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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The inclusion of human diversity in genetic studies contributes not only to a better understanding of our history but also to solving biomedical issues such as disease susceptibility, response to medical treatments and elucidation of complex traits. Geneticists have known for more than a decade that focusing on people of European ancestry exacerbates health disparities, and genetic advances can not be applied to those who need it most. Thus, this thesis presents works that contribute to changing this scenario, seeking to increase the visibility of the genetic richness that exists beyond populations of European ancestry. Here, I present research findings that include admixed and non-admixed populations with diverse ancestries, from South American natives to Africans and Asians. The first chapter is a mini-review of the history of humanity on the American continent, told by the genetics of modern and ancient populations, from the arrival of the first humans to the process of admixture, where we also present complementary discussions about the updates of the discoveries made since the publication of this article in 2020. In chapter 2, we present an article published by my group that solves important questions in the Andean and Amazon genetic history, through methods of population genetics. In chapter 3, I devote myself to the methods of scanning these adaptive signatures and create a multi-methodological pipeline for the study of natural selection to minimize the chance of obtaining false positives. Chapter 4 is an important addition to genetically neglected populations and would be a complementary part of our chapter 1, where we applied advances with polygenic risk scores to admixed populations such as the Brazilian. Exploring the diversity of human genetics is not only important for neglected populations, but it is also essential to increase the capacity to make new discoveries. Thus, in the attachments, we present five articles exemplifying how the genomic mosaic of non-European populations is a rich source of information from different perspectives, including medical, historical and evolutionary aspects. The work presented here shows in different ways how the effort to generate data from underrepresented populations makes important contributions to science. A inclusão da diversidade humana nos estudos genéticos contribui não apenas para a melhor compreensão da nossa história, mas tambem para resolver questões biomédicas, como suscetibilidade a doenças, resposta a tratamentos médicos e elucidação de fenótipos complexos. Geneticistas sabem há mais de uma década, que o foco em pessoas de ancestralidade europeia agrava as disparidades de acesso a saúde por parte das populações globais, e os avanços genéticos não são levados a quem mais precisa. Assim, esta tese apresenta trabalhos que contribuem para mudar esse cenário, buscando aumentar a visibilidade da riqueza genética que existe além das populações de ancestralidade europeia. Aqui, apresento resultados de pesquisas que incluem populações miscigenadas e não-miscigenadas com ancestralidades diversas, desde nativos sulamericanos, até africanos e asiáticos. O primeiro capítulo é uma mini revisão da história da humanidade no continente americano, contada pela genética de populações atuais e antigas, desde a chegada dos primeiros seres humanos até o processo de miscigenação, onde tambem apresento discussões complementares sobre às atualizações das descobertas feitas desde a publicação desse artigo em 2020. No capitulo 2, apresento um artigo publicado pelo meu grupo que resolve questões importantes da história genética andina e amazônica, por meio de métodos de genética de populações. No capitulo 3 me aprofundo nos métodos de varredura dessas assinaturas adaptativas e crio um pipeline de estudo de seleção natural multi-metodológico para diminuir ao maximo a chance de se obter falsos-positivos. O Capitulo 4 é uma adição importante para às populações geneticamente negligenciadas e seria uma parte complementar ao nosso capitulo 1, onde eu aplico os avanços com scores poligenicos de riscos às populaçoes miscigenadas, como a Brasileira. Explorar a diversidade da genética humana não é importante apenas para as populações negligenciadas, mas também é essencial para aumentar a capacidade de fazer novas descobertas. Assim, apresento nos anexos, cinco artigos exemplificando como o mosaico genômico de populações não europeias é uma rica fonte de informações de diferentes perspectivas, incluindo aspectos médicos, históricos e evolutivos. O trabalho aqui apresentado mostra de diversas formas como o esforço de geração de dados a partir de populações sub-representadas traz importantes contribuições para a ciência.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior A leishmaniose visceral canina (LVC) é uma zoonose causada comumente por Leishmania (Leishmania) infatum, afetando no contexto urbano principalmente cães domésticos. Esses reservatórios apresentam intenso parasitismo visceral e cutâneo, o que favoreceria a infecção dos vetores. A enzootia canina, regularmente, precede a ocorrência da LV em humanos. A presente pesquisa tem os objetivos de caracterizar clinicamente os animais; diagnosticar a LVC; identificar as espécies de protozoários do gênero Leishmania causando LVC e caracterizar molecularmente isolados obtidos a partir de aspirados de medula óssea. O estudo foi realizado na cidade de Januária, localizada na região norte do Estado de Minas Gerais, Brasil. Foram coletadas amostras de soro, fragmentos de baço, pele de orelha e aspirados de medula óssea de 100 animais infectados em dois momentos e áreas: 2017, zona urbana e 2019 zona rural. O diagnóstico foi confirmado por meio de sorologia (DPP, RIFI e ELISA) e também por PCR-ITS1 em amostras de pele, baço e medula óssea. Para identificação da espécie foi realizada a RFLP nas amostras PCR positivas. Amostras de aspirados de medula óssea foram colocados em meio de cultura NNN/LIT para obtenção de isolados. DNA dos isolados (n=27) foi extraído, purificado, amplificado e sequenciado. Todos os animais desse estudo apresentaram sinais clínicos sugestivos de LVC, cuja pontuação observada através de confecção de escore foi de 2-17 pontos (0-19), caracterizando a população amostral como clinicamente sintomática e permitindo inferências de presença de correlação com a titulação de anticorpos (RIFI). A confirmação diagnóstica de LVC foi evidenciada em 100% dos cães, em pelo menos uma das técnicas citadas. Por PCR-RFLP foi feita a identificação de L. (L.) infantum em 72% dos animais, não tendo sido identificada outra espécie. Foram isoladas 27 cepas, das quais 20 tiveram os genomas completos sequenciados (SGC) que foram analisados juntamente com o genoma de referência de L. infantum (JPCM5). Alterações de ploidia foram detectadas independente de localização (urbana ou rural) e/ou temporalidade (2017 ou 2019). Todos os genomas sequenciados exibiram polissomia do cromossomo 31, bem como, os isolados urbanos/2017 poliploida do cromossomo 23. As análises de enriquecimento funcional por GO no cromossomo 23 revelaram enriquecimentos gênicos envolvidos em processos enzimáticos de conversão de acetato em acetil-Coa mediado por AceCS para síntese de lipídeos e em degradação de Heme, importante para limitar a produção de radicais livre em macrófagos parasitados. Tanto as análises de ploidia, como de SNVs (PCA) revelaram a existência de 2 clusters principais: 1º) Cluster urbano- constituído de todas os genomas urbanos isolados em 2017; 2°) Cluster rural: formado por todas as cepas rurais isoladas em 2019. Análises de SNVs evidenciaram entre 814 e 987 variantes em cada genoma e 99,99% de identidade entre os 20 genomas. Em suma, os 2 clusters principais formados foram caracterizados por temporalidade ou ano de coleta das espécimes clínicas (2017 e 2019) e/ou localização geográfica (urbana e rural), sendo o primeiro cluster, urbano/2017 e o segundo rural/2019, sugerindo interferências espaciais e/ou temporais nos processos evolutivos genômicos desse organismo. Canine visceral leishmaniasis (CVL) is a zoonosis commonly caused by Leishmania (Leishmania) infatum, affecting mainly domestic dogs in the urban context. These hosts have intense visceral and cutaneous parasitism, which would facilitate infection of the vectors. Canine enzooty regularly precedes the occurrence of VL in humans. The present research aims to clinically characterize the animals; diagnose CVL; to identify the protozoan species of the genus Leishmania causing CVL and to characterize molecularly isolates obtained from bone marrow aspirates. The study was carried out in the city of Januária, located in the northern region of the State of Minas Gerais, Brazil. Serum samples, spleen fragments, ear skin and bone marrow aspirates were collected from 100 infected animals in two moments and areas: 2017 urban area and 2019 rural area. The diagnosis was confirmed by serology (DPP, RIFI and ELISA) and also by PCR-ITS1 in samples of skin, spleen and bone marrow. For species identification, RFLP was performed on PCR positive samples. Samples of bone marrow aspirates were placed in NNN / LIT culture medium to obtain isolates. DNA from the isolates (n = 27) was extracted, purified, amplified and sequenced. All animals in this study showed clinical signs suggestive of CVL, that the score observed was 2-17 points (0-19), characterizing the sample population as clinically symptomatic and allowing inferences of correlation with antibody titers (RIFI). The diagnostic confirmation of CVL was evidenced in 100% of the dogs, in at least one of the techniques mentioned. By PCR-RFLP, L. (L.) infantum was identified in 72% of the animals, with no other species identified. 27 strains were isolated, of which 20 had the sequenced genomes that were analyzed together with the reference genome of L. infantum (JPCM5). Ploidy alteration were detected regardless of location (urban or rural) and / or temporality (2017 or 2019). All sequenced genomes exhibited polysomy of chromosome 31, as well as urban isolates / 2017 polyploid of chromosome 23. Analyzes of functional enrichment by GO revealed gene enrichments involved in enzymatic processes of conversion of acetate to acetyl-Coa mediated by AceCS for lipid synthesis (Figure 13) and Heme degradation, to limit the production of free radicals in macrophages parasitized. Both ploidy and SNVs (PCA) analyzes revealed the existence of 2 main clusters: 1st) Urban cluster - consisting of all urban genomes isolated in 2017; 2 °) Rural cluster: formed by all isolated rural strains in 2019. Analysis of SNVs showed between 814 and 987 variants in each genome and 99.99% identity among the 20 genomes. In short, the 2 main clusters formed were characterized by temporality or year of collection of clinical specimens (2017 and 2019) and / or geographic location (urban and rural), with the first cluster, urbano / 2017 and the second rural / 2019, suggesting spatial and / or temporal interferences in the genomic evolutionary processes of this organism.

A hemofilia A é um distúrbio hemorrágico ligado ao cromossomo X que atinge de 1-2 a cada 10.000 meninos nascidos vivos em todo mundo. Este distúrbio se caracteriza pela diminuição de Fator VIII circulante no plasma e é classificada de acordo com a atividade resultante desse fator em grave, moderada e leve. Sabe-se que há uma heterogeneidade de manifestações clínicas, sangramento e consumo de Fator VIII, entre indivíduos com a mesma classificação da hemofilia. Este estudo tem como objetivo investigar mutações e polimorfismos de proteínas da coagulação que poderiam influenciar na diversidade clínica dos pacientes com hemofilia moderada e grave e, ainda, determinar o potencial de geração de trombina dos mesmos. Foram incluídos no estudo 51 pacientes com hemofilia A moderada (n=13) e grave (n=38) atendidos na Fundação Hemominas e 37 doadores de sangues, como grupo controle. Foram realizados a análise dos dados clínicos dos pacientes, pesquisa de genótipos das mutações do Fator V Leiden (G1691A), da Protrombina (G20210A), polimorfismos do Fator VII (G10976A), da Proteína C (A-1641G e A-1476T) e Proteína S (A2148G), e teste de geração de trombina. Para verificar a influência das variantes genéticas, os pacientes foram distribuídos em dois grupos, baixo perfil hemorrágico e alto perfil hemorrágico, de acordo com o consumo do fator VIII, em U/kg/ano. Não foram encontradas diferenças nas frequências alélicas das variantes genéticas entre os dois grupos. A geração de trombina dos pacientes foi significativamente menor do que a dos controles, porém não houve diferença entre a geração de trombina dos dois grupos de pacientes, com relação ao perfil hemorrágico. Contrariamente, houve diferença significativa dos parâmetros de geração de trombina entre pacientes com tipo sanguíneo não-O e O. Conclui-se que a presença de variações genéticas nos genes das proteínas envolvidas na coagulação e anticoagulação natural e o potencial de geração de trombina não influenciaram manifestações hemorrágicas de pacientes com hemofilia A moderada e grave. Esse estudo foi realizado em um número limitado de amostras, portanto novos estudos devem ser feitos em uma amostragem mais robusta visando investigar fatores que contribuam para a variedade clínica dos pacientes com hemofilia A. Hemophilia A is an X-linked hemorrhagic disorder that affects 1-2 boys born alive worldwide. This disorder is characterized by the decrease of circulating Factor VIII in plasma and is classified according to the activity resulting from this factor in severe, moderate and mild. It is known that there is a heterogeneity of clinical manifestations, bleeding and consumption of Factor VIII, among individuals with the same classification of hemophilia. This study aims to investigate mutations and polymorphisms of coagulation proteins that could influence the clinical diversity of patients with moderate and severe haemophilia and to determine verify the thrombin generation potential of these patients. The study included 51 patients with moderate (n = 13) and severe (n = 38) haemophilia A attended at the Hemominas Foundation and 37 blood donors, as a control group. We have performed analysis of the clinical data of the patients, genotyping of the Factor V Leiden (G1691A), Prothrombin (G20210A), Factor VII (G10976A), Protein C (A-1641G and A-1476T) and of Protein S (A2148G), and thrombin generation test. To investigate the influence of the genetic variants, the patients were distributed in two groups, low and high hemorrhagic profiles, according to factor VIII consumption, in U / kg / year. No differences were found in the allelic frequencies of the genetic variants between the two groups. The thrombin generation of the patients was significantly lower than that of the controls, but there was no difference between the thrombin generation of the two groups of patients, in relation to the hemorrhagic profile. In contrast, there was a significant difference in thrombin generation parameters between patients with non-O and O blood types. It was concluded that the presence of genetic variations in the genes of the proteins involved in the coagulation and natural anticoagulation ,and the potential of thrombin generation did not influence hemorrhagic manifestations of patients with moderate and severe hemophilia A. This study was performed in a limited number of samples, therefore new studies should be done in a more robust sample to investigate factors that contribute to the clinical variety of patients with hemophilia A.

A doença de von Willebrand (DVW) é o transtorno de sangramento hereditário mais comum, com prevalência sintomática da doença de 1:1.000 a 1:10.000 indivíduos. A DVW está associada a defeitos genéticos no gene do Fator von Willebrand (FVW), levando a deficiências quantitativas (tipos 1 e 3) ou qualitativas (tipo 2) do fator. O diagnóstico dos subtipos 2A, 2B, 2M e 2N pode ser difícil, uma vez que requer a realização de testes de coagulação específicos que não estão amplamente disponíveis em laboratórios de coagulação, particularmente em países em desenvolvimento. O objetivo deste estudo foi identificar variantes associadas à DVW do tipo 2, sequenciando os exons 17, 18, 20 e 28 do gene do FVW em uma coorte de pacientes clinicamente diagnosticados como do tipo 2 da doença. Os exons 17, 18, 20 e 28 do gene do FVW de 42 probandos foram sequenciados. Um total de 19 variantes foram identificadas em 34 probandos. A maioria das sequências variantes foram encontradas no exon 28 (84,2%). Variantes potencialmente patogênicas foram identificadas em 18 probandos (42,8%) com DVW do tipo 2. Foram encontradas 10 variantes potencialmente patogênicas e nove variantes potencialmente benignas na coorte estudada. Em conclusão, foram encontradas oito variantes potencialmente patogênicas em 13 probandos associados aos subtipos 2A, 2B e 2M e nove variantes potencialmente benignas. Uma boa resposta ao DDAVP foi observada em pacientes que apresentaram quatro variantes potencialmente patogênicas: Met740Ile, Arg1315Cys, Arg1374Cys e Arg1597Gln. von Willebrand disease (VWD) is the most common inherited bleeding disorder, with a prevalence of symptomatic patients of 1:1,000 to 1:10,000. VWD is associated with genetic defects in the von Willebrand factor (vWF) gene, leading to quantitative (types 1 and 3) or qualitative deficiencies (type 2) of the factor. Diagnosis of subtypes 2A, 2B, 2M and 2N can be difficult as it requires the performance of specific coagulation tests, which are not broadly available in coagulation laboratories, particularly in developing countries. The aiming of this study was to identify variants associated with type 2 VWD by sequencing the exons 17, 18, 20 and 28 of the VWF gene in a cohort of patients clinically diagnosed as type 2 VWD. Exons 17, 18, 20 and 28 from VWF gene of 42 probands were sequenced. A total of 19 variants were identified in 34 probands. Most of the sequence variants were found in exon 28 (84.2%). Potentially pathogenic variants were identified in 18 probands (42.8%) with type 2 VWD. In conclusion, 10 potentially pathogenic variants and nine potentially benign variants were found in this cohort. In conclusion, eight potentially pathogenic variants in 13 probands associated with subtypes 2A, 2B and 2M and nine potentially pathogenic variants were encountered. A good response to DDAVP was observed in patients who presented four potentially pathogenic variants: Met740Ile, Arg1315Cys, Arg1374Cys and Arg1597Gln.

Doenças infecciosas causadas por parasitos protozoários apresentam-se como um grande problema de saúde pública, principalmente, em países pobres e em desenvolvimento, causando milhões de mortes por ano. Para o controle e monitoramento efetivo dessas doenças é essencial que se disponha de métodos de diagnósticos cada vez mais precisos. Identificar marcadores imunológicos e moleculares, como epítopos e microssatélites, permite uma rápida seleção de potenciais alvos que podem ser utilizados em diagnósticos, protocolos vacinais e como imunoterapêuticos. Métodos experimentais de identificação de marcadores imunológicos e moleculares apresentam elevado custo e requerem longos períodos de experimentação. Uma alternativa empregada é a utilização de métodos in silico de identificação destes marcadores dada à grande quantidade sequências genômicas e proteômicas disponíveis em bancos de dados públicos. Muitos métodos e ferramentas foram desenvolvidos nos últimos anos com o objetivo de identificar marcadores imunológicos e moleculares. No que se refere à preditores de epítopos, ferramentas como PREDITOP, PEOPLE, BEPITOPE, BepiPred, ABCpred, BCPred, BayesB e BEST foram desenvolvidas utilizando técnicas de inteligência artificial que permitem aos algoritmos aprender com informações já existente, isto é, aprendizado de máquina. No entanto, estas ferramentas baseadas em técnicas de aprendizado ainda apresentam uma baixa taxa de acurácia na predição quando aplicadas em dados de protozoários, devido à baixa quantidade de dados de protozoários usada no treinamento. Para identificação de marcadores moleculares do tipo repetições em tandem, existem várias ferramentas disponíveis, tais como: IMEx, MISA, Mreps, SciRoKo, Sputnik e TROLL. No entanto, além de identificar as repetições faz-se necessário que as ferramentas apresentem outros recursos que auxiliem os pesquisadores no reconhecimento e análise dos marcadores moleculares. Diante disto, este trabalho vem apresentar o desenvolvimento de ferramentas computacionais para a identificação de marcadores moleculares e imunológicos a partir de dados genômicos, a fim de buscar novos alvos para o diagnóstico de doenças parasitárias. Na primeira parte deste trabalho foi desenvolvido uma ferramenta web e stand-alone, intitulada Proteome and Genome Repeat Finder (ProGeRF), capaz de identificar marcadores de diagnóstico do tipo repetições em tandem. Em uma segunda etapa, buscou-se verificar se a etapa de treinamento de uma ferramenta de predição de epítopos lineares de células B com dados de diferentes táxons (bactérias, vírus e protozoários) pode influenciar, significativamente, na predição de epítopos de protozoários. A ferramenta ProGeRF proposta apresenta-se como uma ferramenta eficiente, rápida e precisa, seja nos modos stand-alone ou web, sendo a única que proporciona visualização gráfica e buscas com filtros nos resultados. Além de ser capaz de ser executada tanto em dados genômicos quanto em dados proteômicos e em grandes arquivos quando comparada com as ferramentas MISA, TROLL, TRF, Sputnik, GMATo e SciRoKo, ProGeRF consegue identificar uma quantidade maior de elementos repetitivos que as demais ferramentas em um tempo, consideravelmente, mais rápido. No que diz respeito à predição de epítopos lineares de células B em dados de protozoários, ferramentas treinadas apenas com dados de bactérias de maneira geral, conduz a uma predição, em média, próxima do aleatório. No entanto, quando treinado apenas com dados de vírus, algumas espécies de protozoários apresentaram significativo grau de eficiência. Todavia, melhores resultados foram apresentados quando a base de treinamento continha dados balanceados dos três táxons ou apenas dados de protozoários o que sugere uma real influência da base de dados de treinamento na acurácia de predição de epítopos lineares de células B de protozoários. Infectious diseases caused by protozoan parasites is a major public health problem, especially in poor or developing, causing millions of deaths annually. For effective monitoring and control of these diseases it is essential to develop precise diagnostic methods. The identification of immunological and molecular markers, such as microsatellites and epitopes, allows rapid selection of potential targets that can be used in diagnostics, vaccination protocols and immunotherapeutic. Experimental methods for the identification of immunological and molecular markers have high costs and require long periods of experimentation. Given the large amount of genomic and protein sequences available in public databases, in silico methods for identifying these markers have been employed as an alternative approach. Recently, many methods and tools to identify immunological and molecular markers have been developed. Epitope prediction tools such as PREDITOP, PEOPLE, BEPITOPE, BepiPred, ABCpred, BCPred, BayesB and BEST were developed using machine learning techniques. These tools have better results in comparison to tools that do not use this approach. However, they are not accurate enough when applied to protozoa data, mainly due to the small protozoan datasets used for training. To identify tandem repeat markers, there are several available tools, such as IMEX, MISA, Mreps, SciRoKo, Sputnik and TROLL. However, besides identifying repetitive regions, other features have to be displayed to assist researchers in the recognition and analysis of molecular markers. In this work, we have developed tools for the identification of molecular and immunological markers from genomic data in order to seek new targets for the diagnosis of parasitic diseases. In the first part of this work, it presents a web and stand-alone tool, entitled ProGeRF (Proteome and Genome Repeat Finder), and developed to identify tandem repeats as molecular markers. The second part of this work aimed to verify whether the performance of in silico prediction tools of linear B-cell epitope could be impacted by using distinct training datasets (bacteria, viruses and protozoa). The ProGeRF tool is an efficient, fast, accurate, easy to use, either in stand-alone or web tool, provides a graphic display and allows filtering the results. Besides, it is able to run in large genomic and proteomic data. When compared with MISA, TROLL, TRF, Sputnik, SciRoKo and GMATo, ProGeRF can identify a larger number of repetitive elements and is faster than the majority of the other tools. Regarding the prediction of linear B-cell epitope from protozoa data, tools trained with bacteria data generally leads to random predictions. However, when trained only with virus data, some species of protozoa showed a significant degree of efficiency during B-cell epitope prediction. The best results were obtained when the training dataset contained balanced data from the three taxon or data only from protozoa, highlighting the importance of optimizing the performance of tools for B-cell linear epitope using adequate training datasets.

A indústria leiteira brasileira passou por um aumento significativo em sua produção na última década, atingindo uma produção anual de 32,30 bilhões de litros em 2012. Este aumento é explicado em parte pelo melhoramento genético dos rebanhos leiteiros submetidos a programas de seleção genética. Cerca de 80% de todo o rebanho brasileiro é constituído de animais zebuínos ou mestiços. A raça Guzerá se destaca entre as outras raças zebuínas devido a algumas importantes características como resistência a parasitas, como carrapatos, habilidade de consumir forragem bruta e resistência à temperatura. Entretanto, as estimativas de diversidade genética da raça Guzerá estão próximas do limiar em que é observada perda de variabilidade genética ocasionado pela deriva genética e depressão endogâmica. Até o momento, os estudos que visam estimar a variabilidade genética na raça Guzerá foram baseados em dados de pedigree, microssatélites e poucos SNPs, não permitindo uma estimativa em escala genômica da diversidade genética da raça. O desenvolvimento de chips de alta-densidade para genotipagem de SNPs para bovinos viabilizou os estudos de diversidade ou de associação em escala genômica. Estes métodos, em geral, assumem que a população em estudo é uma amostra homogênea. No entanto, as populações naturais estão ligadas em redes, devido ao fluxo gênico. Isto pode resultar em falsas representações da estrutura populacional e/ou associações espúrias, caso isto não seja corretamente verificado antes das análises. Assim, estratégias para reduzir o nível de parentesco em amostras, são fundamentais para evitar associações espúrias e conclusões errôneas. O presente trabalho é composto de dois estudos. No primeiro, foi avaliado o desempenho da plataforma Illumina Bovine SNP50 para a raça Guzerá e a aplicação de uma metodologia baseada análise de estatísticas de centralidade para a reamostragem de indivíduos baseado nos valores do coeficiente de Kinship. O segundo é composto pela análise de estrutura genética populacional da raça Guzerá através de genotipagem em escala genômica. Para isso, foram avaliados indivíduos provenientes de rebanhos pertencentes ao Programa Nacional de Melhoramento da raça Guzerá. A amostra utilizada no presente estudo representa a população mais selecionada e um dos maiores repositórios genéticos da raça Guzerá no Brasil. Os resultados destes estudos indicaram uma ótima aplicabilidade do algoritmo de seleção de nós baseados em graus de rede através de estatísticas de centralidade, mostrando-se mais eficiente para a detecção de alguns parâmetros de estimativas de diversidade genética como ROH e um número maior de indivíduos na amostra final quando comparado com outra estratégia de reamostragem. Além disso, o estudo da estrutura genética populacional da raça Guzerá indicou uma forte influência dos gargalos de garrafa e aumento da endogamia, sofridos pela raça durante o processo de estabelecimento da mesma no Brasil, na atual diversidade genética da raça. Estes resultados reforçam resultados já presentes na literatura que indicam a necessidade de um monitoramento da diversidade genética da raça através de critérios de diversidade populacional para garantir o sucesso dos programas de melhoramento The Brazilian dairy industry had a significant increase in its production in the last decade, reaching an annual production of 32.30 billion liters in 2012. This increase is explained, in part, by the genetic improvement of the dairy herds subjected to genetic selection programs. About 80% of all Brazilian cattle heads are Zebu animals or their crossbreeds. The Guzerá breed stands out among the other zebuine breeds due to some important characteristics like resistance to parasites such as ticks, ability to consume gross forage and heat tolerance. However, the genetic estimative for Guzerá breed is close to the threshold in which the loss of genetic variability by genetic drift and inbreeding depression is observed. Until the present moment, the studies developed in the Guzerá breeds, which aim to estimate the genetic variability, are based on pedigree, microsatellites and on few SNPs data, which do not make possible a Genome-Wide estimative. The development of high-density genotyping chips for cattle permitted a more precise approach to estimate the genetic variability. These methods, in general, assume that the population studied is a homogeneous sample. However, natural populations are connected in networks due to gene flow. This can lead to spurious representations of population structure and/or associations, if they are not adjusted correctly before the analyses. Thus, strategies to reduce the relatedness level in samples are important tools to avoid spurious associations and erroneous conclusions. The present work is composed of two studies. In the first, the performance of the platform Illumina Bovine SNP50 for the Guzerá breed and the applicability of a methodology based on centrality statistics analysis to resampling individuals based on the Kinship coefficient was evaluated. The second study is the analysis in Genomic scale of the population genetic structure of Guzerá breed. For this, individuals from herds belonging to the National breeding programs of Guzerá were evaluated. The sample used in the present study represents the most selected and one of the largest genetic repositories of the Guzerá breed in Brazil. The results of these studies indicate a great applicability of the node selection algorithm based on a networks degree of centrality statistic, showing up more efficient for the detection of some estimative parameters of the genetic diversity such as ROH and resulting in a higher number of individuals in the final sample when compared to the other strategy of resampling. Furthermore, the population genetic diversity study of Guzerá breed indicates a strong influence of the bottlenecks and increase of the endogamy, suffered by the breed during the process of settlement in Brazil, in the current genetic diversity of the breed. These findings reinforce the results already presented in other studies, which indicate the need for monitoring the genetic diversity of the breed through parameters of population diversity, to ensure the success of the breeding programs

No Brasil, são registrados por ano cerca de 71.000 casos novos de tuberculose (TB), com um coeficiente de incidência de 36,7 casos/100 mil habitantes e 4.600 óbitos, classificando o país em 16º lugar entre os 22 países com 80% da carga da doença no mundo. Em Minas Gerais no ano de 2007 foram identificados 4.810 casos novos de TB com coeficiente de incidência de 25 casos/100 mil habitantes e 276 óbitos. Neste cenário conhecer as características epidemiológicas da doença e a diversidade genética dos isolados clínicos do M. tuberculosis pode ser útil na informação sobre a origem e a transmissão de cepas circulantes. Técnicas moleculares de genotipagem do DNA do M. tuberculosis tem sido amplamente aplicada para a investigação das relações epidemiológicas entre casos de tuberculose desde a década de 1990, como o Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP-IS6110 Restriction Fragment Length Polymorfism) que revolucionou os estudos sobre a transmissão de M. tuberculosis e o Número Variável de Repetições em Sequência Unidades Repetitivas Intercaladas de Micobactérias (VNTR-MIRU Variable Number Tandem Repeat Mycobaterial Interspersed Repetitive Units). Os prinicipais objetivos desse estudo foram: Genotipar cepas de M. tuberculosis isoladas de pacientes diagnosticados como casos novos de TB e avaliar a sua variabilidade genética; analisar o perfil de casos de TB em Minas Gerais de acordo com características sociodemográficas, clínicas e laboratoriais; comparar o grau de similaridade entre as cepas de M. tuberculosis utilizando as técnicas RFLP e MIRU; avaliar os dados clínico-demográficos entre pacientes com cepas do M. tuberculosis resistentes ou sensíveis aos fármacos considerados como casos novos e o perfil molecular dos bacilos. Avaliar a presença de vínculo epidemiológico nos casos de cepas do M. tuberculosis caracterizadas como cluster. Os métodos para atingir esses objetivos e os resultados foram apresentados em dois artigos originais resumidos a seguir. Artigo Original 1: Analisar o perfil da TB em Minas Gerais/Brasil, segundo as características sociodemográficas, clínicas, laboratoriais, comorbidades e mortalidade, durante o período de 2002 a 2009. Trata-se de estudo epidemiológico, descritivo, com levantamento de dados dos casos notificados no Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN) e Sistema de Informação de Mortalidade (SIM), no período de 2000 a 2009. Foram notificados 47.285 casos de TB nesses anos, com média de incidência 22,3/100 mil habitantes. A maior freqüência foi na faixa etária de 20 a 49 anos (62,4%), sexo masculino (67,0%) e baixa escolaridade (18,5%). Os casos novos representaram 84,3%, a recidiva 5,7%, reingresso após abandono 5,7% e Tratamento Supervisionado Diretamente Observado (DOTS) 21,8%. Foram registrados percentuais 66,2; 11,2; 0,2; e 12,9 de cura, abandono do tratamento, TB multirresistente e a mortalidade respectivamente. Os exames de baciloscopia e cultura não foram solicitados em 26,1% e 87,1% dos casos, respectivamente. O radiograma de tórax foi realizado em 90,5%. A forma pulmonar teve maior proporção (83,9%). Em relação às comorbidades foi observado o alcoolismo em 15,0% dos casos notificados, o Vírus da Imunodeficiência Humana em 8,4% e o Diabetes mellitus em 3,7%. A incidência de casos novos, o abandono, a mortalidade por TB são elevados, as comorbidades são relevantes e os exames bacteriológicos não são realizados adequadamente para o diagnostico da TB. É necessário um trabalho multiprofissional, ampliação da estratégia DOTS e conhecimento da distribuição da doença no estado com melhoria e associação dos bancos de dados do SIM e SINAN, para se ter melhor controle da TB em Minas Gerais. Artigo Original 2: A genotipagem de DNA do M. tuberculosis tem sido amplamente aplicada para a investigação das relações epidemiológicas entre casos de TB, em vários países desde de que técnicas de tipagem do DNA foram desenvolvidos na década de 1990 tais como o polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLPIS6110 Restriction Fragment Length Polymorfism) e o número variável de repetições em sequência Unidades repetitivas intercaladas de micobactérias com 12 e 24 locus (MIRUVNTR Variable Number Tandem Repeat Mycobacterial Interspersed Repetitive Units). A aplicação desses métodos tem avançado significativamente o conhecimento sobre a transmissão e/ou propriedades patogênicas importantes das micobactérias e fornece novas e poderosas ferramentas para combater e proteger contra doenças causadas por esses patógenos. Este estudo objetivou genotipar as cepas de M. tuberculosis isoladas de pacientes diagnosticados como casos novos de tuberculose em Minas Gerais e comparar os resultados das técnicas de RFLP-IS6110 e MIRU-VNTR 12 loci. Trata-se de estudo transversal retrospectivo com análise de cepas de M. tuberculosis isoladas de casos novos de TB no ano de 2007 em Minas Gerais, utilizando-se as técnicas moleculares RFLP-IS6110 e MIRUVNTR para analisar o poder discriminatório, concordâncias, similaridade e formação de cluster entre essas técnicas. Cepas com padrão de RFLP-IS6110 e MIRU-VNTR com similaridade superior 85% foram considerados da mesma família. Das amostras, 32,3% foram similares pelo RFLP-IS6110 e 50,9% pelo MIRU-VNTR. O nível de discriminação dos dois métodos não diferiram substancialmente: RFLP-IS6110 resultou em 191 padrões distintos em comparação com 176 no MIRU-VNTR. A concordância global, definida como isolados de perfis únicos ou identicamente distribuídos em grupos por ambos os métodos, foi de 87,7%% (179/204), sendo considerados 171 como perfis únicos e 8 isolados em cluster. Dos restantes 25 casos, 2,5%% (5/204) casos foram agrupados apenas por RFLP-IS6110 e 9,8% (20/204) apenas por MIRU-VNTR. A taxa de cluster do RFLP-IS6110 também foi menor que a do MIRU-VNTR, sendo 3,2% e 4,3% respectivamente. A relação epidemiológica entre as cepas agrupadas foi confirmada em quatro pacientes (31%) no RFLP-IS6110 em comparação com 14% no MIRU-VNTR. Concluímos que poucos isolados foram semelhantes. O RFLP-IS6110 mostrou-se altamente discriminatório podendo ser usado em Minas Gerais. A comparação entre as duas técnicas mostrou poder discriminatório do RFLP-IS6110 ligeiramente superior ao MIRU-VNTR e teve maior relação epidemiológica quando os clusters foram analisados. In Brazil, are registered for year about 71.000 new tuberculosis cases, with incidence coefficient of 36.7 cases/100mil inhabitants and 4.600 deaths, being the country in 16º place between 22 countries with 80% of load of the disease in the world. In Minas Gerais in 2007 year were identified 4.810 new tuberculosis cases with an incidence coefficient of 25 cases/100mil inhabitants and 276 deaths. At this scene, know about disease epidemiological characteristics and the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates can be useful for information about circulating strains origin and transmission. Molecular techniques of DNA M. tuberculosis genotyping has been very used for epidemiologic relations investigation between tuberculosis cases since 1990 decade, as Restriction Fragment Length Polymorfism - RFLP-IS6110, that revolutionized the studies about M. tuberculosis transmission and the Variable Number Tandem Repeat Mycobaterial Interspersed Repetitive Units MIRU-VNTR. The main objectives of this study were: Genotype Mycobacterium tuberculosis strains isolated of patients diagnosed as new TB cases and evaluate the genetic variability of these strains. Analyze the profile of TB cases in Minas Gerais according with sociodemographic, clinical and laboratorial characteristics. Compare the similarity degree between M. tuberculosis strains using RFLPIS6110 and MIRU-VNTR techniques. Evaluate clinical-demographics data between patients with M. tuberculosis strains resistant or sensitive in relation at drugs considered as new cases and the bacillus molecular profile. Evaluate presence of epidemiological bond in cases of M. tuberculosis strains characterized as cluster. The methods for have these objectives and the results were submitted in two original articles resumed as follow. Original Article 1: Analyze the tuberculosis (TB) profile in Minas Gerais/Brazil, according sociodemographic, clinical, laboratorial, comorbidities and mortality characteristics during the 2002 to 2009 period. Epidemiological, descriptive study, with lifting of data of notified cases in Information System of Notifiable Diseases (SINAN) and System of Mortality Information (SIM), in 2000 to 2009 period. It was notified 47.285 TB cases in the years studied, with an average of incidence 22,3 /100 mil inhabitants. The biggest frequency was from age of 20 to 49 years (62,4%), male (67,0%) and low schooling (18,5%). The new cases represented (84,3%), the relapse (5,7%), reentry after abandonment (5,7%) e DOTS (21,8%). The cure was (66,2%), treatment abandon (11,2%), TB multirresistance (0,2%) and mortality of (12,9%). The baciloscopy exams and culture were requested in 26,1% and 87,1% of the cases, respectively. The chest radiogram was performed in 90,5%. The pulmonary form had higher incidence (83,9%). In relation of comorbidities were observed the alcoholism in (15,0%) of notified cases, the Human Immunodeficiency Virus in (8,4%) and Diabetes mellitus in (3,7%). The new cases incidence, the abandonment, the TB mortality are high, the comorbidities are relevant and the bacteriological exams are not accordingly performed for TB diagnostic. It is necessary a multiprofessional study, treatment magnification directly observed (DOTS) and knowledge of the disease distribution in state with improvement and association with data bank SIM e SINAN, to have better TB control in Minas Gerais. Original Article 2: The genotyping of M. tuberculosis has being broadly applied for epidemiological relations investigation between tuberculosis cases, in many countries since that DNA typing techniques were developed in 1990 decade as the Restriction Fragment Length Polymorfism - RFLP-IS6110 and the Variable Number Tandem Repeat Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - MIRUVNTR with12 and 24 locus. The application of these methods has highly advanced the knowledge about the transmission and/or important pathogenic properties of mycobacterial and provides new and powerful tools to combat and protect against diseases caused for this pathogens. This study has as objective genotype M. tuberculosis strains isolated of patients diagnosed as new TB cases in Minas Gerais and compare the RFLP-IS6110 e MIRU-VNTR 12 loci techniques results. It is a retrospective transversal study with analyses of M. tuberculosis strains isolated from new TB cases in 2007 in Minas Gerais, using molecular techniques RFLP-IS6110 e MIRU-VNTR to analyze the similarity, the discriminatory power, concordances and cluster formation between these techniques. Strains with RFLP-IS6110 e MIRU-VNTR profile with similarity superior to 85% were considered of the same family. From samples, 32,3% were similar by RFLP-IS6110 and 50,9% by MIRU-VNTR. The discriminatory levels of the two methods dont differ substantially: RFLP-IS6110 resulted in 191 distinct profiles in comparison with 176 by MIRU-VNTR. The global concordance, defined as isolates of unique profiles or identically distributed in groups for both methods, was 87,7% (179/204), being considered 171 as unique profiles and 8 isolates in cluster. From remaining 25 cases, 2,5%(5/204) cases were grouped only by RFLP-IS6110 and 9,8% (20/204) only by MIRU-VNTR The RFLP-IS6110 cluster tax was also smaller than the MIRU-VNTR, being 3,2% and 4,3% respectively. The epidemiological relation between the grouped strains were confirmed in 4 patients (31%) in RFLP-IS6110 in comparison with 14% in MIRU-VNTR We concluded that few isolates were similar. The RFLP-IS6110 showed highly discriminatory being to be used in Minas Gerais. The comparisons between the two techniques showed the RFLP-IS6110 discriminatory power lightly superior to MIRU-VNTR and have higher epidemiological relation when the clusters were analyzed.

A obesidade mórbida (OBM) é um distúrbio metabólico comum na população mundial. A doença representa um alto risco para a saúde já que, frequentemente, encontra-se associada a diversas comorbidades, como doenças cardiovasculares e diabetes tipo 2. Além de fatores ambientais, diversos estudos também têm sugerido que determinados polimorfismos genéticos predispõem ao desenvolvimento da OBM. Os genes FOXO3a (fator de transcrição forkhead box O 3a), AMPK (proteína quinase ativada por AMP) e POMC (proopiomelanocortina) codificam proteínas reguladoras do metabolismo energético e comportamento alimentar e, desta forma, é possível que suas variantes genéticas possam modular a susceptibilidade à OBM. Por esse motivo, os polimorfismos dos genes FOXO3a (rs1536057, rs2802292, rs3813498, rs1935952), AMPK (rs1442760, rs1036851, rs1348316, rs11584787) e POMC (rs934778, rs6545975) foram investigados a fim de conferir o risco de desenvolver OBM. Para tanto, foram recrutados 242 pacientes obesos mórb idos (IMC 40 Kg/m²) e 283 indivíduos saudáveis (IMC 24,99 Kg/m²). Em seguida, os polimorfismos de interesse foram avaliados através do método TaqMan Genotypinga partir de DNA isolado do sangue. As análises genéticas do estudo demonstraram que as frequências alélicas e genotípicas de quatro dos polimorfismos estudados, a saber, rs1536057 (FOXO3a), rs103685 (AMPK), rs934778 e rs6545975 (POMC), foram distribuídas diferentemente entre os grupos de obesos mórbidos e indivíduos saudáveis. Nenhuma associação significativa foi encontrada quando as análises de interação gene-gene foram empregadas. Os resultados deste estudo fornecem dados inéditos sobre a frequência genética dos marcadores estudados na população brasileira e sustentam o princípio de que variações genéticas específicas podem conferir o risco de desenvolver a OBM. Morbid obesity (MO) is a metabolic disorder that affects people worldwide. Excessive fat accumulation in MO patients is frequently found to increase the risk for several co-morbidities, including cardiovascular disease and type 2 diabetes. Although environmental factors are well-known to play a role in MO risk, accumulate evidence has also highlighted that inherited factors may predispose subjects to MO. Because the genes FOXO3a (forkhead box O 3a transcription factor), AMPK (activated protein kinase) and POMC (proopiomelanocortin) encode regulatory proteins that act on both energy metabolism and feeding beha vior, here we have addressed whether polymorphisms in these genes are risk factors to MO. Therefore, the genetic frequencies of rs1536057, rs2802292, rs3813498, rs1935952 (FOXO3a), rs1442760, rs1036851, rs1348316, rs11584787 (AMPK ) and rs934778, rs6545975 (POMC) were evaluated in 242 morbidly obese patients (BMI 40 kg/m²) and 283 healthy subjects (BMI 24.99 kg/m²). DNA samples were isolated from blood and genotyping was performed by TaqMan-based assays. Our findings revealed that out of 10 polymorphisms analyzed, only allele and genotype frequencies of rs1536057 (FOXO3a), rs103685 (AMPK), rs934778 and rs6545975 (POMC) were heterogeneously distributed between morbid obesity and healthy subjects groups. Furthermore, epistasis analysis did not show any significant model of genetic interaction influencing the susceptibility to morbid obesity. Results of this study for the first time provide data on distribution of FOXO3a, AMPK and POMC polymorphisms in the Brazilian population and suggest that selected geneti c variants may confer risk of morbid obesity in humans.

A obesidade tem se tornado uma patologia comum associada com significativa morbidade, mortalidade e efeitos adversos na qualidade de vida. Varios genes candidatos tem sido associados com a obesidade, desordens metabolicas e diabetes. Tem sido demonstrado que polimorfismos em dois dos mais proeminentes, FTO (Fat Mass and Obesity gene associated) e UCP-1 (proteina desacopladora 1), estao hiperexpressos na populacao caucasiana obesa. A associacao do polimorfismo destes genes com o fenotipo de obesidade e com uma populacao multi-etnica como a populacao Brasileira ainda nao foi descrita. Com o objetivo de avaliar a associacao entre o polimorfismo do gene do FTO e do gene da UCP-1 com obesidade extrema e com fatores de risco cardiovascular numa populacao multi-etnica, nos genotipamos SNPs (polimorfismos de um unico nucleotideo) rs9939609 no FTO e rs6536911, rs22705565 e rs12502572 no gene da UCP-1 de 126 brasileiros obesos morbidos [indice de massa corporal (IMC) . 42.9 } 5.6 kg/m2] e 113 controles nao obesos pareados etnicamente (IMC 22.6 } 3.5 kg/m2). A circunferencia abdominal, a pressao arterial sanguinea, a glicose e o perfil lipidico foram tambem mensurados. A genotipagem foi realizada usando TaqMan. SNP Genotyping Assays. Cada amostra foi tambem genotipada para 40 pequenos polimorfismos de insercao/delecao bialelicos (indels) para estabelecer a ancestralidade da populacao estudada e para a determinacao da proporcao de ancestralidade biogeografica de Europeus, Africanos e Amerindios na populacao Brasileira. O polimorfismo do SNP FTO rs9939609 e o polimorfismo do SNP da UCP-1 rs6536911 foram associados significativamente com o IMC (p= 0.04 e p

Introdução: A deficiência hereditária do fator VII (FVII) da coagulação é a mais comum dentre as coagulopatias raras, com prevalência estimada de 1:500.000 habitantes. É transmitida como herança autossômica recessiva, devido à mutações no gene que codifica o FVII (F7). Apresenta manifestações clínicas variáveis, desde formas assintomáticas até sangramentos graves. Estudos moleculares são raros em populações não caucasianas. Diante disso, estudamos, em nível molecular, uma coorte de pacientes com deficiência de FVII, registrados no Hemocentro de Belo Horizonte (HBH). Métodos: Todos os pacientes diagnosticados como deficientes em FVII registrados no HBH, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brasil, foram convidados a participar do estudo através de carta convite. A coleta de informações clínicas e material biológico ocorreram de Novembro de 2003 a Fevereiro de 2004. Dos 38 pacientes registrados, 31 (82%) aceitaram participar, destes, 26 pacientes (84%) apresentavam atividade coagulante de FVII (FVII:C) inferior a 50% e quatro pacientes (13%) apresentavam FVII:C discretamente superior a 50%. Estes foram incluídos por apresentarem manifestação hemorrágica. Em um paciente (3%) não foi dosada a FVII:C. Os pacientes foram avaliados clinicamente e submetidos a exames laboratoriais, dentre estes, tempo de protrombina e FVII:C, com diferentes tromboplastinas. Todos os éxons e regiões limítrofes entre íntrons e éxons de F7 foram amplificados e sequenciados. Resultados: No total, 13 variantes gênicas foram identificadas. Dentre elas, seis (46%) são variações genéticas conhecidas (Arg304Gln; Thr324Met, c.-323_-313insCCTATATCCT; Glu95Glu; His175His e Arg353Gln) e sete (54%) são novas (Arg43Lys, Phe84Phe; Gln116Gln; Arg139Arg, Glu142Glu, c.745_747delGTG e Gln281Gln). Conclusão: A maioria dos pacientes com deficiência de FVII moderada a leve são portadores de polimorfismos ou variações genéticas em homozigose. Não houve associação entre fenótipo e genótipo nos pacientes estudados, o que corrobora os dados da literatura. Introduction: The inherited deficiency of coagulation factor VII (FVII) is the most frequent among rare coagulopathies, with an estimated prevalence of 1: 500,000 inhabitants. It is transmitted as an autosomal recessive inheritance, due to mutations in the gene coding FVII (F7). It presents variable clinical manifestations, from asymptomatic forms to severe bleedings. Molecular studies are rare in non-Caucasian populations. Thus, we studied, at molecular level, a cohort of patients with FVII deficiency, registered at Hemocentro de Belo Horizonte (HBH), Belo Horizonte, Brazil. Methods: All patients diagnosed with FVII deficiency were invited to participate in the study through an invitation letter. We collected clinical data and blood samples between November 2003 and February 2004. Thirty-one (82%) out of 38 patients accepted the invitation; 26 of them (84%) had FVII activity (FVII:C) lower than 50% and 4 patients (13%) had FVII:C slightly over than 50% (included as they presented a hemorrhagic manifestation). FVII:C was not assessed in 1 patient (3%). Patients were clinically evaluated and submitted to laboratory tests, among these, prothrombin time and FVII:C, with different thromboplastins. All exons and intron/exon borders of F7 were amplified and sequenced. Results: Thirteen gene variants were identified. Six (46%) are known genetic variants (Arg304Gln; Thr324Met, c.-323_-313insCCTATATCCT; Glu95Glu; His175His and Arg353Gln) and seven (54%) are new ones (Arg43Lys, Phe84Phe; Gln116Gln; Arg139Arg, Glu142Glu, c.745_747delGTG and Gln281Gln). Conclusion: Most patients with moderate to mild FVII deficiency have polymorphisms or genetic alterations in homozygosis. No association was seen between phenotype and genotype of the patients studied, which corroborates data from the literature.

Introdução: Infecção pelo citomegalovírus (HCMV) e níveis de citocinas têm sido considerados fatores importantes que influenciam o prognóstico do transplante alogênico de células tronco hematopoiéticas (alo-TCTH). A glicoproteína B (gB) do HCMV tem sido relacionada com promoção de infecção viral e indução de resposta imune em pacientes com infecção pelo HCMV. Entretanto, os componentes imunológicos associados com controle de infecção causada pelo HCMV não estão completamente esclarecidos. Objetivo: O objetivo do estudo foi determinar a prevalência dos genótipos da gB em pacientes submetidos ao alo-TCTH e investigar a possível relação entre os genótipos e os níveis das citocinas (IL-1, IL-6, IL-10, IFN- e TNF-) nas amostras de saliva e de sangue destes pacientes. Além de investigar o impacto do nível destas citocinas e da carga viral nas amostras de saliva e de sangue, coletadas sete dias antes e 21 dias após o alo-TCTH, na sobrevida dos pacientes. Materiais e Métodos: Amostras de saliva e de sangue de 63 pacientes submetidos ao alo-TCTH acompanhados semanalmente durante os 100 primeiros dias do transplante foram avaliadas. A genotipagem da gB do HCMV foi realizada através de multiplex-nested-PCR. A quantidade de HCMV nas amostras de saliva e de sangue foideterminada por PCR em tempo real. Os níveis de citocinas foram analisados por ELISA. Resultados: Trinta e seis das 63 amostras de saliva e 52 das 63 amostras de sangue foram negativas para os genótipos da gB do HCMV. O genótipo tipo 2 da gB foi o mais prevalente na saliva (19/36) e no sangue (33/52). Pacientes com gB2 na saliva apresentaram níveis menores de IL-10, em relação aos pacientes sem este genótipo (p=0.023). Níveis menores de IFN- (p=0.040) e de IL-1 (p=0.050) no sangue também foram observados em pacientes que apresentaram o genótipo 4 da gB em comparação com os pacientes que não apresentaram este genótipo. Gênero do paciente, combinação de gênero do paciente com o do doador, fonte de células tronco hematopoiéticas e ocorrência de aDECH influenciaram a sobrevida dos pacientes após o alo-TCTH. Altos níveis de IL-6 na saliva e baixos níveis de IFN- no sangue sete dias antes do alo-TCTH foram associados com aumento do risco de morte. Altos níveis de IL-6 no sangue e alto nível de HCMV na saliva 21 dias após o alo-TCTH foram associados com a redução da sobrevida dos pacientes. Conclusão: O genótipo gB2 foi o mais prevalente na saliva e no sangue de pacientes submetidos ao alo-TCTH. Apesar da associação entre níveis de citocinas no sangue e na saliva em pacientes com diferentes genótipos da gB e também com a sobrevida, os genótipos do HCMV não apresentaram impacto na evolução dos pacientes. O aumento do nível de IL-6 na saliva e a redução do nível de IFN- no sangue estão associados com o pior índice de sobrevida. Esses dados sugerem uma potencial função desses marcadores em determinar a sobrevida de pacientes submetidos ao alo-TCTH. Futuros estudos são necessários para investigar a função da IL-6 salivar como um potencial biomarcador de sobrevida para os pacientes submetidos ao alo-TCTH e sua possível associação com a carga de HCMV na saliva. Introduction: Factors as human cytomegalovirus (HCMV) load, recipient/donor histocompatibility, patient/donor gender, recipient age, graft-versus-host disease (GVHD) and cytokine levels have been considered important prognostic parameters in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT). Glycoprotein B (gB) protein has proved to be important in HCMV infectivity and in eliciting a immune response in patients with HCMV infection. The immunological components associated with HCMV control are not completely understood. Objective: The aims of the present study were to assess the prevalence of the gB genotypes in patients who underwent allo-HSCT and to investigate the possible relationship between these genotypes and IL-1, IL-6, IL-10, IFN- and TNF- levels in saliva and blood samples. In addition, we evaluated the impact of the gB genotype, cytokines levels and other risk factors on patients survival. Thus, to investigate the impact of IL-1, IL-6, IL-10, IFN- and TNF- levels, HCMV load in saliva and blood in recipients survival Methods: Saliva and blood samples were sampled weekly in 63 allo-HSCT patients until 100 days after transplant. HCMV gB genotyping was carried out by multiplex nested PCR. The cytokines levels were assessed by ELISA and HCMV load was determined by real time PCR assay. Results: Thirty six of 63 saliva samples and 52 of 63 blood samples were negative to gB HCMV genotype. gB2 was the most common genotype in saliva (19/36) and blood (33/52). Patients with gB2 in saliva showed lower IL-10 salivary levels in comparison with patients without this genotype (p=0.023). Reduced blood levels of IFN- (p=0.040) and IL-1 (p=0.050) were also found in recipients presenting the HCMV gB4 genotype comparing patients without it. Recipient gender, combination patient/donor gender, stem cell source and aGVHD presented impact in allo-HSCT survival. High levels of IL-6 in saliva and low levels of IFN- in blood seven days before allo-HSCT were associated with increased risk of death. High levels of IL-6 in blood and high HCMV load in saliva 21 days after allo-HSCT decrease the recipient survival. Conclusions: The gB2 genotype is the most prevalent gB HCMV genotype in saliva and blood of patients who underwent allo-HSCT. Despite an association between blood and saliva cytokine levels in patients with different gB genotypes and also with survival, HCMV gB genotypes have no impact on patient outcome. The increased IL-6 level and HCMV load in saliva, the increased IL-6 level and decreased IFN- level in blood are associated with a worst survival rate. These findings suggest a potential function for these markers in determination of allo-HSCT survival. Further studies are necessary to investigate the function of salivary IL-6 as a potential biomarker of allo-HSCT survival and its possible association with salivary HCMV load.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior A variabilidade genética está associada à diferenciação fenotípica encontrada entre as populações humanas. Ainda que grande parte dessa variabilidade se dê entre indivíduos da mesma população e a interação com o ambiente seja fundamental na determinação do fenótipo, o estudo das variantes que se encontram estruturadas geneticamente na população humana é essencial em dois importantes campos da biologia: evolução e medicina. O presente trabalho objetiva identificar polimorfismos genéticos que possam contribuir para a ocorrência de falso-positivos em estudos de associação caso-controle ou que possam estar sob seleção natural. Para tal, analisamos 1442 SNPs, distribuídos por 411 genes importantes em imunidade, carcinogênese e farmacogenética. A amostragem compreende 1198 indivíduos provenientes do HGDP (Projeto de Diversidade Genética Humana), SNP500Cancer e populações nativas do Peru e Equador e pertencentes a 60 populações de várias localidades geográficas. Através da Análise de Variância Molecular identificamos 196 polimorfismos localizados em 111 genes que podem causar resultados espúrios em estudos de associação caso-controle realizados em populações miscigenadas tri-híbridas compostas por populações parentais européias, nativo-americanas e do oeste africano. Identificamos ainda diversos polimorfismos que podem causar o mesmo efeito em populações miscigenadas de composição di-híbrida. Evidenciamos ainda a existência de 36 SNPs com alta diferenciação entre populações do Leste da Ásia e Nativo-Americanos, que podem estar sob seleção positiva ou devem sua diferenciação ao allele surfing. Evidenciamos através da análise de heterozigosidade, SNPs candidatos aos três tipos de seleção: balanceadora, purificadora e positiva. A análise combinada de distintas estatísticas genéticas em diferentes populações pode auxiliar não apenas no desenho de estudos de associação, como pode elucidar os mecanismos de prevalência das doenças humanas e auxiliar na caracterização da história evolutiva das populações. Genetic diversity is related to phenotypic differentiation among human populations. Even though most of this variation occurs among individuals and interaction with the environment plays a key role in phenotypic determination, the study of variants that are genetic structured in human populations is crucial in two major fields of biology: evolution and medicine. Investigating loci with differentiated allelic frequency in human populations allows improvement of case-control association studies in admixed populations and discovery of genetic polymorphisms that have experienced natural selection. In this context, we studied hierarchical genetic structure of 1442 SNPs located in 411 genes related to immune response, carcinogenesis and pharmacogenetics. This genetic characterization was made for 1198 individuals from 60 worldwide populations belonging to HGDP, SNP500Cancer and Native-American populations of Ecuador and Peru. The following results emerge from Analysis of Molecular Variance approach: we identified 196 polymorphisms allocated in 111 genes that can lead to spurious association in case-control studies performed in tri-hybrid populations like Brazilian population. In this context, many genetic markers were recognized in alternative models of bi-hybrid populations formed from European, Native-American and West African populations. We show 36 SNPs highly differentiated among East Asians and Amerindians that could have suffered positive selection or allele surfing. Using loci heterozigosity we appointed putative loci under one of three types of natural selection: positive, purifying and balancing. The combined use of distinct genetic statistics in different populations can improve not only design of epidemiological studies as can clarify aspects of prevalence in human diseases and to tell a little about human history.