1. De novo transcriptome sequencing and SSR markers development for Cedrela balansae C.DC., a native tree species of northwest Argentina
- Author
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Norma Beatriz Paniego, Noga Zelener, Maria Florencia Pomponio, María Virginia Inza, Maximo Rivarola, Paula Fernández, Sergio González, H. Esteban Hopp, Luis Fornes, Cintia V. Acuña, Susana Torales, and Susana N. Marcucci Poltri
- Subjects
0301 basic medicine ,Molecular biology ,Cedrela species ,Microsatellite Loci ,Database and Informatics Methods ,Árboles Maderables ,Sequencing techniques ,Computer software ,DNA sequencing ,Meliaceae ,Data Management ,Multidisciplinary ,microsatellite marker ,High-Throughput Nucleotide Sequencing ,454 sequencing ,purl.org/becyt/ford/4.4 [https] ,Phylogenetic Analysis ,Genomics ,Secuencia Nucleotídica ,Phylogenetics ,Marcadores Genéticos ,Biotecnología Agrícola y Biotecnología Alimentaria ,Medicine ,Primary Forests ,Databases, Nucleic Acid ,Sequence Analysis ,Transcriptome Analysis ,Tree species ,Research Article ,Next-Generation Sequencing ,Genetic Markers ,Computer and Information Sciences ,Cedrela ,Bioinformatics ,Science ,Biotecnología Agropecuaria ,Argentina ,Marcadores Moleculares ,Región Noroeste, Argentina ,Biology ,Research and Analysis Methods ,03 medical and health sciences ,Sequence Motif Analysis ,Gene Types ,Bosques Nativos ,Botany ,Genetics ,Computer Simulation ,Evolutionary Systematics ,Timber Trees ,Taxonomy ,Evolutionary Biology ,Sequence Assembly Tools ,Gene Expression Profiling ,Bosque Primario ,Nucleotide Sequence ,Biology and Life Sciences ,Computational Biology ,Genome Analysis ,Genética ,Transcriptome Sequencing ,Molecular biology techniques ,030104 developmental biology ,Genetic Loci ,CIENCIAS AGRÍCOLAS ,Cedrela balansae ,Transcriptome ,purl.org/becyt/ford/4 [https] - Abstract
The endangered Cedrela balansae C.DC. (Meliaceae) is a high-value timber species with great potential for forest plantations that inhabits the tropical forests in Northwestern Argentina. Research on this species is scarce because of the limited genetic and genomic information available. Here, we explored the transcriptome of C. balansae using 454 GS FLX Titanium next-generation sequencing (NGS) technology. Following de novo assembling, we identified 27,111 non-redundant unigenes longer than 200 bp, and considered these transcripts for further downstream analysis. The functional annotation was performed searching the 27,111 unigenes against the NR-Protein and the Interproscan databases. This analysis revealed 26,977 genes with homology in at least one of the Database analyzed. Furthermore, 7,774 unigenes in 142 different active biological pathways in C. balansae were identified with the KEGG database. Moreover, after in silico analyses, we detected 2,663 simple sequence repeats (SSRs) markers. A subset of 70 SSRs related to important “stress tolerance” traits based on functional annotation evidence, were selected for wet PCR-validation in C. balansae and other Cedrela species inhabiting in northwest and northeast of Argentina (C. fissilis, C. saltensis and C. angustifolia). Successful transferability was between 77% and 93% and thanks to this study, 32 polymorphic functional SSRs for all analyzed Cedrela species are now available. The gene catalog and molecular markers obtained here represent a starting point for further research, which will assist genetic breeding programs in the Cedrela genus and will contribute to identifying key populations for its preservation. Fil: Torales, Susana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Gonzalez, Sergio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Inza, María Virginia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Pomponio, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Fernández, Paula. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Acuña, Cintia Vanesa. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Zelener, Noga. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Fornes, Luis Fernando. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Tucuman-Santiago del Estero; Argentina Fil: Hopp, Horacio Esteban. Universidad de Belgrano. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Marcucci Poltri, Susana Noemí. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
- Published
- 2018
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