Introducción : las enfermedades mucosinequiantes afectan piel y mucosas con lesiones vesículo-ampollar generalmente bilaterales y autoinmunes, distorsionan la anatomía de la conjuntiva, párpados y vías lagrimales, y conducen a queratoconjuntivitis seca. El Síndrome de Stevens-Johnson se considera una de ellas. Objetivo: presentar una opción de tratamiento en las complicaciones oftalmológicas tardías de las enfermedades mucosinequiantes. Presentación del caso: paciente masculino de 45 años que refiere lagrimeo y sensación de cuerpo extraño en ambos ojos con diagnóstico de complicaciones oftalmológicas tardías del Síndrome de Stevens-Johnson: Triquiasis, distiquiasis, blefaritis, vascularización corneal, leucoma corneal y queratoconjuntivitis seca. Se realizó exéresis de la lamela posterior del párpado superior e inferior de ambos ojos y se colocó injerto de mucosa bucal en ojo derecho (OD) y de membrana amniótica en ojo izquierdo (OI) como tratamiento quirúrgico. Se indicó tratamiento médico con lágrimas artificiales y ungüento oftálmico; se logró una evolución satisfactoria del paciente. Conclusión: el transplante de mucosa labial y membrana amniótica son opciones en el tratamiento de las complicaciones de las enfermedades mucosinequiantes donde existe gran deterioro de la conjuntiva, ya que por ser bilateral no es posible utilizar injertos autólogos. Palabras clave: Eritema multiforme, Síndrome de Stevens-Johnson, complicaciones oftalmológicas, tratamiento, membrana amniótica, injerto autólogo.