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O objetivo do presente estudo foi analisar a microbiota de carne de bijupirá cultivado em tanques-rede na Baí­­a de Ilha Grande, Rio de Janeiro e avaliar a eficiência do processamento de salga e defumação na redução da carga microbiana do produto salgado e/ou defumado. O presente trabalho apresentou os seguintes resultados para a contagem de Staphylo coccus aureus: para a carne fresca média de 8,1 UFC/g; a defumada apresentou média de 0,6 UFC/g; e a salga da apresentou resultado negativo. Para coliformes totais, os resultados foram: média de 3,7 UFC/g para carne fresca; para salgada, média de 2,2 UFC/g; e a defumada apresentou resultado negativo. Os resultados para Escherichia coli e Salmonella spp. foram de ausência nos três grupos: fresco, defumado ou salgado. A contagem de bactérias heterotróficas aeróbias mesófilas apresentou para a carne fresca a média de 307,5 UFC/g; a salgada, média de 133,2 UFC/g; enquanto a defumada apresentou 0,4 UFC/g de média. Todas as amostras se apresentaram dentro do padrão da legislação brasileira para qualidade microbiológica do produto.