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Les entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération (ERC3G) constituent un fardeau sanitaire majeur pour les humains et les animaux dans l’océan Indien. Les rats, au mode de vie synanthrope, en sont des réservoirs avérés. Nous avons utilisé les rats comme des bioindicateurs environnementaux de l’occurrence d’ERC3G. L’objectif principal de cette étude exploratoire était de générer des hypothèses concernant la contamination environnementale par les ERC3G dans les deux territoires français de l’océan Indien. Cet objectif a été poursuivi à travers a) l’estimation de la prévalence des ERC3G et des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE) chez les rats des deux territoires en 2013-2014, et b) l’identification des déterminants de ce portage chez les rats (traits d’histoire de vie et occupation du sol). En 2013-2014, des rats ont été échantillonnés selon un gradient altitudinal à la Réunion et à Mayotte sur plusieurs sites peu anthropisés. Sur un échantillon de convenance de 198 et 138 rats, respectivement à la Réunion et à Mayotte, la prévalence des ERC3G s’élevait à 5,1 % et 8,7 %, et celle des EBLSE à 0,5 % et 0,8 %. La masse, la longueur de la queue et la proportion de terrains agricoles dans le domaine vital du rat étaient des déterminants du portage d’ERC3G à la Réunion. A Mayotte, les déterminants de ce portage étaient une masse faible et le site de capture du rat avec un regroupement de cas positifs dans une localité spécifique. Finalement, les résultats obtenus semblent indiquer une faible contamination de l’environnement par les ERC3G à la Réunion et à Mayotte en 2013-2014. A la Réunion l’hypothèse d’une contamination de l’environnement par l’épandage de lisier a été soulevée nécessitant des investigations complémentaires.

L’objectif de l’étude, menée d’août 2014 à décembre 2015, était de tester la résistance aux antibiotiques de 52 isolats de Salmonella gallinarum obtenus à partir d’élevages avicoles modernes situés en zones périurbaines du district de Bamako (n = 27), et des villes de Ségou (n = 16) et Sikasso (n = 9). Les taux de résistance moyens obtenus ont été de 98,08 % à l’érythromycine, 94,23 % à la colistine, 90,38 % à la streptomycine, 67,31 % à la kanamycine, 65,38 % à la fluméquine, 63,46 % à la doxycycline, 59,61 % à la tétracycline et 21,15 % à la gentamicine. Tous les isolats de salmonelles issus des élevages du district de Bamako se sont avérés résistants à la tétracycline, à la doxycycline et à l’érythromycine. De même, une résistance à l’érythromycine, à la tétracycline, à la colistine et à la streptomycine a été mise en évidence pour tous les isolats issus des élevages du site de Sikasso. Les résultats ont montré un développement de la résistance de la plupart des souches de salmonelles isolées à la majorité des antibiotiques usuels et dans une moindre mesure à la gentamicine.

La résistance aux antibiotiques est devenue une préoccupa­tion de santé publique mondiale car un grand nombre de bactéries résistantes émergent continuellement. Les animaux ont été signalés comme l’une des sources de bactéries résistantes aux antibiotiques qui peuvent être transférées aux humains. Afin d’enrichir les données sur la résistance aux antibiotiques chez les animaux au Rwanda, une étude transversale a été menée dans la province de l’Est et dans la ville de Kigali pour isoler Escherichia coli présent dans des élevages de volailles en plein air et dans des élevages commerciaux. Des échan­tillons de matières fécales ont été prélevés dans 294 fermes avicoles et des souches d’E. coli ont été isolées et identifiées. Au total, 241 isolats d’E. coli ont été soumis à un test de sen­sibilité aux antibiotiques en utilisant cinq antibiotiques (gen­tamicine, streptomycine, rifampicine, doxycycline et érythro­mycine). L’utilisation d’antibiotiques chez les volailles était faible dans les élevages de volaille en plein air (30,9 %) com­parativement aux élevages de poules pondeuses et de pou­lets de chair (100 %). Parmi les 151 éleveurs qui ont déclaré utiliser des antibiotiques chez les volailles, près de la moitié (49,7 %) ont toujours utilisé des antibiotiques sur ordonnance vétérinaire. Sur les 241 isolats d’E. coli, 43,2 % présentaient une résistance multiple à quatre des cinq antibiotiques testés. Presque tous les isolats (98,8 %) étaient résistants à l’érythro­mycine, 78,8 % étaient résistants à la streptomycine, 77,6 % étaient résistants à la doxycycline, 69,3 % étaient résistants à la rifampicine et quelques-uns seulement étaient résistants à la gentamicine (3,7 %). Aucune différence significative statis­tiquement n’a été observée en ce qui concerne la résistance des isolats aux antibiotiques selon le type de système d’éle­vage. Toutefois, la résistance des isolats à la doxycycline a été significativement plus élevée dans les fermes où l’utilisa­tion d’antibiotiques a été signalée (84 %) que dans les fermes où l’utilisation d’antibiotiques n’a pas été signalée (70 %). La résistance aux antibiotiques d’E. coli observée montre l’exis­tence d’une source potentielle de résistance qui peut être transférée aux bactéries pathogènes et avoir un impact sur les humains et les animaux.

Certains entéropathogènes majeurs sont associés aux produits carnés, notamment Salmonella spp. ou Escherichia coli pro­ducteur de shigatoxines (3), et ce, en lien avec les conditions d’hygiène rencontrées de l’abattage à l’étal (1). L’objectif a été d’évaluer (a) le niveau des indicateurs d’hygiène comme E. coli, (b) la prévalence de Salmonella spp., de Campylobacter ther­motolérants, de Listeria monocytogenes, d’Yersinia enterocolitica et d’E. coli O157:H7 dans les viandes commercialisées dans la communauté urbaine d’Antananarivo, et (c) la sensibilité aux antibiotiques des isolats. Au total 137 échantillons, incluant de la viande de zébu hachée (n = 52) ou non (n = 48), et de la viande de porc hachée (n = 10) ou non (n = 27) ont été collectés dans les grandes sur­faces (24 p. 100) et sur les marchés d’Antananarivo (76 p. 100) d’avril à novembre 2014. Des méthodes conventionnelles ISO (International Organization for Standardization) et validées (Vidas technologie Biomérieux) ont été mises en oeuvre, ainsi que la confirmation des isolats par spectrométrie de masse (Maldi-TOFF, Bruker) ou par biologie moléculaire pour E. coli O157H7 (2). Le profil d’antibio-résistance des isolats a été déterminé sur Adagio Automated System (Biorad). Moins de 2 p. 100 des échantillons respectaient les critères microbiologiques d’hygiène du Règlement européen CE n° 2073/2005 (respectivement 70 et 90 p. 100 de non-conformité pour les micro-organismes aérobies et pour E. coli). Au total 111 échantillons (81 p. 100) étaient porteurs au moins d’un micro-organisme potentiellement pathogène ; 74 S. enterica subsp. enterica ont été isolées avec 33 sérovars identifiés dont deux prédominants, Budapest (21 p. 100) et Muenchen (21 p. 100) ; 48 E. coli O157:H7 ont été isolés principalement dans la filière bovine (63 p. 100) ; L. monocytogenes et Campylobacter thermo­tolérants ont été détectés respectivement dans 3 et 2 p. 100 des échantillons, et Y. enterocolitica n’a pas été détectée (tableau I). Les isolats de Salmonella ont été sensibles aux antibiotiques tes­tés, hormis une S. enterica serovar Bahrenfeld qui a résisté aux fluoroquinolones, notamment à la ciprofloxacine. Par ailleurs, 35 souches d’E.coli O157:H7 testées présentaient un phénotype sauvage et huit isolats avaient un phénotype d’hyperproduction de céphalosporinases (tableau II). Les conditions d’hygiène rencontrées sur l’ensemble de la filière bovine et porcine sont nettement insuffisantes et contribuent à la propagation de pathogènes entériques, comme Salmonella enterica et le pathovar Escherichia coli O157:H7. Des phéno­types multirésistants aux antibiotiques émergent, représentant un facteur de risque pour la santé des consommateurs. Par conséquence, nous élargirons le champ des investigations aux abattoirs et aux élevages pour une caractérisation génotypique des isolats qui permettra de rechercher les sources et les moda­lités potentielles de contamination.

Campylobacter resistance to antimicrobial agents appears as an emerging public health problem in industrialized countries, but, on the other hand, only few data on the subject are available in developing countries. To assess antibiotic susceptibility of Campylobacter strains in Senegal, skin samples were collected from 250 chicken carcasses from January 2001 to October 2002. Among 204 Campylobacter strains isolated, two species were identified: C. jejuni (59%) and C. coli (41%). In vitro susceptibility to five antimicrobial drugs (amoxicillin, amoxicillin-clavulanic acid, erythromycin, nalidixic acid and ciprofloxacin) was determined by the E-test method. Minimum inhibitory concentrations (MICs) showed 34% of Campylobacter isolates were ciprofloxacin resistant with a high level of resistance (MIC ≥ 32 mg/l) in 25% of both species. Cross-resistance between nalidixic acid and ciprofloxacin was found in 96% of quinolone-resistant strains. The level of amoxicillin resistance was statistically higher for C. coli than for C. jejuni (20.2 versus 10.8%), but all the strains were susceptible to amoxicillin combined with clavulanic acid. Both species showed low resistance to erythromycin. Multiresistant phenotype to three of the drugs tested was found in 9.8% of the strains: 15.5% of C. coli strains and 5.8% of C. jejuni strains. No strain was resistant to four or more of the drugs studied. Further studies appear necessary to evaluate antibiotic resistance of Campylobacter isolated in human and animal samples in order to control the emergence of new multidrug-resistant strains in Senegal.

Des essais sur la sensibilité d’antimicrobiens et la présence de plasmides ont été effectués sur dix-huit souches de Pasteurella multocida isolées à partir de zébus du Laboratoire de recherche vétérinaire, Institut national de recherche vétérinaire, Vom, en 2012. Parmi les 18 isolats, 13 (72 p. 100) étaient sensibles à la sulfaméthoxazole/triméthoprime, 8 (44 p. 100) à la gentamicine, 8 à l’acide amoxicilline / acide clavulanique, 7 (39 p. 100) à la ciprofloxacine, 7 au chloramphenicol, 5 (28 p. 100) à l’ampicilline, 1 (5,6 p. 100) à l’oxacilline, et 1 à la vancomycine. Tous les isolats étaient résistants à la tétracycline et à l’érythromycine. Tous hébergeaient un plasmide de 5 kb. Trois isolats du sérotype E ont présenté un plasmide supplémentaire de 3 kb, un autre a exhibé un plasmide supplémentaire de 6 kb mais aucun des isolats ne contenait à la fois les trois plasmides.