Tomoo Nagata, Yasuhiro Fujioka, Katsuyuki Fujimoto, Taisuke Ohtsuka, Maki Endo, Yuko Kido, Yasuyuki Yamada, Tomoyuki Sato, Masayoshi Maehata, Hiroyuki Hamaguchi, and Tsuneo Nakajima
1998年3月から2000年11月にかけて,琵琶湖南湖周辺の10市町村の琵琶湖岸,内湖,河川,水路,池など879地点を調査し,16科42属55種(亜種を含む)の魚類を採集した。オイカワ,カワムツA型,カワムツB型,タモロコ,カマツカ,ギンブナ,アユ,トウヨシノボリなどの在来種は多くの調査地点に分布していた。一方,外来種のブルーギルやオオクチバスも多くの調査地点で採集された。分布パターンを魚種で分類するためにクラスター分析を行った結果,AからDの4つのクラスターが不明瞭ながら認められ,分布パターンと地形との間に関係が認められた。オイカワやカマツカに代表されるクラスターAとタイリクバラタナゴやメダカに代表されるクラスターBの多くは,デルタ帯,扇状地帯に広く分布するが,カワムツA型やタモロコに代表されるクラスターBの一部はデルタ帯に分布しない。その一方で,カワムツB型に代表されるクラスターCは丘陵地に分布し,ブルーギル(クラスターD)はデルタ帯に分布していた。タモロコやカワムツA型などクラスターBの一部の魚種はブルーギルの影響を強く受けているものと思われた。