Search

Kayısı (Prunus armeniaca) zengin besin içeriği ve sevilen aroması ile insan diyetinin önemli gıdalarından biridir. Özellikle Türkiye için sosyal ve ekonomik olarak önemli olan tarımsal ürünlerden biridir. Son 20 yılda meyve ve orman ağaçları gibi birçok odunsu bitki dâhil, bitkisel ve hayvansal organizmanın genomu dizilenmiştir. Bu çalışmada Türkiye'nin en önemli kayısı çeşidi olan Hacıhaliloğlu'nun genom analizleri yapılmıştır. Illumuna dizileme teknolojileri ile Çift-Uç okumaları gerçekleştirmiştir. K-mer analizi yapılmış kaysı genomumun yaklaşık 270 milyon nükleotid uzunluğunda olduğu belirlenmiştir. Çift-Uç okumalarından Hacıhaliloğlu çeşidinde kayısı genom büyüklüğünün 472 katı (472X) okuma gerçekleştirilmiştir. Ayrıca 4 ve 10 kilobaz (kb) uzunluğunda kütüphaneler kurularak Eş-Çift okumaları ve PacBio dizileme gerçekleştirilmiştir. Hacıhaliloğlu 4 ve 10 kb uç okumalarından toplamda 382X okuma gerçekleştirilmiştir. PacBio sistemi ile yine Hacıhaliloğlu kayısı çeşidi için 100X okuma gerçekleştirilerek toplam okuma kapsamı 954X olmuştur. Okumalar birleştirilerek önce kontigler daha sonra skafoldlar oluşturulmuş, kayısı genom büyüklüğüne denk gelen toplamda 270 milyon uzunlukta 4516 skafold elde edilmiştir. Elde edilen okumalar düzenlenip, GenBank'a kaydedildikten sonra kayısı çalışmalarında birçok özelliğin çalışılmasında kaynak olacaktır. Anahtar Kelimeler: Kayısı, Tüm genom analizi, Plum Pox Virus, Şarka Apricot (Prunus armeniaca) with rich nutrient content and beloved aroma is an important food of human diet. Apricot is economically and socially important fruit in Turkey. In the last 20 years, genome analyses have been conducted for many animal organisms and plants including fruit and forest trees. In this study, Genome analyses of apricot cultivar Hacıhaliloğlu, was performed. Illumana Pair-End reads were produced for `Hacıhaliloğlu variety`. K-Mer analysis revealed that apricot genome was approximately 270 million nucleotides in length. Pair-End sequencing produced 472X reads of estimated genomes size of Hacihaliloğlu variety. 4 and 10 kb Mate-Pair libraries construction and sequencing were performed for Hacihalliloğlu and 382X reads were produced. Additionally, PacBio system was applied to obtain long reads for Hacihalloğlu and 100X reads were obtained. With addition of the Mate-Pair and PacBio reads, the total reads became 954X for Hacihaliloğlu. Reads were assembled into contigs and subsequently into scaffolds, which resulted in obtaining high quality 4516 scaffolds in total length of estimated genome size of apricot, 270 million. After having deposited the reads into GenBank, the data will be useful to study economically important traits in apricot. Keywords: Apricot, Whole genome sequencing, Plum Pox Virus, Sharka 84