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[EN] Meat, which is widely consumed in the world, is affected in its quality by many factors dependent and independent of the animal, the breed or the processing conditions, such as preslaughter stress, temperatures, the breed of the animal or the water it drinks). This leads to a high variability in the final quality of the product and it is not possible to predict the final tenderness of the pieces. The aim of this study is to look for biochemical markers that indicate that a meat is defective from the point of view of tenderness, and to achieve this we focused on the protein profile of the samples. To achieve this, different beef samples were analysed at different times after the death of the animal in order to see how its protein profile evolves between slaughter and the second week. Both myofibrillar and sarcoplasmic protein extracts were analysed, with inconclusive results for the latter. SDS-PAGE polyacrylamide gel electrophoresis techniques were used to separate the different protein fractions and mass spectrometry coupled to LC-MS/MS liquid chromatography together with a bioinformatics analysis with the MASCOT search engine to identify the proteins and/or fragments that could be present in the different samples. All the finalised results are from the myofibrillar protein samples. As results, different fragments of degraded protein due to meat maturation were isolated. The most repeated were from the proteins "Creatine kinase M-type", "Troponin T, fast skeletal muscle" and "MYBPC1 protein". The intact form of "Troponin T, fast skeletal muscle" was also identified, notably before and after undergoing the degradation process. These proteins are good candidates as biochemical markers capable of detecting defective beef at early postmortem times., [ES] En una primera etapa, el estudiante trabajará en la preparación de extractos musculares a partir de muestras de carne pertenecientes a distintas razas de vacuno españolas. Posteriormente, el estudiante aprenderá las técnicas relacionadas con el fraccionamiento/separación del proteoma de vacuno muscular y del plasma/suero sanguíneo, tales como la electroforesis en gel (SDS-PAGE) o el isoelectroenfoque en medio líquido (OFFGEL). El objetivo final será caracterizar y cuantificar aquellas proteínas clave que puedan ser indicadores de la condición de estrés pre-sacrificio de los animales. Para la identificación de las proteínas, el estudiante aprenderá los protocolos básicos de trabajo en Proteómica basados en el análisis de cromatografía líquida acoplada a la espectrometría de masas (LC-MS), así como las herramientas bioinformáticas adecuadas para una correcta interpretación de los datos MS/MS generados.

[ES] La gran mayoría de cítricos comerciales conocidos se originaron a partir de cuatro especies ancestrales: el Pummelo (Citrus maxima Merr.), el mandarino (C. reticulata Blanco), la papeda denominada C. micrantha ‘‘Wester’’ y el Cidro (C. medica L.). El Cidro es el progenitor de los limones y las limas. Tiene una gran tradición en la medicina y la cocina China, donde es conocido y empleado desde hace miles de años, siendo el primer cítrico que llegó a Europa en el siglo IV a.C. Además de su valor estético (ya fue muy apreciado en los jardines florentinos de los Medici en el siglo XV) sus aceites esenciales son de elevada calidad sensorial, lo que les confiere amplias y crecientes posibilidades en sectores productivos relacionados con la cosmética y la gastronomía. Estos están constituidos por la fracción volátil y semivolátil de los productos del metabolismo secundario y se hallan en distintos órganos de la planta, particularmente en las glándulas de la superficie del epicarpio de los frutos. Pese a no ser un híbrido y haberse mantenido como especie pura, las distintas variedades de Cidro presentan fenotipos muy diferentes, que se reflejan especialmente en la morfología de los frutos. Esta variabilidad, asociada a factores genéticos, implica a su vez cambios en el metabolismo secundario, que dan lugar a una amplia quimiodiversidad. En este sentido, cabe destacar la presencia de monoterpenos oxigenados que, aun presentándose como compuestos minoritarios, proporcionan a los aceites esenciales las notas específicas de sus aromas. Dado el elevado interés práctico de dichos aceites en perfumería, gastronomía y como posible alternativa natural a ciertos aditivos alimentarios, es de notable interés el análisis de la composición del aceite esencial de distintas variedades de Cidro, algunas aún poco conocidas y estudiadas. Por otra parte, un factor potencial de variabilidad en dicha composición es el grado de maduración del fruto. Conocer su influencia puede contribuir a lograr una composición óptima desde el punto de vista sensorial. Este trabajo tiene como objetivo el estudio de la variabilidad química de los aceites esenciales de distintos cultivares de Cidro, considerando el grado de maduración del fruto. Para ello se ha desarrollado un proceso de extracción a escala de laboratorio que permita reproducir con la máxima fidelidad posible la composición de los aceites esenciales obtenidos industrialmente. Desde el punto de vista cualitativo, la identificación se llevó a cabo por cromatografía de gases y detección por espectroscopía de masas, mientras que para el análisis cuantitativo se utilizó un equipo similar de cromatografía de gases, con el mismo tipo de columna y parámetros de funcionamiento, con detección de ionización de llama. La cuantificación se realizó de modo riguroso, mediante calibración con estándar interno y cálculo de los factores de respuesta para cada uno de los componentes de los aceites esenciales., [EN] The vast majority of known commercial citrus fruits originated from four ancestral species: the Pummelo (Citrus maxima Merr.), the mandarin (C. reticulata Blanco), the papeda called C. micrantha ‘‘Wester’’ and the Citron (C. medica L.). The Citron is the ancestor of lemons and limes. It has a great tradition in Chinese medicine and cuisine, where it has been known and used for thousands of years, being the first citrus that arrived into Europe in the 4th century BC. In addition to its aesthetic value (already highly appreciated in the Florentine gardens of the Medici in the 15th century), its essential oils are of high sensory quality, which confers them wide and growing possibilities in productive sectors related to cosmetics and gastronomy. These are constituted by the volatile and semi-volatile fractions of the products in the secondary metabolism and are found in different organs of the plant, particularly in the glands located on the surface of the epicarp of the fruits. Despite not being a hybrid and having remained as a pure species, the different varieties of Citron show very different phenotypes, which are especially reflected in the morphology of the fruits. This variability, associated with genetic factors, implies at the same time changes in the secondary metabolism, which lead to a wide rise in chemo diversity. Accordingly, it is worth noting that the presence of oxygenated monoterpenes, even appearing themselves as minority compounds, provide the essential oils with specific notes of their aromas. Regarding the high practical interest of these oils in perfumery, gastronomy and as a possible natural alternative to certain food additives, it is of remarkable interest the analysis of the composition of the essential oil in different Citron varieties, some still little known and studied. Otherwise, a potential factor of variability in such composition is the ripeness degree of the fruit. Knowing its influence can contribute to achieve an optimal composition from the sensory point of view. This work aims to study the chemical variability of essential oils in different cultivars of Citron, taking in consideration the ripeness degree of the fruit. For this, it is intended to develop an extraction process on a laboratory scale that allows to reproduce the composition of industrially obtained essential oils as accurately as possible. From a qualitative point of view, the identification was carried out by gas chromatography and detection by mass spectroscopy, while for the quantitative analysis a similar gas chromatography equipment was used, with the same type of column and operating parameters, but with flame ionization detection. Quantification was rigorous, by internal standard calibration and calculation of the response factors for each of the essential oil components.

[ES] Los aceites esenciales constituyen la parte volátil y semi volátil de los productos del metabolismo secundario de muchas especies vegetales, pudiendo ser obtenidos a partir de diferentes órganos de la planta y mediante distintos métodos de extracción, como destilación por arrastre de vapor de agua (hidrodestilación) o mediante procesos mecánicos como la expresión o escarificación, característicos de los aceites obtenidos de las cortezas de cítricos. Su composición química es de gran interés, pues gracias a sus cualidades sensoriales y a su actividad biológica pueden utilizarse en el ámbito alimentario para diversas aplicaciones de gran utilidad, como aditivos conservantes o aromatizantes. La finalidad del trabajo ha sido comparar el rendimiento y el perfil cromatográfico de los aceites obtenidos tanto de las hojas como de la corteza de las diferentes variedades evaluadas, de indudable interés por sus cualidades sensoriales, concretamente: Citrus bergamia Risso and Poit. var. Mellarosa, Citrus macrophylla Wester y Citrus macroptera Montr. Se ha aplicado la técnica de hidrodestilación con equipo Clevenger, realizando el proceso por triplicado y recogiendo el aceite esencial obtenido mediante su extracción con diclorometano. El rendimiento de este proceso se evaluó gravimétricamente, por evaporación del extracto de diclorometano con el rotavapor. Para analizar cualitativamente las dieciocho muestras obtenidas se aplicó la cromatografía de gases mediante el detector de espectroscopía de masas, llevando a cabo la identificación mediante la aplicación del software Turbomass y AMDIS, asociado a la librería NIST 2.0. El análisis cuantitativo se realizó mediante el método de normalización de las áreas de los picos del cromatograma obtenido con el detector de ionización de llama (FID). Los resultados obtenidos muestran diferencias muy notables entre la composición y rendimiento de los aceites esenciales de las tres variedades estudiadas, así como entre el obtenido de la corteza y de las hojas., [EN] Essential oils constitute the volatile and semi-volatile part of the products of the secondary metabolism of many plant species. They can be obtained from different organs of the plant and through different extraction methods, for instance: distillation by water vapour entrainment (hydrodistillation) or distillation by mechanical processes such as expression or scarification, characteristic of oils. Their chemical composition has a great interest thanks to their sensory qualities and their biological activity. For that reason, they can be used in the food field for various very useful applications, such as preservative additives or flavourings. The purpose of this work has been to compare the yield and the chromatographic profile of the oils obtained from both the leaves and the peel of the different varieties evaluated, of undoubted interest due to their sensory qualities, specifically: Citrus bergamia Risso and Poit. var. Mellarosa, Citrus macrophylla Wester and Citrus macroptera Montr. It has been applied the hydrodistillation technique with Clevenger equipment, performing the process in triplicate and collecting the essential oil obtained by extracting it with dichloromethane. The yield of this process was evaluated gravimetrically, by evaporation of dichloromethane extract with rotavapor. To qualitatively analyse the eighteen samples obtained, gas chromatography was applied by means of the mass spectroscopy detector, carrying out the identification by applying the Turbomass and AMDIS software, associated with the NIST 2.0 library. The quantitative analysis was performed using the method of normalization of the peak areas of the chromatogram obtained with the flame ionization detector (FID). The results obtained show very notable differences between the composition and yield of the essential oils of the three varieties studied, as well as between that obtained from the peel and the leaves.

[ES] El proyecto se basa en el descubrimiento del mejor método para extraer proteínas de productos cárnicos de origen vegetal y en la comprensión de la composición de estos productos gracias a un análisis proteómico y lipidómico y a la puesta a punto del método de extracción. El análisis de proteómico se realizó con 3 productos diferentes, una hamburguesa de carne de vacuno y dos hamburguesas de base vegetal: Impossible Burger de Impossible Foods y Beyond Burger de Beyond Meat. Cada muestra de las tres analizadas tiene 3 réplicas para tener suficientes datos para el análisis estadístico. El primer paso es poner a punto el método de análisis proteómico de productos cárnicos para hacer más eficiente la extracción de proteínas, se seleccionan 3 métodos diferentes para ser analizados. Los métodos seleccionados son: sonicación con un hervido previo de la muestra, homogeneización y por último homogeneización con mortero mediante la conversión en polvo de la muestra. Las muestras son procesadas siguiendo el protocolo de extracción de proteínas por precipitación de acetona, este protocolo es proporcionado por el laboratorio a partir del trabajo previo en proteómica. Después de la extracción de la proteína, las proteínas son digeridas con tripsina y finalmente las 27 muestras son analizadas por Shotgun proteomics en HPLC-MS, para posteriormente realizar el análisis bioinformático siguiendo los pasos del tutorial de laboratorio, utilizando Trans Proteomic Pipeline (TPP). Los datos finales son filtrados gracias a una escritura Python para analizar sólo las proteínas que se encuentran en la muestra con una presencia significativa. En el análisis lipidómico, primero se desarrolla un método para extraer los lípidos de este producto cárnico de origen vegetal. El cloroformo es el disolvente utilizado para permitir la extracción de lípidos. Los lípidos son esterificados para tener la estructura adecuada para el análisis lipídico en el GC-MS. Los datos finales se analizan con el software Chromeleon 7. 2 de Thermo Scientific. Los resultados muestran que no existe una diferencia significativa entre los 3 métodos analizados y los ingredientes descubiertos son principalmente proteínas de almacenamiento para simular la consistencia de una hamburguesa de carne de vacuno., [EN] The project is based on the discovery of the best method to extract proteins from plant-based meat products and the understanding of these product composition thanks to proteomics and lipidomic analysis and the tune-up of the extraction method. The proteomics analysis was performed with 3 different products, a normal beef burger, and two plant-based burgers: Impossible Burger from Impossible Foods and Beyond Burger from Beyond Meat. Each sample of the three analyzed has 3 replicates to have enough data for the statistical analysis. The first step is to tune-up of the method of proteomic analysis for meat products to do more efficient the protein extraction, 3 different methods are selected to be analyzed. The methods selected are sonication with a previous boiling of the sample, homogenizer and then homogenizer with grinder by previously convert into powder the sample. The samples are processed following the protocol of protein extraction by acetone precipitation, this protocol is provided by the lab from the previous work in proteomics. After the protein extraction, the proteins are digested with trypsin and finally, the 27 samples are analyzed in the HPLC-MS shotgun proteomics and then the bioinformatic analysis is performed following the steps of the lab tutorial, using Trans Proteomic Pipeline (TPP). The final data is filtrated thanks to a Python script to analyze only the proteins that are in the sample with a significant presence. In the lipidomic analysis, first, a method to extract the lipids from this plant-based meat product is developed. The chloroform is the solvent used to allow the lipid extraction. The lipids are esterified to have the proper structure for the lipidomics analysis in the GC-MS. The final data is analyzed with the software Chromeleon 7.2 from Thermo Scientific. The results show that there is no significant difference between the 3 methods analyzed and the ingredients discovered are mainly storage proteins to simulate the consistency of a beef burger.

[ES] Diseño CAD mediante CATIA V5 de la estructura del sensor así como de los distintos componentes seleccionados para el posterior testeo del funcionamiento del sensor. Análisis cuantitativo y cualitativo de los componentes seleccionados teniendo en cuenta diversos factores., [EN] The following Master Thesis is focused on the study and development of a dust sensor and the acomplishment of the different requirements but also regarding the limitations of the FACIS mission. The main limiting factor is the size of the sensor, which should not exceed the space left for its assembly in previous conceptual designs of the satellite. The size of the sensor was thought to be around 10 × 10 × 10cm3 . One of the challenges to face during the development of the sensor will be to find suitable components that can be produced with a good cost to performance ratio. As a second step, the structural design will be focused in a modular laboratory model to have the possibility of testing different components to validate the conceptual design. On the first hand, the study will be focused on the understanding of the operation of a dust sensor, adcquiring knowdlege based on other prototypes, so as to set the starting point of the project. Also it will be important to take into account issues such: the use of different materials, the interaction between them, the small available space inside the satellite... but also bearing in mind further limitations that cannot be forgoten, such as sensitivity, wiring or manufacture possibilities. Besides, the conceptual study developed by Dr. Srama will be taken into account. On the other hand, it is crucial to minimize the costs of the production while comparing different designs and deciding wheter to buy or to manufacture certain components given the quotation of different companies. One of the main goals of this Thesis is to achieve a solution to include all the required components by minimizing costs, but at the same time respecting the limitations. Therefore some studies are made to estimate important parameters such as the field of view of the sensor, the production of some components or the mass resolution optimization. With the combination of the CAD files and all these studies, it will be much easier to compute next design iterations, to do all the experimental analysis. Finally, future lines of investigation will be proposed to assure an accurate final design.

[ES] El neuroblastoma representa el tumor sólido extracraneal más común en la infancia, que surge de los elementos de la cresta neural en el sistema nervioso simpático en desarrollo. La mayoría de los neuroblastomas malignos portan amplificación del gen MYCN, que codifica el factor de transcripción N-MYC, un factor central oncogénico asociado con la regulación positiva del crecimiento tumoral en neuroblastoma. Inhibidores que actúan sobre proteínas conteniendo el bromodominio BET han sido identificados como represores transcripcionales de MYCN, como iBET y JQ1, pudiendo suprimir la progresión del cáncer. Sin embargo, se sabe que varios tipos de cáncer responden de manera espectacular a estos inhibidores BET donde no se identificaron marcadores genéticos. Como resultado, encontrar biomarcadores proteínicos en lugar de genéticos representaría un avance importante en el estudio del neuroblastoma. En este trabajo, se capturó el proteoma de unión a ARN (o interactoma de ARN) de dos líneas celulares de neuroblastoma, SH-SY5Y, una línea celular de tipo wildtype sin amplificación del gen MYCN y BE(2)- C, presentando amplificación de MYCN, en ambos casos apoyándonos en la química click. Esta estrategia se basa en la incorporación del nucleósido no natural 5-etiniluridina (5EU) en el ARN naciente y el empleo de la química click para capturar las proteínas de unión al ARN. Éstas se analizaron mediante un análisis de espectrometría de masas (MS) pudiendo identificarse un total de 504 proteínas de unión al ARN estrechamente relacionados con el desarrollo y la progresión de la tumorigénesis en el neuroblastoma. Posteriormente, ambas líneas celulares se trataron con JQ1 con el fin de estudiar los cambios en la expresión génica de las proteínas de unión al ARN antes y después del tratamiento, obteniéndose las principales rutas celulares que son reguladas por JQ1 en ambas líneas celulares. Como resultado, después del tratamiento con JQ1, se obtuvo una disminución de la capacidad de proliferación celular tanto en las células MYCN-wildtype como en aquellas con amplificación del gen MYCN siendo JQ1 más eficaz en ésta última línea celular (BE (2)- C). Asu vez, se logró capturar 8 proteínas de unión al ARN que se encontraban sobre-expresadas en ambas líneas celulares bajo el tratamiento con JQ1: RPS5, HNRPDL, RPLP0, EEF1A2, RBMX, SARNP, RPL31, FARSB. Donde tres de ellas fueron identificadas previamente por Wang et al. (2018) como proteínas estrechamente relacionadas con el cáncer, dejando 5 proteínas para una posterior investigación como posibles nuevos candidatos de biomarcadores pronósticos: RPL31 (proteína ribosomal L31), HNRPDL (ribonucleoproteína nuclear heterogénea tipo D), FARSB (fenilalanil-ARNt sintetasa), SARNP (dominio SAP que contiene ribonucleoproteína) y RBMX (proteína de motivo de unión de ARN)., [EN] Neuroblastoma represents the most common extracranial solid tumor in childhood, arising from neural crest elements in the developing sympathetic nervous system. Most malignant neuroblastomas carry an amplification of the MYCN gene, encoding the transcription factor NMYC, a central oncogenic driver in neuroblastoma associated with upregulation of tumor growth. BET bromodomain inhibitors have been identified as transcriptional repressors of MYCN, such as i-BET and JQ1, being able to suppress cancer progression. Nevertheless, several cancers are known to respond dramatically to BET bromodomain inhibitors where genetic markers were not identified. As a result, searching for protein biomarkers rather than genetic ones seems to be a valuable approach. In this work the RNA-binding proteome (or RNA interactome) of two neuroblastoma cell lines, SH-SY5Y, a MYCN-wildtype cell line and BE(2)-C bearing a MYCN amplification, was captured using click chemistry. This strategy is based on incorporating the unnatural nucleoside 5-ethynyluridine (5EU) by metabolic labeling of nascent RNA and click chemistry for capturing the RNA-binding proteins. RNA interactomes were analyzed by Mass spectrometry (MS) analysis identifying a total of 504 RNA-binding proteins closely related with development and progression of tumorigenesis in neuroblastoma. Gene expression changes of RNA-binding proteins after JQ1 treatment were studied obtaining the principal up- and downregulated pathways by JQ1 in both neuroblastoma cell lines. Sustainably decreased capacity of cell proliferation was obtained in both MYCN-wildtype and MYCN-amplified neuroblastoma cells after treating with JQ1, being more effective in BE(2)-C cell line. It was possible to enrich for 8 common RNA-binding proteins exerted when both cell lines were treated: RPS5, HNRPDL, RPLP0, EEF1A2, RBMX, SARNP, RPL31, FARSB. Where three of them were previously identified as cancer-related RNA-binding proteins by Wang et al. (2018), leaving 5 for further investigation as potential new candidates for prognostic biomarkers: RPL31 (Ribosomal protein L31), HNRPDL (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like), FARSB (phenylalanyl-tRNA synthetase), SARNP (SAP domain containing ribonucleoprotein) and RBMX (RNA binding motif protein).

[ES] Los Trastornos del Espectro Autista (TEA) son un conjunto de alteraciones en el neurodesarrollo. Se caracterizan por la dificultad en la comunicación y las relaciones sociales, y la presencia de patrones estereotipados del comportamiento. En los últimos años ha aumentado los casos de estos trastornos en la población infantil de 1 de cada 150 niños (2000) a 1 de cada 68 (actualidad). A pesar de la creciente incidencia de estos trastornos, el conocimiento de los principios biológicos es muy limitado, aunque en algunos estudios se ha establecido una relación directa entre TEA y estrés oxidativo (desequilibrio fisiológico entre las especies oxidantes y antioxidantes que provoca daño a nivel tisular y celular). Además de los problemas cognitivos, los niños con TEA presentan una baja tolerancia al estrés psicológico, debido a una reactividad anormal del eje hipotálamo hipófisis adrenal, provocando un aumento en los niveles de cortisol. El objetivo principal de este estudio preliminar, es la evaluación del daño cognitivo y la tolerancia al estrés en niños con TEA mediante la detección de compuestos de peroxidación lipídica (proceso desencadenado por estrés oxidativo) y cortisol en muestras de saliva con el fin de determinar potenciales biomarcadores de forma no invasiva, que permitan un diagnóstico objetivo de los daños asociados al trastorno y que nos ayuden a definir un grupo de población. El estudio de estos biomarcadores de estrés oxidativo en muestras de saliva se va a realizar mediante la aplicación de diferentes métodos de análisis previamente validados, y la evaluación de la tolerancia al estrés se llevará a cabo mediante una tarea de tiempos de reacción y la determinación de los niveles de cortisol antes y después de la inducción de frustración. Experimentalmente, la determinación de los biomarcadores de estrés oxidativo (isoprostanos, neuroprostanos, isofuranos, neurofuranos, dihomoisoprostanos, dihomoisofuranos) y cortisol, se realizará mediante un método analítico basado en cromatografía-espectrometría de masas. Los resultados que se obtengan serán significativos a nivel internacional, atendiendo a las necesidades psicosociales actuales debido a la creciente incidencia del TEA. La falta de conocimiento biológico restringe el diagnóstico, que actualmente se basa en observaciones del comportamiento y herramientas psicométricas, ya que no existen biomarcadores generales validados para el diagnóstico de trastorno. Por lo tanto, la determinación de estos marcadores de estrés oxidativo y cortisol, permitirá detectar el daño neurológico de forma temprana, la evaluación del grado del mismo a nivel molecular, y la cuantificación de la capacidad de regulación del estrés en estos niños., [EN] Autism Spectrum Disorders (ASD) are a set of complex developmental brain disorders. They are characterized by difficulties in communication and social skills, and the presence of stereotyped patterns in behavior. In the last few years, the number of cases of these disorders in child population have increased notably, from 1 out of 150 children (2000) to 1 out of 68 children (currently). Despite the rising incidence of these disorders, the knowledge of biological principles is very limited, although in some studies a direct relationship has been established between ASD and oxidative stress (physiological imbalance between oxidizing and antioxidant species that causes tissue and cellular damage). Besides the cognitive problems, children with ASD have low tolerance to psychological stress, due to an abnormal reactivity of the hypothalamic pituitary adrenal axis, causing a raise in cortisol levels. The main objective of this preliminary study is the assessment of cognitive damage and tolerance to stress in children with ASD by the detection of lipid peroxidation compounds (process triggered by oxidative stress) and cortisol in saliva samples in order to determine potential biomarkers in a non-invasive way, allowing an objective diagnosis of the damages associated with the disorder and helping us to define a population group. The study of these biomarkers of oxidative stress in saliva samples will be performed through the application of different analysis methods previously validated, and the assessment of stress tolerance will be carried out by means of a task of reaction times and the determination of cortisol levels before and after the induction of frustration. Experimentally, the determination of the biomarkers of oxidative stress (isoprostanes, neuroprostanes, isofurans, neurofurans, dihomoisoprostanes, dihomoisofurans) and cortisol, will be carried out by means of an analytical method based on chromatography-mass spectrometry. The results obtained will be significant internationally, attending to the current psychosocial needs due to the increasing incidence of ASD. The lack of biological knowledge restricts the diagnosis, which is currently based on behavioral observations and psychometric tools, since there are no validated general biomarkers for the diagnosis of the disorder. Furthermore, the determination of these markers of oxidative stress and cortisol will allow the early detection of neurological damage, the evaluation of its degree at molecular level, and the quantification of the stress regulation capacity in these children., [CA] Els trastorns de l'espectre autista (TEA) són un conjunt d'alteracions del neurodesenvolupament. Es caracteritzen per la dificultat en la comunicació i les relacions socials, i la presència de patrons estereotipats del comportament. En els últims anys han augmentat els casos d'aquests trastorns en la població infantil. L'any 2000 es va estimar que 1 de cada 150 xiquets patien TEA. Actualment, el nombre de casos és de 1 de cada 68. Malgrat la creixent incidència d'aquests trastorns, el coneixement dels principis biològics és molt limitat, tot i que en alguns estudis s'ha establert una relació directa entre TEA i estrès oxidatiu (desequilibri fisiològic entre les espècies oxidants i antioxidants que provoca dany a nivell tissular i cel·lular). A més dels problemes cognitius, els nens amb TEA presenten una baixa tolerància a l'estrès psicològic, a causa d'una reactivitat anormal de l'eix hipotàlem hipòfisi adrenal, provocant un augment en els nivells de cortisol. Per tant, l'objectiu principal d'aquest estudi preliminar, és l'avaluació del dany cognitiu i la tolerància a l'estrès en xiquets amb Trastorn de l'espectre autista (TEA) mitjançant la detecció de compostos de peroxidació lipídica (procés desencadenat per estrès oxidatiu) i cortisol en mostres de saliva amb la finalitat de determinar potencials biomarcadors de forma no invasiva, que permeten un diagnòstic objectiu dels danys associats al trastorn i que ens ajuden a definir un grup de població. L'estudi d'aquests biomarcadors d'estrès oxidatiu en mostres de saliva es va a realitzar mitjançant l'aplicació de diferents mètodes d'anàlisi prèviament validats, i l'avaluació de la tolerància a l'estrès es durà a terme mitjançant una tasca de temps de reacció i la determinació dels nivells de cortisol abans i després de la inducció de frustració. Experimentalment, la determinació dels biomarcadors d'estrès oxidatiu (isoprostans, neuroprostans, isofurans, neurofurans, dihomoisoprostans, dihomoisofurans) i cortisol, es realitzarà mitjançant un mètode analític basat en cromatografia-espectrometria de masses. Els resultats que s'obtinguen seran significatius a nivell internacional, atenent a les necessitats psicosocials actual a causa de la creixent incidència del TEA. La manca de coneixement biològic restringeix el diagnòstic, que actualment es basa en observacions del comportament i eines psicomètriques, ja que no existeixen biomarcadors generals validats per al diagnòstic del trastorn. Per tant, la determinació d'aquests marcadors d'estrès oxidatiu i cortisol, permetrà detectar el dany neurològic de forma primerenca, l'avaluació del grau del mateix a nivell molecular, i la quantificació de la capacitat de regulació de l'estrès en aquests xiquets.

[EN] A series of biochemical reactions responsible for aroma, color, texture and flavour of the final product occur during the dry-cured ham processing. Among these reactions, proteolysis of muscle proteins is one of the most important, resulting in the generation of a large amount of peptides which could be used as quality markers of dry-cured ham. In this sense, proteomic techniques based on mass spectrometry have become a fundamental tool for the identification of peptides naturally generated throughout the dry-cured ham processing. So, the present Thesis has been focused on the study of the intense degradation of three proteins present in dry-cured ham: LIM domain-binding protein 3, ubiquitin-60S ribosomal protein and titin protein, identifying the peptide sequences generated at different times along the process and evaluating their potential as markers of dry-cured ham processing time. Moreover, peptide oxidation that occurs during dry-curing process has been studied due to its importance on final quality of dry-cured ham as well as its influence on the nutrititional and sensory characteristics, showing oxidation of methionine residues in numerous peptides generated from the degradation of the major myofibrillar proteins.Besides the identification of peptidic sequences, recent advances in mass spectrometry techniques have allowed the precise quantitation of proteins in complex mixtures. So, a label-free methodology has been optimized for the relative quantitation of major sarcoplasmic proteins from the quantitation of the generated peptides and the study of the proteolytic degradation along the dry-cured ham processing. This methodology represents an advance regarding quantitative methods used to date as it allows a simple, accurate and reliable evaluation of changes in the abundance of proteins throughout the dry-cured ham processing.Several recent studies have been focused on the study of the potential of dry-cured ham as a source of bioactive peptides, mainly those showing angiotensin I-converting enzyme (ACE) inhibitory activity. However, it is not clear whether these peptides are able to cross the intestinal barrier and reach the blood stream in an active form. Thus, in the present Thesis the transepithelial transport of dry-cured ham peptides having ACE inhibitory activity has been simulated through a Caco-2 cell monolayer, showing the absorption of intact peptides or fragments generated by the action of intestinal peptidases, which could exert an in vivo antihypertensive effect., [ES] Durante el proceso de elaboración del jamón curado tienen lugar una serie de reacciones bioquímicas responsables del aroma, color, textura y sabor del producto final. Entre estas reacciones destaca la intensa proteolisis de las proteínas musculares, cuyo resultado es la generación de una gran cantidad de péptidos algunos de los cuales podrían ser utilizados como marcadores de calidad del jamón. En este sentido, las técnicas proteómicas basadas en espectrometría de masas son una herramienta fundamental para la identificación de los péptidos generados de manera natural a lo largo de proceso de elaboración del jamón curado. Así, la presente Tesis Doctoral se ha centrado en estudiar la intensa degradación de tres proteínas presentes en el jamón: la proteína 3 de unión al dominio LIM, la proteína ribosomal ubiquitina-60S y la proteína titina, identificando las secuencias de los péptidos generados a distintos tiempos durante el proceso y evaluando su potencial como marcadores del tiempo de curado del jamón. Además, se han estudiado los cambios oxidativos a nivel peptídico que tienen lugar durante el proceso de curado del jamón, cuya importancia radica en su efecto sobre la calidad y las características tanto nutricionales como sensoriales del producto final, evidenciando la oxidación del aminoácido metionina en numerosos péptidos generados a partir de las principales proteínas miofibrilares. Además de la identificación de las secuencias peptídicas, los recientes avances en técnicas de espectrometría de masas han permitido la cuantificación precisa de proteínas en muestras complejas. Así, se ha optimizado un método sin marcaje ("label-free") para la cuantificación relativa de las principales proteínas sarcoplásmicas a partir de la cuantificación de los péptidos generados y de esta forma estudiar la degradación proteolítica durante el proceso de elaboración del jamón curado. Esta metodología supone un avance respecto a los métodos cuantitativos utilizados hasta el momento ya que permite evaluar de manera sencilla, precisa y fiable los cambios en la abundancia de proteínas a lo largo del proceso de elaboración del jamón curado.Varios estudios recientes se han centrado en estudiar el potencial del jamón curado como fuente de péptidos bioactivos, principalmente aquellos que son inhibidores de la enzima convertidora de angiotensina I (ECA). Sin embargo, no se conoce si estos péptidos son capaces de atravesar la barrera intestinal y alcanzar la corriente sanguínea en forma activa. Por ello, en la presente Tesis Doctoral se ha simulado el transporte intestinal mediante la utilización de células Caco-2 de péptidos del jamón inhibidores de la ECA, evidenciado la absorción de péptidos enteros, o fragmentos de los mismos generados por acción de las peptidasas intestinales, que podrían ejercer un efecto antihipertensivo in vivo., [CAT] Al llarg del procés d'elaboració del pernil curat tenen lloc una sèrie de reaccions bioquímiques responsables de l'aroma, color, textura i sabor del producte final. Entre aquestes reaccions destaca la intensa proteolisis de les proteïnes musculars, el resultat de la qual és la generació d'una gran quantitat de pèptids alguns dels quals podrien ser utilitzats com a marcadors de qualitat del pernil. En aquest sentit, les tècniques proteòmiques basades en espectrometria de masses són una ferramenta fonamental per a la identificació dels pèptids generats de manera natural al llarg de procés d'elaboració del pernil curat. Així, la present Tesi Doctoral s'ha centrat a estudiar la intensa degradació de tres proteïnes presents en el pernil: la proteïna 3 d'unió al domini LIM, la proteïna ribosomal ubiquitina-60S i la proteïna titina, identificant les seqüències dels pèptids generats a distints temps al llarg del procés i avaluant el seu potencial com a marcadors del temps de curat del pernil. A més, s'han estudiat els canvis oxidatius a nivell peptídic que tenen lloc durant el procés de curat del pernil, la importància dels quals radica en el seu efecte sobre la qualitat i les característiques tant nutricionals com sensorials del producte final, evidenciant l'oxidació de l'aminoàcid metionina en nombrosos pèptids generats a partir de les principals proteïnes miofibrilars.A més de la identificació de les seqüències peptídiques, els recents avanços en tècniques d'espectrometria de masses han permés la quantificació precisa de proteïnes en mostres complexes. Així, s'ha optimitzat un mètode sense marcatge ("label-free") per a la quantificació relativa de les principals proteïnes sarcoplàsmiques a partir de la quantificació dels pèptids generats i d'esta manera estudiar la degradació proteolítica durant el procés d'elaboració del pernil curat. Esta metodologia suposa un avanç respecte als mètodes quantitatius utilitzats fins al moment ja que permet avaluar de manera senzilla, precisa i fiable els canvis en l'abundància de proteïnes al llarg del procés d'elaboració del pernil curat.Diversos estudis recents s'han centrat en estudiar el potencial del pernil curat com a font de pèptids bioactius, principalment aquells que són inhibidors de l'enzim convertidor d'angiotensina I (ECA). No obstant això, no es coneix si aquests pèptids són capaços de travessar la barrera intestinal i arrivar al corrent sanguini en forma activa. Per això, en la present Tesi Doctoral s'ha simulat el transport intestinal mitjançant l'utilització de cèl·lules Caco-2 amb pèptids del pernil inhibidors de l'ECA, evidenciant l'absorció de pèptids sencers, o fragments generats per acció de les peptidases intestinals, que podrien exercir un efecte antihipertensiu in vivo., Gallego Ibáñez, M. (2015). PÉPTIDOS GENERADOS EN JAMÓN CURADO COMO MARCADORES DE CALIDAD [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. doi:10.4995/Thesis/10251/55506., TESIS

[EN] This project aims to develop a protocol for the metabolic analysis of bladder tumoral tissues by mass spectrometry. For this purpose, we will study with 9 samples of tissue from the same patient, what kind of solvent and extraction conditions are optimal. Once determined, a study " proof of concept level" will be done with 10 tissues from tumoral bladders and 10 from healthy tissues in order to determinate if exist significant differences between the metabolomic profiles obtained by mass spectrometry., [ES] Este proyecto pretende desarrollar un protocolo para el análisis metabolómico de tejido tumoral vesical mediante espectrometría de masas. Para ello, se estudiará con 9 muestras de tejido del mismo paciente, que disolvente y que condiciones de extracción son las óptimas. Una vez determinadas, se realizará un estudio a nivel "prueba de concepto" con 10 tejidos de vejigas tumorales de diferentes pacientes y 10 sanos para determinar si existen diferencias significativas entre los perfiles metabolomicos obtenidos por espectrometría de masas.

[EN] Writing inks are the essence of history, because they have been registered numerous documents that speak of our cities and ancestors. The recipes preserved in secret tracts and books warn us of the components used in its composition which are combined to form , a solvent ink. It has chosen the Municipal Archives of Cocentaina for a study of this component determination from known acids in wine , and are characterized by liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometer . It has managed to establish a protocol for location of these solvents from solid samples of paper, and have identified the samples taken from this deposit with surprising results, [ES] Las tintas de escritura son la esencia de la historia, gracias a ellas han quedado registrados numerosos documentos que hablan de nuestras ciudades y antepasados. Las recetas conservadas en tratados y libros de secretos nos advierten de los componentes utilizados en su composición los cuales se conjugaban para conformar , con un solvente, la tinta. Se ha elegido el Archivo Municipal de Cocentaina para realizar un estudio de determinación de éste componente a partir de ácidos conocidos del vino, y que se caracterizan a través de cromatografía líquida acoplada a un espectómetro de masas en tándem. Se ha conseguido establecer un protocolo de localización de estos disolventes a partir de muestras sólidas de papel, y se han identificado las muestras tomadas de este depósito con resultados sorprendentes

[ES] Uno de los vegetales más consumidos en la UE es el tomate, ocupa el segundo lugar entre las hortalizas. En el tomate se pueden encontrar muchos nutrientes, vitaminas y antioxidantes, lo que lo hace, una importante fuente dietética. El cultivo moderno de tomate se ha enfocado en tener altos rendimientos en su producción, haciendo los cultivares uniformes. Este tipo de cultivo se encuentra muy extendido y poco a poco ha reemplazado el uso de variedades tradicionales. El enfoque en cultivares de tomate con mejoras en el rendimiento y con resistencias a patógenos, tiene como coste el sabor (o gusto) ya que los frutos modernos lo pierden, esta problemática es bien sabida por los consumidores europeos. Por esta razón, se creó un proyecto de investigación financiado por la UE, con el nombre de TRADITOM, que tiene como objetivo valorizar a diversidad genética almacenada en variedades tradicionales de tomate, con la finalidad de protegerlos de la pérdida de esta y a su vez, ayudar a la sustitución de los cultivares modernos que en este momento son más productivos. Este trabajo consiste en una análisis metabolómico, que permita aportar información sobre los metabolitos volátiles de las variedades TRADITOM, evaluando y comparando el perfil de volátiles de cada variedad y correlacionarlos con su genoma. La metabolómica estudia y analiza el metaboloma, es decir, el conjunto de metabolitos expresados por un genoma en un determinado momento. El análisis del metaboloma permite estudiar los metabolitos implicados en complejo, ruta, célula, tejido, órgano u organismo, bajo diferentes condiciones que permiten revelar su participación en algún proceso biológico específico. El análisis metabolómico para el proyecto TRADITOM es importante porque en la fruta madura se encuentra una gran variedad de compuestos volátiles, y existen diferencias entre sus niveles de abundancia de acuerdo con cada especie. Los compuestos volátiles son importantes porque contribuyen en el aroma, la intensidad, la calidad del olor y el sabor del fruto. Debido a esta importancia es esencial identificar la base genética para la producción de volátiles, lo que permitiría una mejora en la calidad de las propiedades organolépticas de los tomates comerciales, ya que como se dijo anteriormente los consumidores se encuentran insatisfechos con el sabor actual de estos tomates. Al parecer, durante algún momento del proceso de cultivo moderno el aroma de los tomates tradicionales se perdió y el objetivo principal de TRADITOM es recuperarlo. Cabe aclarar que existen casos donde la pérdida de la calidad organoléptica se debió perder antes o después de la cosecha en el acondicionamiento de la fruta. En estudios realizados anteriormente se ha observado una variación en los niveles de volátiles. Esta variación se ha encontrados en herencias, parientes silvestres, poblaciones reproductoras y en diferentes híbridos comerciales. Es esta variación la que permitiría la mejora del aroma (y el sabor) de las variedades comerciales. El sabor está determinado por la interacción de las sustancias volátiles del aroma, los azúcares y los ácidos orgánicos. Por lo que, el sabor y la percepción de este por los consumidores muestran variación cuantitativa que se espera, se pueda controlar genéticamente. El análisis del control genético de las sustancias volátiles y el aroma en el tomate se puede llevar a cabo por un mapeo intraespecífico de una población de tomate, lo que permite identificar algunos QTLs (caracteres que varían de forma cuantitativa) principales para un numero de compuestos volátiles de frutos. Los compuestos volátiles son metabolitos secundarios o especializados que, una vez sintetizados, pueden sufrir diferentes modificaciones, ya sea reversibles o irreversibles; por ejemplo, para producir un compuesto volátil diferente o un conjugado no volátil. El estudio de estos compuestos en el fruto se lleva a cabo median

[EN] The fruits belonging to the clementine varieties Clemenules and Clemenpons, are of great commercial interest. They are morphologically indistinguishable, since they have a very similar size, weight, diameter, ratio diameter/height, size of the rind, colour, juice yield and absence of seeds. Their harvesting period is also very similar, although, in the case of the Clemenpons variety, it begins a bit earlier. The present study focuses on the metabolomic analysis of the volatile compounds that make up the essential oil of flavedo from the fruits of both clementine varieties, with the aim of identifying differences between both kinds of oil that may distinguish both types of fruits. The oil extraction of both varieties was done by using the Clevenger distillation system, from samples taken during the whole harvesting period, in two different harvesting periods and in two independent plots. Subsequently, these oils were analysed by using gas chromatography coupled to mass spectrometry. Afterwards, a non-directed analysis of all volatile compounds found in chromatograms and multivariate statistical studies (PCA and PLS-DA) were conducted. That enabled the identification of quantitative differences among the volatile profiles of both varieties, that is to say, both oil kinds showed the same compounds, but in a different concentration. In the end, we tried to identify the volatile compounds responsible for these differences by studying their mass spectra and their chromatographic properties (retention time). Fifteen compounds, all of them belonging to the terpenic type, were found in a higher concentration in the flavedo of fruits belonging to the variety Clemenpons than in fruits belonging to the variety Clemenules. Ten of them were monoterpenes (C10), three of them were hydrocarbons (3-carene, α-terpinene and γ- terpinene), and the other seven were oxygenated. Only three of those seven compounds were clearly identified: trans-carveol and α-terpinyl acetate. The other five compounds were sesquiterpenes (C15), among them, α-humulene and α-sinensal. In the same way, the essential oil of the variety Clemenules had a higher level of aliphatic compounds of a chain superior to 7 carbon atoms, such as 1-octanol alcohol and dodecanal aldehyde. As a conclusion, this study proves that the essential oils of flavedos belonging to the varieties Clemenules and Clemenpons present significative differences that enable the identification of the fruits of both varieties, which cannot be distinguish from a morphological point of view., [ES] Las variedades de mandarino Clemenules y Clemenpons son muy similares desde el punto de vista fisiológico, morfológico y agronómico, siendo su única diferencia el tiempo de la maduración óptima del fruto. Basándonos en una tradición agrícola que diferenciaba ambas variedades por el aroma de su corteza, abordamos un estudio de los compuestos responsables de dicho aroma en ambas variedades. El estudio metabolómico no dirigido de los componentes del aceite esencial de estas variedades usando la plataforma analítica metabolómica (cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas) ha permitido diferenciar ambas variedades.

[ES] Las plantas se encuentran sometidas continuamente a estreses bióticos y abióticos de diversa naturaleza. A lo largo de la evolución, han ido desarrollando mecanismos de resistencia frente a cada estrés, llegando a originar un sistema defensivo altamente eficaz, formado tanto por barreras físico-químicas constitutivas como por defensas inducibles. Las principales defensas que una planta emplea en su lucha contra las agresiones medioambientales son la síntesis de proteínas defensivas y de compuestos químicos con propiedades antimicrobianas. Todo ello tiene el objetivo de mantener la homeostasis de la planta frente a las agresiones del entorno. En el estudio de las proteínas que la planta emplea para combatir las diferentes agresiones patogénicas, la Proteómica desempeña un papel esencial para descifrar los mecanismos que tienen lugar durante la infección y poder así desarrollar variedades vegetales más resistentes. El objetivo del presente estudio es analizar el comportamiento diferencial de plantas de tomate de la variedad ‘Rio Grande’ frente a dos infecciones bacterianas de diferente naturaleza, una de ellas avirulenta, que no da lugar al desarrollo de la enfermedad y otra virulenta, en la cual el patógeno invade la planta y tiene lugar la aparición de síntomas. Asimismo, se pretende comparar los resultados obtenidos de nuestro estudio con bacterias y los publicados para otras infecciones causadas por viroides o por virus en tomate y llevar a cabo su validación en varios sistemas planta-patógeno (bacteria, virus y viroide). Para ello, se realizó en primer lugar un análisis proteómico comparativo mediante 2D-DIGE de plantas de tomate ‘Rio Grande’, portadoras del gen de resistencia Pto, infectadas con la cepa virulenta (ΔavrPto) y con la cepa avirulenta (AvrPto) de la bacteria Pseudomonas syringæ pv. tomato DC3000, a diferentes tiempos. Se identificaron proteínas que se acumularon de manera diferencial en plantas infectadas con respecto a las plantas control y proteínas con acumulación diferencial entre ambos tipos de infección. Asimismo, se realizó un estudio comparativo entre nuestros datos y los estudios proteómicos realizados en plantas de tomate infectadas por el Viroide de la Exocortis de los Cítricos (CEVd) y el Virus del Rizado Amarillo del Tomate (TYLCV). Por último se validaron nuestros datos proteómicos obtenidos, así como las comparaciones realizadas para las tres infecciones, mediante RT-PCR y Western Blot de distintas proteínas comunes a la infección bacteriana y al menos un tipo diferente de infección. El establecimiento de las defensas de las plantas requiere la regulación de un amplio número de proteínas que están implicadas a diferentes niveles. Nuestros resultados se unen a los realizados en los últimos años para analizar las interacciones planta-patógeno mediante estrategias proteómicas, constituyendo en su conjunto una información muy valiosa sobre la regulación de estas proteínas y su función en los diferentes mecanismos defensivos., [EN] Plants are constantly exposed to diverse biotic and abiotic environmental stresses. Throughout evolution, plants have developed resistance mechanisms to cope with each stress, thus originating a highly efficient defence system, composed by both constitutive physical and chemical barriers as well as inducible defences. The main strategies used by plants against environmental aggressions are the synthesis of defence proteins and chemical compounds with antimicrobial properties. This has the purpose of preserving plant homeostasis against environmental challenges. Studying the proteins used by plants to face different pathogenic aggressions, Proteomics plays an essential role to understand the mechanisms that take place upon infection, thus allowing to develop more resistant plant varieties. The aim of this project is to analyze the differential behavior of the tomato cultivar ‘Rio Grande’ under two different plant-pathogen scenarios. One of them involves the use of an avirulent bacteria, in which disease development does not take place, and a virulent one, which does produce disease and symptom development. Furthermore, it is intended to compare the results obtained in our bacterial study with other published results dealing with infections caused by viroids and viruses in tomato in order to validate different plant-pathogen systems (bacteria, virus and viroid). For this purpose, we made a comparative proteomic analysis by 2D-DIGE in ‘Rio Grande’ tomato plants, which contain the resistant gene Pto, infected with the avirulent strain (ΔavrPto) and with the virulent strain (AvrPto) of the bacteria Pseudomonas syringæ pv. tomato DC3000, in different times. We identified differentially accumulated proteins in infected plants with respect control plants and between different types of infection. Furthermore, we made a comparative study between our data and other proteomic approaches described in tomato plants infected with Citrus Exocortis Viroid (CEVd) and with Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV). Finally, we validated our proteomic results, as well as the comparisons made for the three infections, by RT-PCR and Western Blots of several common proteins to the bacterial infection and at least another type of infection. The establishment of the plant defences requires the regulation of a large number of proteins involved in different levels. Our findings join to the most recent proteomic studies on plant-pathogen interactions, making together a valuable body of information about the regulation of these proteins and their function in different plant defence mechanisms.

[ES] Durante el procesado del jamón curado tiene lugar una extensa proteolisis debida a la acción de las peptidasas musculares. El objetivo del presente trabajo ha sido estudiar la degradación de la proteína 3 de unión al dominio LIM (LDB3), localizada en las líneas Z del sarcómero, a diferentes tiempos durante la elaboración del jamón curado (2, 3.5, 5, 6.5 y 9 meses). La identificación de un gran número de péptidos derivados de dicha proteína así como su evolución a lo largo del proceso de curado se ha logrado por primera vez en jamón. Un total de 107 péptidos han sido identificados por espectrometría de masas en tándem, demostrándose la importante función de las endopeptidasas en la generación de polipéptidos y, principalmente, de las exopeptidasas en la generación de pequeños péptidos. La mayoría de los péptidos identificados han sido generados a partir de la primera región de la secuencia proteica (posición 1 a 90), aportando evidencia de la complejidad y dinamismo de las reacciones proteolíticas a lo largo del proceso de curado del jamón. Además, se ha observado la oxidación del aminoácido metionina en varios péptidos identificados al final del proceso. El potencial de algunos de los péptidos identificados para su uso como biomarcadores del proceso de curado ha sido considerado también en este estudio., [EN] An extensive proteolysis takes places during the processing of dry-cured ham because of the action of muscle peptidases. The aim of this work was to study the degradation of LIM domain binding protein 3 (LDB3), which is located at the Z-lines of the sarcomere, at different times during the Spanish dry-cured ham processing (2, 3.5, 5, 6.5, and 9 months). The identification of a large number of peptides derived from this protein as well as their evolution throughout the dry-curing process has been achieved for the first time in dry-cured ham. A total of 107 peptides have been identified by mass spectrometry in tandem, which shows the role played by endopeptidases in the generation of polypeptides and mainly by exopeptidases in the generation of small peptides. Most of the identified peptides have been generated from the first region of the protein sequence (position 1 to 90) providing evidence for the complexity and dynamism of proteolytic reactions along the whole process of dry-curing. Methionine oxidation has been observed in several peptides by the end of the process. The potential of some of the identified peptides to be used as biomarkers of dry-cured ham processing has also been considered., [CA] Durant el processat del pernil curat té lloc una extensa proteòlisi deguda a l'acció de les peptidases musculars. L'objectiu del present treball va ser estudiar la degradació de la proteïna 3 d'unió al domini LIM (LDB3), la qual està localitzada en les línies Z del sarcòmer, a diferents temps durant l'elaboració del pernil curat (2, 3.5, 5, 6.5 i 9 mesos). La identificació d'un gran nombre de pèptids derivats de dita proteïna així com la seua evolució al llarg del procés de curat s'ha aconseguit per primera vegada en pernil. Un total de 107 pèptids han estat identificats per espectrometria de masses en tàndem, el que mostra la important funció de les endopeptidases en la generació de polipèptids i, principalment, de les exopeptidases en la generació de pèptids menuts. La majoria dels pèptids identificats han sigut generats a partir de la primera regió de la seqüència proteica (posició 1 a 90), aportant evidència de la complexitat i dinamisme de les reaccions proteolítiques al llarg del procés de curat del pernil. A més, l'oxidació de l'aminoàcid metionina s'ha observat en diversos pèptids identificats al final del procés. El potencial d'alguns dels pèptids identificats per al seu ús com biomarcadors del procés de curat ha estat considerat també en aquest estudi.

[ES] Un método HPLC-MS/MS sensible y selectivo para la determinación de doce AINEs no autorizados en tejido muscular y leche de diferentes especies ha sido desarrollado y validado de acuerdo con la Decisión de la Comisión 657/2002/EC. Varios procedimientos de extracción fueron investigados en leche. Finalmente, se establecieron los Límites de Decisión., [EN] A sensitive and selective HPLC-MS/MS method for the determination of twelve non-authorised NSAIDs in muscle tissue and milk from different animal species has been developed and valited in accordance with the Commission Decision 657/2002/EC. Several extraction procedures were investigated in milk. Finally, the Decision limits (CC¿) were establiced.

[ES] Durante el procesado del jamón curado tiene lugar una extensa proteolisis debida a la acción de las peptidasas musculares. El objetivo del presente trabajo ha sido estudiar la degradación de la proteína 3 de unión al dominio LIM (LDB3), localizada en las líneas Z del sarcómero, a diferentes tiempos durante la elaboración del jamón curado (2, 3.5, 5, 6.5 y 9 meses). La identificación de un gran número de péptidos derivados de dicha proteína así como su evolución a lo largo del proceso de curado se ha logrado por primera vez en jamón. Un total de 107 péptidos han sido identificados por espectrometría de masas en tándem, demostrándose la importante función de las endopeptidasas en la generación de polipéptidos y, principalmente, de las exopeptidasas en la generación de pequeños péptidos. La mayoría de los péptidos identificados han sido generados a partir de la primera región de la secuencia proteica (posición 1 a 90), aportando evidencia de la complejidad y dinamismo de las reacciones proteolíticas a lo largo del proceso de curado del jamón. Además, se ha observado la oxidación del aminoácido metionina en varios péptidos identificados al final del proceso. El potencial de algunos de los péptidos identificados para su uso como biomarcadores del proceso de curado ha sido considerado también en este estudio. [EN] An extensive proteolysis takes places during the processing of dry-cured ham because of the action of muscle peptidases. The aim of this work was to study the degradation of LIM domain binding protein 3 (LDB3), which is located at the Z-lines of the sarcomere, at different times during the Spanish dry-cured ham processing (2, 3.5, 5, 6.5, and 9 months). The identification of a large number of peptides derived from this protein as well as their evolution throughout the dry-curing process has been achieved for the first time in dry-cured ham. A total of 107 peptides have been identified by mass spectrometry in tandem, which shows the role played by endopeptidases in the generation of polypeptides and mainly by exopeptidases in the generation of small peptides. Most of the identified peptides have been generated from the first region of the protein sequence (position 1 to 90) providing evidence for the complexity and dynamism of proteolytic reactions along the whole process of dry-curing. Methionine oxidation has been observed in several peptides by the end of the process. The potential of some of the identified peptides to be used as biomarkers of dry-cured ham processing has also been considered. [CA] Durant el processat del pernil curat té lloc una extensa proteòlisi deguda a l'acció de les peptidases musculars. L'objectiu del present treball va ser estudiar la degradació de la proteïna 3 d'unió al domini LIM (LDB3), la qual està localitzada en les línies Z del sarcòmer, a diferents temps durant l'elaboració del pernil curat (2, 3.5, 5, 6.5 i 9 mesos). La identificació d'un gran nombre de pèptids derivats de dita proteïna així com la seua evolució al llarg del procés de curat s'ha aconseguit per primera vegada en pernil. Un total de 107 pèptids han estat identificats per espectrometria de masses en tàndem, el que mostra la important funció de les endopeptidases en la generació de polipèptids i, principalment, de les exopeptidases en la generació de pèptids menuts. La majoria dels pèptids identificats han sigut generats a partir de la primera regió de la seqüència proteica (posició 1 a 90), aportant evidència de la complexitat i dinamisme de les reaccions proteolítiques al llarg del procés de curat del pernil. A més, l'oxidació de l'aminoàcid metionina s'ha observat en diversos pèptids identificats al final del procés. El potencial d'alguns dels pèptids identificats per al seu ús com biomarcadors del procés de curat ha estat considerat també en aquest estudi.

El principal objetivo de este trabajo ha sido identificar y caracterizar los péptidos generados en la simulación de la digestión gastrointestinal de la carne de cerdo (Longissimus dorsi) mediante la acción secuencial de los enzimas pepsina y pancreatina. El hidrolizado resultante fue analizado mediante cromatografía líquida acoplada a un espectrómetro de masas cuadrupolo tiempo de vuelo (QTOF) equipado con una fuente de ionización por nanoelectrospray (nanoLC-ESI-MS/MS). El uso de esta técnica nos permitió identificar en el hidrolizado cincuenta y un péptidos diferentes, pertenecientes a las principales proteínas estructurales del músculo y a algunas proteínas sarcoplásmicas más abundantes. Hasta donde se conoce, esta identificación constituye el número más elevado de péptidos identificados en digeridos de carne de cerdo. Los fragmentos identificados presentan un tamaño que abarca desde los seis a los dieciseis amino ácidos, siendo muy abundantes los residuos de prolina, lo que confiere a estos péptidos mayor resistencia a una posterior degradación por las enzimas digestivas. El presente estudio constituye una clara evidencia de la extensiva degradación que las proteínas del músculo de cerdo sufren durante la digestión gastrointestinal, resultando en una amplia variedad de péptidos de pequeño tamaño. Se puede afirmar por tanto, que la simulación in vitro de la digestión de la carne de cerdo unido a la identificación de los péptidos mediante técnicas de proteómica, constituye una vía adecuada para conocer mejor la generación de péptidos provinientes de una dieta rica en proteínas de alta calidad.