Search

The improvements on the next generation sequencing or high-trough output technologies allowed the discovery of several unknown viruses in grapevines and also in other plants . The most important new emerging grapevine viruses were identified as Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) and Grapevine roditis leaf discoloration virus (GRLDaV). The aim of the present study was to investigate the occurrence and characterization of these viruses in Tekirdag and Hatay viticulture production areas by PCR and DNA sequencing analyses. Totally 191 and 111 grapevine samples showing both virus-like symptoms and symptomless were collected from Tekirdağ and Hatay provinces, respectively. Among the tested samples GPGV and GSyV-1 were detected in both local and imported cultivars by the infection rate of 43.62 % and 1.04% in Tekirdağ , respectively. In Hatay provice, only GSyV-1 was detected by the infection rate of 0.9 % and all tested samples were negative for GPGV, GRBaV, GRLDaV. RT-PCR results showed that DNA fragments of 411 bp, 302 bp and 618 bp corresponding to the part of the coat protein (CP), movement protein (MP) and the replicase genes of GPGV were successfully amplified in Tekirdağ samples. All PCR products of GPGV were directly sequenced on both strands. All the nucleotide sequences of CP, MP and 5’ UTR and N-terminus of replicase genes shared the highest sequence identity with different GPGV isolates deposited in Genbank

Asma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1’in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs’ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.