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OBJECTIVE: To evaluate the prevalence of the urinary excretion of BKV and JCV in HIV-infected patients without neurological symptoms. METHODS: Urine samples from HIV-infected patients without neurological symptoms were tested for JC virus and BK virus by PCR. Samples were screened for the presence of polyomavirus with sets of primers complementary to the early region of JCV and BKV genome (AgT). The presence of JC virus or BK virus were confirmed by two other PCR assays using sets of primers complementary to the VP1 gene of each virus. Analysis of the data was performed by the Kruskal-Wallis test for numerical data and Pearson or Yates for categorical variables. RESULTS: A total of 75 patients were included in the study. The overall prevalence of polyomavirus DNA urinary shedding was 67/75 (89.3%). Only BKV DNA was detected in 14/75 (18.7%) urine samples, and only JCV DNA was detected in 11/75 (14.7%) samples. Both BKV and JCV DNA were present in 42/75 (56.0%) samples. CONCLUSION: In this study we found high rates of excretion of JCV, BKV, and simultaneous excretion in HIV+ patients. Also these results differ from the others available on the literature. OBJETIVO: Avaliar a prevalência de excreção urinaria de vírus JC (VJC) e vírus BK (VBK) em pacientes HIV+ sem sintomas neurológicos. MÉTODOS: Amostras de urina de pacientes HIV+ sem sintomas neurológicos foram testados para a presença de VJC e VBK através da técnica de PCR. As amostras foram triadas para a presença de poliomavírus com par de primers complementares a região precoce do genoma do VBK e do VJC (AgT). A presença foi confirmada através de dois outros ensaios de PCR dirigidos a região do gene VP1 de ambos os vírus. A análise estatística foi realizada com auxílio do teste de Kruskal-Wallis para dados numéricos e Pearson ou Yater para variáveis categóricas. RESULTADOS: Ao todo foram inclusos no estudo 75 pacientes. A prevalência geral de excreção de poliomavírus na urina foi de 67/75 (89,3%). O DNA do vírus VBK foi detectado em 14/75 (18,7%) das amostras de urina, e o DNA do VJC foi detectado em 11/75 (14,7%) das amostras testadas. Ambos os vírus estavam presentes simultaneamente em 42/75 (56%) das amostras de urina. CONCLUSÃO: Encontramos, no presente estudo, uma alta taxa de excreção de VJC, VBK e excreção simultânea em pacientes HIV+. Ainda, esses resultados diferem de outros disponíveis na literatura.