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The Auchenipteridae have an extensive and confusing taxonomic and phylogenetic history. Several studies developed since 1766 involving descriptions of species generated controversial results about the composition of the family and their interrelationships. The weakness of the systematic knowledge and diversity of the family hinders the understanding about the evolutionary history since the informative potential of morphology, molecules and biogeography was not yet fully explored. A comprehensive and densely sampled phylogenetic study of the species relationships of the Auchenipteridae, a Neotropical family of inseminating catfishes, is here documented based on combined datasets, morphological and molecular. The present study aimed to include most species of Auchenipteridae (109 species), as well as several members of other siluriform families representing the outgroup (28 species comprising Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, and Diplomystidae) to embrace the greater diversity of forms existing within Siluriformes, providing a robust comparison between the taxa and providing therefore a series of information from different sources including morphology (261 characters) and molecular data (2814 characters based on four genes: COI, 16S, RAG2, and MyH6).The parsimony analysis based on combined data yielded 1691 maximally parsimonious trees and the strict consensus corroborated the monophyly of the superfamily Doradoidea, the family Auchenipteridae and its two subfamilies, Centromochlinae and Auchenipterinae as well. The new classificatory proposal also raises the number of tribes within Auchenipteridae from two to nine, evidencing the following major groups within Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; and in Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, and Glanidini. Additionally, most of auchenipterid genera were recovered as monophyletic, except for Cen, Auchenipteridae possui uma extensa e confusa história taxonômica e filogenética. Diversos estudos desenvolvidos desde 1766 envolvendo descrições de espécies geraram resultados controversos a cerca da composição da família e suas relações de parentesco. A deficiência no conhecimento da sistemática e diversidade da família tem dificultado a compreensão sobre a história evolutiva, uma vez que o potencial informativo morfológico, molecular, e biogeográfico ainda não foi totalmente explorado. Um estudo filogenético compreensivo e densamente amostrado das relações de parentesco das espécies de Auchenipteridae, uma família de bagres Neotropical inseminadores, é aqui documentado através de um conjunto de dados combinados, morfológicos e moleculares. O presente estudo objetivou incluir a maioria das espécies de Auchenipteridae (109 espécies), bem como diversos membros de outras famílias de Siluriformes representando o grupo externo (28 espécies de Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, e Diplomystidae) para contemplar a grande diversidade de formas existente dentro de Siluriformes, fornecendo uma robusta comparação entre os táxons além de uma série de informações de diferentes fontes incluindo dados morfológicos (261 caracteres) e moleculares (2814 caracteres de quatro genes: COI, 16S, RAG2 e MYh6).A análise de parcimônia baseada em dados combinados produziu 1691 árvores maximamente parcimoniosas e o consenso estrito corroborou a monofilia da superfamília Doradoidea e de Auchenipteridae e, também, de suas duas subfamílias Centromochlinae e Auchenipterinae. A nova proposta de classificação aumenta o número de tribos em Auchenipteridae, de duas para nove, evidenciando os seguintes grandes grupos dentro de Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; e quatro novas tribos em Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, e Glanidini. Adicionalmente, a maioria dos gêneros de

The Auchenipteridae have an extensive and confusing taxonomic and phylogenetic history. Several studies developed since 1766 involving descriptions of species generated controversial results about the composition of the family and their interrelationships. The weakness of the systematic knowledge and diversity of the family hinders the understanding about the evolutionary history since the informative potential of morphology, molecules and biogeography was not yet fully explored. A comprehensive and densely sampled phylogenetic study of the species relationships of the Auchenipteridae, a Neotropical family of inseminating catfishes, is here documented based on combined datasets, morphological and molecular. The present study aimed to include most species of Auchenipteridae (109 species), as well as several members of other siluriform families representing the outgroup (28 species comprising Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, and Diplomystidae) to embrace the greater diversity of forms existing within Siluriformes, providing a robust comparison between the taxa and providing therefore a series of information from different sources including morphology (261 characters) and molecular data (2814 characters based on four genes: COI, 16S, RAG2, and MyH6).The parsimony analysis based on combined data yielded 1691 maximally parsimonious trees and the strict consensus corroborated the monophyly of the superfamily Doradoidea, the family Auchenipteridae and its two subfamilies, Centromochlinae and Auchenipterinae as well. The new classificatory proposal also raises the number of tribes within Auchenipteridae from two to nine, evidencing the following major groups within Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; and in Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, and Glanidini. Additionally, most of auchenipterid genera were recovered as monophyletic, except for Cen, Auchenipteridae possui uma extensa e confusa história taxonômica e filogenética. Diversos estudos desenvolvidos desde 1766 envolvendo descrições de espécies geraram resultados controversos a cerca da composição da família e suas relações de parentesco. A deficiência no conhecimento da sistemática e diversidade da família tem dificultado a compreensão sobre a história evolutiva, uma vez que o potencial informativo morfológico, molecular, e biogeográfico ainda não foi totalmente explorado. Um estudo filogenético compreensivo e densamente amostrado das relações de parentesco das espécies de Auchenipteridae, uma família de bagres Neotropical inseminadores, é aqui documentado através de um conjunto de dados combinados, morfológicos e moleculares. O presente estudo objetivou incluir a maioria das espécies de Auchenipteridae (109 espécies), bem como diversos membros de outras famílias de Siluriformes representando o grupo externo (28 espécies de Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, e Diplomystidae) para contemplar a grande diversidade de formas existente dentro de Siluriformes, fornecendo uma robusta comparação entre os táxons além de uma série de informações de diferentes fontes incluindo dados morfológicos (261 caracteres) e moleculares (2814 caracteres de quatro genes: COI, 16S, RAG2 e MYh6).A análise de parcimônia baseada em dados combinados produziu 1691 árvores maximamente parcimoniosas e o consenso estrito corroborou a monofilia da superfamília Doradoidea e de Auchenipteridae e, também, de suas duas subfamílias Centromochlinae e Auchenipterinae. A nova proposta de classificação aumenta o número de tribos em Auchenipteridae, de duas para nove, evidenciando os seguintes grandes grupos dentro de Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; e quatro novas tribos em Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, e Glanidini. Adicionalmente, a maioria dos gêneros de

The Auchenipteridae have an extensive and confusing taxonomic and phylogenetic history. Several studies developed since 1766 involving descriptions of species generated controversial results about the composition of the family and their interrelationships. The weakness of the systematic knowledge and diversity of the family hinders the understanding about the evolutionary history since the informative potential of morphology, molecules and biogeography was not yet fully explored. A comprehensive and densely sampled phylogenetic study of the species relationships of the Auchenipteridae, a Neotropical family of inseminating catfishes, is here documented based on combined datasets, morphological and molecular. The present study aimed to include most species of Auchenipteridae (109 species), as well as several members of other siluriform families representing the outgroup (28 species comprising Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, and Diplomystidae) to embrace the greater diversity of forms existing within Siluriformes, providing a robust comparison between the taxa and providing therefore a series of information from different sources including morphology (261 characters) and molecular data (2814 characters based on four genes: COI, 16S, RAG2, and MyH6).The parsimony analysis based on combined data yielded 1691 maximally parsimonious trees and the strict consensus corroborated the monophyly of the superfamily Doradoidea, the family Auchenipteridae and its two subfamilies, Centromochlinae and Auchenipterinae as well. The new classificatory proposal also raises the number of tribes within Auchenipteridae from two to nine, evidencing the following major groups within Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; and in Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, and Glanidini. Additionally, most of auchenipterid genera were recovered as monophyletic, except for Cen, Auchenipteridae possui uma extensa e confusa história taxonômica e filogenética. Diversos estudos desenvolvidos desde 1766 envolvendo descrições de espécies geraram resultados controversos a cerca da composição da família e suas relações de parentesco. A deficiência no conhecimento da sistemática e diversidade da família tem dificultado a compreensão sobre a história evolutiva, uma vez que o potencial informativo morfológico, molecular, e biogeográfico ainda não foi totalmente explorado. Um estudo filogenético compreensivo e densamente amostrado das relações de parentesco das espécies de Auchenipteridae, uma família de bagres Neotropical inseminadores, é aqui documentado através de um conjunto de dados combinados, morfológicos e moleculares. O presente estudo objetivou incluir a maioria das espécies de Auchenipteridae (109 espécies), bem como diversos membros de outras famílias de Siluriformes representando o grupo externo (28 espécies de Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, e Diplomystidae) para contemplar a grande diversidade de formas existente dentro de Siluriformes, fornecendo uma robusta comparação entre os táxons além de uma série de informações de diferentes fontes incluindo dados morfológicos (261 caracteres) e moleculares (2814 caracteres de quatro genes: COI, 16S, RAG2 e MYh6).A análise de parcimônia baseada em dados combinados produziu 1691 árvores maximamente parcimoniosas e o consenso estrito corroborou a monofilia da superfamília Doradoidea e de Auchenipteridae e, também, de suas duas subfamílias Centromochlinae e Auchenipterinae. A nova proposta de classificação aumenta o número de tribos em Auchenipteridae, de duas para nove, evidenciando os seguintes grandes grupos dentro de Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; e quatro novas tribos em Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, e Glanidini. Adicionalmente, a maioria dos gêneros de

The Auchenipteridae have an extensive and confusing taxonomic and phylogenetic history. Several studies developed since 1766 involving descriptions of species generated controversial results about the composition of the family and their interrelationships. The weakness of the systematic knowledge and diversity of the family hinders the understanding about the evolutionary history since the informative potential of morphology, molecules and biogeography was not yet fully explored. A comprehensive and densely sampled phylogenetic study of the species relationships of the Auchenipteridae, a Neotropical family of inseminating catfishes, is here documented based on combined datasets, morphological and molecular. The present study aimed to include most species of Auchenipteridae (109 species), as well as several members of other siluriform families representing the outgroup (28 species comprising Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, and Diplomystidae) to embrace the greater diversity of forms existing within Siluriformes, providing a robust comparison between the taxa and providing therefore a series of information from different sources including morphology (261 characters) and molecular data (2814 characters based on four genes: COI, 16S, RAG2, and MyH6).The parsimony analysis based on combined data yielded 1691 maximally parsimonious trees and the strict consensus corroborated the monophyly of the superfamily Doradoidea, the family Auchenipteridae and its two subfamilies, Centromochlinae and Auchenipterinae as well. The new classificatory proposal also raises the number of tribes within Auchenipteridae from two to nine, evidencing the following major groups within Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; and in Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, and Glanidini. Additionally, most of auchenipterid genera were recovered as monophyletic, except for Cen, Auchenipteridae possui uma extensa e confusa história taxonômica e filogenética. Diversos estudos desenvolvidos desde 1766 envolvendo descrições de espécies geraram resultados controversos a cerca da composição da família e suas relações de parentesco. A deficiência no conhecimento da sistemática e diversidade da família tem dificultado a compreensão sobre a história evolutiva, uma vez que o potencial informativo morfológico, molecular, e biogeográfico ainda não foi totalmente explorado. Um estudo filogenético compreensivo e densamente amostrado das relações de parentesco das espécies de Auchenipteridae, uma família de bagres Neotropical inseminadores, é aqui documentado através de um conjunto de dados combinados, morfológicos e moleculares. O presente estudo objetivou incluir a maioria das espécies de Auchenipteridae (109 espécies), bem como diversos membros de outras famílias de Siluriformes representando o grupo externo (28 espécies de Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, e Diplomystidae) para contemplar a grande diversidade de formas existente dentro de Siluriformes, fornecendo uma robusta comparação entre os táxons além de uma série de informações de diferentes fontes incluindo dados morfológicos (261 caracteres) e moleculares (2814 caracteres de quatro genes: COI, 16S, RAG2 e MYh6).A análise de parcimônia baseada em dados combinados produziu 1691 árvores maximamente parcimoniosas e o consenso estrito corroborou a monofilia da superfamília Doradoidea e de Auchenipteridae e, também, de suas duas subfamílias Centromochlinae e Auchenipterinae. A nova proposta de classificação aumenta o número de tribos em Auchenipteridae, de duas para nove, evidenciando os seguintes grandes grupos dentro de Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; e quatro novas tribos em Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, e Glanidini. Adicionalmente, a maioria dos gêneros de

The Auchenipteridae have an extensive and confusing taxonomic and phylogenetic history. Several studies developed since 1766 involving descriptions of species generated controversial results about the composition of the family and their interrelationships. The weakness of the systematic knowledge and diversity of the family hinders the understanding about the evolutionary history since the informative potential of morphology, molecules and biogeography was not yet fully explored. A comprehensive and densely sampled phylogenetic study of the species relationships of the Auchenipteridae, a Neotropical family of inseminating catfishes, is here documented based on combined datasets, morphological and molecular. The present study aimed to include most species of Auchenipteridae (109 species), as well as several members of other siluriform families representing the outgroup (28 species comprising Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, and Diplomystidae) to embrace the greater diversity of forms existing within Siluriformes, providing a robust comparison between the taxa and providing therefore a series of information from different sources including morphology (261 characters) and molecular data (2814 characters based on four genes: COI, 16S, RAG2, and MyH6).The parsimony analysis based on combined data yielded 1691 maximally parsimonious trees and the strict consensus corroborated the monophyly of the superfamily Doradoidea, the family Auchenipteridae and its two subfamilies, Centromochlinae and Auchenipterinae as well. The new classificatory proposal also raises the number of tribes within Auchenipteridae from two to nine, evidencing the following major groups within Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; and in Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, and Glanidini. Additionally, most of auchenipterid genera were recovered as monophyletic, except for Cen, Auchenipteridae possui uma extensa e confusa história taxonômica e filogenética. Diversos estudos desenvolvidos desde 1766 envolvendo descrições de espécies geraram resultados controversos a cerca da composição da família e suas relações de parentesco. A deficiência no conhecimento da sistemática e diversidade da família tem dificultado a compreensão sobre a história evolutiva, uma vez que o potencial informativo morfológico, molecular, e biogeográfico ainda não foi totalmente explorado. Um estudo filogenético compreensivo e densamente amostrado das relações de parentesco das espécies de Auchenipteridae, uma família de bagres Neotropical inseminadores, é aqui documentado através de um conjunto de dados combinados, morfológicos e moleculares. O presente estudo objetivou incluir a maioria das espécies de Auchenipteridae (109 espécies), bem como diversos membros de outras famílias de Siluriformes representando o grupo externo (28 espécies de Mochokidae, Aspredinidae, Doradidae, Ariidae, Pimelodidae, Cetopsidae, e Diplomystidae) para contemplar a grande diversidade de formas existente dentro de Siluriformes, fornecendo uma robusta comparação entre os táxons além de uma série de informações de diferentes fontes incluindo dados morfológicos (261 caracteres) e moleculares (2814 caracteres de quatro genes: COI, 16S, RAG2 e MYh6).A análise de parcimônia baseada em dados combinados produziu 1691 árvores maximamente parcimoniosas e o consenso estrito corroborou a monofilia da superfamília Doradoidea e de Auchenipteridae e, também, de suas duas subfamílias Centromochlinae e Auchenipterinae. A nova proposta de classificação aumenta o número de tribos em Auchenipteridae, de duas para nove, evidenciando os seguintes grandes grupos dentro de Auchenipterinae: Liosomadoradini, Trachelyopterini, Asterophysini, Auchenipterini, and Ageneiosini; e quatro novas tribos em Centromochlinae: Gelanoglanini, Gephyromochlini, Centromochlini, e Glanidini. Adicionalmente, a maioria dos gêneros de

Sequências de DNA usadas na identificação de material biológico têm alcançado considerável popularidade nos últimos anos, especialmente no contexto dos códigos de barras de DNA. Aferir a espécie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes é um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolução de diversos animais com este tipo de amostra. Este é o caso em carnívoros, cujos hábitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas espécies evidenciam a importância de estudos baseados em amostras não-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identificação de carnívoros freqüentemente dificulta a aplicação dessas amostras em larga escala e comparações de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo nós avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padrão para identificação de carnívoros. Entre um e 11 indivíduos de 66 espécies de carnívoros foram seqüenciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando três diferentes métodos (árvore de distância, distância genética e análise de caracteres). Em geral, indivíduos conspecíficos apresentaram menor distância genética entre si do que em relação a outras espécies, formando agrupamentos monofiléticos.Exceções foram algumas espécies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo método de caracteres, haplótipos espécie-específicos, ou reduzindo a abrangência geográfica das comparações (restringindo a análise a uma região zoogeográfica). Análises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freqüentemente empregado em carnívoros, também foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em relação aos outros dois propostos. Nós então testamos o desempenho destes segmentos na identificação de fezes de carnívoros por meio de três estudos de caso: (i) fezes de felinos de, DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters.Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces

Sequências de DNA usadas na identificação de material biológico têm alcançado considerável popularidade nos últimos anos, especialmente no contexto dos códigos de barras de DNA. Aferir a espécie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes é um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolução de diversos animais com este tipo de amostra. Este é o caso em carnívoros, cujos hábitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas espécies evidenciam a importância de estudos baseados em amostras não-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identificação de carnívoros freqüentemente dificulta a aplicação dessas amostras em larga escala e comparações de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo nós avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padrão para identificação de carnívoros. Entre um e 11 indivíduos de 66 espécies de carnívoros foram seqüenciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando três diferentes métodos (árvore de distância, distância genética e análise de caracteres). Em geral, indivíduos conspecíficos apresentaram menor distância genética entre si do que em relação a outras espécies, formando agrupamentos monofiléticos.Exceções foram algumas espécies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo método de caracteres, haplótipos espécie-específicos, ou reduzindo a abrangência geográfica das comparações (restringindo a análise a uma região zoogeográfica). Análises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freqüentemente empregado em carnívoros, também foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em relação aos outros dois propostos. Nós então testamos o desempenho destes segmentos na identificação de fezes de carnívoros por meio de três estudos de caso: (i) fezes de felinos de, DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters.Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces

Sequências de DNA usadas na identificação de material biológico têm alcançado considerável popularidade nos últimos anos, especialmente no contexto dos códigos de barras de DNA. Aferir a espécie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes é um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolução de diversos animais com este tipo de amostra. Este é o caso em carnívoros, cujos hábitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas espécies evidenciam a importância de estudos baseados em amostras não-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identificação de carnívoros freqüentemente dificulta a aplicação dessas amostras em larga escala e comparações de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo nós avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padrão para identificação de carnívoros. Entre um e 11 indivíduos de 66 espécies de carnívoros foram seqüenciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando três diferentes métodos (árvore de distância, distância genética e análise de caracteres). Em geral, indivíduos conspecíficos apresentaram menor distância genética entre si do que em relação a outras espécies, formando agrupamentos monofiléticos.Exceções foram algumas espécies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo método de caracteres, haplótipos espécie-específicos, ou reduzindo a abrangência geográfica das comparações (restringindo a análise a uma região zoogeográfica). Análises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freqüentemente empregado em carnívoros, também foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em relação aos outros dois propostos. Nós então testamos o desempenho destes segmentos na identificação de fezes de carnívoros por meio de três estudos de caso: (i) fezes de felinos de, DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters.Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces

Sequências de DNA usadas na identificação de material biológico têm alcançado considerável popularidade nos últimos anos, especialmente no contexto dos códigos de barras de DNA. Aferir a espécie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes é um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolução de diversos animais com este tipo de amostra. Este é o caso em carnívoros, cujos hábitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas espécies evidenciam a importância de estudos baseados em amostras não-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identificação de carnívoros freqüentemente dificulta a aplicação dessas amostras em larga escala e comparações de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo nós avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padrão para identificação de carnívoros. Entre um e 11 indivíduos de 66 espécies de carnívoros foram seqüenciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando três diferentes métodos (árvore de distância, distância genética e análise de caracteres). Em geral, indivíduos conspecíficos apresentaram menor distância genética entre si do que em relação a outras espécies, formando agrupamentos monofiléticos.Exceções foram algumas espécies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo método de caracteres, haplótipos espécie-específicos, ou reduzindo a abrangência geográfica das comparações (restringindo a análise a uma região zoogeográfica). Análises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freqüentemente empregado em carnívoros, também foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em relação aos outros dois propostos. Nós então testamos o desempenho destes segmentos na identificação de fezes de carnívoros por meio de três estudos de caso: (i) fezes de felinos de, DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters.Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces

Sequências de DNA usadas na identificação de material biológico têm alcançado considerável popularidade nos últimos anos, especialmente no contexto dos códigos de barras de DNA. Aferir a espécie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes é um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolução de diversos animais com este tipo de amostra. Este é o caso em carnívoros, cujos hábitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas espécies evidenciam a importância de estudos baseados em amostras não-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identificação de carnívoros freqüentemente dificulta a aplicação dessas amostras em larga escala e comparações de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo nós avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padrão para identificação de carnívoros. Entre um e 11 indivíduos de 66 espécies de carnívoros foram seqüenciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando três diferentes métodos (árvore de distância, distância genética e análise de caracteres). Em geral, indivíduos conspecíficos apresentaram menor distância genética entre si do que em relação a outras espécies, formando agrupamentos monofiléticos.Exceções foram algumas espécies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo método de caracteres, haplótipos espécie-específicos, ou reduzindo a abrangência geográfica das comparações (restringindo a análise a uma região zoogeográfica). Análises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freqüentemente empregado em carnívoros, também foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em relação aos outros dois propostos. Nós então testamos o desempenho destes segmentos na identificação de fezes de carnívoros por meio de três estudos de caso: (i) fezes de felinos de, DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters.Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces