1. Common genetic variation in alcohol-related hepatocellular carcinoma: a case-control genome-wide association study
- Author
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Eric Trépo, Stefano Caruso, Jie Yang, Sandrine Imbeaud, Gabrielle Couchy, Quentin Bayard, Eric Letouzé, Nathalie Ganne-Carrié, Christophe Moreno, Abderrahim Oussalah, Cyrille Féray, Jean Frédéric Blanc, Bruno Clément, Patrick Hillon, Jérôme Boursier, Valérie Paradis, Julien Calderaro, Viviane Gnemmi, Jean-Charles Nault, Jean-Louis Guéant, Jacques Devière, Isabelle Archambeaud, Carole Vitellius, Bruno Turlin, Jean-Pierre Bronowicki, Thierry Gustot, Angela Sutton, Marianne Ziol, Pierre Nahon, Jessica Zucman-Rossi, Clément Meiller, Qian Cao, Théo Z. Hirsch, Sandra Rebouissou, Delphine Degré, Lukas Otero Sanchez, Nicolas Rosewick, Eric Quertinmont, Mireille Desille-Dugast, Muriel François-Vié, Cécile Moins, Emmanuelle Leteurtre, Guillaume Lassailly, Massih Ningarhari, Emmanuel Boleslawski, Vanessa Cottet, Université libre de Bruxelles (ULB), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), People's Hospital of Peking University (PKUPH), Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Hôpital Paul Brousse, CHU Bordeaux [Bordeaux], Bordeaux Research In Translational Oncology [Bordeaux] (BaRITOn), Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Pontchaillou [Rennes], Centre de Ressources Biologiques Santé (CRB Santé), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques (HIFIH), Université d'Angers (UA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Hôpital Beaujon [AP-HP], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hôpital Henri Mondor, Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 (CANTHER), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Lille, Institut des Maladies de l'Appareil Digestif, Université de Nantes (UN), Hôtel-Dieu de Nantes, Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Recherche Vasculaire Translationnelle (LVTS (UMR_S_1148 / U1148)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Hôpitaux Universitaires Paris Seine-Saint-Denis [Sevran] (HUP2SD), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), BB-0033-00027, H2020 Marie Skłodowska-Curie Actions, MSCA, University Hospitals, UH: NCT03311152, Bpifrance, Agence Nationale de la Recherche, ANR: ANR-11-LABX-0021, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, AP-HP, Ligue Contre le Cancer, Fondation de France, Institut National Du Cancer, INCa, Université Libre de Bruxelles, Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté, Korean Association for the Study of the Liver, KASL, GENTHEP Consortium: Clément Meiller, Qian Cao, Théo Z Hirsch, Sandra Rebouissou, Delphine Degré, Lukas Otero Sanchez, Nicolas Rosewick, Eric Quertinmont, Mireille Desille-Dugast, Muriel François-Vié, Cécile Moins, Emmanuelle Leteurtre, Guillaume Lassailly, Massih Ningarhari, Emmanuel Boleslawski, Vanessa Cottet, ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer(2011), École pratique des hautes études (EPHE), Jonchère, Laurent, Laboratoires d'excellence - Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer - - Lipstic2011 - ANR-11-LABX-0021 - LABX - VALID, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Faculté de Médecine [Bruxelles] [ULB], Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)], Biochimie – Biologie moléculaire et Nutrition [CHRU Nancy], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale [INSERM], Centre Hépato-Biliaire [Hôpital Paul Brousse] [CHB], Bordeaux Research In Translational Oncology [Bordeaux] [BaRITOn], Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] [LNC], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand [CHU Dijon], Centre Hospitalier Universitaire d'Angers [CHU Angers], Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques [HIFIH], Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 [UPEC UP12], Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB], Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 [CANTHER], Université Sorbonne Paris Nord, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy [CHRU Nancy], Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux [NGERE], Nutrition, Métabolismes et Cancer [NuMeCan], Laboratoire de Recherche Vasculaire Translationnelle [LVTS (UMR_S_1148 / U1148)], Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] [HEGP], Thérapies Laser Assistées par l'Image pour l'Oncologie - U 1189 [ONCO-THAI], and Equipe EPICAD (LNC - U1231)
- Subjects
Adult ,Male ,Carcinoma, Hepatocellular ,Genotype ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Polymorphism, Single Nucleotide ,Young Adult ,[SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Wnt3A Protein ,Humans ,Genetic Predisposition to Disease ,Aged ,Aged, 80 and over ,Liver Neoplasms ,Genetic Variation ,Middle Aged ,Wnt Proteins ,[SDV] Life Sciences [q-bio] ,Oncology ,Case-Control Studies ,Phospholipases A2, Calcium-Independent ,Female ,Alcohol-Related Disorders ,Acyltransferases ,Genome-Wide Association Study - Abstract
International audience; Background: Hepatocellular carcinoma is a frequent consequence of alcohol-related liver disease, with variable incidence among heavy drinkers. We did a genome-wide association study (GWAS) to identify common genetic variants for alcohol-related hepatocellular carcinoma. Methods: We conducted a two-stage case-control GWAS in a discovery cohort of 2107 unrelated European patients with alcohol-related liver disease aged 20–92 years recruited between Oct 22, 1993, and March 12, 2017. Cases were patients with alcohol-related hepatocellular carcinoma diagnosed by imaging or histology. Controls were patients with alcohol-related liver disease without hepatocellular carcinoma. We used an additive logistic regression model adjusted for the first ten principal components to assess genetic variants associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma. We did another analysis with adjustment for age, sex, and liver fibrosis. New candidate associations (pandlt;1 × 10−6) and variants previously associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma were evaluated in a validation cohort of 1933 patients with alcohol-related liver disease aged 29–92 years recruited between July 21, 1995, and May 2, 2019. We did a meta-analysis of the two case–control cohorts. Findings: The discovery cohort included 775 cases and 1332 controls. Of 7 962 325 variants assessed, we identified WNT3A-WNT9A (rs708113; p=1·11 × 10−8) and found support for previously reported regions associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma risk at TM6SF2 (rs58542926; p=6·02 × 10−10), PNPLA3 (rs738409; p=9·29 × 10−7), and HSD17B13 (rs72613567; p=2·49 × 10−4). The validation cohort included 874 cases and 1059 controls and three variants were replicated: WNT3A-WNT9A (rs708113; p=1·17 × 10−3), TM6SF2 (rs58542926; p=4·06 × 10−5), and PNPLA3 (rs738409; p=1·17 × 10−4). All three variants reached GWAS significance in the meta-analysis: WNT3A-WNT9A (odds ratio 0·73, 95% CI 0·66–0·81; p=3·93 × 10−10), TM6SF2 (1·77, 1·52–2·07; p=3·84×10−13), PNPLA3 (1·34, 1·22–1·47; p=7·30 × 10−10). Adjustment for clinical covariates yielded similar results. We observed an additive effect of at-risk alleles on alcohol-related hepatocellular carcinoma. WNT3A-WNT9A rs708113 was not associated with liver fibrosis. Interpretation: WNT3A-WNT9A is a susceptibility locus for alcohol-related hepatocellular carcinoma, suggesting an early role of the Wnt–β-catenin pathway in alcohol-related hepatocellular carcinoma carcinogenesis.
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- 2022
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