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El presente estudio tiene como objetivo examinar las brechas de desempeño académico de la educación superior en Colombia para las modalidades de formación virtual y presencial en los programas universitarios del área de las Ciencias Económicas y Administrativas. A partir de los resultados en competencias genéricas de la prueba de Estado Saber Pro del año 2019 y por medio de la aplicación de modelos multinivel, se contrastaron factores personales, familiares, socioeconómicos y de la institución educativa asociados con el desempeño obtenido. Como resultado de las estimaciones, se identificó que los estudiantes que se forman en modalidad virtual obtienen un menor rendimiento académico en las competencias de razonamiento cuantitativo, lectura crítica, inglés y competencias ciudadanas que aquellos que cursan programas presenciales.