Aim In the present study, the structure of the benthic invertebrates in ponds in the presence and absence of Nile tilapia was evaluated. Methods The benthic macroinvertebrates and physicochemical parameters were analyzed for a period of eight weeks, every 15 days, in two ponds (one with fish and the other without fish). Benthic invertebrates were sampled with artificial substrate samplers, made with cheap and common materials, like expanded clay, loofah leaves and gravel. Results With the exception of turbidity, the other physical and chemical variables of water quality were within the ideal limits for tilapia farming. Despite that, there was a significant difference for all physical-chemical parameters monitored, and the average turbidity was much higher in pond with fish. The use of artificial substrate samplers for biomonitoring was effective in the colonization of several taxa in a short period of time (15 days). For benthic community metrics, organism richness, diversity and evenness were significantly higher in the pond without fish. On the other hand, the dominance of Chironomidae and the abundance of Glossiphonidae were much higher in the pond with fish. For Chironomidae, this family was dominant in both treatments, but reached a higher frequency in the pond with fish (98.49%) than in pond without fish (92.87%). The presence of sensitive families, like Leptoceridae (Order Trichoptera), was higher in the pond with no fish, as well as the metric of Ephemeroptera, Plecoptera and Trichoptera families (% EPT). Conclusions The presence of fish altered the macrobenthic community, since metrics of richness and diversity presented lower values in pond with fish. Resumo Objetivo No presente estudo, avaliou-se a estrutura de invertebrados bentônicos em viveiros escavados na presença e ausência de tilápia do Nilo. Métodos Os macroinvertebrados bentônicos e os parâmetros físico-químicos foram analisados por um período de oito semanas, a cada 15 dias, em dois viveiros (um com peixes e outro sem peixes). Os invertebrados bentônicos foram coletados com amostradores de substrato artificial, feitos com materiais baratos e comuns, tais como argila expandida, folhas de taboa e brita. Resultados Com exceção da turbidez, as demais variáveis físicas e químicas da qualidade da água estiveram dentro dos limites ideais para o cultivo de tilápia. Apesar disso, houve diferença significativa para todos os parâmetros físico-químicos monitorados, sendo que a turbidez média foi bem maior no tanque com peixes. Para as métricas dos macroinvertebrados bentônicos, riqueza, diversidade e uniformidade de organismos foram significativamente maiores no tanque sem peixes. Por outro lado, a dominância de Chironomidae e a abundância de Glossiphonidae foram muito maiores no tanque com peixes. Para Chironomidae, esta família foi dominante em ambos os tratamentos, mas atingiu maior frequência no viveiro com peixes (98,49%) do que no viveiro sem peixes (92,87%). A presença de famílias sensíveis, como Leptoceridae (Ordem Trichoptera), foi maior no viveiro sem peixes, assim como a métrica das famílias Ephemeroptera, Plecoptera e Trichoptera (% EPT). Conclusões O uso de amostradores de substrato artificial para biomonitoramento mostrou-se eficaz na colonização de diversos táxons em um curto período de tempo (15 dias). Por fim, a presença de peixes alterou a comunidade macrobentônica, já que as métricas de riqueza e diversidade apresentaram valores mais baixos no viveiro escavado com peixes.