo un gen de resistencia tet (A) o tet (B). En relación a la ampicilina (ß-lactámicos), en el 100% de aislamientos resistentes se detectó el gen blaTEM., [EN] The uncontrolled use of broad-spectrum antimicrobials for the treatment of certain pathologies in the poultry sector has resulted in the emergence of multi-resistant strains of Escherichia coli in the food industry. In the present study, the phenotypic resistance profile of a total of 114 strains of E. coli isolated from 30 chicken samples from thirteen stores in eastern Spain was evaluated, for this purpose the agar-diffusion susceptibility test was used, in which eight different antimicrobials of clinical interest were used. Of the isolated strains, 58 were selected according to their resistance pattern to complete this profile by PCR study of the genes involved in resistance to two widely used antimicrobial families, tetracyclines and ß-lactams. The results show a high resistance ratio (50-70%) for nalidixic acid, moderate resistance (30-50%) for tetracycline and ampicillin, and finally, low or very low resistance (¿10%) for ciprofloxacin, gentamicin, chloramphenicol, cefotaxime and ceftriaxone. In addition, 14 different resistance patterns were detected, however, only 27.19% of the isolates showed a phenotype with multi-resistance to 3 and 4 antibiotic families. Genetic results show that 100% of the strains with a tetracycline resistance phenotype contained at least one tet (A) or tet (B) resistance gene in their genotype. In relation to ampicillin (ß-lactamic), the blaTEM gene was detected in 100% of resistant isolates., [CA] L'ús incontrolat d'antimicrobians d'ampli espectre per al tractament de certes patologies en el sector avícola, ha donat lloc a l'aparició de ceps multiresistents d'Escherichia coli en la indústria alimentària. En el present estudi, es va avaluar el perfil de resistència fenotípica d'un total de 114 ceps d'E. coli aïllades a partir de 30 mostres de pollastre procedents de tretze comerços de l'est d'Espanya, per a dur-ho a terme, es va emprar la prova de susceptibilitat agar-difusió en discs, en la qual es van utilitzar huit antimicrobians diferents d'interés clínic. Dels ceps aïllades, es van seleccionar 58 segons el seu patró de resistències per així, poder completar el perfil per mitjà de l'estudi per PCR dels gens involucrats en les resistències a dues famílies antimicrobianes àmpliament utilitzades, les tetraciclines i els β-lactams. Els resultats mostren un radi de resistència elevat (50-70%) per a l'àcid nalidíxic, resistència moderada (30-50%) per a la tetraciclina i l'ampicil·lina, i finalment, resistència baixa o molt baixa (≤10%) per al ciprofloxacina, la gentamicina, el cloramfenicol, la cefotaxima i la ceftriaxona. Així mateix, es van detectar 14 patrons de resistència diferents, no obstant això, només un 27,19% dels aïllaments van mostrar un fenotip amb multiresistencia a 3 i 4 famílies d'antibiòtics. Els resultats genètics mostren que el 100% dels ceps que presentaven un fenotip de resistència a tetraciclines contenien almenys en el seu genotip un gen de resistència tet (A) o tet (B). Respecte a l'ampicil·lina (β-lactams), en el 100% d'aïllaments resistents es va detectar el gen blaTEM.

Las Plantas de Tratamiento de Aguas Residuales (PTAR) son ambientes ideales para la recombinación de genes de resistencia a antibióticos (GRA) entre bacterias: colectan heces de miles de personas y las mezclan bajo condiciones que promueven el crecimiento bacteriano para convertir materia orgánica en inorgánica, usualmente en presencia de antibióticos de uso clínico y veterinario. Las aguas tratadas son descargadas en ríos y océanos o utilizados para la irrigación de cultivos y áreas verdes en la ciudad, promoviendo la reintroducción de bacterias resistentes y GRAs en el ambiente y en poblaciones humanas. Es así como los microbiomas de aguas residuales se convierten en potenciales reservorios de GRAs disponibles para patógenos humanos. Entre 2013 y 2015, realizamos muestreos mensuales de aguas pre y post-tratamiento de una PTAR de Lima que procesa residuos de casi un millón de habitantes. Las muestras fueron caracterizadas mediante ensayos metagenómicos y bioinformáticos para evaluar los cambios en composición microbiana y genes de resistencia de estos microbiomas durante el proceso de tratamiento. Observamos altos niveles de resistencia en bacterias cultivadas. Los microbiomas de aguas sin tratar fueron un 30%- 50% de origen fecal humano, y su composición se modifica drásticamente durante el proceso de tratamiento. Varias especies de bacterias resistentes y GRAs sobreviven este proceso, presentando evidencia de recombinación entre distintos ambientes. Nuestros resultados indican que bacterias multidrogorresistentes y son constantemente introducidas en la comunidad mediante el uso de aguas tratadas, y que la metagenómica es una herramienta útil para monitorear la eficiencia de las PTAR a nivel global. Este trabajo fue la tesis doctoral del Pablo Tsukayama en la Universidad de Washington en St. Louis (2011-2015). Fue publicado en la revista Nature en 2016 (DOI: 10.1038/nature17672). Fue presentado en la Conferencia Anual de la Sociedad Americana de Microbiología (ASM) en New Orleans, EE. UU., en 2017 2019-09-05

O grupo de Staphylococcus coagulase negativo tornou-se um dos principais agentes patogênicos causadores de mastite subclínica em bovinos leiteiros. Objetivou-se identificar espécies de Staphylococcus coagulase negativo isolados de leite contaminado por mastite subclínica pela técnica MALDI-TOF MS, avaliar a resistência a antimicrobianos beta lactâmicos e rastrear a presença dos genes blaOXA-23 e blaKPC pela reação de polimerase em cadeia (PCR). Cento e onze isolados identificados como cocos Gram positivos provenientes da bacterioteca da UFMG foram analisadas neste estudo. Os isolados foram submetidos a análise para identificação através MALDI-TOF MS. As cepas identificadas foram avaliadas quanto a suscepitibilidade aos antibióticos cefoxitina (30g), oxacilina (1g), vancomicina (30g), meropenem (10g), imepenem (10g) e subactam-ampicilina (10g) pela técnica de difusão de disco e calculou-se o índice de multirresistência das espécies. Cepas resistentes fenotipicamente ao antimicrobiano meropenem, foram analisados genotipicamente quanto a presença dos genes de resistência blaOXA-23 e blaKPC. Através de teste Qui quadrado avaliou- se a frequência de espécies do grupo Staphylococcus coagulase negativo, de resistência aos beta-lactâmicos, bem como o índice de multirresistência. Através da técnica MALDI-TOF MS o gênero mais encontrado com 56,8% e o grupo Staphylococcus coagulase negativo apresentou frequência de 27%. As espécies Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus chromogenes obtiveram maior prevalência nos rebanhos com 35,8% respectivamente. Em Janaúba a propriedade Nova Prima, o valor médio do índice de multirresistência encontrado foi de 0,6, as demais propriedades e munícipios foram de 0,5. Nos rebanhos de bovinos leiteiros a resistência antimicrobiana foi para as bases cefoxitina (100%), oxacilina (100%), meropenem (100%) e vancominicina (100%). Os genes de resistência blaOXA-23 e blaKPC não foram rastreados nas espécies Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus chromogenes, Staphylococcus auriculares e Staphylococcus haemolyticus. Outros mecanismos de resistência estão presentes nas cepas causando ineficiência no tratamento antimicrobiano nos rebanhos, comprometendo o bem-estar dos animais e saúde pública. The coagulase-negative Staphylococcus group has become one of the main pathogens causing subclinical mastitis in dairy cattle. The objective of this study was to identify species of coagulase negative Staphylococcus isolated from milk contaminated by subclinical mastitis using the MALDI-TOF MS technique, to evaluate the resistance to beta lactam antimicrobials and to trace the presence of blaOXA-23 and blaKPC genes by polymerase chain reaction (PCR). One hundred and eleven isolates identified as Gram-positive cocci from the UFMG library were analyzed in this study. The isolates were submitted to analysis for identification through MALDI-TOF MS. The strains identified were evaluated for susceptibility to antibiotics cefoxitin (30 g), oxacillin (1 g), vancomycin (30 g), meropenem (10 g), imepenem (10 g) and subactam-ampicillin (10 g) the species multiresistance index was used. Strains phenotypically resistant to the antimicrobial meropenem were analyzed genotypically for the presence of the resistance genes blaOXA-23 and blaKPC. The frequency of species of the coagulase-negative Staphylococcus coagulase group, resistance to beta-lactams, as well as the multidrug resistance index were evaluated by Chi-square test. Using the MALDI-TOF MS technique, the most common genotype was 56.8% and the coagulase-negative Staphylococcus group had a frequency of 27%. The species Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus chromogenes had a higher prevalence in the herds with 35.8%, respectively. In Janaúba Nova Prima property, the mean value of the multiresistance index found was 0.6, the other properties and municipalities were 0.5. Cefoxitin (100%), oxacillin (100%), meropenem (100%) and vancomycin (100%) were the antimicrobial resistance in the herds of dairy cattle. The blaOXA-23 and blaKPC resistance genes were not screened in the species Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus chromogenes, Staphylococcus auriculares and Staphylococcus haemolyticus. Other mechanisms of resistance are present in the strains causing inefficiency in the antimicrobial treatment in the herds, compromising the well-being of the animals and public health.

[ES] Los antibióticos son medicamentos utilizados para prevenir y tratar las infecciones bacterianas pero su uso indebido en hombre y animales está provocando un aumento en la aparición de resistencias microbianas frente a ellos, complicando así su tratamiento y causando un incremento de la mortalidad. La evolución de las bacterias hacia la resistencia a los antibióticos, e incluso a la multirresistencia, es inevitable porque los genes que la codifican ya existen en la naturaleza. El fenómeno de la resistencia puede surgir por mutaciones de genes, pero también puede adquirirse por transmisión horizontal a partir de información genética exógena. Ambos mecanismos no son mutuamente exclusivos y pueden asociarse produciéndose una diseminación más eficiente de la resistencia. Lo único que podemos hacer es retrasar la diseminación de las bacterias resistentes o de los genes de resistencia. El objetivo de este trabajo ha sido optimizar las condiciones de la detección de genes de resistencia a la eritromicina, antibiótico utilizado en el tratamiento de animales y en la elaboración de quesos, y valorar la relación de la presencia de genes de resistencia con el tiempo de maduración de los quesos. Para la realización de este trabajo se han utilizado diferentes muestras de leche, obtenidas de cabras Murciano-Granadinas criadas en la granja de la Universidad Politécnica de Valencia y los quesos elaborados a partir de ellas. Los resultados permiten valorar positivamente el tiempo de maduración de los quesos elaborados, observándose una disminución en la detección de genes de resistencia a la eritromicina intracelulares a medida que aumenta el tiempo de maduración, aunque no llegan a desaparecer y, por consiguiente, podrían llegar al consumidor con el producto final., [EN] Antibiotics are drugs used to treat and treat bacterial infections but their misuse in humans and pets is causing an increase in the appearance of microbial resistance to them, thus complicating the treatment and causing an increase in mortality. The evolution of bacteria towards resistance to antibiotics, and even multidrug resistance, is inevitable because the genes that code for it already exist in nature. The phenomenon of resistance can arise from gene mutations but can also be acquired by horizontal transmission from exogenous genetic information. Both mechanisms are not mutually exclusive and can be associated producing a more efficient dissemination of resistance. All we can do is delay the spread of resistant bacteria or resistance genes. The objective of this work has been to optimize the conditions of the detection of resistance genes to erythromycin, an antibiotic used in the treatment of animals and in the elaboration of cheeses, and to evaluate the relationship of the presence of resistance genes with the time of ripening of the cheeses. To carry out this work, different samples of milk have been used, obtained from Murciano-Granadina goats raised on the farm of the Polytechnic University of Valencia and the cheeses made from them. The results allow a positive evaluation of the maturation time of the processed cheeses, with a decrease in the detection of intracels genes of resistance to erythromycin as the maturation time increases, although they do not disappear and, therefore, could reach the consumer with the final product.

[ES] El incremento en el uso de antibióticos, tanto para humanos como para animales, está siendo uno de los mayores problemas medio ambientales y de salud pública, hoy en día. En primer lugar, los antibióticos podrían provocar efectos tóxicos en organismos no diana; además, la presencia de estos compuestos en el ambiente genera la activación de genes de resistencia en muchos microorganismos, como las bacterias. Estos genes de resistencia se pueden pasar entre bacterias por transferencia horizontal, promoviendo el incremento de bacterias resistentes en el medio y en consecuencia un aumento del riesgo de infecciones por bacterias súper resistentes. En este trabajo se analizan las aguas procedentes de cinco puntos situados en la Huerta de Valencia con el fin de detectar genes de resistencia a antibióticos en aislados de Escherichia coli, tanto a nivel fenotípico como a nivel molecular. Los puntos seleccionados para la recogida de las aguas son: Rio Turia (a la altura del Parque Fluvial), Acequia Real de Moncada (Paterna), Barranco del Carraixet (Alboraya), Acequia de Vera (Valencia) y Acequia de Rascanya (Alboraya-Almàssera). Se llevan a cabo recuentos de coliformes, aislamiento de E. coli, así como extracciones de DNA, tanto de los aislados como directamente de las aguas, para analizar mediante PCR, y posterior electroforesis, la presencia de 5 genes de resistencia: blaTEM, qnrS, tetW, sulI y ermB. Los resultados obtenidos muestran la presencia de bacterias resistentes y genes de resistencias en las muestras analizadas. Se observa una elevada presencia de bacterias resistentes a eritromicina y sulfametoxazol; el gen de resistencia que más aparece en los aislados de E. coli es el blaTEM, el cual confiere resistencia a ß-lactámicos, mientras que en las muestras de aguas hay una alta frecuencia del gen tetW, uno de los principales responsables de la resistencia a tetraciclinas., [EN] The increase in the use of antibiotics for humans and animals is one of the major environmental and health problems nowadays. In the first place, antibiotics could provoke toxic effects in non-target organisms; furthermore, the presence of these compounds in the environment generates the activation of resistance genes in microorganisms, like bacteria. These resistance genes can pass between bacteria by horizontal transfer, promoting the increase of resistant bacteria in the medium and, consequently, the risk of super-resistant bacterial infections. In this work, water samples from five locations around the Huerta de Valencia are going to be studied with the main purpose of detecting antibiotic resistance genes in Escherichia coli isolates, by microbiological and molecular analysis. The collection points for the water samples are: the Turia river (Quart de Poblet), the Moncada (Paterna), Rascanya (Alboraya-Almàssera) and Vera (Valencia) irrigation ditches, and the Carraixet gorge (Alboraya). Counting colonies of coliforms, isolation of E. coli and DNA extraction from the direct water samples and from the isolates, was carried out to analyse the presence of five resistance genes by PCR and electrophoresis: blaTEM, qnrS, tetW, sulI and ermB. Obtained data show the presence of resistant bacteria and resistance genes in the analysed samples. There is an elevated presence of bacteria resistant to erytromycin and sulfamethoxazole; the resistance gene found most in E. coli isolates is the blaTEM, which confers resistance to ß-lactam antibiotics, whereas in the water samples there is an elevated frequency of the tetW gene, one of the genes responsible for tetracycline resistance.

A mastite bovina é uma doença caracterizada pela inflamação da glândula mamária e é considerada a principal enfermidade de rebanhos leiteiros no mundo, sendo a que causa os maiores prejuízos econômicos ao setor lácteo. Embora inevitável, o uso de antibióticos para o controle dessa doença pode levar à emergência de linhagens resistentes e deixar resíduos no leite, sendo necessário então, que estes medicamentos sejam usados de forma racional. Com a finalidade de se desenvolver ensaios aprimorados, rápidos e específicos para estudos epidemiológicos, bem como para o diagnóstico da mastite bovina, métodos moleculares têm sido crescentemente estudados objetivando diminuir o tempo necessário para emissão de resultados. Considerando a escassez de dados sobre resistência a antibióticos em patógenos da mastite no Brasil e que resistência a antibióticos é um fenômeno genético, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver e validar um método baseado em PCR multiplex para detectar os principais genes envolvidos na resistência dos patógenos Staphylococcus aureus e Streptococcus agalactiae aos principais antibióticos comercializados no Brasil para o tratamento de mastite bovina: tetraciclina (genes tetO, tetK, tetM), eritromicina (gene ermB), gentamicina (gene aacA-aphD) e penicilina (gene blaZ). Um método baseado em PCR multiplex foi desenvolvido para amplificação de todos os marcadores supramencionados e também do gene mecA, que codifica resistência à meticilina/oxacilina e é marcador de multirresistência a antibióticos. Em avaliações preliminares do limite de detecção do ensaio foi demonstrada a necessidade de pelo menos 0,4 ng/μL de DNA bacteriano na reação para que todos os marcadores sejam amplificados simultaneamente. As forças de coincidência (índice Kappa) dos resultados de amplificação utilizando os conjuntos de oligonucleotídeos propostos no presente trabalho, por PCR monoplex e multiplex, dos genes tetO, ermB, mecA, blaZ, tetK e tetM variaram de 84% a 100%, enquanto que dados referentes ao gene aacA-aphD demonstraram uma força de coincidência leve (11%). O método desenvolvido no presente trabalho poderá ser usado para detectar marcadores moleculares de resistência a antibióticos relevantes para estudos epidemiológicos e para controle da mastite bovina no Brasil. Estudos adicionais serão realizados visando à melhoria, adaptação e validação do ensaio para a detecção destes marcadores em amostras de leite bovino. Bovine mastitis is a disease characterized by the inflammation of the mammary gland and is considered the main disease of dairy herds in the world, causing the greatest economic damage to the dairy sector. Although unavoidable, the use of antibiotics for the control of this disease can lead to the emergence of resistant strains and leave residues in the milk, so these drugs must be used rationally. In order to develop improved, rapid and specific studies for epidemiological studies, as well as for the diagnosis of bovine mastitis, molecular methods have been increasingly studied in order to reduce the time required for the emission of results. Considering the scarcity of data on antibiotic resistance in mastitis pathogens in Brazil and that antibiotic resistance is a genetic phenomenon, the objective of the present work was to develop and validate a multiplex PCR-based method to detect the main genes involved in resistance of pathogens Staphylococcus aureus and Streptococcus agalactiae to the main antibiotics marketed in Brazil for the treatment of bovine mastitis: tetracycline (tetO, tetK, tetM genes), erythromycin (ermB gene), gentamicin (aacA-aphD gene) and penicillin (blaZ gene). A multiplex PCR-based method was developed for amplification of all of the above-mentioned markers as well as the mecA gene, which encodes methicillin/oxacillin resistance and is a marker of multidrug resistance to antibiotics. Preliminary assessments of the detection limit of the assay have demonstrated the need for at least 0,4 ng/μl of bacterial DNA in the reaction so that all markers are amplified simultaneously. The coincidence forces (Kappa index) of the amplification results using the oligonucleotide sets proposed in the present work, by monoplex and multiplex PCR, of the tetO, ermB, mecA, blaZ, tetK and tetM genes ranged from 84% to 100%, while that data relating to the aacA-aphD gene demonstrated a light coincidence force (11%). The method developed in the present work could be used to detect molecular markers of resistance to antibiotics relevant for epidemiological studies and for the control of bovine mastitis in Brazil. Further studies will be carried out aiming at the improvement, adaptation and validation of the assay for the detection of these markers in bovine milk samples.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:13:19Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Marcelly_Miranda_Aybal_Jayme.pdf: 1948084 bytes, checksum: cbdd71cbdddc66f80e82b4a2cddac5ad (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Marcelly_Miranda_Aybal_Jayme.pdf: 1948084 bytes, checksum: cbdd71cbdddc66f80e82b4a2cddac5ad (MD5) Previous issue date: 2018-05-25 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Because they are filter-feeding animals, mussels collected in waters that receive domestic effluents may be contaminated by fecal bacteria. Many of these, commensal or pathogenic, can express different mechanisms of resistance and multiresistance to antimicrobials usually encoded in mobile genetic elements, allowing the horizontal transfer of intra- and inter-species genes. The presence of these bacteria in food can become a major public health problem. In this study, we characterize the antimicrobial resistance mechanisms and genetic diversity among 69 Escherichia coli strains isolated from Perna perna mussels in natura , collected at Itaipu beach, Niterói, Rio de Janeiro, Brazil, processed by boiling and sold at the São Pedro fish market in Niterói-RJ. Phenotypic (AST, MIC) and molecular techniques (PCR tests for resistance and integron genes, plasmid incompatibility groups and phylogenetic groups and genetic similarity by PFGE) were used. Of the 69 strains studied, 31.8% (n = 22) presented multiresistance and 18,8% (n = 13) were found to be resistant to beta-lactam antimicrobials, folate and quinolone / fluoroquinolone inhibitors and also to synthesis of the integrase enzyme ((blaTEM, blaSHV, blaCTX-M2, blaCTX-M9, sul1, sul2, int1, qnrB and qnrS). The search for genes determining phylogenetic groups showed that 50.7% (n = 35) strains were identified as belonging to phylogenetic group B1, 20.3% (n = 14) to group A, 18.8% (n = 13) to group B2 and 10.1% (n = 7) to group D, meaning that approximately 71% (n = 49) of the strains would be related to commensal E. coli strains. In relation to the plasmid search, 14.5% (n = 10) of the strains did not present replicons of the incompatibility groups studied, whereas 73.9% (n = 51) presented replicon A/C, 39.1% (n = 27) B/O, 34.8% (n = 24) FIC, 33.3% (n = 23) I1, 20.3% (n = 14) FIB, 10.1% (n = 7) W, 7.2% (n = 5) T and FIA and 1.4% (n = 1) Y and HI1. From 63 typable strains it was possible to determine 54 clusters (PFGE types), where only two pairs of clusters presented 100% similarity and a cluster of 3 strains showed 93% similarity between one E. coli strain recovered from commercialized mussel and two strains recovered from mussels in natura . With the results obtained, it was possible to stablish that Perna perna mussels are reservoirs of multiresistant E. coli strains carrying plasmids, integron and antimicrobial resistance genes and showing a great genetic heterogeneity. Thus, we consider that our results have added knowledge about the circulation of resistance determinants, since multiresistant E. coli strains ingested with the mussels can colonize the intestines of humans and through the horizontal transfer of genes, disseminate them to bacterial strains of the normal microbiota and / or pathogens, contributing to a serious public health problem. Por serem animais filtradores, mexilhões coletados em águas que recebem efluentes domésticos podem apresentar contaminação por bactérias de origem fecal. Muitas destas, comensais ou patogênicas, podem expressar diferentes mecanismos de resistência e multirresistência a antimicrobianos usualmente codificados em elementos genéticos móveis, possibilitando a transferência horizontal de genes intra- e inter-espécies. A presença destas bactérias em alimentos pode tornar-se um grande problema de saúde pública. Neste estudo, caracterizamos os mecanismos de resistência aos antimicrobianos e a diversidade genética entre 69 cepas de Escherichia coli isoladas de mexilhões Perna perna in natura, coletados na praia de Itaipu, em Niterói-RJ, aferventados e comercializados no mercado de peixe São Pedro, em Niterói-RJ. Utilizamos técnicas fenotípicas (TSA, CIM) e moleculares (pesquisa de genes de resistência e integron, grupos de incompatibilidade de plasmídeos e grupos filogenéticos através da PCR e a similaridade genética por PFGE). Das 69 cepas estudadas, 31,8% (n=22) apresentaram multirresistência e em 18,8% (n=13) foram encontrados genes de resistência a antimicrobianos beta-lactâmicos, inibidores da via do folato e quinolonas/fluoroquinolonas e ainda para a síntese da enzima integrase (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M2, blaCTX-M9, sul1, sul2, int1, qnrB e qnrS). A pesquisa dos genes determinantes dos grupos filogenéticos mostrou que 50,7% (n=35) foram identificadas como pertencentes ao grupo filogenético B1, 20,3% (n=14) ao grupo A, 18,8% (n=13) ao grupo B2 e 10,1% (n=7) ao grupo D, ou seja, aproximadamente 71% (n=49) das cepas estariam relacionadas a cepas comensais. Quanto à pesquisa de plasmídeos, 14,5% (n=10) das cepas não apresentaram replicons dos grupos de incompatibilidade pesquisados, enquanto, 73,9% (n=51) apresentaram o replicon A/C, 39,1% (n=27) o B/O, 34,8% (n=24) o FIC, 33,3% (n=23) o I1, 20,3% (n=14) o FIB, 10,1% (n=7) o W, 7,2% (n=5) o T e FIA e 1,4% (n=1) o Y e HI1. De um total de 63 cepas tipáveis foi possível determinar 54 agrupamentos (PFGE tipos), onde somente dois pares de cepas apresentaram agrupamentos com 100% de similaridade e um agrupamento de 3 cepas mostrou 93% de similaridade entre uma cepa isolada do mexilhão comercializado e duas do mexilhão in natura. Com os resultados obtidos, foi possível verificar que mexilhões Perna perna são reservatórios de cepas de E. coli multirresistentes, portadoras de plasmídeos, integron e genes de resistência a antimicrobianos, além de serem cepas com uma grande heterogeneidade genética. Assim, consideramos que os nossos resultados agregaram conhecimento sobre a circulação de determinantes de resistência, uma vez que cepas de E.coli multirresistentes ingeridas com os mexilhões podem vir a colonizar o intestino de seres humanos e através da transferência horizontal de genes disseminá-los para cepas da microbiota normal e/ou patógenos, contribuindo para um grave problema de saúde pública.

portuguesO conhecimento da estrutura da populacao e essencial para o mapeamento de associacao de resistencia a doencas para a populacao de trigo. Neste estudo, a tecnica de DART-seq™ foi usada para genotipar o genoma inteiro de cultivares de trigo. Finalmente, 30,485 marcadores (6486 SNPs e 23999 dardos) foram obtidos, e dois grupos de variedades de trigo foram identificados por meio de analise principal-coordenadas (PCoA) do nivel de todo o genoma e o nivel 6AS cromossomo. O grupo I foi composto por linhas nao T6VS/6Al de diferentes origens, enquanto o Grupo II foi composto de linhas T6VS/6Al, sendo que da maioria destes realizados os genes Yr26 e PM21 originarios de Guizhou. Palavras-chave: germoplasma de trigo; estrutura populacional; genes de resistencia; T6VS/6Al EnglishUnderstanding genetic variability in existing wheat accessions is critical for collection, conservation and use of wheat germplasms. In this study, 138 Chinese southwest wheat accessions were investigated by genotyping using two resistance gene makers (Pm21 and Yr26) and DArT-seq technique. Finally, about 50% cultivars (lines) amplified the specific allele for the Yr26 gene (Gwm11) and 40.6% for the Pm21 gene (SCAR1265). By DArT-seq analysis, 30,485 markers (6486 SNPs and 23999 DArTs) were obtained with mean polymorphic information content (PIC) value 0.33 and 0.28 for DArT and SNP marker, respectively. The mean Dice genetic similarity coefficient (GS) was 0.72. Two consistent groups of wheat varieties were identified using principal coordinate analysis (PCoA) at the level of both the chromosome 6AS and the whole-genome, respectively. Group I was composed of non-6VS/6AL translocation lines of different origins, while Group II was composed of 6VS/6AL translocation (T6VS/6AL) lines, most of which carried the Yr26 and Pm21 genes and originated from Guizhou. Besides, a model-based population structure analysis revealed extensive admixture and further divided these wheat accessions into six subgroups (SG1, SG2, SG3, SG4, SG5 and SG6), based on their origin, pedigree or disease resistance. This information is useful for wheat breeding in southwestern China and association mapping for disease resistance using these wheat germplasms in future. Key words: Triticum aestivum L.; Population structure; DArT-seq; 6VS/6AL translocation.

Resumen Streptococcus agalactiae (SAG) es un agente etiológico importante en un amplio espectro de infecciones humanas y bovinas. En humanos, este patógeno es el principal responsable de septicemias severas y muertes neonatales, debido a la enfermedad conocida como "sepsis neonatal", la cual ha sido reportada en diferentes países, incluyendo a Colombia. Cerca del 36% de las mujeres embarazadas son colonizadas por esta bacteria y de ellas el 45% de los neonatos adquiere la infección por SAG. En adultos, la colonización de SAG asintomática ocurre frecuentemente en el tracto gastrointestinal y genitourinario. Sin embargo, puede llegar a causar enfermedades tales como meningitis, septicemia, abscesos, infecciones del tracto urinario y artritis especialmente en adultos inmunocomprometidos. Adicionalmente, SAG es considerado un patógeno de alta importancia en la producción lechera, por ser responsable de cuadros generalmente subclínicos y crónicos de mastitis en vacas, afectando la sanidad del hato, así como la calidad y cantidad de leche producida. La principal herramienta para el control de SAG es el uso de antimicrobianos tipo betalactámicos o tipo macrólidos en casos de pacientes alérgicos a las penicilinas. Sin embargo, se ha reportado aislamientos de SAG resistentes o con susceptibilidad disminuida a los antimicrobianos utilizados para su control en ambas especies: humanos y bovinos. El hallazgo de resistencia antimicrobiana en SAG está recibiendo atención entre la comunidad científica en todo el mundo debido a su impacto negativo en la salud pública. El presente trabajo es una revisión de literatura científica, no sistemática, que tiene como objetivo analizar los mecanismos y la prevalencia de la resistencia antimicrobiana de SAG, así como los genes asociados a esta condición en aislamientos de origen humano y bovino. Abstract Streptococcus agalactiae (SAG) is an important etiologic agent in a wide spectrum of human and bovine infections. In humans, this pathogen is the main responsible of severe septicemia and neonatal dead, due to the disease known as "neonatal sepsis", which has been reported in different countries, including Colombia. About 36% of pregnant women are colonized by this bacterium and of them, the 45% of the newborns acquire the SAG infection. In adults, asymptomatic SAG colonization occurs frequently in gastrointestinal and genitourinary tract. However, it can cause diseases such as meningitis, septicemia, abscesses, infections in urinary tract and arthritis particularly in immunocompromised adults. Additionally, SAG is considered a highly important pathogen in dairy production for being responsible of mastitis cases generally subclinical and chronic in cows, affecting the herd health, as well as the quality and the quantity of milk produced. The main tool for SAG control is the use of beta-lactams antimicrobials or macrolides in cases of penicillin-allergic patients. Some of the studies reported resistant SAG isolates or with decreased susceptibility to the antimicrobials used for its control in both species: humans and bovines. The finding of antimicrobial resistance in SAG is getting attention from the scientific community around the world because its negative impact in public health. The present work is a non-systematic review of scientific literature, with the objective of analyzing the mechanism and prevalence of SAG antimicrobial resistance, as well as, the genes associated to this condition in human and bovine isolates. Resumo Streptococcus agalactiae (SAG) é um agente etiológico importante em um amplo espectro de infecções humanas e bovinas. Nos seres humanos, esse patógeno é a principal causa de septicemia grave e mortes neonatais, devido à doença conhecida como "sepse neonatal", que tem sido relatada em diferentes países, incluindo a Colômbia. Cerca de 36% das mulheres grávidas são colonizadas por esta bactéria e destes 45% dos recém-nascidos adquirem a infecção pelo SAG. Em adultos, a colonização do SAG assintomático ocorre com freqüência nos tratos gastrintestinal e genitourinário. No entanto, pode levar a doenças como meningite, septicemia, abscessos, infecções do trato urinário e artrite, especialmente em adultos imunocomprometidos. Além disso, a SAG é considerado um patógeno de grande importância na produção de leite, sendo responsável mastite geralmente subclínica e crônica em caixas de vacas, afetando a saúde do rebanho, ea qualidade e quantidade de leite produzida. A principal ferramenta para o controle do SAG é o uso de antimicrobianos beta-lactâmicos ou do tipo macrolídeo em casos de pacientes alérgicos a penicilinas. No entanto, isolados de SAG resistentes ou com reduzida susceptibilidade aos antimicrobianos usados para controlá-los foram relatados em ambas as espécies: humanos e bovinos. O achado de resistência antimicrobiana no SAG está recebendo atenção entre a comunidade científica em todo o mundo devido ao seu impacto negativo na saúde pública. Este papel é uma revisão da literatura científica, não sistemática, ou seja para analisar os mecanismos e a prevalência de resistência antimicrobiana SAG, bem como os genes associados com esta condição em isolados humanos e bovinos.

RESUMOO cultivo ininterrupto e intensivo de tomateiro tem favorecido o estabelecimento de diversas doenças que afetam a produção e a qualidade dos frutos. A resistência genética é o melhor método para o controle da doença chamada 'viracabeça' (causada por distintas espécies do gênero Tospovirus), sendo o Sw-5 o primeiro gene de resistência efetivamente identificado para o seu controle no tomateiro. Objetivou-se avaliar novas potenciais fontes de resistência às tospoviroses, em germoplasma de espécies selvagens de Solanum (Lycopersicon), bem como conduzir análises filogenéticas relacionadas à característica evolutiva do gene Sw-5b, em acessos de espécies selvagens de tomateiro. Essas análises evidenciaram que as diferentes espécies de tomateiros pertencem a distintos grupos evolutivos. A maioria dos acessos com resistência ampla contra espécies de Tospovirus correspondem a variantes alélicas muito próximas da cópia original do gene Sw-5b. No entanto, acessos resistentes de S. chilense e S. habrochaites localizamse em grupos filogeneticamente distintos, indicando que eles podem representar fontes promissoras de novos genes/alelos, condicionando resistência ampla aos tospovírus. ABSTRACTThe intensive and uninterrupted tomato cultivation has favored the establishment of several diseases that affect fruit yield and quality. Genetic resistance is the best method to control the disease called 'vira-cabeça' (caused by distinct species of the genus Tospovirus), being Sw-5 the first resistance gene effectively identified to control it in tomato plants. This study aimed at identifying new potential sources of tospovirus resistance in wild Solanum(Lycopersicon) species, as well as performing phylogenetic analysis related to the evolutionary characteristics of the Sw -5b gene, in accessions of wild tomato species. These analyses showed that the different tomato species belong to distinct evolutionary groups. Most of the accessions with wide-spectrum resistance to Tospovirus species correspond to allelic variants closely related to the original Sw-5b gene copy. However, resistant accessions of S. chilense and S. habrochaites are located in distinct phylogenetic groups, meaning that they may represent promising sources of new genes/alleles, providing wide resistance to tospovirus.

The study was carried out to screen and analyze the genetic characteristics of antimicrobial resistance in Campylobacter spp. from poultry sources. A total of 141 strains of Campylobacter isolated from samples of broilers of slaughterhouses in southern Brazil was identified by phenotypic and genotypic methods. Campylobacter isolates were evaluated for its antimicrobial susceptibility and the presence of resistance genes. The strains were investigated for antimicrobial susceptibility against two agents (ampicillin and tetracycline) by disk diffusion method. PCR assay was used to confirm the specie and the presence of ampicillin (blaOXA-61), tetracycline tet(O), and the energy-dependent multi-drug efflux pump (cmeB) genes. Campylobacter jejuni was the most ubiquitous; its presence was determined in 140 samples out of 141 (99.3%), whereas Campylobacter coli was found only in one of the contaminated samples (0.70%). The results obtained showed 65% and 35.5% of Campylobacter isolates resistant to β-lactams and tetracyclines, respectively. The cmeB gene responsible for multidrug resistance was detected in 26 isolates out 141 strains (18.5%). Moreover, 36 out of 141 Campylobacter strains (25.6%) were found to be resistant to at least two different antimicrobia resistance markers (β-lactams and tetracyclines). Resumo O presente estudo foi realizado para examinar e analisar as características genéticas de resistência antimicrobiana de Campylobacter spp. a partir de fontes avícolas. Um total de 141 amostras de Campylobacter isolados em matadouros-frigoríficos de aves do estado do Rio Grande do Sul, Brasil, foi identificado por métodos fenotípicos e genotípicos. Foi analisada a susceptibilidade antimicrobiana e a presença de genes de resistência. As cepas foram testadas para detectar sensibilidade frente a dois antimicrobianos (ampicilina e tetraciclina) pelo método de difusão em disco. A seguir, usando a reação em cadeia da polimerase foi confirmada a espécie e a presença dos genes de resistência à ampicilina (blaOXA-61) e tetraciclina tet(O), assim como a detecção da bomba de efluxo (cmeB). Campylobacter jejuni foi a espécie mais isolada, sua presença foi determinada em 140 amostras (99,3%), e Campylobacter coli foi encontrada em uma única amostra (0,70%). Os resultados obtidos mostraram 65% e 35,5% de Campylobacter isolados resistentes a β-lactâmicos e tetraciclinas, respectivamente. O gene cmeB responsável pela resistência a múltiplos antimicrobianos foi detectado em 26 amostras (18,5%). Neste contexto, 36 das 141 amostras (25,6%) foram consideradas resistentes a dois grupos diferentes de antimicrobianos (β-lactâmicos e tetraciclinas).