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Objetivou-se caracterizar a estrutura, organização e processo de trabalho da Comissão de Farmácia e Terapêutica (CFT) do Complexo Hospitalar Universitário Professor Edgard Santos - Complexo HUPES, localizado na cidade de Salvador-Bahia. Para isso, foi realizada uma análise documental e observação participante entre o período de janeiro e fevereiro de 2020. A CFT deste complexo hospitalar demonstrou seguir todas as recomendações da Organização Mundial da Saúde quanto a estrutura e organização como possuir uma composição multidisciplinar, realizar reuniões mensais, contar com o apoio da gestão institucional e de outros comitês do hospital, elaborar atas das reuniões com a documentação dos processos e das decisões, declarar os possíveis conflitos de interesse e contar com membros que possuem competência técnica para a tomada de decisões, além de dispor de uma estrutura física adequada para a realização dos encontros. A CFT do Complexo HUPES também se mostrou ativa no processo de análise e incorporação de novos medicamentos na instituição. No entanto, aspectos importantes precisam ser fortalecidos, como a instituição de um parecer padronizado com a formalização das deliberações desta comissão e a produção de indicadores de avaliação de desempenho.