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Introducción: este artículo pretende estudiar las medidas tomadas en las epidemias de viruela de Santiago (1787), Concepción (1789) y Santafé (1782/1802), para compararlas y entender cómo el estudio de estas epidemias nos puede dar luces para el abordaje del reto de salud pública actual: la pandemia de covid-19. Desarrollo: el artículo está dividido en tres partes: en la primera se exponen las medidas de higiene que se tomaron para subsanar y prevenir estas epidemias, previas a la llegada de la vacunación, comparando el rol desempeñado por los actores locales en cada región; en la segunda se relata y se compara el proceso de llegada y búsqueda de la vacuna contra la viruela en cada territorio, y en la tercera se reflexiona brevemente sobre la pandemia actual. Conclusiones: en el análisis comparativo, se destaca la manera en la que la agenda transcolonial incluye una serie de similitudes para su aplicación en cada territorio, pero también las diferencias que los procesos locales y transcoloniales plantean para su domesticación en cada uno de ellos. Además, se resaltan las particularidades que ha tenido la pandemia de covid-19 y las lecciones que este estudio de caso deja para pensar en la necesidad de enfrentarla desde una perspectiva global.