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El presente estudio de tipo descriptivo retrospectivo de casos y controles, tuvo como objetivo determinar la asociación de las infecciones prenatales con el desarrollo de malformaciones congénitas durante el periodo 2001-2018 en la ciudad de Bogotá, para dicho fin se recopiló la información a partir de una base de datos anonimizada de 600.000 nacimientos perteneciente al Programa de Vigilancia y Seguimiento de niños con defectos congénitos, una vez recolectada y depurada la información se procedió a definir los dos tipos de variables en este estudio; cualitativas (sexo del recién nacido, vitalidad, año de nacimiento, tipo de agente etiológico, tipo de sistema afectado del RN y edad materna distribuida por quinquenios) y cuantitativas (edad materna, edad gestacional y peso del recién nacido). Para el análisis de las variables cualitativas se utilizaron tablas dinámicas de Excel versión 2004 con el fin de realizar la distribución de frecuencias, y para las variables cuantitativas se realizó estadística descriptiva, Prueba F para varianzas de dos muestras y Prueba T-Student para dos muestras suponiendo varianzas desiguales e iguales. Posteriormente se realizó el análisis de asociación en cada agente etiológico con la prueba de chi-cuadrado empleando el software Epicalc 2.0 y se clasificaron las malformaciones en sistemas para así mismo realizar el análisis descrito anteriormente. Se encontró que existe una asociación entre las infecciones prenatales y las malformaciones congénitas. Las infecciones predominantes en las gestantes fueron las de origen bacteriano y fúngico. El bajo peso del recién nacido y la disminución de la edad gestacional, comparados en casos y controles, represento un valor estadísticamente significativo. Cabe resaltar que las infecciones de la mujer durante el embarazo pueden relacionarse con malos hábitos de higiene o con cambios fisiológicos de carácter hormonal que alteran la microbiota vaginal.