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La estimación de la biomasa de algas planctónicas puede realizarse por dos métodos, la cuantificación del biovolumen geométrico y la concentración de clorofila α. En este trabajo, el cual tiene como escenario ambiental la Ciénaga o planicie de inundación de Ayapel-Córdoba, se detallan los protocolos de cuantificación de biovolumen y clorofila α y se demuestra como ambas variables representan efectivamente las diferencias en biomasa en el espacio y en el tiempo, registrando además un alto grado de correlación. Se demostró que mediante un adecuado protocolo de extracción de la clorofila α se obtiene una rápida y efectiva estimación de la biomasa de algas que puede ser utilizada para aplicar una clasificación trófica, lo que también puede ser obtenido por medio del conteo y estimación de dimensiones geométricas al microscopio. The estimation of biomass of planktonic algae can be done by two methods, the quantification of geometric biovolume and chlorophyll α. This work which considers as environmental scenario the Ayapel-Cordoba flood-plain lake, introduces (presents) the two protocols for geometric biovolume and chlorophyll α quantification, and shows that both variables actually represent differences in biomass in space and time, also recording a high degree correlation. The results show that by using an appropriate extraction method for chlorophyll α, it is possible to have a quick and effective method for determining the biomass of algae that can be used to apply a trophic classification, which can also be obtained by counting and estimation microscopic geometric dimensions.