1. A new 3p25 locus is associated with liver fibrosis progression in human immunodeficiency virus/hepatitis C virus-coinfected patients
- Author
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Ulveling, Damien, Le Clerc, Sigrid, Cobat, Aurélie, Labib, Taoufik, Noirel, Josselin, Laville, Vincent, Coulonges, Cédric, Carpentier, Wassila, Nalpas, Bertrand, Heim, Markus H., Poynard, Thierry, Cerny, Andreas, Pol, Stanislas, Bochud, Pierre-Yves, Dabis, Francois, Theodorou, Ioannis, Lévy, Yves, Salmon, Dominique, Abel, Laurent, Dominguez, Stéphanie, Zagury, Jean-François, Grp, HEPAVIH ANRS CO13 Cohort Study, Grp, Swiss Hepatitis C Cohort Study, Genoscan, French ANRS HC EP 26, Laboratoire génomique, bioinformatique et applications (GBA), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département d'hépatologie [CHU Cochin], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University Hospital Basel [Basel], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epatocentro Ticino, Université de Lausanne (UNIL), Epidemiologie-Biostatistique [Bordeaux], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Rockefeller University [New York], French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Merck Sharp and Dohme (France), National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS), Swiss National Science Foundation [33CS30\₁48417, 324730-144054], Leenaards Foundation, Santos-Suarez Foundation, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire génomique, bioinformatique et applications ( GBA ), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition ( Equipe Inserm U1163 ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière ( P3S ), UMS omique ( OMIQUE ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut Pasteur [Paris]-CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université de Lausanne ( UNIL ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bordeaux Ségalen [Bordeaux 2], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Université, Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), CHU Cochin [AP-HP], The Rockefeller University [New-York], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and CHU Cochin [AP-HP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
- Subjects
0301 basic medicine ,Liver Cirrhosis ,medicine.medical_specialty ,Linkage disequilibrium ,MESH : Hepatitis C, Chronic ,Hepatitis C virus ,Genome-wide association study ,HIV Infections ,Biology ,medicine.disease_cause ,Polymorphism, Single Nucleotide ,MESH: Genetic Loci ,03 medical and health sciences ,Liver disease ,Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) ,MESH : Genetic Loci ,Internal medicine ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,medicine ,MESH : HIV Infections ,Humans ,MESH : Liver Cirrhosis ,MESH: Humans ,Hepatology ,Coinfection ,MESH: Polymorphism, Single Nucleotide ,MESH : Humans ,MESH : Polymorphism, Single Nucleotide ,MESH : Disease Progression ,MESH: HIV Infections ,Hepatitis C, Chronic ,medicine.disease ,3. Good health ,MESH: Coinfection ,MESH: Hepatitis C, Chronic ,MESH : Coinfection ,030104 developmental biology ,Genetic Loci ,[ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Immunology ,MESH: Genome-Wide Association Study ,Disease Progression ,MESH: Disease Progression ,MESH: Liver Cirrhosis ,Viral hepatitis ,MESH : Genome-Wide Association Study ,Genome-Wide Association Study - Abstract
International audience; There is growing evidence that human genetic variants contribute to liver fibrosis in subjects with hepatitis C virus (HCV) monoinfection, but this aspect has been little investigated in patients coinfected with HCV and human immunodeficiency virus (HIV). We performed the first genome-wide association study of liver fibrosis progression in patients coinfected with HCV and HIV, using the well-characterized French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis CO13 HEPAVIH cohort. Liver fibrosis was assessed by elastography (FibroScan), providing a quantitative fibrosis score. After quality control, a genome-wide association study was conducted on 289 Caucasian patients, for a total of 8,426,597 genotyped (Illumina Omni2.5 BeadChip) or reliably imputed single-nucleotide polymorphisms. Single-nucleotide polymorphisms with P values
- Published
- 2016