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A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, apresenta diferentes manifestações clínicas, resultantes de uma interação complexa entre fatores ambientais e genéticos tanto do hospedeiro quanto do parasito. Com relação aos fatores genéticos do parasito, uma variedade de estudos biológicos e moleculares revelou uma substancial variabilidade gênica entre populações de T. cruzi. De fato, em 2009, O táxon T. cruzi foi subdividido em seis linhagens ou DTUs principais (TcI-VI). Os aspectos epidemiológicos associados às diferentes linhagens ainda não estão bem definidos, mas já há evidências de associação, pelo menos parcial, com a distribuição geográfica, ciclos de transmissão e aspectos clínicos da doença. Todavia vários aspectos da estrutura populacional do parasito ainda necessitam esclarecimentos. Por exemplo, o modo de reprodução, a origem das seis linhagens e as relações com os seus aspectos epidemiológicos. No presente trabalho procurou-se desenvolver ou aperfeiçoar procedimentos moleculares, e computacionais que permitissem investigar e dissecar a complexidade da estrutura populacional de T. cruzi. Para tanto, foram propostos os seguintes objetivos (i) investigar a estratégia de reprodução do T. cruzi; (ii) buscar novas metodologias de caracterização molecular capazes de diferenciar as diferentes linhagens de T. cruzi em futuros ensaios multiplex de PCR; (iii) sequenciar o genoma de uma linhagem ainda não disponível nos bancos de dados públicos e realizar uma analise comparativa com seus dados genômicos a fim de resolver a origem ancestral das seis linhagens filogenéticas propostas; (iv) e, por fim, desenvolver uma metodologia computacional de agrupamento capaz de reconhecer padrões responsáveis pela divisão das linhagens e gerar regiões candidatas para o desenho de iniciadores para novos ensaios de caracterização molecular. Baseados em marcadores nucleares e mitocondriais e em parâmetros de genética populacional, analisamos dois grupos de isolados de T. cruzi: um proveniente diferentes regiões da América Latina e outros obtidos exclusivamente de pacientes do Estado de Minas Gerais. Nossos resultados, ao contrário daqueles majoritariamente encontrados na literatura, não suportam uma estrutura de população essencialmente clonal para T. cruzi, ao menos para TcII coexistindo em uma mesma área geográfica, sugerindo que as trocas genéticas entre cepas estreitamente relacionadas geograficamente são mais frequentes do que inicialmente esperado. Baseado na técnica de caracterização alelo específica BI-PASA, nós selecionamos uma variação no gene NAD desidrogenase subunidade I (ND1) de T. cruzi, e nossos resultados demostraram que esta metodologia foi eficaz, sendo rápida e mais barata, tornando-se uma boa candidata a ser utilizada em futuros ensaios de caracterização destes haplótipos. O genoma do clone da cepa 231 pertencente à linhagem TcIII foi sequenciado e para a montagem foi desenvolvida uma abordagem de montagem combinada de diferentes metodologias capaz de melhorar a acurácia da montagem deste genoma de conteúdo altamente repetitivo. Posteriormente, nós realizamos uma análise comparativa entre o genoma da cepa 231 montado e os demais disponíveis em bancos de dados e selecionamos genes altamente conservados, que foram utilizados em análises filogenéticas. Os resultados obtidos apontam para uma nova hipótese de origem das seis linhagens filogenéticas de T. cruzi e nos permitiram concluir que a linhagem TcIII, diferentemente do que foi proposto por diversos trabalhos, não é uma linhagem híbrida. Sequências gênicas codificadoras de proteínas altamente repetivivas e variáveis, como a amastina, de diferentes linhagens do parasito foram analisadas em um script criado por nosso grupo baseado em decomposição de valores singulares e K-means juntamente com uma análise de regressão logística, resultando na geração de regiões candidatas responsáveis pela divisão destas sequências em grupos, que foram similares à divisão filogenética esperada. Esta metodologia poderá ser aplicada futuramente a outros grupos gênicos para elaboração de novas metodologias de caracterização molecular. As metodologias desenvolvidas e os resultados obtidos neste trabalho contribuem para um melhor entendimento da complexidade da estrutura populacional de T. cruzi. Chagas disease, caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, has different clinical manifestations, that result from complex host-parasite interactions and involves both genetic and environmental factors. Regarding the parasite genetic factors, a variety of biological and molecular studies revealed an extensive genetic variability among T. cruzi strains, which were recently classified into six major lineages or DTUs (TcI-VI). Epidemiological aspects associated with these different lineages are not well defined, but there are some evidences of association with geographic distribution, transmission cycles and clinical aspects of this disease. Thus, in order to thoroughly investigate the population structure of this parasite, the efforts of our research group have been focused on developing new methodologies for T. cruzi characterization and study of the Chagas disease molecular epidemiology. In this present work, we seek to develop molecular and computational procedures enabling us to elucidate and dissect the complexity of population structure of T. cruzi. To this end, we proposed (i) to investigate the mode of reproduction of T. cruzi and search new molecular markers able to differentiate all six T. cruzi phylogenetic lineages and that could be used to develop multiplex assays; (ii) sequencing the genome of 231 strain, a representative of TcIII, a DTU not yet sampled in T. cruzi genome projects, and perform comparative genomic analyses to better resolve the ancestral origin of these six lineages (iii) and develop a sequence clustering methodology capable of recognizing sequences patterns responsible for the division of T. cruzi DTUs and based on this analysis identify novel candidate regions for molecular characterization assays. Using population genetic approaches, we analyzed both nuclear and mitochondrial markers in two groups of T. cruzi: one using strains isolated from different regions of Latin America and another using strains isolated exclusively from the Minas Gerais state, in Brazil. Our results, unlike those mostly found in literature, does not support an clonal population structure for T. cruzi, at least for TcII coexisting in the same geographic area, suggesting that genetic exchange between geographically closely related strains are more frequent than initially expected. The perspective is to incorporate the selected target in a multiplex PCR assay suitable for the study of T. cruzi populations present in tissues of chronic chagasic patients. Based on the Bi-PASA technique of allele specific characterization, we select a SNP variation in the T. cruzi ND1 mitochondrial gene, and our results showed that this methodology was effective, faster and cheaper than the RFLP-PCR array, making it a good candidate to be used in future mitochondrial haplotypes characterization tests. The genome of the 231 clone, which belongs to the TcIII lineage, was sequenced and for the assembly we have developed a combined approach using different methodologies to improve the assembly accuracy of this highly repetitive genome. Subsequently, we performed a comparative analysis between 231 genome and the other T. cruzi genomes available in public databases to selected highly conserved genes across the different strains to perform phylogenetic analyses. Based on our results, we propose a new hypothesis for the origin of the six T. cruzi DTUs and conclude that TcIII, unlike what has been proposed by several studies, is not a hybrid lineage. Surface protein gene sequences, which are highly repetitives and variable, such as amastin, from different strains of the parasite were analyzed using an in-house script based on singular value decomposition and K-means along with a logistic regression analysis. Using this approach, we identified candidate regions that recapture the T. cruzi phylogenetic division. This methodology can be applied to other gene groups for the development of novel molecular characterization assays. The methodologies developed during this study and our results contributed to better understand the complexity of T. cruzi population structure.

A tribo Akodontini caracteriza-se por altos níveis de polimorfismos cromossômicos devido a rearranjos Robertsonianos e inversões pericêntricas. Os cariótipos de Akodon cursor (2n=14, NF=19), A. montensis (2n=24, NF=42) e Necromys lasiurus (2n=34, NF=34) foram comparativamente analisados após aplicação dos padrões de bandeamento GTG e CBG. Uma grande homeologia entre os cromossomos das três espécies foi confirmada após bandeamento GTG. Após bandeamento CBG, foi possível evidenciar pouca heterocromatina centromérica na maioria dos cromossomos das três espécies. Experimentos de hibridação in situ fluorescente (FISH) utilizando a sequência (TTAGGG)n como sonda evidenciaram sinais teloméricos nas regiões terminais dos três cariótipos. Adicionalmente, foram verificados sinais intersticiais que sugerem origem por fusões dos pares 3, 4 e 7 de A. montensis e sinais mais intensos associados à heterocromatina constitutiva nos cromossomos 3, 15 e X e a parte eucromática do par 16 de N. lasiurus. Dessa forma, os cariótipos analisados diferiam principalmente devido a rearranjos Robertsonianos, inversões pericêntricas, reposicionamento centromérico e variação no conteúdo heterocromático. Comparações genômicas, utilizando a técnica de hibridação in situ com DNA genômico total de cada espécie como sonda (GISH), demonstraram conservação da porção eucromática do genoma das espécies de Akodon e Necromys. Além disso, foi observada similaridade entre as sequências repetitivas que compõem as regiões heterocromáticas dos pares 1, 3 e 6 e do cromossomo X de A. cursor e do par 11 e do cromossomo X de A. montensis. Esses resultados mostram uma extrema conservação entre os genomas das espécies analisadas e sugerem que as diferenças estão nas regiões heterocromáticas. Foi também verificada por FISH a distribuição dos elementos transponíveis LINE-1 (elementos nucleares interdispersos longos), SINE-B1 (elementos nucleares interdispersos curtos) e do retrovírus endógeno mysTR no genoma dos Akodontini analisados. Os resultados sugerem que os elementos transponíveis podem estar relacionados à enorme variação cromossômica encontrada na tribo. The Akodontini tribe is characterized by a high level of chromosomal polymorphisms due to Robertsonian rearrangements and pericentric inversions. The karyotypes of Akodon cursor (2n=14, FN=19), A. montensis (2n=24, FN=42) and Necromys lasiurus (2n=34, FN=34) were comparatively analyzed after GTG- and CBG-banding. A great homeology between the chromosomes of the three species was confirmed after GTG banding. CBG-banding revealed few centromeric heterochromatic regions in most chromosomes of the three species. Fluorescent in situ hybridization (FISH) using the (TTAGGG)n sequence as probe showed telomeric signals in the terminal regions of all chromosomes in the three karyotypes. Additionally, interstitial signals that suggest the origin by fusion in pairs 3, 4 and 7 of A. montensis and intensely bright signals associated with the constitutive heterochromatin of chromosomes 3, 15 and X and in the euchromatin of pair 16 of N. lasiurus were observed. Thus, the karyotypes analyzed differed mainly due to Robertsonian rearrangements, pericentric inversions, centromere repositioning and heterochromatin variation. Genomic comparisons using in situ hybridization with total genomic DNAs of each species as probe (GISH) showed conservation of the euchromatic portion of the genomes of the Akodon species and Necromys. Furthermore, a similarity between the repetitive sequences comprising the heterochromatic regions of pairs 1, 3 and 6 and the X chromosome of A. cursor and pair 11 and the X chromosome of A. montensis were observed. These results show an extreme conservation among the genomes of the species analyzed, suggesting that the differences are in the heterochromatic regions. The distribution of the transposable elements LINE-1 (long interspersed repetitive elements), SINE-B1 (short interspersed repetitive elements) and of the endogenous retrovirus mysTR was also checked by FISH in the Akodontini analyzed. The results suggest that these transposable elements may be related to the great chromosomal variation found in the tribe.

O rio Grande é conhecido pela alta capacidade de geração de energia elétrica, e ao longo do seu leito diversas grandes usinas foram implantadas, fragmentando seu curso, alterando o ecossistema e reduzindo a biodiversidade nativa. O presente trabalho avaliou a biologia reprodutiva e a genética populacional de Prochilodus lineatus no sistema de rios Grande, Pardo e Mogi-Guaçu, entre a usina de Porto Colômbia e Cachoeira de Emas. Espécimes foram capturados bimestralmente nos seguintes pontos de amostragem: (S1) localizado no rio Grande, imediatamente a jusante da represa de Porto Colômbia; (S1') no rio Grande, imediatamente a jusante da confluência com o rio Pardo; (S2) no rio Pardo, a 110 km de S1; (S3), no rio Mogi Guaçu, região de Cachoeira de Emas, cerca de 200 km de S2 e (S4) no rio Pardo, a montante da confluência com o rio Mogi Guaçu, cerca de 40 km de S2. Para avaliação da biologia reprodutiva, os seguintes parâmetros foram analisados: índice gonadossomático (GSI), estádios de maturação gonadal, diâmetro do folículo vitelogênico, atresia folicular, fecundidade e níveis plasmáticos de esteroides sexuais. Em S1, peixes em maturação apresentaram alterações nos parâmetros reprodutivos: menor GSI, diâmetro dos folículos vitelogênicos, fecundidade e índice de atresia folicular, quando comparados a S2 e S3. A frequência de peixes em maturação foi maior nos pontos S2 e S3 e, a desova foi registrada somente em S3. A fecundidade absoluta variou de 27,55 x 10³ a 440,47 x 10³, sendo maior no ponto S2. Nos pontos S2 e S3, as concentrações séricas de testosterona e 17-estradiol de fêmeas e testosterona nos machos apresentaram grandes variações durante a maturação gonadal, enquanto peixes de S1 mostraram variações pouco significativas. Os níveis de 17-hidroxiprogesterona mantiveram-se elevados em peixes maduros nos pontos S2 e S3, onde as fêmeas alcançaram a maturação final ovocitária. Os resultados indicaram que P. lineatus não se reproduz no rio Grande (S1), mas provavelmente usa o rio Pardo (S2), como rota migratória em direção ao rio Mogi Guaçu (S3), onde completa sua maturação gonadal e desova. Para análise da estrutura populacional, amostras da nadadeira adiposa de 30 exemplares de P. lineatus foram coletadas nos pontos S1, S1, S2, S3 e S4 durante a estação reprodutiva. As amostras foram submetidas à extração de DNA, amplificação por PCR e análise de microssatélites usando-se 10 primers descritos para o gênero Prochilodus. Todos os microssatélites usados foram polimórficos, com números alelos por locus variando de 5 a 32. Dos 179 alelos detectados, 32 eram privados para o seu ponto de coleta e estavam em baixa frequência ( 0,05), sendo os dois alelos privados mais frequentes detectadas no ponto S4. Peixes do ponto S1 apresentaram maior coeficiente de endogamia, o qual apresentou correlação com características abióticas dos pontos estudados. Os dados indicam que P. lineatus não constitui uma população genética panmítica na área de estudo, mas está subdividido em três agrupamentos que coexistem e mantém um nível de estruturação baixo, que poderia não estar relacionada ao isolamento geográfico, mas a um comportamento de homing. Além disso, as populações de P. lineatus poderiam constituir uma metapopulação influenciada por uma dinâmica de fonte-sumidouro, em que os pontos localizados nos tributários (S2, S3 e S4) atuariam como fonte de indivíduos e os pontos localizados no rio principal (S1 e S1) como sumidouro. Para avaliar histopatologia hepática, amostras de fígado de P. lineatus foram coletadas nos três rios de estudo e analisados os parâmetros: ocorrência de apoptose, índice hepatossomático (HSI) e índice de lesão tecidual (IL). O IL foi calculado levando em consideração a ocorrência e importância de seis alterações teciduais: necrose, deslocamento de núcleo, infiltrado inflamatório, vacuolização citoplasmática, hiperemia e granulação citoplasmática. Diferenças significativas relacionadas ao local de coleta dos espécimes foram observadas, com peixes do ponto S1 apresentando maiores IL e ocorrência de necrose do que peixes dos pontos S2 e S3. O HSI e a ocorrência de apoptose não apresentaram diferenças significativas entre os pontos de coleta. Em conjunto, os resultados do presente estudo contribuem para a compreensão do comportamento e biologia de P. lineatus em ambiente natural, bem como fornecem parâmetros importantes para a conservação e manejo de suas populações e para a piscicultura. The Grande River is known for its high capacity of power generation, and in its channel several large plants were established, fragmenting its course, changing the ecosystem and reducing native biodiversity. The present study evaluated the reproductive biology and population genetics of Prochilodus lineatus in the system composed by Grande River, Pardo River and Mogi Guaçu River, between Porto Colombia dam and Cachoeira de Emas. Specimens were collected bimonthly at the following sampling sites: (S1) located in the Grande River, immediately downstream from the Porto Colômbia dam, (S1') in the Grande River, immediately downstream from the confluence with the Pardo River; (S2) in the Pardo River, 110 km from S1, (S3) in the Mogi Guaçu River, region of Cachoeira de Emas, about 200 km from S2, and (S4) in the Pardo River, upstream from the confluence with the Mogi Guaçu River, about 40 km from S2. To evaluate the reproductive biology, the following parameters were analyzed: gonadosomatic index (GSI), gonadal maturation stages, vitellogenic follicle diameter (OD), follicular atresia (FA), fecundity (AF) and plasmatic levels of sex steroids. In S1, maturing fish showed changes in reproductive parameters: lower values of GSI, OD, FA and AF, compared to S2 and S3. The frequency of maturing fish was higher in sites S2 and S3, and spawning was recorded only in S3. Absolute fecundity ranged from 27.55 x 10³ to 440.47 x 10³, being greater at site S2. In sites S2 and S3, seric concentrations of testosterone and 17-estradiol in females and testosterone in males showed large variations during gonadal maturation, while fish from S1 showed minor variations. The 17-hydroxyprogesterone levels remained high in mature fish in sites S2 and S3, where females reached the final oocyte maturation. The results indicated that P. lineatus does not reproduce the Grande River (S1), but probably uses the Pardo River (S2) as migratory route towards the Mogi Guaçu River (S3), where it completes its gonadal maturation and spawning. For analysis of population structure, samples of adipose fin of 30 specimens of P. lineatus were collected at sites S1, S1', S2, S3 and S4 during the breeding season. Samples were subjected to DNA extraction, PCR amplification and microsatellite analysis using 10 primers described for the genus Prochilodus. All microsatellites used were polymorphic, with numbers of alleles per locus ranging from 5 to 32. From the 179 alleles detected, 32 were private for their sample site and were at low frequency ( 0.05), and the two most frequente private alleles were detected in site S4. Fish from site S1 presented higher inbreeding coefficient, which presented correlation with abiotic characteristics of the sites studied. The data indicate that P. lineatus does not constitute a panmitic genetic population in the study area, but it is divided into three clusters which coexist and maintain a low level of structuring, which could not be related to geographic isolation, but to homing behavior. Furthermore, P. lineatus populations could constitute a metapopulation influenced by a source-sink dynamics, in which the sites located in tributaries (S2, S3 and S4) would act as sources of individuals and the sites located in the main River (S1 and S1') as a sink area. To assess hepatic histopathology, liver fragments of P. lineatus were collected in the three rivers of the study and the following parameters were analyzed: occurrence of apoptosis, hepatosomatic index (HSI), and index of tecidual injury (IL). The IL was calculated considering the occurrence and the importance of six alterations: necrosis, nuclear changes, inflammatory infiltration, vacuolation, hyperemia and cytoplasmic granulation. Significant differences related to the sample site of the specimens were observed, with fish from S1 presenting higher IL and occurrence of necrosis than fish from sites S2 and S3. The HSI and the occurrence of apoptosis showed no significant differences between the sampling sites. Together, the results of this study contribute to the understanding of the behavior and biology of P. lineatus in its natural environment, as well as provide important parameters for the conservation and management of their populations and fish farming.

Habenaria é um dos maiores gêneros de Orchidaceae, mesmo assim é muito pouco estudado. Poucas revisões e estudos taxonômicos foram feitos para o gênero e nenhuma abordagem morfométrica ou de genética de populações foi realizada até o momento. Um dos vários complexos existentes para o gênero é o formado por H. repens e morfotipos relacionados. Habenaria repens sensu lato tem distribuição do sul dos Estados Unidos ao norte da Argentina e, no Brasil, diversos variantes morfológicos semelhantes a ela podem ser encontrados. A fim de esclarecer a relação dos morfotipos existentes no Brasil com H. repens e entre eles, e de circunscrever essas entidades, foi feito um estudo com três diferentes abordagens: análise filogenética molecular, análise morfométrica multivariada e genética de populações. Ao todo, 31 populações, englobando duas espécies reconhecidas (H. repens e H. aranifera), seis morfotipos do Brasil, e uma população proveniente da localidade onde o tipo de H. repens foi coletado, nos Estados Unidos da América, foram amostrados. Dois marcadores nucleares (ITS e ETS) e dois plastidiais (matK e trnK), totalizando 3.250 caracteres, foram utilizados em análises filogenéticas. Nestas análises, foi evidenciada a existência de três clados não diretamente relacionados formados exclusivamente por entidades pertencentes ao complexo. Em um deles, mais distantemente relacionado a todos os demais, situa-se apenas o morfotipo H. aff. repens6, enquanto os outros morfotipos se dividem em dois clados maiores. Dezessete caracteres florais e três vegetativos foram utilizados em análises morfométricas com técnicas de estatística multivariada. Pouca distinção morfológica foi obtida entre os morfotipos, e nem todos os agrupamentos de populações formados coincidem com aqueles obtidos pela análise filogenética e pela genética de populações. Para esta última, cinco loci microssatélites foram amplificados para 295 indivíduos de 20 populações. Cinco agrupamentos genéticos foram identificados e estes coincidem, em grande parte, com alguns clados recuperados nas análises filogenéticas. Os padrões mais consistentes encontrados pelo conjunto dos marcadores foram: a união de três populações da forma típica de H. repens (Curitiba-PR, Anguera-BA e Areias-PB), o agrupamento dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4, e a discriminação de H. aranifera e das populações do morfotipo H. aff. repens7. Considerando-se todas as evidências e a congruência entre elas, é sugerido que cinco espécies sejam aceitas para o complexo no Brasil. Apesar dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4 serem recuperados como um único grupo pelos três marcadores empregados, estes apresentam grande variação em função de tamanho de todos os órgãos da planta (em grande parte caracteres não empregados nas análises), sendo facilmente distinguíveis, o que torna questionável a manutenção destes como um único táxon. Assim, outras análises serão realizadas para determinar se estes serão descritos como uma ou duas novas espécies. O morfotipo H. aff. repens7, que pertence ao mesmo clado dos morfotipos H. aff. repens3 e H. aff. repens4 na análise filogenética, foi possível de ser distinto tanto nesta análise quanto pelos marcadores microssatélites e pela morfometria, possuindo características diagnósticas que o sustentam como espécie distinta. O morfotipo H. aff. repens6 forma um clado muito isolado dos demais nas análises filogenéticas e, apesar de não se diferenciar nas análises morfométricas, nem mesmo foi possível de ser incluído na análise de genética de populações, pois falhou na amplificação com os primers desenhados para H. repens. Essas evidências indicam tratar-se de uma espécie distantemente relacionada e que se assemelha morfologicamente por convergência de caracteres florais. Logo, essa entidade será reconhecida como uma nova espécie sustentada por características de hábito e porte (não incluídas nas análises morfométricas). Dentro do outro clado obtido pelas análises filogenéticas, H. aranifera será mantida com o status de espécie, uma vez que foi recuperada como um grupo consistente por todos os marcadores utilizados. Os demais terminais pertencentes a esse clado, apesar de possuírem ampla variabilidade morfológica e terem sido separados por marcadores moleculares, não possuem características diagnósticas que sustentem a sua separação. Por esse motivo, todos serão aceitos como H. repens, uma espécie de ampla distribuição geográfica, com alto grau de polimorfismo e possuindo todas as características de uma ocloespécie, provavelmente constituindo um par progenitor-derivativo com H. aranifera. Habenaria is one of the largest genera of Orchidaceae, but even though, it is not well studied. Few taxonomic studies and revisions have been done so far, and none of them comprise morphometric or population genetics approaches. One of the many species complexes in the genus is the one formed by H. repens and related morphotypes. Habenaria repens sensu lato occurs from south United States of America to north Argentina and, in Brazil, many morphological variants can be found. In order to clarify the relationships between Brazilian morphotypes and H. repens, as well as the relationships among them, and circumscribe these entities, three different techniques were used: molecular phylogenetic analyses, multivariate morphometric analyses and population genetics. Thirty one populations, encompassing two known species (H. repens e H. aranifera), six Brazilian morphotypes, and one population from the locality where the species type was collected, in the United States of America, were sampled. Two nuclear markers (ITS and ETS) and two plastidial ones (matK and trnK) totalizing 3,250 characters were used in the phylogenetic analyses. In these, the existence of three clades, not directly related and formed exclusively by entities that belong to the complex, was detected. Morphotype H. aff. repens6 belongs to one of these clades, whereas the other morphotypes are separated in two bigger clades. Seventeen floral and three vegetative characters were used in morphometric analyses with multivariate statistic techniques. Little morphological distinction was found between the morphotypes, and not all the groups formed match those obtained with phylogenetic and population genetics approaches. For this last method, five microsatellite loci were amplified for 295 individuals belonging to 20 populations. Five genetic groups were identified and these match partially some of the clades recovered in the phylogenetic analyses. The most consistent patterns found by all three markers were: the reunion of three populations previously classified as the typical form of H. repens (Curitiba-PR, Anguera-BA and Areias-PB), a group with morphotypes H. aff. repens3 and H. aff. repens4, and the discrimination of H. aranifera and of the populations that form H. aff. repens7. Considering all the evidences and the congruence between them, it is suggested that at least five species be recognized in Brazil. Despite the fact that H. aff. repens3 and H. aff. repens4 form a group recovered by all markers employed, they present a large variation in the size of all plant organs (characters, in a great part, not included in the analyses), and are easily distinguishable, which makes it questionable whether they represent a single taxon or not. Therefore, other analyses must be carried out in order to determine if they should be described as one or two new species. Habenaria aff. repens7, which belongs to the same clade as H. aff. repens3 and H. aff. repens4, is distinguishable by morphological and molecular markers and possesses diagnostic features that support its recognition as a different species. Morphotype H. aff. repens6 forms a clade isolated from the others and, although it does not differentiate itself in the morphometric analyses, it was not even included in the population genetic analyses, because it failed to amplify with the primers developed for H. repens. These evidences suggest it represents a distantly related species that resembles morphologically the species that form the rest of the complex due to convergence of floral traits. Thus, this entity must be recognized as a new species supported by characters of habit and size (not included in the morphometric analyses). In regard to the other clade obtained in the phylogenetic analyses, H. aranifera will be maintained as a species, once it was recovered as a consistent group in all the analysis. The remaining terminals, in spite of having a broad morphological variability and some of them have been separated by molecular markers, do not have diagnostic characteristics that sustain more than one species. Hence, they will all be accepted under H. repens, a species with broad geographic distribution, high level of polymorphism as well as all the other attributes of an ochlospecies, probably constituting a progenitor-derivative pair with H. aranifera.

A utilização de protocolos multidisciplinares tem sido importante para compreensão de processos evolutivos envolvidos em eventos de especiação e/ou divergência de linhagens. Processos de convergência/radiação adaptativa, isolamento reprodutivo e hibridação estão relacionados à especiação, sendo notadamente importantes em linhagens que ainda estão em processo de divergência. A avaliação de episódios de convergência/radiação em um contexto filogenético tem se mostrado importante para o entendimento dos fatores que atuam no processo de diversificação floral e, em última instância, de especiação. Além disso, os processos biogeográficos que moldaram a atual distribuição geográfica das espécies são raramente considerados em estudos dessa natureza, deixando uma lacuna no conhecimento da influência desses processos sobre os padrões de evolução floral observados. Esta abordagem foi adotada neste estudo, a partir de dados de filogenia, de biogegrafia e de variabilidade genética, para: 1) testar a hipótese de monofiletismo das espécies rupícolas de Acianthera ocorrentes nos campos rupestres do leste do Brasil, um gênero de orquídeas exclusivamente neotropical, cuja maioria das espécies ocorre como epífita no domínio da Mata Atlântica; 2) investigar os fatores evolutivos e biogeográficos que moldaram a atual distribuição das espécies de Acianthera que ocupam os campos rupestres brasileiros; 3) delimitar as entidades que constituem o complexo A. prolifera no leste do Brasil. As espécies rupícolas de Acianthera foram recuperadas em três clados distintos, indicando que a ocupação dos afloramentos rupestres ocorreu, independentemente, pelo menos, três vezes. Esses clados correspondem aos complexos A. teres (quatro espécies), A. ochreata (uma espécie e uma subespécie) e A. prolifera (cinco espécies), que são distinguidos apenas por caracteres morfológicos vegetativos. Os dois primeiros compreendem plantas com ramicaule mais curto do que as folhas, que são cilíndricas ou pouco conduplicadas e muito carnosas, sendo bastante diferentes das espécies do complexo A. prolifera, que possuem ramicaule achatado no ápice, tão ou mais longos que as folhas, que podem ser conduplicadas ou planas, carnosas, eretas ou dobradas em direção ao ramicaule, formando um gancho. De acordo com a distribuição atual das espécies que compõem esses complexos e suas espécies irmãs, é possível supor que o complexo A. ochreata deve ter alcançado os campos rupestres a partir da porção norte da Mata Atlântica. Contrariamente, as espécies dos complexos A. prolifera e A. teres podem ter ocupado os ambientes rochosos pelo sudeste do Brasil, tendo, como populações fontes, inselbergs localizados nesta região. A ocorrência de convergência de caracteres florais entre táxons de complexos distintos e de divergência entre táxons de um mesmo complexo, muito provavelmente devido à pressão exercida por polinizadores, sugere que a morfologia floral, ao contrário da vegetativa, não é boa indicadora de relações filogenéticas para esse grupo. A partir dos marcadores ISSR, A. hamosa e A. modestissima puderam ser reconhecidas como entidades distintas. Porém, não foi possível diferenciar geneticamente as populações de A. limae das de A. prolifera, que configuram um continuum morfológico. Dessa maneira, é sugerido que esses táxons, bem como os morfotipos similares a estes, sejam tratadas como uma ocloespécie, juntamente com A. fornograndensis, eventualmente também incluindo as populações ocorrentes nos Andes, frequentemente identificadas como A. prolifera sensu lato. The use of multidisciplinary protocols has been important to understand the evolutionary factors involved in speciation/divergence events of plant lineages. Adaptive convergence/radiation, reproductive isolation and hybridization are related to speciation, being important in lineages that are still in divergence process. The evaluation of convergence/radiation episodes, in a phylogenetic context, has proved important for the understanding of the factors acting on floral diversification and, therefore, speciation. Besides, the biogeographic events that shaped the present distribution of species are rarely considered in studies of this nature, leaving a gap on the knowledge of the influence of these events over the observed floral evolution patterns. This approach was adopted in this study, using phylogenetic, biogeography and genetic variability data, in order to: 1) test the monophyly of rupicolous species of Acianthera, a Neotropical orchid genus, occurring in eastern Brazil, with most species occurring as epiphytes in the Atlantic Rain Forest; 2) investigate the evolutionary and biogeographic factors that shaped the present distribution of Acianthera species occurring in the Brazilian campos rupestres; and 3) delimitate the entities that constitute the Acianthera prolifera complex in eastern Brazil. The rupicolous species of Acianthera were recovered in three different clades, indicating that independent occupation of the rocky outcrops occurred at least three times. These clades correspond to A. teres (four species), A. ochreata (one species and one subspecies) and A. prolifera (five species) complexes, that can only be distinguished by vegetative morphological characters. The first two include plants with ramicaul shorter than leaves, which are cylindrical or slightly conduplicated and very fleshy, being different from the plants of A. prolifera complex, which have ramicaul flattened at apex, as long as or longer than leaves, which can be conduplicated or flat, fleshy, erect or turned to ramicaul, forming a hook. According to these complexes and their sister species current distribution, it is possible to suppose that A. ochreta complex probably reached the campos rupestres from the north portion of the Atlantic Rain Forest, in Northeastern Brazil. On the other hand, the species of A. prolifera and A. teres complexes may have occupied the rocky environments reaching from eastern Brazil, and having inselbergs located at this region as the source populations. The occurrence of floral convergence between taxa of distinct complexes and divergence between taxa of the same complex, probably due to pollinators pressure, suggests that floral morphology, as opposite to vegetative, is not a good indicator of phylogenetic relationships for this group. ISSR markers enabled the recognition of A. hamosa and A. modestissima as distinct entities. However, it was not possible to differentiate genetically A. limae from A. prolifera, which configure a morphological continuum. Thus, it is suggested that these taxa, as well as some morphotypes similar to them, be considered an ochlospecies, along with A. fornograndensis, and eventually also including Andean populations frequently identified as A. prolifera sensu lato.

No presente trabalho utilizamos a teoria do coalescente e uma nova metodologia estatística conhecida como Aproximação Bayesiana Computacional (Approximate Bayesian Computation - ABC) para simular dados genéticos e inferir parâmetros demográficos associados à história de populações Latino-Americanas. Utilizamos 10 regiôes neutras previamente selecionadas por Frisse, 2001 especificamente para estudar história demográfica humana. Trabalhamos com o modelo genético-demográfico previamente estudado pela Dra. Marília Scliar de divergência populacional seguida de fluxo gênico entre populações nativas peruanas dos Andes (Quechuas) e da Selva Alta Amazônica (Shimaas), no qual inserimos o parâmetro recombinação e uma nova estatística informativa do tempo de divergência. Também utilizamos as populações Quechuas e Shimaas para estudar um modelo mais complexo de povoamento da América por populações Siberianas e divergência entre populações Nativo-Americanas. Além disso, simulamos dados genéticos de populações com uma história demográfica compatível com a formação das populações miscigendas Latino-Americanas, que nos permitirá testar hipóteses genético-populacionais no âmbito do projeto Epigen. Para os dois modelos demográficos estudados encontramos um tempo de divergência menor que 5.000 anos entre as populações Quechuas e Shimaas, o que sugere que a separação entre essas populações ocorreu após a colonização do continente americano. Com o modelo de povoamento da América estimamos o tempo de entrada na América mais provável em torno de 22 mil anos e um número efetivo fundador em torno de 400 indivíduos. In this study we used the coalescent theory and a new statistical methodology known as Approximate Bayesian Computation - ABC to simulate genetic data and to infer demographic parameters associated with the history of Latin American populations. We used ten neutralregions previously selected by Frisse, 2001 specifically to study human demographic history. We used the population-genetic model previously studied by Dr. Marilia Scliar of population divergence followed by gene flow between two populations of native Peruvian Andes (Quechuas) and Selva Alta Amazon (Shimaas), in which we added a recombinationparameter and a new informative statistic to study the divergence time among populations. We also used the Quechuas and Shimaas to study a more complex model of American peopling by Siberian populations and divergence between Native American populations. Furthermore, we simulated genetic data from populations with a demographic history compatible with the formation of Latin American admixed populations, which will allow us testing genetic hypotheses in the context of Epigen project. In the two demographic models proposed we found a divergence time less than 5000 years between the Quechua and Shimaa populations, what suggests that the separation between these populations occurred after the colonization of America. Finally, we estimated most likely time of American peopling of around 22,000 years and a founder effective number about 400 individuals.

A miscigenação é uma forma de fluxo gênico entre populações isoladas por um longo período de tempo, que resulta em uma nova população híbrida. O estudo da miscigenação é importante para estudos antropológicos, de genética associativa e epidemiológica para evitar associações estatísticas espúrias e consequentemente falsos positivos. Nosso grupo de pesquisa (LDGH UFMG) tem como foco estudar aspectos da miscigenação e genética epidemiológica em populações com alta ancestralidade nativo-americana, que são normalmente negligenciadas em estudos populacionais. Este trabalho visa, através de um painel de 83 SNPs marcadores informativos de ancestralidade (AIMs), estimar a distribuição da miscigenação individual e populacional em quatro populações da América Latina: Peru (LIM), Equador (EQU), Nicarágua (NIC) e México (MEX), produto da miscigenação entre europeus, africanos e nativos americanos, além de avaliar a eficiência do painel de SNPs utilizado e inferir qualitativamente aspectos da dinâmica da miscigenação dessas populações no tempo. Empregamos métodos clássicos de genética de populações para calcular a diferenciação inter e intra-populacional Estatísticas F de Wright, Equilíbrio de Hardy-Weinberg, Heterozigosidade esperada, Maximum likelihood para estimar a miscigenação e Desequilíbrio de Ligação (DL). A metodologia de Análise de Componentes Principais (PCA) também foi utilizada para confirmar e ilustrar de forma concisa a diferenciação populacional. Todos os resultados destas análises foram coerentes entre si, evidenciando que os marcadores utilizados têm, em geral, baixa diversidade intracontinental e alta intercontinental, como esperado para AIMs. Nenhuma das populações miscigenadas apresentou alto componente africano, com maior média em 0,12 em NIC. A PCA mostrou um contínuo de miscigenação individual entre europeus e ameríndios nas populações miscigenadas, com os dois primeiros componentes principais explicando 42,7% de toda a variação encontrada nos dados. Os indivíduos de populações africanas foram os mais diferenciados entre todas as populações estudadas. A análise de DL, juntamente com a variância e distribuição da miscigenação individual, nos permitiu inferir qualitativamente a dinâmica da miscigenação das populações EQU, NIC, MEX e LIM, sugerindo que as populações NIC e MEX evidenciam eventos de miscigenação mais recentes, e a ausência de eventos de miscigenação relativamente recentes nas populações LIM e EQU. Em um futuro próximo, usaremos ferramentas conceituais mais sofisticadas para estudar a distribuição da miscigenação individual e DL para aprimorar nossas inferências sobre a dinâmica da miscigenação nessas populações. Admixture is the product of gene flow between long-time isolated populations that form a new hybrid population. Admixture studies are important in anthropology, and in genetic epidemiology to avoid spurious statistical associations due to false positive. Our research group (LDGH UFMG) aims to study admixture aspects and genetic epidemiology of populations with high native American ancestry, that are normally neglected in population studies. This study aims, through a 83-SNP panel of ancestry informative markers (AIMs), estimate the individual and population admixture distribution of four populations of Latin America: Ecuadorian (EQU), Nicaraguan (NIC), Mexican (MEX) and Peruvian (LIM), product of admixture between European, African and Native American, and evaluate the efficiency of the panel used in this investigation, and to perform qualitative inferences of the dynamic of admixture in these populations. We performed classic population genetics analyses in order to assess intra-population and inter-population diversity indexes (F statistics, Hardy- Weinberg Equilibrium, Maximum likelihood estimations of admixture and Linkage Disequilibrium (LD) estimators). Principal Component Analysis (PCA) was also used to confirm and illustrate the population differentiation. Overall, these analyses produced consistent results, showing that most of our SNPs have low inter-continental and high intercontinental diversity, as expected for AIMs. None of the admixed populations presented high African ancestry, with the highest average population African contribution of 0,12 in Nicaragua. PCA analysis showed a continuum of individual European and Native American ancestry in the admixed populations, with the two first principal components statistics explaining 42,7% of the total variance contained in the genetic dataset. Individuals of African populations were the most differentiated between all populations studied. The analysis of LD and of the distribution of individual ancestry allowed us to qualitatively address the temporal dynamics of admixture in EQU, NIC, MEX and LIM. It suggested that NIC and MEX undergone most recent events of admixture, and relatively recent contributions of individuals with high European ancestry were low in EQU and LIM. In the near future, we will use more sophisticated conceptual tools to study the distribution of individual admixture and linkage disequilibrium to improve our inferences about the admixture dynamics in these populations.

Nas últimas décadas, muitos rios vêm sendo represados para a construção de usinas hidrelétricas, transformando-se em uma sucessão de reservatórios. As represas causam impacto negativo significativo sobre as populações de peixes locais. Além de alterações no regime hidrico e bloqueio de rotas migratórias de peixes reofllicos, uma das conseqüências do barramento é o isolamento de populaçõesnativas, podendo levar a efeitos como perda de variabilidade genética e depressão endogâmica, e a uma conseqüente redução do valor adaptativo médio populacional, aumentando o risco de extinção local de espécies de peixes. Diante desse contexto, é de grande relevância a realização de estudos populacionais de espécies cujos habitats sofreram fragmentação devido à construção de usinas hidrelétricas. Os marcadores moleculares vêm sendo utilizados neste tipo de estudo por apresentarem alto grau de polimorfismo, permitindo avaliar a estrutura e variabilidade genética de populações de peixes bem como o impacto que as barragens e o repovoamento causam sobre elas. 0 objetivo do presente trabalho foi caracterizar a diversidade genética e estruturapopulacional de três espécies de peixes do gênero Prochilodus (P. costatus, P. argenteus e P. Iineatus) em três Bacias Hidrograficas do estado de Nlinas Gerais: Bacias dos rios Pará, Paraopeba e Grande, que nas últimas décadas foram alteradas pela construção de diversas represas. A partir de 71 clones previamente isolados da biblioteca genômica de Prochilodus Iineatus existente no Laboratório de Biotecnologia e Marcadores Moleculares, 8 foram selecionados para a padronização da PCR, onde foram determinadas as melhores condições de amplificação para cada lócus. Posteriormente o marcador de complexas repetições hipervariáveis 2V35 foi testado em 252 indivlduos de Prochilodus spp coletados nas três bacias mencionadasanteriormente. Sua utilidade em estudos de genética de populações foi verificada através de análises de indices de diversidade, além da análise de partição da variabilidade genética (AMOVA), isolamento por distância e análise filogenética. O seqüenciamento do marcador 2V35 permitiu que o caracterizássemos como uma região polimórfica, amplificando fragmentos variando de 460-469 pb em todas as 252amostras de Prochilodus spp sendo constatado apenas um haplótipo compartilhado pelas três espécies (Hap 1) provando-se o alto grau discriminatório do marcador para análises intra-especificas. A utilização desse marcador como ferramenta molecular irá contribuir de forma determinante para o desenvolvimento de sistemas mais adequadospara a manutenção da diversidade das comunidades de peixes além de acelerar e aumentar a exatidão das decisões tomadas para a conservação e manejo de estoques de pisciculturas e sistemas de procriação das espécies em questão. In the last decades, many rivers have been dammed for the construction of reservoirs. Dams cause significant adverse impact on the population of local fish. Besides the flood regime changes and blocking of migratory routes of migratory fishes, one of the consequences of the construction of dams is the isolation of native populations, which can lead to effects such as the loss of genetic variability and endogamic depression. This can reduce the fitness and increase the risk of local extinction of the species. Thus, it is of huge relevance the accomplishment of populational studies in species which habitat has been fragmented as a result of dam building. Because of their high level of polymorphism, molecular markers have been largely used in populational analysis of many species of fish, in order to evaluate the genetic structure and variability of populations and the impact of the dams and the hatchery fish have on wild populations. The objective of this study was to characterize the genetic diversity and population structure of three fish species of the genus Prochilodus (P. costatus, P. argenteus e P. lineatus) in three River Basins of the stateof Minas Gerais: Para, Paraopeba e Grande which in recent decades have been changed by the construction of several dams. From 71 clones previously isolated by our group from a genomic libraw of Prochi/odus Iineatus, 8 were selected and the best PCR conditions achieved. In addition, the complex hypervariable repeat 2V35 was tested in 252 individuals of Prochi/odus spp collected in the three Basins mentionedabove. Its usefulness in population genetic studies was evaluated by analyzing indices of molecular diversity, molecular variance (AMOVA), isolation by distance besides filogenetics analyses. Only one haplotype was shared by the three species (Hap 1) proving the high level of discrimination by the marker for intra-specific analyzes. Fish from the three rivers showed high levels of gene diversity and significant differentiation was detected, suggesting that populations from the three sites were affected by the fragmentation of the River and the hatchery activity. Our study showed to be very helpful for the management and fish conservation in these areas.

No presente trabalho, geramos, pela primeira vez, dados de ressequenciamento de 10 regiões autossômicas não codificantes (~20000 pb) em 10 indivíduos da maior população andina, os Quechuas, e em 10 indivíduos de uma população machiguenga (comunidade Shimaa) localizada na região conhecida como Selva Alta peruana. Esta ê uma região de transição geográfica entre os Andes e a Amazônia, e por isso, pensamos que suas populações poderiam ser bons alvos na tentativa de elucidar possíveis direções de migraçãoe povoamento entre o Oeste e o Leste do continente.Nós utilizamos duas metodologias bayesianas para inferir os parâmetros de um modelo de isolamento com migração entre populações nativas americanas e entre populações nativas americanas e asiáticas. Uma das metodologias é baseada no cálculo daverossimilhança utilizando simulações IVICIVIC para aproximar uma probabilidade a posteriori (programa IIVI). A outra é o método ABC (Approximate Bayesian Computation, que utilizamos apenas para o modelo de isolamento com migração entre as populaçõesQuechua e Shimaa) que ao invés de calcular a verossimilhança de um dado modelo, aproxima a probabilidade a posteriori através da comparação de estatísticas sumárias estimadas para os dados observados com as estatísticas sumárias computadas para dadossimulados de um determinado modelo (no caso, o modelo de isolamento com migração). Nossos resultados identificaram uma alta diversidade na população Quechua, comparável com a de populações europeias, e uma pequena diversidade nos Shimaas, sendo que esta parece ser uma subamostra da diversidade dos Quechuas. Além disso,estimamos que quando da divergência entre as populações Ouechua e Shimaa, 95% da população ancestral deu origem aos Queohuas, que se manteve até o presente com um grande tamanho efetivo populacional. Estimamos um tempo de divergência menor que cincomil anos entre os Quechuas e os Shimaas, que pode se dizer surpreendente, por se tratar de populações identificadas com duas tradições completamente diferentes, a cultura amazônica associada aos Shimaas, e a cultura andina associada aos Quechuas. Nossasestimativas, entre populações nativas americanas e asiáticas, corroboraram as estimativas anteriores feitas com outros marcadores genéticos, mostrando que nossa população Quechua, na qual subsiste grande parte da variabilidade genética das populações nativasamericanas, é uma e×ce|ente população para se estudar processos evolutivos relativos não só às populações andinas, mas também a todo povoamento da América. ABSTRACTIn this study, we generated for the first time, resequencing data for 10 autosomal non-Coding regions (~ 20,000 bp) for 10 individuais of the Iarger Andean population, the Quechua, and for 10 individuais from the |\/Iachiguenga population (Shimaa Community) Iocated in the Selva Alta from Peru. This is a geographical region of transition between theAndes and Amazon, and therefore, we think that their populations could be good targets to elucidate possibie direotions of migration and settlement between the West and the East of the Continent.We used two Bayesian methods to infer the parameters of an isolation model with migration among Native American populations and among Native American and Asian populations. One of the methods is Iikelihood-based and uses Nlarkov Chain Monte Carlo simuiations to approximate the posterior probabiiity (INI program). The other, is the ABCmethod (Approximate Bayesian Computation, we on|y use this method for the isolation model with migration between Shimaa and Quechua populations) that instead of calculating the Iikelihood of a given model, it approximates the posterior probability by Comparing summary statistios estimated for the observed data with the Summary statistics Computed for Simuiated data on a particular modei (in this case the isolation model with migration). Our reSu|tS indioate a high diversity in the Quechua population, Cornparable with that of European populations, and a IittIe diversity in Shimaa, and this seems to be a subset of the diversity of Queohua. Additionally, we estimated that, when the divergence betweenShimaas and Oueohuas oocurred, 95% of the ancestral population gave rise to the Quechua, who remained until the present with a Iarge effective population size. We estimate a sma|| divergence time between the Queohua and Shimaa, you could Say Surprising, beoause the two populations are identified with two Completely different traditions, the Shimaas are associated with the Amazonian Culture, and the Ouechuas are associate with the Andean Cuiture. Our estimates among Asian and Native American popuiations Corroborate previous estimates using other genetic markers, Showing that Our population Quechua, in whichremains much Of the genetic variability of Native American populations, is an excellent population to study evolutionary processes Concerning not only to Andean populations, but also the entire popuiation of America.

O gênero Bombus (Latreille, 1802) tem cerca de 250 espécies popularmente conhecidas como mamangavas. O gênero foi recentemente revisado e com base em características morfológicas, ecológicas, comportamentais e genéticos sua classificação subgenérica foi reformulada, com o reconhecimento de 15 subgêneros. As espécies brasileiras, todas anteriormente consideradas no subgênero Fervidobombus, foram incluídas em Thoracobombus, juntamente com espécies anteriormente consideradas nos subgêneros Eversmannibombus, Exilobombus, Laesobombus, Mucidobombus, Rhodobombus, Thoracobombus e Tricornibombus. Bombus brasiliensis distribui-se no sul do Brasil e regiões limítrofes do Uruguai, Paraguai e Argentina. No território brasileiro, sua distribuição estende-se ao longo do litoral, até o sul do Estado da Bahia; a oeste, ao longo da bacia do Rio Paraná (Mato Grosso do Sul e Sul de Goiás) e ao sul da bacia do Tocantins-Araguaia (Mato Grosso). Para avaliar a distribuição da variabilidade genética de B. brasiliensis em um contexto geográfico e temporal, um total de 144 espécimes foram sequenciados para o gene COI (471 pb) e 126 espécimes para o gene CytB (689 pb), ambos sem deleções ou inserções. Em ambos os genes foram detectados 10 haplótipos, e quando concatenadas (1157 pb) tinham 26 haplótipos. De acordo com as análises, este táxon parece ser constituído de duas espécies: B. brasiliensis propriamente dita, que é amplamente distribuída; e outra espécie (Bombus sp.n.), ainda não descrita, com distribuição restrita ao litoral, entre o sul da Bahia e o norte do Espírito Santo. The genus Bombus (Latreille, 1802) has approximately 250 species commonly known as bumblebees. The genus has been recently reviewed and based on morphological, ecological, behavioral and genetic characters its subgeneric classification was reformulated, with the recognition of 15 subgenera. The Brazilian species, all formerly considered in the subgenus Fervidobombus, were included in Thoracobombus, together with species previously considered in the subgenera Eversmannibombus, Exilobombus, Laesobombus, Mucidobombus, Rhodobombus, Thoracobombus and Tricornibombus. Bombus brasiliensis is distributed in Brazil and in neighboring regions of Uruguay, Paraguay and Argentina. In Brazil, its distribution extends, in the east, along the coast, to southern Bahia state and, in the west, along the Paraná River basin (Mato Grosso do Sul and southern Goiás) and up to the southern portions of the Araguaia-Tocantins basin (Mato Grosso). To assess the distribution of the genetic variability of B. brasiliensis in a geographical and temporal context, a total of 144 specimens of B. brasiliensis were sequenced for the COI gene (471 bp) and 126 specimens for CytB gene (689 bp), both without deletions or insertions. In both genes ten haplotypes were detected and when concatenated (1157 bp) they comprised 26 haplotypes. According to the analysis, this taxon seems to consist of two species: B. brasiliensis itself, which is widely distributed, and another species (Bombus sp.n.), not described yet, with distribution restricted to the coast, from southern Bahia and northern Espírito Santo. Key

Glossophaga soricina é um filostomídeo nectarívoro que ocorre desde o México até o sul da Argentina. Pode ser encontrados nos mais diferentes hábitats, que vão do semi-árido nordestino à quente e úmida Floresta Amazônica. No Brasil, esta parece ser uma das espécies demorcego que se alimenta de néctar mais frequentemente encontrada em estudos de levantamento de fauna. G. soricina atua como polinizador de diversas espécies de plantas neotropicais. Com o intuito de estudar o padrão filogeográfico e avaliar a configuração da diversidade genética de G. soricina, foram realizadas análises utilizando-se os genesmitocondriais citocromo b e citocromo oxidase I. Para ambos marcadores foram registrados altos valores de diversidade haplotípica e baixa diversidade nucleotídica. Os resultados corroboram trabalhos anteriores, confirmando a existência de duas linhagens principais muitodivergentes que parecem ter sido separadas pelos Andes (de modo similar ao que foi relatado para outras espécies de morcegos). Análises filogenéticas e filogeográficas revelam que as subespécies correspondem a grupos monofiléticos e que duas subespécies parecem ser constituídas de duas linhagens bem definidas. As duas linhagens principais desta espécie parecem ter se divergido entre 2,59 e 5,08 milhões de anos atrás, coincidindo com o tempo estimado para ocorrência dos eventos geológicos que deram aos Andes sua configuração altitudinal atual. As demais linhagens tiveram sua origem no Pleistoceno, época em que as modificações no clima foram acompanhadas de mudanças nos ecossistemas e no nível dosmares que propiciaram fenômenos como dispersão e vicariância, ambos associados à diversificação intraespecífica em G. soricina. Glossophaga soricina is a nectarivorous phyllostomid bat occurring from Mexico to south Argentina. It inhabits the most different kinds of habitats, ranging from Brazilian northeastern semi-arid caatinga to the moist Amazon rainforest. In Brazil, it seems to be the most frequentfound nectar-feeding bat in field surveys. G. soricina acts as pollinator of several Neotropical plant species. Several analysis using cytochrome b and cytochrome oxidase I were performed in order to understand the phylogeographic pattern and to assess the genetic diversity of G.soricina. High haplotipic diversity and low nucleotidic diversity were registered for both markers. The results corroborate previous works, confirming the existence of two major lineages that has been separated by Andes (as reported for other bat species). Phylogenetic and Phylogeographic analyses revealed that subspecies correspond to monophyletic groups. Two subspecies appear to be constituted of two distinct lineages. The two major lineages of this species appear to bediverged between 2.59 and 5.08 million years ago, which is the same inferred time to the occurrence of geological events that gave Andes their current altitudinal configuration. The other minor lineages originated in Pleistocene, an epoch when changes in climate were accompaniedby changes in ecosystems and sea levels that have led to phenomena such as dispersal and vicariance, both related to intraspecific diversification in G. soricina.

A diversidade genética presente em uma população do roedor silvestre Thrichomys apereoides do norte de Minas foi analisada através do marcador mitocondrial da região controle, D loop. Os indivíduos são provenientes de três pontos de coleta distintos. Foram encontrados dezenove haplótipos os quais encontram se distribuídos nos três pontos onde as coletas foram realizadas. A população apresentou alta diversidade haplotípica e baixa diversidade nucleotídica como já observado em alguns estudos de outras famílias de roedores. As análises dos testes de neutralidade apontaram para uma população que está em recente expansão demográfica, o que não pode ser observado através das diferenças par a par nas freqüências dos nucleotídeos. The genetic diversity presented in a population of wild rodent Thrichomys apereoides from the northern of Minas was analyzed through the mitochondrial marker of control region, D loop. The individuals came from three different collection points. There were found nineteen haplotypes which were distributed in three points, where the colletions were made. The population showed high haplotype diversity and low nucleotide diversity as observed in some studies of other rodents families. Tests analyzes of neutrality pointed to a population which is in recent demographic expansion, which cannot be observed through the pairwise differences in the frequencies of nucleotides.

Os campos rupestres da Cadeia do Espinhaço são conhecidos por sua riqueza de espécies vegetais com elevado grau de endemismo, citado como resultado das disjunções na distribuição das populações, decorrente da descontinuidade das cadeias montanhosas. Esta disjunção tem sido citada como um dos principais fatores responsáveis pelo isolamento e diferenciação das populações. Vellozia hirsuta (Velloziaceae) corresponde a um complexo de espécies que ocorre na Cadeia do Espinhaço e apresenta grande variação na morfologia externa e anatomia foliar. Esta variação levou à sinonimização de quatro espécies sob o nome de V. hirsuta e ao reconhecimento de 14 padrões morfo-anatômicos. Neste estudo foi investigada a correlação dos padrões morfo-anatômicos com a distribuição da variabilidade genética e a distribuição geográfica das populações, investigando também a existência de possíveis barreiras responsáveis pela restrição do fluxo gênico recente ou histórico entre populações. Empregando sequenciamento da região intergênica trnL-rpl32F (cpDNA), a ocorrência de 25 sítios polimórficos revelou 20 haplótipos nas 23 populações amostradas. As populações de V. hirsuta aparecem estruturadas (ST = 0,818) em quatro grupos filogeográficos que correspondem às principais regiões geográficas ocupadas pela espécie, demonstrando uma estruturação geográfica da diversidade genética e ausência de correlação com os padrões morfo-anatômicos descritos. O grupo formado pelas populações do norte de Minas Gerais e sul da Bahia se mostrou geneticamente mais diferenciado devido à presença de haplótipos exclusivos em suas populações. Este resultado associado ao isolamento geográfico e diferenciação morfológica deste grupo indica que o mesmo poderia ser reconhecido como um táxon distinto das demais populações de V. hirsuta. No estudo de genética de populações realizadas com marcadores ISSR, a heterozigosidade média das populações (0,216) apresentou valores inferiores a espécies de mesmas características biológicas. A AMOVA apontou alta variação dentro das populações (84-86%) e baixa divergência (11-14%) entre as populações. A análise Bayesiana indicou um número de populações geneticamente estruturadas sem delimitações precisas entre estes grupos e sim uma estruturação em um gradiente geográfico norte-sul. Entretanto, o grupo do norte parece ser mais diferenciado do que os demais, e a delimitação deste grupo como um táxon distinto é suportada como nas análises filogeográficas. Tanto as análises filogeográficas as de genética de populações não sustentaram o reconhecimento de nenhum dos táxons 2 sinonimizados sob V. hirsuta. Portanto, V. hirsuta aparentemente corresponde a uma única espécie com grande variação morfológica, indiferente do reconhecimento das populações do norte da distribuição como um táxon distinto, e seria melhor tratá-la como uma ocloespécie, sendo possivelmente, eventos de hibridação antigos, a origem dos atuais padrões de variação morfológica. The campos rupestres of the Espinhaço Range are known for their richness of plant species with a high degree of endemism, cited as a result of disjunctions in the distribution of populations due to the discontinuity of the mountain ranges. This disjunction has been cited as a major factor responsible for the isolation and differentiation of populations. Vellozia hirsuta (Velloziaceae) corresponds to a species complex that occurs in the Espinhaço Range and shows great variation in external morphology and leaf anatomy. This variation led to synonymization of four species under the name V. hirsuta and the recognition of 14 morpho-anatomical patterns. In this study we investigated the correlation of those morphological and anatomical patterns with the distribution of genetic variability and geographic distribution of populations, also investigating the possible existence of barriers responsible for the restriction of recent or historical gene flow among populations. Using sequencing of trnL-rpl32F intergenic region (cpDNA), the occurrence of 25 polymorphic sites revealed 20 haplotypes in the 23 populations sampled. The populations of V. hirsuta appears structured (ST = 0.818) in four phylogeographic groups that correspond to major geographic regions occupied by the species, demonstrating a geographic structure of genetic diversity and lack of correlation with the morpho-anatomical patterns described. The group formed by the populations of northern Minas Gerais and southern Bahia states was genetically more divergent due to the presence of unique haplotypes within their populations. This result associated with geographic isolation and morphological differentiation suggests that this group could be recognized as a taxon distinct from other populations of V. hirsuta. In the study of population genetics performed with ISSR, the mean heterozygosity of the populations (0.216) showed lower values than species of similar biological characteristics. The AMOVA showed high variation within (84-86%) and low divergence (11-14%) among populations. The Bayesian analysis showed a number of populations genetically structured with no precise boundaries between these groups, but instead structured in a north-south geographical gradient. However, the northern group appears to be more differentiated than others and delimitation of this group as a distinct taxon is supported, as found in the phylogeographical analysis. Both phylogeographical and population genetics did not support the recognition of any taxa synonymized under V. hirsuta. Therefore, V. hirsuta apparently corresponds to a single species with great variation, regardless of the recognition of the populations of 4 northern distribution as a distinct taxon, and it would be better treated as an ochlospecies. Possibly ancient hybridization events were the origin of the current pattern of morphological variation.

A inflamação da mucosa gástrica é um fator importante no desenvolvimento de câncer gástrico, e acredita-se que a enzima Ciclooxigenase 2 (codificada pelo gene COX2) participa no processo inflamatório, contribuindo no reparo da lesão na mucosa gástrica. Assim, a expressão da COX2 seria benéfica para a mucosa gástrica. Entretanto, vários estudos sugerem que a super-expressão da COX2, devido a polimorfismos, aumenta o risco de desenvolver câncer gástrico. Vários trabalhos realizados em outras populações demonstraram a associação entre SNPs da região promotora do gene COX2 com o câncer gástrico. Por tal motivo, o objetivo deste trabalho foi testar se essas variantes genéticas estão associadas com o câncer gástrico na população peruana, ressaltando que o Peru é o país que apresenta as maiores taxas de incidência e mortalidade por esse tipo de câncer na América Latina. Para atingir esse objetivo, foi desenvolvida uma metodologia que permitiu obter os seguintes resultados: (1) foram identificados 6 SNPs na região promotora do gene COX2 em indivíduos da população ameríndia; 3 dos quais também estão presentes nos europeus e africanos (rs20417, rs689465 e rs689466), e 3 são novas variantes; (2) foram estimados 10 haplótipos comuns, e a diversidade haplotípica e nucleotídica nos ameríndios foi maior do que os europeus e menor do que os africanos. O DL foi maior (87%) entre rs20417 e rs689465 nos europeus, que nos ameríndios (72%) e nos africanos (15%). De acordo com o valor do FST as três populações se diferenciam significativamente, e segundo os testes de neutralidade foi confirmada a hipótese nula de equilíbrio mutação deriva; (3) foram selecionados dois SNPs informativos rs689466 e rs689465, sendo este último um tagSNP; (4) foram determinados os genótipos e as frequências alélicas para os dois SNPs informativos em 225 pacientes com câncer gástrico e 352 controles da população peruana miscigenada para o teste de associação, e em indivíduos ameríndios de etnias diferentes (17 Quéchuas, 50 Shimaas e 52 Ashaninkas) para avaliar se essas frequências diferem da população miscigenada; (5) na análise de associação se obteve o OR=1,15; IC95% 0,85-1,57 para rs689465, e OR=0,93; IC95% 0,73-1,19 para a rs689466, estes resultados indicam que não há associação dessas variantes com o câncer gástrico. Este é o primeiro estudo que caracteriza as variantes genéticas da região promotora do gene COX2 em ameríndios do Peru, seu padrão de diversidade genética e testa a associação destas variantes com o câncer gástrico na população peruana miscigenada, não encontrando associação na população avaliada neste estudo. Inflammation of the gastric mucosa is an important factor in the development of gastric cancer, and it is believed that the enzyme cyclooxygenase 2 (encoded by the COX2 gene) participates in the inflammatory process, helping to repair the lesion in the gastric mucosa. Thus, the expression of COX2 would be beneficial to the gastric mucosa. However, several studies suggest that overexpression of COX2 due to polymorphisms increases the risk of developing gastric cancer. Several studies conducted in other populations have demonstrated the association between SNPs in the promoter region of COX2 gene with gastric cancer. For this reason, the objective of this work was to test whether these genetic variants are associated with gastric cancer in the Peruvian population, noting that Peru is the country with the highest rates of incidence and mortality of this cancer in Latin America. To achieve this goal, we developed a methodology that allowed us to obtain the following results: 1) 6 SNPs were identified in the promoter region of COX2 gene in individuals of the indigenous population, 3 of which are also present in Europeans and Africans (rs20417, rs689465 and rs689466), and 3 are new variants, (2) 10 common haplotypes were estimated, and haplotype and nucleotide diversity in Amerindians was higher than that of Europeans and smaller than that of Africans. The DL was higher (87%) between rs20417 and rs689465 in Europeans, that Amerindians (72%) and Africans (15%). According to the value of the FST, all three populations differ significantly, and according to the neutrality tests it was confirmed the null hypothesis of mutation drift equilibrium, (3) we selected two informative SNPs rs689466 and rs689465, the latter one being a tagSNP, (4) genotypes were determined and the allele frequencies for the two informative SNPs, in 225 patients with gastric cancer and 352 controls from a mixed population of Peru for association test, and in Amerindians of different ethnicities (17 Quechuas, 50 Shimaas and 52 Ashaninkas) to evaluate whether these frequencies differ from the mixed population, (5) in association analysis was obtained OR=1.15; 95%CI:0.85-1.57 for rs689465, and OR=0.93; 95%CI:0.73-1.19 for rs689466, these results indicate that there is no association of these variants with gastric cancer. This is the first study that characterizes genetic variants of the promoter region of COX2 gene in Peruvian Amerindians and its pattern of genetic diversity, and tests the association of these variants with gastric cancer in the admixture Peruvian population, finding no association in the population evaluated in this study.

O Ancylostoma caninum (Ercolani, 1859) possui uma ampla distribuição geográfica, representando um risco para a saúde animal e humana. Além disso, representa um importante modelo de estudo para as demais espécies antropofílicas de ancilostomídeos. Presentemente, está sendo realizado um projeto para desenvolver uma vacina anti-ancilostomídeos o qual está sendo executado pelo Sabin Vaccine Institute em conjunto com a George Washington University / EUA e outras instituições. Considerando os grandes esforços e investimentos financeiros que estão sendo empregados na tentativa de se formular uma vacina contra ancilostomídeos, se faz necessário a implementação de projetos para estudar a variabilidade molecular e a diversidade e estrutura genética populacional destes patógenos. Este trabalho teve como objetivo investigar a estrutura genética e a variabilidade molecular de populações brasileiras de A. caninum, utilizando-se marcadores moleculares mitocondriais e nucleares, incluindo um gene codificante de uma proteína importante para estratégias imunoprofiláticas, a Ancylostoma secreted protein 2, Ac-ASP-2. Foram coletadas amostras de A. caninum em centros de controle de zoonoses de cinco localidades brasileiras: Belo Horizonte/MG (BH = 36 indivíduos), Campo Grande/MS (CG = 46 indivíduos), Curitiba/PR (CT = 35 indivíduos), Ribeirão Preto/SP (11 indivíduos) e São Luís/MA (49 indivíduos). Os vermes foram identificados morfologicamente e submetidos individualmente à extração de DNA. Posteriormente, avaliou-se a diversidade e estrutura genética de populações brasileiras de A. caninum utilizando o marcador mitocondrial citocromo c oxidase subunidade I (COI), marcadores nucleares conhecidos como espaços transcritos internos (ITS-1 e ITS-2) e microssatélites de DNA. Os níveis de diversidade molecular foram intermediários e constantes nas populações brasileiras de A. caninum. Os resultados revelaram ainda moderada diferenciação entre as populações avaliadas. Os dados obtidos com os marcadores ribossomais ITS-1 e ITS-2 se mostraram inadequados para o estudo de genética populacional em A. caninum devido ao baixo número de sítios polimórficos encontrados. Alguns fatores foram discutidos para explicar a estrutura genética observada nas populações brasileiras de A. caninum: (i) distância geográfica evitando o evento de panmixia entre as localidades avaliadas; (ii) fluxos gênicos parciais entre subpopulações amostradas, incluindo a influência de movimentos recentes de hospedeiros; (iii) a presença de subpopulações distintas geneticamente melhores adaptadas à diferentes hospedeiros e/ou a presença de espécies crípticas dentro de uma mesma localização geográfica; e (iv) outros eventos genéticos (por exemplo, deriva genética) ocorrendo independentemente em cada subpopulação. Além dos estudos de Biologia Populacional com marcadores neutros, um fragmento genômico do gene Ac-ASP-2 foi também seqüenciado utilizando-se os vermes das cinco localidades brasileiras amostradas. As análises reveleram um considerável polimorfismo nucleotídico. A maior parte da variabilidade foi encontrada nos íntrons devido a menor pressão seletiva destes segmentos. As regiões codificantes também revelaram polimorfismos nucleotídicos e aminoacídicos distribuídos de forma não homogênea entre os éxons avaliados. Estes resultados contribuem para uma melhor compreensão da ecologia, padrões de transmissão, desenvolvimento de resistência à drogas e desenvolvimento de vacinas contra ancilostomídeos.