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Objectives: To assess the effect on the functional ambulatory outcome of postoperative joint infection (PJI) cured at the first treatment attempt versus not developing PJI in patients with hip and knee prostheses. Methods: In a single-hospital retrospectively matched cohort study, each patient with PJI between 2007 and 2016 was matched on age, sex, type of prosthesis and year of implantation with two other patients with uninfected arthroplasties. The definition of a PJI cure included infection eradication, no further surgical procedures, no PJI-related mortality and no suppressive antibiotics. Functional ambulatory status evaluated one year after the last surgery was classified into four simple categories: able to walk without assistance, able to walk with one crutch, able to walk with two crutches, and unable to walk. Patients with total hip arthroplasties (THAs), total knee arthroplasties (TKAs) and partial hip arthroplasties (PHAs) were analysed separately. Results: A total of 109 PJI patients (38 TKA, 41 THA, 30 PHA) and 218 non-PJI patients were included. In a model adjusted for clinically relevant variables, PJI was associated with a higher risk of needing an assistive device for ambulation (vs. walking without aid) among THA (adjusted odds ratio (OR) 3.10, 95% confidence interval (95% CI) 1.26-7.57; p = 0.014) and TKA patients (OR 5.40, 95% CI 2.12-13.67; p < 0.001), and with requiring two crutches to walk or being unable to walk (vs. walking unaided or with one crutch) among PHA patients (OR 3.05, 95% CI 1.01-9.20; p = 0.047). Conclusions: Ambulatory outcome in patients with hip and knee prostheses with postoperative PJI is worse than in patients who do not have PJI.

Els plasmidis són molècules d’ADN circular extracromosòmiques amb capacitat de replicació autònoma i, són descrits com els principals promotors de la disseminació de gens de resistència a antimicrobians. Escherichia coli i Klebsiella pneumoniae, són freqüents agents causals d’infeccions, importants pel seu caràcter multirresistent. En aquests bacteris, les betalactamases constitueixen un dels mecanismes de resistència més difosos mitjançant plasmidis. Mitjançant l’estudi i comparació del contingut plasmídic en bacteris d’individus sans i de pacients, l’objectiu va ser determinar les diferències o similituds d’aquests plasmidis entre les dues poblacions, per tal d’inferir en el seu origen i evolució en els soques causants d’infecció. Per a això, es van aïllar soques d’E. coli (n = 244) i K. pneumoniae (n = 115) de 150 mostres fecals d’individus sans i de 202 pacients amb bacterièmia. Es va realitzar un estudi de sensibilitat a antimicrobians mitjançant disc difusió, es van identificar les soques multirresistents i es van caracteritzar, per PCR i seqüenciació, els gens codificants de BLEE, AmpC i carbapenemases. L’estudi de plasmidis es va realitzar utilitzant la tècnica de PBRT i, es van subtipificar els plasmidis IncF, IncI1 i IncN mitjançant pMLST per a la seva diferenciació dins d’un mateix grup d’incompatibilitat. La localització dels gens de resistència i la definició de la fórmula FAB dels plasmidis IncF, es va realitzar mitjançant la tècnica de Southern-blot i hibridació. Un 29,2% de les soques de mostra clínica front d’un 10,8% en individus sans van resultar multirresistents. La prevalença de soques d’E. coli clíniques productores de BLEE va ser de 17,2% i 5% d’AmpC i, en K. pneumoniae, de 16,5% i 1%, respectivament, a més a més d’un 1,9% de carbapenemases . D’altra banda, es va observar una prevalença del 4,7% de portadors sans d’E. coli productores de BLEE i un 2,7% d’AmpC. Ambdues poblacions han sofert un augment en la detecció de soques productores d’aquests enzims sent també, en ambdós casos, la CTX-M-15 i la CMY-2 les betalactamases més freqüents. Els resultats del PBRT van mostrar com el contingut plasmídic de les dues poblacions seguia una mateixa tendència sense diferències significatives destacables. L’excepció es va observar en els replicons L, M, A/C i N, els quals només es van detectar en les soques de mostra clínica. A més, alguns d’aquests plasmidis amb replicó L o N van ser detectats en associació a gens blaBLEE. La subtipificació dels plasmidis, ens va permetre observar l’existència d’una gran diversitat de secuenciotips dins d’un mateix grup d’incompatibilitat. Dins dels plasmidis IncI1 es va observar una gran diferència entre els ST identificats en les soques d’individus sans i pacients. Només els ST12 i ST36 es van identificar en ambdues poblacions d’E. coli, i tots els ST12 en associació amb el gen blaCMY-2. Per contra, tot i que també es va detectar una gran diversitat de RST entre els plasmidis IncF, aquells detectats amb més freqüència, van estar presents en ambdues poblacions i, no es va identificar cap fórmula FAB destacable per la seva associació a gens bla. En conclusió, el contingut plasmídic en la població de soques clíniques és un reflex del contingut en soques d’individus sans però, certs plasmidis, només es detecten en soques causants d’infecció, suggerint una millor adaptació a ambients sotmesos a pressió selectiva. Secuenciotips IncI1 com el ST12, poden ser considerats plasmidis epidèmics per la seva alta prevalença i freqüència en associació amb gens blaCMY-2. En canvi, els plasmidis IncF semblen haver adquirit diferents gens de resistència a antimicrobians de forma aleatòria, suggerint que tota la família de plasmidis IncF és potencialment susceptible a adquirir i disseminar gens de resistència. Los plásmidos son moléculas de ADN circular extracromosómicas con capacidad de replicación autónoma y, se describen como principales promotores de la diseminación de genes de resistencia a antimicrobianos. Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae, son frecuentes agentes causales de infecciones, importantes por su carácter multirresistente. En estas bacterias, las betalactamasas constituyen uno de los mecanismos de resistencia más difundidos mediante plásmidos. Mediante el estudio y comparación del contenido plasmídico en bacterias de individuos sanos y de pacientes, el objetivo fue determinar las diferencias o similitudes de estos plásmidos entre ambas poblaciones, con el fin de inferir en su origen y evolución en las cepas causantes de infección. Para ello, se aislaron cepas de E. coli (n=244) y K. pneumoniae (n=115) de 150 muestras fecales de individuos sanos y de 202 pacientes con bacteriemia. Se realizó un estudio de sensibilidad a antimicrobianos mediante disco difusión, se identificaron las cepas multirresistentes y se caracterizó, por PCR y secuenciación, los genes codificantes de BLEE, AmpC y carbapenemasas. El estudio de plásmidos se realizó utilizando la técnica de PBRT y, se subtipificaron los plásmidos IncF, IncI1 e IncN mediante pMLST para su diferenciación dentro de un mismo grupo de incompatibilidad. La localización de los genes de resistencia y la definición de la fórmula FAB de los plásmidos IncF, se realizó mediante la técnica de Southern-blot e hibridación. Un 29,2% de las cepas de muestra clínica frente a un 10,8% en individuos sanos resultaron multirresistentes. La prevalencia de cepas de E. coli clínicas productoras de BLEE fue de 17,2% y 5% de AmpC y, en K. pneumoniae, de 16,5% y 1%, respectivamente, además de un 1,9% de carbapenemasas. Por otro lado, se observó una prevalencia del 4,7% de portadores sanos de E. coli productoras de BLEE y un 2,7% de AmpC. Ambas poblaciones han sufrido un aumento en la detección de cepas productoras de estas enzimas siendo también, en ambos casos, la CTX-M-15 y la CMY-2 las betalactamasas más frecuentes. Los resultados del PBRT mostraron como el contenido plasmídico de ambas poblaciones seguía una misma tendencia sin diferencias significativas destacables. La excepción se observó en los replicones L, M, A/C y N, los cuales solo se detectaron en las cepas de muestra clínica. Además, algunos de estos plásmidos con replicón L o N fueron detectados en asociación a genes blaBLEE. La subtipificación de los plásmidos, nos permitió observar cómo dentro de un mismo grupo de incompatibilidad existe una gran diversidad de secuenciotipos. Dentro de los plásmidos IncI1 se observó una gran diferencia entre los ST identificados en las cepas de individuos sanos y pacientes. Solo los ST12 y ST36 se identificaron en ambas poblaciones de E. coli, y todos los ST12 en asociación con el gen blaCMY-2. Por el contrario, a pesar de que también se detectó una gran diversidad de RST entre los plásmidos IncF, aquellos detectados con mayor frecuencia, estuvieron presentes en ambas poblaciones y, no se identificó ninguna fórmula FAB destacable por su asociación a genes bla. En conclusión, el contenido plasmídico en la población de cepas clínicas es un reflejo del contenido en cepas de individuos sanos, pero hay ciertos plásmidos, que solo se detectan en cepas causantes de infección, sugiriendo una mejor adaptación a ambientes sometidos a presión selectiva. Secuenciotipos IncI1 como el ST12 pueden ser considerados plásmidos epidémicos por su alta prevalencia y frecuencia en asociación con genes blaCMY-2. En cambio, los plásmidos IncF parecen haber adquirido distintos genes de resistencia a antimicrobianos de forma aleatoria, sin ningún RST destacable por ello; sugiriendo que toda la familia de plásmidos IncF es potencialmente susceptible a adquirir y diseminar genes de resistencia. Plasmids are extracromosomal circular DNA molecules that can replicate autonomously. They are globally described as primary promoters for the dissemination of antimicrobial resistance genes. Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae have been described as critical propriety microorganisms due to their increasing detection as multiresistant bacteria. In these bacteria, beta-lactamases constitute one of the most disseminated resistance-providing mechanisms through plasmids. Through the study and comparison of the plasmid content in the commensal microbiota from healthy individuals and patients with bacteriemia, the aim was to determine the differences and similarities of the plasmid content between these two populations, with the purpose to shed light on the origin and evolution of bacteria-causing infection. To achieve that goal, E. coli (n=244) and K. pneumoniae (n=115) strains from 150 faecal samples from healthy individuals and 202 patients with bacteraemia where isolated. An antimicrobial susceptibility testing was performed through the disc diffusion technique, the multiresistant strains were identified and, the blaESBL, blaAmpC and blacarbapenemase genes were characterised by PCR and sequencing approaches. The plasmid study was performed by using the PBRT technique. Plasmids IncF, Incl1 and IncN plasmids, were subtyped by pMLST, to differentiate each of them within the same incompatibility group. The location of the resistance genes was performed by using the Southern blot and hybridisation techniques. The same methodology was used to generate the FAB formula of the IncF plasmids. From the clinical samples, 29.2% of the strains turned out to be multiresistant against 10.8% from healthy individuals. The prevalence of clinical ESBL-producing and AmpC-producing E. coli strains was 17.2% and 5%, respectively. The prevalence of clinical ESBL-producing, AmpC-producing and carbapenemase-producing K. pneumoniae strains was 16.5%, 1% and 1.9%, respectively. Furthermore, 4.7% of the healthy individuals were carriers of ESBL-producing E. coli and 2.7% were carriers of AmpC-producing E. coli. Both populations have suffered an increased detection of strains that produce those enzymes and, in both cases, the beta-lactamases CTX-M-15 and CMY-2 were the most frequent. The PBRT results showed how the plasmid content in both populations kept the same trend without significant differences. The exception was observed in the replicons L, M, A/C and N, which were only detected in strains from clinical samples. What is more, some of these plasmids with L or N repliclon were detected in association with blaESBL genes. The plasmid subtyping, allowed us to observe a great diversity of sequence types (ST) within the same group of incompatibility. Within the Incl1-plasmids, a huge difference between the identified ST in healthy individuals and patient strains was observed. Only ST12 and ST36 were identified in both populations of E. coli. Noticeably, all the ST12 were found in association with the blaCMY-2 gene. In contrast, even though a great diversity of RSTs was detected within the IncF plasmids, those detected at higher rates were present in both populations. Furthermore, no formula was distinguishable by its association with bla genes. In conclusion, the replicon content of clinical strains mirrored that of comensal strains. Nevertheless, there are certain plasmids only detected in infection-causing strains, suggesting a better adaptation to an enviroment subjected to selective presure. IncI1 sequencetypes such as ST12 can be considered epidemic plasmids due to their high prevalence and frequency in association with blaCMY-2. On the other hand, the IncF plasmids have acquired multiple antimicrobial resistace genes randomly, with no evidence that the persitance of a single IncF is responsible for their dissemination. Therfore, the entire IncF family of plasmids is potentially capable of acquiring and propagating resitance genes. Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Microbiologia

Antecedents i hipòtesis: Les infeccions urinàries (ITU) són un problema de salut molt prevalent que afecta més de 150 milions de persones, principalment dones, en què s'observa una taxa de recurrències major al 30%. La microbiota intestinal forma un delicat equilibri i la seva diferent composició podria ser un factor predisponent per a la recurrència d'infeccions urinàries. En aquest estudi ens proposem explorar les diferències existents en la composició de la microbiota intestinal i vaginal que expliquin la predisposició a patir ITU recurrents (ITUr) en un determinat grup de dones. Antecedentes e hipótesis: Las infecciones urinarias (ITU) son un problema de salud muy prevalente que afecta a más de 150 millones de personas, principalmente mujeres, en las que se observa una tasa de recurrencias mayor al 30%. La microbiota intestinal forma un delicado equilibrio y su diferente composición podría ser un factor predisponente para la recurrencia de infecciones urinarias. En este estudio nos proponemos explorar las diferencias existentes en la composición de la microbiota intestinal y vaginal que expliquen la predisposición a sufrir ITU recurrentes (ITUr) en un determinado grupo de mujeres. Background and hypothesis: Urinary tract infections (UTIs) are a very prevalent health problem that affect more than 150 million people, mainly women, with a recurrence rate greater than 30%. The intestinal microbiota forms a delicate balance and its different composition could be a predisposing factor for the recurrence of urinary tract infections. In this study we propose to explore the existing differences in the composition of the intestinal and vaginal microbiota that can explain the predisposition to suffer recurrent UTIs (UTIr) in a certain group of women.

Les infeccions de pròtesi articular són complicacions serioses difícils de tractar, que poden generar seqüeles físiques irreversibles i grans costos econòmics. Staphylococcus epidermidis és un comensal important en la pell humana que ha tingut un gran impacte com a patogen oportunista en les infeccions relacionades amb cossos estranys. S’han descrit gens com a marcadors moleculars que diferencien soques infectives de S. epidermidis de les soques comensals. Fins a la data, no s’ha identificat un marcador únic per distingir les soques infectives de les soques comensals de S. epidermidis. En aquest estudi, es pretén identificar marcadors genètics relacionats amb la patogenicitat de S. epidermidis que permetin discriminar la població de soques d’infecció i comensal. Per arribar a aquest objectiu, s’han estudiat 117 soques de 3 poblacions de S. epidermidis: 50 soques de pacients amb infecció de pròtesi articular (IPA), 50 soques de la pell i fosses nasals de persones sanes (PS), i 17 soques del camp quirúrgic durant una artroplàstia primària (CQ). La població de CQ no havia estat estudiada ni comparada amb les altres poblacions. Els principals objectius van ser determinar la sensibilitat a antibiòtics i detectar els mecanismes de resistència, determinar l’estructura poblacional mitjançant camp pulsat (PFGE) i multilocus sequence typing (MLST), determinar la formació de biofilm i detectar els gens implicats o altres elements. Addicionalment, es va fer un estudi de seqüenciació massiva (WGS) en les soques ST2. L’estudi de sensibilitat antibiòtica va determinar altes taxes de resistència a la majoria dels antibiòtics testats, on les soques d’IPA van ser les més resistents, seguides de les soques CQ i PS. La tècnica de MLST va determinar en 117 soques de S. epidermidis 54 secuenciotipos (STs) diferents, i es van descriure 24 STs i 14 al·lels nous per primera vegada. El ST2 va predominar en les soques d’IPA (44%) i va ser exclusiu en aquesta població, seguit del ST640 i el ST5 (12% ambdós). Les soques PS i CQ van presentar una gran variabilitat de STs, sense cap ST predominant. La majoria de soques (68%) es van agrupar en el CC2. L’anàlisi per PFGE va determinar 6 patrons de PFGE, que van incloure de 2-5 soques i 52 patrons únics de PFGE. Es va realitzar un estudi complementari per WGS per profunditzar en les relacions epidemiològiques a través de l’enfocament per SNPs i es van determinar dos possibles esdeveniments de transmissió de pacient a pacient. No va ser possible confirmar la transmissibilitat ja que no es van trobar relacions clínic-epidemiològiques. Totes les soques van ser productores de biofilm, el que suggereix que la formació de biofilm no és un factor discriminatiu de les soques d’infecció i comensals. El contingut de gens relacionats amb la formació de biofilm va variar entre les diferents poblacions de soques. En les soques d’IPA van predominar els gens sdrF, bhp, l’operó ica i la seqüència d’inserció IS256, i en les soques comensals els gens embp i hld i l’element mòbil ACME. En conclusió, tot i la dificultat de definir les soques de S. epidermidis que causen la infecció, aquest estudi va trobar que l’evidència que les soques infeccioses i comensals no eren equivalents. No s’ha trobat un marcador únic per diferenciar les soques d’infecció de les soques comensals, però una combinació de diversos marcadors ens va permetre establir diferències entre les poblacions. Les soques d’infecció protèsica pertanyien amb més freqüència al clon patogènic ST2 i van adquirir determinants genètics que van promoure la infecció, com l’operó ica, IS256, sdrF, bhp i mecA. Per contra, les soques comensals es van caracteritzar per la presència significativa de embp, hld i ACME. Es recomana WGS per a estudis de filogènia i detecció de de gens en S. epidermidis. Las infecciones de prótesis articular son complicaciones serias difíciles de tratar, que pueden generar secuelas físicas irreversibles y grandes costos económicos. Staphylococcus epidermidis es un comensal importante en la piel humana que ha tenido un grande impacto como patógeno oportunista en las infecciones relacionadas con cuerpos extraños. Se han descrito genes como marcadores moleculares que diferencian cepas infectivas de S. epidermidis de las cepas comensales. Hasta la fecha, no se ha identificado un marcador único para distinguir las cepas infectivas de las cepas comensales de S. epidermidis. En este estudio, se pretende identificar marcadores genéticos relacionados con la patogenicidad de S. epidermidis que permitan discriminar la población de cepas de infección y comensal. Para llegar a este objetivo, se han estudiado 117 cepas de 3 poblaciones de S. epidermidis: 50 cepas de pacientes con infección de prótesis articular (IPA), 50 cepas de la piel y fosas nasales de personas sanas (PS), y 17 cepas del campo quirúrgico durante una artroplastia primaria (CQ). La población de CQ no había sido estudiada ni comparada con las otras poblaciones. Los principales objetivos fueron determinar la sensibilidad a antibióticos y detectar los mecanismos de resistencia, determinar la estructura poblacional mediante campo pulsado (PFGE) y multilocus sequence typing (MLST), determinar la formación de biofilm y detectar los genes implicados u otros elementos. Adicionalmente, se hizo un estudio de secuenciación masiva (WGS) en las cepas ST2. El estudio de sensibilidad antibiótica determinó altas tasas de resistencia a la mayoría de los antibióticos testados, donde las cepas de IPA fueron las más resistentes, seguidas de las cepas CQ y cepas PS. La técnica de MLST determinó en 117 cepas S. epidermidis 54 secuenciotipos (STs) diferentes, y se describieron 24 STs y 14 alelos nuevos por primera vez. El ST2 predominó en las cepas de IPA (44%) y fue exclusivo en esta población, seguido del ST640 y el ST5 (12% ambos). Las cepas PS y CQ presentaron una gran variabilidad de STs, sin ningún ST predominante. La mayoría de cepas (68%) se agruparon en el CC2. El análisis por PFGE determinó 6 patrones de PFGE que incluyeron de 2-5 cepas y 52 patrones únicos de PFGE. Se realizó un estudio complementario por WGS para profundizar en las relaciones epidemiológicas a través del enfoque por SNPs y se determinaron dos posibles eventos de transmisión de paciente a paciente. No fue posible confirmar la transmisibilidad ya que no se encontraron relaciones clínico-epidemiológicas. Todas las cepas fueron productoras de biofilm, lo que sugiere que la formación de biofilm no es un factor discriminativo de las cepas de infección y comensales. El contenido de genes relacionados con la formación de biofilm varió entre las diferentes poblaciones de cepas. En las cepas de IPA predominaron los genes sdrF, bhp, el operón ica y la secuencia de inserción IS256, y en las cepas comensales los genes embp y hld y el elemento móvil ACME. En conclusión, a pesar de la dificultad de definir las cepas de S. epidermidis que causan la infección, este estudio encontró que la evidencia de que las cepas infecciosas y comensales no eran equivalentes. No se encontró un marcador único para diferenciar las cepas de infección de las cepas comensales, pero una combinación de varios marcadores nos permitió establecer diferencias entre las poblaciones. Las cepas de infección protésica pertenecían con mayor frecuencia al clon patogénico ST2 y determinantes genéticos adquiridos que promovieron infección, como el operón ica, IS256, sdrF, bhp y mecA. Por el contrario, las cepas comensales se caracterizaron por la presencia significativa de embp, hld y ACME. Se recomienda WGS para estudios de filogenia y detección de genes. Prosthetic joint infections are serious complications that are difficult to treat, which can generate irreversible physical sequelae and high economic costs. Staphylococcus epidermidis is an important commensal in human skin that has had a great impact as an opportunistic pathogen in foreign body related infections. Genes have been described as molecular markers that differentiate infective strains of S. epidermidis from commensal strains. To date, no single marker has been identified to distinguish infective strains from commensal strains of S. epidermidis. In this study, the aim is to identify genetic markers related to the pathogenicity of S. epidermidis that allow discriminating the population of infection and commensal strains. To achieve this objective, 117 strains from 3 populations of S. epidermidis have been studied: 50 strains from patients with joint prosthesis infection (IPA), 50 strains from the skin and nasal swabs of healthy people (PS), and 17 strains of the surgical field during a primary arthroplasty (CQ). The CQ population had not been studied or compared with the other populations. The main objectives were to determine the susceptibility to antibiotics and detect the resistance mechanisms, determine the population structure using pulsed field (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST), determine the biofilm formation and detect the genes involved or other elements. Additionally, a whole genome study (WGS) was performed on the ST2 strains. The antibiotic susceptibility study determined high rates of resistance to most of the antibiotics tested, where the IPA strains were the most resistant, followed by the CQ and PS strains. The MLST technique determined in 117 S. epidermidis strains 54 different sequence-type (STs), and 24 STs and 14 new alleles were described for the first time. The ST2 predominated in IPA strains (44%) and was exclusive in this population, followed by ST640 and ST5 (12% both). The PS and CQ strains presented a great variability of STs, without any predominant ST. Most of the strains (68%) were grouped in CC2. The PFGE analysis determined 6 PFGE patterns that included 2-5 strains and 52 unique PFGE patterns. A complementary study was performed by WGS to study the epidemiological relationships through the SNP approach and two possible transmission events from patient to patient were determined. It was not possible to confirm the transmissibility because no clinical-epidemiological relationships were found. All strains were biofilm-producing, suggesting that biofilm formation is not a discriminatory factor for infecting and commensal strains. The genetic content related to biofilm formation varied between different populations of strains. In the IPA strains the sdrF, bhp, the ica operon and the IS256 predominated, and in the commensal strains the embp and hld genes and the mobile element ACME. In conclusion, despite the difficulty of defining the S. epidermidis strains that causing the infection, this study found that the evidence that infectious and commensal strains were not equivalent. No single marker was found to differentiate infection strains from commensal strains, but a combination of several markers allowed us to establish differences between populations. The prosthetic infection strains most frequently belonged to the pathogenic clone ST2 and acquired genetic determinants that promoted infection, such as the ica operon, IS256, sdrF, bhp and mecA. In contrast, commensal strains were characterized by the significant presence of embp, hld, and ACME. WGS is recommended for gene detection and phylogeny studies. Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Microbiologia

Campylobacter jejuni es considerado uno de los principales patógenos entéricos a nivel mundial. Nuestro estudio, realizado con cepas aisladas de muestras de humanos, pollos de engorde y aves salvajes, mostró que existe una elevada variabilidad genética en las tres poblaciones. La población de aves salvajes fue la que mayores rasgos distintivos mostró en relación a las poblaciones de humanos y de pollos. Mediante la técnica del campo pulsado, sólo se identificaron 4 clones, los cuales se componían de entre 2 y 6 cepas aisladas de muestras de aves salvajes en tres clones y en un clon de cepas aisladas de muestras de pollos. No fue identificado ningún clon conformado por cepas aisladas de muestras de humanos pues se escogieron pacientes no relacionados con ningún brote. Mediante la técnica del MLST, se identificaron 64 secuencias tipos (ST); de las cuales sólo 3 se compartían entre todas las poblaciones de estudio, 10 entre la población humana y de pollos, y ninguna entre aves salvajes y humanos o aves salvajes y pollos. Por otra parte, se observó un elevado porcentaje de resistencia a tetraciclina (71.3%), ciprofloxacina (67.3%), ácido nalidíxico (64.6%) y ampicilina (63.3%), mientras que en menor medida a aminoglucósidos (7.3%). La población que mostró mayores valores de resistencia frente a estos antimicrobianos fueron las cepas aisladas de muestras de pollos, seguidas por las cepas aisladas de muestras de humanos y menor medida en la población de cepas aisladas de muestras de aves salvajes. Más de la mitad de las cepas estudiadas (58.2%) presentaron multiresistencia, principalmente, a ampicilina, ciprofloxacina y tetraciclina. Los mecanismos involucrados en la resistencia a ampicilina y tetraciclina no fueron exclusivamente debido a la presencia de los genes blaOXA, tetO/tetA, sino que la mutación en Thr86Ile en el gen gyrA, fue la responsable de la resistencia a ciprofloxacina. Además la presencia de las enzimas que modifican aminoglucósidos fueron las responsables, en la mayoría de los casos, de la resistencia a gentamicina, kanamicina y estreptomicina. Mediante el análisis de algunas cepas Whole Genome Sequencing y la determinación del cgMLST y wgMLST, se logró establecer un punto de corte que definió de una manera más exacta, las relaciones epidemiológicas. Además, con el uso de esta herramienta y mediante el análisis con diferentes softwares, se lograron identificar los genes y las mutaciones puntuales responsables de la resistencia a antibióticos, lo cual permitió comprobar o corroborar la información obtenida mediante las técnicas convencionales anteriormente utilizadas en el estudio. Con todos los datos obtenidos en este estudio se confirma que la campilobacteriosis es causada en humanos por el consumo de carne de pollo contaminada, y que esta contaminación puede ocurrir más allá de las granjas de cría, donde juega un papel importante la transportación y el manejo en los mataderos. También pudimos observar que la presencia de C. jejuni en aves salvajes presenta una elevada especificidad hospedador-patógeno, y que la presencia de estas aves en zonas urbanas propicia la diseminación del patógeno, lo cual representa un riesgo potencial de contaminación para los humanos. Campylobacter jejuni is considered one of the main enteric pathogens worldwide. In our study, a high genetic variability was observed in C. jejuni strains isolated from human, broiler and wild bird samples. Comparatively wild birds showed the most distinctive features among the three populations. Using pulsed field gel electrophoresis, only 4 clones were identified, each consisting of between 2 and 6 strains; 3 clones included wild bird strains and 1 clone included broiler strains. No clone was identified from strains isolated from human samples because the patients selected for this study were not associated with any outbreak. Using the MLST technique, 64 sequence types (ST) were identified, only 3 of which were found in all three study populations, 10 in both human and broiler samples, and no ST was shared between wild birds and humans, or wild birds and broilers. Among the strains, a high percentage of resistance was observed to tetracycline (71.3%), ciprofloxacin (67.3%), nalidixic acid (64.6%) and ampicillin (63.3%), and to a lesser extent to aminoglycosides (7.3%). Strains isolated from broiler samples showed the highest resistance to these antimicrobials, followed by those isolated from humans and finally from wild bird samples. More than half of the strains studied (58.2%) presented multidrug resistance, principally, to ampicillin, ciprofloxacin and tetracycline. The mechanisms involved in ampicillin and tetracycline resistance were not exclusively due to the presence of the blaOXA, tetO / tetA genes, but the Thr86Ile mutation in the gyrA gene was responsible for the resistance to ciprofloxacin. Also, in most cases, enzymes that modify aminoglycosides were responsible for the resistance observed to gentamicin, kanamycin and streptomycin. Strains analysis by Whole Genome Sequencing and the determination of cgMLST and wgMLST, enabled the establishment of a cut-off point to define the epidemiological relationships between strains more precisely. Moreover, the use of this tool together with analysis with different software allowed genes and point mutations responsible for antimicrobial resistance to be identified, which permitted the information obtained by more conventional techniques in this study to be verified or corroborated. The data obtained in this study, confirms that campylobacteriosis in humans is caused by the consumption of contaminated broiler meat, and that this contamination can occur outside of breeding farms, and is associated with transportation and slaughterhouse management. We also observed that C. jejuni in wild birds has high host-pathogen specificity, and that the presence of these birds in urban areas favors the dissemination of the pathogen, which represents a potential contamination risk for humans.

En aquesta tesis s’ha determinat l’epidemiologia dels principals virus respiratoris circulants en el nostre medi i s’ha avaluat l’aportació de la tecnologia molecular al diagnòstic de rutina de les infeccions respiratòries víriques. Es van recollir les dades dels virus respiratoris detectats entre gener de 1997 i desembre de 2013, a l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau. Es va analitzar la freqüència, la distribució estacional i la relació entre els virus detectats amb l’edat i el sexe dels pacients. Les mostres incloses van ser mocs nasofaringis, exsudats nasals i faringis, rentades broncoalveolars i biòpsies pulmonars i es van analitzar mitjançant tècniques d’immunocromatografia, immunofluorescència (IF), cultiu cel·lular (CC) i detecció d’àcids nucleics dels virus gripals. De les 36.744 mostres estudiades, 13.201 (35,9%) van resultar positives per un o més virus. En total es van detectar 13.630 virus respiratoris, dels quals el RSV (29,4%) va ser el virus més detectat, el FLUAV (28,7%) el segon i l’AdV (14,7%) el tercer. La resta de virus respiratoris es van detectar amb una freqüència inferior al 10%: EV (9,3%), FLUBV (6,7%), hMPV (5,1%), RV (4,4%), PIV-3 (3%), PIV-1 (1,1%) i PIV-2 (, The present thesis aimed to determine the epidemiology of the main respiratory viruses circulating in our geographical area. The contribution of molecular techniques to the routine diagnosis of the infections caused by these viruses was also evaluated. Data of the respiratory viruses detected at Hospital de la Santa Creu i Sant Pau between January 1997 and December 2013 were collected. The circulation of respiratory viruses, including frequency and seasonal distribution, was analysed. The relationship between the viruses detected and the age and sex of the patients was also evaluated. The clinical specimens analysed included nasopharyngeal aspirates, nasal and pharyngeal exudates, bronchoalveolar lavages and lung biopsies. The virological studies were performed by cell culture (CC), immunochromatography and immunofluorescence (IF); a nucleic acid amplification technique (NAAT) for detection of Influenza viruses was also used. A total of 36,744 clinical specimens were studied. Of these, 13,201 (35.9%) were positive for one virus or more than one. Overall 13,630 respiratory viruses were identified: RSV (29.4%) was the most frequently detected, followed by FLUAV (28.7%) and AdV (14.7%). The other viruses were detected in a frequency under 10%: EV (9.3%), FLUBV (6.7%), hMPV (5.1%), RV (4.4%), PIV-3 (3%), PIV-1 (1.1%) and PIV-2 (