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A avicultura de postura alternativa é um dos mercados com maior potencial de crescimento e a agricultura familiar, onde está inserida a produção alternativa de ovos, é responsável por mais de 70% dos alimentos que chegam à mesa dos brasileiros. Na avicultura alternativa de postura, são utilizadas linhagens de galinhas caipiras criadas com acesso a pasto ou piquetes. Umas das principais vantagens deste sistema, é que ao final do ciclo de postura dessas aves, elas podem ser abatidas com peso corporal superior às aves de postura comerciais. Porém, ainda não existem muitos estudos no sentido de selecionar e estudar linhagens brasileiras caipiras para postura dentro dos programas de melhoramento genético de aves. O objetivo deste trabalho foi analisar os dados de produção e qualidade de ovos de 732 aves de linhagens caipiras, por meio de modelos de regressão e multivariados, para estimar componentes de variância e realizar uma avaliação genética das linhagens Caipirinha, Caipirão e Azul da ESALQ, 7P, Carijó Barbada, Baianinha, Perna Longa e Sooho. Medidas repetidas ao longo do tempo ou dados longitudinais são como regra dentro dos estudos com melhoramento genético, e dentre algumas das classes de métodos mais adequados para estes estudos, temos a classe não paramétrica, que usa funções de covariância baseadas em funções flexíveis como os polinômios por exemplo, o que vai gerar o método de regressão aleatória (RRM). Os RRM são utilizados quando se deseja modelar a forma ou trajetória de observações que foram realizadas ao longo do tempo (dados longitudinais). Como o avanço científico, cada vez mais características de interesse dentro da avicultura de postura têm sido consideradas relevantes, o que faz com que a estatística multivariada tenha certas limitações ao analisar todas essas características, criando modelos muito complexos, de difícil interpretação e também obtendo um ganho genético menor, já que esse ganho é reduzido à medida que se aumenta a quantidade de características em um índice de seleção. Uma alternativa para solucionar esse impasse é a utilização de metodologias multivariadas, como a análise fatorial exploratória (AFE), que permitam que se identifique um pequeno grupo de variáveis que possam analisar um grande número de características. O modelo de regressão aleatória utilizando polinômios de Legendre de 2a ordem se ajustou bem aos dados de produção de ovos de galinhas caipiras, descrevendo bem a curva de produção ao longo das idades de 120 a 456 dias das aves. A herdabilidade apresentou comportamento decrescente inicialmente ao longo da trajetória das idades, enquanto que as variâncias genética aditiva e de ambiente permanente apresentaram o mesmo comportamento no início, mas ao longo do tempo voltaram a crescer. A linha Caipirinha da ESALQ foi a que apresentou os melhores valores genéticos estimados (EBV). A análise fatorial exploratória utilizando dados de valores genéticos estimados para as características de produção e qualidade de ovos com dois fatores apresentou uma melhor explicação das porcentagens das variâncias que ocorrem 7 nas variáveis originais deste estudo quando comparada com a AFE com dados fenotípicos, mostrando que o fator genético dá mais importância para uma maior quantidade de características. A variável altura de albúmen não apresentou importância neste estudo na composição de nenhum dos fatores. No final da análise, das 7 variáveis iniciais, apenas 6 foram importantes para compor as dois fatores da AFE, sendo elas produção de ovos, idade ao primeiro ovo, espessura de casca, peso da gema, peso da casca e peso do ovo, sendo que altura de albúmen não apresentou relevância para compor nenhum dos fatores. Alternative egg production is one of the markets with the greatest growth potential and family farming, where alternative egg production is inserted, is responsible for more than 70% of the food that reaches the Brazilian table. In alternative laying poultry, strains of free-range chickens raised with access to pasture or paddocks are used. One of the main advantages of this system is that at the end of the laying cycle of these birds, they can be slaughtered with higher body weight than commercial laying birds. However, there are still not many studies in the sense of selecting and studying Brazilian redneck lines for laying within the poultry genetic improvement programs. The objective of this work was to analyze data on production and egg quality of 732 free-range strains, using regression and multivariate models, to estimate variance components and carry out a genetic evaluation of the Caipirinha, Caipirão and Azul strains from ESALQ, 7P, Carijó Barbada, Baianinha, Long Leg and Sooho. Repeated measurements over time or longitudinal data are as a rule within studies with genetic improvement, and among some of the most suitable classes of methods for these studies, we have the nonparametric class, which uses covariance functions based on flexible functions such as polynomials for example, what will generate the random regression method (RRM). RRMs are used when you want to model the shape or trajectory of observations that have been carried out over time (longitudinal data). As scientific advances, more and more characteristics of interest within the poultry industry have been considered relevant, which makes multivariate statistics have certain limitations when analyzing all these characteristics, creating very complex models, difficult to interpret and also obtaining a lower genetic gain, as this gain is reduced as the number of traits in a selection index increases. An alternative to solve this impasse is the use of multivariate methodologies, such as exploratory factor analysis (EFA), which allow the identification of a small group of variables that can analyze a large number of characteristics. The random regression model using 2nd order Legendre polynomials fitted well to the egg production data of free-range hens, describing well the production curve over the ages of 120 to 456 days of the birds. Heritability showed a decreasing behavior initially along the trajectory of the ages, while the additive genetic and permanent environment variances showed the same behavior at the beginning, but over time they increased again. ESALQ\'s Caipirinha line presented the best estimated genetic values (EBV). Exploratory factor analysis using estimated breeding value data for egg production and egg quality traits with two factors presented a better explanation of the percentages of variances that occur 7 in the original variables of this study when compared with the AFE with phenotypic data, showing that the Genetic factor gives more importance to a greater amount of traits. The albumen height variable was not important in this study in the composition of any of the factors. At the end of the analysis, of the 7 initial variables, only 6 were important to compose the two EFA factors, namely egg production, age at first egg, shell thickness, yolk weight, shell weight and egg weight, being which albumen height was not relevant to compose any of the factors.

Large-scale envirotyping (environmental + typing) or simply enviromics, is an emerging field of data science, applied both in agronomic research and plant breeding. This \"omics\" consists of gathering and processing reliable environmental information, respecting the crop-specific ecophysiology aspects, then for further integration of this data into quantitative genetics and prediction-based breeding. However, most of the current prediction-based platforms are based on genotype-phenotype relationships (i.e., the phenotype-genotype association enabled by whole-genome markers), in which the state-of-art of this approach in the context of predictive breeding is so-called genomic selection or prediction (GP). Despite the success of its use in preliminary breeding stages, mostly conducted under restricted environmental variations (e.g., few number of environments or a single environment), the occurrence of low accuracy values are still a reality under multiple environmental conditions, in which is detected the presence of the so-called \"genotype by environment interaction\" (G×E). On the other hand, knowledge of crop ecophysiology can be the alternative to boost the accuracy of GP under G×E. This environmental variation shapes genotype-specific phenotypic responses to a given gradient of soil, climate and management factors i.e., the reaction norm. In this thesis, we conducted three studies aimed to investigate the use of GP enviromics under G×E scenarios, using for this the grain yield of two datasets of tropical maize hybrids. The first study of this thesis involves the development of the first open-source software dedicated to envirotyping in genomic prediction. In this study, we elucidate the use of remote sensing to popularize the use of envirotyping, as well as aspects of ecophysiology useful to understand and define the concepts of \'environment\', \'enviromics\' and \'envirotyping\'. In the second chapter, we verify the accuracy gains acquired by the adoption of non-linear kernels (Gaussian Kernel, GK; Deep Kernel, DK) for modeling non-additive effects (e.g., dominance and envirotyping-enabled reaction-norms) using the traditional GBLUP (genomic best linear unbiased predictor) as a reference method. Our results suggest that non-linear kernels (GK and DK) are the best alternative to model non-additive and reaction norm effects. The adoption of GK or DK reduced the computational time in running the models, as well as increased the accuracy to predict complex G×E interactions (variations in the rank of genotypes across environments). Finally, we observe that the use of GK or DK for modeling non-additive effects is critical to expand GP\'s resolve to predict the interaction of a particular maize hybrid across multiple environments. Finally, in the third chapter we propose the concept of \'envirotype marker\', developed by reconciling classical concepts of ecophysiology (Shelford\'s Law) and characterization of the environmental typology (i.e., frequency of occurrence of qualitative classes of environmental factors over time and over time. space). The approach was exemplified with two case studies covering the hypothetical use of GP under evaluation trials in maize hybrids in different environments. The combined use of enviromics and genomics made it possible to design a prediction platform (called E-GP) that reconciles selective phenotyping (reduction of training populations for GP) and prediction of future scenarios (i.e., unknown G×E). We observed that the increase in phenotypic information in various environments does not always correspond to the increase in the accuracy of GP. Therefore, the representativeness of each hybrid under evaluation at the experimental network (most representative genotypes, evaluated in \"key\" environments) is more important than the number of genotypes and environments considered for training GP. Through E-GP together with genetic algorithms, we were able to select the most representative G×E combinations, which directly reflected in a drastic reduction in the size of the experimental network, reconciling increased accuracy. Finally, we found that GBLUP without any envirotyping information is inefficient in predicting the phenotypic plasticity of maize hybrids under multiple environments and unknown G×E. With E-GP it was possible to screen the best hybrids, in terms of phenotypic plasticity, using reduced phenotypic information and supplemented by the wide use of genomics and enviromics. Such results allow us to envision smart approaches to climate, involving the drastic reduction of field-testing efforts as the conscious use of enviromics (and envirotyping) combined with genomics increases. A tipagem de ambientes em larga escala, ou simplesmente a envirômica, é um campo emergente de ciência de dados, tanto na pesquisa agrícola como nas rotinas de programas de melhoramento. Esta \"omica\" consiste em reunir e processar informações ambientais, respeitando a ecofisiologia do cultivo para, por fim, integrá-las na genômica quantitativa e na seleção baseada em modelos preditivos. No entanto, a maioria das atuais plataformas baseadas em predição aplicáveis ao melhoramento de plantas são baseadas nas relações genótipo-fenótipo, isto é; na modelagem a variação fenotípica em função da variação genômica caracterizada por marcadores moleculares, na qual o estado da arte é denominado por seleção ou predição genômica (GP). Apesar do sucesso de seu uso em estágios preliminares de melhoramento, sob condições restritas variações ambientais (p.ex: poucos ambientes ou um único ambiente), baixas acurácias ainda são observadas sob múltiplas condições ambientais, na presença de \"interação genótipo por ambiente\" (G×E). Por outro lado, o conhecimento da ecofisiologia dos cultivos pode ser a alternativa para impulsionar aumentar a acurácia da GP sob G×E. Esta variação ambiental molda respostas fenotípicas específicas de cada genótipo a um dado gradiente de fatores de solo, clima e manejo isto é, a norma de reação. Nesta tese, buscamos estudar esses aspectos, através da realização de três estudos voltados para o uso de envirômica com GP sob cenários de G×E, usando para isso o rendimento de grãos de dois conjuntos de dados de híbridos de milho tropical. O primeiro estudo desta tese envolve o desenvolvimento do primeiro software de código aberto dedicado a ambitipagem (tradução proposta para o termo envirotyping) em predição genômica. Neste estudo, elucidamos o uso de sensoriamento remoto para popularizar o uso da ambitipagem, assim como aspectos de ecofisiologia úteis para compreender e definir os conceitos de \'ambiente\', \'envirômica\' e \'ambitipagem\'. No segundo capítulo, verificamos os ganhos de acurácia adquiridos pela adoção de kernels não lineares (Gaussian Kernel, GK; Deep Kernel, DK) para modelagem de efeitos não-aditivos (p.ex: dominância e ambitipagem), usando o tradicional GBLUP (genomic best linear unbiased predictor) como método de referência. Nossos resultados sugerem que os kernels não lineares (GK e DK) são a melhor alternativa para modelar efeitos não-aditivos e de norma de reação. A adoção de GK ou DK reduziu o tempo computacional na execução dos modelos, como também aumentou a precisão para prever interações G×E complexas/cruzadas (variações no rank dos genótipos através dos ambientes). Por fim, observamos que o uso de GK ou DK para modelagem de efeitos não-aditivos é fundamental para expandir a resolução da GP em predizer a interação de um hibrido de milho particular através de múltiplos ambientes. Finalmente, no terceiro capítulo propomos o conceito de \"marcador qualitativo de ambiente\", desenvolvido conciliando conceitos clássicos de ecofisiologia (Lei de Shelford) e caracterização da tipologia ambiental (isto é, frequência de ocorrência de classes qualitativas de fatores ambientais através do tempo e do espaço). A abordagem foi exemplificada com dois estudos de caso abrangendo o uso hipotético de GP sob ensaios de avaliação de em híbridos de milho em diversos ambientes. O uso combinado de envirômica e genômica possibilitou conceber uma plataforma de predição (denominada E-GP) que concilia fenotipagem seletiva (redução das populações de treinamento para GP) e predição de cenários futuros (isto é, G×E desconhecidas). Observamos que o aumento de informações fenotípicas em vários ambientes nem sempre corresponde ao aumento de acurácia da GP. Portanto, a representatividade da rede de avaliação de híbridos (genótipos mais representativos, avaliados nos ambientes \"chave\") é mais importante que o número de genótipos e ambientes considerados. Através de E-GP juntamente a algoritmos genéticos, fomos capazes de selecionar as combinações G×E mais representativas, o que refletiu diretamente em uma redução drástica do tamanho da rede experimental, conciliando aumento de acurácia. Por fim, constatamos que o GBLUP sem nenhuma informação de ambitipagem é ineficiente em predizer a plasticidade fenotípica dos híbridos de milho sob múltiplos ambientes e G×E desconhecida. Com E-GP foi possível realizar uma triagem dos melhores híbridos, em termos de plasticidade fenotípica, usando reduzidas informações fenotípicas e suplementadas pelo amplo uso de genômica e envirômica. Tais resultados permitem vislumbrar abordagens inteligentes para o clima, envolvendo a redução drástica dos esforços de testes de campo à medida que aumenta o uso consciente de envirômica (e ambitipagem) combinada com genômica.

The bovine milk fatty acid (FA) profile is one of the most complex and unique among terrestrial mammals. Its composition is extremely variable and depends on factors such as the source of the diet, the physiological state of the animal, and a fraction attributed to the genetic component. FA is mainly synthesized by the new synthesis that occurs in the mammary gland or derived from the ruminal biohydrogenation process. Recently, efforts have been made in an attempt to elucidate the main mechanisms associated with their metabolic pathways. In addition, the FA profile has been investigated as a biomarker for heat stress due to the great influence of diet on its composition. Most of these studies are carried out by analyzing genetic parameter estimation, genome-wide association study (GWAS), and in a complementary tool with enrichment analysis. However, little has been explored on approaches that can assess quantitative characteristics in a multivariate method. In this context, two studies were conducted using different strategies and objectives. The objective of this study was to estimate the genetic parameters for FA under conditions of thermal stress (decline) and without thermal stress (intercept), subsequently to compare genomic values between rankings (intercept and decline). Records of test-day milk of 7 FA (saturated FA - SFA, unsaturated FA - UFA, monounsaturated fatty acid - MUFA, polyunsaturated FA - PUFA, palmitic FA - C16:0, oleic FA - C18:0, and stearic FA - C18:1) were used in genetic analysis. The components of variance were obtained using a repeatability model with random regression of a THI function (temperature and humidity index). Saturated FA (saturated and C16:0) showed lower estimates of heritability under thermal stress conditions. C18:1 showed greater sensitivity to heat under conditions of thermal stress. Correlations between the rankings of genomic genetic values ranged from -0.27 to 0.99. Our results demonstrated an opportunity to investigate new biomarkers and improve selection processes for thermotolerance. In experiment 2, the objective was to adjust latent variables (unobservable variable) and predict factor scores to use them as a phenotype in the estimation of genetic parameters, GWAS, and enrichment analysis. The adjustments were obtained through confirmatory factor analysis (multivariate method) whose main objective is to reduce the size of the data. The set of observable variables that obtained the best fit in the model were SAT, POLI, C18: 0, and C18:1. These variables were combined into a factor that represented 3 stages of lactation (40-60; 160-180; 250-270), based on fixed intervals in days in milk (DIM) and later, were merged to represent lactation order (1 to 3) used in genetic analysis. The heritability estimates for latent variables were low (0.07 to 0.11). From the GWAS results, 11 candidate genes (PLD1, TM6SF2, NUDT7, LIPT1, AKPA1, APOH, RPGRIP1L, FTO, GMDS, ALDH3B1, and PC) were located on 9 chromosomes, mostly including genes that have not yet been discussed in the literature. In the enrichment analysis, functional terms were revealed including fatty acid synthesis, triacylglycerol synthesis, and lipid and lipoprotein metabolism. Overall, our study contributed as a design for further studies and to improve the knowledge base on the genetic mechanisms underlying the composition of FA. O perfil de ácidos graxos do leite (AGL) bovino é um dos mais complexos e únicos entre mamíferos terrestres. A sua composição é extremamente variável e dependente de fatores como fonte da dieta, estado fisiológico do animal e uma fração atribuída ao componente genético. AGL são principalmente sintetizados pela de novo síntese que ocorre na glândula mamária ou derivados do processo de biohidrogrenação ruminal. Recentemente, esforços têm sido realizados na tentativa de elucidar os principais mecanismos associados às suas vias metabólicas. Além disso, o perfil de AGL tem sido investigado como biomarcador para o estresse térmico devido a grande influência da dieta na sua composição. Esses estudos são realizados na sua maioria pela análise de estimação de parâmetros genéticos, associação genômica ampla (GWAS) e de forma complementar com análise de enriquecimento. No entanto, pouco ainda tem sido explorado sobre abordagens que possam avaliar características quantitativas de forma multivariada. Neste contexto, foram conduzidos dois estudos utilizando estratégias e objetivos diferentes. Objetivou-se, no 1 estudo, estimar os parâmetros genéticos para AGL sob condições de estresse térmico (declínio) e sem estresse térmico (intercepto), posteriormente, comparar valores genômicos entre rankings (intercepto e declínio). Dados de produção de 7 AGL (AGL saturado - SAT, ALG insaturado - INSAT, ácido graxo monoinsaturado - MONO, AGL poliinsaturado - POLI, AGL palmítico - C16:0, AGL oleico - C18:0, e AGL esteárico - C18:1) foram utilizados nas análises genéticas. Os componentes de variância foram obtidos por meio de um modelo de repetibilidade com regressão aleatória de uma função de THI (índice de temperatura e umidade). AGL saturados (saturado e C16:0) apresentaram menores estimativas de herdabilidade sobre condições de estresse térmico. C18:1 apresentou maior sensibilidade ao calor em condições de estresse térmico. Correlações entre os rankings de valores genéticos gnômicos variaram entre -0.27 a 0.99. Nossos resultados demonstraram uma oportunidade para investigar novos biomarcadores e melhorar os processos seletivos para termotolerância. No experimento 2, objetivou-se ajustar variáveis latentes (variável não observável) e predizer fator scores para utilizá-las como fenótipo na estimação de parâmetros genéticos, GWAS e análise de enriquecimento. Os ajustes foram obtidos por meio de uma análise fatorial confirmatória (método multivariado) que tem como principal objetivo reduzir a dimensão dos dados. O conjunto de variáveis observáveis que obtiveram melhor ajuste no modelo foram SAT, POLI, C18:0 e C18:1. Essas variáveis foram combinadas em um fator que representou 3 estágios de lactação (início: 40-60; meio: 160-180; final: 250- 270), baseados em intervalos fixos em dias em lactação (DEL) e posteriormente, foram combinadas para representar ordens de parto (1-3) utilizadas nas análises genéticas. As estimativas de herdabilidades para variáveis latentes foram de baixa magnitude (0,07 a 0,11). Dos resultados de GWAS, 11 genes candidatos genes (PLD1, TM6SF2, NUDT7, LIPT1, AKPA1, APOH, RPGRIP1L, FTO, GMDS, ALDH3B1, e PC) foram localizados em 9 cromossomos, incluindo na sua maioria genes que ainda não foram discutidos na literatura. Na análise de enriquecimento, foram revelados termos funcionais incluindo síntese de ácidos graxos, síntese do triglicerol e metabolismo de lipídeos e lipoproteínas. No geral, nosso estudo contribuiu como molde para novos estudos e para melhorar a base de conhecimento sobre os mecanismos genéticos subjacente à composição de AGL.

Traditional animal breeding programs have considerably modified chicken production in Brazil. However, the intensive selection process over the years brought negative consequences in poultry production, such as increased of the abdominal fat deposition, resulting in difficulties in the industrial processing and depreciation of the final product. In recent years, technological advances in molecular genetics and bioinformatics fields have made genomic selection (GS), using molecular markers (Single Nucleotide Polymorphisms - SNP), and more recently the whole-genome sequencing (WGS), an important tool to increase the genetic gain in animal breeding, especially for complex traits and traits which are difficult to measure. The aims of this work were to estimate the genetic values and compare the genomic predictions using a high-density SNP panel (HD - 600K) and whole-genome sequencing (WGS) dataset through different marker densities. Organs (heart, liver, gizzard and lungs) and carcass (breast, thigh, drumstick) information of 2,000 animals derived from a TT broiler line belonging to the Animal Breeding Program from Embrapa Swine and Poultry were used in further analysis. Subsequently, genomic predictions were performed using pedigree- based BLUP (PBLUP), single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and BayesC models using various densities of SNP and variants imputed from whole-genome sequence. Genomic predictions were better when the genomic information was added in the analyses. However, our results showed no benefit of using WGS data compared to HD array data when ssGBLUP or BayesC approaches were applied. Besides that, the use of array data with lower densities (~74.000 SNPs can provide significant results at a low cost. O melhoramento genético modificou consideravelmente a produção de frango no Brasil e no mundo. No entanto, o intensivo processo de seleção ao longo dos anos trouxe consequências negativas em aves, como por exemplo, o aumento na deposição de gordura abdominal nos animais, resultando em dificuldades de processamento e depreciação do produto final. Nos últimos anos, os avanços tecnológicos nas áreas de genética molecular e bioinformática fizeram com que a seleção genômica (SG) com o uso de marcadores moleculares (Single Nucleotide Polymorphisms - SNP), e mais recentemente o sequenciamento completo do genoma (Whole-Genomic Sequencing- WGS), se tornasse uma importante ferramenta para aumentar o ganho genético no melhoramento animal, especialmente para características complexas e de difícil mensuração. Os objetivos deste trabalho foram estimar os valores genéticos e comparar as predições genômicas utilizando provenientes de um painel de SNP de alta densidade (HD - 600K) e de dados do sequenciamento completo do genoma (WGS), por meio de diferentes densidades de marcadores. Foram utilizadas informações de órgãos (coração, fígado, moela e pulmões) e carcaça (peito, coxa, sobrecoxa) de 2.000 aves provenientes da população referência TT pertencente ao Programa de Melhoramento Genético de Aves da EMBRAPA Suínos e Aves. Posteriormente, as predições genômicas foram realizadas utilizando os modelos PBLUP (Pedigree-Based BLUP), ssGBLUP (single-step Genomic BLUP) e BayesC em várias densidades de SNP e variantes imputadas a partir da sequência do genoma completo. As predições genômicas foram melhores quando as informações genômicas foram adicionadas nas análises. No entanto, nossos resultados não mostraram nenhum benefício no uso de dados WGS em comparação aos dados do HD quando as abordagens ssGBLUP ou BayesC foram aplicadas. Além disso, o uso de um painel de baixa densidade (~74.000 SNPs) pode fornecer resultados significativos a um baixo custo.

Esta dissertação foi dividida em dois capítulos. No primeiro capítulo objetivou-se estudar a adequação da distribuição Weibull para analisar dados de tempo até o peso de abate das linhagens nacionais de frangos caipiras, Caipirão e Caipirinha ESALQ e, consequentemente, estimar o tempo mediano, em dias, que as aves levam para atingir o peso de abate (PA). No segundo capítulo objetivou-se utilizar um modelo de regressão Weibull com efeito aleatório do pai e estimar a herdabilidade dos tempos até o peso de abate dos frangos. O arquivo de dados continha registros de 122 frangos machos. Os animais que morreram ou permaneceram no estudo sem atingir o evento de interesse por mais de 91 dias de idade foram considerados censurados (39,34% do total da população). Os animais que morreram ou permaneceram no estudo sem atingir o evento de interesse por mais de 91 dias de idade foram considerados censurados (39,34% do total da população). O método de Kaplan-Meier permitiu estimar a função de sobrevivência dos tempos em dias em que as aves de linhagens nacionais caipiras Caipirão e Caipirinha ESALQ atingiram o peso de abate de 2,6kg. Os tempos foram 63, 70, 77, 84 e 91 dias de vida. O tempo mediano foi aos 84 dias. A distribuição Weibull apresentou adequação para descrição dos dados de sobrevivência das aves. O efeito da eficiência alimentar foi significativo (p

A mastite é uma das doenças mais prevalentes e de maior impacto a cadeia do leite. Apesar da mastite subclínica não apresentar sintomas aparentes é responsável pela redução na produção, qualidade, rendimento industrial e tempo de prateleira do leite. A CCS do tanque (CCST) tem sido utilizada como indicador do número de vacas infectadas nos rebanhos, entretanto indicadores calculados a partir da CCS individual, como a prevalência, refletem com maior precisão a situação dos rebanhos frente a mastite subclínica. Dessa forma, os objetivos desse estudo foram estimar a prevalência (%) em grande população de rebanhos brasileiros, analisar os efeitos do tamanho dos rebanhos, estações do ano e CCST sobre esse indicador e o impacto na produção e composição do leite. Para isso, foram analisados 7213 testes diários (TD) de 860 rebanhos brasileiros que enviaram amostras para a \"Clínica do Leite\", no período entre janeiro de 2016 e maio de 2018. A prevalência (%) foi definida como o número de vacas com CCS >= 200 mil céls/mL, dividido pelo número de vacas em lactação do rebanho. Para analisar os efeitos do tamanho dos rebanhos, estações do ano e CCST sobre a prevalência e a CCST, essas variáveis foram comparadas dentro das diferentes categorias de tamanho de rebanho, estação do ano e contagem de células somáticas do tanque. Foram compiladas as variáveis CCS individual das vacas (mil céls/mL), número de vacas do rebanho, CCS do tanque (CCST) (mil céls/mL), produção média do rebanho (L/vaca/dia) e os constituintes do leite do tanque: gordura (%), proteína (%), caseína (%), lactose (%), extrato seco total (EST) (%) e nitrogênio ureico do leite (NUL) (mg/dL) para analisar o efeito da prevalência sobre a produção e componentes do leite. Os rebanhos foram categorizados quanto a prevalência e realizadas análises descritivas e de comparação de médias. Análises de regressão foram empregadas para estudar os efeitos quantitativos da prevalência sobre a composição e produção do leite. Para avaliar o grau de associação entre as variáveis de forma conjunta, foi utilizada a análise de correspondência multivariada. A média da prevalência no período estudado foi de 46,95% (860 rebanhos) e a mediana da CCST de 388 mil céls/mL (620 rebanhos). Tanto a prevalência como a CCST foram maiores no verão e outono (estações mais quentes e úmidas). Em rebanhos com baixa CCST (

Breeding has been the mainly responsible for the increase of poultry efficiency in the last decades. The breeding programs are geared towards higher meat yield and feed efficiency. Among the used genomic approaches, genome wide association studies (GWAS) identified quantitative trait loci (QTLs) associated with carcass traits in a meat-type population (TT Reference Population). GWAS analysis identifies variants in linkage disequilibrium with the possible causal mutation and with the aim of refining these results, association study with missense single nucleotide polymorphisms can be useful. A missense SNP can be predicted as deleterious via Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT) score when the amino acid change has the potential to impact the protein function and consequently may affects the phenotype. Therefore, in this study, predicted deleterious SNPs within QTLs regions were identified and associated with thigh, drumstick, abdominal fat and breast weight and their yields. Mixed model was used with sex, incubation and SNPs genotypes as fixed effects and family as random effect. From the 20 SNPs analyzed, six were significantly associated (p

A mastite subclínica (MS) é a doença mais prevalente em rebanhos leiteiros e pode ser identificada pela contagem de células somáticas (CCS) individual das vacas. A partir disso, indicadores podem ser calculados como, por exemplo, prevalência e incidência. A prevalência diz respeito à proporção do rebanho infectada em determinado momento, enquanto que a incidência estima a taxa de novas infecções intramamárias ao longo do tempo. Altos valores de prevalência e incidência acabam resultando em elevada CCS do tanque de resfriamento (CCST), que por consequência leva a penalizações oriundas dos programas de pagamento por qualidade do leite (PPQL). Desta forma, estimar os valores atuais de prevalência e incidência de MS relacionados com valores futuros de CCST e as perdas financeiras oriundas dos PPQLs se torna importante para estimular a melhoria da qualidade do leite produzido no Brasil. Portando, o objetivo deste trabalho é estimar os indicadores epidemiológicos de MS em rebanhos leiteiros brasileiros, além prever a CCST relacionando-a as perdas financeiras devidas ao PPQL. Para isso, foram utilizados dois bancos de dados, sendo o primeiro com dados de CCS individual de vacas para estimação da prevalência e incidência de MS, e o segundo com dados de CCST para a previsão e cálculo de perdas financeiras devido ao PPQL. Como análise estatística, foi utilizado o modelo linear generalizado misto para comparar a prevalência e incidência de MS entre anos, regiões, tamanho de rebanhos e categorias de número de testes enviados durante o período de estudo, além de modelos de séries temporais para previsão da CCST e regressão linear múltipla para prever a probabilidade de mudança de classe de pagamento por qualidade do leite do PPQL. Os resultados encontrados indicam que, ambos, prevalência e incidência de MS permaneceram elevados e com leve tendência de aumento ao longo dos anos estudados, sendo que não houve diferenças entre regiões e tamanho de rebanhos. Por outro lado, rebanhos que realizaram mais testes ao longo do período estudado apresentaram menor prevalência, mostrando a importância da análise rotineira de CCS individual. Para CCST, os valores tem se mantido altos nos recentes anos e sem tendência de melhora. A probabilidade de mudança de classe foi fortemente afetada pela média e desvio padrão de CCST para as classes 1 e 2 (1.000 a 200.000 e 201.000 a 400.000 céls/mL, respectivamente). Os modelos de séries temporais indicaram que em algum ponto do ano, as fazendas não podiam permanecer na sua classe atual do PPQL e acumulavam perdas financeiras. Por fim, este estudo permite concluir que prevalência e incidência de MS estão elevadas e não melhoram ao longo dos anos, sendo que isto acaba elevando os valores de CCST. Além disso, existem perdas financeiras em todas as classes do PPQL, mostrando que os produtores não tem sido eficientes em captar a bonificação máxima dos PPQLs. Por isso, o desenvolvimento de programas de qualidade do leite deve ser uma prioridade em busca da melhoria da qualidade do leite de rebanhos brasileiros. Subclinical mastitis (SM) is the most prevalent disease in dairy herds and can be identified by individual somatic cell counts (SCC) of cows. From this, indicators can be calculated as, for example, prevalence and incidence. Prevalence refers to the number of infected cows in a herd at a given time, while the incidence estimates the rate of new intramammary infections over time. High prevalence and incidence values result in high bulk tank SCC (BTSCC), which consequently leads to penalties from payment programs based on milk quality (PPBMQ). In this way, estimating current values of prevalence and incidence of SM related to future values of BTSCC and financial losses from PPBMQs becomes important to stimulate the improvement of the quality of milk produced in Brazil. Therefore, the objective of this study is to estimate the epidemiological indicators of SM in Brazilian dairy herds, besides to predicting the BTSCC and relating it to the financial losses due to the PPBMQ. For this, two databases were used, the first one with individual SCC data from cows to estimate the prevalence and incidence of SM, and the second with BTSCC data for prediction and calculation of financial losses due to PPBMQ. For statistical analysis, the mixed generalized linear model was used to compare the prevalence and incidence of SM between years, regions, herd size and number of test-day categories sent during the studied period, as well as time series models for prediction of BTSCC and multiple linear regressions to predict the probability of changing the current payment class for milk quality. The results indicate that both prevalence and incidence of SM remained high and with a slight tendency to increase over the years studied, and there were no differences between regions and herd sizes. On the other hand, herds that performed more test-day during the studied period presented a lower prevalence, showing the importance of the routine analysis of individual SCC. For BTSCC, values have remained high in recent years and no trend for improvement. The probability of class change was strongly affected by the mean and standard deviation of BTSCC for classes 1 and 2 (1,000 to 200,000 and 201,000 to 400,000 cells/mL, respectively). Time series models indicated that at some point of the year, farms could not remain in their current class and accumulated financial losses due to PPBMQ. Finally, this study allows to conclude that the prevalence and incidence of SM are high and do not improve over the years, and this ends up increasing the BTSCC values. In addition, there are financial losses in all classes of PPBMQ, showing that producers have not been efficient in capturing the maximum PPBMQs bonus. Therefore, the development of milk quality programs should be a priority in order to improve the quality of milk from Brazilian herds.

A raça Holandesa apresenta alto rendimento na produção de leite, por isto, diversos países têm optado pela importação de sêmen para substituir as raças leiteiras locais. Esta estratégia seria eficaz se o sêmen importado fosse utilizado nas mesmas circunstâncias em que foram selecionados. Caso exista interação genótipo ambiente significativa, é esperada uma nova classificação dos touros, porém se o efeito da interação genótipo ambiente não é levada em consideração, os valores genéticos preditos (EBVs) podem ser tendenciosos, reduzindo a resposta de seleção. Diante disso, os objetivos deste trabalho foram comparar modelos de diferentes ordens de ajuste por meio de funções polinomiais de Legendre, utilizando modelos de regressão aleatória e estimar os coeficientes de herdabilidade para os teores de gordura, proteína, ácido graxo saturado, ácido graxo insaturado, e produção de leite. Além de estimar o valor genético dos animais, sob a interferência do estresse térmico. Foram utilizadas informações fenotípicas coletadas mensalmente ao longo da lactação e modelos com polinômios ortogonais de Legendre de primeira a sexta ordem, para verificar a interferência de estresse térmico, foram utilizadas informações de temperatura e umidade do dia de coleta. Os modelos que melhor se ajustaram foram os de primeira e segunda ordem. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,02 a 0,52 para teor de gordura; de 0,03 a 0,63 para teor de proteína; de 0,05 a 0,63 para ácido graxo saturado; de 0,019 a 0,364 para ácido graxo insaturado e de 0,133 a 0,390 para produção de leite nos diferentes modelos estudados. As estimativas de valores genéticos variaram de -0,5 a 0,5 em ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para o teor de gordura; de -0,4 a 0,4 para ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para o teor de proteína; de -0,3 a 0,3 em ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para ácido graxo saturado; de -0,1 a 0,1 em ambiente sem estresse térmico e de -0,1 a 0,1 em ambiente com estresse térmico para ácido graxo insaturado e de - 6 a 6 em ambiente sem estresse térmico e de -2 e 2 em ambiente com estresse térmico para produção de leite. De acordo com os resultados, as herdabilidades indicam que o teor de gordura, proteína, ácido graxo saturado produção de leite podem ser utilizados como critério de seleção. Com o uso de informações de temperatura e umidade do ar, foi possível verificar a presença de interação genótipo ambiente para teor de gordura, proteína, ácido graxo saturado e produção de leite aos 205 dias em lactação. Due to the high milk production of Holstein cattle, many countries have chosen to import semen to replace local dairy breeds. This strategy would be effective if these semen was used in the same circumstances in which they were selected. However, if there is significant genotype environment interaction, it is expected a new bulls ranking, but if the effect of genotype environment interaction is not considered, the estimated breeding values (EBVs) may be tendentious, reducing the selection response. The objectives of this study were estimate breeding value under heat stress and heritability coefficients, and also to compare models of different adjustment orders through Legendre polynomials, using random regression models for fat, protein, saturated fatty acid, unsaturated fatty acid and milk production. There were used phenotypic information collected monthly through the lactation period and Legendre orthogonal polynomials models from the first to sixth order. To verify the interference of heat stress, there was used temperature and humidity information on the day of the evaluation was performed. The first and second order models were the ones that better fitted. Heritability estimates were from 0.02 to 0.52 for fat; 0.03 to 0.63 for protein; 0.05 to 0.63 for saturated fatty acid; 0.019 to 0.364 for unsaturated fatty acid and 0.133 to 0.390 for milk production on the different models tested. Estimates of the genetic value were from -0.5 to 0.5 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for fat; -0.4 to 0.4 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for protein; -0.3 to 0.3 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for saturated fatty acid; -0.1 to 0.1 on environment without heat stress and of -0.8 to 0.8 on environment with heat stress for unsaturated fatty acid; -6 to 6 on environment without heat stress and -2 to 2 on environment with heat stress for milk production. The heritability indicates that the fat, protein, saturated fatty acid and milk production can be used as selection criteria. With the use of temperature and humidity information, it was possible to verify the presence of genotype environment interaction for fat, protein, saturated fatty acid and milk production at 205 days in milk.

O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito do suplemento de colostro (SC) associado ao colostro materno (CM) de alta ou média qualidade na saúde e desempenho de bezerros leiteiros. No primeiro experimento foram utilizados 44 machos da raça Holandesa, distribuídos nos tratamentos: 1) CM de alta qualidade fornecido em volume correspondente a 15% do peso ao nascer (PN); 2) CM de média qualidade (15%PN) e 3) CM de média qualidade (15% PN) + SC. O protocolo de colostragem afetou a concentração de proteína total nas primeiras 48 horas de vida e durante a fase de aleitamento (P0,05); no entanto, os animais que receberam CM de alta qualidade foram medicados por um menor número de dias (P0,05), embora tenha ocorrido efeito de idade (P0,05). Os parâmetros sanguíneos nas primeiras 24 horas não foram afetados pelos tratamentos (P>0,05). O consumo e o desempenho não foram afetados pela administração do suplemento de colostro (P>0,05), no entanto houve efeito de idade para ambos os parâmetros (P0,05). A taxa de mortalidade observada durante o experimento foi de 2,5%. O consumo adicional de Ig através do fornecimento de suplemento de colostro em associação ao colostro materno de alta qualidade não melhorou a imunidade, bem como não afetou o desempenho ou a saúde de bezerros leiteiros. No terceiro experimento, foram utilizadas 67 fêmeas da raça Holandesa ou mestiças Girolando nos seguintes tratamentos: 1) CM de alta qualidade fornecido em volume correspondente a 10% PN; e 2) CM de alta qualidade (10% PN) + SC. O consumo e o desempenho não foram afetados pelo SC (P>0,05). O escore fecal também não foi afetado (P>0,05), mas observou-se maior frequência de animais com escore de desidratação nas 2ª e 3ª semana de vida, quando os escores fecais foram mais altos para todos os tratamentos. Houve uma maior porcentagem de animais suplementados sendo medicados devido a diarreias na segunda semana de vida. Houve maior frequência dos animais do grupo não suplementado com escore 1 de descarga nasal nas semanas 3 a 7. O consumo adicional de imunoglobulinas através do fornecimento de suplemento de colostro em associação ao colostro materno de alta qualidade não afetou o desempenho ou a saúde dos animais. The aim of this study was to evaluate the effect of colostrum supplement (CS) associated with maternal colostrum (MC) of high and medium quality on health and performance of calves. In the first experiment 44 Holstein males were used in the following treatments: 1) high quality MC provided in a volume corresponding to 15% of birth weight (BW); 2) medium quality MC (15% BW) and 3) medium quality MC (15% BW) + CS. Colostrum feeding protocol affected the total protein concentration in the first 48 hours of life (P0.05); however, animals that received high quality colostrum were treated for a shorter number of days (P0.05) and were increased over the weeks (P 0.05). Blood parameters during the first 24h were not affected by treatments (P>0.05). The concentrate intake and performance were not affected by the administration of CS (P> 0.05), however there was an age effect (P 0.05). The mortality rate observed during the experiment was 2.5%. The additional intake of Ig via CS in combination with high quality MC have not improved immunity or affected the performance and health of dairy calves. In the third trial, 67 female Holstein or Holstein x Gir were assigned to two treatments: 1) high quality MC supplied in c volume corresponding to 10% BW; and 2) high quality MC (10% BW) + CS. Concentrate intake and performance were not affected by feeding a CS (P> 0.05). The fecal score was not affected by the CS (P> 0.05), but there was a higher frequency of animals with dehydration score during the 2nd and 3rd week of life, when the fecal scores were higher for both treatments. There was a higher percentage of supplemented animals being medicated because of diarrhea during the second week of life. There was a higher frequency of animals in the non-supplemented group with nasal discharge score 1 in weeks 3 to 7. The additional consumption of immunoglobulins through the colostrum supplement feeding in combination with high quality colostrum did not affect the performance or the health of animals.

A eficiência econômica da bovinocultura leiteira está relacionada à utilização de animais que apresentem, concomitantemente, bom desempenho quanto à produção, reprodução, saúde e longevidade. Nisto, o índice de seleção configura-se como ferramenta importante ao aumento da lucratividade nesse sistema, visto que permite a seleção de reprodutores para várias características simultaneamente, considerando a relação entre elas bem como a relevância econômica das mesmas. Com a recente disponibilidade de dados genômicos tornou-se ainda possível expandir a abrangência e acurácia dos índices de seleção por meio do aumento do número e qualidade das informações consideradas. Nesse contexto, dois estudos foram desenvolvidos. No primeiro, o objetivo foi estimar parâmetros genéticos e valores genéticos (VG) para características relacionadas à produção e qualidade do leite incluindo-se a informação genômica na avaliação genética. Foram utilizadas medidas de idade ao primeiro parto (IPP), produção de leite (PROD), teor de gordura (GOR), proteína (PROT), lactose, caseína, escore de células somáticas (ECS) e perfil de ácidos graxos de 4.218 vacas bem como os genótipos de 755 vacas para 57.368 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP). Os componentes de variância e VG foram obtidos por meio de um modelo misto animal, incluindo-se os efeitos de grupos de contemporâneas, ordem de lactação, dias em lactação e os efeitos aditivo genético, ambiente permanente e residual. Duas abordagens foram desenvolvidas: uma tradicional, na qual a matriz de relacionamentos é baseada no pedigree; e uma genômica, na qual esta matriz é construída combinando-se a informação de pedigree e dos SNP. As herdabilidades variaram de 0,07 a 0,39. As correlações genéticas entre PROD e os componentes do leite variaram entre -0,45 e -0,13 enquanto correlações altas e positivas foram estimadas entre GOR e os ácidos graxos. O uso da abordagem genômica não alterou as estimativas de parâmetros genéticos; contudo, houve aumento entre 1,5% e 6,8% na acurácia dos VG, à exceção de IPP, para a qual houve uma redução de 1,9%. No segundo estudo, o objetivo foi incorporar a informação genômica no desenvolvimento de índices econômicos de seleção. Neste, os VG para PROD, GOR, PROT, teor de ácidos graxos insaturados (INSAT), ECS e vida produtiva foram combinados em índices de seleção ponderados por valores econômicos estimados sob três cenários de pagamento: exclusivamente por volume de leite (PAG1); por volume e por componentes do leite (PAG2); por volume e componentes do leite incluindo INSAT (PAG3). Esses VG foram preditos a partir de fenótipos de 4.293 vacas e genótipos de 755 animais em um modelo multi-característica sob as abordagens tradicional e genômica. O uso da informação genômica influenciou os componentes de variância, VG e a resposta à seleção. Entretanto, as correlações de ranking entre as abordagens foram altas nos três cenários, com valores entre 0,91 e 0,99. Diferenças foram principalmente observadas entre PAG1 e os demais cenários, com correlações entre 0,67 e 0,88. A importância relativa das características e o perfil dos melhores animais foram sensíveis ao cenário de remuneração considerado. Assim, verificou-se como essencial a consideração dos valores econômicos das características na avaliação genética e decisões de seleção. The economic efficiency in dairy cattle is related to the use of animals with good performance in production, reproduction, health and longevity. This way, the selection index can be an important tool to increase profitability in this system, since it allows sire selection for multiple traits simultaneously, considering the relationship between them and their economic relevance for the activity. Also, the recent availability of genomic data has permitted to expand the coverage and accuracy of selection indexes by increasing the number and quality of the information considered. In this context, two studies were developed. In the first, the aim was to estimate genetic parameters and breeding values (BV) for milk production and quality traits, including the genomic information in genetic evaluation. Measures of age at first calving (AFC), milk yield (MY), somatic cells score (SCS) and percentages of fat (FP), protein (PP), lactose, casein, and fatty acids in milk of 4,218 cows as well as the genotypes of 755 of these cows for 57,368 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used. The variance components and BV were estimated from a mixed animal model which included the effects of contemporary groups, lactation order, days in lactation, and the additive genetic, permanent environmental and residual effects. Two approaches were developed: a traditional approach, in which the relationship matrix is based on pedigree information; and a genomic approach, in which the matrix is constructed by combining the pedigree and SNP information. The heritabilities ranged from 0.07 to 0.39. Genetic correlations between MY and milk components were between -0.45 and -0.13 whereas high and positive correlations were estimated between FP and fatty acids. The use of the genomic approach did not change genetic parameter estimates; however, there was an increase between 1.5% and 6.8% in BV accuracy; except for AFC, for which a reduction of 1.9% was observed. In the second study, the aim was to incorporate genomic information in the development of economic indexes for sire selection. In this, the BV for MY, FP, PP, total unsaturated fatty acids content (UFA), SCS and herd life were combined in selection indexes weighted by economic values estimated under three payment scenarios: exclusively by milk volume (PAY1); by milk volume and milk components (PAY2); and by milk volume and milk components including UFA (PAY3). These BV were predicted by using phenotypes of 4,293 cows and genotypes of 755 animals in a multi-trait model under traditional and genomic approaches. The use of genomic information influenced the estimates of variance component, BV and response to selection. However, the rank correlations between the approaches were high in all scenarios, with values between 0.91 and 0.99. Differences were mainly observed among PAY1 and the other scenarios, with correlations between 0.67 and 0.88. The relative importance of the traits and the profile of the best animals were sensitive to the scenario considered. Thus, it is essential to consider the economic values of the traits in genetic evaluation and selection decisions.

Informações de milhares de marcadores genéticos têm sido incluídas nos programas de melhoramento genético, permitindo a seleção dos animais considerando estas informações e a identificações de regiões genômicas associadas às características de interesse econômico. Devido ao alto custo associado a esta tecnologia e às coletas de dados, os dados simulados apresentam grande importância para que novas metodologias sejam estudadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP utilizando pesos para os marcadores genéticos, informações de genótipo e fenótipos, com ou sem as informações de pedigree, para seleção e associação genômica ampla, considerando diferentes coeficientes de herdabilidade, presença de efeito poligênico, diferentes números de QTL (quantitative trait loci) e pressões de seleção. Adicionalmente, dados de qualidade da carne de ovinos da raça Santa Inês foram comparados com a os padrões descritos para esta raça. A população estudada foi obtida por simulação de dados, e foi composta por 8.150 animais, sendo 5.850 animais genotipados. Os dados simulados foram analisados utilizando o método ssGBLUP com matrizes de relacionamento com ou sem informações de pedigree, utilizando pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. As características de qualidade da carne estudadas foram: área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, cor, pH ao abate e após 24 horas de resfriamento das carcaças, perdas por cocção e força de cisalhamento. Quanto maior o coeficiente de herdabilidade, melhores foram os resultados de seleção e associação genômica. Para a identificação de regiões associadas a características de interesse, não houve influência do tipo de matriz de relacionamento utilizada. Para as características com e sem efeito poligênico, quando considerado o mesmo coeficiente de herdabilidade, não houve diferenças para seleção genômica, mas a identificação de QTL foi melhor nas características sem efeito poligênico. Quanto maior a pressão de seleção, mais acuradas foram as predições dos valores genéticos genômicos. Os dados de qualidade da carne obtidos de ovinos da raça Santa Inês estão dentro dos padrões descritos para esta raça e foram identificas diversas regiões genômicas associadas às características estudadas. Thousands of genetic markers data have been included in animal breeding programs to allow the selection of animals considering this information and to identify genomic regions associated to traits of economic interest. Simulated data have great importance to the study of new methodologies due to the high cost associated with this technology and data collection. The objectives of this study were to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, and attributing weights for genetic markers, for selection and genome-wide association considering different coefficients of heritability, the presence of polygenic effect, different numbers of quantitative trait loci and selection pressures. Additionally, meat quality data of Santa Ines sheep breed were compared with the standards for the breed. The population of simulated data was composed by 8.150 individuals and 5.850 genotyped animals. The simulated data was analysed by the ssGBLUP method and by two relationship matrix, with or without pedigree information, and weights for genetic markers were obtained in every iteration. The traits of meat quality evaluated were: rib eye area, fat thickness, color, pH at slaughter and 24 hours after the carcass cooling, cooking losses and shear force. The results of selection and genomic association were better for the traits with the highest heritability coefficients. For traits with the greater selection pressure, more accurate predictions of the genomic breeding values were obtained. There was no difference between the relationship matrix studied to identify the regions associated with traits of interest. For the traits with and without polygenic effect, considering the same heritability coefficient, they did not show differences in genomic selection, but the identification of the QTL was better for traits without polygenic effect. The meat quality data obtained from Santa Ines sheep breed are in accordance with the standards for this breed and different genomic regions associated to the studied characteristics were identified.

Nas últimas décadas, a produção e exportação de carne bovina no Brasil consolidaram o país como um importante fornecedor no mercado internacional. No ano de 2012 o Brasil produziu aproximadamente 17% da demanda mundial de carne, exportando 1.325 milhão de toneladas (USDA, 2012). No entanto, apesar desta posição privilegiada, a produção brasileira é caracterizada pela criação extensiva dos animais e pela baixa qualidade do produto final. O rebanho é composto basicamente por animais Bos indicus e seus cruzamentos, com predominância da raça Nelore. Estes animais, por sua vez, apresentam ótima adaptabilidade e resistência ao ambiente tropical, porém com qualidade de carne e carcaça inferior quando comparados a bovinos Bos taurus. Assim, buscando indivíduos com maior rusticidade e com melhores índices de crescimento e acabamento de carcaça, os produtores vem utilizando cruzamentos entre bovinos Bos taurus X Bos indicus, aproveitando os efeitos de heterose e complementariedade entre raças. Os resultados já obtidos reforçam a contribuição dos mestiços na produção de carne, sendo utilizados com maior frequência em ambientes onde animais puros não apresentariam bons desempenhos. Diante disso, a identificação e seleção de animais superiores para ambientes tropicais possibilitariam o atendimento das demandas do mercado, principalmente no que diz respeito à qualidade da carne produzida. Portanto, efeitos genéticos aditivos e não aditivos que influenciam as características de importância econômica devem ser considerados nas avaliações genéticas de animais cruzados. Desta forma, os objetivos deste trabalho foram: I) Estudar a influência dos efeitos genéticos não aditivos na estimação de componentes de variância, parâmetros genéticos e ranking dos animais através de diferentes modelos; II) Estudar a influência da regressão de cumeeira ponderada na redução de colinearidade e na estimação de componentes de variância e parâmetros genéticos. A partir dos resultados foi possível observar que modelos que consideraram efeitos genéticos aditivos e não aditivos da epistasia e de heterozigose foram em geral os mais adequados para descrever o peso a desmama e o ganho de peso da desmama ao sobreano. Para a análise de peso ao nascer, peso aos 12 meses, área do olho do lombo e a espessura de gordura da picanha o efeito da epistasia foi desprezível. Da mesma maneira, foi possível observar que a aplicação da regressão ridge ponderada diminuiu a inflação da variância associada aos efeitos fixos genéticos diretos e maternos e, proporcionou estimativas mais estáveis e plausíveis para as características de crescimento. Em relação aos componentes de variância não foram verificadas diferenças em função da aplicação de regressão ridge ponderada em características de crescimento. In last year Brazilian beef production and exportation consolidated the country as an important provider in the international market. Thus, in 2012, Brazil provided approximately 17% of global meat demand, exporting 1,325 million tons (USDA, 2012). However, Brazilian production is characterized by extensive grazing system and low meat quality. The Brazilian herd is composed mainly of Bos indicus (mostly Nelore) and their crosses. These animals have great adaptability and resistance to tropical environment, but they show lower carcass and meat quality than Bos taurus cattle. Thus, looking for individuals with more rusticity and better growth rates and carcass traits, the farmers have been using crossbreed between Bos taurus X Bos indicus, exploring the heterosis and complementarity effects. Results obtained affirmed the crossbred contribution in meat production, especially in environments where purebred animals would not show good performances. Therefore, the identification and selection of genetically superior animals would meet specific market needs. Thus, is necessary to consider additive and non-additive genetic effects in genetic evaluation. The aims of this study were: I) to study the influence of non-additive genetic effects in the estimation of genetic parameters and ranking of animals across different models. II) To study the influence of weighted ridge regression in collinearity reduction and their effects in genetic parameters estimation. The results showed that models that considered non-additive genetic effects of epistasis and heterozygosity were generally the most suitable to describe the weaning weight and weight gain from weaning to yearling. The epistasis effect was unimportant for birth weight, weight at 12 months, loin rib eye area and fat thickness of. Similarly, it was observed that ridge regression application allowed decreased the inflation variance and provided stable and plausible estimates. No differences due to the application of ridge regression were observed in growth traits.

O leite bovino é um alimento essencial na nutrição humana, principalmente para os mais jovens por ser uma fonte importante de proteínas, minerais e vitaminas. A crescente demanda por quantidade e qualidade de leite nos últimos anos tem impulsionado inúmeras pesquisas, principalmente em relação ao perfil de ácidos graxos por diferir substancialmente das exigências humanas. Nutrição e melhoramento genético são os principais fatores capazes de promover a alteração da qualidade nutricional do leite. Por muito tempo as mudanças alcançadas via melhoramento genético foram obtidas exclusivamente com base na genética quantitativa, mas a partir dos anos 90 o interesse nesta área passou a ser divido com a genética molecular. Os avanços alcançados na biologia molecular obtidos por meio do mapeamento e sequenciamento do genoma das diversas espécies e de estudos de associação fenótipo-genótipo vêm auxiliando a explicar o fundo genético das características quantitativas. Atualmente, a maioria dos estudos de associação fenótipo-genótipo foram delineados para estimar apenas efeitos genéticos aditivos em um único lócus. No entanto, parte da variação observada nestes fenótipos resultam da interação entre loci ou genes, tornando estes estudos fundamentais para conhecer a origem da variação biológica destas características. Assim, os objetivos deste estudo foram: I) Associar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) com características produtivas e o perfil de ácidos graxos no leite; e II) Identificar interações entre os SNPs associados a estas características no leite de bovinos da raça Holandesa. Fenótipo ajustado de 760 vacas para o efeito fixo de grupo de contemporâneo e covariáveis dias em lactação, idade à mensuração e produção de leite, e 6.553 SNPs foram considerados para realizar a associação por meio de regressão SNP a SNP. No total nove SNPs foram associados a uma ou mais características relacionadas ao teor de gordura e perfil de ácidos graxos. Algumas destas associações evidenciam a presença de epistasia e/ou pleiotropia entre estas regiões. Para a identificação de interação entre os SNPs, foram usados modelos que consideraram os efeitos individuais (aditivo e dominante) e os efeitos individuais e de interação entre os nove SNPs para comparação por meio do teste de razão de verossimilhança (LRT). Foi observado efeito epistático aditivo x dominante (P < 0,01) somente entre os marcadores ARS-BFGL-NGS-71749 e ARS-BFGL-NGS-34135, ambos situados no cromossomo 14 bovino (BTA14), para as características teor de ácidos graxos saturados e teor de ácido palmítico (C16:0). Para o melhor entendimento da sua interação biológica existe ainda a necessidade de maior conhecimento sobre as rotas metabólicas em que tais genes identificados estão situados estes marcadores. Mais estudos nestas regiões cromossômicas possibilitarão ampliar o conhecimento sobre os genes e suas interações. Bovine milk is an essential food in human nutrition, especially for younger people for being as important source of proteins, minerals and vitamins. The growing for quantity and quality for milk in recent years has stimulated numerous studies, especially regarding the fatty acid profile by differ substantially of human requirements. Nutrition and animal breeding are the main factors which would enhance change the nutritional quality of cow milk. For a long time the changes achieved by animal breeding were obtained purely based on quantitative genetics, but from 90 the interest in this area came to be divided with molecular genetics. The advances made in the molecular biology obtained through the mapping and sequencing of the genomes of different species and genome-wide association studies is helping to explain more about the genetic background of quantitative traits. Currently, most of genome-wide association studies were designed to estimate additive genetic effects only at a single locus, excluding additional effects. However, part of the observed variation in these phenotypes result from the interaction between genes or loci, thus, such studies are also important for the understanding of the origin of biological variation of these traits, such as their metabolic and biochemical pathways. The aims of this study were: I) Associate single nucleotide polymorphisms (SNPs) with production traits and fatty acid profile in milk; and II) Identify interactions between SNPs associated with these traits in milk from Holstein cows. Phenotype adjusted of 760 cows for the fixed effects of contemporary group and covariates days in milk, age at measurement and milk yield, and information from 6,553 SNPs were considered for performing the association using single SNP regression method. A total of nine SNPs were associated with one or more traits related to the fat percentage and fatty acid profile. Some of these associations showed the presence of epistasis and/or pleiotropy between these regions. To identify interaction between SNPs, models that consider the individual effects (additive and dominance); and individual and interaction effects between the nine SNPs for comparison using the likelihood ratio test (LRT). Additive x dominance epistatic effect (P < 0.01) was observed only between markers ARS-BFGL-NGS- 71749 and ARS-BFGL-NGS-34135, both located on chromosome 14 (Bos taurus autossome, BTA14), for fat percentage (FP), saturated fatty acids (SFA) and palmitic acid (C16:0). For a better understanding of its biological interaction there is a need for greater knowledge of the metabolic pathways in with these genes identified these markers are located. More studies will enable these chromosomal regions expand knowledge about genes and their interactions.

A estratégia de criação de grupos genéticos aditivos é uma técnica que permite que animais de paternidade desconhecida tenham seus valores genéticos preditos de forma mais adequada quando incluídos em programas de melhoramento genético. O modo como esses grupos são formados é ainda arbitrário, o que torna importante o estudo de metodologias de formação de grupos genéticos aditivos (GG) visando a uma estrutura apropriada para as avaliações dos rebanhos em programas de melhoramento genético animal. O objetivo do trabalho foi definir a estrutura de grupo genético adequada às avaliações genéticas, comparando-as em relação às mudanças efetivas na eficiência do processo seletivo dos animais com paternidade desconhecida. As características estudadas foram: peso ao desmame, peso ao sobreano, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal ao sobreano e escore visual de musculosidade ao sobreano. Três cenários foram simulados a partir de um banco de dados composto apenas por animais com pedigree completo (grupo controle). O primeiro teve 30% dos animais com identificação de pai apagada, o segundo 50% e um terceiro com 70%. As estratégias de formação de GG foram: a fazenda de nascimento do animal com paternidade desconhecida; o ano de nascimento (SAFRA) e a concatenação de ano de nascimento e fazenda de nascimento (FAZSAFRA). Os componentes de variância foram calculados para o banco controle pelo software VCE e os valores genéticos foram preditos pelo software PEST, utilizando duas estruturas de modelo animal que se diferenciaram pela inclusão ou não do efeito fixo de GG. A definição da estrutura de grupo genético aditivo adequado à avaliação genética dos animais foi baseada na eficiência de seleção e na comparação entre os valores genéticos preditos quanto aos seus valores absolutos e quanto à classificação dos animais, sendo que animais do grupo controle foram assumidos como tendo o máximo em resposta à seleção genética. Os resultados demonstraram que os grupos genéticos aditivos proporcionam uma melhora na predição genética dos animais com paternidade desconhecida. As estratégias que proporcionaram valores mais próximos aos do grupo controle foram SAFRA e FAZSAFRA e, mesmo com similaridade de valores, a estratégia SAFRA foi superior na seleção dos melhores animais. The structure of genetic groups is a technique that allows that animals with unknown paternity be included in breeding programs. The ways these groups are formed are still arbitrary, which makes it important to study formation methodologies of genetic groups aiming an appropriate framework for the evaluation of livestock in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to define the structure of genetic group suited to genetic evaluations, comparing them regarding changes in the effective efficiency of the process of animals with unknown parentage. The characteristics studied were: weaning weight, post-weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference at 18 months of age and visual muscularity score at 18 months of age. Three scenarios were simulated from a database consisting only of complete pedigree animals (control group). The first had 30% of animals with identification of father off, the second with 50% and a third with 70%. The training strategies additive genetic groups were: the farm of birth of the animal with unknown parentage; birth year (SAFRA) and the concatenation of year of birth and birth farm (FAZSAFRA). The variance components were calculated for the data bank control program by VCE and breeding values were predicted using PEST software, with two structures of animal models that differ by the inclusion or not of the fixed effect of additive genetic group. The definition of the structure of genetic group suitable for genetic evaluation of animals was based on the efficiency of selection and comparison of estimated breeding values to the \"control\" breeding values and the classification of animals, while control animals were assumed to have the maximum response to selection whereas the choice of any other group of animals results in a reduction thereof. The results demonstrated that the additives genetic groups provide an improvement in the genetic prediction of animals with unknown paternity. Strategies that provided values closer to those of the control group were SAFRA and FAZSAFRA and even with similarity values, strategy SAFRA was superior in selecting the best animals.

O cachara, Pseudoplatystoma fasciatum, é um siluriforme carnívoro da América do Sul. Apesar da importância da espécie para pesca e piscicultura, não há uma dieta específica e nem as exigências nutricionais determinadas. O objetivo deste projeto foi determinar a digestibilidade aparente da energia e proteína de diferentes alimentos de origem animal e vegetal e, com os valores da digestibilidade dos ingredientes, elaborar rações para determinar as exigências em proteína, energia e relação energia:proteína para o cachara. Para o ensaio de digestibilidade, 105 juvenis de cachara (82,35 ± 17,7 g; 23,04 ± 1,6 cm) foram distribuídos em 21 gaiolas cilíndricas plásticas de 80 L e alimentados até a saciedade aparente em duas refeições diárias (20h00min e 22h00min) com dietas teste obtidas a partir da adição de 0,1% de óxido crômico III e substituição de 30% de uma ração referência (RR; 46% proteína bruta; 4600 kcal energia bruta) pelos seguintes ingredientes: farinha de peixe, farinha de carne e ossos, farinha de vísceras, farinha de penas, farinha de sangue, farelo de soja, farelo de trigo, milho moído e glutenose de milho. Após a última refeição, os peixes eram transferidos para os aquários cônicos (200 L) acoplados a recipientes refrigerados para a coleta de fezes por sedimentação. Os melhores coeficientes de digestibilidade aparente da proteína (99,36%) e energia (86,25%) foram registrados para a farinha de vísceras de aves e farinha de carne e ossos, respectivamente, consideradas fontes alternativas adequadas para substituir com eficiência a farinha de peixe, ingrediente padrão para formulação de rações para o cachara. Em um segundo experimento foram determinados os melhores níveis de energia e proteína nas dietas para juvenis de cachara (53,6 ± 1,30 g e 20,1 ± 1,06 cm), distribuídos aleatoriamente em 75 gaiolas (210 L) alojadas em tanques de alvenaria (12 m3) com constante renovação de água e aeração e alimentados duas vezes ao dia (06h30m e 18h30m) por 60 dias com 25 dietas formuladas para conter cinco níveis de proteína digestível (32, 36, 40, 44 e 48%) e cinco níveis de energia digestível (3600, 3725, 3850, 3975 e 4100 kcal kg-1), em um delineamento inteiramente casualizado com um esquema fatorial 5 x 5 (n = 3). A energia e proteína dietética afetaram o ganho de peso, taxa de crescimento específico, consumo de ração, conversão alimentar, taxa de eficiência proteica, retenção de proteína, índice hepatossomático, índice lipossomático, índice viscerossomático, proteínas totais séricas e triglicerídeos no soro. A energia dietética afetou a retenção de energia pelo cachara, mas a retenção de fósforo e a composição do peixe inteiro não foram influenciadas pela dieta. Com os resultados é possível concluir que os níveis de 3600 kcal kg-1 de ED, 39% de PD e a relação ED:PD de 9,23 kcal g-1 garantem ótimo desempenho e retenção de nutrientes pelo cachara. Striped surubim, Pseudoplatystoma fasciatum is a South American carnivore catfish of economic importance for fisheries and fish culture alike. However, in spite of its importance for the Brazilian aquaculture, there is no specific diet neither nutritional requirement determined for this specie. The aim of this study was thus determination of apparent digestibility coefficients of selected feedstuff and their use in diets for determination of protein, energy and energy:protein requirements of juvenile striped surubim. Juvenile striped surubim (82.35 ± 17.7 g and 23.04 ± 1.6 cm) were distributed in 21 cylindrical, plastic cages (80 L) and conditioned to a two daily meals (20h00m and 22h00m) feeding regimen on a practical, reference diet (RD) (460.0 g kg-1 crude protein (CP); 19.23 kJ g-1 gross energy (GE)). Test diets were obtained by adding 0.1% chromium III oxide and substituting 30% of one the following feedstuffs in RD: fish meal, meat and bone meal, poultry by-product meal, feather meal, blood meal, soybean meal, wheat bran, corn and corn gluten meal. After the last daily meal, fish were transferred to cylindrical-conical bottomed aquaria (200 L), coupled to refrigerated plastic bottles for feces collection by sedimentation. Best apparent digestibility coefficients of protein (99.36%) and energy (86.25%) were recorded for poultry by-product meal and meat and bone meal, respectively, so deemed ideal surrogate feedstuffs to fish meal, the standard protein source for the formulation and processing of diets for carnivore fish. For determination of best energy and protein level, juvenile striped surubim (53.6 ± 1.30 g and 20.1 ± 1.06 cm) were randomly distributed in 75 cages (210 L), housed in 12 m3 concrete tanks under constant water flow and aeration, and hand fed two daily meals (06h30m and 18h30m) for 60 days. Twenty-five diets were formulated to contain five levels of digestible protein (DP) (32, 36, 40, 44 and 48%) and five levels of digestible energy (DE) (3600, 3725, 3850, 3975 and 4100 kcal kg-1) in a randomized design, 5 x 5 factorial scheme (n = 3). The dietary energy and protein affected the weight gain, specific growth rate, feed intake, feed conversion rate, protein retention, hepatosomatic, liposomatic and viscerosomatic index, serum total protein and triglycerides, but energy retention was affected only by dietary energy. Phosphorus retention and whole body composition were not affected by diets. Estimated dietary requirement for the best performance and best nutrient retention of striped surubim were 3600 kcal kg-1 of DE, 39% of DP and a 9.23 kcal g-1 of DE:DP ratio.

Foi avaliado o efeito do processamento do milho (PRC) e de diferentes teores de fibra insolúvel em detergente neutro proveniente de forragem (FDNf) no desempenho de bovinos. Posteriormente, foi estudado o efeito do PRC e da inclusão de polpa cítrica (PCtr) em substituição ao milho. Foram utilizados em cada experimento 112 bovinos machos não castrados da raça Nelore, com peso inicial de 384,1 ± 29,5 kg e 378,3 ± 21,3 kg respectivamente. O delineamento foi o de blocos completos casualizados em esquema fatorial 2x4. No primeiro experimento os dois PRC foram grão úmido ensilado (GU) e grão seco moído fino (MM) e os teores de FDNf foram 3, 8, 13 e 18% na MS. No segundo experimento foram utilizados os mesmo PRC (GU ou MM) e quatro teores de PCtr (0, 7, 14 e 21% na MS). No primeiro experimento, verificou-se efeito quadrático de FDNf para ganho de peso (P=0,01), sendo o ganho ótimo com inclusão de 13,0% de FDNf. Houve interação de PRC e FDNf (P=0,05) para consumo de matéria seca (CMS) sendo que os maiores CMS foram obtidos com inclusões de 11,3 e 13,7% de FDNf para animais alimentados com MM e GU respectivamente. Em ambos os experimentos a eficiência alimentar (EA) foi melhor (P0,05) de PRC e nem de PCtr para características de carcaça. O AF foi menor em animais alimentados com GU em relação ao MM (3,16 vs. 8,63% na MS, P

A inclusão de grupos genéticos na avaliação de reprodutores tem sido comumente empregada para a representação de possíveis diferenças genéticas entre os animais não contabilizadas pela ausência de informações de parentesco. Entretanto, a definição destes grupos ainda é arbitrária, sendo inexistentes trabalhos que avaliem as estratégias de agrupamento genético quanto aos seus efeitos sobre a eficiência de seleção. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi comparar estratégias de agrupamento genético na predição de valores genéticos, determinando-se a estrutura adequada à avaliação genética. Para tanto, foram utilizados dados de peso ao nascimento, peso ao desmame, ganho de peso pós-desmame, circunferência escrotal e escore de musculosidade de uma população de bovinos compostos da raça Montana Tropical. Foram avaliadas as estratégias de agrupamento envolvendo safra de nascimento do animal (SAF); sexo do parental desconhecido (SEX); fazenda de nascimento do animal (FAZ); caminho de seleção (SEL); composição racial (RACA) safra de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFSEX); fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (FAZSEX); safra e fazenda de nascimento do animal (SAFFAZ); e safra, fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFFAZSEX). Para cada estratégia, foram realizadas cem análises para a predição de valores genéticos simulando-se a perda de informação de parentesco de 10, 30 e 50% dos indivíduos. Posteriormente, estes valores genéticos foram comparados aos obtidos em uma análise envolvendo a matriz de relacionamentos completa, de maneira a se estimar a eficiência de seleção e as correlações entre os valores genéticos e a classificação dos animais. As estratégias de SAF e RACA apresentaram eficiências de seleção e correlações altas independente da característica e amostra de animais com parentesco desconhecido consideradas, mostrando-se adequadas à avaliação e seleção de reprodutores. Perdas de seleção elevadas foram observadas para SAFFAZ e SAFFAZSEX, possivelmente devido à formação de muitos grupos com poucos animais, dificultando-se assim a estimativa dos efeitos dos grupos genéticos. A partir dos resultados é possível concluir que a definição da estratégia de agrupamento deve considerar as decisões vinculadas à seleção de reprodutores e o número de grupos genéticos formados, de forma que os mesmos representem as diferenças genéticas da população e permitam a adequada predição dos valores genéticos. The inclusion of genetic groups in sire evaluation has been widely used to represent genetic differences among animals not accounted by the absence of parentage information. However, the definition of these groups is still arbitrary, and research assessing the effects of genetic grouping strategies on the selection efficiency is rare. Thus, the aim of this study was to compare genetic grouping strategies in breeding values prediction, determining the appropriate structure for the genetic evaluation. Data on birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference and muscling score of Montana Tropical composite beef cattle population were used. Grouping strategies involving birth season of the animal (SAF), sex of the unknown parent (SEX), birth farm of the animal (FAZ), path selection (SEL), breed composition (RACA), birth season of the animal and sex of the unknown parent (SAFSEX), birth farm of the animal and sex of the unknown parent (FAZSEX), birth season and farm of the animal (SAFFAZ), and birth season and farm of the animal and sex of the unknown parent (SAFFAZSEX) were evaluated. For each strategy, one hundred analyses were performed to predict breeding values, simulating a loss of genealogy information of 10, 30 and 50% of individuals. Thereafter, these breeding values were compared to those obtained in an analysis involving the complete relationship matrix, in order to estimate the selection efficiency and the correlations between breeding values and animal rankings. The grouping strategies SAF and RACA showed high selection efficiencies and correlations, regardless of the trait and sample of animals with unknown parentage considered, and therefore, they are suitable for sire evaluation and selection. High selection losses were observed for SAFFAZ and SAFFAZSEX, possibly due to the formation of many groups with few animals, since this could lead to some confounding with other fixed effects and hamper the estimation effects of genetic groups. These results allow to conclude that the definition of grouping strategy must consider the decisions regarding the selection and the number of genetic groups formed, so that genetic groups represent the genetic differences in population and allow an adequate prediction of breeding values.

A forma com que indivíduos de uma população composta são acasalados, inuencia diretamente na produção e na variabilidade da população gerada pelos acasalamentos. Identicar quais composições raciais são mais convenientes para determinadas características e viáveis economicamente, além dos efeitos de cada raça ou grupo racial, é de fundamental importância para estabelecer os rumos da produção e uma melhor estratégia para os produtores. Buscou-se, com este trabalho, identicar os efeitos que os grupos raciais N, A, B e C fornecem sobre o mérito médio de uma população composta por todas as combinações destes quatro grupos raciais, na presença e na ausência da padronização das características do índice Montana, possibilitando assim, informar a proporção racial que fornece mérito médio ótimo. Além disso, foi desenvolvida uma metodologia que calcula, por meio das informações raciais de uma população apta ao acasalamento, a combinação ótima a ser acasalada, tornando possível, desta forma, maximizar os desempenhos e os lucros para a geração seguinte. A metodologia foi implementada computacionalmente e testada para a população Montana apta ao acasalamento em 2011, e a superioridade do método, comparado a outros sistemas de acasalamento, foi comprovada. Um programa que calcula o coeciente de endogamia das possíveis futuras progênies geradas pelos acasalamentos de uma população, foi implementado com objetivo de contribuir na tomada de decisão como restrição em programas de acasalamento. The way in which individuals of a composite population are mated has directly inuence in the production and in the variability of the population generated by mating. Identify which racial compositions are more convenient for certain traits and economically feasible, and also the eects of each breed or racial group, has a fundamental importance to establish the direction of production and a better strategy for producers. The aim of this work was to identify the eects of racial groups called N, A, B e C to provide on the average merit of a composite population for all combinations of these four racial groups, in the presence and absence of standardization of traits of Montana index, thus enabling, to inform the racial proportion that provides great average merit. Furthermore, it was developed a methodology that calculates on the basis of racial information of a population ready to mate, the optimal combination to be mated, making possible, in this way, to maximize performance and prots for the next generation. The methodology was computationally implemented and tested in the Montana\'s population able to mate in 2011, and the superiority of the method compared to other breeding systems has been proven. A program that calculates the inbreeding coecient of the possible future generations\' progeny by mating of a population was implemented in order to contribute in decision making as a constraint on mating programs.

A disponibilidade de informações baseadas nos marcadores genéticos surgiu como oportunidade de aprimorar os programas de melhoramento animal pela incorporação desses efeitos nas avaliações genéticas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos comparar modelos que consideraram ou não os efeitos dos marcadores para a estimação dos valores genéticos dos animais, bem como estimar os efeitos de substituição alélica dos marcadores por seis metodologias distintas (regressão múltipla bayesiana, regressão de cumeeira bayesiana, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ e LASSO bayesiano) e avaliar o impacto da inclusão desses efeitos na acurácia das estimativas dos valores genéticos e os conflitos de seleção existentes aos serem comparadas as classificações dos animais com base nos valores genéticos clássicos e nos valores genéticos assistidos por marcadores. Dados de 83.404 animais pertencentes a um programa de seleção de animas da raça Nelore, mensurados para peso na desmama, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal e escore de musculosidade, que corresponderam a 116.652 animais na matriz de parentesco, foram utilizados. Do total de animais com informações fenotípicas e genealógicas disponíveis, apenas 3.160 foram genotipados para 106 marcadores do tipo SNP. Os resultados obtidos para a comparação de modelos não demonstraram vantagens claras da inclusão conjunta dos efeitos poligênicos e dos marcadores nos modelos de avaliação genética, entretanto, os modelos que incluíram apenas o efeito dos marcadores tiveram os piores ajustes e desempenhos preditivos. As diferenças observadas entre as estimativas dos efeitos de substituição alélica dos marcadores pelas diferentes metodologias analisadas se devem à maneira como cada método regulariza esses efeitos. A incorporação das informações dos marcadores nas avaliações genéticas proporcionou, no geral, um aumento na acurácia das estimativas dos valores genéticos, especialmente para os tourinhos de reposição. Ao serem comparados os 20% melhores animais classificados com base no valor genético clássico e no valor genético assistido por marcadores, os maiores conflitos de seleção foram observados para os touros e tourinhos genotipados. Em suma, o presente projeto demonstrou que, embora a utilização de painéis de marcadores de muito baixa densidade não altere a capacidade preditiva dos modelos de avaliação genética, esses têm impacto na acurácia das estimativas dos valores genéticos. The availability of molecular markers information turned out to be an opportunity to improve animal breeding programs, by the inclusion of those effects in the estimation of breeding values. Under that perspective, the aims of present research were to compare genetic evaluation models that assumed or not markers effects on the estimation of breeding values, as well estimate the allelic substitution effects of SNP markers applying six different methodologies (Bayesian multiple regression, Bayesian ridge regression, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ and Bayesian Lasso) and evaluate the impact of these effects on the reliability of breeding values and the divergences on animals classification based on classical breeding values and marker assisted breeding values. Data of 83,404 animals belonging to a Nellore beef cattle (Bos indicus) selection program, measured for post-weaning gain, scrotal circumference and muscle score, corresponding to 116,562 animals on the relationship matrix, were used. From those animals, a set of 3,160 animals with phenotypic and genealogy data available, was genotyped for a panel of 106 SNP markers. Model comparison results did not demonstrate clearly the advantage of assuming polygenic and markers effects together in genetic evaluation models, however, models that considered only markers effects presented the worst global fit and predictive ability. Differences observed on the markers effects estimates were due the shrinkage process applied by each method. The incorporation of markers information on genetic evaluations provided, in general, increases on the reliability of breeding values, mainly for replacement young animals. Comparing the 20% best animals classified by classical breeding value and marker assisted breeding value, the highest divergences were observed to sires and young bulls that were genotyped. Summarizing, although this research showed that the inclusion of very low density SNP chip information was not able to improve the predictive ability of genetic evaluation models, they increased the reliability of breeding values estimates.

O Brasil é um dos maiores produtores de leite do mundo, porém é necessário que se produza não só em quantidade, mas com qualidade adequada ao consumo e ao beneficiamento. Com a entrada em vigor da Instrução Normativa 51 (2002), a qualidade do leite nacional passou a ser monitorada, sendo exigido um padrão mínimo. Dentre os aspectos analisados, estão os teores de proteína e gordura e a contagem de células somáticas. Diante disso, o objetivo desse trabalho foi de estimar componentes de variância, coeficientes de herdabilidade e comparar modelos de diferentes ordens de ajuste por meio de funções polinomiais de Legendre, sob modelos de regressão aleatória, com a finalidade de predizer o modelo mais adequado para descrever as mudanças nas variâncias associadas aos teores de proteína, gordura e à contagem de células somáticas de vacas holandesas de primeira lactação. Foi utilizado um banco de dados com 27.988 dados de teores de gordura e proteína e 27.883 de escore de células somáticas, referentes a 4.945 vacas e a matriz de parentesco continha 30.843 animais. Foram utilizados quatro modelos, com polinômios ortogonais de Legendre de ordens de 3 a 6 e variância residual homogênea. Os modelos que melhor se ajustaram para gordura foram o de 5ª e 6ª ordens, para proteína, o de 4ª ordem e para escore de células somáticas foram os de 4ª e 6ª ordens. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,07 a 0,56 para teor de gordura; de 0,13 a 0,66 para teor de proteína e de 0,08 a 0,50 para escore de células somáticas, nos diferentes modelos estudados. De acordo com os resultados, modelos de regressão aleatória são adequados para descrever variações no teor de gordura e proteína e no escore de células somáticas em função do estágio de lactação em que a vaca se encontra. Brazil is one of the largest milk producers in the world, but it is necessary to produce not only in quantity but in quality suitable for consumption and processing. With the entry into force of the Federal Normative Instruction 51 (IN-51), the national quality of milk started to be monitored, with a required minimum standard. Among the aspects studied are the protein and fat contents and somatic cell count. Thus, the aim of this study was to estimate variance components, heritability coefficients and compare models with different orders of adjustment of Legendre polynomials, by random regression models in order to predict the most appropriate model to describe variances associated with changes in levels of protein, fat and somatic cell count of first lactation Holstein cows. We used a database with 27,988 data from fat and protein content and a database with 27,883 of somatic cell score, relative to 4,945 cows and the relationship matrix contained 30,843 animals. We used four models with orthogonal Legendre polynomials of orders 3-6 and homogeneous residual variance. The models that best adjusted for fat were of the 5th and 6th orders, for protein was of the 4th order and somatic cell score were of the 4th and 6th order. The heritabilities estimated ranged from 0.07 to 0.56 for fat, 0.13 to 0.66 for protein and 0.08 to 0.50 for somatic cell score in the different models studied. According to the results, random regression models are suitable to describe variations in fat and protein contents and somatic cell score according to the stage of lactation.

Embora possua o maior rebanho comercial do mundo, o Brasil está longe de liderar pesquisas relacionadas ao melhoramento genético de bovinos de corte para eficiência alimentar. Alguns países investiram em estudos para seleção de animais eficientes e identificação de marcadores moleculares associados a esta característica. A seleção genética de animais eficientes representaria economia de alimentos, reduziria o impacto ambiental e aumentaria a rentabilidade da atividade. Obviamente é um desafio identificar animais mais eficientes em um rebanho de 205 milhões de cabeças, pois, além da mensuração ser cara, os resultados são obtidos a longo prazo. As associações entre eficiência alimentar e desempenho de bovinos de corte são conhecidas, porém avaliações envolvendo os impactos da seleção para eficiência sobre composição corporal e qualidade de carne de novilhos Nelore ainda são incipientes. O objetivo neste trabalho foi estudar relações entre eficiência alimentar, composição corporal, características de carcaça e qualidade da carne em bovinos Nelore confinados. Foram confinados, em dois anos, 322 novilhos para avaliação de características de carcaça e qualidade de carne. Deste total, 159 foram confinados em baias individuais, dos quais 92 foram avaliados quanto ao consumo alimentar residual (CAR). Foram calculadas a eficiência alimentar, eficiência parcial de crescimento, taxa relativa de crescimento, índice de Kleiber e CAR. No abate foram obtidos dados de rendimento, comprimento e profundidade de carcaça, área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, peso do coração, fígado, rins e gordura interna. Foram obtidas variáveis de qualidade da carne de amostras não maturadas do Longissimus dorsi (pH, força de cisalhamento, cor da carne e gordura, perdas por cocção, capacidade de retenção de água e extrato etéreo). Foram analisados os coeficientes de regressão linear entre as variáveis avaliadas e o CAR. Animais mais eficientes apresentaram consumo no mínimo 12% menor que os ineficientes (P 0,05). No entanto, a diminuição do CAR reduziu a deposição de gordura subcutânea, avaliada por ultrassom (P0.05). Consistent with the reduction in subcutaneous fat deposition there was a decrease in the fat content (P=0.08), indicating a positive relationship between RFI and fat deposition. The retained energy, estimated by the difference in body composition, was reduced by 0.4 Mcal/day in inefficient vs efficient animals. This means that the change in estimated body composition was able to explain 36% of the difference in feed intake between RFI efficient and RFI inefficient animals. Individual profit was calculated and it was positively associated to RFI (P

Os objetivos deste trabalho foram avaliar diferentes modelos de seleção com base nos efeitos aleatórios maternos considerados para características de crescimento e perímetro escrotal, estimar parâmetros genéticos para pesos do nascimento aos 12 meses (pesos ao nascer, a desmama e aos 12 meses de idade); perímetro escrotal aos 12 meses e correlações genéticas entre as características para bovinos compostos Montana Tropical, em análises uni, bicaracterísticas. Estimar parâmetros genéticos para as características categóricas de musculosidade, precocidade e conformação aos 12 meses em modelos uni e bicaracterísticas utilizando diferentes metodologias para análise (modelos mistos, modelos thresholds bayesianos e modelos lineares generalizados mistos) e compará-los. Nas análises feitas para as características de crescimento e perímetro escrotal os efeitos maternos influenciaram os pesos do nascimento aos 12 meses de idade. As estimativas de herdabilidade direta obtidas das análises bicaracterísticas foram superiores àquelas obtidas das análises unicaracterísticas e as estimativas pela análise bicaracterística para as herdabilidades foram 0,27 para peso ao nascer; 0,18 para peso à desmama; 0,20 para peso aos 12 meses; e 0,19 para perímetro escrotal aos 12 meses. As correlações genéticas estimadas entre pesos obtidos em idades jovens com peso ao ano foram moderadas a baixas (< 0,60). A correlação genética obtida entre perímetro escrotal e características de crescimento foram 0,04, e

Os defeitos de pernas são decorrentes do rápido crescimento das aves, tornando-se necessário um estudo genético das associações entre essas características. Os objetivos deste estudo foram estimar os parâmetros genéticos para defeitos de pernas por escore visual, discondroplasia tibial, características de desempenho e carcaça, assim como estimar as tendências genéticas, ganho genético potencial e respostas correlacionadas, em uma linhagem de frangos de corte. O banco de dados utilizado neste estudo foi composto por registros de 128.459 aves, com informações de pedigree, manejo, desempenho, qualidades e defeitos de carcaça pertencentes a um rebanho elite de uma linhagem comercial de frangos de corte sob seleção. As características estudadas foram: os pesos vivos do animal aos sete (P7), 30 (P30) e 38 dias de idade (P38), peso ao abate (PA), peso eviscerado (PE), peso de peito (PPEI), peso de pernas (PPER), rendimento de carcaça (RCAR), rendimento de peito em relação ao peso ao abate (RPEI), rendimento de pernas em relação ao peso ao abate (RPER), eficiência alimentar (EFAL), defeito de pernas por escore visual (DPER), discondroplasia tibial (DT) e defeito de pernas total (DPERT). Para as características P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL as análises genéticas foram realizadas pela metodologia dos modelos lineares clássicos, utilizando o método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML) sob um modelo animal. Além da metodologia dos modelos lineares clássicos, as análises genéticas para as características DPER, DT e DPERT foram realizadas utilizando modelos lineares generalizados com função de ligação logit, devido à natureza categórica destas características, empregando-se modelo animal e modelo pai, com o método da quasi-verossimilhança penalizada (PQL). As análises foram obtidas utilizando-se o software ASREML®. As estimativas de herdabilidades obtidas para as características estudadas variaram de moderadas a altas, exceto para DT e DPERT, para as quais as estimativas de herdabilidades foram baixas. As estimativas de correlações genéticas entre as características de desempenho e carcaça e defeitos de pernas variaram de moderadas a altas, exceto para DPER e EFAL que apresentaram baixas correlações genéticas com as características de desempenho carcaça. As tendências genéticas para as características de desempenho e carcaça são indicativas que há seleção para características de peso vivo em diferentes idades e de desempenho e carcaça nesta linhagem, diferente do que acontece para as características de DPER, DT e DPERT, para as quais não há seleção evidente nessa linhagem. The legs defects are caused by rapid growth of broilers, therefore it is necessary to study of genetic associations between these traits. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for legs defects by visual score, tibial dyschondroplasia, performance and carcass traits, and to estimate the genetic trends, potential genetic gain and correlated response in a broiler line. The database used in this study consisted of records from 128,459 birds, containing pedigree information, management, performance, qualities and defects, of an elite flock from a commercial strain of broiler chickens under selection. The traits studied were: the live weight at seven (P7), 30 (P30) and 38 days old (P38), slaughter weight (PA), carcass weight (PE), breast weight (PPEI), leg weight (PPER), carcass yield (RCAR), breast yield (RPEI), legs yield (RPER), feed efficiency (EFAL), legs defect by visual score (DPER), tibial dyschondroplasia (DT) and legs total defects (DPERT). For the traits P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL statistics and genetic analysis done through classical linear models methodology, using the method of Restricted Maximum Likelihood (REML) under an animal model. Besides the classical linear model methodology, genetic analyzes for the traits DPER, DT and DPERT were done using generalized linear models with logit link, due to the categorical nature of these traits, using an animal and sire models, by the method of penalized quasilikelihood (PQL). Full analyzes were obtained using the ASREML® software. Estimates of heritability obtained for the traits varied from moderate to high, except for DT and DPERT, which heritability were low. Estimates of genetic correlations between performance and carcass traits and leg defects varied from moderate to high, except for DPER and EFAL, which presented low genetic correlations with performance characteristics of the carcass. Genetic trends for performance and carcass characteristics indicate that selection occurs for body weight at different ages and performance and carcass traits in this strain, in a different way to the observed for traits of DPER, DT and DPERT, which no evident selection in this line was observed.

Inicialmente, foram analisados dados peso-idade do nascimento até 100 meses de idade, de vacas de quatro grupos genéticos (G): Nelore (NEL), ½Canchim + ½Nelore (CN), ½Angus + ½Nelore (AN) e ½Simental + ½Nelore (SN), pertencentes a Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos. Os animais considerados neste estudo nasceram de 1998 a 2001 (Ano), na primavera e outono (EP), e foram criados em sistema de produção intensiva, recebendo três níveis de suplementação pós-desmama (M): 0, 1,5; 3,0 kg/animal/dia de concentrado. O objetivo neste estudo foi comparar diferentes modelos não-lineares para estimar o crescimento, e avaliar a influência de efeitos de ambiente e grupo genético sobre os parâmetros estimados. Os modelos não-lineares: Brody, Gompertz, Logístico, Von Bertalanffy e Richards foram ajustados por mínimos quadrados ordinários e ponderados, considerando a variância normal e ponderada pelo inverso dos pesos em diferentes períodos. Foi usado o procedimento NLIN do SAS. Os modelos Brody e Von Bertalanffy convergiram para todos os G, havendo, entretanto, leve superioridade do Brody ponderado. Na comparação do ajuste dos modelos considerando o uso do inverso da variância os modelos mostraram-se mais adequado. As estimativas dos parâmetros peso assintótico (A) e taxa de maturidade (k) do modelo de Brody ponderado foram analisadas por meio de modelo que, além do efeito médio global, incluiu os efeitos de G, M, EP e as interações entre estes efeitos. Houve diferenças significativas das curvas de crescimento médias para os G. Na análise individual dos parâmetros A e k estimados através do modelo Brody ponderado, verificou-se que A foi influenciado (P

O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura genética populacional e os efeitos do programa de melhoramento genético em um rebanho Nelore comercial, que visa a venda de reprodutores avaliados geneticamente. O banco de dados era composto pelos registros de produção de 417.552 animais, nascidos entre 1984 e 2007, e o de pedigree de 483.748 animais. Com o intuito de estudar a estrutura populacional, foram utilizados os softwares ENDOG v. 4.6 e POPREPORT para se calcular o coeficiente de endogamia (F), o coeficiente médio de parentesco individual (AR), numero efetivo de ancestrais e de fundadores, numero de ancestrais que contribuem com 50% da variabilidade genética da população e intervalo de gerações. O coeficiente de endogamia calculado para a população em estudo foi igual a 0,12% e o AR a 0,18%. Os números efetivos de ancestrais (fa) e de fundadores (fe) foram iguais a 64 e 147, respectivamente. Para a população estudada, 70 indivíduos explicam sua variabilidade genética. O intervalo de geração calculado para os quatro passos gaméticos pai-filho, pai-filha, mãe-filho, mãe-filha foram de 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 anos, respectivamente, quando se considera somente as progênies que se tornaram reprodutores no programa de melhoramento, e de 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 anos, respectivamente, quando se considera todas as progênies nascidas. O progresso genético esperado para as características peso a desmama (PD), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP345), perímetro escrotal (PE) e musculatura era de 1,10 kg/ano, 1,05 kg/ano, 0,28 cm/ano e 0,04 un/ano, respectivamente. Entretanto, o progresso genético observado para as mesmas características foram iguais a 0,51 kg/ano, 1,03 kg/ano, 0,11 cm/ano e 0,03 un/ano, respectivamente. The objective of the present research was to analyze the population genetic structure and the effects of breeding program in a Nellore commercial herd, aimed at the sale of breeders genetically evaluated. The database was composed by production records by 417552 animals, born between 1984 and 2007, and the pedigree records by 483748. For describe the population structure, to ENDOG v. 4.6 and POPREPORT were used to calculate inbreeding coefficient (F), average relatedness coefficients (AR), effective number of ancestors and founders, number of ancestors that contribute with 50% of genetic variability of population and generation intervals. The inbreeding coefficient calculated to the population in study is 0.12% and AR is 0.18%. The effective number of ancestors (fa) and founders (fe) was 64 and 147, respectively. For the population in study, 70 individuals explain 50% of genetic variability. The generation\'s intervals for the four paths genetic, sire-son, siredaughter, dam-son, dam-daughter, was 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 years, respectively, when considered only progenies kept reproduction, and was 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 years, respectively, when all born progenies are considered. The genetic progress waited to the characteristics weaning weight (WW), weight gain from weaning to 18 months (WG345), scrotal circumference (CE) and muscle were 1.10 kg.year-1, 1.05 kg.year-1, 0.28 cm.year-1 and 0.04 unit.year-1, respectively. However, the genetic progress observed to the same characteristics was 0.51 kg.year-1, 1.03 kg.year-1, 0.11 cm.year-1 and 0.03 unit.year-1, respectively.

O desenvolvimento do músculo esquelético em vertebrados é um processo bem organizado que envolve diversos eventos, inicia-se na fase embrionária e continua durante toda a vida. Esse processo biológico requer uma adequada sinalização celular e é regulado por inúmeros genes. Em busca do entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na determinação do desenvolvimento e crescimento do tecido muscular foi acompanhada a expressão gênica dos fatores miogênicos (MyoD, Myf5, Miogenina e MRF4); Pax7; Miostatina; e da via de ação Shh (Shh, Ptch1, Smo, Pka, Sufu, Gli2 e Gli3) na musculatura peitoral de duas linhagens de galinhas de composições genéticas distintas. Uma linhagem de corte, selecionada para maior deposição de massa muscular, e outra de postura, caracterizada pela baixa taxa de crescimento e pouca massa muscular. Foram utilizados 90 animais distribuídos nas duas linhagens e cinco estádios de desenvolvimento: 9 e 17 dias da fase embrionária e 1, 21 e 42 dias da fase pós-eclosão. A expressão gênica foi analisada por PCR quantitativa em tempo real. Os genes Myf5, Miogenina, MRF4, Pax7, Shh e Ptch1 foram diferencialmente expressos na ontogenia e entre as linhagens. Já os genes MyoD, Miostatina, Smo, Pka, Sufu, Gli2 e Gli3 foram diferencialmente expressos somente na ontogenia. Foi possível traçar o perfil de expressão dos genes ao longo das fases de desenvolvimento. Os genes MyoD, Myf5 e Pax7 foram mais expressos na fase embrionária, onde há maior proliferação celular. Durante as fases estudadas, os genes da Miogenina e MRF4 apresentaram uma auto-regulação entre eles, indicando a ocorrência do processo de diferenciação celular. O gene da Miostatina demonstrou estar inibindo o crescimento muscular nos dias que antecedem a eclosão. Os genes da via de ação Shh foram mais expressos nas idades embrionárias, onde esta via age como um fator de sobrevivência e proliferação celular e menos expressos nas idades posteriores a eclosão, provavelmente, para que haja o processo de diferenciação dos mioblastos. Verificou-se que esses genes foram diferencialmente expressos sendo coordenados espaço-temporalmente, permitindo assim um ajuste sutil entre proliferação e diferenciação das células musculares, colaborando para as diferenças fenotípicas observadas entre as linhagens. The development of skeletal muscle in vertebrates is a well-organized process that involves several events, initiating in the embryonic phase and continuing throughout life. This biological process requires a proper cell signaling and is regulated by numerous genes. Aiming to understand the molecular mechanisms involved in determining the development and growth of muscle tissue, we monitored gene expression of myogenic factors (MyoD, Myf5, Myogenin and MRF4); Pax7; Myostatin; and Shh pathway (Shh, Ptch1, Smo, Pka, Sufu, Gli2 and Gli3) in the pectoralis muscle of two strains of poultry from different genetic compositions. A broiler, selected for increased deposition of muscle mass, and a layer, characterized by slow growth and low muscle mass. We used 90 animals divided into two lines and five stages of development: 9 and 17 days of embryo and 1, 21 and 42 days post-hatching. Gene expression was analyzed by quantitative real-time PCR. The genes Myf5, Myogenin, MRF4, Pax7, Shh and Ptch1 are differentially expressed in ontogeny and among strains. The genes MyoD, myostatin, Smo, Pka, Sufu, Gli2 and Gli3 were differentially expressed only in ontogeny. It was possible to design the gene expression profile throughout the different developmental stages. The genes MyoD, Myf5 and Pax7 were more expressed in the embryo, where there is greater cell proliferation. During the four phases, the genes MRF4 and Myogenin showed self-regulation among them, indicating the occurrence of the cell differentiation process. The myostatin gene proved to be inhibiting muscle growth in the days before hatching. The genes of the Shh action were more highly expressed in embryonic ages, where this pathway acts as a survival factor and cellular proliferation, and less expressed in later times after hatching, probably to allow for the differentiation of myoblasts. We found that these genes were differentially expressed being coordinated in space and time, allowing, thus, a subtle tuning between proliferation and differentiation of muscle cells, contributing to the phenotypic differences observed between strains.

A crescente aplicação da estatística às mais diversas áreas de pesquisa, tem definido delineamentos complexos, dificultando assim seu planejamento e análise. O diagrama de Hasse é uma ferramenta gráfica, que tem como objetivo facilitar a compreensão da estrutura presente entre os fatores experimentais. Além de uma melhor visualização do experimento o mesmo fornece, através de regras propostas na literatura, os números de graus de liberdade de cada fator. Sob a condição de ortogonalidade do delineamento, podem-se obter também as matrizes núcleo das formas quadráticas para as somas de quadrados e as esperanças dos quadrados médios, propiciando a razão adequada para a aplicação do teste F. O presente trabalho trata-se de uma revisão, fundamentada na álgebra linear, dos conceitos presentes na estrutura do diagrama. Com base nos mesmos, demonstrou-se o desdobramento do espaço vetorial do experimento em subespaços gerados por seus respectivos fatores, de tal modo que fossem ortogonais entre si. E, a fim de exemplificar as regras e o emprego desta ferramenta, utilizaram-se dois conjuntos de dados, o primeiro de um experimento realizados com cabras Saanen e segundo com capim Marandu, detalhando-se a estrutura experimental, demonstrando-se a ortogonalidade entre os fatores e indicando-se o esquema da análise da vari^ancia. Cabe salientar que o diagrama não substitui o uso de softwares, mas tem grande importância quando o interesse está em se comparar resultados e principalmente verificar o quociente adequado para o teste F. The increase of statistics applications on the most diverse research areas has defined complex statistics designs turn its planning and analysis really hard. The Hasse diagram is a graphic tool that has as objective turn the comprehension of the present structure among the experimental factors easiest. More than a better experiment overview, by the rules proposed on the literature, this diagram gives the degrees of freedom for each factor. By the condition of design orthogonality, the nucleus matrix of quadratic form for the sum of squares and the expected values for the mean squares can also be obtained, given the proper ratio for F test application. The present work is a review, with its foundations on linear algebra, of the present\'s concepts on the diagram structure. With this basis were demonstrated the development of the vectorial space of the experiment in subspaces generated by its own factors, in a way that it was orthogonal within themselves. And, to give examples about the rules and the application of this tool, experimental data of Saanen goats and other set of data of Marandu grazing were used, with a detailed experiment structure, showing the orthogonality within the factors and with an indication of the analysis of variance model. Has to be emphasized that the diagram do not substitute the usage of software but has a great meaning when the interest is about results comparisons and most of all to check the proper quotient for the F test.

O presente trabalho teve como principal objetivo o estudo das diferenças entre os resultados obtidos com o uso do método dos mínimos quadrados ponderados e de mínimos quadrados ordinários, no ajuste do modelo de Orskov e McDonald (1979) aos dados de degradação da matéria seca (MS) e fibra em detergente ácido (FDA) em novilhos Nelore fistulados, utilizando a técnica in situ. Foram utilizados os dados de um experimento delineado em quadrado latino 4x4 (quatro animais e quatro períodos) cujos tratamentos foram: dieta com sal de cálcio de ácidos graxos e monensina (A); dieta com caroço de algodão e monensina (B); dieta controle com monensina (C) e dieta com caroço de algodão sem monensina (D). As medidas de degradabilidade foram coletadas em oito ocasiões (0, 3, 6, 12, 24, 48, 72 e 96 horas). Como essas medidas são obtidas repetidamente no mesmo animal, espera-se que as variâncias das respostas nas diversas ocasiões não sejam iguais. Nas análises propostas foram utilizados os dados originais (MS e FDA) e os dados corrigidos para os efeitos de animal e de período. De uma forma geral, observou-se que o uso do método dos mínimos quadrados ponderados alterou os resultados das análises, produzindo um aumento das estatísticas dos testes e uma alteração da significância dessas estatísticas, por conta da retirada do efeito de animal e período dos dados originais e ao uso do método de mínimos quadrados ponderados, com a ponderação feita pelo inverso da variância dos dados em cada ocasião. The present work had as main objective the study of the differences between the results obtained using the method of the weighted least squares and ordinary least squares, in the fit of the model of Orskov and McDonald (1979) to the data of degradation of the dry matter (MS) and acid detergent fiber (ADF) in fistulated Nelore steers, using the technique in situ. The data of a delineated 4x4 Latin Square had been used (four animals and four periods) whose treatments had been: diet with calcium salt of fatty acid and monensin (A); diet with whole cottonseed and monensin (B); diet has control with monensin (C) and diet with whole cottonseed without monensin (D). The measures of degradability had been collected in eight occasions (0, 3, 6, 12, 24, 48, 72 and 96 hours). As these measures they are gotten repeatedly in the same animal, expects that the variances of the answers in the diverse occasions are not equal. In the analyses proposals the original data (MS and ADF) and the data corrected for the period and animal effect had been used. Of a general form, it was observed that the use of the method of the weighted least squares modified the results of the analyses, producing an increase of the statisticians of the tests and an alteration of the significance of these statisticians, for account of the withdrawal of the animal effect and period of the original data and to the use of the method of weighted least squares, with the weighted made for the inverse one of the variance of the given ones in each occasion.

O presente trabalho teve como objetivo estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos das características de qualidade de carne e de características de desempenho, carcaça e composição corporal em uma linhagem macho de frangos fornecida pela Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. As aves faziam parte do programa denominado sib test, ou teste de irmãos, aonde são coletadas informações de carcaça dos irmãos dos indivíduos a serem selecionados na referida linhagem, estes chamados de rebanho elite. As características de desempenho analisadas foram peso à seleção (PS), peso ao abate (PA) e medidas de ultra-sonografia de músculo peitoral (US). As características de carcaça analisadas foram o peso de peito (PPEI), o peso eviscerado (PE) e o peso de pernas (PPER) e as características de composição corporal analisadas foram o peso da gordura abdominal (GOR), o peso do fígado (FIG) e o peso do coração (COR). As características de qualidade de carne analisadas foram: medida de pH inicial (pHi), medida de pH em 6 horas após o abate (pH6), medida de pH final (pHf), amplitude inicial de queda de pH (AMi), amplitude final de queda de pH (AMf), teor de luminosidade (L*), teor de vermelho (a*), teor de amarelo (b*), perdas de água por exsudação (EXSU), perdas de água por descongelamento (CONG), perdas de água por cozimento (COZ) e força de cisalhamento (FC). Os componentes de (co) variância foram estimados por verossimilhança restrita, utilizando-se o programa MTDFREML. A matriz de parentesco foi composta por 107.154 animais. Para as características pH6, pHf e L* foram estimados coeficientes de herdabilidade moderados; para as demais características estes coeficientes foram baixos. As estimativas de correlações genéticas obtidas não foram indicativas de associações importantes entre as características de qualidade de carne e as características de desempenho, carcaça e composição corporal, exceto pela seleção a favor de PS, que pode reduzir as perdas de água da carne. As estimativas de correlações genéticas encontradas entre as características de qualidade de carne puderam contribuir para o entendimento dos mecanismos relacionados à qualidade da carne na linhagem analisada, de modo que CONG, FC e L* foram características capazes de trazer respostas correlacionadas favoráveis às demais e em maior ou menor grau apresentarem capacidade de resposta à seleção, recomendando-se sua utilização como critério de seleção quando na existência de necessidade de melhoria na qualidade da carne na linhagem estudada. Contudo, esta necessidade não foi aparente, uma vez que as tendências genéticas das características de qualidade de carne, além de terem sido de pequena magnitude, foram em sua maioria favoráveis à qualidade da carne da linhagem analisada. This research was conducted to estimate genetic and phenotypic parameters of meat quality, performance, carcass and body composition traits in a male broiler line provided by Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. Broilers measured belonged to a sib test program, in which data from sibs of the individuals to be selected in this line, called elite flock, are collected. Performance traits analyzed were body weight at selection (PS), body weight at slaughter (PA) and ultrasound records of pectoral muscle (US). Carcass traits analyzed were meat breast weight (PPEI), eviscerated body weight (PE) and leg weight (PPER) and the body composition traits analyzed were abdominal fat weight (GOR), liver weight (FIG) and heart weight (COR). Meat quality traits analyzed were: initial pH measure (pHi), pH measure at 6 hours after slaughter (pH6), final pH measure (pHf), initial range of pH fall (AMi), final range of pH fall (AMf), lightness (L*), redness (a*), yellowness (b*), weep losses (EXSU), drip losses (CONG), shrink losses (COZ) and shear force (FC). (Co) variance components were estimated by restricted maximum likelihood method, using the software MTDFREML. The numerator relationship matrix was composed by 107.154 individuals. For pH6, pHf and L*, moderate heritability coefficients were estimated; for the other traits these coefficients were low. Genetic correlation estimates obtained indicated a small association among meat quality traits and performance, carcass and body composition traits, except for the selection to PS, which seemed to be able to reduce water losses of meat. Genetic correlations estimates among meat quality traits could orientated the understanding of the mechanisms related to meat quality in the analyzed line; CONG, FC and L* seemed to be able to bring favorable correlationed responses, so it was recommended its use as selection criterion if existing the necessity of improving the meat quality in the analyzed line. However, this necessity was not apparent, since the genetic trends of meat quality traits were small and favorable to meat quality in the analyzed broiler line.

A seleção e produção de touros para o mercado pecuário tornam-se foco de muitos estudos, e um grande desafio para o segmento em se tratando da constante busca de melhorias nos desempenhos produtivos dessa categoria animal. A tese teve por objetivo simular o que poderá acontecer com a produção de reprodutores, em termos de quantidades produzidas e custos operacionais efetivos, sob a influência dos métodos de acasalamentos e das biotécnicas reprodutivas disponíveis no mercado nacional. A hipótese em questão é a de testar se acasalar matrizes, classificadas por genótipo, suas produções serão melhores do que quando comparada à produção de matrizes classificadas por fenótipo. Foram simulados 42 cenários produtivos, divididos em 21 cenários com acasalamento genotípico e 21 com acasalamento fenotípico. Em cada divisão constam simulações com uso de Monta Natural, Inseminação Artificial padrão e com sêmen sexado para machos, Transferência de Embriões padrão e com sêmen sexado para machos, Fecundação in vitro padrão e com sêmen sexado para machos, sendo que em todos os casos três níveis diferentes de taxas de concepção foram testados. Os resultados apontaram que o sistema de acasalamento teve influência direta na produção de tourinhos, sendo que o acasalamento por genótipo foi mais eficiente do que o acasalamento por fenótipo. As taxas de concepção influenciaram negativamente mais os resultados dos sistemas de acasalamento fenotípico. Há um grande aumento no custo operacional efetivo dos sistemas que utilizaram as biotécnicas reprodutivas de Transferência de Embriões e Fecundação in vitro, e consequentemente uma redução na lucratividade destes sistemas. As simulações com Monta Natural apresentaram as maiores Margens Brutas e as simulações com Inseminação Artificial com uso de sêmen sexado para machos apresentaram os maiores Lucros Brutos. The selection and production of bulls for the cattle market have both become the goal of many studies, as well as a great challenge for the segment, providing the constant search for performance improvement of that sort of animal. The target of this thesis is to simulate what may happen to the production of stud, in terms of quantity and effective operational costs, under the influence of the mating methods and the available reproduction biotechniques in the national market. The hypothesis under analysis consists of testing if mating matrices, classed by their genotype, their produce will be better than when compared to the produce of phenotype-classed matrices. 42 productive-scenes, divided into 21 genotype mating and 21 phenotype mating were simulated. In each of the scene divisions there were the following simulations: Natural Breeding, standard Artificial Insemination, Artificial Insemination with male-gendered semen, standard Embryo Transference, Embryo Transference with male-gendered semen, standard In-vitro Fecundation and In-vitro Fecundation with male-gendered semen, so that in all the cases, three different conception rates were tested. The results displayed that the mating system directly influenced the young bull production, once the genotype mating was more efficient than the phenotype mating. The conception rates negatively influenced the results of the phenotype mating mainly. There was a dramatic increase in the effective operational cost of the systems that used the reproductive biotechniques of Embryo Transference and In-vitro Fecundation, and, consequently, profitability reduction of those systems. The Natural Breeding simulations presented the highest Gross Margin, and the simulations of Artificial Insemination with male-gendered semen showed the highest Gross Profit.

Dados de 111.101 pesos a desmama ajustado aos 205 dias de idade (PES205), 50.860 pesos ajustados aos 390 dias (PES390) e 47.462 ganhos de peso até 185 dias após a desmama (GP185) foram analisados para avaliar a interação genótipos-ambientes e estimar parâmetros de adaptabilidade para sete combinações genotípicas de bovinos cruzados para corte, criados em três diferentes ambientes do Brasil. A interação genótipos-ambientes foi fonte de variação significativa (P