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While mutations in genes that function in the core molecular clock may disrupt circadian periodicity , their relevance to diurnal variation in metabolic, cardiovascular, and respiratory function is unknown. The circadian Clock gene product is an essential regulator of central and peripheral circadian rhythms in mammals. We have elucidated the complete exon–intron organization of the Clock gene in rat and have carried out an extensive search for single nucleotide polymorphisms (SNPs) in a panel of 12 inbred rat strains that exhibit diversity in studies of central and peripheral organ function and disease. The rat Clock gene consists of 23 exons spanning approximately 75 kb. Comparative sequence analysis identified 33 novel SNPs, including 32 that distinguish the Brown Norway (BN) rat from the other strains studied. Most notable were two novel mutations in the BN sequence at exon 8, Ile131Val and Ile132Val, occurring in a segment of the highly conserved PAS-A domain of the protein. These results afford the opportunity to assess the impact of genetic variation in Clock on central and peripheral functions subject to the core molecular clock and to test the importance of Clock variants in explaining diversity among rat strains in the expression of phenotypes, such as blood pressure, subject to circadian oscillation.

Introduction Les variations communes de sequence d’ADN existantes chez l’Homme modifient l’expression des genes et contribuent a la susceptibilite aux maladies complexes. Notre objectif est d’etablir la relation entre le controle transcriptionel du tissu adipeux blanc et la susceptibilite a l’adiposite et au diabete mis en evidence chez le rat spontanement diabetique de la souche Goto-Kakizaki (GK). Materiels et methodes En utilisant des puces a ADN Illumina, nous avons analyse l’expression d’environ 20,000 genes dans le tissu adipeux blanc d’une population F2 (n = 138) derivee du GK et du rat controle Brown-Norway (BN) et d’une lignee congenique portant sur un fond genetique BN, les alleles GK a un locus genetique (QTL) lie a l’adiposite. Les loci lies a l’expression des genes (eQTL) ont ete identifies dans la population F2 en utilisant R/QTL, valides dans la lignee congenique par qRT-PCR, et analyses en relation avec la sequence genomique du GK produite au laboratoire. Resultats Nous avons identifie sur le genome entier, 585 eQTLs statistiquement significatifs (LOD > 9). La region 1q33 (8,3Mb), qui cosegrege avec un QTL d’adiposite, contient 172 genes candidats positionnels, parmi lesquels 44 correspondent a un eQTL. Nous avons valide l’expression differentielle de 27 de ces 44 genes dans la lignee congenique, qui montrent pour 48 % d’entre eux un effet de regulation transcriptionnelle en cis. L’analyse de 20,000 polymorphismes SNPs presents dans la region 1q33 nous a permis d’eliminer les eQTLs faux positifs et d’entreprendre l’analyse fonctionnelle de polymorphismes localises sur les genes candidats positionnels du QTL lie a l’adiposite, parmi lesquels le facteur de transcription ASCL3 (LOD > 43). Conclusion L’utilisation combinee de donnees du transcriptome et de sequencage nous a permis d’elucider le controle transcriptionnel du tissu adipeux blanc chez un modele de diabete et d’identifier des genes candidats fonctionnels et positionnels au locus1q33 associe a l’adiposite chez le rat GK. P