Search

Tick-borne encephalitis (TBE) is an endemic viral zoonotic disease in many regions of Eurasia. In this study, whole blood, serum samples and the hard ticks collected from a variety of ruminant species (cattle, goat and sheep) in the middle Black Sea region of Turkey were investigated for the presence of RNA and IgG antibodies against Tick-borne encephalitis virus (TBEV). No TBEV genomic RNA was found in 2625 tick and 708 blood samples. However, serological examination for anti-TBEV antibodies revealed that TBEV IgG antibody was found as follow: cattle 61 of 198 (30.8%), goat 7 of 115 (6.1%) and sheep 15 of 147 (10.2%), and confirmed by an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Positivity rates for the provinces were as follows: Samsun 12.7%, Sivas 35.2% and Tokat 13.2%. This information supports previous findings of TBEV in ticks in Turkey and may be of relevance for public health considerations (in respect to vaccination recommendations for those exposed)., Kene kaynaklı ensefalit (TBE), Avrasya'nın birçok bölgesinde endemik viral zoonotik bir hastalıktır. Bu çalışmada, Türkiye'nin Orta Karadeniz bölgesinde çeşitli ruminant türlerinden (sığır, keçi ve koyun) toplanan tam kan, serum örnekleri ve sert kenelerde Tick-borne ensefalitis virusuna karşı RNA ve IgG antikorlarının varlığı araştırıldı. 2625 kene ve 708 kan örneğinde TBEV genomik RNA bulunamadı. Bununla birlikte, anti-TBEV antikorları için yapılan serolojik inceleme, TBEV IgG antikorunun: 198 sığırdan 61'i (%30.8), 115 keçiden 7'si (%6.1) ve 147 koyundan 15'i (%10.2) ELISA yöntemiyle pozitif bulunmuştur. İller için pozitiflik oranları şu şekildedir: Samsun %12,7, Sivas %35,2 ve Tokat %13,2. Bu çalışma, Türkiye'deki kenelerde TBEV'nin önceki bulgularını desteklemektedir ve halk sağlığı açısından (maruz kalanlara yönelik aşı önerileri açısından) önem arzetmektedir.

Bu çalışma ile Türkiye’de ilk kez evcil kedilerin kalın bağırsak ishallerinde Tritrichomonas foetus’ün etiyolojik ajan olarak rol oynayıp-oynamadığının moleküler teknikler ile araştırılıp enfeksiyonun risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Veteriner Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Kliniklerine kronik ishal şikâyeti ile getirilen farklı ırk, yaş, cinsiyet, beslenme ve yaşama koşullarına sahip 50 kedi ile Samsun Büyükşehir Belediyesi Güçten Düşmüş Hayvan Bakım Evi’nden 50 adet kronik ishalli kedilere ait dışkı örnekleri bireysel olarak toplanmıştır. Toplanan 100 dışkı örneğinden genomik DNA ekstraksiyonu yapılmış ve sonrasında parazitin varlığının araştırılmasında cysteine protease 2 (CP-2) ve internal transcribed spacer (ITS) geninin invitro koşullarda amplifikasyonu için PCR metodu kullanılmıştır. Araştırma sonucunda kronik ishalli kedilere ait olan 100 dışkı örneğinde T. foetus pozitifliği saptanmamıştır. Bu araştırma ile ülkemizdeki kronik ishalli kedilerde ilk kez moleküler olarak T. foetus’un varlığı araştırılmıştır.Kronik ishalli kedilerde parazite rastlanılmamasının en önemli nedeni kedilerin yaşam alanlarının parazitin kaynağı olduğu bilinen sığırların yaşam alanlarına yakın olmaması ile açıklanabilir. Mevcut araştırmanın ortaya koyduğu sonuçlar sonraki çalışmalara ışık tutması yönünden önem arz etmektedir. It was aimed to investigate whether T. foetus infections play roles as the etiological agents associated with large bowel diarrhea in cats with molecular techniques for the first time in Turkey, and to determinate the risk factors within this present project. Fifty stool samples collected from the different breed, sex, ages, feeding routes and environmental conditions of cats which presented to the Veterinary Faculty, Internal Medicine Clinics suffered from chronic diarrhea. Same as 50 stool samples collected from the different breed, sex, ages, feeding routes and environmental conditions of cats stayed in the Samsun Metropolitan Municipality’s Incapacitated Orphaned Animal Care Centre. After the genomic DNA extraction of the collected 100 stool samples, PCR used for the in vitro amplification of the cysteine protease 2 (CP-2) and internal transcribed spacer (ITS) genes for the detection of the parasite. Based on the research result none of the 100 stool samples were detected as T. foetus positive.Within the presented study, existence of the T. foetus in the cats having chronic diarrhea was investigated molecularly for the first time in Turkey. The main reason for the absence of the parasite in this study may be explained by the living environment of the cats which have any connection of the main source of parasite known as cattle. By this way outcome of the present study with specialties has importance that lead new lights to further studies.

A total of 127 stool samples (rectal swab) from diarrheic calves, up to one mouth of age, were collected during one year period (2014-16) from three cities (Sivas, Malatya and Elazığ) located central Turkey. 432 bp partial sequence of Nsp1ab gene were amplified. The PCR amplicons were purified and sequenced and deposited to GenBank. Sequence alignment and phylogenetic analysis being based on partial nucleotide sequences of Nsp1ab gene was constructed. As a result of RT-PCR study, we found that the 3.15% of fecal samples (4/127) were positive for diarrhea calves from Turkey. The neighbor-joinning tree of partial sequence of Nsp1ab gene (ORF1a) indicated that strains were substituted under three distinct lineage. None of our strains belonged to the Neuro1 lineage (lineage 3) of Bovine astrovirus which was isolated from bovine with neurological symptoms. On the other hand, while BAstVHT1-TUR strain was substituted under lineage 1a, the other novel starts were lineage 2. While the identity of analyzed sequences varies from 51.1 to 100%, novel strains were calculated between 75.8 to 100 % each other. As a result, we report the first detection and phylogenetic analysis of Bovine astrovirus from Turkey., Orta Anadolu’da yer alan üç ilden (Sivas, Malatya ve Elazığ), 2014-16 yılları arasında toplam 127 dışkı örneği toplandı. Bovine astrovirus’un Nsp1ab geninin 432 bp kısmi bölgesi çoğaltıldı, dizi analizi yapıldı ve GenBank’a yüklendi. Sekans hizalaması ve filogenetik analizler yapılarak moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. RT-PCR çalışmasının sonucuna göre örneklerin %3,15’i (4/127) pozitif olarak tespit edildi. Kısmi Nsp1ab gen (ORF1a) bölgesinin neighbour-joinning yöntemiyle filogeni ağacı oluşturuldu. Buna göre izolatlarımızın hiçbiri sinirsel belirti gösteren sığırlardan izole edilen Neuro1 hattında (hat 3) yer almazken BAstV-HT1-TUR suşumuz hat 1a altında ve diğer suşlarımız ise hat 2 altında konumlandı. Analiz edilen sekansların benzerliği %51,1’den %100’e varan oranlarda gerçekleşirken yeni suşların kendi arasındaki benzerlik oranının %75,8’den %100’e vardığı ortaya konuldu. Sonuç olarak, Bovine astrovirusun Türkiye’de ilk teşhisi ve filogenetik analizi rapor edilmiştir.

Bu çalışmada, gökkuşağı alabalıklarının bağırsaklarından izole edilen bakterilerin, Lactococcus garvieae’ye karşı in vitro antagonsitik etkileri, hidrofobisiteleri, safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına töleransları araştırıldı. Bu amaçla sağlıklı 20 adet gökkuşağı alabalığının (250 g) bağırsaklarından bakterilerilerin izolasyonu yapıldı. İzole edilen 157 adet bakterinin Agar Kuyu Difüzyon yöntemi kullanılarak L. garvieae’ya karşı antagonistik aktiviteleri belirlendi. Dört izolat L. garviea’ye karşı in vitro antagonistik etki gösterdi. Antagonistik suşların fenotipik özelliklerinin saptanmasında geleneksel testler, API 20 NE ve API STREP test kitleri; moleküler identifiksyon için, L. garvieae spesifik PCR ve 16S rRNA gen sekans analizi kullanıldı. Çalışmanın sonucunda, aday probiyotik suşlar, Aeromonas sobria (TUB/2013/L63), Bacillus sp. (TUB/2013/L97) ve L.garvieae (TUB/2013/L32) hidrofobik (bağırsak epitel hücrelerine tutunma kabiliyetinde), safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına(balığın sindirim sisteminde hayatta kalma özelliğinde) töleranslı bulundu. In this study, bacterial isolates from the intestines of rainbow trout were investigated for in vitro antagonistic effects against Lactococcus garvieae, hydrophobicity, bile salts and low pH conditions. For this purpose, bacteria were isolated from the intestines of 20 healthy rainbow trout (250g). Antagonistic activities of 157 bacterial isolates against L. garvieae by Agar Well Diffusion method. Four isolates showed antagonistic effect against L. garviea in vitro. Phenotypic characteristics of antagonistic strains were determined by conventional tests, API 20 NE and API STREP test kits. For molecular identification, L. garvieae specific PCR and 16S rRNA gene sequence analysis were used. As a result of the study, candidate probiotic strains, Aeromonas sobria (TUB / 2013 / L63), Bacillus sp. (TUB / 2013 / L97) and L. garvieae (TUB / 2013 / L32) were found hydrophobic (ability to bind to intestinal epithelial cells), bile salts and low pH conditions (ability of the fish to survive in the digestive system).

Toxoplasma gondii ve Neospora caninum evcil ruminantlarda ekonomik kayıplara neden olan hücre içi parazitik protozoonlardır. T.gondii koyunların, N.caninum ise sığırların önemli abort etkenleri arasında yer alır. T.gondii’nin zoonotik özelliği aynı zamanda onun ciddi bir halk sağlığı problemi olmasına neden olur. Bu çalışmanın amacı Adana yöresi koyunlarında T.gondii ve N.caninum seroprevalansını belirlemektir. Bu amaçla Adana’nın tüm ilçelerinden farklı ırk, yaş ve cinsiyette toplam 234 koyundan kan örneği alınmış, T.gondii yaygınlığı Sabin Feldman Dye (SFD), N.caninum yaygınlığı ise c-ELISA testi ile araştırılmıştır. Seroprevalans oranları N.caninum için %12.4 (29/234), T.gondii için %78.6 (184/234) ve miks enfeksiyon ise %11.53 (27/234) olarak belirlenmiştir. Rakım, ırk, yaş ve cinsiyet gibi değişkenler ile T.gondii ve N.caninum seroprevalansı arasındaki ilişki istatistiksel olarak ki-kare (X2) testi ile incelenmiştir. Neospora caninum seroprevalansı ile rakım, ırk, cinsiyet ve yaş değişkenleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak önemsiz (p>0.05) bulunmuştur. Toxoplasma gondii seroprevalansı ile cinsiyet ve yaş değişkenleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak önemsiz (p>0.05) iken, rakım ve ırk değişkenleri arasındaki ilişki önemli (p?0.05) bulunmuştur. Bu çalışma ile ilk kez hem Adana yöresindeki koyunlarda anti-N.caninum Toxoplasma gondii and Neospora caninum are intracellular parasitic protozoa that cause economic losses in domestic ruminants. T.gondii primarily causes abortion in sheep and N.caninum in cattle. Due to the zoonotic nature of T.gondii, it becomes a serious public health problem. The aim of this study was to determine the seroprevalence of T.gondii and N.caninum in sheep in Adana province. For this aim, 234 blood samples were collected from sheep in different breed, age and sex in 15 different counties of Adana. Obtained sera were examined with Sabin Feldman Dye (SFD) and c-ELISA tests for the seroprevalences of T.gondii and N. caninum, respectively. Seroprevalances were determined as 12.4% (29/234) for N. caninum, 78.6% (184/234) for T.gondii and 11.53% (27/234) for both parasites. Correlation between the seropositivities of both parasites and the variants (altitude, breed, age and sex) was investigated with chi-square (X2) test. There was no statistical correlation between seropositivity and altitude, breed, sex and age for N.caninum (p>0.05). The relationship between seroprevalence of T.gondii and sex and age variables was statistically insignificant (p>0.05), while the relationship between altitude and race variables was significant (p?0.05). With this study, not only the presence of anti-N.caninum antibodies were determined in sheep in Adana province, but also two parasites were examined together in sheep for the first time in Turkey.