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O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade das águas do Lajeado São José, que abastece a cidade de Chapecó, considerando variáveis físico-químicas e microbiológicas. As amostras foram coletadas mensalmente em quatro pontos da microbacia, no período de junho de 2007 a março de 2008. Os pontos de coleta ficaram assim distribuídos na microbacia: ponto 1 – localização mais elevada da microbacia e representa a contribuição urbana e rural; ponto 2 – contribuição da atividade suinícola; ponto 3 – representa contribuição urbana; e ponto 4 – localizado próximo ao reservatório de captação da Companhia Catarinense de Água e Saneamento (Casan), representa o somatório de todos os pontos a montante. Os parâmetros analisados foram: coliformes fecais, OD, turbidez, pH, P-total, nitrato, amônia, DBO e os metais cobre (Cu), zinco (Zn) e chumbo (Pb). Observou-se que os valores para alguns parâmetros estão acima do permitido pela Resolução 357/2005 do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama) para água de classe 1, principalmente nos pontos de monitoramento 2 e 3. A aplicação do índice de qualidade de água (IQA) permitiu o enquadramento desses pontos na classe ruim de qualidade da água e os pontos 1 e 4 na classe aceitável.