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40 results on '"Calevro, Federica"'

1. From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Author: Baa-Puyoulet, Patrice, Parisot, Nicolas, Peignier, Sergio, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], metabolism network, Database Development, BioCyc, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Réseaux métaboliques réseaux génétiques
Abstract: International audience
Published: 2022

2. Influence of bacterial symbionts on host niche and ecological diversification: an integrative approach in a whitefly model

Author: Benhamou, Sylvain, Rahioui, Isabelle, Henri, Hélène, da Silva, Pedro, Charles, Hubert, Heddi, Abdelaziz, Vavre, Fabrice, Desouhant, Emmanuel, Calevro, Federica, Mouton, Laurence, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution, adaptation et comportement, Département écologie évolutive [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, and Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], insect symbiosis
Abstract: International audience
Published: 2022

3. High-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae andSodalis pierantonius endosymbiotic association

Author: Parisot, Nicolas, Ferrarini, Mariana, Goubert, Clément, Vargas-Chávez, Carlos, Vallier, Agnès, Gillet, Benjamin, Hughes, Sandrine, Baa-Puyoulet, Patrice, Charles, Hubert, Calevro, Federica, Gil, Rosario, Latorre, Amparo, Vieira, Cristina, Rebollo, R., Heddi, Abdelaziz, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] (CBiot), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Eléments transposables, évolution, populations, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Plateforme nationale de Paléogénétique (Palgene), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Universitat de València (UV)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Réseaux métaboliques réseaux génétiques
Abstract: International audience
Published: 2022

4. Gene Regulatory Network Inference Using Ensembles of Predictors

Author: Peignier, Sergio, Sorin, Baptiste, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and IEEE
Subjects: ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, Bioinformatics, Gene Regulatory Network Inference, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Ensemble Learning, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract: International audience; In the machine learning field, the technique known as ensemble learning aims at combining different base learners in order to increase the quality and the robustness of the predictions. Indeed, this approach has widely been applied to tackle, with success, real world problems from different domains, including computational biology. Nevertheless, despite the potential of this technique, ensembles that combine results from different kinds of algorithms, have been understudied in the context of gene regulatory network inference. In this paper we used a genetic algorithm and frequent itemset mining, to study and design effective ensembles, to reverse-engineer gene regulatory networks, from high-throughput data. The methods proposed here, were evaluated and compared to well-established single and ensemble methods, on real and synthetic datasets. Results demonstrate the efficiency and the robustness of these new methods, advocating for their use as gene regulatory network inference tools.
Published: 2021

5. The genome of the cereal pest Sitophilus oryzae : a transposable element haven

Author: Parisot, Nicolas, Vargas-Chavez, Carlos, Goubert, Clément, Baa-Puyoulet, Patrice, Balmand, Séverine, Beranger, Louis, Blanc, Caroline, Bonnamour, Aymeric, Boulesteix, Matthieu, Burlet, Nelly, Calevro, Federica, Callaerts, Patrick, Chancy, Théo, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Da Silva Barbosa, André, Dell’Aglio, Elisa, Di Genova, Alex, Febvay, Gérard, Gabaldon, Toni, Galvão Ferrarini, Mariana, Gerber, Alexandra, Gillet, Benjamin, Hubley, Robert, Hughes, Sandrine, Jacquin-Joly, Emmanuelle, Maire, Justin, Marcet-Houben, Marina, Masson, Florent, Meslin, Camille, Montagne, Nicolas, Moya, Andrés, Ribeiro de Vasconcelos, Ana Tereza, Richard, Gautier, Rosen, Jeb, Sagot, Marie-France, Smit, Arian F.A., Storer, Jessica, Vincent-Monegat, Carole, Vallier, Agnès, Vigneron, Aurélien, Zaidman-Remy, Anna, Zamoum, Waël, Vieira, Cristina, Rebollo, Rita, Latorre, Amparo, Heddi, Abdelaziz, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], food and beverages
Abstract: Among beetles, the rice weevil Sitophilus oryzae is one of the most important pests causing extensive damage to cereal in fields and to stored grains. S. oryzae has an intracellular symbiotic relationship (endosymbiosis) with the Gram-negative bacterium Sodalis pierantonius and is a valuable model to decipher host-symbiont molecular interactions. We sequenced the Sitophilus oryzae genome using a combination of short and long reads to produce the best assembly for a Curculionidae species to date. We show that S. oryzae has undergone successive bursts of transposable element (TE) amplification, representing 72% of the genome. In addition, we show that many TE families are transcriptionally active, and changes in their expression are associated with insect endosymbiotic state. S. oryzae has undergone a high gene expansion rate, when compared to other beetles. Reconstruction of host-symbiont metabolic networks revealed that, despite its recent association with cereal weevils (30 Kyear), S. pierantonius relies on the host for several amino acids and nucleotides to survive and to produce vitamins and essential amino-acids required for insect development and cuticle biosynthesis. In addition to being an agricultural pest and a valuable endosymbiotic system, S. oryzae can be a remarkable model for studying TE evolution and regulation, along with the impact of TEs on eukaryotic genomes.
Published: 2021

6. Isolation of Insect as a Platform for Transcriptomic Analyses

Author: Ribeiro Lopes, Mélanie, Simonet, Pierre, Duport, Gabrielle, Gaget, Karen, Balmand, Séverine, Sugio, Akiko, Simon, Jean-Christophe, Parisot, Nicolas, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and ANR-16-CE02-0014,Hmicmac,Co-adaptations hôtes-microbiote: mécanismes et conséquences(2016)
Subjects: Insects, Microarrays, Aphids, food and beverages, Bacteriocytes, qRT-PCR, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, RNAseq, Transcriptomics, RNA extraction, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Over the past few decades, various techniques have been developed and optimized for the accurate measurement of RNA abundance in cells or tissues. These methods have been instrumental in gaining insight in complex systems such as host-symbiont associations. The pea aphid model has recently emerged as a powerful and experimentally tractable system for studying symbiotic relationships and it is the subject of a growing number of molecular studies. Nevertheless, the lack of standardized protocols for the collection of bacteriocytes, the specialized host cells harboring the symbionts, has limited its use. This chapter provides a simple, step-by-step dissection protocol for the rapid isolation of aphid bacteriocytes. We then describe an adapted protocol for efficient extraction and purification of bacteriocyte RNA that can be used for most downstream transcriptomic analyses.
Published: 2021
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7. Influence of secondary symbionts on host plant utilization and selection in the whitefly Bemisia tabaci

Author: Benhamou, Sylvain, Rahioui, Isabelle, Henri, Hélène, Belgaidi, Zainab, Charles, Hubert, da Silva, Pedro, Heddi, Abdelaziz, Vavre, Fabrice, Desouhant, Emmanuel, Calevro, Federica, Mouton, Laurence, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de biophysique moléculaire (CBM), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Evolution, adaptation et comportement, Département écologie évolutive [LBBE], and Charles, Hubert
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], secondary symbionts, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, insect symbiosis, metabolism
Abstract: International audience
Published: 2021

8. GReNaDIne: Data-Driven Approaches to Infer Gene Regulatory Networks in Python

Author: Peignier, Sergio, Schmitt, Pauline, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Machine Learning, Gene Regulatory Networks, Python package, GRN Inference, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract: GReNaDIne (Gene Regulatory Network Data-driven Inference) is a Python package that implements 18 Machine Learning data-driven gene regulatory network inference methods. It includes 8 generalist pre-processing techniques, suitable for RNAseq and MicroArray datasets analysis, as well as 4 RNAseq normalization techniques. This package has been successfully assessed under the DREAM5 challenge benchmark dataset. The open source GReNaDIne Python package is freely available at https://gitlab.com/bf2i/grenadine as well as its latest documentation https://grenadine.readthedocs.io/en/latest/
Published: 2020

9. A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Author: Ribeiro Lopes, Mélanie, Simonet, Pierre, Gaget, Karen, Balmand, Severine, Parisot, Nicolas, Buhler, Kurt, Duport, Marie-Gabrielle, Vulsteke, Veerle, Febvay, Gérard, Heddi, Abdelaziz, Charles, Hubert, Callaerts, Patrick, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Lyon, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), laboratory of Developmental Genetics, VIB-KUL, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV]Life Sciences [q-bio], Acyrthosiphon pisum, apoptosis, bacteriocyte, artificial diet, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], symbiosis, [SDV] Life Sciences [q-bio], transcriptomics, nutrition, cell death, Buchnera, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Symbiosis is a key source of ecological and evolutionary diversification of eukaryotic organisms throughout the animal and plant kingdoms. In insects that are obligatorily dependent on intracellular bacterial symbionts, novel host cells, the bacteriocytes, have evolved for harboring beneficial microbial partners. These cells constitute a fascinating riddle in developmental cell biology, as their embryonic origin and the molecular mechanisms governing their development and organogenesis, as well as their elimination in response to host physiology, remain largely unsolved.Here we report the discovery of a hitherto unknown cell-death process involved in the degeneration of bacteriocytes in the pea aphid Acyrthosiphon pisum/Buchnera aphidicola symbiotic system, which emerged in recent years as a powerful model for studying symbiotic relationships. This new form of cell death is activated progressively throughout aphid adulthood and exhibits morphological features distinct from evolutionary conserved pathways, including apoptosis- or autophagy-dependent cell deaths. By combining electron microscopy, immunohistochemistry, and molecular analyses, we demonstrated that the initial event of bacteriocyte cell death is the cytoplasmic accumulation of non-autophagic vacuoles, followed by a sequence of cellular stress responses including the formation of autophagosomes in intervacuolar spaces, swelling of bacteriocyte mitochondria, activation of reactive oxygen species, and Buchnera aphidicola endosymbiont degradation by the lysosomal system. This multistep cell-death process originates from the endoplasmic reticulum, an organelle exhibiting a unique reticular network organization in these cells, probably imposed by the presence of millions of Buchnera endosymbionts in each bacteriocyte (Simonet et al., 2018, PNAS, doi: 10.1073/pnas.1720237115). Our findings reveal novel mechanisms by which both bacteriocyte cell and symbiotic bacterial numbers are controlled to maintain organismal homeostasis. They also shed light on previously unknown consequences of persistent obligatory symbiotic bacteria on the cellular organization and functioning of bacteriocytes in their eukaryotic hosts.
Published: 2019

10. Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis

Author: Vargas-Chavez, Carlos, Parisot, Nicolas, Goubert, C., Baa-Puyoulet, Patrice, Balmand, Severine, Boulesteix, M., Burlet, Nelly, Callaerts, Patrick, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Febvay, Gérard, Gabaldon, Toni, Jacquin-Joly, Emmanuelle, Loska, Damian, Maire, Justin, MASSON, Florent, Meslin, Camille, montagné, N, Moya, Andres, Vincent-Monégat, Carole, Rebollo, Rita, Vallier, Agnès, Vigneron, Aurélien, Zaidman-Rémy, A., Calevro, Federica, Vieira, Cristina, Latorre, Amparo, Heddi, Abdelaziz, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Eléments transposables, évolution, populations, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Department ofComputationaland Systems Biology, University of Pittsburgh (PITT), Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE)-Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE), Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE), Universitat de València (UV), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement de Paris, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest])-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], fungi, bacteria, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Sitophilus oryzae L, symbiosis
Abstract: International audience; The rice weevil Sitophilus oryzae is a pest insect responsible for great economic losses to the agriculture, particularly in developing countries where the damage can exceed 40% of the cereal production. This pest harbors an endosymbiont, “Candidatus Sodalis pierantonius” (cited Sodalis hereafter) that improves its fitness and invasive power. It has been demonstrated that Sodalis recently replaced the ancestral endosymbiont “Candidatus Nardonella” (cited Nardonella hereafter), which is still conserved in other members of the Dryophthoridae family. This recent acquisition raises several challenges for the host, given that the genome of Sodalis has not experienced a drastic genome size shrinkage when compared to other old-lasting insect’s endosymbionts. While the genomes of Sodalis and several strains of Nardonella are available, the insect’s genome is still needed to perform a full study of the system. To this end, we have sequenced and assembled the full genome of the weevil S. oryzae using a combination of Next Generation Sequencing data. Additionally, we have compared this genome with other available insect genomes. We found that the genome of S. oryzae encodes immune elements similar to those of other holometabolous insects, including those living without endosymbionts. Remarkably, an impressive amount of repeated elements was identified, similar to what was previously described in the Sodalis endosymbiont, suggesting the occurrence of gene rearrangement processes at this early phase of symbiogenesis. We concluded that while Sodalis is completely dependent on its host, the insect can survive without its endosymbiont.
Published: 2018

11. Identification of Plant Virus Receptor Candidates in the Stylets of Their Aphid Vectors

Author: Webster, Craig, Pichon, Elodie, van Munster, Manuella, Monsion, Baptiste, Deshoux, Maëlle, Gargani, Daniel, Calevro, Federica, Jimenez, Jaime, Moreno, Aranzazu, Krenz, Björn, Thompson, Jeremy, Perry, Keith, Fereres, Alberto, Blanc, Stéphane, Uzest, Marilyne, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Instituto de Ciencias Agrarias, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Region LR grant Chercheuse d'Avenir 2011, Bill & Melinda Gates Foundation (GCEag) : OPP1130147, French National Research Agency : ANR15-CE20-0011, Plant Health and Environment Division of INRA, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] (CSIC), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], receptor, Brassica, stylets, Plant Viruses, Evolution, Molecular, plant virus, cuticular protein, Animals, Spotlight, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Conserved Sequence, Prunus persica, fungi, Peas, transmission, food and beverages, Virus-Cell Interactions, Insect Vectors, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, aphid, Aphids, Multigene Family, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Insect Proteins, Receptors, Virus
Abstract: Most noncirculative plant viruses transmitted by insect vectors bind to their mouthparts. They are acquired and inoculated within seconds when insects hop from plant to plant. The receptors involved remain totally elusive due to a long-standing technical bottleneck in working with insect cuticle. Here we characterize the role of the two first cuticular proteins ever identified in arthropod mouthparts. A domain of these proteins is directly accessible at the surface of the cuticle of the acrostyle, an organ at the tip of aphid stylets. The acrostyle has been shown to bind a plant virus, and we consistently demonstrated that one of the identified proteins is involved in viral transmission. Our findings provide an approach to identify proteins in insect mouthparts and point at an unprecedented gene candidate for a plant virus receptor., Plant viruses transmitted by insects cause tremendous losses in most important crops around the world. The identification of receptors of plant viruses within their insect vectors is a key challenge to understanding the mechanisms of transmission and offers an avenue for future alternative control strategies to limit viral spread. We here report the identification of two cuticular proteins within aphid mouthparts, and we provide experimental support for the role of one of them in the transmission of a noncirculative virus. These two proteins, named Stylin-01 and Stylin-02, belong to the RR-1 cuticular protein subfamily and are highly conserved among aphid species. Using an immunolabeling approach, they were localized in the maxillary stylets of the pea aphid Acyrthosiphon pisum and the green peach aphid Myzus persicae, in the acrostyle, an organ earlier shown to harbor receptors of a noncirculative virus. A peptide motif present at the C termini of both Stylin-01 and Stylin-02 is readily accessible all over the surface of the acrostyle. Competition for in vitro binding to the acrostyle was observed between an antibody targeting this peptide and the helper component protein P2 of Cauliflower mosaic virus. Furthermore, silencing the stylin-01 but not stylin-02 gene through RNA interference decreased the efficiency of Cauliflower mosaic virus transmission by Myzus persicae. These results identify the first cuticular proteins ever reported within arthropod mouthparts and distinguish Stylin-01 as the best candidate receptor for the aphid transmission of noncirculative plant viruses. IMPORTANCE Most noncirculative plant viruses transmitted by insect vectors bind to their mouthparts. They are acquired and inoculated within seconds when insects hop from plant to plant. The receptors involved remain totally elusive due to a long-standing technical bottleneck in working with insect cuticle. Here we characterize the role of the two first cuticular proteins ever identified in arthropod mouthparts. A domain of these proteins is directly accessible at the surface of the cuticle of the acrostyle, an organ at the tip of aphid stylets. The acrostyle has been shown to bind a plant virus, and we consistently demonstrated that one of the identified proteins is involved in viral transmission. Our findings provide an approach to identify proteins in insect mouthparts and point at an unprecedented gene candidate for a plant virus receptor.
Published: 2018
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12. Functional and evolutionary genomics in aphids

Author: Tagu, Denis, Calevro, Federica, Colella, Stefano, Gabaldon, Toni, Sugio, Akiko, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Vilcinskas, A., Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Center for Genomic Regulation, Andreas Vilcinskas Editor, Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2016

13. Functional and evolutionary genomics in aphid

Author: Tagu, Denis, Calevro, Federica, Colella, S., Gabaldon, T., Sugio, Akiko, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), and Vilcinskas, A.
Subjects: [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

14. Specific body compartment phenotypes induced by dsRNA treatments in the pea aphid: the cathepsin-L and phenylalanine hydroxylase examples

Author: Simonet, Pierre, Gaget, Karen, Duport, Marie-Gabrielle, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

15. Métabolisme de la tyrosine et développement parthénogénétique chez le puceron du pois : la fonction centrale de la phenylalanine hydroxylase

Author: Simonet, Pierre, Gaget, Karen, Rey, Marjolaine, Duport, Marie-Gabrielle, Charles, Hubert, Febvay, Gérard, Colella, Stefano, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

16. Implication de la cathepsine-L dans le remodelage cuticulaire durant le processus de mue chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Author: Simonet, Pierre, Sapountzis, Panagiotis, Duport, Marie-Gabrielle, Balmand, Séverine, Gaget, Karen, Rahbé, Yvan, Colella, Stefano, Charles, Hubert, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), and Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

17. Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS

Author: Baa-Puyoulet, Patrice, Vellozo, Augusto, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Gabaldon, Toni, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Structural and Computational Biology Unit, European Molecular Biology Laboratory [Hamburg] (EMBL), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: genome annotation, metabolic networks, arthropod genomes, CycADS, BioCyc, ArthopodaCyc, base de données, Bioinformatics, génome, annotation génomique, réseau métabolique, Bio-informatique, arthropode, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2014

18. SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Author: Labernardiere, Mathieu, Baa-Puyoulet, Patrice, Gauthier, Jean-Pierre, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Rahbé, Yvan, Charles, Hubert, Simon, Jean-Christophe, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR Project Speciaphid [ANR-11BSV7-005-01], ANR-11-BSV7-0005,SPECIAPHID,Génétique de l'adaptation trophique et mécanismes d'isolement reproducteur chez les pucerons(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: base de données, symbiont, genome annotation, Bioinformatics, puceron, aphid symbionts, SymbAphidBase, genome database, Bio-informatique, annotation génomique, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2014

19. Cathepsin-L proteinase is involved in cuticle remodeling during the molting process in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum

Author: Simonet, Pierre, Sapountzis, Panagiotis, Duport, Marie-Gabrielle, Balmand, Séverine, Gaget, Karen, Rahbé, Yvan, Colella, Stefano, Charles, Hubert, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), and Center for Insect Science. Tucson, USA. University of Arizona.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2014

20. Génomique fonctionnelle des interactions bactérie / hôte eucaryote : intégration systémique de données génomiques et métaboliques

Author: Bellvert, Floriant, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Febvay, Gérard, Gaillard, Vincent, Kerzaon, Isabelle, Lavire, Céline, Rey, Marjolaine, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Ecologie Mircobienne, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), PRES Université de Lyon. Lyon, FRA., ProdInra, Migration, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

21. « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes

Author: Baa-Puyoulet, Patrice, Colella, Stefano, Vellozo, Augusto, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Gabaldon, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: transcriptomics, Buchnera, system biology, Acyrthosiphon pisum, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: International audience; « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.Patrice Baa-Puyoulet1, Augusto F. Vellozo2,3, Jaime Huerta-Cepas4, Gérard Febvay1, Federica Calevro1, Toni Gabaldon4, Marie-France Sagot2,3, Hubert Charles1,3 et Stefano Colella1,*.1 UMR203 BF2I, Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, INRA, INSA-Lyon, Université de Lyon, Villeurbanne, France; 2 Université Lyon 1, CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne, France; 3 BAMBOO, INRIA Rhône-Alpes, France; 4 Center for Genomic Regulation, Barcelona, Spain ; * contact : Stefano.Colella@lyon.inra.frAprès la publication de plusieurs génomes d’arthropodes, de nombreuses autres espèces vont être séquencées dans un futur proche, en particulier à travers l’initiative i5ki. La disponibilité de ces multiples séquences ouvre la voie à des études comparatives entre espèces afin de mieux comprendre les différents aspects de la biologie des arthropodes. Ces études nécessitent l’intégration des données génomiques et fonctionnelles en évolution constante : les séquences génomiques et l’annotation fonctionnelle des protéines devant être collectées de sources et méthodes variées et mises à jour régulièrement.Durant l’annotation du génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum) nous avons développé CycADSii (Cyc Annotation Database System), un système de gestion d’annotations automatisé permettant l’intégration des informations qui sont utilisées pour la reconstruction des réseaux métaboliques. Les données issues de Genbank et/ou de bases de données génomiques spécifiques, ainsi que les annotations fonctionnelles obtenues par les méthodes KAAS-KEGG, PRIAM, Blast2GO, PhylomeDB et MetaPhOrs, sont collectées dans CycADS. Ces annotations sont ensuite extraites, avec possibilité d’appliquer différents filtres de qualité, pour produire les fichiers d’entrée de PathwayTools, un logiciel qui génère et/ou met à jour des bases de données métaboliques de type BioCyc. Nous avons utilisé CycADS pour créer ArthropodaCyciii, une collection de bases de données métaboliques qui, à ce jour, contient 22 arthropodes: [Arachnida] Ixodes scapularis ; [Coleoptera] Tribolium castaneum ; [Crustacea] Daphnia pulex ; [Diptera] Aedes aegypti, Anopheles gambiae, Culex quinquefasciatus, Drosophila melanogaster, Glossina morsitans ; [Hemiptera] Acyrthosiphon pisum, Rhodnius prolixus ; [Hymenoptera] Apis mellifera, Nasonia vitripennis, Atta cephalotes, Acromyrmex echinatior, Camponotus floridanus, Harpegnathos saltator, Linepithema humile, Pogonomyrmex barbatus, Solenopsis invicta, [Lepidoptera] Danaus plexippus, Heliconius melpomene ; [Phthiraptera] Pediculus humanus. Dans ces bases, nous avons ajouté de nombreux liens externes vers les données génomiques de chaque organisme (AphidBase, BeetleBase, VectorBase, Hymenoptera Genome, FlyBase, wFleaBase, MonarchBase, ButterflyGenome) et d’annotation fonctionnelle (Brenda-Enzyme, Gene Ontology, KEGG Orthology et PhylomeDB). Notre collection de bases métaboliques permet alors de réaliser des analyses comparatives en utilisant les fonctionnalités web interactives d’ArthropodaCyc.Dans le futur, nous prévoyons d’ajouter l’annotation métabolique d’autres génomes en cours de séquençage et d’implémenter des passerelles vers des outils d’analyses de réseaux (tels que MetExplore). Nous sommes aussi ouverts à des collaborations sur des projets de séquençage d’arthropodes en cours, pour participer à la première annotation fonctionnelle des protéines et réaliser la reconstruction de leur métabolisme.i http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K ii http://www4.inra.fr/cycads/iii http://arthropodacyc.cycadsys.org/
Published: 2013

22. Diminution de fécondité et défauts de développement induits par l’inactivation fonctionnelle par RNAi du gène codant la phénylalanine hydroxylase chez le puceron du pois, Acyrthosiphon

Author: Gaget, Karen, Duport, Marie-Gabrielle, Rey, Marjolaine, Balmand, Severine, Charles, Hubert, Febvay, Gérard, Colella, Stefano, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Charles, Hubert
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], parthénogenèse, Buchnera, développement embryonnaire, RNAi, [SDV]Life Sciences [q-bio], Acyrthosiphon pisum, métabolisme, tyrosine, symbiosis
Abstract: International audience; Le puceron du pois est un ravageur important des cultures en région tempérée. Le grand potentiel invasif de cet insecte est essentiellement dû à son système de reproduction, basé pendant le printemps et l’été sur une parthénogenèse vivipare, et à la symbiose obligatoire avec la bactérie Buchnera aphidicola, qui fournit au puceron certains acides aminés essentiels peu présents dans son alimentation. Une étude transcriptomique, récemment conduite dans notre laboratoire, nous a permis de dégager une voie métabolique clé dans le développement parthénogénétique du puceron du pois: la voie de la tyrosine. Afin de mieux caractériser l’importance de cette voie, nous avons étudié l’effet de l’inactivation fonctionnelle par RNAi du gène codant la phénylalanine hydroxylase, enzyme qui transforme la phénylalanine en tyrosine, sur la reproduction parthénogénétique du puceron du pois. L’injection d’ARN doubles-brins dirigés contre ce gène cible de manière privilégiée les compartiments symbiotiques (embryons vivipares et bactériocytes), où nous avons observé une diminution significative de l’expression du gène 1 et 3 jours après l’injection. Les pucerons traités montrent une fécondité réduite (-37 %) et une augmentation (dix fois supérieure) de la mortalité larvaire et de l’apparition de défauts de développement par rapport aux contrôles. Des analyses HPLC sont en cours pour vérifier si les phénotypes observés sont liés à une diminution de la production de tyrosine dans les pucerons traités.
Published: 2013

23. Phenotypic effects of ACYPI007803 knockdown by RNAi in the pea aphid

Author: Rabatel, Andréane, Gaget, Karen, Duport, Marie-Gabrielle, Charles, Hubert, Febvay, Gérard, Colella, Stefano, Calevro, Federica, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2013

24. Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Author: Viñuelas, José, Febvay, Gérard, Duport, Gabrielle, Colella, Stefano, Fayard, Jean-Michel, Charles, Hubert, Rahbé, Yvan, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), ANR-Genoplante programme 2008-2010, GPLA07-02 Aphicibles project, Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ANR-07-GPLA-0020,GENOPLANTE,Utilisation du déséquilibre de liaison par le logiciel MCQTL(2007), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: Crops, Agricultural, DNA Copy Number Variations, food and beverages, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Buchnera, Leucine, Aphids, Animals, Amino Acids, Essential, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Symbiosis, Research Articles, Genome, Bacterial, Metabolic Networks and Pathways, Plasmids, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: Publication Inra prise en compte dans l'analyse bibliométrique des publications scientifiques mondiales sur les Fruits, les Légumes et la Pomme de terre. Période 2000-2012. http://prodinra.inra.fr/record/256699; International audience; Aphids, important agricultural pests, can grow and reproduce thanks to their intimate symbiosis with the gamma-proteobacterium Buchnera aphidicola that furnishes them with essential amino acids lacking in their phloem sap diet. To study how B. aphidicola, with its reduced genome containing very few transcriptional regulators, responds to variations in the metabolic requirements of its host, we concentrated on the leucine metabolic pathway. We show that leucine is a limiting factor for aphid growth and it displays a stimulatory feeding effect. Our metabolic analyses demonstrate that symbiotic aphids are able to respond to leucine starvation or excess by modulating the neosynthesis of this amino acid. At a molecular level, this response involves an early important transcriptional regulation (after 12 h of treatment) followed by a moderate change in the pLeu plasmid copy number. Both responses are no longer apparent after 7 days of treatment. These experimental data are discussed in the light of a re-annotation of the pLeu plasmid regulatory elements. Taken together, our data show that the response of B. aphidicola to the leucine demand of its host is multimodal and dynamically regulated, providing new insights concerning the genetic regulation capabilities of this bacterium in relation to its symbiotic functions.
Published: 2011
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25. Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu

Author: Sapountzis, Panagiotis, Duport, Marie-Gabrielle, Gaget, Karen, Balmand, Severine, Jaubert-Possamai, Stéphanie, Febvay, Gérard, Charles, Hubert, Rahbé, Yvan, Colella, Stefano, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: 5-COM (communications avec actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès 5-COM (communications avec actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; National audience
Published: 2010

26. Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Author: Parisot, Nicolas, Gaget, Karen, Colella, Stefano, Rabatel, Andréane, Calevro, Federica, Duport, Marie-Gabrielle, Febvay, Gérard, Gabaldon., TonI, Charles, Hubert, Rahbé, Yvan, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: 5-COM (communications avec actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; International audience
Published: 2010

27. Using the 'CycADS' annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards 'ArthropodsCyc'

Author: Vellozo, Augusto, Baa-Puyoulet, Patrice, Huerta-Cepas, Jaime, Febvay, Gérard, Calevro, Federica, Rahbé, Yvan, Gabaldon, Toni, Sagot, Marie-France, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Genómica (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Kansas State University. Center for Genomics Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 5-COM (communications avec actes) 6. Congrès 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 5-COM (communications avec actes) 6. Congrès; International audience
Published: 2010

28. Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters

Author: Sapountzis, Panagiotis, Duport, Marie-Gabrielle, Gaget, Karen, Horn, Thomas, Boutros, Michael, Febvay, Gérard, Jaubert-Possamai, Stéphanie, Charles, Hubert, Rahbé, Yvan, Colella, Stefano, Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Kansas State University. Center for Genomics Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 5-COM (communications sans actes) 6. Congrès; International audience
Published: 2010

29. Evolution of the regulatory network in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular symbiotic bacteria of aphids

Author: Brinza, Lilia, Calevro, Federica, Duport, Marie-Gabrielle, Rahbé, Yvan, Da Silva, Pedro, Gauthier, Jean-Pierre, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ProdInra, Migration, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: 5-COM (communications sans actes) 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux) 6. Congrès; National audience
Published: 2010

30. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola

Author: Wilson, A. C. C., Ashton, P. D., Calevro, Federica, Charles, H., Colella, Stefano, Febvay, G., Jander, G., Kushlan, P. F., Macdonald, S. J., Schwartz, J. F., Thomas, G. H., Douglas, A. E., Department of Biology [Miami], University of Miami [Coral Gables], Department of Biology [York], University of York [York, UK], Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Boyce Thompson Institute [Ithaca], Cornell University [New York], BBSRC, ANR BB/F005342/1, USDA 2005-35604-15446, University of Miami Start-up Funds, Sarkaria Institute for Insect Physiology and Toxicology, University of Miami Honors Summer Research Program, Biotechnology and Biological Sciences Research Council BB/F005342/1, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and Cornell University
Subjects: MESH: Amino Acids, MESH: Buchnera, Genome, Insect, ACYRTHOSIPHON PISUM, MESH: Peas, MESH: Genome, Bacterial, Models, Biological, GENOME ANNOTATION, HEMIPTERA, Bacterial Proteins, Buchnera, MESH: Transaminases, MESH: Insect Proteins, Animals, MESH: Animals, Amino Acids, MESH: Bacterial Proteins, Transaminases, GENOME EVOLUTION, MESH: Genetic Complementation Test, MESH: Symbiosis, MESH: Genome, Insect, Genetic Complementation Test, ESSENTIAL AMINO ACID, SYMBIOSIS, Peas, MESH: Models, Biological, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, BUCHNERA APHICOLA, Aphids, GENOMIC COMPLEMENTARITY, Insect Proteins, AMINO ACID METABOLISM, MESH: Aphids, Genome, Bacterial, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The pea aphid genome includes 66 genes contributing to amino acid biosynthesis and 93 genes to amino acid degradation. In several respects, the pea aphid gene inventory complements that of its symbiotic bacterium, Buchnera aphidicola (Buchnera APS). Unlike other insects with completely sequenced genomes, the pea aphid lacks the capacity to synthesize arginine, which is produced by Buchnera APS. However, consistent with other insects, it has genes coding for individual reactions in essential amino acid biosynthesis, including threonine dehydratase and branched-chain amino acid aminotransferase, which are not coded in the Buchnera APS genome. Overall the genome data suggest that the biosynthesis of certain essential amino acids is shared between the pea aphid and Buchnera APS, providing the opportunity for precise aphid control over Buchnera metabolism.
Published: 2010
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31. Xylem consumption response to osmotic stress in aphids

Author: Pompon, J., Rahbé, Yvan, Calevro, Federica, Quiring, D., Goyer, C., Giordanengo, P., Pelletier, Y., Laboratoire Bf2i, Insa, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Published: 2010

32. Chromosome organisation in Buchnera: a dynamic active structure involved in gene expression regulation

Author: Brinza, Lilia, Calevro, Federica, Vinuelas, J., Gautier, Christian, Charles, Hubert, Immunité et lymphocytes cytotoxiques – Immunity and cytotoxic lymphocytes, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: transcriptomics, Buchnera, system biology, Acyrthosiphon pisum, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: International audience; Most bacterial chromosomes consist of a single closed-circular DNA molecule folded into a compact and dynamic structure called the nucleoid. Variations of chromosome 3D-structure act as a global regulatory factor of gene expression. More particularly, the modulation of genome architecture is admitted to belong to the class of mechanisms allowing genome-wide transcriptional profile variation in response to environmental changes [1, 2].We searched for evidences of spatial organization of the chromosome in an extremely intriguing bacterial model: Buchnera aphidicola. Associated with most agricultural pest aphids and being partly responsible for their harmfulness, Buchnera are one of the most studied intracellular symbiotic bacteria of insects. Their genomes present all the characteristics of intracellular bacteria: (1) small size of 400 - 600 kb depending on aphid species, (2) highly biased base composition towards A and T and (3) high evolutionary rate due to the isolation of Buchnera populations within the host cells combined with the drastic bottlenecks that occur in the population dynamics of the bacteria during their transmission to the aphid progeny.A crucial stage for the symbiosis comprehension passes through the understanding of symbiont gene expression regulation, and yet little is known about the transcriptional regulation capabilities of the bacteria. Given the “poor” catalogue of transcriptional factors it was suggested that the bacteria are no longer able to regulate their gene expression. Also, Buchnera conserved target genes for regulatory proteins absent in their genome. Nevertheless, recent works using a dedicated microarray showed that Buchnera respond specifically to somenutritional stresses imposed to their host [3].The aim of this work was to study potential structural units of the Buchnera chromosome and the impact they could have on the gene expression regulation. For this purpose, we analysed the potential structural domains of the chromosome at different scales and the main contributor proteins for the organization and maintenance of these domains. Our study brings evidences for (1) the existence of structural chromosomal units at several scales, (2) a functionally complete set of proteins essential for nucleoid organization and (3) the tight interdependence between these proteins, the chromosome architecture and the gene expression profile.Basic genomic structural elements in bacteria participating to the chromosome organization are transcription units (operons). A transcription unit contains one or several adjacent genes transcribed as a single mRNA. Thus, genes belonging to the same transcriptional unit display strong correlated transcription levels. A first annotation of Buchnera transcription units was available in BioCyc (http://biocyc.org/). We found that some of these transcriptional units were not consistent with the analysis of the gene expression profile. Thus, we decided to re-annotate the transcription units of Buchnera taking into account gene expression levels, gene order conservation, sequence features of Buchnera, like Rho-independent terminators inferred by the bioinformatics tool (TransTermHP, [4]) and specific intergenic distances. We tested this new annotation with microarray gene expression data.A higher level of structural units in bacterial genomes is represented by the organization in topological domains (~10kbp in E. coli [5]). These structures are mainly organized and maintained by Nucleoid Associated Proteins (NAPs). Analysis of the NAP set of Buchnera pointed out that, despite genome reduction, the bacteria retains the most important members of the group (IHF, H-NS, Fis, DnaA and HU). Our bioinformatics analysis of these proteins confirms a strong conservation of structural domains and 3D structure. Moreover, key amino acids (their mutation compromises NAPs function in E. coli) are also well conserved. As NAPs must frequently bind DNA (every 10 kbp) to form dynamic inter-domains barriers, they rather recognize specific topologic structures (i.e., bend DNA) than specific motive binding sites. By using Curvature program [6]), we showed that Buchnera have a more curved DNA than E. coli (this result may be partially explained by the strong A-T bias) , that might influence the size and shape of their topological domains.Combination of topological domains and DNA fold are at the origin of a third class of larger structural units in bacterial chromosomes. Previous results of our team pointed out a periodic transcriptional pattern that supports the existence of these kinds of structures in Buchnera [7]. We completed this work by using a more realistic distance on the chromosome (i.e., physical distance (bp), instead of the “gene number” distance).Our work brings several evidences that Buchnera chromosome is a functional structure probably playing an active role in gene expression regulation. This kind of regulation was often neglected in free-living bacteria but might be central in shrunken genomes of endosymbionts. A short-term perspective of our work will be to inactivate in vivo specific NAP proteins of Buchnera and analyse the induced modifications within the gene expression profile of the symbiotic bacteria.
Published: 2009

33. Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Author: Calevro, Federica, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons. FRA., ProdInra, Migration, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2008

34. Transcriptomique

Author: Boulicaut, J.F., Calevro, Federica, Charles, Hubert, Fayard, Jean-Michel, Febvay, Gérard, Gandrillon, Olivier, Gautier, Céline, Rahbé, Yvan, Robardet, Céline, Rome, S., Sagot, Marie-France, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Université de Lyon (COMUE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], transcriptomique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2008

35. Transcriptomique

Author: Boulicaut, J.F., Calevro, Federica, Charles, Hubert, Fayard, Jean-Michel, Febvay, Gérard, Gandrillon, Olivier, Gautier, Céline, Rahbé, Yvan, Robardet, Céline, Rome, S., Sagot, Marie-France, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Université de Lyon (COMUE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], transcriptomique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2008

36. Transcriptomique

Author: Boulicaut, Jean-François, Calevro, Federica, Charles, H., Fayard, J.M., Febvay, G., Gandrillon, Olivier, Gautier, Christian, Rahbé, Yvan, Robardet, Céline, Rome, S., Sagot, M.F., Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: transcriptomique, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: identifiant HAL : hal-003912555-COM (communications sans actes)
Published: 2008

37. A preliminary methodological approach to study the transcriptome of Buchnera, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

Author: Calevro, Federica, Charles, Hubert, Reymond, Nancie, Dugas, Vincent, Cloarec, J.P., Bernillon, Jacques, Rahbé, Yvan, Febvay, Gérard, Fayard, Jean-Michel, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Sciences Analytiques (SA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École supérieure de Chimie Physique Electronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biochimie Analytique et Synthèse Bioorganique (LBASB), Université de Lyon-Université de Lyon, Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: transcriptomics, Buchnera, system biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Acyrthosiphon pisum, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2003

38. Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons

Author: Charles, Hubert, Calevro, Federica, Reymond, Nancie, Laforest, Frederique, Tchounikine, Anne, Beslon, Guillaume, Soula, Hédi, Dugas, Vincent, Cloarec, J.P., Bernillon, Jacques, Rahbé, Yvan, Febvay, Gérard, Fayard, Jean-Michel, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Laboratoire de Productique et Informatique des systèmes manufacturiers (PRISMA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Sciences Analytiques (SA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École supérieure de Chimie Physique Electronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biochimie Analytique et Synthèse Bioorganique (LBASB), Université de Lyon-Université de Lyon, Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: transcriptomics, Buchnera, system biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Acyrthosiphon pisum, [INFO]Computer Science [cs], microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: International audience; Buchnera est une bactérie symbiotique intracellulaire associée à la plupart des pucerons d'importance économique. Cette bactérie incultivable est obligatoire pour le puceron qui se nourrit exclusivement de sève phloémienne. Buchnera est caractérisée par la taille extrêmement réduite de son génome (400 à 600 kb) séquencé entièrement chez trois espèces. Une des particularités fonctionnelles tout à fait originale de cette bactérie est la conservation des voies de biosynthèse des acides aminés essentiels, alors que les gènes des voies de synthèse des acides aminés non essentiels (ceux que l'hôte est capable de synthétiser) sont perdus. Jusqu'à présent l'analyse expérimentale des réponses métaboliques et moléculaires ne pouvait s'effectuer que "voie par voie". Le développement de la technique des puces à ADN permet maintenant d'envisager une approche globale. Dans l'UMR BF2I, nous avons développé une puce à ADN dédiée à l'analyse du transcriptome de Buchnera APS (associée au puceron Acyrthosiphon pisum). Cette puce devrait nous permettre d’étudier les mécanismes de régulation de l’expression des gènes de cette bactérie symbiotique en condition de stress trophique de son hôte (pucerons élevés sur des milieux déprimés en acides aminés essentiels par exemple).Ce travail correspond à l'émergence d'une thématique de recherche en bioinformatique à l'INSA associée au développement de la plate-forme transcriptome de la Génopole Rhône-Alpes sur le campus de la Doua. Notre approche s'est voulue verticale, impliquant la création d'outils bioinformatiques lorsqu'ils faisaient défaut. Quatre points seront présentés ici : Le développement d'un Système d'Information pour l'Analyse du Transcriptome (SI-Trans) Le développement d'un logiciel de choix d'oligonucléotides (ROSO) La validation d’un protocole expérimental grâce au développement d’une « minipuce » Buchnera L’intégration des résultats d'expression dans une base de connaissance (Genome Expert Bacteria) pour la représentation des réseaux de régulation
Published: 2003

39. Analyse du transcriptome de Buchnera: développement d'une première puce à ADN

Author: Calevro, Federica, Charles, Hubert, Reymond, Nancie, Cloarec, J.P., Rahbé, Yvan, Heddi, Abdelaziz, Febvay, Gérard, Fayard, Jean-Michel, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École supérieure de Chimie Physique Electronique de Lyon (CPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-École supérieure de Chimie Physique Electronique de Lyon (CPE), Unité de recherche Productions végétales (CRAG ANT PROD V), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: transcriptomics, Buchnera, system biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Acyrthosiphon pisum, microarray, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: International audience; Les pucerons d’importance économique appartiennent presque tous à la famille des Aphididae (Hemiptera: Aphidoidea: Aphididae). Ils vivent en symbiose avec une bactérie intracellulaire, du genre Buchnera, proche d’Escherichia coli et qui est transmise par voie maternelle. L’association Buchnera / puceron est très ancienne (environ 200 - 250 M d’années) et elle est devenue obligatoire pour les deux partenaires. Les pucerons rendus expérimentalement aposymbiotiques montrent une fécondité nulle et Buchnera ne semble pas cultivable in vitro. L’intervention de Buchnera dans la physiologie de son hôte a été très étudiée au laboratoire notamment pour ce qui concerne le métabolisme des acides aminés. Il a été montré que la bactérie est capable de fournir la totalité des acides aminés essentiels nécessaires au puceron lorsque ceux-ci sont absents de son alimentation. Cette synthèse est réalisée à partir de quelques précurseurs glucidiques ou de quelques acides aminés.Jusqu’au séquençage complet de Buchnera, l’analyse expérimentale des réponses métaboliques et moléculaires ne pouvait s'effectuer que “ voie par voie ”. Le développement de nouveaux outils d’analyse moléculaire (notamment les puces à ADN) et la taille réduite du génome de Buchnera (583 ORF) adaptée à la mise en œuvre de puces de moyenne densité, offrent la possibilité d’explorer globalement l'ensemble des réponses métaboliques de cet organisme.Le but de ce travail est d’explorer par la technologie des puces à ADN le fonctionnement global du génome de Buchnera, et plus particulièrement la régulation du métabolisme des acides aminés jouant un rôle clé dans la relation symbiotique Buchnera / puceron.
Published: 2002

40. Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis

Author: Pierre Simonet, Stefano Colella, Abdelaziz Heddi, José Viñuelas, Hubert Charles, Gérard Febvay, Federica Calevro, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), INRA, INSA-Lyon, French (IMetSym) program grant [ANR-13-BSV7-0016-01], French Ministry of Research, ANR-13-BSV7-0016,IMetSym,Contrôles immunitaire et métabolique dans les symbioses intracellulaires d'insectes(2013), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Simonet, Pierre, and Calevro, Federica
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Population, Biology, Article, 03 medical and health sciences, Buchnera, Symbiosis, Animals, education, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Aphid, Multidisciplinary, Obligate, Ecology, Host (biology), Bacteriocyte, fungi, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, Flow Cytometry, biology.organism_classification, Bacterial Load, Acyrthosiphon pisum, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Aphids
Abstract: International audience; Endosymbiotic associations constitute a driving force in the ecological and evolutionary diversification of metazoan organisms. Little is known about whether and how symbiotic cells are coordinated according to host physiology. Here, we use the nutritional symbiosis between the insect pest, Acyrthosiphon pisum, and its obligate symbiont, Buchnera aphidicola, as a model system. We have developed a novel approach for unculturable bacteria, based on flow cytometry, and used this method to estimate the absolute numbers of symbionts at key stages of aphid life. The endosymbiont population increases exponentially throughout nymphal development, showing a growing rate which has never been characterized by indirect molecular techniques. Using histology and imaging techniques, we have shown that the endosymbiont-bearing cells (bacteriocytes) increase significantly in number and size during the nymphal development, and clustering in the insect abdomen. Once adulthood is reached and the laying period has begun, the dynamics of symbiont and host cells is reversed: the number of endosymbionts decreases progressively and the bacteriocyte structure degenerates during insect aging. In summary, these results show a coordination of the cellular dynamics between bacteriocytes and primary symbionts and reveal a fine-tuning of aphid symbiotic cells to the nutritional demand imposed by the host physiology throughout development. Intracellular symbioses (endosymbioses) between prokaryotic and metazoan organisms play a central role in multicellular life, significantly impacting the evolution and shaping the ecology of countless species 1. In insects, which account for a great proportion of planet biodiversity, the exploitation of the metabolic capabilities of intra-cellular symbiotic bacteria (endosymbionts) enables the hosts to thrive on nutritionally unbalanced diets such as plant sap, grains, wood or vertebrate blood 2–4. The sustainability of these endosymbiotic relationships largely relies on the compartmentalization of bacterial endosymbionts into specialized host cells (or organs), called bac-teriocytes (or bacteriomes), whose functions are adapted to the tolerance and regulation of symbiotic populations 5,6. A detailed description of the interplay between bacteriocytes and endosymbionts across the host life cycle, and in response to an ever-changing environment, is expected to provide a better understanding of how microorganisms interact with eukaryotic cells, and, in turn, to contribute to the development of novel strategies for controlling pest and disease-vector insects. The relationship between aphids (Hemiptera: Aphididae) and the gamma-3-proteobacterium Buchnera aphidicola, represents the best-studied model among endosymbiotic associations. In the A. pisum/B. aphidicola
Published: 2016
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