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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O bicudo verdadeiro (Sporophila maximiliani) é uma ave bastante admirada entre os apreciadores de aves canoras de gaiola, principalmente na região central do Brasil. A espécie é considerada criticamente ameaçada no Brasil, estando extinta nos estados do Rio de Janeiro e São Paulo. Em contraste, a população de bicudos legalmente em cativeiro é bastante significativa, com mais de 300 mil indivíduos. Conhecer a situação genética do bicudo é essencial para a tomada de decisões antes da soltura, uma vez que mesmo com as características físicas próximas de indivíduos de vida livre, sua diversidade genética ou a presença de híbridos pode prejudicar a sobrevivência da espécie na natureza a longo prazo. Por isso o desenvolvimento de marcadores moleculares que permitem avaliar a diversidade genética e a presença de possíveis híbridos, é essencial para a condução de programas de reintrodução de forma segura e bem sucedidas a longo prazo. Este trabalho teve por objetivo padronizar marcadores microssatélites compatíveis com a tecnologia NGS e analisar sequências de COI de espécimes em cativeiro de Minas Gerais. Foram desenhados 50 pares de primers e submetidos a PCRs em diferentes condições, dos quais 13 foram padronizados, sendo a maioria sensível a pequenas quantidades de DNA e pouco específicas; o que pode ser útil para futuros estudos com outras espécies do gênero. Foram analisadas 119 sequências do gene mitocondrial COI e três espécies: S. atrirostris, S. crassirostris e S. maximiliani. Não foi observado um agrupamento entre as espécies, podendo estar relacionada com a hibridização em cativeiro, devido à dificuldade de identificação das fêmeas de diferentes espécies, também não foi observada uma estruturação genética dentro dos criatórios, provavelmente devido ao fluxo gênico devido à transferência de animais entre esses locais. Com isso, novos estudos com diferentes marcadores precisam ser realizados a fim se conhecer melhor a situação genética da espécie em cativeiro.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais Dentre os peixes neotropicais, o gênero Astyanax é considerado como um dos mais diversos e abundantes. São peixes conhecidos popularmente como lambaris ou piabas e apesar de serem amplamente estudados, suas relações filogenéticas ainda são incertas, em função de uma taxonomia complexa repleta de espécies crípticas e complexos de espécies. Há algumas décadas, estudos com citogenética clássica e molecular têm fornecido dados valiosos sobre a dinâmica cromossômica do gênero, ajudando à identificar os complexos de espécie e à traçar suas histórias evolutivas. Seguindo os avanços nas tecnologias de sequenciamento de genomas e na biologia computacional, uma nova área tem crescido, a Ciência de Dados Genômicos, fornecendo uma infinidade de novas ferramentas e abordagens para estudos genéticos, ecológicos e evolutivos em diversos organismos. Nesta dissertação, exploramos algumas dessas ferramentas no genoma de Astyanax altiparanae, que, diferentemente de outras espécies do gênero, é cromossomicamente pouco diversa, onde os marcadores citogenéticos atuais não se mostram muito resolutivos. Com os dados genômicos obtidos por sequenciamento de nova geração (NGS) e utilizando de uma série de ferramentas de bioinformática, objetivamos realizar a montagem de um mitogenoma completo para A. altiparanae e analisar o satelitoma desta espécie. O mitogenoma obtido foi descrito e foi feita a anotação funcional do mesmo. Construímos uma filogenia a partir desse mitogenoma em conjunto com os de outros Characiformes disponíveis na literatura e exploramos o satelitoma de A. altiparanae, onde descobrimos e classificamos 32 sequências de DNAs satélites promissores para a espécie. Com base nos resultados obtidos, concluímos que a filogenia baseada em genomas mitocondriais completos dispõe a espécie A. altiparane como grupo irmão de A. mexicanus e reforça a ideia de uma condição parafilética para o gênero. Além disso, das 32 sequências de elementos repetitivos identificadas, sugerimos três como possíveis novos marcadores citogenéticos para A. altiparanae e para Astyanax como um todo. Por fim, demonstramos que as abordagens in silico se inserem como um complemento forte para as técnicas clássicas de citogenética e FISH, sendo desde já imprescindíveis uma vez que, ao suprir algumas das limitações da citogenética clássica e da FISH, fornecem novos pontos de partida para melhor entender os mecanismos genéticos e cromossômicos por detrás dos padrões evolutivos dos Astyanax, ajudando assim, numa reconstrução mais precisa da história do gênero. Among neotropical fish, the genus Astyanax is considered one of the most diverse and abundant. These fish are popularly known as “tetras” or “piabas” and despite being widely studied, their phylogenetic relationships are still uncertain, due to a complex taxonomy filled with cryptic species and species complex. For some decades, classical cytogenetics and molecular studies have provided valuable data on the chromosomal use of the genus, helping to identify species complexes and track their evolutionary histories. Following advances in genome sequencing technologies and computational biology, a new area has grown, Genomic Data Science, providing a wilderness of new tools and approaches for genetic, ecological and evolutionary studies in diverse organisms. In this dissertation, we explore some of these tools in the Astyanax altiparanae genome, which, unlike other species of the genus, has poor chromosomally diversity, where current cytogenetic markers can be less effective. With the genomic data obtained by Next-Generation Sequencing (NGS) and using a series of bioinformatics tools we aim to carry out the assembly of a complete mitogenome for A. altiparanae and analyze the satellite of this species. The mitogenome obtained was described and its functional annotation was made. We built a phylogeny from this mitogenome together with those of other characiforms available in the literature and explored the A. altiparanae satellite, where we discovered and classified 32 promising satellite DNA sequences for the species. Based on the results obtained, we conclude that phylogeny based on complete mitochondrial genomes makes the A. altiparane species the sister group of A. mexicanus and reinforces the idea of a paraphyletic condition for the genus. In addition, of the 32 sequences of repetitive elements identified, we suggest three as possible new cytogenetic markers for A. altiparanae and for the genus as a whole. Finally, we demonstrate that in silico approaches are a strong complement to the classic techniques of cytogenetics and FISH, being essential since, by addressing some of the limitations of these two techniques, they provide new starting points to better understand the genetic and chromosomal mechanisms behind the evolutionary patterns of Astyanax, thus helping in a more accurate reconstruction of the history of the genre.

Impactos antropogênicos são uma ameaça crescente para a diversidade de peixes, especialmente em áreas em torno de grandes centros urbanos, e muitas ações efetivas de conservação dependem de identificação precisa das espécies. Considerando a utilidade do DNA Barcode como um sistema global de identificação e descoberta de espécies, este estudo tem como objetivo caracterizar molecularmente algumas espécies de peixes ornamentais e depositar sequências parciais do gene COI em uma biblioteca de referência. Seguindo essa metodologia, um fragmento da sub-unidade I da citocromo oxidase foi amplificado e sequenciado bidirecionalmente e a partir de 298 indivíduos. Uma análise de Neighbor-Joining revelou que esta abordagem pode discriminar inequivocamente todas as espécies pesquisadas. A maioria das espécies exibiu baixa distâncias genéticas intraespecíficas (1,53%), cerca de 9 vezes menor do que a distância entre as espécies dentro de um gênero. A biblioteca elaborada nesse estudo é um primeiro passo para conhecer melhor a diversidade molecular de peixes ornamentais, fornecendo uma base para futuros estudos sobre essa fauna - estendendo a capacidade de identificá-los em todas as fases da vida e até mesmo em restos ou fragmentos, fornecendo dados para uma melhor compreensão das interações entre as espécies, gerando estimativas sobre a composição de espécies e riqueza em um ecossistema, provendo ferramentas de autenticação de bioprodutos e monitoramento exploração ilegal de espécies. Anthropogenic impacts are a rising threat to the diversity of fish, especially in areas around urban centers, and many effective conservation actions depend on accurate identification of species. Considering the usefulness of DNA Barcode as a global system of identification and discovery of species, this study aims to molecularly characterize the species of ornamental fish and provide partial COI gene sequences in a reference library. Following this methodology, a fragment of the subunit I of cytochrome oxidase gene was amplified and sequenced bidirectionally from 298. A Neighbor-Joining analysis showed that this approach can clearly discriminate all the surveyed species. Most of the species showed low intraspecific genetic distances (1.53%), about 9-fold less than the distance between species within a genus. The library developed in this study is a first step to better understand the molecular diversity of ornamental fish, providing a basis for future studies on this fauna - extending the ability to identify them in all life stages and even remnants or fragments, providing data for a better understanding of the interactions between species, generating estimates of the species composition and richness in an ecosystem, providing bioproducts authentication tools and monitoring illegal exploitation of species.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O complexo Tityus stigmurus recebe grande atenção na literatura por apresentar escorpiões de importância médica. O grupo é composto atualmente por seis espécies restritas ao Brasil: Tityus aba, T. kuryi, T. martinpaechi, T. melici, T. serrulatus e T. stigmurus. Entretanto, os limites entre as espécies do grupo são controversos. Dados de morfologia, principalmente de coloração e granulação do tegumento, tem se mostrado insuficientes para delimitar as espécies do grupo. O uso de dados moleculares pode contribuir para resolver os problemas de classificação do complexo. O DNA mitocondrial, por evoluir rapidamente, é uma fonte de dados adequada para estudar espécies crípticas ou de divergência recente. Por outro lado, a frequência gênica e distribuição de haplótipos desses marcadores podem sofrer influência de microrganismos intracelulares e em desequilíbrio de ligação. Recentemente, a bactéria intracelular Wolbachia foi encontrada em uma população do escorpião amarelo (T. serrulatus), sugerindo que a mesma seria responsável pela partenogênese nesta espécie. Além disso, essa bactéria é conhecida por causar varredura seletiva de alguns mitótipos em populações parasitadas. Neste trabalho, utilizei testes de amplificação dos genes bacterianos WSP e ftsZ para confirmar a presença de Wolbachia em tecidos de diferentes populações de T. serrulatus partenogenéticos. Além disso, testei populações sexuadas, bem como as demais espécies do complexo T. stigmurus. Todos os resultados foram negativos para Wolbachia, indicando que a partenogênese em T. serrulatus não pode ser atribuída à presença desta bactéria. Além disso, esses resultados mostram que genes mitocondriais podem ser usados com segurança nas análises filogenéticas do complexo, uma vez que suas histórias evolutivas não seriam afetadas por essa bactéria. Assim, utilizei os marcadores mitocondriais COI e 16S e o marcador nuclear ITS2 para testar hipóteses de delimitação de espécies dentro do complexo, a partir de topologias geradas por Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Todas as análises indicam que o complexo T. stigmurus é monofilético. Porém, as topologias recuperam apenas T. melici e T. kuryi como monofiléticas. Análises de coalescência profunda indicaram a existência de três linhagens evolutivas, sendo duas linhagens referentes às espécies monofiléticas e a terceira linhagem composta pelas demais espécies do complexo. Com base nesses resultados, eu discuto nessa dissertação as relações filogenéticas do complexo T. stigmurus, comparando-as com dados morfológicos descritos na literatura e observados durante esse trabalho. The Tityus stigmurus complex receives great attention in the literature due to its medically importance scorpions. The group currently includes six species: Tityus aba, T. kuryi, T. martinpaechi, T. melici, T. serrulatus and T. stigmurus. However, the limits between species of the group are controversial. Morphological data, mostly from coloration and tegument granulation, have not been sufficient to define species within the group. The use of molecular data can contribute to resolve the complex internal classification. The fast-evolving mitochondrial DNA is an appropriate tool to study cryptic and recently diverging species, but it can be influenced by intracellular microorganisms in linkage disequilibrium. The intracellular bacteria Wolbachia was recently found in the yellow scorpion (T. serrulatus) and have been suggested as responsible for the parthenogenesis in this species. Additionally, this bacteria is known to cause selective sweep of mitotypes in parasitized populations. In this study I used the DNA amplification tests of the bacterial genes WSP and ftsZ to confirm the presence of Wolbachia in tissues of different populations of parthenogenetic T. serrulatus. This tested was also performed for T. serrulatus sexual populations, as well as for other species of the complex. All results were negative for Wolbachia, indicating that the infection by this bacteria is not the cause of parthenogenesis in this T. serrulatus. These results also allow the use of mitochondrial genes to reliably infer phylogenetic relationships within the complex, since its evolutionary histories are not affected by this bacteria. Hence I used the mitochondrial markers COI and 16S and the nuclear ITS2 to test hypotheses of species delimitation within the complex from topologies generated by Maximum Likelihood and Bayesian Inference. All analyses indicate that the complex is monophyletic. However, only T. kuryi and T. melici are recuperated as monophyletic. Deep coalescence analyses indicate the existence of three evolutionary lineages within the complex, two of them corresponding to those monophyletic species and a third including the remaining species of the complex. Based on these results, I discuss in this dissertation the phylogenetic relationships of the Tityus stigmurus complex, comparing molecular results with morphological data present in the literature and observed during this study.

Os morcegos de cauda-livre pertencentes à família Molossidae são insetívoros aéreos com distribuição pantropical, podendo ocorrer em regiões temperadas como o sul da Europa e Ásia, centro-sul dos Estados Unidos, Patagônia Argentina e Chile (Freeman 1981; Eger 2008). Atualmente, Molossidae é composta por 18 gêneros e mais de 100 espécies (Simmons 2005; Gregorin and Cirranello 2015), sendo a quarta família de Chiroptera mais rica em espécies. Ainda assim, a diversidade de Molossidae é subestimada, o que vem sendo comprovado dado às várias recentes descrições de novas espécies (e.g., Mormopterus eleryi [Reardon et al. 2008]; Eumops wilsoni [Baker et al. 2009]; Molossus alvarezi [Gonzalez-Ruiz et al. 2011]; Eumops chiribaya [Medina et al. 2014]) e redescrições de táxons antes descritos como subespécies (e.g. C. mexicanus, Promops davisoni, Molossus barnesi).

A subtribo Euglossina (Hymenoptera: Apidae), de ampla distribuição na região Neotropical, possui aproximadamente 220 espécies e é mais diversificada nos ecossistemas florestais. Este estudo avalia a estrutura filogeográfica de espécies/pares-de-espécies irmãs de abelhas Euglossina, que ocorrem tanto na Amazônia (AmF), quanto na Mata Atlântica (AtF). As relações históricas interespecíficas e interpopulacionais são avaliadas aqui por meio da utilização de parte do gene mitocondrial para a subunidade I da citocromo c oxidase (COI) como marcador molecular. É avaliada a hipótese de que a separação da AmF e AtF pela diagonal xérica constituída pela Caatinga, Cerrado e Chaco, entre estes domínios florestais tem atuado no isolamento das populações de espécies de Euglossina, produzindo um conjunto de pares de espécies crípticas. Machos de Euglossa (Glossurella) crassipunctata [n = 98; 579 pares de base (pb)] e de outros quatro pares de espécies com grandes afinidades são incluídos neste estudo: (i) Euglossa (Euglossa) bidentata (n = 10; AmF) e E. (Euglossa) marianae (n = 45; AtF; 532 pb); (ii) Euglossa (Euglossa) mixta (n = 34; AmF) e E. (Euglossa) calycina (n = 17; AtF; 533 pb); (iii) Euglossa (Euglossa) iopyrrha (n = 1; AmF) e E. (Euglossa) botocuda (n = 39; AtF; 503 pb); e (iv) Eulaema (Eulaema) bombiformis (n = 21; AmF e América Central) e E. (Eulaema) niveofasciata (n = 52; AtF; 558 pb). Através de inferência Bayesiana e redes de haplótipos é constatado que a diagonal árida da América do Sul tem atuado no isolamento das populações de E. crassipunctata, o que suporta a decisão recente de descrever as populações da AtF como E. clausi, e aquelas da AmF como E. moratoi, restringindo-se o nome E. crassipunctata apenas às populações da América Central. A sequência de eventos de vicariância aqui inferida para o par E. calycina/E. mixta é coincidente com aquela previamente obtida para grupos de espécies de Geotrigona e Paratrigona. Pela estimativa prévia da idade mínima de E. mixta (5 Ma), é possível que a diagonal árida (em uma de suas várias ocorrências, a partir do final do Mioceno) seja o fator causal da separação entre as populações AtF e AmF neste grupo. Para o grupo crassipunctata, verifica-se o inverso, em concordância com os eventos de vicariância entre grupos de espécies de Partamona e alguns de Geotrigona. A estimativa de idade mínima do grupo crassipunctata ( 14,7 Ma) sugere que a separação entre a América Central e AmF seja contemporânea à transgressão do mar Maracaibo (Mioceno médio) e que, a separação entre a AmF e a AtF possivelmente tenha ocorrido no Pleistoceno. A distinção entre as espécies E. bombiformis e E. niveofasciata não é suportada nos resultados aqui apresentados. No entanto, é preciso considerar que diferenças morfológicas, ainda que sutis, congruentes com a disjunção geográfica sugerem a existência de barreiras entre as populações. A baixa estruturação da filogenia do COI encontrada para o par E. niveofasciata/E. bombiformis pode indicar retenção de polimorfismo ancestral que, associada aos baixos valores de divergência interespecífica, suportam a hipótese de separação recente entre estas espécies, coincidente com a formação da diagonal árida da América do Sul no Pleistoceno. É possível que E. niveofasciata e E. bombiformis sejam entidades reais, não distinguíveis pelo COI, e a análise de outros genes, juntamente com caracteres morfológicos poderia auxiliar na elucidação deste problema. A maioria das decisões taxonômicas tomadas recentemente foi suportada pelos resultados das análises com o gene COI. Em alguns casos (E. marianae, E. bidentata e E. mixta), este gene sugere a existência de complexos de espécies ainda confundidas sob um mesmo nome. Os dados sugerem que o que é chamado de E. mixta, hoje, possa, na realidade ser um conjunto de espécies, com duas espécies novas a serem descritas, uma da Amazônia e outra da América Central. O nome E. mixta deve ser restrito a uma das populações da América Central. Um estudo cladístico de todo grupo analis (todas as espécies do subgênero Euglossa citadas acima e outras seis não incluídas neste estudo) se faz necessário, assim como o uso de mais marcadores moleculares para que as relações dentro deste grupo possam ser esclarecidas. Ressalta-se a importância da população de E. clausi de Murici, AL, que pode ser considerada uma Unidade Evolutiva Significativa, isolada geograficamente das outras populações. The subtribe Euglossina (Hymenoptera: Apidae: Apini), broadly distributed in the Neotropical region, is currently represented by approximately 220 species, being most diversified in rainforest ecossystems. This study evaluates the phylogeographic structure of species/sister-species-pairs of Euglossina, with occurrence both in Amazonic (AmF) and the Atlantic (AtF) rainforests. The interspecific and interpopulational historic relationships are evaluated here using as molecular marker part of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I (COI). Here, the hypothesis is tested that the separation between the AmF and the AtF by the arid diagonal composed by the Caatinga, Cerrado and Chaco domains has acted in the isolation of Euglossina populations, producing cryptic-species pairs. Male specimens from Euglossa (Glossurella) crassipunctata [n = 98; 579 base pairs (bp)] and other four pairs of species with strong affinity are included in this study: (i) Euglossa (Euglossa) bidentata (n = 10; AmF) and Euglossa (Euglossa) marianae (n = 45; AtF; 532 bp); (ii) Euglossa (Euglossa) mixta (n = 34; AmF) and Euglossa (Euglossa) calycina (n = 17; AtF; 533 bp); (iii) Euglossa (Euglossa) iopyrrha (n = 1; AmF) and Euglossa (Euglossa) botocuda (n = 39; AtF; 503 bp); (iv) Eulaema (Eulaema) bombiformis (n = 21; AmF and Central America) and Eulaema (Eulaema) niveofasciata (n = 52; AtF; 558 pb). Bayesian inference and haplotype networks suggest that the South American arid diagonal has acted on the isolation of E. crassipunctata, supporting the recent recognition of AtF populations as E. clausi, those from the AmF as E. moratoi, restricting the name E. crassipunctata only to Central American populations. The sequence of vicariant events herein inferred for the E. calycina/E. mixta pair is coincident with that obtained for species groups of Geotrigona and Paratrigona. Based on the previous estimation of the minimum age of E. mixta (5 Ma), it is possible that the arid diagonal (in one of its occurrence since the end of Miocene) is the causal factor of the separation between the populations of AtF and AmF in this group. For the crassipunctata group, the contrary was observed, which agrees with reported vicariant events of species groups of Partamona and some of Geotrigona. Previous estimation of the minimum age of the crassipunctata group ( 14.7 Ma) suggests that the separation between Central America and AmF is contemporary with the transgression of the Maracaibo Sea (middle Miocene) and that the break between the AmF and AtF possibly occurred in the Pleistocene. The distinction between E. bombiformis and E. niveofasciata is not supported in the results herein presented. However, it should be considered that morphological differences, albeit subtle, congruent with the geographical disjunction suggest the existence of barriers between these populations. The weak structuring of COI phylogeny found for the E. niveofasciata/E. bombiformis pair may indicate persistence of ancestral polymorphism which, in association with low interspecific divergence values, support the hypothesis of recent split between these species lineages, coincident with the formation of the xeric diagonal of South America in the Pleistocene. It is possible that E. niveofasciata and E. bombiformis are real entities, not distinguishable by the COI, and the analysis of other genes, along with morphological characters might help to elucidate this problem. Most of the taxonomic decisions proposed recently have been supported by the results of the analysis with the COI gene. In some cases (E. marianae, E. bidentata and E. mixta), the gene suggests the existence of a species complexes, still assigned under the same name. Data suggest that what is now called E. mixta may actually be a set of species, with two new species yet to be described, one of the AmF and another of Central America. The name E. mixta should be restricted to one of the populations from Central America. A cladistic study of the analis group (all species from the subgenus Euglossa cited above and six more species not included in this study) is needed, as well as the use of additional molecular markers so that the relationships inside this group are resolved. The importance of the E. clausi population from Murici (in the state of Alagoas) should be emphasized. It is herein considered as an Evolutionarily Significant Unity, geographically isolated from the other populations.

A tartaruga de couro Dermochelys coriacea é a espécie de tartaruga marinha mais amplamente distribuída e é classificada como criticamente ameaçada pela World Conservation Union. Contudo, o grupo do Atlântico Noroeste é considerado com estando sob baixo risco e enfrentando poucas ameaças, e inclui algumas das maiores colônias de desova com mais de 10000 ninhos colocados a cada ano na Guiana Francesa. Analisamos duas populações de desova da Guiana Francesa e algumas populações menores das Índias Ocidentais Francesas (Guadalupe e Martinica), com o objetivo de investigar a diversidade e as histórias demográficas dessas populações. Utilizamos 12 locos microssatélites, dos quais quatro foram isolados pela primeira vez, e sequências de DNAmt da região controle e do citocromo b. Os três sítios de desova (Caiena, Awala e Guadalupe/Martinica) mostraram estrutura limitada embora significativa com DNA mitocondrial e com DNA nuclear, corroborando considerações prévias de uma única Unidade Regional de Manejo. Além disso, foram detectados gargalos de garrafa em todas as populações, datados de meados do Holoceno, o que pode ser explicado por flutuações climáticas ocorridas neste período. Sugerimos que estas populações devem ser manejadas como uma unidade evolutiva, mas os esforços de conservação locais são necessários, pois cada sítio de desova abriga parte da diversidade genética. The leatherback turtle Dermochelys coriacea is the most largely distributed sea turtle species and it is classified as critically endangered by the World Conservation Union. Nevertheless the Northwest Atlantic group is considered as under low risk and facing low threats, and includes some of the largest nesting rookeries with over 10,000 nests laid every year in the French Guiana. We analyzed two French Guiana nesting populations and some smaller populations from the French West Indies (Guadeloupe and Martinique), with the aim to investigate the diversity and demographic histories of these populations. We used 12 microsatellite loci, of which four were newly isolated, and mtDNA sequences of the control region and cytochrome b. The three rookeries (Cayenne, Awala and Guadeloupe/Martinique) showed limited although significant structuration with mitochondrial DNA and with nuclear DNA, corroborating the previous considerations as a single Regional Management Unit. Furthermore, bottlenecks were detected in all the populations, dating from the mid Holocene, which can be explained by the climate fluctuations of this period. We suggest that these populations should be managed as an evolutionary unit, but the local conservation efforts are necessary, since each nesting site hosts part of the genetic diversity.

A diversidade genética presente em uma população do roedor silvestre Thrichomys apereoides do norte de Minas foi analisada através do marcador mitocondrial da região controle, D loop. Os indivíduos são provenientes de três pontos de coleta distintos. Foram encontrados dezenove haplótipos os quais encontram se distribuídos nos três pontos onde as coletas foram realizadas. A população apresentou alta diversidade haplotípica e baixa diversidade nucleotídica como já observado em alguns estudos de outras famílias de roedores. As análises dos testes de neutralidade apontaram para uma população que está em recente expansão demográfica, o que não pode ser observado através das diferenças par a par nas freqüências dos nucleotídeos. The genetic diversity presented in a population of wild rodent Thrichomys apereoides from the northern of Minas was analyzed through the mitochondrial marker of control region, D loop. The individuals came from three different collection points. There were found nineteen haplotypes which were distributed in three points, where the colletions were made. The population showed high haplotype diversity and low nucleotide diversity as observed in some studies of other rodents families. Tests analyzes of neutrality pointed to a population which is in recent demographic expansion, which cannot be observed through the pairwise differences in the frequencies of nucleotides.

A colonização das Américas iniciou-se no século XVI e envolveu um intenso processo de mistura genética entre os americanos nativos, os colonizadores europeus e os escravos africanos que culminou na formação das populações americanas atuais. No presente trabalho, utilizamos a variação no DNA mitocondrial como metodologia de estudo em quatro trabalhos independentes envolvendo a ancestralidade de populações americanas nativas e miscigenadas.No primeiro estudo, investigamos a ancestralidade materna de indivíduos pretos da cidade de São Paulo com o objetivo de estudar a filogeografia das linhagens mitocondriais africanas presentes nesta amostra. A metodologia utilizada foi o sequenciamento da região HVRI do DNA mitocondrial e análises de RFLP. Os resultados revelaram que 85% das linhagens mitocondriais destes indivíduos eram de origem africana do sub-Saara, 11,7% eram ameríndio-asiáticas, 2,5% européias e 0,8% norte-africanas. A análise do Componente Principal e a análise Bayesiana de estrutura populacional envolvendo três regiões africanas envolvidas no tráfico de escravos para o Brasil nos mostraram a existência de subestrutura genética entre as regiões africanas e uma maior proximidade dos indivíduos de São Paulo (com mtDNA africano) com a região centro-oeste da África. Esta região também apresentou uma maior proporção de contribuição (45%) para a constituição genética da amostra de São Paulo quando uma análise quantitativa foi realizada. Os resultados obtidos corroboram com os dados históricos sobre a origem dos escravos para a região sudeste do Brasil.No capítulo II estudamos a ocorrência de fluxo genético por direcionamento sexual em população de caucasianos norte-americanos. Este fenômeno foi comum durante o processo de formação das populações latinas e recentemente também foi observado entre os africanos-americanos. Assim, recuperamos seqüências HVRI do DNA mitocondrial de indivíduos caucasianos norte-americanos no banco de dados do FBI. Seqüências africanas e ameríndias correspondiam a apenas 3,1% do total de seqüências. Esta proporção foi muito inferior aos valores obtidos para as populações caucasianas da América Latina e se justifica na existência de práticas sociais divergentes entre os EUA e a América Latina na categorização racial de crianças miscigenadas.No capítulo III, nos propomos a recuperar amostras de DNA mitocondrial em dentes de índios Botocudos com o objetivo de comparar suas linhagens com aquelas obtidas na população de Queixadinha. Esta comunidade vive hoje em local habitado pelos Botocudos no século XIX e foi proposto que entre as linhagens mitocondriais de Queixadinha existiriam assinaturas genéticas deste grupo indígena (Parra, 2003). Assim, estudamos doze dentes de índios Botocudos e obtivemos três linhagens mitocondriais. Embora nenhum compartilhamento de linhagens tenha sido observado entre as populações, a presença da linhagem ameríndia A entre os Botocudos (ausente em Queixadinha) é indicadora de uma maior diversidade genética entre estes índios e sugerimos que a deriva genética é um fator limitante para a comprovação de tal proposta.Por fim, testamos a hipótese de uma possível correlação positiva entre fendas labiais com ou sem a fenda do palato (CL/P) e ancestralidade ameríndia em populações da América do Sul (Vieira et al., 2002). Para isto, realizamos uma análise de ancestralidade ameríndia por RFLP em amostras de indivíduos do ECLAMC (mesma amostra que Vieira) e em amostras apenas do Brasil. Os resultados obtidos não confirmaram tal associação e propomos que o excesso de linhagens D em casos CL/P observados por Vieira e colaboradores seja um artefato de amostragem e criticamos a associação entre ancestralidade mitocondrial e autossômica feita pelos autores. The Americas settling process was initiated in the XVI century and involved an intense process of genetic mixture among three main people: the Native Americans, the European settlers and the African slaves (sub-Sahara). In America as a whole, historical differences in the peopling pattern have directed the genetic formation of the American current populations. In the present work, we have used the DNA mitochondrial variation as a methodology to study four independent works concerning the ancestry of miscegenated and Native American populations.In the first study, we investigate the maternal ancestry of black individuals who live in the city of São Paulo. Our aim was to study the phylogeography of the African mitochondrial lineages present in this sample. The methodology used was the sequencing of the HVRI region of the mtDNA and RFLP analysis. The results have showed that 85% of the mitochondrial lineages had African origin (sub-Sahara), 11.7% of them were Amerindian/Asiatic, 2.5% European and 0.8% North African. The Main component Analysis and the Bayesian analysis of the population structure disclosed the existence of a considerable genetic structure among the three investigated African regions. In both analyses, the individuals from São Paulo with African maternal ancestry had been grouped closer to the Central-West Africa cluster. This region has also revealed a larger contribution (0.450) for the São Paulo sample, when a quantitative analysis was concluded. The results achieved corroborate with the historical data about the origin of slaves who were brought to Southeastern ports of Brazil. In Chapter II we have studied the occurrence of genetic flow by sexual bias on a North American Caucasian population. This phenomenon was common during the formation process of the Latin populations and was recently observed between African Americans. Therefore, we have retrieved HVRI sequences of mitochondrial DNA for the American Caucasian group available in FBI mtDNA population database. The results showed that only 3.1% of Caucasians sequences in U.S.A. had African and/or Amerindian origin, which was unexpected. These discrepancies can be explained by divergent social practices existing between the U.S.A. and Latin America, in which racial categorization of children allow individuals of the same color to belong to distinct races.In chapter III, we have retrieved mitochondrial DNA samples of ancient teeth from Botocudo Indians with the purpose to compare their lineages with those obtained from the Queixadinha population. This community lives nowadays in a place once occupied by the Botocudos in the XIX century. Thus, it has been proposed that among the mitochondrial lineages from Queixadinha there were genetic signatures of this indians (Parra, 2003). To achieve this task, we analysed twelve Botocudos teeth and for three of them we obtained complete HVRI mitochondrial sequences. No lineage sharing was observed between both populations. However, the existence of an Amerindian A individual among the Botocudos was indicative of a larger genetic diversity in this indians than Queixadinha. It is a signal that the genetic drift is a restrictive factor for the use of the metodology proposed for recovering extinct Amerindian lineages present in the genetic pool of Brazilian current population (Parra, 2003).Finally, we have tested an hypothesis of a possible positive conection between cleft lip with or without the palate (CL/P) and Amerindian ancestry. This hypothesis was proposed by Vieira et al (2002) who have found a strong association between Amerindian ancestry (haplogroup D) and CL/P in South America populations. In order to validate the association proposed by Vieira et al., in our study we have made an analysis of the Amerindian ancestry of two sample groups: individuals from ECLAMC and individuals from Brazil only. However, our results have not confirmed such association and we suggest that the higher rate of Amerindian ancestry as well as the excess of lineages D in CL/P cases observed by Vieira et al. is, in fact, sampling artifacts. Thus, we criticize the association made by the authors between mitochondrial and autossomal ancestry.

A ancestralidade materna de 149 indivíduos brasileiros foi avaliada no presente trabalho através de uma extensa análise de polimorfismo continente-específicos do DNA mitocondrial. As amostras foram provenientes de três regiões geográficas do Brasil (regiões Norte, Nordeste e Sul), e constituem principalmente uma amostra da população branca brasileira. Associando as metodologias de sequenciamento do segmento hipervariável I do mtDNA e análise por RFLP de marcadores informativos, nós fomos capazes de determinar com alta confiabilidade a origem ameríndia, africana ou européia das nossas amostras. Nossos resultados demonstraram claramente que existe um predomínio de linhagens ameríndias na região Norte, uma maior contribuição de linhagens africanas na região Nordeste, enquanto a região Sul apresentou maior influência dos haplótipos europeus. Nossa amostra apresentou um total de 32% de linhagens ameríndias, 24% de linhagens africanas e 44% de linhagens européias. A classificação de todas as linhagens brasileiras em haplogrupos já descritos na literatura para populações ameríndias, africanas e européias demonstrou que esses haplogrupos se apresentam diferentemente distribuídos pelo Brasil. Nosso trabalho parece refletir diferentes processos que levaram à formação da população branca brasileira, como o intercruzamento que ocorreu preferencialmente entre homens portugueses e mulheres índias e africanas no início da colonização, bem como a influência das imigrações européias que ocorreram principalmente nos últimos dois séculos. Em uma segunda parte desse trabalho nós tentamos caracterizar as linhagens de mtDNA presentes em amostras arqueológicas brasileiras. A metodologia de análise de racemização de aminoácidos foi utilizada para avaliar o nível de degradação molecular dessas amostras antigas e os resultados indicaram que essas amostras não se apresentavam adequadas para estudos envolvendo a recuperação de DNA. Assim nós evitamos a destruição de ossos raros que constituem parte dos importante dos remanescentes de uma população antepassada conhecida como "Homem de Lagoa Santa". In the present study we characterised the maternal ancestry of 149 Brazilian individuals through an extensive analysis of mtDNA continent-specific polymorphisms. The samples came from three different geographic regions of Brazil, namely, North, Northeast and South regions, and represent mostly the white fraction of the Brazilian population. Associating hipervariable segment I sequencing analysis and RFLP tests we were able to determine the Amerindian, African or European origin for all of our samples with a high degree of confidence. Our results clearly showed a greater contribution of Amerindian mtDNA lineages in the Northern population, while the Northeast is characterised by the predominance of African lineages, and the European lineages are by far the most frequent in the South. The total sample presented 32% of Amerindian lineages, 24% of African, and 44% of European haplotypes. All of our samples were classified in one of the so called continent-specific mtDNA haplogroups described for Amerindian, African and European populations which were not even distributed across Brazil. Finally, our results seems to reflect different processes taken place in the formation of the present day white Brazilian population, like directional mating involving European (Portuguese) men and Native-American or African women since early of the colonisation time, as well as the recent immigrant waves from Europe of the last two centuries. The second part of this study is related to the characterisation of mtDNA lineages in archaeological samples from Brazil. Unfortunately our preliminary results of aminoacid racemization analysis demonstrated that those samples were not appropriate for ancient DNA retrieval and thus we decided not to continue with DNA extraction procedures in order to save samples which constitute important human remains of the "Lagoa Santa Man" population.