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BACKGROUND The broad genetic divergence of HIV-1/O relative to HIV-1/M has important implications for diagnosis, monitoring and treatment. Despite this divergence, some HIV-1/M+O dual infections and HIV-1/MO recombinant forms have been reported, mostly in Cameroon, where both groups are prevalent. Here, we describe the characteristics of such infections detected in France in 10 new patients, and discuss their implications for biological and clinical practice, owing to the presence of group O species. METHODS The French National Reference Centre for HIV received samples within the framework of mandatory notification of HIV infections, and for expert analysis. A strategy combining serotyping, viral quantification, group-specific molecular amplification and whole-genome sequencing was used for strain characterization and complementary investigations. RESULTS We identified one patient with M+O infection, three patients with M+O infection associated with an MO recombinant, and six patients with only an MO recombinant. These atypical infections were detected upon strain characterization (n = 4) or because of anomalies during patient monitoring (n = 6). We identified eight new URF_MO, all but one originating from Cameroon. Interestingly, two distinct recombinant strains were found in two unrelated patients, representing possible precursors of a CRF_MO. CONCLUSION Our work highlights the fact that the continuous evolution of HIV can hinder diagnosis and complicate clinical practice. We stress that unexpected results during diagnosis or monitoring necessitate further serological and molecular exploration, these atypical infections influence biological and therapeutic management and necessitate appropriate tools, and specific surveillance is necessary, especially as the frequency of such infections may be underestimated.

To generate the long-terminal repeats (LTR) that border the integrated viral genome, two-strand transfer steps must occur during reverse transcription. Analysis of the genetic polymorphisms that are present in the LTR of HIV-1 heterozygous virions in single infection cycle studies has revealed which of the two copies of genomic RNAs is used for each transfer event. Thus, the first event of strand transfer has been described to be either intra- or intermolecular, while the second event is generally intramolecular. Here, we repeated these analyses using sequences from HIV databases and extended the study to the regions surrounding the LTR. We observed a striking correlation between the pattern of recombination in the LTR and the phylogenetic origin of the surrounding sequences. This correlation suggests that the second-strand transfer can be either intra- or intermolecular and, interestingly, could reflect an effect of proximity between nucleic acids that would guide this transfer. This factor could be particularly relevant for heterozygous viruses containing highly divergent genomic RNAs, such as those considered in the present study.

Le virus SARS-CoV-2, responsable d’une épidémie débutant en 2019 à Wuhan et se propageant à de nombreux pays. C’est un virus à ARN avec une capside hélicoïdale qui mesure entre 80 et 200nm. De la famille des bétacoronavirus, il présente une génétique très proche de celle des chauve-souris et des pangolins. Il est appelé ainsi par la présence d’une protéine S à la surface de la membrane virale organisée en pointe formant une couronne. Sa capacité de survie de quelques heures hors de l’organisme dépend des matériaux. Ce virus est à l’origine d’une maladie, la COVID-19 dont la période d’incubation va de 1 et 14 jours. Le diagnostic repose sur un prélèvement nasopharyngé mettant en avant le génome ou les protéines produites par le virus. Dans cette infection, plusieurs cibles du virus entrent en compte. Principalement l’ACE2 retrouvé à la face externe des membranes plasmiques de nombreux organes à l’aide d’un corécepteur (TMPRSS2). Aussi, la neuropiline constitue une cible dont l’association des deux rend l’infection plus forte. Ce virus extrêmement contagieux se transmet par trois moyens que sont : les transmissions directe, indirecte et par l’intermédiaire de surfaces contaminées. La symptomatologie de cette pathologie a été étudiée chez l’adulte, l’enfant, la femme enceinte et le nouveau-né. Les symptômes les plus fréquents sont : la fièvre, la fatigue, une toux, une dyspnée, des douleurs musculaires, des maux de gorge, rhinorrhée et symptômes gastro-intestinaux. Au niveau pulmonaire, de manière constante, une tomodensitométrie apparaissait anormale. En présence d’un âge plus avancé et des comorbidités, des symptômes moins fréquents et plus graves sont susceptibles d’apparaitre pouvant conduire à une hospitalisation. Compte-tenu du manque de recul et de recommandations, nous ne pouvons pas confirmer une transmission verticale du virus au foetus lors de la grossesse. Néanmoins, de nombreuses procédures ont été mise en place pour prendre en charge au mieux la femme enceinte diagnostiquée positive ainsi que son nouveau-né.

Les propriétés intrinsèques du VIH, comme son fort taux de réplication et la faible fidélité de sa transcriptase inverse, sont responsables de sa forte diversité génétique, conduisant à la distinction en VIH de type 1, divisé en 4 groupes (VIH-1/M, /N, /O, et /P), et de type 2. Des phénomènes de recombinaison entre sous-types et groupes du VIH-1 permettent la genèse de virus recombinants. Cette recombinaison, selon sa localisation dans le génome, peut avoir un impact sur la quantification de l'ARN viral plasmatique. Dans notre contexte d’étude de co-infection par des VIH-1/M+O et d’infection par des recombinants VIH-1/MO, des méthodes de quantification spécifiques de groupes sont utiles pour distinguer les espèces virales réplicatives. L’objectif de ce travail était donc de mettre au point une qRT-PCR spécifique du VIH-1/M, amplifiant une région de l’intégrase. La spécificité de notre technique a été analysée sur 30 surnageants de VIH-1/O. Ses performances cliniques ont été étudiées sur 200 échantillons de VIH-1/M. Son seuil de quantification, sa répétabilité et sa reproductibilité ont également été déterminés. Aucun VIH-1/O n’a été amplifié. Le seuil de quantification a été établi à 100 copies/mL et les répétabilité et reproductibilité obtenues étaient très bonnes. La sensibilité clinique a montré une bonne corrélation entre la qRT-PCRINTM et la technique de référence non spécifique de groupe Abbott (r²=0,905), avec néanmoins une légère quantification plus élevée par la qRT-PCR INTM dans les charges virales hautes. 8% des échantillons n’ont pas été quantifiés avec notre technique et 9,8% présentaient une discordance (>0,5log10 copies/mL) entre les 2 techniques. Le séquençage dans la région de l’intégrase des échantillons discordants a permis seulement d’évoquer une tendance à un risque de sous-quantification, lorsque sont présentes la mutation G19A au niveau du site de fixation de l’amorce sens et/ou la mutation W18C au niveau du site de fixation de la sonde. Le développement de cette qRT-PCRINTM offre donc un outil supplémentaire pour le diagnostic et le suivi des co-infections VIH-1/M+O et des infections par un recombinant MO associé à une ou aux deux formes parentales.