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Submitted by José Carlos de Oliveira Junior (j.oliveira-junior@unesp.br) on 2022-04-04T20:51:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação José Carlos - E. urophylla.pdf: 1955749 bytes, checksum: 9adcb06fd910d021f0d9044b8e66179f (MD5) Approved for entry into archive by Joao Josue Barbosa (joao.barbosa@unesp.br) on 2022-04-05T18:23:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_junior_jc_me_ilha.pdf: 1954267 bytes, checksum: d0422a3bc2c1e6596d27c8574bfe4340 (MD5) Made available in DSpace on 2022-04-05T18:23:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_junior_jc_me_ilha.pdf: 1954267 bytes, checksum: d0422a3bc2c1e6596d27c8574bfe4340 (MD5) Previous issue date: 2022-02-22 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Grande produtor de eucalipto, o estado do Mato Grosso do Sul tem uma base genética restrita ao clone AEC 144, o que implica na busca de genótipos adequados à região. Para tanto, o melhoramento sob diferentes estratégias de seleção tem papel fundamental na escolha dos materiais, mas demandam recursos e tempo. Por isso, uma alternativa a fim de diminuir o tempo é imprescindível, como a seleção precoce, associada às ferramentas moleculares, para avaliar a melhor recombinação entre genitores e estimar parâmetros mais criteriosos, importantes para a formação de pomares de sementes por mudas (PSM) e fornecer matéria prima de qualidade para a produção de celulose e madeira para serraria. O objetivo desta dissertação foi de verificar a variação genética em um teste de progênies de segunda geração de Eucalyptus urophylla (TP2G-TP-EU), tanto para características de crescimento como diâmetro a altura do peito, (DAP) e altura, quanto para o módulo de elasticidade, pensando na qualidade da madeira para serraria. Além disso, também foram avaliados os ganhos esperados e a diversidade genética com diferentes estratégias de seleção, e a correlação genética entre DAP e altura para a seleção precoce, com o intuito de formar um PSM de segunda geração, ao indicar as melhores recombinações por DAP entre os genitores selecionados. O TP2G-TP-EU foi instalado em 2016 em Selvíria-MS, oriundo de um PSM com 298 progênies. Seu delineamento experimental é em blocos casualizados, com 23 progênies, 30 repetições, com uma planta por parcela, em espaçamento 3 x 1,5 m. A altura (m) e o DAP (cm) foram mensurados entre 2017 e 2021, e o módulo de elasticidade (MOEd), coletado somente em 2021, usando o Treesonic, aparelho capaz de medir o MOEd da madeira em pé. As estimativas dos componentes de variância e parâmetros genéticos foram obtidas por REML/BLUP. A partir do valor aditivo individual, foram estimados os ganhos genéticos esperados para cada estratégia de seleção (S1 - individual; S2 - entre e dentro de progênies e S3 - dentro). Houve diferença significativa quanto ao LRT para os caracteres avaliados. O maior ganho genético esperado, para o DAP, ocorreu na S1 (6,68%). Houve alta correlação entre altura e DAP, seja em idades iguais ou diferentes. A correlação da posição dos indivíduos ao longo dos cinco anos do TP foi moderada a elevada (> 59%), com destaque entre o quarto e o quinto ano (97%), indicativo de potencial para a prática de seleção precoce para o estabelecimento de um PSM de segunda geração. Os 10 melhores cruzamentos foram selecionados para clonagem, por possuírem DAP com 75% de produtividade a mais do que a média, com 17,7 cm superiores à média geral (de 22,83 cm). A diferença entre as estratégias foi alta, sem comprometer a perda de alelos conforme o avanço dos ciclos de seleção. Para o modelo de elasticidade da madeira, as herdabilidades individuais foram médias, indicando potencial para o melhoramento dessa variável. Concluindo, a seleção individual é uma boa estratégia a ser aplicada nesta população apresentando maiores ganhos genéticos esperados, dando avanços nos siclos de melhoramento. Eucalyptus major producer, Mato Grosso do Sul state has a restricted genetic base to AEC 144 clone, which implies suitable genotypes search to the region. Therefore, breeding under different selection strategies plays a fundamental role in materials' choice, and require resources and time. Thus, an alternative to reduce time is essential, such as early selection, associated with molecular tools, to evaluate the best recombination between parents and estimate more careful parameters, important for seedlings seed orchards (SSO) formation and provide quality raw material for pulp and wood for sawmills production. The aim of this dissertation was to verify genetic variation in an Eucalyptus urophylla second-generation progenies of Eucalyptus urophylla test (TP2G-TP-EU), for growth characteristics as diameter at breast height (DBH) and height, as for elasticity modulus, considering wood quality for sawmills. Furthermore, the expected gains and genetic diversity with different selection strategies were also evaluated, and also the genetic correlation between DBH and height for early selection, in order to form a second-generation SSO, by indicating best DBH recombinations between selected parents. TP2G-TP-EU was installed in 2016 at Selvíria-MS, from a SSO with 298 progenies. Its experimental design is in randomized blocks, with 23 progenies, 30 replications, one plant per plot, spaced 3 x 1.5 m. Height (m) and DBH (cm) were measured between 2017 and 2021, and elasticity modulus (MOEd) was collected only in 2021, with Treesonic, device capable of measuring standing wood MOEd. Variance components and genetic parameters estimates were obtained by REML/BLUP. Based on individual additive value, expected genetic gains for each selection strategy were estimated (S1 - individual; S2 - between and within progenies and S3 - within). There was a significant difference regarding LRT for the evaluated characters. The highest expected genetic gain for DAP occurred in S1 (6.68%). There was a high correlation between height and DBH, whether at the same or different ages. Individuals' position correlation over PT five years was moderate to high (> 59%), with emphasis between the fourth and fifth year (97%), indicative of potential for early selection practice for a second-generation SSO establishment. 10 best crosses were selected for cloning, as they had DBH with 75% more productivity than average, with 17.7 cm higher than general average (22.83 cm). Difference between strategies was high, without compromising alleles loss as the selection cycles advanced. For wood elasticity model, individual heritabilities were average, indicating potential for this character improvement. In conclusion, individual selection is a good strategy to be applied in this population, presenting greater expected genetic gains, giving advances in breeding cycles. FAPESP: 2020/02059-6

Submitted by Bruno de Campos Souza (bruno.c.souza@unesp.br) on 2022-01-11T22:57:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Bruno de Campos Souza.pdf: 1396233 bytes, checksum: be80ab62ddc196f7ceb574b4f49417d9 (MD5) Approved for entry into archive by ROSEMEIRE APARECIDA VICENTE null (rose@btu.unesp.br) on 2022-01-12T13:34:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 souza_bc_me_bot.pdf: 1396233 bytes, checksum: be80ab62ddc196f7ceb574b4f49417d9 (MD5) Made available in DSpace on 2022-01-12T13:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 souza_bc_me_bot.pdf: 1396233 bytes, checksum: be80ab62ddc196f7ceb574b4f49417d9 (MD5) Previous issue date: 2021-11-12 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A biodiversidade marinha está exposta à uma ameaça crescente diante de inúmeras transformações ambientais. Compreender como os organismos respondem a tais mudanças é uma grande preocupação para os cientistas, principalmente envolvendo estudos de diversidade genética que podem ser melhor respondidos com o desenvolvimento recente de tecnologias em genômica. O sequenciamento de nova geração transformou o campo da genômica funcional, permitindo identificar polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em todo o genoma. Um modelo interessante de aplicação desta metodologia é representado pela espécie de raia marinha Pseudobatos percellens, popularmente conhecida como raia viola, uma vez que a falta de estudos envolvendo as populações desta espécie abordando principalmente questões de estruturação e diversidade genética. Este trabalho visou caracterizar geneticamente as populações de P. percellens que ocorrem na costa brasileira, em investigações que envolveram a identificação de possível ocorrência de estruturação genética na espécie utilizando marcadores moleculares do tipo SNPs, além de identificar conexões, diferenças e similaridades entre as populações a partir da aplicação de análises estatísticas utilizadas em genética de populações. Foi utilizadas 52 amostras de P. percellens obtidas em localidades da região litorânea dos estados do Amapá, Pará, Pernambuco, São Paulo e Paraná. A filtragem dos SNPs resultou em um conjunto final de 3.329 marcadores deste tipo. Em todas as localidades a heterozigosidade observada (Ho) apresentou um valor superior ao da heterozigosidade esperada (He) e os valores para o índice de fixação ou coeficiente de endogamia (FIS) foram negativos para todas as localidades amostradas, indicando não haver endogamia nesses grupos, confirmando um excesso de heterozigotos. Os resultados indicam uma estrutura populacional com Fst significativo e as estatísticas F (estimativas ΦST) geradas pela AMOVA revelaram a existência de heterogeneidade genética significativa. As análises Bayesiana e de DAPC revelaram pelo menos dois agrupamentos genéticos distintos de P. percellens. As taxas de migração calculadas com base nas estimativas de número de migrantes, detectou alta conectividade entre as regiões Norte (Amapá e Pará) e Nordeste (Pernambuco) pela existência de fluxo gênico entre os indivíduos dessas regiões. Da mesma forma, foi observada uma alta conectividade entre as regiões Sudeste (São Paulo) e Sul (Paraná). Entretanto, os valores de fluxo gênico entre esses dois grupos (Norte/Nordeste vs Sudeste/Sul) foram baixos. Considera-se, pois, que o comportamento de mobilidade de P. percellens poderia ter influencia nos padrões de diversidade genética encontrados com a aplicação dos marcadores SNPs analisados. A evidência de novos estoques genéticos é crítica para reforçar as políticas de conservação neste grupo de organismos que se apresenta com um grande número de espécies ameaçadas. Marine biodiversity is a growing threat in the face of countless environmental changes. Understanding how organisms respond to such changes is a major concern for scientists, especially involving studies of genetic diversity that can be better elucidated to with the recent development of technologies in genomics. Next-generation sequencing has transformed the field of functional genomics, enabling the identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) throughout the genome. An interesting model for the application of this methodology is represented by the guitarfish species Pseudobatos percellens, popularly known as “guitarfish”, since the lack of studies involving populations of this species addressing mainly issues of structuring and genetic diversity. This work aimed to genetically characterize the populations of P. percellens that occur on the Brazilian coast, in investigations that involved the identification of possible occurrence of genetic structuring in the is species using molecular markers such as SNPs, in addition to identifying connections, differences and similarities between populations with the application of statistical analyzes used in population genetics. Fifty-two samples of P. percellens obtained from localities in the coastal region of the states of Amapá, Pará, Pernambuco, São Paulo and Paraná were used. Filtering the SNPs resulted in a final set of 3,329 markers of this type. For all localities the observed heterozygosity (Ho) had a higher value than the expected heterozygosity (He) and the values for the fixation index or coefficient of inbreeding (Fis) were negative for all sampled localities, indicating that there was no inbreeding in these groups and an excess of heterozygotes. The results indicate a population structure with significant Fst and the F statistics (ΦST estimates) generated by AMOVA revealed the existence of significant genetic heterogeneity, with a partition of genetic variation. Bayesian and DAPC analysis revealed at least two distinct genetic groupings of P. percellens. The migration rates calculated through migrant’s number estimated returned high connectivity between North (Amapá e Pará) and Northeast regions by the existence of gene flow among the individuals of these regions. In the same way, high connectivity between Southeast (São Paulo) e South (Paraná) areas was observed. However, the values of genetic flow between these two groups (Norte/Nordeste vs. Sudeste/Sul) were low. Therefore, it is considered that the mobility behavior of P. percellens could be an influential factor in the genetic diversity found with the application of the analyzed SNPs markers. Evidence of new genetic stocks is critical to strengthen conservation policies in this group of organisms that has a large number of threatened species. FAPESP: 2018/25429-3

Submitted by Ana Cláudia Calchi (ana.calchi@unesp.br) on 2020-08-09T17:46:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Ana Claudia Calchi.pdf: 3933150 bytes, checksum: de4445fe3d0f3a08d00016e695975f68 (MD5) Approved for entry into archive by Adriana Helena Vitta Zoratti (adriana.zoratti@unesp.br) on 2020-08-10T17:23:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 calchi_ac_me_jabo.pdf: 3933150 bytes, checksum: de4445fe3d0f3a08d00016e695975f68 (MD5) Made available in DSpace on 2020-08-10T17:23:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 calchi_ac_me_jabo.pdf: 3933150 bytes, checksum: de4445fe3d0f3a08d00016e695975f68 (MD5) Previous issue date: 2020-07-08 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Os agentes Anaplasmataceae são α-proteobactérias Gram-negativos intracelulares obrigatórias que são transmitidos principalmente por vetores artrópodes. Embora os mamíferos da Superordem Xenarthra (preguiças, tamanduás e tatus) tenham sido implicados como reservatórios de vários agentes zoonóticos, apenas poucos estudos procuraram detectar agentes Anaplasmataceae neste grupo de mamíferos. Este estudo teve por objetivo investigar a ocorrência e diversidade genética de Anaplasma spp. e Ehrlichia spp. em amostras de sangue e baço de Xenarthra de vida livre de quatro estados no Brasil (São Paulo, Mato Grosso do Sul, Rondônia, e Pará). Foram efetuados ensaios de triagem por meio de nPCR e cPCR para detectar os genes rrs e dsb de Anaplasma spp. e Ehrlichia spp., respectivamente. Os ensaios foram positivos em 27,57% (91/330) para Anaplasma spp. e 24,54% (81/330) para Ehrlichia spp. Das 91 amostras positivas para Anaplasma spp., 56,04% foram positivas num ensaio de PCR convencional visando a região intergênica 23S-5S. Análises filogenéticas e de distância baseadas no gene rrs alocaram as sequências de Anaplasma de preguiças (Bradypus variegatus, Bradypus sp., Choloepus spp. e C. didactylus) capturadas nos estados de Rondônia e Pará em um único clado, que estava estreitamente relacionado com o clado de A. marginale, A. ovis, e A. capra. As sequências detectadas nos tamanduás-mirins (Tamandua tetradactyla) de São Paulo foram alocadas em um clado filogeneticamente relacionado com as sequências de Anaplasma spp. detectadas em Nasua nasua, Leopardus pardalis, e Cerdocyon thous no Brasil. Estas sequências foram posicionadas perto das sequências de A. odocoilei. A análise do genótipo corroborou as descobertas anteriores e demonstrou a circulação de dois genótipos distintos de Anaplasma em animais do norte e sudeste do Brasil. O primeiro genótipo era novo. O segundo foi previamente detectado em N. nasua, no estado de Mato Grosso do Sul. As análises da região intergênica também demonstraram dois genótipos distintos de Anaplasma. As sequências detectadas em Xenarthra dos estados do Pará e Rondônia estavam relacionadas com as de A. marginale, A. ovis, e A. capra. Enquanto que as sequências de Anaplasma spp. detectadas em Xenarthra de São Paulo foram alocadas em um clado irmão ao de A. phagocytophilum. As análises baseadas no gene dsb agruparam as sequências de Ehrlichia spp. de São Paulo, Mato Grosso do Sul, e Pará com sequências de E. canis e as de Rondônia e Pará com E. minasensis. Os dados indicam a ocorrência de E. canis e E. minasensis e duas possíveis novas espécies de Anaplasma spp. em mamíferos de vida livre da Superordem Xenarthra no Brasil. Anaplasmataceae agents are obligatory intracellular Gram-negative α-proteobacteria that are transmitted mostly by arthropod vectors. Although mammals of the Superorder Xenarthra (sloths, anteaters, and armadillos) have been implicated as reservoirs for several zoonotic agents, only few studies have sought to detect Anaplasmataceae agents in this group of mammals. This study aimed to investigate the occurrence and genetic diversity of Anaplasma spp. and Ehrlichia spp. in blood and spleen samples of free-living Xenarthra from four different states in Brazil (São Paulo, Mato Grosso do Sul, Rondônia, and Pará). Nested and conventional PCR screening assays were performed to detect the rrs and dsb genes of Anaplasma spp. and Ehrlichia spp., respectively. The assays were positive in 27.57% (91/330) of the Anaplasma spp. and 24.54% (81/330) of the Ehrlichia spp. Of the 91 positive Anaplasma spp. samples, 56.04% were positive in a conventional PCR assay targeting the 23S-5S intergenic region. Phylogenetic and distance analyses based on the rrs gene allocated Anaplasma sequences from sloths captured in Rondônia and Pará states in a single clade, which was closely related to the A. marginale, A. ovis, and A. capra clades. The sequences detected in southern anteaters from São Paulo were allocated in a clade closely related to sequences of Anaplasma spp. detected in Nasua nasua, Leopardus pardalis, and Cerdocyon thous in Brazil. These sequences were positioned close to A. odocoilei sequences. Genotype analysis corroborated previous findings and demonstrated the circulation of two distinct Anaplasma genotypes in animals from north and southeast Brazil. The first genotype was new. The second was previously detected in N. nasua in Mato Grosso do Sul state. The intergenic region analyses also demonstrated two distinct genotypes of Anaplasma. The sequences detected in Xenarthra from Pará and Rondônia states were closely related to those in A. marginale, A. ovis, and A. capra. Anaplasma spp. sequences detected in Xenarthra from São Paulo and were allocated close to those in A. phagocytophilum. The analyses based on the dsb gene grouped the Ehrlichia spp. sequences with sequences of E. canis (São Paulo, Mato Grosso do Sul, and Pará) and E. minasensis (Rondônia and Pará). The data indicate the occurrence of E. canis and E. minasensis and two possible new Candidatus species of Anaplasma spp. in free-living mammals of the Superorder Xenarthra in Brazil. FAPESP: 2018/13838-6

Submitted by Lara Comar Riva (lara-comar@hotmail.com) on 2020-04-14T16:19:12Z No. of bitstreams: 1 Lara final.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Submitted by Lara Comar Riva (lara-comar@hotmail.com) on 2020-04-14T16:19:12Z No. of bitstreams: 1 Lara final.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Submitted by Lara Comar Riva (lara-comar@hotmail.com) on 2020-04-14T16:19:12Z No. of bitstreams: 1 Lara final.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Approved for entry into archive by Raiane da Silva Santos (raiane.santos@unesp.br) on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Submitted by Lara Comar Riva (lara-comar@hotmail.com) on 2020-04-14T16:19:12Z No. of bitstreams: 1 Lara final.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Approved for entry into archive by Raiane da Silva Santos (raiane.santos@unesp.br) on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Submitted by Lara Comar Riva (lara-comar@hotmail.com) on 2020-04-14T16:19:12Z No. of bitstreams: 1 Lara final.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Approved for entry into archive by Raiane da Silva Santos (raiane.santos@unesp.br) on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Made available in DSpace on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT). 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No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Made available in DSpace on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Approved for entry into archive by Raiane da Silva Santos (raiane.santos@unesp.br) on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Made available in DSpace on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Approved for entry into archive by Raiane da Silva Santos (raiane.santos@unesp.br) on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Made available in DSpace on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Made available in DSpace on 2020-04-14T16:31:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 riva_lc_me_ilha.pdf: 1991540 bytes, checksum: eeef50af7c6bbd88a4da6627cdb16cd7 (MD5) Previous issue date: 2020-02-18 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) As ações antrópicas no bioma Cerrado levaram a perturbações do seu ecossistema e a fragmentação das florestas, colocando em risco de extinção a espécie Myracrodruon urundeuva. O objetivo do estudo foi avaliar os caracteres silviculturais para estimar os parâmetros genéticos nos bancos de germoplasma provenientes de populações naturais em Bauru-SP e Selvíria-MS, a fim de adquirir informações que possibilitem a formação de pomares de sementes melhoradas visando a qualidade da madeira. Aos 31 anos de idade, analisou-se os caracteres altura total (ALT), diâmetro médio da copa (DMC), diâmetro na altura do peito (DAP), forma do fuste (FOR), densidade básica da madeira (DBM), relação cerne/alburno (RC/Ab) e sobrevivência (SOB). Utilizou-se o procedimento REML/BLUP via metodologia dos modelos lineares mistos para estimar os componentes de variância, os parâmetros genéticos e as estimativas de correlações genéticas entre os caracteres. Para as análises de divergência genética foi utilizado o programa Genes. Os testes de progênies de ambas as populações apresentaram variação genética. Os caracteres referentes a qualidade de madeira (DBM e RC/Ab) foram os que apresentaram maiores herdabilidades, com cerca de 0,80 e coeficiente de variação genética (16,57% a 70,10%). As correlações genéticas mostraram diferentes resultados em ambas as populações, com Selvíria sendo a população com maiores correlações positivas significativas, permitindo o uso de seleção direta e indireta tanto para os caracteres de crescimento quanto para os de qualidade de madeira. Nas análises de dissimilaridade a população de Selvíria foi a que apresentou mais agrupamentos (12), sugerindo maior diferenciação genética entre suas progênies. A predição de ganho, com intensidade de seleção de 30% das progênies, propiciou ganhos com cerca de 11% para a DBM em ambas as populações e ganhos de 53% para a RC/Ab para população de Bauru e 32,10% para a população de Selvíria. A razão sexual foi próxima ao esperado na natureza (1♂:1♀) e o tamanho efetivo apresentou cerca de 50% dos indivíduos dos testes de progênies de ambas as populações contribuíram nesse evento reprodutivo. Dessa forma, é possível transformar os dois testes de progênies em futuro pomar de sementes visando qualidade da madeira e conservação ex situ a longo prazo. Anthropic actions in the Cerrado biome led to disturbances of its ecosystem and the fragmentation of forests, putting the species Myracrodruon urundeuva at risk of extinction. The objective of the study was to evaluate the silvicultural traits to estimate the genetic parameters in the germplasm banks from natural populations in Bauru-SP and Selvíria-MS, in order to acquire information that allows the formation of improved seed orchards aiming at the quality of the wood. At 31 years of age, the characters total height (ALT), average crown diameter (DMC), diameter at chest height (DAP), stem shape (FOR), basic wood density (DBM), ratio heartwood / sapwood (RC / Ab) and survival (SOB). The REML / BLUP procedure was used via mixed linear models methodology to estimate the components of variance, genetic parameters and estimates of genetic correlations between the characters. For the genetic divergence analyzes, the Genes program was used. The progeny tests of both populations showed genetic variation. The characters referring to wood quality (DBM and RC / Ab) were those with the highest heritability, with about 0,80 and coefficient of genetic variation (16,57% to 70,10%). The genetic correlations showed different results in both populations, with Selvíria being the population with the highest significant positive correlations, allowing the use of direct and indirect selection for both growth and wood quality characters. In the dissimilarity analyzes, the Selvíria population was the one with the most clusters (12), suggesting greater genetic differentiation between their progenies. The prediction of gain, with selection intensity of 30% of the progenies, provided gains of about 11% for the DBM in both populations and gains of 53% for the RC / Ab for the population of Bauru and 32,10% for the population. Selvíria population. The sex ratio was close to what was expected in nature (1♂: 1♀) and the effective size presented about 50% of the individuals in the progeny tests of both populations contributed to this reproductive event. In this way, it is possible to transform the two progeny tests into a future seed orchard, aiming at wood quality and long term ex situ conservation. CAPES: 001

Submitted by DARDANIA SOARES CRISTELI (dardaniacristeli@yahoo.com.br) on 2018-08-27T16:49:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_me_cristeli_ds.pdf: 3101355 bytes, checksum: 1ad25fb2229ac481f2c2d659cbd9d640 (MD5) Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-08-29T12:06:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cristeli_ds_me_ilha.pdf: 3101355 bytes, checksum: 1ad25fb2229ac481f2c2d659cbd9d640 (MD5) Made available in DSpace on 2018-08-29T12:06:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cristeli_ds_me_ilha.pdf: 3101355 bytes, checksum: 1ad25fb2229ac481f2c2d659cbd9d640 (MD5) Previous issue date: 2018-08-16 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Populações braquíticas têm sido constantemente estudadas no melhoramento de milho, o interesse por cultivares de porte baixo tem aumentado, principalmente por tolerarem plantios adensados, permitindo maior número de plantas por hectare. A prolificidade é um dos principais componentes na produção do milho que além da estabilidade de produção permite maior eficiência na utilização de nutrientes na planta. O objetivo deste trabalho foi verificar a variabilidade genética, para diferentes caracteres, presente nas populações Isanão VF-1 e Isanão VD-1 após sete ciclos de seleção massal para prolificidade. Foram avaliadas 121 progênies de meios irmãos da população Isanão VF-1 e 65 progênies da população Isanão VD-1, ambas populações de milho braquítico, na segunda safra do ano agrícola 2017 (E1) e primeira safra 2017/2018 (E2). Os caracteres avaliados para as duas épocas de semeadura foram enfezamento, tombamento, prolificidade e rendimento de espigas, e apenas para a E2 foram avaliados florescimento feminino, altura de plantas, altura de espigas e rendimento de grãos. Foram estimados parâmetros genéticos e os ganhos esperados com seleção com intensidade de seleção de 20%, para cada época e conjuntamente. Para a população Isanão VF-1 foram estimadas herdabilidades que variaram entre 37,70% e 74,82%, e ganhos de -5,11%, -10,48% para enfezamento, 19,57% e 7,13% para prolificidade, 20,75% e 15,74% para rendimento de espigas na E1 e E2 respectivamente. Para a população Isanão VD-1 as herdabilidades variaram entre 8,01% e 75,36%, e os ganhos estimados foram de -3,20% e -9,57% para enfezamento, 12,35% e 1,98% para prolificidade, 24,42% e 10,22% para rendimento de espigas, nasE1 e E2, nesta ordem. Nas análises conjuntas a interação progênies x épocas apresentou interação significativa para todos os caracteres avaliados na E1 e na E2 apenas para rendimento de espigas. Os baixos valores de herdabilidade nas análises conjuntas, associados a baixos valores de ganho estimados, sugerem que para as duas populações sejam conduzidos processo de seleção distintos para cada época. Mesmo após sete ciclos de seleção massal para prolificidade as populações avaliadas mantêm variabilidade genética suficiente para futuros ciclos de seleção. Maize brachytic populations have been constantly studied in maize breeding, the interest for low-growing cultivars has increased, mainly because they tolerate high density of plants. Prolificacy is one of the main components of yield in maize that besides the yield stability allows higher efficiency in the use of nutrients in the plant. The objective of this work was to verify the genetic variability for different carachteres in the Isanão VF-1 and Isanão VD-1 brachytic populations after seven cycles of mass selection for prolificacy. A total of 121 open cross corn progenies from the Isanão VF-1 population and 65 open cross corn progenies from the Isanão VD-1 population, both brachytic maize populations, were evaluated in first crop 2017 (E1) and second crop 2017/2018 (E2). The evaluated traits for the two seasons were corn stunt complex, fall index, prolificacy and ear yield, and only for E2 were evaluated feminine flowering, plant height, ear height and grain yield. Genetic parameters and expected gains with selection, with 20% of intensity, were calculated for each season and jointly. For the Isanão VF-1 population, heritabilities were estimated from 37.70% to 74.82%, and expected gains of -5.11%, -10.48% for corn stunt complex, 19.57% and 7.13% for prolificacy, 20.75% and 15.74% for ear yield at E1 and E2 respectively. For the Isanão VD-1 population the heritabilities varied between 8.01% and 75.36%, and estimated gains were -3.198% and -9.565% for corn stunt complex, 12.346% and 1.982% for prolificacy, 24.423% and 10, 22% for ear yield at E1 and E2, in that order. In the jointly analyses the progenies x seasons interaction was significant for all traits evaluated in E1 and E2 only for ear yield. The low values of heritability in the jointly analyses, associated to low values of expected gains selection, suggest that for the two brachytic populations, distinct selection processes are conducted for each season. Even after seven cycles of mass selection for prolificacy, the populations evaluated maintain sufficient genetic variability for future selection cycles.

Submitted by ELOISE BRASIL DE MORAES null (eloise.moraes@hotmail.com) on 2016-09-27T17:52:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Mestrado Eloise Brasil de Moraes 27092016.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) Made available in DSpace on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found high statistical significance for the factors and alcohol use by age group, with conflicting data already published in the literature. The results generated interesting questions that should be addressed in the future. A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) o agente etiológico. O estudo da epidemiologia molecular associada à epidemiologia clássica propicia a compreensão da disseminação de M. tuberculosis e auxilia na investigação epidemiológica, determinando surtos e fatores de risco para a transmissão na população. Este estudo teve como objetivo fornecer uma visão mais apurada sobre a epidemiologia molecular e a diversidade genética de M. tuberculosis pela técnica de MIRU-VNTR e também obter um melhor entendimento da relevância do potencial epidemiológico e clínico do genótipo RDRio em cepas de municípios do Estado de São Paulo investigando as possíveis associações com dados clínicos e epidemiológicos. Além de investigar uma possível transmissão entre contatos de pacientes com TB. Foi observada uma heterogeneidade nas duas regiões que se agruparam independentemente na análise filogenética. Apesar disso alguns isolados específicos das duas regiões apresentaram alta similaridade genética. Quando investigado dados epidemiológicos desses pacientes 30% deles eram provenientes de unidades prisionais. O que sugere um processo de transmissão recente de dentro das penitenciárias para a comunidade geral entre essas duas regiões. Apesar de a taxa de agrupamento encontrada ser baixa, observamos na formação de cluster a presença novamente de pacientes compartilhando mesmo perfil genético dentro de penitenciárias distintas, sugerindo ainda transmissão entre unidades prisionais diferentes. Com relação à deleção RDRio foi encontrado alta significância estatística para os fatores etilismo e por faixa etária, dados divergentes com os já publicados na literatura. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem ser abordados em estudo futuros. FAPESP: 2013/09538-3

Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-12T16:24:11Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .docx: 12180698 bytes, checksum: 0b51e871edef061aec85296cd07c23db (MD5) Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A versão final da dissertação/tese deve ser submetida no formato PDF (Portable Document Format). O arquivo PDF não deve estar protegido e a dissertação/tese deve estar em um único arquivo, inclusive os apêndices e anexos, se houver. Por favor, corrija o formato do arquivo e realize uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2016-04-13T17:13:45Z (GMT) Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-13T19:02:08Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto parcial porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o prazo para disponibilização de texto completo não se aplica por se tratar de texto completo a ser disponibilizado imediatamente. Caso opte pela disponibilização do texto completo selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto completo”. Caso queira disponibilizar imediatamente apenas o texto parcial indique no campo “data para disponibilização do texto completo” o tempo em que apenas a versão parcial estará disponível. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. on 2016-04-14T20:27:20Z (GMT) Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-15T11:10:36Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-15T13:01:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 machado_cm_me_ilha.pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) Made available in DSpace on 2016-04-15T13:01:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 machado_cm_me_ilha.pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) Previous issue date: 2106-03-01 Com o advento do PNPB (Programa Nacional de Produção de Biodiesel), novas alternativas de produção de biodiesel são de suma importância para a sustentabilidade do programa. A macaúba (Acrocomia aculeata) é uma palmeira nativa das florestas tropicais e uma das espécies mais difundidas pelo cerrado brasileiro e outros biomas que o circundam. Por muito tempo, o olhar sobre a palmeira macaúba foi tido como planta problemática e invasora, devido principalmente à presença dos espinhos pontiagudos e finos que provocam lesões. Esta planta despertou o interesse de vários setores, pelo seu alto potencial de produtividade, teor de óleo, rusticidade e a utilidade de seus vários produtos nos mais diversos setores industriais. O objetivo deste trabalho foi conhecer as características ecológicas, serviços ambientais, fenológicas, silviculturais, genéticas de uma população base de macaúba para formar uma coleção de trabalho, com alta produtividade de sementes e porcentagem de óleo. Para tanto, foi avaliada uma população de A. aculeata, localizada no antigo canteiro de obras da UHE. Eng. Sergio Motta em Rosana, no Estado de São Paulo, Brasil. Para obter estimativas de parâmetros genéticos que contribuam para seleção de genótipos superiores para a propagação e plantação em larga escala e definição de ideótipos genético-agronômicos de macaúba. Os resultados demonstram que a população de macaúba estudada tem uma ampla variabilidade genética, refletindo diretamente na produtividade de frutos, demonstrando também o potencial de utilização dos materiais existente em programas de melhoramento genético e conservação genética, além de ser uma espécie pioneira antrópica com importância na sucessão secundária com facilitadora e promotora de novos incrementos ecológicos. Essas informações são fundamentais, principalmente para uma espécie cujo trabalho de melhoramento estão apenas no começo. With the advent of PNPB (National Program for Biodiesel Production), new biodiesel production alternatives are critical to the program's sustainability. The macaúba (Acrocomia aculeata) is a native palm of rainforests and one of the most widespread species by the Brazilian savanna and other biomes surrounding it. For a long time, look at the palm macaúba was seen as problematic and invasive plant, particularly due to the presence of sharp, thin spikes that cause injuries. This plant has sparked interest from various sectors, for its high yield potential, oil content, hardiness and usefulness of its various products in various industrial sectors. The objective of this study is to understand the ecological characteristics, phenological, forestry and select matrices of a macaúba base population to form a collection of work with high seed yield and oil percentage. To that end, it evaluated one population of A. aculeata, located in the former site of the hydroelectric works. Eng. Sergio Motta Rosana in the state of São Paulo, Brazil. For estimates of genetic parameters that contribute to select genotypes for propagation and planting on a large scale and definition of genetic agronomic ideotypes of macaúba. The results show that the population of macaúba studied has a wide genetic variability, reflecting directly on the fruit yield, also demonstrating the potential use of existing materials in breeding programs and genetic conservation, as well as being a pioneer anthropic kind of importance in secondary succession with a facilitator and promoter of new ecological increments This information is critical, especially for a species whose breeding work is just beginning.

Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:55:50Z : No. of bitstreams: 1 000863115.pdf: 1460438 bytes, checksum: e83408ca558426e55907a44e2bbcee1b (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Entre os diferentes ambientes da Mata Atlântica as áreas de maior altitude são o hábitat de algumas espécies endêmicas de anfíbios anuros. Tais espécies podem fornecer evidências para testar a hipótese de que os ambientes montanhosos e acidentados propiciam barreiras à dispersão, fazendo com que cada população, passando por processos independentes de evolução, sofra especiação. Ischnocnema holti encontra-se em áreas de altitude da Mata Atlântica e trabalhos anteriores revelaram que há divergência genética entre os espécimes de diferentes localidades, havendo confusão de identificação com Ischnocnema lactea. Os objetivos deste estudo foram caracterizar geograficamente a diversidade genética de I. holti; discutir a existência de possíveis novas espécies neste complexo e inferir os processos históricos envolvidos em sua diversificação. Para inferir as relações filogenéticas, utilizamos dados de sequências de dois genes de DNA mitocondrial e quatro genes nucleares juntamente com Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. Estimamos tempos de divergência (TMRCA) e também utilizamos a análise de agrupamento Bayesiano. Finalmente, nós modelamos o complexo sob condições atuais e passadas. Os resultados deste trabalho indicam que as populações de I. holti e I. lactea formam um complexo de espécies distribuídas nos topos das montanhas da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Nós encontramos seis clados bem suportados pelos marcadores mitocondriais e nucleares (ainda que com pequenas variações) e geneticamente bem divergentes, porém não foi possível resolver a relação entre os mesmos. As modelagens sugerem que as populações deste complexo permaneceram restritas as regiões de altitude pelo menos desde o Último Interglacial (120 mil anos atrás), ainda que possam ter tido uma pequena expansão de habitat no último Máximo Glacial. A datação da... Among the different environments of the Atlantic forest, the high altitude areas are habitat for some endemic species of amphibians. Such species can provide evidence to test the hypothesis that mountainous environments provide barriers to the dispersion. Thus, each population can evolve independently, suffering speciation. Ischnocnema holti is found in high altitude areas of the Atlantic forest. Previous papers have shown that there is genetic divergence between samples from different locations and that there is misidentification with Ischnocnema lactea. The aims of this study were to characterize geographically the genetic diversity of Ischnocnema holti, to discuss the existence of possible new species in this complex, and to infer the historical processes involved in the diversification of Ischnocnema holti. We infer phylogenetic relationships using DNA sequence data from two mitochondrial and four nuclear genes coupled with Bayesian and Maximum Likelihood reconstructions.We estimated divergence times (tMRCA) and also used Bayesian clustering analysis. Finally, we modelled the location of suitable climate for the complex species under present-day conditions and paleoclimates (SDMs). These results indicate that populations of I. holti and I. lactea form a complex of species distributed in the tops of the mountains of the Atlantic Forest of southeastern Brazil. We found six clades supported by mitochondrial and nuclear markers (even with minor variations) and genetically divergent, however we could not resolve the relationship between them. The modeling suggests that the populations of this complex remained restricted regions of altitude at least since the Last Interglacial (LIG), although they may have had a small habitat expansion in the last Glacial Maximum. The dating of the separation of lineages also suggests an older isolation, and the separation would have occurred between 7 and 11 million years... FAPESP: 2013/22702-7

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:22Z : No. of bitstreams: 1 000869202.pdf: 1622920 bytes, checksum: 6e4ef18be4deb79adcb642a6647d7344 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) Financiadora de estudos e Projetos (FINEP)

Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:55:32Z : No. of bitstreams: 1 000863119.pdf: 6830116 bytes, checksum: 9931083c1fe36ec43ffb0e77513cdd3c (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O gênero Elachistocleis é composto atualmente por 16 espécies além de Elachistocleis ovalis, considerada espécie inquirenda. Diversos autores indicam a necessidade de uma revisão taxonômica do gênero em seus trabalhos, alegando a presença de complexos de espécies ainda a serem descritos e, apesar do avanço da genética como ferramenta taxonômica nas últimas duas décadas, nenhum trabalho desse tipo foi realizado para as espécies do gênero. Nesse estudo foi avaliada a diversidade genética de Elachistocleis cesarii com considerações taxonômicas, além de buscar entender suas relações com as demais espécies do gênero. Uma abordagem integrativa, usando dados moleculares e morfológicos, foi utilizada. Foram encontrados baixos valores de divergência genética dentro da espécie e em comparação com as demais de ventre manchado, assim como uma sobreposição geográfica e de caracteres morfológicos, nos levando a crer que o gênero Elachistocleis contém espécies que devem ser sinonimizadas The genre Elachistocleis is currently composed of 16 species aside from Elachistocleis ovalis, considered species inquirenda. Several authors indicate the necessity of an taxonomic revision in their work, citing the presence of complex of species to be described and, despite the advance of genetic and taxonomic tools in the last two decades, no such work was carried out from this genre. In this study we evaluated the genetic diversity of Elachistocleis cesarii with taxonomic considerations, and seek to understand it relationship with the other species of the genus. An integrative approach, using molecular and morphological data was used. Low genetic diversity values were found within species and compared with other spotted belly, as well as geographical and morphological characters overlap, leading us to believe that the Elachistocleis genus contains species that should be synonymized FAPESP: 2013/19490-8

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-07Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000811503_20160307.pdf: 224941 bytes, checksum: 0f2f860ed1d045cc0cf630d167f85703 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-07T11:06:09Z: 000811503_20160307.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T11:07:03Z : No. of bitstreams: 1 000811503.pdf: 508154 bytes, checksum: 8b96a194847aef41b3eb5e7279600c50 (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A papilomatose respiratória recorrente (PRR) é uma doença caracterizada pela formação de papilomas benignos no trato respiratório superior. A infecção pelo Papilomavírus Humano (HPV) é a principal causa da doença, principalmente os tipos 6 e 11, que são considerados de baixo risco oncogênico. A região promotora LCR (long control region) contêm elementos cis-reguladores para fatores transcricionais (FTs) celulares e virais que controlam a expressão gênica precoce e a replicação viral. Alterações nucleotídicas dentro da LCR podem sobrepor sítios de ligação de FTs e influenciar a afinidade de ligação, a atividade transcricional e o curso clínico das doenças associadas á infecções por HPV. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar as variantes moleculares de HPV entre os indivíduos com diagnóstico de PRR e analisar o impacto da variabilidade nucleotídica da LCR sob a transcrição viral. O sequenciamento da LCR de amostras HPV-6 positivas revelou cinco variantes genômicas não descritas anteriormente. Por meio de análise computacional, observou-se que as alterações nucleotídicas detectadas sobrepõem potenciais sítios de ligação para alguns fatores de transcrição. A variante HPV-6vc foi a mais prevalente dentre as amostras analisadas (69,2%), sendo mais prevalente nos casos de papilomatose juvenil. Com relação à atividade transcricional, a variante HPV-6vc é mais ativa que a variante molecular HPV-6a. Além disso, observou-se que outras alterações observadas influenciaram na atividade transcricional que foi indiretamente medida por ensaios de luciferase. Vale ressaltar que este é o primeiro trabalho que descreve as diferenças de atividade do promotor entre variantes naturais de HPV-6. Esta pesquisa é de extrema relevância, pois fornece informações importantes sobre a função biológica de variabilidade genômica intratípica de HPV-6 Recurrent respiratory papillomatosis (RRP) is a disease characterized by the formation of benign papillomas in the upper respiratory tract. Human Papillomavirus infection (HPV) is the main cause of the disease, particularly types 6 and 11 which are considered low-risk oncogenic HPV. The promoter region LCR (Long Control Region) contains cis-regulatory elements for cellular and viral transcription factors (TF) that control viral early gene expression and replication. Nucleotide alterations within the LCR may overlap TFs elements and impact upon the binding affinity, the transcriptional activity and ultimately on the clinical outcome associated to HPV infections. Our aim was to characterize molecular variants of HPV among individuals diagnosed with RRP and to analyze the impact of LCR nucleotide divergence upon viral early transcription. LCR sequencing of the HPV-6 positive samples revealed five genomic variants not previously described. Through computational analysis, we found that nucleotide changes detected overlapps potential binding sites for several transcription factors. HPV-6vc-related variant was the most prevalent among the samples analyzed (69.2%) and more prevalent in cases of juvenile papillomatosis. Concerning transcriptional activity, HPV-6vc-related variant is more active than HPV-6a molecular variant. Further, we observed that other alterations observed strongly impacts transcriptional activity indirectly measured by luciferase assays. To our knowledge, this is the first report describing differences in promoter activity among naturally occurring variants of HPV-6. Research in this area is anticipated to provide important information concerning the biological significance of HPV-6 intratype genomic variability