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El chile manzano (Capsicum pubescens R. y P.) es un cultivo económicamente importante como producto alimenticio y farmacéutico. Es afectado por la “Marchitez”, enfermedad de la raíz que provoca la muerte descendente de la planta. El objetivo fue evaluar la variación en la respuesta al daño provocado por el complejo fúngico de la marchitez en dieciséis fenotipos de plantas de chile manzano. En 2016, se colectaron plantas con síntomas de marchitez en 10 localidades del sur del Estado de México. Se identificaron tres agentes causales, Fusarium oxysporum Schlechtendal y Rhizoctonia solani J.G.Kühn aislados en medio de cultivo PDA; y Phytophthora capsici Leonina en medio 3P. Se obtuvieron cultivos monospóricos de F. oxysporum y de punta de hifa de P. capsici y R. solani. Se midió la velocidad de crecimiento expresada en la pendiente de la curva, la esporulación en conidios mL-1 y la patogenicidad (incidencia y severidad). Se realizaron inoculaciones individuales y de las combinaciones de los patógenos en plántulas de chile manzano, en campo se inocularon 16 fenotipos, los cuales se mantuvieron bajo condiciones de invernadero y se midió la severidad. Los resultados mostraron crecimiento y esporulación diferencial en los cultivos monospóricos y punta de hifa. La correlación entre crecimiento y esporulación fue de r= -0.17. En la severidad y la incidencia se observaron diferencias altamente significativas (P≤ 0.01) entre colonias de F. oxysporum y significativas (P≤ 0.05) entre colonias de P. capsici. La correlación para severidad e incidencia fue de r= 0.11, 0.07 y -0.05 para F. oxysporum, P. capsici y R. solani respectivamente. Hubo diferencias altamente IV Alma Janeth Vallejo Gutiérrez significativas (P≤ 0.01) en severidad entre P. capsici, F. oxysporum y R. solani, y la mezcla de los mismos. Los fenotipos M1 a M7 y M10 a M16 resultaron ser susceptibles a los tres patógenos y la mezcla de los mismos, mientras que el fenotipo 8 mostró ser resistencia a F. oxysporum y R. solani; y tolerante a P. capsici; P. capsici + F. oxysporum y a P. capsici + F. oxysporum + R. solani. El fenotipo 9 solo fue resistente a F. oxysporum. En conclusión tres patógenos son los responsables de la marchitez y exhiben en sus colonias grado diferencial en crecimiento, esporulación y patogenicidad. P. capsici es el patógeno que ocasiona la muerte de las plantas de chile manzano en menor tiempo, el fenotipo 8 es una fuente de resistencia genética importante para el control de la marchitez.