Search

Significance In 2016/2017, highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus of the subtype H5 spilled over into wild birds and caused the largest known HPAI epidemic in Europe, affecting poultry and wild birds. During its spread, the virus frequently exchanged genetic material (reassortment) with cocirculating low-pathogenic avian influenza viruses. To determine where and when these reassortments occurred, we analyzed Eurasian avian influenza viruses and identified a large set of H5 HPAI reassortants. We found that new genetic material likely came from wild birds across their migratory range and from domestic ducks not only in China, but also in central Europe. This knowledge is important to understand how the virus could adapt to wild birds and become established in wild bird populations., Highly pathogenic avian influenza (HPAI) viruses of the H5 A/goose/Guangdong/1/96 lineage can cause severe disease in poultry and wild birds, and occasionally in humans. In recent years, H5 HPAI viruses of this lineage infecting poultry in Asia have spilled over into wild birds and spread via bird migration to countries in Europe, Africa, and North America. In 2016/2017, this spillover resulted in the largest HPAI epidemic on record in Europe and was associated with an unusually high frequency of reassortments between H5 HPAI viruses and cocirculating low-pathogenic avian influenza viruses. Here, we show that the seven main H5 reassortant viruses had various combinations of gene segments 1, 2, 3, 5, and 6. Using detailed time-resolved phylogenetic analysis, most of these gene segments likely originated from wild birds and at dates and locations that corresponded to their hosts’ migratory cycles. However, some gene segments in two reassortant viruses likely originated from domestic anseriforms, either in spring 2016 in east China or in autumn 2016 in central Europe. Our results demonstrate that, in addition to domestic anseriforms in Asia, both migratory wild birds and domestic anseriforms in Europe are relevant sources of gene segments for recent reassortant H5 HPAI viruses. The ease with which these H5 HPAI viruses reassort, in combination with repeated spillovers of H5 HPAI viruses into wild birds, increases the risk of emergence of a reassortant virus that persists in wild bird populations yet remains highly pathogenic for poultry.

Der er i 2020 gennemført en systematisk, prospektiv, passiv overvågning af cirkulerende influenza A virus subtyper i danske svin. Det overordnede formål med overvågningen var, at identificere hvilke influenza A virus subtyper og varianter, der cirkulerer blandt danske svin. Totalt blev der i 2020 iværksat undersøgelse for influenza A virus på 2512 prøver fordelt på 723 indsendelser fra 517 besætninger registreret med forskelligt CHR nummer. I alt havde 400 (55 %) af indsendelserne fra 315 forskellige besætninger minimum en positiv prøve. Indsendelserne fordelte sig over hele landet og over hele året. Der var flest indsendelser til undersøgelse i vinterhalvåret, men andelen af positive prøver var relativt ensartet over hele året. Alle influenzapositive prøver blev testet for HA-subtypen H1pdm09, og virus blev påvist i 115 indsendelser fra 91 besætninger registreret med forskelligt CHR nummer og udgjorde således 29 % af de influenza A virus positive indsendelser, hvilket er en højere procentdel end i 2019, hvor tallet lå på 20 %. I alt blev 216 influenzavirus positive indsendelser subtypet for både HA og NA. Tilsammen viste disse analyser, at de oftest påviste subtyper i danske svin i 2020 var H1avN2sw, H1pdm09N1av og H1N1pdm09. I år er der således sket en markant stigning i antallet af prøver, der testede positive for H1pdm09N1av. Samtidig sås et yderligere fald i antallet af prøver, der testede positive for ”avian-like” svine H1avN1av. I år blev der forførste gang identificeret en hel human sæsoninfluenza virus i svin. Specielt for 2020 blev der også observeret en stigning af antallet af prøver, hvori der blev fundet flere influenzavirus i samme prøve

Næsesvaberprøver undersøgt ved kvantitativ PCR er værdifulde i forhold til diagnostik af Porcint Cytomegalovirus-infektion på levende smågrise og kan i vid udtrækning erstatte histologi af næseslimhinde fra obducerede dyr.Undersøgelse på levende grise kan erstatte omkostningstung histologi fra næseslimhinden når Cytomegalovirus skal påvises. Metoden er en Real-time kvantitativ PCR (qPCR) på næsesvaberprøver til rutinemæssige diagnostik af PCMV-infektion.Porcint Cytomegalovirus (PCMV) er et virus, der giver infektion i næseslimhinden og bliver ofte betegnet ’snotsyge’. Virusset har været kendt siden midten af forrige århundrede, og den er vidt udbredt, både mellem og inden for besætninger.Der findes ingen behandling eller vaccine mod PCMV, hvorfor den eneste måde at undgå virusset på er ved at undgå smitte, f.eks. ved at sikre overførsel af antistoffer til pattegrisene via råmælk. Den økonomiske betydning af PCMV er usikker, men det vides, at virusset kan forværre symptomerne fra andre sygdomme, f.eks. influenza.PCMV-infektioner er traditionelt set blevet diagnosticeret ved histologi af vævet i næseslimhinden, hvor det er muligt at observere virus inde i næseslimhindens celler hos et smittet dyr. Histologisk diagnostik kan kun udføres på døde dyr, og derfor har PCR på slim fra næsesvaber været brugt som en alternativ metode til at diagnosticere PCMV på levende dyr. Hvorvidt denne metode er sammenlignelig med histologi, har indtil nu været uvist.På baggrund af ovenstående har dette studie undersøgt sammenhængen mellem histologi og qPCR til diagnostik af PCMV på 46 grise mistænkt for PCMV. Det var muligt at konkludere, at der er god sammenhæng mellem de to metoder, hvis der benyttes et cut-off på mellem 105,83 og 107,16 viruskopier pr. ml på den kvantitative PCR.

Mængden af PCV2-virus i poolede serumprøver kan anvendes til at finde grise med meget PCV2-virus, hvorimod mængden af PCV2-virus i spyt og fæces er velegnede til at vurdere tilstedeværelsen af eller tidspunktet for en begyndende PCV2-infektion Mængden af PCV2-virus i poolede serumprøver kan anvendes til at finde grise med meget PCV2-virus, hvorimod mængden af PCV2-virus i spyt og fæces er velegnede til at vurdere tilstedeværelsen af eller tidspunktet for en begyndende PCV2-infektion. Der er ikke god overensstemmelse mellem PCV2-niveauerne (mængden af virus i blodet) i blod (serum) og spyt opsamlet ved rebtest eller fæces opsamlet ved sokkeprøver. Det viser resultater fra et veterinært speciale udarbejdet på DTU Veterinærinstituttet i samarbejde med KU SUND, MSD Animal Health og SEGES Svineproduktion. Resultaterne betyder, at PCV2-niveauet i serum ikke kan udledes fra måling af PCV2-niveauet i spyt eller fæces. Rebtesten og sokkeprøverne vil dog kunne anvendes til at screene for forekomst af PCV2 i besætningen. Ved vurdering af PCV2-niveauet i en poolet serumprøve er det vigtigt at holde sig for øje, at enkelte grise med et højt PCV2-niveau vil kunne forårsage et højt PCV2-niveau i den poolede serumprøve. Studiet inkluderede 34 stier ligeligt fordelt på to aldersgrupper (14-15 uger og 18-19 uger) i én slagtesvinebesætning. I hver sti blev der udtaget én rebtest til opsamling af spyt, én sokkeprøve til opsamling af fæces samt blodprøver fra alle grise i stien. I laboratoriet på DTU blev der udfærdiget to serumpools. Den ene pool bestod af serum fra alle grisene i stien, og den anden pool inkluderede kun serum fra grise, som tyggede i rebet under opsamlingen af spytprøven. Alle individuelle dyrs PCV2-niveau i serum blev tillige undersøgt i syv tilfældigt udvalgte stier. Resultaterne viste, at der ikke var god overensstemmelse mellem PCV2-niveauerne i de forskellige prøvematerialer. Ydermere viste analyser af de individuelle serumprøver, at enkelte dyr med et højt PCV2-niveau kan forårsage et højt PCV2-niveau i en poolet serumprøve, idet kun enkelte grise havde PCV2-niveauer lige så højt som PCV-niveauet i den poolede serumprøve fra alle grise i stien. Anbefalingen er derfor, at der anvendes serumpools, når formålet er at bestemme, om der findes grise med et højt PCV2-niveau. Når formålet er at identificere, om infektionen er til stede i besætningen eller bestemme, hvornår infektionen starter, er spyt eller sokkeprøver derimod også velegnede. På nuværende tidspunkt er der mere viden om tolkningen af PCV2-niveau i serum end i spyt og fæces fra sokkeprøver.

Overvågning af fugleinfluenza, aviær influenza (AI), på EU niveau går tilbage til 2002, og Danmark følger EU kommissionens bestemmelser for udformning af overvågningen, der har skiftet gennem årene i takt med indhøstede erfaringer. I 2017 blev der udført EU lovomfattet passiv overvågning af døde vilde fugle, der blev fundet i naturen. Der blev testet 154 fugle. Udbrud af højpatogen aviær influenza (HPAI) virus subtype H5N8, der startede i 2016 ved fund af HPAI H5N8 virus i en død troldand fundet den 7. november i Stadsgraven ved Christiania, København, fortsatte i 2017. HPAI H5N8 blev i alt påvist i 17 døde vilde fugle i 2017 (1 ederfugl, 3 havørne, 7 musvåger, 1 pibeand, 3 svartbage, 1 sølvmåge, 1 vandrefalk) fordelt over det meste af landet. HPAI H5N8 er dermed i alt påvist i 82 vilde fugle, der blev fundet døde i naturen i perioden fra 7. november 2016 til 4. april 2017. HPAI H5N8 blev også påvist i en hobby besætning beliggende ved Helsingør i november 2016, og i gæs fra et museum ved Maribo i februar 2017. Molekylærfylogenetisk analyse af HA genet i HPAI H5N8 virus fundet i Danmark i 2016 og 2017 viste, at disse virus er nært beslægtede med hinanden og med samtidige HPAI H5 clade 2.3.4.4b virus fra andre europæiske lande. Virus adskiller sig imidlertid genetisk fra HPAI H5N8 clade 2.3.4.4a virus fra vinteren 2014/2015, hvor der var enkelte fund af HPAI i fjerkræ og/eller døde vilde fugle i England, Tyskland, Holland, Italien, Ungarn og Sverige. Der blev også udført en aktiv overvågning af AI virus i vilde fugle i Danmark i 2016. Denne blev udført i samarbejde mellem Veterinærinstituttet, Danmarks Tekniske Universitet (DTU‐VET), Fødevarestyrelsen (FVST) og Statens Naturhistoriske Museum, Københavns Universitet (SNM) i henhold til ”Projektplan vedr. overvågning af aviær influenza i vilde fugle i Danmark i 2017” (bilag 5). Omfanget af overvågningen var som i 2016, dvs. reduceret til 900 fugle i forhold til de foregående år og kun med fokus på H5/H7 virus. Der blev i alt testet 896 fugle som 248 pools af kloaksvabere fra op til 5 fugle af samme art, fundet på samme sted og på samme tid. I lighed med proceduren i 2013‐2016, blev prøverne udtaget fra enkeltdyr og sendt til laboratoriet (DTU‐VET), hvor de blev poolet inden test. Prøverne blev indsamlet i Jylland, på Fyn, Lolland, Sjælland og i Hovedstadsregionen. FVST varetog udtagelse af prøver fra 445 fugle fra nedlagte ænder og gæs, der var indleveret på ildthåndteringsvirksomhederne Kivan Food, Alpevej Vildtbehandling og Klosterheden Vildt. Statens Naturhistoriske Museum (SNM) koordinerede indsamling af prøver fra 451 vildtlevende fugle. I alt 73 pools (29 %) blev fundet positive for AI virus ved PCR. Af disse var 15 (21 %) lavpatogen AI (LPAI) H5, der blev ikke påvist LPAI H7 i prøverne. Andelen og antallet af positive pools i 2017 var på niveau med tidligere år. Materiale fra positive pools blev podet i æg med henblik på at isolere AI virus, succesraten var 19 %, hvilket er på niveau med tidligere år.I lighed med 2014‐2016, var overvågningen i 2017 udvidet med molekylær karakterisering af de virus, der blev påvist både i vilde fugle og i fjerkræ, og dette bidrog til en dybere og mere præcis karakterisering af virus, så vi ret præcist ved hvilke virus varianter, vi har påvist. Dermed er opnået en god indikation af hvilke AI virus, der cirkulerer i Danmark, og en viden om at disse virus pt. ikke udgør en øget trussel mod den humane sundhed. Overvågningen viser dog, at der til stadighed cirkulerer LPAI H5 og H7 virus i den vilde fauna, som potentielt kan true dyresundheden, så der er fortsat et behov for at overvåge forekomsten af AI virus i fjerkræflokke. Fylogenetisk analyse af LPAI H5 gener fra virus påvist i 2017 viste, at disse var nært beslægtede med H5 gener fra virus i prøver fra vilde fugle, der blev indsamlet i Danmark de foregående år, samt med virus fra vilde fugle og fjerkræ i Europa. Analysen afslørede som forventet også en betydelig genetisk drift i forhold til de tidligere år. Sekventering af LPAI H5 generne gav også mulighed for at undersøge, hvor godt de anvendte RT‐PCR assays, som er de samme der anvendes til diagnostisk undersøgelse af AI mistanker, matcher nutidige AI virus. Resultatet af analysen af de tre H5 specifikke RT‐PCR assays viste, at de overordnet set er anvendelige overfor de virus, der cirkulerer i Danmark i dag, på trods af den drift i sekvenserne, som afsløres af fuldlængde HA sekventeringen. Men analysen viste også, at det er nødvendigt med en strategi, der involverer samtidig anvendelse af flere af disse subtypningsassays for en sensitiv påvisning af LPAI H5 virus. Fitness‐analysen understregede vigtigheden af, at der foretages en løbende monitorering af drift i sekvenserne, så de anvendte assays kan opdateres ved behov. Da EU referencelaboratoriet sjældent har adgang til LPAI sekvenser fra vilde fugle i real‐time, og da der endvidere kun sker et meget begrænset fund/ offentliggørelse af fund af LPAI H5/H7 virus i vilde fugle, kan EU referencelaboratoriet ikke udføre en fyldestgørende analyse af driften i H5/H7 virus. Det er derfor nødvendigt, at vi selv holder øje med situationen under danske forhold, via en fortsat overvågning af driften i H5/H7 virus. På den måde kan vi bedst sikre, at vi har det rette værktøj til at påvise H5/H7 virus med høj sensitivitet, når der opstår mistanke om AI virus i danske fjerkræbesætninger, og således hurtigt få kontrol over de anmeldepligtige AI virus til gavn for både dyresundheden og samfundsøkonomien. 2016‐2017 har på europæisk plan især været præget af udbrud med HPAI H5N8 i vilde fugle og fjerkræ i en lang række lande, og udveksling af virus mellem disse segmenter. Dette gælder også i Danmark. Der var ikke udbrud af LPAI virus i fjerkræ i Danmark i 2017. I 2016 var der udbrud af LPAI virus i to gråandeflokke på hhv. Fyn (juli 2016) og i Nordjylland (august 2016), hvor der blev påvist hhv. H7N7 og H5N2 i forbindelse med virologisk screening af rutine overvågningsprøver i fjervildtopdræt.

Influenza A virus infections in farmed mink, that are associated with respiratory disease, have occasionally been reported from mink producing countries. The viruses isolated have mainly been of avian or swine origin. Infections in mink with seasonal human influenza viruses have been inferred mainly from antibody detections. In 2009, the first outbreak with Influenza A virus was recognized in Danish farmed mink. The virus was a novel reassortant H3N2 virus. The HA and NA genes were most closely related to the 2005/06 human seasonal influenza virus and the internal genes were of contemporary swine influenza virus origin. All the infected farms received feed from the same feed producer. The feed contained fresh swine offal and the outbreak was therefore suspected to be feed-borne.Since 2009, Influenza A viruses have been detected in farmed mink in Denmark almost every year. Outbreaks are typically associated with sneezing, pneumonia and haemolytic E. coli infections. Characteristic is also bleeding from the nose. The mortality varies but is normally between three to five per cent in the affected farms.The aim of this study was to elucidate the origin of influenza A viruses detected in Danish farmed mink in recent years by genetic and phylogenetic analyses of influenza A virus genes.The results showed that the viruses involved were either closely related to contemporary swine influenza viruses (avian-like H1N2 or H1N1) or to H1N1pdm09. The 2009 H3N2 virus has not been detected since 2009. The avian-like HA swine H1N1 and H1N2 viruses have never been detected in humans in Denmark, but are the most prevalent subtypes detected in the Danish swine herds with respiratory disease. Thus feed content of swine origin is a likely source of these viruses in mink.The H1N1pdm09 viruses have been circulating in Danish swine since 2010 and the same subtype is now considered seasonal influenza virus in humans, rather than being “pandemic”.Genetic analyses showed that some of the H1N1pdm09 viruses found in mink had a higher level of identity to H1N1pdm09 strains detected in humans than in swine. This suggests that these viruses were transmitted directly from humans to mink.

Background: The aim of this study was to investigate whether the syndrome New Neonatal Porcine DiarrhoeaSyndrome (NNPDS) is associated with a viral aetiology. Four well-managed herds experiencing neonatal diarrhoeaand suspected to be affected by NNPDS were included in a case-control set up. A total of 989 piglets wereclinically examined on a daily basis. Samples from diarrhoeic and non-diarrhoeic piglets at the age of three to sevendays were selected for extensive virological examination using specific real time polymerase chain reactions (qPCRs)and general virus detection methods.Results: A total of 91.7% of the animals tested positive by reverse transcription qPCR (RT-qPCR) for porcinekobuvirus 1 (PKV-1) while 9% and 3% were found to be positive for rotavirus A and porcine teschovirus (PTV),respectively. The overall prevalence of porcine astrovirus (PAstV) was 75% with 69.8% of the PAstV positive pigsinfected with PAstV type 3. No animals tested positive for rotavirus C, coronavirus (TGEV, PEDV and PRCV), sapovirus,enterovirus, parechovirus, saffoldvirus, cosavirus, klassevirus or porcine circovirus type 2 (PCV2). Microarray analysesperformed on a total of 18 animals were all negative, as were eight animals examined by Transmission ElectronMicroscopy (TEM). Using Next Generation de novo sequencing (de novo NGS) on pools of samples from caseanimals within all herds, PKV-1 was detected in four herds and rotavirus A, rotavirus C and PTV were detected inone herd each.Conclusions: Our detailed analyses of piglets from NNPDS-affected herds demonstrated that viruses did not pose asignificant contribution to NNPDS. However, further investigations are needed to investigate if a systemic virusinfection plays a role in the pathogenesis of NNPDS.

Background. Rotavirus A (RVA) is a well-known course of diarrhoea in piglets, but the infection dynamics and clinical impact are not fully elucidated. The aim was to determine the significance of infection with RVA in relation to neonantal diarrhoea. Material/Methods. Two commercial swine herds with neonatal diarrhoea and a positive RVA diagnosis were included. Five litters from each of two herds and a totalof 132 piglets were sampled. The animals were subjected to a daily clinical examination and faeces were collected daily from all piglets. The piglets were weighed at beginning and at the end of study. The outbreak day was defined as the day where >25% of the litter showed clinical diarrhoea, and for all litters this was either the 4th or 5th day of life. On outbreak day, fecal samples from all piglets in the litter were analysed for RVA together with samples collected two days prior to outbreak day from 54 of the 132 piglets. The analyses were made by a RVA specific RT-qPCR. Virulent E. coli was ruled out by PCR as differential diagnosis in all litters by testing a pooled sample on the outbreak day. Results/Discussion. In total, 43%(57/132) of the piglets had clinical diarrhoea and 66%(87/132) were positive for RVA on the outbreak day. For comparison, 89%(51/57) of the diarrheic piglets and 48%(36/75) of the non-diarrheic piglets were positive for RVA which was significantly different (P

Der er i 2017 gennemført en systematisk, prospektiv, passiv overvågning af cirkulerende influenzavirus subtyper i danske svin. Det overordnede formål med overvågningen var at identificere hvilke influenzavirus subtyper og stammer, der cirkulerer blandt danske svin, og at kortlægge sygdomsårsager i svinepopulationen med henblik på at sikre det strategiske mål: at mindske antibiotikaforbruget i danske svinebesætninger.